Teme diplomskih nalog za študente 1. diplomske stopnje

področje Biokemija

• Predstavljena so tiste teme oziroma podpodročja, za katere so profesorji poslali podatke.

• Diplomo lahko opravljate pod mentorstvom kateregakoli habilitiranega učitelja, ki sodeluje pri izvedbi programa Biokemija (za študente Kemije: programa Kemija) na 1. ali 2. stopnji študija.

• Vsak mentor ima lahko največ tri diplomante 1. stopnje na leto.• Ob vpisu se odločite za področje. Sočasno bomo za študente

Biokemije izvedli anketo, ki nam bo olajšala usklajevanje in razpored po mentorjih.

• Kdor bi diplomo opravljal na drugih katedrah FKKT, kot področje navede katedro, za katero se je odločil. Ne glede na izbor področja/katedre boste po zaključku študija imeli diplomo študija, na katerega ste vpisani.

Katedra za biokemijo

Proteinska biokemija/Encimatika/BioinformatikaMol. biologija / DNA-tehnologija / Strukturna biologijaCelična biologija/Molekularna evolucija

Struktura in funkcija modularnih proteinov zunajceličnega matriksa, Regulacija encimske aktivnosti

prof. dr. Brigita Lenarčič, Katedra za biokemijo FKKTbrigita.lenarcic@fkkt.uni-lj.si

metode standardne proteinske biokemije, strukturne biologije, celične biologije, encimska kinetika, proteinske interakcije, molekularna evolucija v povezavi s funkcijo proteinov

Mol. biologija / DNA-tehnologija / Mol. biotehnologija

Molekulsko kloniranje, Priprava rekombinantnih proteinov, Optimizacija vektorjev, Biogoriva, Biološka varnost

doc. dr. Marko Dolinar, Katedra za biokemijo FKKTmarko.dolinar@fkkt.uni-lj.si

sintezna biologija, mikrobiološke tehnike, alternativni ekspresijskisistemi, določanje moči promotorjev

Strukturna biologija/ Nanobiotehnologija/ Imunologija/ Bioinformatika

Molekulsko kloniranje, Priprava in kristalizacija rekombinantnih proteinov, Kristalne strukture proteinov in kompleksov, Bionanosenzorji, Optična pinceta

doc. dr. Gregor Gunčar, Katedra za biokemijo FKKTgregor.gunčar@fkkt.uni-lj.si

proteinska kristalografija, biokemijske in molekularno-biološke tehnike, sintezna biologija, bioinformatska analiza, ...

Ostali možni mentorici:

Metka Renko (v pokoju)

Kristina Djinović Carugo (na Dunaju)

Predavatelji zunaj FKKT

Mikrobiologija

Mikologija

prof. dr. Nina Gunde - Cimerman, BF UL, Oddelek za biologijo, večna pot 111, Ljubljana

nina.gunde-cimerman@bf.uni-lj.si

izolacija gliv na selekcijskih gojiščih, fermentacija v stresani kulturi,

izolacija DNA, PCR, določanje nukleotidnega zaporedja

Mikrobiologija

Biotransformacije organskih spojin, Biokemija steroidov, Interakcija med glivami in steroidi

prof. dr. Marija Žakelj-Mavrič, Institut za biokemijo MF, Vrazov trg 2

gojenje mikroorganizmov, mikrobna biotransformacija steroidov, analiza steroidnih produktov (TLC,GC-MS), testiranje steroidne inhibicije rasti gliv, uporaba gensko spremenjenih sevov S. cerevisiae za ugotavljanje vloge detoksifikacijskih proteinov/encimov

Fiziologija / Celična biologija

Celična fiziologija, Nevroendokrinologija, Patofiziologija,

Znanosti o celici, Napredni celični izdelki

prof. dr. Robert Zorec, MF UL http://lnmcp.mf.uni-lj.si/Neuroendo/index.html

neuroendo@mf.uni-lj.si, robert.zorec@mf.uni-lj.si

priprava in vzdrževanje evkariontskih celičnih kultur, mikroskopija in kvantitativna analiza slike, napredna mikroskopija visoke ločljivosti,elektrofiziološke meritve prevodnosti ionskih kanalov in kapacitivnost membrane, imunocitokemija, molekulska biologija in biokemija

Celična biologija

Vzpostavljanje celičnih stikov med regeneracijo epitelija, Pomen lipidov pri oblikovanju medceličnih nanocevk, Visoko holesterolna membranska področja kot tarče antitumorskih toksinov

izr. prof. dr. Peter Veranič, Inštitut za biologijo celice, MF UL, Lipičeva 2,

peter.veranic@mf.uni-lj.si

mikroskopija (imunofluorescenca, elektronska mikroskopija, analiza živih celic), celične kulture

Molekularna biologija / DNA-tehnologija / Bioinformatika

Funkcijska genomika, Uravnavanje izražanja genov

prof. dr. Damjana Rozman, Center za funkcijsko genomiko in bio-čipe,

Inštitut za biokemijo MF UL damjana.rozman@mf.uni-lj.si

kvantitativni PCR, DNA-mikromreže , bakterijsko kloniranje, transfekcije sesalskih celic, analiza western

Proteinska biokemija

Fiziološko in patološko delovanje sekretornih fosfolipaz A2

Karakterizacija medicinsko zanimivih spojin v živalskih strupih

prof. dr. Igor Križaj, IJS igor.krizaj@ijs.si

metode standardne proteinske biokemije, celične biologije,molekularne biologije/proteinskega inženirstva, določanje primarne strukture proteinov (Edman in masna spektroskopija), fluorescenčna in konfokalna mikroskopija

Proteinska biokemija / Encimatika /

Nanobiotehnologija

Programirana celična smrt, Razvoj dostavnih sistemov za zdravila,

Regulacija delovanja proteaz, Vloga proteaz pri raku

prof. dr. Boris Turk, IJS, Jamova 39 boris.turk@ijs.si (0)1 477 3772

celična biologija, pretočna citometrija, testi aktivnosti (in vitro in celični), proteomika, molekularna biologija in biokemija

Molekularna biotehnologija

Razvoj sevov industrijskih mikroorganizmov nove generacije

doc. dr. Uroš Petrovič, Odsek za molekularne in biomedicinske znanosti, Institut “Jožef Stefan” uros.petrovic@ijs.si

metode klasične genetike , DNA mikromreže, sekvenciranje nove generacije, robotika

Molekularna biotehnologija / Imunologija

Naravna imunostSintezna biologija, Nanobiotehnologija

prof. dr. Roman Jerala, Kemijski inštitut roman.jerala@ki.si

metode rekombinantne DNA, delo s sesalskimi celicami, fluorescenčna mikroskopija, pretočna citometrija; priprava in analiza proteinov, mikroskopija na atomsko silo

Molekularna evolucija / Genomska biologija

Evolucijska in primerjalna genomika, Genomska biologija, Patogenomika

doc. dr. Dušan Kordiš; Institut "Jožef Stefan", Odsek za molekularne in biomedicinske znanosti B2; Jamova 39, 1000 Ljubljana (soba B404) dusan.kordis@ijs.si

genomske in molekularnoevolucijske analize genov in proteinskih naddružin:filogenomska analiza proteinskih naddružin, analiza horizontalnega prenosa genov, evolucijska/komparativna genomika multigenskih družin in transpozicijskih elementov, genomska biologija in paleogenomika pri evkariontih, patogenomika in sistemska biologija virulenčnih faktorjev pri patogenih bakterijah

Strukturna biologija

Struktura nukleinskih kislin, proteinov, majhnih molekul

in njihovih interakcij

prof. dr. Janez Plavec, KI, Hajdrihova 19, Ljubljana janez.plavec@ki.si

jedrska magnetna resonanca (NMR), sinteza in čiščenje oligonukleotidov, UV-spektroskopija, cirkularni dikroizem (CD)

Ostali možni mentorji:temeljni naravoslovni predmeti: Janez Bonča, Petar Pavešić

biologija celice: Jasna Štrus, Kristjan Jezernik

imunologija: Vladka Čurin Šerbec

genetika: Peter Dovč, Simon Horvat, Radovan Komel

strukturna biokemija: Kristina Djinović Carugo, Dušan Turk

virologija: Tatjana Avšič Zupanc

rastlinska biokemija: Kristina Gruden, Samo Kreft

farmakologija: Tatjana Irman Florjanc, Lovro Stanovnik

biokemija bolezni: Tamara Lah, Janez Sketelj

… in asistenti z nazivom docenta ali profesorja pri predmetih 1. in 2. bolonjske stopnje

Predavatelji z drugih kateder FKKT

Molekularna biologija/DNA-tehnologija

Zvitje in molekulsko prepoznavanje proteinov in nukleinskih kislinModuli toksin-antitoksin kot regulatorji stresa pri bakterijahNativno nestrukturirani proteini (intrinsically disordered proteins)

prof. dr. Jurij Lah (jurij.lah@fkkt.uni-lj.si; http://www.fkkt.uni-lj.si/si/?150), Katedra za fizikalno kemijo FKKT

termodinamska analiza v povezavi s strukturo in funkcijo molekul, kalorimetrija (DSC, ITC), spektroskopija (CD, fluorescenca), gelska elektroforeza; glede metod in pristopov glejte tudi programa predmetov Biofizikalna kemija I in II na mag. študiju Biokemije

Encimatika

Bioremediacija

(Možnosti uporabe gliv bele trohnobe za razbarvanje nekaterih organskih barvil)

prof. dr. Aleksander Pavko, FKKT saso.pavko@fkkt.uni-lj.si

Gojenje mikroorganizmov v stresalniku pod sterilnimi pogojiSpektrofotometrična določitev encimskih aktivnostiSpektrofotometrična določitev koncentracije barvil

Strukturna biologija

Teoretične napovedi kemijskih struktur

prof. dr. Jože Koller, doc. dr. Tomaž Urbič, Katedra za fizikalno kemijo

joze.koller@fkkt.uni-lj.si in tomaz.urbic@fkkt.uni-lj.si

metode molekulske dinamike, kvantnokemijski računi, metode Monte Carlo

Analizna kemija

Analitika bioloških sistemov: določevanje kovin in organskih spojin v rastlinah, tkivih, bioloških tekočinah….Okoljska problematika: določevanje anorganskih in organskih onesnaževal v okolju; voda, zrak, zemlja prof. Marjan Veber, Katedra za analizno kemijo

atomska spektrometrija, kromatografija

Analizna kemija

Določanje sestavin in onesnaževal v živilih; Določanje farmakološko aktivnih onesnaževal v okoljskih vzorcih; Raziskave potencialnih farmakološko aktivnih učinkovin v rastlinah prof. Helena Prosen, Katedra za analizno kemijo helena.prosen@fkkt.uni-lj.si

plinska kromatografija, tekočinska kromatografija, masna spektrometrija; UV-Vis spektroskopija, ekstrakcijske metode (priprava vzorcev)

Analizna kemija

Kemija in analiza živil (npr. določanje mikotoksina v vinih,aminokislin v moštu in vinu, vinske kisline v arheološki posodi,...)Organski materiali (npr. določanje hlapnih spojin v kartonu, papirju, pergamentu, karakterizacija pergamenta in drugih materialov kulturne dediščine, ...)

prof. Irena Kralj Cigić, Katedra za analizno kemijo Irena.Kralj-Cigic@fkkt.uni-lj.si

separacijske tehnike (plinska in tekočinska kromatografija) inmasna spektrometrija

Ostali možni mentorji:

organska kemija: Slovenko Polanc, Marijan Kočevar, Marko Zupan, Andrej Petrič, Bogdan Štefane

fizikalna kemija: Ksenija Kogej , Barbara Hribar-Lee

anorganska kemija: Nataša Bukovec, Peter Bukovec

analizna kemija:

… in asistenti z nazivom docenta ali profesorja pri predmetih 1. in 2. bolonjske stopnje