xBlasty pour tous

Recherche BLAST 1,2,3,4,5

1. Choisir sa séquence

2. Choisir le programme BLAST

3. Choisir la banque

4. Choisir les paramètres optionnels

5.

… et attendre un peu

GO

Banque non redondante

séquence

Domai

nes

cons

ervé

s

Séquence AC, FASTA ou text

Choisir un programme BLAST

Programme Entrée Banque

1blastn DNA DNA

1blastp protéine protéines

6blastx DNA protéines

6tblastn protéine DNA

36tblastx DNA DNA

5’ CAT CAA 5’ ATC AAC 5’ TCA ACT

5’ GTG GGT 5’ TGG GTA 5’ GGG TAG

… un ADN peut, potentiellement, coder 6 protéines

5’ CATCAACTACAACTCCAAAGACACCCTTACACATCAACAAACCTACCCAC 3’3’ GTAGTTGATGTTGAGGTTTCTGTGGGAATGTGTAGTTGTTTGGATGGGTG 5’

Choix de la banque

nr = non-redundant (most general database)

dbest = database of expressed sequence tags

dbsts = database of sequence tag sites

gss = genomic survey sequences

htgs = high throughput genomic sequence

OPTIONS

Chercher des domaines conservés

OPTIONS

Entrez!

Filter

Scoring matrix

Word sizeExpect

organisme

OPTIONS

RBP4 vs RBP4 avec option FILTRE

Filtre

ON

FiltreOFF

taxonomy

database

query

program

taxonomy

Cut-off:.05?10-10?

Alignment view

Alignment view

MEUH !