5/26/2018 Workshop BioinformaticayBiodiversidad
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Workshop: Herramientas bioinformticas para el estudio de la
Biodiversidad
Sumilla
La bioinformtica permite la utilizacin de anlisis
computacionales y bases de datos para el
estudio de genomas de diversos organismos. La unin entre las
aplicaciones de la biologa
molecular y computacional permite el anlisis de secuencias de
ADN para la identificacin
molecular, y estimar la diversidad gentica, las relaciones
evolutivas y el estado de
conservacin de poblaciones naturales. El anlisis de secuencias
de ADN puede ser realizado
en distintos organismos como virus, bacterias, parsitos, hongos,
plantas, insectos, moluscos,
peces y humanos; y aplicado a distintas disciplinas como gentica
de poblaciones, sistemtica,
ecologa, salud, conservacin y manejo de recursos. El taller
tiene como objetivo mostrar de
manera prctica diversos programas utilizados para la obtencin,
manejo, y anlisis de
secuencias de ADN. Los participantes deben tener conocimientos
bsicos de biologa
molecular, sistemtica e informtica, y disponer de una
computadora personal.
Programacin: 3 das (18 horas)
Da 1
1. Introduccin / Obtencin de datos de secuencias
nucleotdicasBioinformtica: Concepto, desarrollo.
Marcadores moleculares, utilizacin en identificacin molecular,
sistemtica y gentica
de poblaciones. Utilizacin de bases de datos y motores de
bsqueda. Genbank,
Pubmed.
2. AlineamientosAlineamientos locales (BLAST), alineamiento
mltiple de Secuencias
Programas: ClustalX/ClustalW, Muscle, MAFFT.
Da 2
1. Filogenias: Sistemtica molecular, relaciones evolutivas,
modelos de sustitucinnucleotdica, hiptesis filogenticas y evaluacin
de soporte de clados (bootstrap /
Markov Chains). Programas: MEGA, jModeltest, PhyML, MrBayes.
2. Patrones demogrficos: Gentica de poblaciones. Estimacin de la
diversidadgentica. Demografa histrica de las poblaciones (expansin
sbita, cuellos de botella,
coalescencia). Flujo gentico yDiferenciacin poblacional (Fst).
Redes de Haplotipos .
Programas: DNAsp, Arlequin, Network.
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Da 3
1. Anlisis de tiempos de divergencia y ancestros comunes
Ejemplos en virus y mamferos. Estimacin de tasas de mutacin y de
ancestros
comunes ms recientes (MRCA). Interpretacin de resultados.
Programas: Preparacin de datos (Beauti), corrida de datos
(BEAST). Anlisis de
resultados (Tracer) y filogenias (FigTree).
2. DNA Barcoding:
Cdigos de barras de ADN, identificacin molecular. Pros y
contras. La
importancia de formar taxnomos. Iniciativas CBOL. IBOL.
Lugar de realizacin:Auditorio del Museo de Historia Natural. Av.
Arenales 1256 Jess Mara.
Fechas:22-24 Agosto, 2012; Horario: 9-5 pm.
Costo:
Estudiantes de pregrado: S/. 120 Estudiantes de posgrado y
Profesionales: S/. 180 Nmero de cuenta BCP: 191-19882237-0-66
Informacin de contacto
Mg. Pedro Romero:[email protected]
Museo de Historia NaturalUNMSM.
CV
Poseo el grado de Magster en Biologa Molecular por la
Universidad Nacional Mayor de San
Marcos, soy Bilogo con mencin en Biologa Celular y Gentica por
la misma universidad.
Tengo experiencia en proyectos que involucran el estudio de la
diversidad gentica, y la
aplicacin de la sistemtica molecular y filogenias para estudiar
el origen y evolucin de la
biodiversidad en especies neotropicales. Experiencia en campo
(costa central/Amazonia
Occidental), laboratorio (tcnicas de biologa molecular:
Extraccin de DNA, PCR,
electroforesis, manejo de datos de secuencias, barcoding) y
museo (curadura y preservacin
de material biolgico, anlisis morfomtrico). He realizado
estancias de investigacin en
Holanda, Brasil, y Francia, as como presentaciones en congresos
y cursos nacionales e
internacionales (Mxico, Chile, Brasil) y cursos sobre la
aplicacin de la bioinformtica en
estudios de biodiversidad (profesor invitado en UNMSM, UNI,
UNPRG).
mailto:[email protected]:[email protected]:[email protected]:[email protected]
