SYLLABUS MASTER Mention Biodiversit e, ecologie et evolution … · 2020. 1. 25. · biodiversit e, et de l’am enagement du territoire pour : |Comprendre et savoir g erer le fonctionnement

PERIODE D’ACCREDITATION : 2016 / 2021

UNIVERSITE PAUL SABATIER

SYLLABUS MASTER

Mention Biodiversite, ecologie et evolution

M2 anthropobiologie Integrative

http://www.fsi.univ-tlse3.fr/

2019 / 2020

24 OCTOBRE 2019

http://www.fsi.univ-tlse3.fr/

SOMMAIRE

PRESENTATION . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3

PRESENTATION DE LA MENTION ET DU PARCOURS . . . . . . . . . . . . 3

Mention Biodiversite, ecologie et evolution . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3

Parcours . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3

PRESENTATION DE L’ANNEE DE M2 anthropobiologie Integrative . . . . . . 3

RUBRIQUE CONTACTS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5

CONTACTS PARCOURS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5

CONTACTS MENTION . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5

CONTACTS DEPARTEMENT : FSI.BioGeo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5

Tableau Synthetique des UE de la formation . . . . . . . . . . . . . 6

LISTE DES UE . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7

GLOSSAIRE . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14

TERMES GENERAUX . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14

TERMES ASSOCIES AUX DIPLOMES . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14

TERMES ASSOCIES AUX ENSEIGNEMENTS . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14

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PRESENTATION

PRESENTATION DE LA MENTION ET DU PARCOURS

MENTION BIODIVERSITE, ECOLOGIE ET EVOLUTION

La mention BEE a pour objectif de former des professionnels de la recherche en ecologie, de la gestion de labiodiversite, et de l’amenagement du territoire pour :

— Comprendre et savoir gerer le fonctionnement des systemes naturels et anthropises,— Aborder d’un point de vue evolutif ou fonctionnel les grandes questions et enjeux lies a la biosphere et

aux interactions homme-biosphere, tels que les changements globaux, l’erosion de la biodiversite et lesperturbations anthropiques,

— Envisager les processus de l’individu aux ecosystemes.en s’appuyant sur l’analyse de donnees, l’ecologie comportementale, la teledetection ou la biologie de la conser-vation.Ces professionnels sont de futurs chercheurs, enseignants-chercheurs, ingenieurs en ecologie fonctionnelle, ecologieevolutive et biologie de l’evolution, charges d’etudes ou de missions, chefs de projets, conseillers en environnement,animateurs de bassin, agents territoriaux, gestionnaires de sites proteges, ingenieurs en qualite de l’environnementeau, air ou sol, etc. Les premiers de ces metiers pourront s’exercer dans un organisme de recherche ou unetablissement d’enseignement superieur apres un doctorat et recrutement par concours.

PARCOURS

L’anthropobiologie a connu de nombreuses mutations au cours de la derniere decennie avec des innovations et desdefis technologiques majeurs (imagerie, genomique ...). En effet de nos jours l’utilisation de nouvelles methodesd’acquisition de donnees a base d’imagerie (synchrotron ...) ou de sequencages de genomes s’est generalisee,permettant certes de nouvelles avancees dans la recherche mais necessitant de la part des biologistes une plusgrande maitrise de ces nouveaux outils methodologiques : techniques d’analyse de donnees, methodes statistiquepour le big data, methodes de la theorie des formes, statistique pour le genome humain et phylogenie pourl’evolution humaine.

PRESENTATION DE L’ANNEE DE M2 ANTHROPOBIOLOGIE INTEGRATIVE

Nous proposons ici un parcours professionnalisant (formations initiale et continue) et mutualise entre les MentionsEcologie et BioSante. La formation est axee sur les besoins en recherche et developpement de haut niveau desentreprises et des organismes de recherche en biologie evolutive, biologie structurale, genomique, biotechnologieset medecine. Des intervenants de haut niveau issus du monde professionnel et academique participent aux ensei-gnements au sein de ce parcours. Ils sont etroitement lies aux activites des laboratoires AMIS, IRIT, EDB... etd’organismes profondement impliques dans la recherche CNRS, INSERM.L’objectif de ce parcours est de formerdes professionnels en ecologie humaine, biologie evolutive humaine et genetique humaine travaillant a tous lesniveaux du vivant (de la molecule aux populations au sein de leur environnement), utilisateurs des concepts etoutils mathematiques indispensables lorsqu’il s’agit d’analyser et d’interpreter les donnees massives provenantd’imagerie ou de genetique. Il importe donc d’inclure ces elements desormais incontournables dans la formationdes etudiants en (1) Sciences du Vivant, (2) Genetique, (3) Biodiversite, ecologie et evolution, (4) Biotechno-logies, (5) Biologie structurale et genomique, (6) Sante publique, (7) Bio-Informatique et (8) Bio-Sante. Lesdiplomes seront mieux armes dans le contexte international actuel de la recherche toujours plus collaboratif et enlien avec des operateurs industriels. Ils pourront ainsi mettre en oeuvre immediatement leurs actions de rechercheet d’innovations technologiques, s’inserer rapidement dans des projets en entreprise ou en laboratoire de rechercheafin de repondre aux besoins dans le traitement de donnees biologiques de masse toujours plus nombreuses dans

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les banques mondiales.L’originalite vient de l’approche � big data �. Les donnees recueillies sont au cœur del’enseignement et on cherche a etudier la maniere d’en extraire de l’information et de la transformer en connais-sance au moyen d’une etude quantitative, maitrisee par des experts de la discipline qui pourront l’interpreter etl’utiliser.

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RUBRIQUE CONTACTS

CONTACTS PARCOURS

RESPONSABLE M2 ANTHROPOBIOLOGIE INTEGRATIVE

BRAGA JoseEmail : [email protected] Telephone : 05 61 55 80 81

RIBERON AlexandreEmail : [email protected] Telephone : 05 61 55 67 43

SECRETAIRE PEDAGOGIQUE

PALMICH CarolineEmail : [email protected]

CONTACTS MENTION

RESPONSABLE DE MENTION BIODIVERSITE, ECOLOGIE ET EVOLUTION

BUFFAN-DUBAU EvelyneEmail : [email protected] Telephone : 05 61 55 89 26

MORDELET PatrickEmail : [email protected] Telephone : 05 61 55 85 15

CONTACTS DEPARTEMENT: FSI.BIOGEO

DIRECTEUR DU DEPARTEMENT

LUTZ ChristelEmail : [email protected] Telephone : 05 61 17 59 57

SECRETARIAT DU DEPARTEMENT

ROLS VeroniqueEmail : [email protected] Telephone : 05 61 55 81 88

Universite Paul Sabalier118 route de Narbonne31062 TOULOUSE cedex 9

5

mailto:[email protected]







TABLEAU SYNTHETIQUE DES UE DE LA FORMATION

page Code Intitule UE EC

TS

Ob

ligat

oire

Fac

ult

atif

TD

TP

Sta

ge

Sta

gen

e

Premier semestre

8 EIBEZ3AM METHODES ET ANALYSES EN LABORATOIRE 12 O 40 24

9 EIBEZ3BM APPROCHES PHYLOGENETIQUES 6 O 20 12

10 EIBEZ3CM ADAPTATION ET ECOLOGIE HUMAINE 6 O 20 12

11 EIBEZ3DM GENETIQUE ET GENOMIQUE DES POPULATIONS 6 O 20 12

Second semestre

Choisir 1 UE parmi les 2 UE suivantes :12 EIBEZ4AM STAGE EN LABORATOIRE 30 O 4

13 EIBEZ4BM STAGE EN ENTREPRISE 30 O 4

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LISTE DES UE

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UE METHODES ET ANALYSES EN LABORATOIRE12 ECTS 1er semestre

EIBEZ3AM TD : 40h , TP : 24h

ENSEIGNANT(E) RESPONSABLE


OBJECTIFS D’APPRENTISSAGE

Ce module, de nature tres pratique, vise a familiariser les etudiants aux outils moleculaires et d’analyse de donneesmorphologiques utilises dans les autres modules.

DESCRIPTION SYNTHETIQUE DES ENSEIGNEMENTS

- Imagerie 3D, Morphometrie (quantification de formes ...)- Rappels sur les methodes d’obtention de marqueurs (NGS ...)- Les marqueurs utilises (SNP, Haplogroupe, Haplotype, STR, Microsat ...)- Banques de donnees (bioinformatique ...)- Bioethique (legislation sur l’utilisation d’echantillons ...)

PRE-REQUIS

Aucun

REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES

Geometric Morphometrics for Biologists. A Primer.

MOTS-CLES

Sequencage ADN, Micro-tomographie, Morphometrie 3D, Paleogenetique

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UE APPROCHES PHYLOGENETIQUES 6 ECTS 1er semestre

EIBEZ3BM TD : 20h , TP : 12h




L’objectif de ce module est de mettre l’accent sur les etapes et les processus evolutifs qui ont conduit auxpopulations humaines modernes actuelles. Les relations phylogenetiques entre notre sous-espece et les groupeshumains du passe seront plus particulierement traitees ici.


Allometries inter-especes ; Reconstruction de phylogenies moleculaires et morphologiques (cladistique ...)Modeles evolutifs (Brownien ...)Signal phylogenetiqueReconstructions ancestrales

PRE-REQUIS

Aucun


The Comparative Approach in Evolutionary Anthropology and Biology

MOTS-CLES

Phylogenie, Evolution Humaine, Morphologie, Homoplasie, Homologie

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UE ADAPTATION ET ECOLOGIE HUMAINE 6 ECTS 1er semestre

EIBEZ3CM TD : 20h , TP : 12h


RIBERON AlexandreEmail : [email protected] Telephone : 05 61 55 67 43


L’objectif de ce module est de mettre l’accent sur les processus selectifs qui ont faconne la variabilite humaine,notamment le contexte de mise en place de certaines maladies et de la reponse des individus et des populationsaux pressions qu’elles exercent.


- Mecanismes de selection (sexuelle ...)- Recherche de genes candidats- Signal adaptatif- Detection de la selection dans les donnees moleculaires (sequences, genomes)- Medecine darwinienne

PRE-REQUIS

Notions de base de genetique des populations (4 pressions evolutives, Hardy-Weinberg ...)


Human Evolutionary Genetics

MOTS-CLES

Medecine darwinienne, Selection sexuelle, Milieux, Adaptations

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UE GENETIQUE ET GENOMIQUE DES POPULA-TIONS

6 ECTS 1er semestre

EIBEZ3DM TD : 20h , TP : 12h


L’objectif de ce module est de presenter les donnees genomiques sur la diversite humaine, de plus en plusnombreuses et variees. Ces donnees permettent de mieux comprendre l’origine, le maintien et l’evolution de ladiversite humaine.


- Elements de statistiques (Bootstraping, Randomisation, Tests non-parametriques, Bayes, Cohalescence, Markov... )- Les marqueurs utilises (SNP, Haplogroupe, Haplotype, STR, Microsat ...)- Analyse Bioinformatique

PRE-REQUIS

Notions de base de genetique des populations (4 pressions evolutives, Hardy-Weinberg ...)


Human Evolutionary Genetics

MOTS-CLES

Genetique humaine, Genomique, Bioinformatique

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UE STAGE EN LABORATOIRE 30 ECTS 2nd semestre

EIBEZ4AM Stage ne : 4h




Il s’agit ici de mener un travail de recherche dans le domaine de l’anthropobiologie.


4 mois dans un laboratoire de recherche

PRE-REQUIS

Le semestre 1 de l’annee.


Aucun

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UE STAGE EN ENTREPRISE 30 ECTS 2nd semestre

EIBEZ4BM Stage : 4 mois minimum



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GLOSSAIRE

TERMES GENERAUX

DEPARTEMENT

Les departements d’enseignement sont des structures d’animation pedagogique internes aux composantes (oufacultes) qui regroupent les enseignants intervenant dans une ou plusieurs mentions

UE : UNITE D’ENSEIGNEMENT

Unite d’Enseignement. Un semestre est decoupe en unites d’enseignement qui peuvent etre obligatoire, optionnelle(choix a faire) ou facultative (UE en plus). Une UE represente un ensemble coherent d’enseignements auquel estassocie des ECTS.

ECTS : EUROPEAN CREDITS TRANSFER SYSTEM

Les ECTS sont destines a constituer l’unite de mesure commune des formations universitaires de Licence et deMaster dans l’espace europeen depuis sa creation en 1989. Chaque UE obtenue est ainsi affectee d’un certainnombre d’ECTS (en general 30 par semestre d’enseignement). Le nombre d’ECTS est fonction de la chargeglobale de travail (CM, TD, TP, etc.) y compris le travail personnel. Le systeme des ECTS vise a faciliter lamobilite et la reconnaissance des diplomes en Europe.

TERMES ASSOCIES AUX DIPLOMES

Les diplomes sont declines en domaines, mentions et parcours.

DOMAINE

Le domaine correspond a un ensemble de formations relevant d’un champ disciplinaire ou professionnel commun.La plupart de nos formations relevent du domaine Sciences, Technologies, Sante.

MENTION

La mention correspond a un champ disciplinaire. Elle comprend, en general, plusieurs parcours.

PARCOURS

Le parcours constitue une specialisation particuliere d’un champ disciplinaire choisie par l’etudiant au cours deson cursus.

TERMES ASSOCIES AUX ENSEIGNEMENTS

CM : COURS MAGISTRAL(AUX)

Cours dispense en general devant un grand nombre d’etudiants (par exemple, une promotion entiere), dans degrandes salles ou des amphis. Au-dela de l’importance du nombre d’etudiants, ce qui caracterise le cours magistral,est qu’il est le fait d’un enseignant qui en definit lui-meme les structures et les modalites. Meme si ses contenusfont l’objet de concertations entre l’enseignant, l’equipe pedagogique, chaque cours magistral porte la marque del’enseignant qui le dispense.

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TD : TRAVAUX DIRIGES

Ce sont des seances de travail en groupes restreints (de 25 a 40 etudiants selon les composantes), animes pardes enseignants. Ils illustrent les cours magistraux et permettent d’approfondir les elements apportes par cesderniers.

TP : TRAVAUX PRATIQUES

Methode d’enseignement permettant de mettre en pratique les connaissances theoriques acquises durant les CMet les TD. Generalement, cette mise en pratique se realise au travers d’experimentations. En regle generale,les groupes de TP sont constitue des 16 a 20 etudiants. Certains travaux pratiques peuvent etre partiellementencadres voire pas du tout. A contrario, certains TP, du fait de leur dangerosite, sont tres encadres (jusqu’a 1enseignant pour quatre etudiants).

PROJET OU BUREAU D’ETUDE

Le projet est une mise en pratique en autonomie ou en semi-autonomie des connaissances acquises. il permet deverifier l’acquisition des competences.

TERRAIN

Le terrain est une mise en pratique encadree des connaissances acquises en dehors de l’universite.

STAGE

Le stage est une mise en pratique encadree des connaissances acquises dans une entreprise ou un laboratoire derecherche. Il fait l’objet d’une legislation tres precise impliquant, en particulier, la necessite d’une convention pourchaque stagiaire entre la structure d’accueil et l’universite.

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Documents

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