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怎样查阅文献

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给课题组同学做关于怎样查阅文献的报告

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Page 1: 怎样查阅文献

怎样查阅文献

2014 年 9 月 11 日

Page 2: 怎样查阅文献

提纲

1. 引言2. 怎样查找文献3. 怎样管理文献4. 怎样管理知识

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1. 引言

1.1 为什么要讲这个题目▫ 科技文献数量巨大,而且继续增长▫ 2006 年总共 1,350,000 篇论文发表在 23,750 个期刊中

Björk, Bo-Christer, Annikki Roos, and Mari Lauri. "Global annual volume of peer reviewed scholarly articles and the share available via different Open Access options." Proceedings ELPUB2008 Conference on Electronic Publishing–Toronto. Vol. 2. 2008.

▫ Web of Science 索引年增幅 2.5%( 1995-2007)NSF, Science and Engineering Indicators: 2010

Learned Publishing, 2010, 23, 258

Page 4: 怎样查阅文献

1. 引言

1.1 为什么要讲这个题目▫ 图书馆举办的讲座▫ 文献检索课

问题:文献检索具有不确定性,不适合讲授。• 太专注于软件和网站的功能介绍• 部分内容属于众所周知• 落后于当今互联网时代• “ 计算机使用技巧”的传授( vs 思维方法的传授)

Page 5: 怎样查阅文献

1. 引言

1.1 为什么要讲这个题目

1.2 科技文献种类• Primary sources – Journals, patents, dissertations, reports,

etc.

• Secondary sources – Abstracts (文摘)▫ e.g. Chemical Abstracts Service (CAS)

> 两个数据库: CAplus: bibliographic information and abstracts; Registry: substances

> CAS Source Index (CASSI) :所有的 publication> Subject Coverage and Arrangement of Abstracts by Sections in

Chemical Abstracts :一共有 80 个 section> 6 部索引: Chemical Substance Index, General Subject Index, Formula

Index, Index of Ring systems, Patent Index, Author Index

参照 Vogel’s Textbook of Practical Organic Chemistry

Page 6: 怎样查阅文献

1. 引言

1.1 为什么要讲这个题目

1.2 科技文献种类• Primary sources – Journals, patents, dissertations, reports,

etc.

• Secondary sources – Abstracts (文摘)▫ e.g. Chemical Abstracts Service (CAS)

> 两个数据库: CAplus: bibliographic information and abstracts; Registry: substances

> CAS Source Index (CASSI) :所有的 publication> Subject Coverage and Arrangement of Abstracts by Sections in

Chemical Abstracts :一共有 80 个 section> 6 部索引: Chemical Substance Index, General Subject Index, Formula

Index, Index of Ring systems, Patent Index, Author Index

Page 7: 怎样查阅文献

1. 引言

1.1 为什么要讲这个题目

1.2 科技文献种类• Primary sources – Journals, patents, dissertations, reports, etc.

• Secondary sources – Abstracts (文摘)

• Tertiary sources – Reviews, Handbooks

• 其他形式的文献▫ Textbooks, Edited books, book series

An edited book features articles or other material on the same subject but by different authors collected together in one book by an editor.

Page 8: 怎样查阅文献

1. 引言

1.1 为什么要讲这个题目

1.2 科技文献种类• Primary sources – Journals, patents, dissertations, reports, etc.

• Secondary sources – Abstracts (文摘)

• Tertiary sources – Reviews, Handbooks

• 其他形式的文献▫ Textbooks, Edited books, book series▫ Lecture notes, conference proceedings, PPT, wiki, videos, etc.

Page 9: 怎样查阅文献

1. 引言

1.1 为什么要讲这个题目1.2 科技文献种类

1.3 文献查找的常见目的• 解答某个问题

▫ “ 什么是 XXX ?”学习知识> e.g. nonergodicity, attractive glass, etc.> 出现在不同类型的文献( journal articles, books, wiki )> 不同语境表达的意义不同,解释的深浅不同,难以一次性理解> 处理好“暂时理解”和“深入理解”、“全面理解”的关系

▫ “ 有没有人做过 XXX ?”找依据、论据> e.g. 用过 XX 方法合成过、表征过 XX ;为什么说 XXX> 延伸疑问:有什么结论、是否成功、能否验证想法、……> 很可能没有出处,是在自己实验过程中冒出来的 idea

▫ 进行正式的文献调查( literature survey )• 日常的文献跟踪、科研动态跟踪

Page 10: 怎样查阅文献

2. 怎么查

• 三种情况:▫ 查特定的 paper (略)▫ 回答问题——主题搜索和 cross referencing▫ 日常文献跟踪

• 主题搜索▫ Google (Web): wiki, lecture notes, dissertations, …

范围包括部分下述 Google 子产品的结果▫ ~ Scholar: journal, patents, proceedings, preprints

> 可以查文章的被引,以及在被引列表中进一步查找> 可以找到全文的其他来源

▫ ~ Books> “ 哪些书会讲授 XX 概念?”

▫ ~ Images, ~ Videos: 示意图、动画、 ppt 、讲座视频▫ ISI Web of Knowledge: 查综述比较有用

Page 11: 怎样查阅文献

2. 怎么查

• 三种情况:▫ 查特定的 paper (略)▫ 主题搜索和 cross referencing▫ 日常文献跟踪

• 主题搜索▫ Google (Web): wiki, lecture notes, dissertations, …

范围包括部分下述 Google 子产品的结果▫ ~ Scholar: journal, patents, proceedings, preprints

> 可以查文章的被引,以及在被引列表中进一步查找> 可以找到全文的其他来源

▫ ~ Books> “ 哪些书会讲授 XX 概念?”

▫ ~ Images, ~ Videos: 示意图、动画、 ppt 、讲座视频▫ ISI Web of Knowledge: 查综述比较有用

Page 12: 怎样查阅文献

2. 怎么查

• 三种情况:▫ 查特定的 paper (略)▫ 主题搜索和 cross referencing▫ 日常文献跟踪

• 主题搜索: Google 和 ISI

• Cross referencing▫ 从文章引用中发现更核心、经典、重要的文献▫ 从重要文章的被引中找后续工作,抓住一个研究方向的主流

Page 13: 怎样查阅文献

2. 怎么查

• 三种情况:▫ 查特定的 paper (略)▫ 主题搜索和 cross referencing▫ 日常文献跟踪

• 主题搜索• Cross referencing

• 两法交替使用,穷尽所有能找到的资料• 先不要认真阅读具体的文献• 通过 PDF 阅读器、网页浏览器等的“查找”功

能定位你所搜的关键词出现在文献中的位置,迅速判断文献实际相关程度,作出筛选

• 发现更正确的术语,完善搜索的关键词,重搜• 查找本身就是一个学习的过程

Page 14: 怎样查阅文献

2. 怎么查

• 三种情况• 日常文献跟踪

▫ 为什么?> 发现新方向、新方法、新结论>保持英语阅读量,提高英语水平

▫ 面临的难题> 文献量巨大, 99%无参考和学习价值> 分散在各期刊网站上> 不定期看几篇,漏掉大量;>看到的也多半属于那 99% ,失去“跟踪”的意义>坐在电脑前一般都有正事要干

▫ 目标>设立关注的领域范围>集中订阅>闲散时间看>逐篇浏览,找出那 1%

Page 15: 怎样查阅文献

2. 怎么查

• 三种情况• 日常文献跟踪

▫ 为什么?▫ 面临的难题▫ 目标▫ 工具: RSS

RSS – Rich Site Summary

网易体育新闻

PRL新论文 个人博客新文章

搜索结果的新条目

RSS Reader

Page 16: 怎样查阅文献

2. 怎么查

• 用 RSS订阅新论文▫ 订阅源( feed ):各相关期刊

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Page 18: 怎样查阅文献

2. 怎么查

• 用 RSS订阅新论文▫ 订阅源( feed ):各相关期刊▫ 阅读器( reader )

Page 19: 怎样查阅文献

2. 怎么查

2.1 科技文献种类2.2 文献查找的常见目的2.3 去哪里查? Google, ISI

2.4 日常文献跟踪▫ 什么是 RSS ?

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添加 RSS 源地址

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1. 打开原始页2. 打开 PDF3. 速览文章内容4. 下载 /记录 /忽略

Page 22: 怎样查阅文献

3. 怎么管理

• 面临的问题▫ 文献量巨大▫ 文献种类不同,数量、特点也不同( journal articles, dissertations,

books, webpages, PPT, DOC, etc. )▫ 管理资料 → 管理知识

3.1 用 EndNote 管理学术文献▫ 可管理类型: journal articles, dissertations, books3.1.1 Journal articles▫ 文件名命名

Page 23: 怎样查阅文献
Page 24: 怎样查阅文献

3. 怎么管理

• 面临的问题▫ 文献量巨大▫ 文献种类不同,数量、特点也不同( journal articles, dissertations,

books, webpages, PPT, DOC, etc. )▫ 管理资料 → 管理知识

3.1 用 EndNote 管理学术文献▫ 可管理类型: journal articles, dissertations, books3.1.1 Journal articles▫ 文件名命名

能够确定其唯一性的最少信息——期刊名缩写 _卷 _首页▫ 一一对应( 1. 遇到某文献,快速确定自己是否已经有了; 2. 迅速定位)

Page 25: 怎样查阅文献

3. 怎么管理

• 面临的问题▫ 文献量巨大▫ 文献种类不同,数量、特点也不同( journal articles, dissertations,

books, webpages, PPT, DOC, etc. )▫ 管理资料 → 管理知识

3.1 用 EndNote 管理学术文献▫ 可管理类型: journal articles, dissertations, books3.1.1 Journal articles▫ 文件名命名

能够确定其唯一性的最少信息——期刊名缩写 _卷 _首页▫ 一一对应( 1. 遇到某文献,快速确定自己是否已经有了; 2. 迅速定位)▫ 分组(经常性地独立 topics )

Page 26: 怎样查阅文献

3. 怎么管理

• 面临的问题▫ 文献量巨大▫ 文献种类不同,数量、特点也不同( journal articles, dissertations,

books, webpages, PPT, DOC, etc. )▫ 管理资料 → 管理知识

3.1 用 EndNote 管理学术文献▫ 可管理类型: journal articles, dissertations, books3.1.1 Journal articles▫ 文件名命名

能够确定其唯一性的最少信息——期刊名缩写 _卷 _首页▫ 一一对应( 1. 遇到某文献,快速确定自己是否已经有了; 2. 迅速定位)▫ 分组(经常性地独立 topics )▫ 灵活查找(排序、主题词搜索)

Page 27: 怎样查阅文献

确认是否已经有这个文献了

Page 28: 怎样查阅文献

按研究历史阅读

Page 29: 怎样查阅文献

用 LAOS 研究微凝胶的文章有哪些?

Joshi 有一篇发表在 Chem. Eng. Sci. 的论文忘了具体编号

了想找出来

Page 30: 怎样查阅文献

3. 怎么管理

• 面临的问题▫ 文献量巨大▫ 文献种类不同,数量、特点也不同( journal articles, dissertations,

books, webpages, PPT, DOC, etc. )▫ 管理资料 → 管理知识

3.1 用 EndNote 管理学术文献▫ 可管理类型: journal articles, dissertations, books3.1.1 Journal articles▫ 文件名命名

能够确定其唯一性的最少信息——期刊名缩写 _卷 _首页▫ 一一对应( 1. 遇到某文献,快速确定自己是否已经有了; 2. 迅速定位)▫ 分组(经常性地独立 topics )▫ 灵活查找(排序、主题词搜索)、▫ 怎样拥有这样的数据库?——导入。

Page 31: 怎样查阅文献

全套操作:1. 下载 PDF 全文(重命名)2. 下载 supporting information (加入 pdf 全

文后面)3. 下载 citation 文件(导入 EndNote )

Page 32: 怎样查阅文献

3. 怎么管理

• 面临的问题▫ 文献量巨大▫ 文献种类不同,数量、特点也不同( journal articles, dissertations,

books, webpages, PPT, DOC, etc. )▫ 管理资料 → 管理知识

3.1 用 EndNote 管理学术文献▫ 可管理类型: journal articles, dissertations, books3.1.1 Journal articles3.3.2 Dissertations▫ 学位论文的特点:

Page 33: 怎样查阅文献
Page 34: 怎样查阅文献

3. 怎么管理

• 面临的问题▫ 文献量巨大▫ 文献种类不同,数量、特点也不同( journal articles, dissertations,

books, webpages, PPT, DOC, etc. )▫ 管理资料 → 管理知识

3.1 用 EndNote 管理学术文献▫ 可管理类型: journal articles, dissertations, books3.1.1 Journal articles3.3.2 Dissertations▫ 学位论文的特点

> 数量少,印象深,查用频率低>信息量比 journal article 大(综述 + 方法的建立+多项研究结果)> 一般在大学的网站找到,没有导入 endnote 功能

▫ 所有 dissertation 作为一个库▫ 手动输入信息(花专门时间做)

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3. 怎么管理

• 面临的问题▫ 文献量巨大▫ 文献种类不同,数量、特点也不同( journal articles, dissertations,

books, webpages, PPT, DOC, etc. )▫ 管理资料 → 管理知识

3.1 用 EndNote 管理学术文献▫ 可管理类型: journal articles, dissertations, books3.1.1 Journal articles3.3.2 Dissertations3.3.3 Books▫ 数量更少,印象更深,查用频率更低,可以凭记忆,大致命名,分学科放置即可

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Page 38: 怎样查阅文献

3. 怎么管理

• 面临的问题▫ 文献量巨大▫ 文献种类不同,数量、特点也不同( journal articles, dissertations,

books, webpages, PPT, DOC, etc. )▫ 管理资料 → 管理知识

3.1 用 EndNote 管理学术文献▫ 可管理类型: journal articles, dissertations, books3.1.1 Journal articles3.3.2 Dissertations3.3.3 Books3.3.4 其他类型的资料网页、 PPT 、 DOC 、 PDF 、图片、只言片语,……—— 使用 OneNote与知识管理相结合

Page 39: 怎样查阅文献

3. 怎么管理

• 面临的问题3.1 用 EndNote 管理学术文献

3.2 用 OneNote 管理知识

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Page 41: 怎样查阅文献

• 所有内容任意放置• 文字

网址、节选段落• 笔迹• 图片

示意图、截图,保持原始分辨率• 文件直接嵌在笔记本中,双击编辑,保存改动,支持任何格式

• 其他对象公式、 OriginPro ,双击编辑

跨平台云同步

Page 42: 怎样查阅文献

3. 怎么管理

• 面临的问题3.1 用 EndNote 管理学术文献

3.2 用 OneNote 管理知识▫ 回顾——查找文献的目的:

什么是 XXX ?学习知识谁做过 XXX ?找依据、证据

▫ 方法: EndNote → Acrobat → OneNote

确定需阅读的文献范围

(排序、查找、挑选)

逐篇阅读 记录整理

Page 43: 怎样查阅文献

例 1 :什么是 attractive glass ?

所谓attractive glass是在MCT的框架内的概念。按照MCT预测,phi>0.40,从排斥到吸引的相互作用相图都能预测出来,发现有两种glass。MCT怎么预测的?Phys. Rev. E 59:R1347, 63:011401

Tau: dimensionless temperature.MD模拟结果:Phys. Rev. E 65:050802, 66:041402(详尽结果)

实验体系Science 296:104, PRL 89:125701

MCT计算预测结果:

随着吸引势增加,平台出现,消失,再出现。新出现的平台尺度比旧平台小,时间比旧平台短,说明引力造成的localization效应强(活动空间距离小),但束缚力弱,逃脱时间短。实验结果:

f(q,t)的平台先出现(A)再消失(B,C)再出现(D,E),与MCT预测结果相符。更仔细的实验结果(考虑了aging)见Phys. Rev. E 69:011503PRL 89:125701

Singularity的问题:在此点附近有logarithmic characteristic of the correlation function。MCT预测此点是唯一的:(phi*, T*, ξ*),实验和模拟只能模到此点的附件,找到logarithmic行为PRL 84:5431, 88:098301, Science 296:104, Phys. Rev. E 66:041402

MCT能够预测短程吸引作用粒子的kinetic arrest

不同的volume fraction, attraction和attraction rangeSuggests that the underlying 'ideal glass transition', found within MCT, could provide a universal mechanism for homogeneous gelation?? in which the arrested state is viewed as an attraction-driven glass. (J. Phys. Condens. Matter 16:S4861的语言。Phys. Rev. E 59:5706, 63:011401, 59:R1347, 69:011401J. Phys. Condens. Matter 15:S869MCT对于Heterogeneous gel(特别是低浓度)的适用性?说phase separation的dense phase是attractive glass:J. Phys. Condens. Matter 16:S4861J. Chem. Phys. 122:224903 (数值模拟)

又有人说低密度直接成为percolation,没有phase separation(也没去supress)EPL 72:1032

A. Puertas, M. Fuchs, M. Cates等人的模拟工作Liquid-gas phase separation at long wavelengths可以通过叠加长程排斥来suppressIf no barrier were used, because the simulation is small compared to a real system, substantial phase separation on the length scale of the simulation box would occur quite rapidly. Ref. Phys. Rev. E 67:031406, J. Phys., Condens. Matter 16:S4861

但是加了Long range repul si on也会带来问题。Under certai n cercumstances, l ong- range repul si ve barri ers are known to cause mi crophase separati on. Ref . Phys. Rev. E 59:R6255, J . Chem. Phys. 110:4582, PCCP 4: 949. I n that case, the regi ons of hi gh and l ow parti cl e densi ty arrange i n a peri odi cal l y ordered pattern, causi ng one or more Bragg peaks at l ow q i n equi l i bri um.

J. Phys. Chem. B 109:6666PRL 88:098301Phys. Rev. E 67:031406J. Chem. Phys. 121:2813

较浓体系的gelation,跟MCT的结果比较模拟的结果显示明显的动态不均匀性,于是跟MCT的预测不符(MCT预测不出动态不均匀性?)

在低浓体系也能看到明显的动态不均匀性:J. Stat. Mech. 2008, L04002

对于凝胶体系的动态不均匀性,可以定义一个几何量:time-dependent mean cluster size, S(t), defined by bonds that are present at both time 0 and time t. PRL 93:215701,发现低浓度下它跟dynamic susceptibility

基本重合,说明凝胶的dynamic susceptibility主要来自结构分布不均(cf glass)。当浓度增大,dynamic susceptibility出现一个峰,是S(t)没有的。但若另定义一个新量:the mean cluster size of mobil particles, Sm(t), where the cl usters are made as before by parti cl es connected by persi stent bonds, but restri cted to parti cl es that i n the t i me i nterval [0, t] have moved at l east a di stance r0 那么Sm(t)和dynami c suscepti bi l i ty的峰就重合了。Nat. Mater. 1: 145, PRL 92: 148302

MCT也可以预测出动态不均匀性呀:Europhys. Lett. 67:21

MCT也可以预测出Kineti c arrest?Phys. Rev. E 59:5706, 63:011401, 59:R1347, 69:011401J. Phys. Condens. Matter 15:S869

主要证据直接截图,附论文出处,简短评述

发现不同观点, copy原话,附出处

未完全理解,有待进一步阅读,打问号,附出处

Page 44: 怎样查阅文献

Phys. Rev. E 58:3515 MD模拟

理论计算:

J. Chem. Phys. 116 6228 time -- shear rate superposition Lennard-Jones模型——松弛时间与剪切速率有关

例 2 :谁做过 SRFS ?

主要证据直接截图,附论文出处,简短评述

Giesekus模型

尝试屈服应力流体模型:J. Non-Newt. Fluid Mech. 86:133, 102:157, 145:1, J. Rheol. 29:147, 53:245Rheol. Acta 26:428

ht tp: / / arxi v. org/pdf/ 1302.4271. pdf

J. Non-Newt. Fluid Mech. 164:66Soft Matter 7:2471

Eur. Phys. J . E 23:337做了一个模型并亲测了SRFS。

疑问产生的缘由?自己的实验结果。

Page 45: 怎样查阅文献

例 3 :撰写论文的过程

Page 46: 怎样查阅文献

例 3 :撰写论文的过程

学习的知识:1. 明胶科学

Page 47: 怎样查阅文献

例 3 :撰写论文的过程

学习的知识:1. 明胶科学2. 超弹性网络模型

橡胶弹性本构方程的review:Rubber Chem. Technol. 79:835, 73:504

Gelatin的strain hardening的连续介质模型:BST:Blatz, Sharda and Tschoegl Trans. Soc. Rheol. 18:145用在gelatin:Polymer 26

:1483

Polym. Gels. Netw. 4:189

介观模型(珠簧网络)J . Chem. Phys. 100:1649, 100:1657Macromolecules 28:6284用在明胶:J

. Chem

. Phys

. 104:9209

(要用到df参数,解析解太复杂,用MC模拟)

The transition zone for gelatin gels as measured by high-frequency rheology

From <http://www.euronet.nl/users/bota/isj-tex.htm> http://uas.gd.calis.edu.cn:8090/amconsole/AuthServices?verb=login&goto=http://ill.gd.calis.edu.cn/gateway/Default.aspx

Strain-energy based models:Drozdov模型用在gelatin:Polymer46

:4928

, 46

:4938

Gent: Rubber Chem. Technol. 69:59, 72:263Creton: Soft Matter 5:1440, 8:774C. Horgan发了很多相关文章。Gent的分子结构基础:The Gent model is a simple and accurate approximation of the Arruda-Boyce model, which is based on the statistical mechanics of a material with a cubic representative volume element containing eight chains along the diagonal directions. J

. Elasticity68

:167, 70:65

更详细:Proc. R. Soc. A 457:1999Math. Mechanical. Solids7:353

MacKintosh半柔网络模型:Nonlinear elasticity of biopolymer gels (theory)MacK intosh:Nature 435:191,PRL 75:4425推导参考:J . Cell Biol. 120:923MacK intosh的chapter 8相关:PRL 91:108102, 91:108103单丝模型用于别的实验体系:Science 276:1112 Nature 393:181Biophys. J . 75:3008J . Mol. Biol. 286:553Nat. Mater. 1:232

J . Mol. Biol. 286:553Nat. Mater. 1:232有一个简化公式:M 28:8759

Model of limiting chain extensibilityReview: Rubber Chem. Technol. 73:504Constitutive model based on MacK intosh:ActaBiomaterialia4

:597

Nonlinear viscoelastic model:

Nonaffine deformation and reorganization of the network explains the non-linear elasticity -- PRL 95

:178102

evidence

: NewJ

. Phys

. 9

:428

Macromolecules 44:140

Giesekus model原始文献H. Giesekus, Rheol. Acta 21:366J . Non-Newt. Fluid Mech. 11:69, 12:367Bird的书 eq. (7.3-3), p.353.Improvement: J . Non-Newt. Fluid Mech. 57:119

按Giesekus model计算振荡剪切行为:J . Rheol. 52:1427Rheol. Acta 49:213J . Non-Newt. Fluid Mech. 165:1564

Page 48: 怎样查阅文献

例 3 :撰写论文的过程

学习的知识:1. 明胶科学2. 超弹性网络模型3. Smoluchowsk

i聚集模型

Initial growth obeys the scaling of the dimensionless aggregation time tp<Rh> ~ tp in RLCA: Chem. Eng. Sci. 59:1783M. Morbidelli's works:The Smoluchowski can be rewritten so that the aggregation kinetics dependence on stability ratio Wand

initial particle volume fraction ϕ0, as long as df and λ are fixed, leading to a master agregation curvefor fixed values of df and λ.<R> ~ tp, and G' ~ tp: J . Phys. Chem. B 108:20105More parameters:J . Phys. Chem. B 116:7066Chem. Eng. Res. Des. 83:926Chem. Eng. Processing 45:936Langmuir 21:2062…too many similar articles.The basic principle is summarized in

Di mensi onless Agg. . .

Ref: Adv. Colloid Interf. Sci. 108-109:133, 103:33J . Colloid Interf. Sci. 268:106AIChE J . 49:1542

Experiment: scaling of structure factor PRL 68:3327, successfully modeled by Smoluchowski equation (Phys. Rev. E 20:4068, PRL 74:282).

Problem of Morbidelli's work:1. Only tested in the pre-gel regime?2. How about the relaxation time?

Master aggregation curve:Before gelation (<Rh>):Langmuir 23:10323, 25:12073Macromolecules 42:9103J . Phys. Chem. B 114

:8838

, 116

:7066

, 113

:14962

PCCP 14:4906Soft Matter 6:5425Scaling of different conditions:Particle volume fraction: Chem. Eng. Sci. 59:1783, J . Phys. Chem. B 113:14962coagulant concentration: J . Phys. Chem. B 108:20105, 114:8838, Langmuir 25:12073, 21:2062, PCCP 14:4906, Soft Matter 6:5425pH: J . Phys. Chem. B 116:7066Temperature: J . Phys. Chem. B 116:7066, Langmuir 23:10323Type of salt: J . Phys. Chem. B 116:7066

After gelation (G'):Chem. Eng. Res. Des. 83:926Langmuir 21:2062J . Phys. Chem. B 108:20105Soft Matter 6:5425Scaling of different conditions:

Scaling of different conditions:Coagulant concentrations: J . Phys. Chem. B 108:20105, Langmuir 21:2062, Soft Matter 6:5425

Since interconnection kinetics leading to formation of particulate gels is far from understood, it is not obvious a priori that there should be kinetic master curves from gelation in dimensionless time tau similar to those deduced and observed experimentally for aggregation kinetics. However, it turns out that certain gelation kinetic master curves can be observed in slowly aggregating concentrated colloidal dispersions.

Two-step model: aggregate -- interconnectionPhys

. Rev

. B 51

:11348

Adv. Colloid Interf. Sci. 108-109:133

DLS research of hydrogels: J . Phys. Chem. B 104:11019DLS of nonergodic systemsPusey and Megen: Physica A 157:705, Phys. Rev. A 43:5429Model for DLS interpretation:Krall et al.: PRL 80:778 Solomon and Varadan: Phys. Rev. E 63:051402

Numerical calculation of the population balance equation (PBE):The Kumar-Ramkrishna (KR) method:Chem. Eng. Sci. 51:1311, 59:1783, J . Phys. Chem. B 116:120

凝胶也有两步decay:PVA+交联剂体系:Macromolecules 23:3284Slow mode是cluster的mobility,fast mode是collective motion of transient network。从slow mode得到cluster的R_h.

c<c*, \ tau_s ~ q̂ 2 (diffusive)c>c*, \ tau_s ~ q̂ 0 (relaxation)\ tau_s ~ \ tau_M (G'=G")Macromolecules 28:2339, 29:1445

colloid体系:PRL 80:778, 84:2275Faraday Discuss. 123:237

Viscoelastic properties of physically crosslinked networksJ . Non-Newt. Fluid Mech. 43:247, 43:273, 43:289

Whereas at high temperatures the relaxation in the system is dominated by particle collision and diffusion, at the temperatures where the aggregation starts to produce persistent structures the main mechanism for the relaxation is the bond breaking. J . Non-Newt. Fluid Mech. 149:28, Europhys. Lett. 72:1032

更详细的总结打在一个 word 文件,嵌在笔记中,可双击详细查看。

Page 49: 怎样查阅文献

例 3 :撰写论文的过程

学习的知识:1. 明胶科学2. 超弹性网络模型3. Smoluchowsk

i聚集模型4. 反离子凝聚理论

关于势能计算:

写在草稿纸上的笔记可以直接拍照贴在 OneNote

Page 50: 怎样查阅文献

例 4 :酝酿中的研究课题

网址、嵌入文件、截图的灵活使用

Page 51: 怎样查阅文献

例 4 :酝酿中的研究课题浓悬浮液的tubulent

培养浓的细菌液:PRL 107:028102

E. coli MG1655。这个procedure还挺详细!

最后重分散后的悬浮液细胞密义是3e10 cel l/mL,粘度为9.8e-4 Pa s。

PRL110:228102Bacillus subtilis wild-type strain 168在Terrific Broth (Sigma T5574)中培养Concentrated 400x at 400g (final volume fraction ~30%-40%)

加入荧光的tracer particle: F-8816 invitrogen)

Commercial particle image velocimetry (PIV) software (Dantec Flow Manager)

At very high volume fractions (phi > 40%), steric repulsion and other short-range interactions can be expected to govern physical reorientation and alignment, whereas intrinsic Brownian motion effects become less important in this collision-dominated high-density regime.

通过氧的溶解量来控制细菌的游动速度PRL 109:248109Stra in 1085 of Bacillus subtilisoxigentaxis

装置:PRL 98:158102, 103:148101, PNAS 107:969

受限空间内的流场:http://arxiv.org/pdf/1304.2875v1.pdf

Confi nement Stabi l i zes a Bacteri al Suspensi on i nto a Spi ral Vortex

源文档 <http://arxiv.org/abs/1304.2875>

实验结果与模拟相比较:PNAS 109:14308

B. subtilis

http://www.youtube.com/watch?v=v7h3rf1lrdg

细菌推微球化学控:

细菌吸附在PS球上:Biomed. Microdevices 14:1009

要用力气比较大的细菌S. Marcescens (ATCC 274)Chemotaxi要用一个Microfluidic的chemical gradient generator

APL 90:023902

细菌吸附在球上,球吸在表面上,控释Small 7:588

APL 102:1743701

通过相差环实现单摄像机拍摄三维轨迹。

光控:PNAS 102:11963APL 90:263901

磁控:Biomicrofluidics 6:24107

Science 190:377

细菌本身的运动(稀)Phys . Rev. E 83:035301重要的paper

Chlamydomonas reinhardtii一种藻

高速摄像机是Phantom的Miro(400Hz)

Glass chamber用牛血清蛋白coat防细胞粘附

用红光fi lter随phototaxis

用IDL的那个软件来track可以同时track很多

用short chain dextran调水的粘度,链不能太长引起non-newtonian也不

能太短使得细胞渗透压太大,浓度范围使得粘度在1.5-3.7 mPa s

同种藻的Locomotion发

Scinece 325:487PRL 104:098102, PRL 103:198103

Bacteriophage-functionalized surfaces

http://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/la500059u

2014/8/23 17:44 -屏幕剪辑

http://arxiv.org/pdf/1403.2100v1.pdfFlagellar Synchronization

2014/8/23 17:41 -屏幕剪辑

Active matter can induce forces on objectsPhys. Rev. E 90:013019http://arxiv.org/pdf/1403.1533v1.pdfCasimir effect in swimmer suspensionshttp://arxiv.org/pdf/1404.4857v2.pdf

平时跟踪新文献时及时记录,发现有归类的内容及时归类。分主题、有图、有文字要点、有出处。

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3. 怎么管理

• 面临的问题3.1 用 EndNote 管理学术文献

3.2 用 OneNote 管理知识▫ 回顾——查找文献的目的:

什么是 XXX ?学习知识谁做过 XXX ?找依据、证据

▫ 方法: EndNote → Acrobat → OneNote▫ 知识管理得越好,可回顾的时间间隔就越长,思考问题就越深入。

谢谢!