TUGAS PELACAKAN REFERENSI

7/22/2019 TUGAS PELACAKAN REFERENSI

1/5


2/5

Metode pertama yaitu Enzymatic Lysis Pelleted menggunakan

bantuan enzim lysozyme + proteinase K. Metode kedua yaitu

Mechanical Disruption(Bead beating) dimana sel-sel dihancurkan

dalam bead beater. Metode ketiga yaitu TRIzol Extraction Isolation

secara invitrogen dengan beberapa modifikasi. Metode keempat yaitu

Hot Sodium Dodecyl Sulfate atau yang biasa disebut phenol extraction

dimana dikondisikan suhu 65C.

Konsentrasi DNA terekstraksi dan kualitasnya ditunjukkan

dengan NanoDrop spektrofotometer dan didapatkan menunjukkan Bead

beating(metode 2) sebesar 185,1 ng/ul dan Trizol(metode 3) sebesar

199,5 ng/ul memiliki hasil paling tinggi yaitu sebesar Sedangkan hasil

paling rendah bahkan beberapa RNAnya hancur yaitu pada metode

enzymatic lysis(metode 1) dan phenol extraction(metode 4) dimana

metode ini paling banyak menghabiskan waktu untuk prosedur

isolasinya. Metode yang paling baik yaitu Bead beating dan Phenol

extraction

3. A Simple Method to Extract DNA from Hair Shafts UsingEnzymatic Laundry Powder

Sampel menggunakan rambut dari sapi(Bos Taurus) dari sebuah

peternakan di china. Metode ekstraksi kali ini dilakukan secara steril

seperti dengan penggunaan sinar ultraviolet dan penggunaan ddH2O

untuk mencuci sampel. Ekstraksi menggunakan reagen yang

mengandung Enzymatic Laundry Powder , Tris-HCl, KCl, dan bahan-

bahan lainnya.

Hasil didapatkan DNA yang terekstraksi dari 24 sapi ternak

menggunakan metode ini sebanyak 8,870,50 ng/ml konten DNA.

Sedangkan nilai-nilai kontrol negative masih dibawah ambang batas

yaitu tidak ada kontaminasi yang terjadi. Metode ini sangat sederhana

dan cepat(1 jam) dengan biaya yang rendah(per 100 sampel sebesar

4720.00 yen)


3/5

4. Lysis efficiency of standard DNA extraction methods forHalococcus spp. In an organic rich environment

Dalam jurnal ini menggunakan beberapa metode dalam ekstraksi

DNA dari Halococcus sppyaitu metode A (merebus sampel sampai 10

menit), metode B (siklus pembekuan dan pencairan), metode C

(disuspensi menggunakan Triton X-100), metode D (menggunakan

buffer potassium ethyl xanthogenate(XS)), metode E ( penambahan cetyl

trimethyl ammonium bromide/CTAB), dan metode F (kombinasi

enzimatik, kimia, dan metode penghancuran fisik).

Bedasarkan hasil yang didapatkan, metode yang paling kurang

efisien yaitu freeze and thawing method(metode B) dengan jumlah DNA

paling kecil. Jumlah yang sedikit ini juga terjadi pada boiling

method(metode A). Kedua metode ini gagal dalam menghasilkan DNA

band yang terlihat sehingga datanya tidak ditunjukkan. Perlakuan dengan

triton X-100(Metode C) menunjukkan sedikit peningkatan jumlah DNA.

Jumlah DNA yang didapatkan dari metode F agak rusak.

Hasil yang didapatkan pada metode D(XS-buffer) menghasilkan

jumlah DNA yang tinggi sebesar 400/36% serta memerlukan waktu yang

singkat. Hasil ini juga sama pada metode E(CTAB) sebesar 378/16,9%.

Jika dibandingkan antara metode CTAB dan XS-buffer, metode XS-

buffer memiliki keuntungan yaitu hanya menggunakan satu buffer dan

satu kali penginkubasian sedangkan CTAB memerlukan dua dan banyak

reagen.

5. High yield DNA extraction from the snake cast-off skin or birdfeathers using collagenase

Jurnal ini mencoba mengekstraksi DNA dari kulit ular(ordo :

serpents) dan bulu burung(kelas : Aves). Dengan metode yang lebih

efisien hanya dari kulit ular menggunakan proteinase K dan collagenase.

Metode ini juga dapat diaplikasikan menggunakan bulu burung.


4/5

Ekstraksi DNA menggunakan proteinase K sebanyak 30 unit dan

collagenase sebanyak 600 unitmemiliki berat molekul yang tinggi. Hasil

dari ekstraksi ini menunjukkan kemampuannya memperoleh DNA

specimen dengan mudah. Metode konvensional yang hanya

menggunakan proteinase K saja menghasilkan 1g DNA dari 0,3 g kulit

ular. Sedangkan ekstraksi dengan proteinase K dan collagenase

memberikan 1mg DNA dari 0,3 kulit ular. Hasil ini juga sama pada

ekstraksi DNA dari bulu burung.

Daftar Pustaka

Eguchi, Y. dan Eguchi, T. 2000. High yield DNA extraction from the snake cast-

off skin or bird feathers using collagenase.Biotechnology Letters. 22:1097-1100.

Girish, P.S., Haunshi, S., Vaihiyanathan, S., Rajitha, R., dan Ramakrishna, C.

2010. A rapid method for authentication of Buffalo(Bubalus bubalis) meat by

Alkaline Lysis method of DNA extraction and species specific polymerase chainreaction.Food Scientis & Technology. 50(1):141-146.

Guan, Z., Zhou, Y., Liu, J., Jiang, X., Li, S., Yang, S., dan Chen, A. 2013. A

Simple Method to Extract DNA from Hair Shafts Using Enzymatic Laundry

Powder.PLoS ONE. 8(7):1-7.

Kang, S., Denman, S.E., Morrison, M., Yu, Z., dan Mcsweeney, C.S. 2008. An

Eficient RNA Extraction Method for estimating Gut Microbial Diversity byPolymerase Chain Reaction. Curr Microbiol. 58:464-471.

Leuko, S., Goh, F., Peral, I., Burns, B.P., Walter, M.R. dan Neilan, B.A. 2007.

Lysis efficiency of standard DNA extraction methods for Halococcus spp. In an

organic rich environment.Extremophiles. 12:301-308.


5/5

Documents

TUGAS PELACAKAN REFERENSI