Study-guide for Modul 1: Liv, sundhed og sygdom · 2016-11-09 · og i dermatologi. I de sidste to tilfæ lde er det dog kun en mindre del af bøgerne, ... anatomi (mikro sko-pisk

Title Studieguide for Modul b10 - Angreb og Forsvar Author Torben Barington et al. Version E2016 Date 06.10.16 Indhold: 1. Om studieguiden ..................................................................................................... 2

Formålet med denne studieguide .......................................................................... 2 Opbygningen af denne studieguide ....................................................................... 2 Poll Everywhere ..................................................................................................... 2

2. Om modul b10 – Angreb og Forsvar ...................................................................... 2 De to spor ............................................................................................................... 2 Skema ..................................................................................................................... 3 Underviserne .......................................................................................................... 3 Modulsekretær........................................................................................................ 4 Modultovholder ....................................................................................................... 5 Undervisningslokaler .............................................................................................. 5 Modulets varighed .................................................................................................. 5 Lærebøger – Bogindkøb ........................................................................................ 5

3. Kompetencetermer ................................................................................................. 7 Beskrivelse af kompetenceniveauer for faglige og intellektuelle kompetencer .... 7

4. Studieordningens mål for modulet .......................................................................... 7

5. Evaluering af modulet ............................................................................................. 9

6. Biomedicinsporet .................................................................................................... 9 Tema 1 - Mikroberne og vi ................................................................................... 10 Tema 2 - Akut inflammation ................................................................................. 15 Tema 3 - Virusinfektioner ..................................................................................... 20 Tema 4 - Kapselbærende bakterier ..................................................................... 27 Tema 5 - Slimhinderne som kampzone ............................................................... 30 Tema 6 - Kronisk inflammation og hypersensitivitet ............................................ 33 Tema 7 - Kampen mod eukaryoterne .................................................................. 35 Tema 8 - Det lidende immunforsvar .................................................................... 39 Tema 9 - Forebyggelse og behandling ................................................................ 42

7. Akademikersporet ................................................................................................. 49 Moduluge 4 (uge 18) ............................................................................................ 49 Moduluge 5 (uge 19) ........................................................................................... 53 Moduluge 6 (uge 20) ........................................................................................... 55 Moduluge 7 (uge 21) ........................................................................................... 57

Appendix 1 - særlige oplysninger om bogkøb ............................................................. 59

2

1. Om studieguiden

Formålet med denne studieguide Studieguiden er dit ”orienteringskort” til din uddannelse – dvs. den beskriver, hvor du starter (hvilke forudsætninger, du forventes at have), hvilken rute du skal følge (un-dervisning og opgaver undervejs), og hvad målet er (hvad skal du kunne til eksamen). Studieguiden hjælper dig også til at finde det rette ”udstyr” (anbefaler litte-ratur og andre læringsressourcer). Den indeholder fx links til alt undervisningsmateriale på e-learn. På modulet har du brug for:

1. Denne studieguide 2. Dit personlige skema fra Studenterservice eller e-learn. 3. Lærebøger (se nedenfor) 4. Supplerende dokumenter på modulets sider på e-learn. 5. Internetforbindelse

Opbygningen af denne studieguide Studieguiden rummer først praktiske oplysninger som, hvor du finder skema, liste over undervisere, kontaktpersoner, anbefalede lærebøger, modulets ECTS-point og opbygning. Dernæst listes kompetencemålene for de tre spor. Endelig gives en overordnet beskrivelse af undervisningen på temabasis. Beskrivelsen er underinddelt efter sporet. For hvert tema angives

1. Introduktion til temaet inkl. eventuelle forudsætninger for at kunne deltage i undervisningen

2. Temaets undervisningstimer med en kort angivelse af de emner, der berøres i undervisningen

Poll Everywhere Fakultetet anvender værktøjet: Poll Everywhere, som tillader at du aktivt kan deltage i undervisningen ved at svare på quiz-spørgsmål eller komme med kommentarer undervejs. På modul b10 vil vi bruge dette værktøj i enkelte lektioner. Det vil fremgå af underviserens powerpointpræsentation, hvornår du forventes at deltage. Hvordan stemmer du? Du følger vejledningen i præsentationen som oplyser en kode: xx Derefter har du tre forskellige muligheder:

1. SMS: send en sms til 250807372 med teksten ”xx” samt dit svar adskilt af mellemrum eller

2. Internet: gå ind på hjemmesiden www.PollEv.com/xx og svar eller 3.

2. Om modul b10 – Angreb og Forsvar

De to spor Modul b10 består af:

https://sso.sdu.dk/

https://elearn.sdu.dk/bbcswebdav/xid-1431222_2

https://sso.sdu.dk/

3

• biomedicinspor, 10 ECTS

• akademikerspor, 5 ECTS

Skema Undervisningen gives som forelæsninger (F) (alle studerende) og holdtimer (H) (4 hold (A, B, C, D) à ca. 42 studerende). Dette gælder både på akademikersporet og biomedicinsporet. Øvelserne og mikroskopiundervisningen er i skemaet anført som holdundervisning, men vil i praksis ske i mindre grupper, som laves ad hoc. Visse af de oprindelige holdundervisningstimer er pga. lærermangel omdannet til forelæsninger. Dette fremgår af lokalet og er markeret med (F) i denne study guide. På Studenterservice finder du navnene på dit hold og din gruppe. Ændringer i undervisningen meddeles altid ved announcement på E-learn. Kontakt skemalægger Lene Kroløkke Pedersen ved spørgsmål omkring skema. Du kan IKKE deltage i undervisningen for andre hold.

Underviserne BIOMEDICINSPORET:

• Anders Schlosser, akademisk medarbejder, Institut for Molekylær Medicin,

Kardiovaskulær- og Renal Forskning, Email: [email protected] • Anne Øvrehus, Klinisk institut, Infektionsmedicin, Email: anne.oevrehus • Annette Møller Dall, lektor, Institut for Molekylær Medicin, Neurobiologisk

Forskning, Email: [email protected] • Daniel Elias, postdoc, Institut for Molekylær Medicin, Cancer- og Inflamma-

tion, Email: [email protected] • Flemming Andersen, afdelingslæge, Klinisk Institut, Email:

[email protected] • Flemming Schønning Rosenvinge, Klinisk institut, Klinisk mikrobiologi,

Email: [email protected] • Gitte Nyvang Hartmeyer, Afdelingslæge, Klinisk Institut, Klinisk Mikrobiologi,

Email: [email protected] • Grith Lykke Sørensen, lektor, Institut for Molekylær Medicin, Kardiovasku-

lær- og Renal Forskning, Email: [email protected] • Hans Jørn Kolmos, professor, Klinisk Institut, Klinisk Mikrobiologi, Email:

[email protected] • Henrik Ditzel, professor, Institut for Molekylær Medicin, Cancer- og

Inflammation, Email: [email protected] • Kristian Assing, afdelingslæge, Klinisk Institut, Klinisk Immunologi, Email:

[email protected] • Louise Helskov Jørgensen, klinisk institut, Patologi, Email:

[email protected] • Marie Louise Slott, Email: [email protected] • Martin Wirenfeldt Nielsen, Klinisk Institut, Patologi, Email:

[email protected] • Michael Kemp, professor, Klinisk Institut, Klinisk Mikrobiologi, Email:

[email protected] • Morten Gjerstorff, lektor, Institut for Molekylær Medicin, Cancer- og In-

flammation, Email: [email protected]

Feltkode ændret

https://sso.sdu.dk/

mailto:[email protected]














4

• Nanna Skaarup Andersen, ph.d. stud., Klinisk Institut, Klinisk Mikrobiologi, Email: [email protected]

• Nina Friis-Møller, overlæge, Klinisk Institut, Email: [email protected] • Olav Ditlevsen Larsen, lektor, Klinisk Institut, Email:

[email protected] • Rasmus Overgaard Bach, Klinisk Institut, Dermato-Venerologi –afd. 1,

Email: [email protected] • Reza M. H. Khorooshi, lektor, Institut for Molekylær Medicin. Email:

[email protected] • Sigurdur Skarphedinsson, klinisk lektor, Klinisk Institut, Infektionsmedicin,

Email: [email protected] • Søren Hansen, lektor, Institut for Molekylær Medicin, Cancer- og Inflamma-

tion, Email: [email protected] • Søren Thue Lillevang, klinisk lektor, Klinisk Institut, Klinisk Immunologi,

Email: [email protected] • Tina Green, Klinisk Institut, Patologi, Email: [email protected] • Torben Barington, professor, Klinisk Institut, Klinisk Immunologi, Email:

[email protected] • Uffe Holmskov, professor, institutleder, Institut for Molekylær Medicin, Email:

[email protected] AKADEMIKERSPORET: Forelæsninger:

• Rune Lindahl-Jacobsen, lektor, IST – Epidemiologi og Biostatistik, J.B. Winsløws Vej 9B. Email: [email protected]

• Mikael Thinggaard, Email: [email protected] • Kaare Christensen, professor, IST - Epidemiologi og Biostatistik, J.B. Winsløws

Vej 9B. Email: [email protected]

Holdundervisning:

• Nicola Groes Clausen, ph.d. studerende, Email: [email protected] • Marianne Nygaard, ph.d. studerende, Email: [email protected] • Dorthe Almind Pedersen, ph.d.studerende, IST - Epidemiologi, J.B. Winsløws

Vej 9B. Email: [email protected] (Statistik) • Inge Petersen, postdoc, IST – Epidemiologi og Biostatistik, J.B. Winsløws Vej 9B.

Email: [email protected] • Karen Andersen-Ranberg, Email: [email protected] • Lisbeth Aagaard Larsen, [email protected] • Mette Wod, ph.d. studerende, Email: [email protected] • Rune Lindahl-Jacobsen, lektor, IST - Epidemiologi, J.B. Winsløws Vej 9B. Email:

[email protected]

Modulsekretær Lene Kroløkke Pedersen Kontorfuldmægtig Uddannelse og Kvalitet E-mail: [email protected]

Feltkode ændret

Feltkode ændret

Feltkode ændret






















5

Modultovholder Torben Barington, professor, Odense Universitetshospital Klinisk Immunologisk Afdeling E-mail: [email protected]

Undervisningslokaler Oversigt over lokalerne finder du på: Campus Klinikbygningen Winsløwparken

Modulets varighed Modul B10 starter mandag den 7. november og undervisningen varer fra uge 45 til og med uge 2. Eksamen finder sted i uge 3, 2017.

Lærebøger – Bogindkøb I modul B10 anvendes flg. lærebøger: BIOMEDICIN: Listen over lærebøger er i videst muligt omfang sammenfaldende med tidligere mo-dulers anbefalinger. På biomedicinsporet har man brug for en omfattende lærebog i immunologi og i mi-krobiologi. Derudover vil det være hensigtsmæssigt med en lærebog i almen patologi og i dermatologi. I de sidste to tilfælde er det dog kun en mindre del af bøgerne, som er aktuelle under dette modul, men bøgerne vil kunne anvendes senere på studiet. Endelig forventes det, at man allerede har lærebøger i biokemi, anatomi (mikrosko-pisk og makroskopisk) og embryologi fra tidligere moduler. Ellers fremgår forslag af nedenstående liste.

Immunologi • Abbas AK, Lichtman AH, Pillai S: Cellular and Molecular Immunology, 8th ed.

2015, Saunders Elsevier. 7. udgave kan også bruges. Alternativt kan anvendes den danske bog: Agger R, Andersen A, Leslie G og Aasted B: Immunologi, 4. udgave 2005.

• Immunologisk og Mikrobiologisk Metodelære udarbejdet af Klinisk Institut, Afd. for Klinisk Mikrobiologi og Institut for Molekylær Medicin, Cancer- og In-flammationsforskning lægges på e-learn forud for øvelseskursets start.

Mikrobiologi • Engleberg NC, Dermody T, DiRita V: Schaechter’s Mechanisms of Microbial

Disease, 5th edition 2012, Lippincott Williams & Wilkins. 4. udgave kan også bruges.

• Henrik S. Thomsen (red): Basisbog i diagnostiske fag. Munksgaard 2012 • Brøsen K, Simonsen U, Kampmann JP, Thirstrup S: Basal og klinisk

farmakologi, 5. udgave FADL’s forlag.

Feltkode ændret


http://webhotel.sdu.dk/prod/ulok/

http://www.sdu.dk/servicenavigation/left/Vejviser/Odense/Klinikbygningen

http://www.e-pages.dk/syddanskuniversitet/33/9

6

Patologi • Marcussen N, Sørensen FB, Holck S, Steinicke T, Patologi, 1. Udgave,

FADLs forlag 2010 (Kapitel 3) (denne lærebog anvendes også på Modul b12) Som evt. supplement: • Baandrup U, Clausen PP, Fenger C, Græm N, Jacobsen GK: Almen Patologi.

Teori og praksis. 2. udgave. FADLs forlag 2005 eller • Kumar et al. Robbins and Cotran Pathologic basis of disease. 8th ed. Elsevier

Saunders 2010. Ledsagebogen: Klinisk patologi er relevant senere på læge-studiet.

Dermatologi • KE Andersen, Lomholt HB, Thestrup-Pedersen K, Wulf HC: Klinisk dermato-

logi og venerologi, 3. udg. 2010, Munksgaard. Det er dog kun en beskeden del af denne bog (mest siderne 11-29), som er relevant i dette modul. Bogen er dog relevant senere på lægestudiet. Alternativt forslag: Gawkrodger DJ: Dermatology: An Illustrated Colour Text, 4th ed. 2008, Churchill Livingstone.

Forslag, hvis man mangler tilsvarende bøger fra tidligere moduler: • Smith C, Marks AD, Lieberman M: Marks’ Basic Medical Biochemistry, 3rd

ed. 2008, Lippincott, Williams & Wilkins. • Tranum-Jensen J, Sadler TW: Langmans Embryologi, 3. udg., 2010, Munks-

gaard Alternativt forslag: Sadler TW: Langman’s Medical Embryology, 10th ed. 2006, Lippincott, Williams & Wilkins.

• Rostgaard J et al.: Hovedets, halsens og de indre organers anatomi, 1. udg. 2006, Munksgaard. Alternativt forslag: Drake R, Vogl W, Mitchell A: Gray’s Anatomy for Students, 2nd ed. 2010, Elsevier.

• Netter F: Atlas der Anatomie des Menschen, 3. oplag 2006, Thieme (den tyske udgave med normal latinsk nomenklatur anbefales).

• Brüel A et al.: Genesers histologi, 1. udg., 2012, Munksgaard (Den tidligere udgave, Geneser F: Histologi - På molekylærbiologisk grundlag, 1999, Munksgaard kan stadig anvendes)

AKADEMIKERSPORET: Listen over lærebøger er i videst muligt omfang sammenfaldende med tidligere mo-dulers anbefalinger. På akademikersporet har man brug for en omfattende lærebog i epidemiologi og en i statistik.

• Juul S: Epidemiologi og evidens, 2. udg., 2012. Munksgaard, København. • Kirkwood B, Sterne J: Medical Statistics, 2nd ed. 2003, Blackwell.

Alternative grundbøger:

• Jørn Olsen, Kaare Christensen, Jeff Murray and Anders Ekbom. An Introduc-tion to Epidemiology for Health Professionals, Springer Series on Epidemio-logy and Public Health, Volume 1, 2010.

• Kenneth J. Rothman, Epidemiology: An introduction, Oxford University Press, 2002.

• Dason B, Trapp RG: Basic and Clinical Biostatistics, 4 ed. 2004, McCraw Hill.

7

• Hammar N, Persson G: A Short Course in Biostatistics. Studentlitteratur 2001.

3. Kompetencetermer Denne studieguide beskriver lidt mere detaljeret, hvad vi forventer du skal kunne – dine kompetencer. Kompetencerne inddeles i 3 niveauer, og vi har anvendt følgende kompetencetermer: Kompetenceniveauer for faglige

og intellektuelle kompetencer Kompetenceniveauer for praksiskompetencer

Niveau 1 Angive/definere/beskrive/identificere Deltage/assistere Niveau 2 Forklare/anvende/redegøre for Udføre under vejledning Niveau 3 Analysere/diskutere/vurdere Udføre selvstændigt

Beskrivelse af kompetenceniveauer for faglige og intel-lektuelle kompetencer Niveau 1: Angive, definere etc. På dette niveau skal den studerende kunne reproducere erhvervet viden, kunne genkende det lærte, beskrive hvad han/hun ser/har læst, kunne identificere det sete/læste som hørende til eller adskillende sig fra andet. Niveau 2: Forklare/anvende/redegøre for På dette niveau skal den studerende kunne forklare (årsags)sammenhænge, kunne kombinere viden fra forskellige områder, kunne anvende viden til at løse ukendte op-gaver, kunne forudse og beregne resultater af ændrede forudsætninger for processer etc. Niveau 3: Analysere/diskutere/vurdere På dette niveau skal den studerende kunne forholde sig til og diskutere divergerende oplysninger/meninger, kunne vurdere disses væsentlighed, kunne analysere kom-plekse (biologiske) sammenhænge, kunne begrunde valg af metode etc. Såfremt andre verber end de nævnte anvendes i beskrivelsen, skal niveauet angi-ves. Ex.: ”Orientere sig i kurser og content system på e-learn” (Niveau 1).

4. Studieordningens mål for modulet Biomedicinske kompetencemål for modul B10

• Efter modulet skal den studerende kunne: • Forklare ligheder og forskelle i struktur, livscyklus og vækstkrav for

humanpatogene mikroorganismer (virus, bakterier, parasitter, svampe og prioner).

• Analysere antimikrobielle lægemidlers virkningsmekanisme og hvorledes mikroorganismer udvikler resistens.

• Redegøre for principperne for rationel anvendelse af antimikrobielle læge-midler.

• Analysere den inflammatoriske proces.

8

• Analysere molekylære og cellulære mekanismer i kroppens immunforsvar. • Angive struktur og udvikling af organer, der beskytter kroppen mod ydre på-

virkning: hud (herunder hår og negle), slimhinder og immunforsvar • Analysere immunforsvarets udvikling, adaptation, tolerans, organisering, re-

gulering og mulighed for påvirkning ved hjælp af lægemidler. • Analysere kroppens reaktioner mod mikroorganismer. • Analysere hvorledes infektioner opstår, udvikler sig og forløber. • Redegøre for kroppens vævs- og blodtypeantigener og principper for trans-

fusion og transplantation. • Redegøre for sårheling. • Redegøre for patogenesen ved allergi, autoimmunitet og alloimmunitet. • Analysere hvorledes infektioner kan forebygges for det enkelte individ og for

populationer. • Forklare principper for mikrobiologiske og immunologiske analysemetoder.

Flowcytometri, ELISA, WB, mikroskopi, dyrkning, PCR, immunfluo-rescens/immunhistokemi.

• Analysere smitteveje, smittemåder og udbrud af infektionssygdomme. • Anvende udvalgte metoder til mikrobiologisk og immunologisk diagnostik.

Akademikersporets kompetencemål for modul b10 Efter modulet skal den studerende skal have kendskab til:

• grundlæggende begreber inden for kvantitativ sundhedsvidenskabelig forsk-ning

• grundlæggende principper for epidemiologiske og statistiske analysemetoder i sundhedsvidenskabelig forskning

• grundlæggende principper for indsamling og bearbejdning af data, hvad enten disse indhentes fra laboratorieforsøg, journalmaterialer, registre, spør-geskemaer eller interviews

Kompetencer og delmål Den studerende skal opnå indsigt i basale kvantitative metoder, som anvendes i sundhedsvidenskabelig forskning og kende principperne for opstilling og test af vi-denskabelige hypoteser. Den studerende skal kunne vurdere disse metoders anven-delse i litteraturen, samt kunne bedømme resultaterne. Disse færdigheder skal gøre den studerende i stand til at påbegynde en bacheloropgave. Den studerende skal kunne foretage:

• kritisk vurdering af hypoteser og undersøgelsesdesigns • valg og beregning af relevante epidemiologiske mål • elementære beregningsteknikker, i det omfang de bidrager til forståelse af

principper og metoder • gennemførelse af simpel statistisk analyse og testning • kritisk vurdering af opnåede resultater og diskussion af fejlkilder • skriftlig og mundtlig fremlæggelse

Den studerende skal have uddybet forståelsen af, at videnskabelige antagelser kan forældes, og at der er behov for en løbende kundskabstilegnelse. Den studerende skal udvikle evnen til at se nutidens lægevidenskab i lyset af fortiden og til at være åben og kritisk over for fremtidig ny viden.

9

Det endelige mål er, at den studerende skal have kendskab til litteratursøgning og artikellæsning og selvstændigt kunne opsøge, læse og forstå sundhedsvidenskabelig forskning, som den kommer til udtryk i udvalgte internationale artikler, kritisk kunne vurdere kvaliteten af disse og kritisk kunne evaluere forskningsresultater. Anven-delse af dette er essentielt ved udformningen af den senere fordybelsesopgave på modul 11.

5. Evaluering af modulet Alle moduler på bacheloruddannelsen bliver løbende evalueret. Næste gang E2016. Formålet med evalueringen er at forbedre uddannelsens kvalitet og det enkelte modul vil blive justeret på baggrund af evalueringerne – primært til glæde for de studerende, der kommer efter dig! Der vil dels blive afkrævet svar på nogle stan-dardiserede spørgsmål – dels er der mulighed for selv at uddybe sin evaluering med prosa. Især det sidstnævnte har vist sig meget nyttigt ved planlægningen af næste modul. Alle opfordres derfor til at afgive sin evaluering.

6. Biomedicinsporet GENERELT FOR MODULET: NB vigtigt!!! Pas på med at fortolke kompetencemålene for snævert. En god metode er først at læse bogen/bøgerne grundigt, supplere med information fra andre kilder, og derefter kontrollere din viden ved hjælp af kompetencemålene. Husk også, at du skal være i stand til at kombinere kompetencemålene på alle mulige, nye måder. Kompetencemålene beskriver altså det du skal kunne, når du er færdig med modulet - de er ikke til at læse efter undervejs! BIOMEDICINSPORET: Undervisningen begynder 7.11.16 – uge 45 Biomedicinersporet har givet navn til modulet, idet det handler om samspillet mellem mikroorganismer og menneskets immunforsvar. Fagligt er sporet baseret på fagene immunologi, klinisk immunologi, klinisk mikrobiologi med relevante bidrag fra anatomi, embryologi, patologisk anatomi, dermatologi og klinisk farmakologi. Undervisningen (og eksamen) forudsætter, at du har styr på biokemien og cellebiologien, især fra modulerne 1-3. Ligeledes forudsættes viden om kroppens anatomi og fysiologi, samt almen farmakologi. Sporet består at 9 temaer af knap en uges varighed. Undervisningen består i fore-læsninger og holdundervisning, samt mikroskopitimer og øvelser. Endvidere er der afsat holdundervisningstimer til gennemgang af tidligere eksamensopgaver.

• Tema 1: Mikroberne og vi • Tema 2: Akut inflammation • Tema 3: Virusinfektioner • Tema 4: Kapselbærende bakterier • Tema 5: Slimhinderne som kampzone • Tema 6: Kronisk inflammation og hypersensitivitet • Tema 7: Kampen mod eukaryoterne • Tema 8: Det lidende immunforsvar • Tema 9: Forebyggelse og behandling

10

Infektions- og immunitetsparadigme Gennem evolutionen har alle organismer haft fordel af at udnytte nogle organismers indhold af næringsstoffer til egen næring, og samtidigt har de haft fordel af at beskytte sig selv mod at blive udnyttet af andre. Dette er og har altid været en af livets grundbetingelser, og dette forhold præger derfor alle levende organismer på det makroskopiske, det mikroskopiske og det molekylære plan. Der findes næppe en celle i kroppen, som ikke råder over og løbende anvender mekanismer til at beskytte sig mod infektion. Det er derfor ikke muligt at afgrænse et ”immunsystem”, hverken anatomisk eller fysiologisk, fra resten af kroppen. Infektionssygdomme er kroppens reaktion på indtrængende mikroorganismer. Disse sygdomme kan derfor kun forstås, når man på én gang forstår, hvordan den enkelte mikroorganisme når frem og etablerer sig i kroppen, og hvordan kroppen reagerer på dette.

Forslag til læseplan

Der gives ikke på modul b10 en ligeså klar anbefaling af læsestof fra gang til gang, som du måske er vant til fra tidligere moduler. Dette skyldes et ønske om, at du som spirende akademiker skal vænnes til selv at søge din viden. Du vil dog finde en del støtte i de abstrakter, som er trykt i nærværende study guide og som ligger på e-learn svarende til alle forelæsninger og holdundervisningslektioner. Det anbefales at du, tema for tema, lægger din personlige læseplan, efter at du har gennemlæst de tilhørende abstrakter og evt. skimmet de tilhørende præsentationer.

Du kan bruge de anbefalede lærebøger eller andre, som du ønsker det. Vær opmærksom på at nettet også byder på en masse godt materiale, fx den engelske version af wikipedia: http://en.wikipedia.org/wiki/Main_Page

Tema 1 - Mikroberne og vi Introduktion til temaet:

Temaet tager udgangspunkt i mikroorganismernes og vor egen arts parallelle evolu-tion med fokus på parasit/værtskabet, som gensidig drivkraft bag visse mikroorga-nismers tilpasning til os og vores udvikling af et immunsystem. Bakteriernes tilstede-værelse i naturen og på vor kropsoverflader (normalflorabegrebet) omtales. Der gives introduktion til bakteriernes opbygning, livscyklus, nomenklatur. Der skelnes mellem patogene, ikke-patogene og opportunistiske mikroorganismer, og virulens-begrebet indføres. Hudens anatomi og fysiologi (herunder sårheling) gennemgås, samtidigt med at hudens og de øvrige kropsoverfladers barrierefunktioner og tilknyt-tede innate forsvarsmekanismer omtales. Temaets specifikke faglige indhold: Temaforelæsningen skulle meget gerne give dig en god introduktion til modulet og vise, hvorfor det er vigtigt at lære om immunsystemet og mikroorganismer side om side. Derudover er der tre forelæsninger: En om kroppens medfødte immunforsvar, en om huden (som er en vigtig del af det første) og en almen introduktion til bakteriologien. Temaet omfatter bl.a. følgende mikrobiologiske emner: Inddeling af mikroorganismer i bakterier, svampe, protozoer, virus og prioner, hvordan de er opbygget, hvordan de smitter, og hvordan de kan påvises i laboratoriet. Undervisningen kommer også ind på virulensbegrebet og normalflorabegrebet, og hvordan mikroorganismer kan behandles og forebygges m.m. Temaet omfatter bl.a.

http://en.wikipedia.org/wiki/Main_Page

11

følgende immunologiske emner: Hudens anatomi og barrierefunktioner. Introduktion til det innate (medfødte) immunsystem. Undervisningen gives som1: Forelæsninger: Tema-F1, IM-F1, Mi-F1, DE-F1, IM-F2, MI-F2 Holdundervisning: AN-Mik1, AN-Mik2 Øvelseskurser: Ingen Tema-F1 Mikroberne og vi Modul b10 Hans Jørn Kolmos og Torben Barington Version 20.10.15

Velkommen til biomedicindelen på modul b10! Undervisningen vil fokusere på: I vor forelæsning vil vi forsøge at vise dig den røde tråd, som gerne skulle gå igennem hele modulet, nemlig at infektionssygdomme kun kan forstås, hvis vi samtidigt betragter mikroorganismerne og værtens reaktion på dem som udtrykt i infektions- og immunitetsparadigmet.

Torben Barington Hans Jørn Kolmos I forelæsningen vil vi derfor tage udgangspunkt i mikroorganismernes og vor egen evolution og give et overblik over hvad mikroorganismer er, hvordan de adskiller sig fra hinanden (og fra os), og hvorfor nogle af dem (men ikke de fleste) kan fremkalde sygdomme hos os. Vi vil også forklare principper bag vores cellers evne til at skelne mellem hvad der tilhører vor egen krop og indtrængende mikroorganismer, noget som naturligvis er helt afgørende for, om vi kan stille noget op imod infektionen. Vi vil både komme ind på principperne bag de medfødte (innate) og de tillærte (adaptive) mekanismer og dermed komme ind på det, vi normalt omtaler som hhv. det innate og det adaptive immunsystem. Anbefalet forberedelse: Vi forslår at du forbereder dig med at læse introduktionskapitler til hhv. bakteriologi og immunsystemet – specielt det innate immunsystem. Det kunne fx være kapitlerne: 1, 2, og 6 i Schaechter. Bruger du andre lærebøger kan du på e-learn finde indholdsfortegnelserne for Schaechter (og Abbas), så du kan se hvad kapitlerne i disse bøger handler om. Lad være med at tro at alting står lysende klart for dig efter denne forelæsning. Der er kun tale om en introduktion IM-F1 Oversigt over immunsystemet Modul b10 Torben Barington Version 20.10.15

Opvarmning til modul b10: 1 Abstrakter og andet undervisningsmateriale findes på e-learn.

12

Som yderligere opvarmning til bachelordelens mest spændende modul vil jeg forsøge at give et overblik over vores immunsystem og relatere det til de mikroorganismer, som konstant truer os på livet. Dette for at give jer et skelet I kan relatere til i de kommende uger, hvor I skal lære om immunsystemets mange celler, receptorer og cytokiner. Det kan ellers tage lidt tid at få overblik over dette system, som er ret komplekst. Torben Barington Modultovholder Anbefalet forberedelse: Vi forslår at du forbereder dig med at læse første kapitel i Abbas. Vi ses! MI-F1 Bakterier overordnet Modul b10 Hans Jørn Kolmos Version 06-11-2012

Undervisningen vil fokusere på:

1. Hvad er en bakterie og hvordan adskiller den sig fra andre én-cellede organismer?

2. Bakteriecellens struktur - hvad er forskellen mellem en bakteriecelle og vores egne celler? - vækstkarakteristika

3. Hvordan inddeles og navngives bakterier? 4. Hvordan identificeres bakterier?

- farvning af bakterier - isolation og dyrkning af bakterier - biokemisk identifikation

5. Hvorfor forårsager bakterier nogen gange sygdom og andre gange ikke? - innat immunitet - normalflorabegrebet - virulensbegrebet - toksiner Anbefalet forberedelse: Schaechter’s Kapitel 3, 8, 9, 10

DE-F1 Hudens anatomi og fysiologi inkl. sårheling Modul b10 Rasmus Overgaard Bach Version 30-10-2008

Undervisningen vil fokusere på: Huden er kroppens største organ. Huden er et sammensat organ med celler og strukturer af både ektodermal og mesodermal oprindelse. Huden har mange funktioner og medvirker til at sikre betydningsfuld fysiologisk ligevægt:

• Væske og elektrolytbalance • Varmeregulering • Fysisk barriere mod varme, kulde, stråling, traumer, infektioner og påvirkning

fra kemikalier og stoffer i miljøet • Føleorgan • Kommunikationsorgan • Immunologisk og metabolisk organ

13

IM-F2 Innate immunforsvar Modul b10 Uffe Holmskov Version 08-11-2008

Undervisningen vil fokusere på: Det medfødte immunsystem defineres og sammenlignes med det erhvervede immunsystem mht. receptorspecificitet (”pathogen-associated molecular patterns”) herunder hvordan det medfødte immunsystem diskriminerer mellem selv og fremmed, diversitet (pattern recognition receptors) og fordeling (non-klonal versus klonal). Barrierefunktioner beskrives, og fysiske og kemiske komponenter, som indgår i den medfødte immunsystem, gennemgås. De antimikrobielle egenskaber ved lysozym og defensiner forklares. Makrofagens og de neutrofile granulocytters fysiologi gennemgås i detaljer (mens NK-cellen gennemgås senere). Her lægges vægt på aktiveringsveje (medfødte (LPS), klassiske (IFN-gamma), humorale (komplement og IgG), alternative (IL-4, Il-13) og deaktivering (apoptotiske celler)) og hvad de fører til samt receptor-medieret fagocytose og drabsmekanismer, herunder iNOS, NO produktion og ROS. Anbefalet forberedelse: Læseforslag: Abbas kap. 1, 2 og (12) Bemærk Appendix 1 i Abbas giver forklaringer på en del ord og begreber. Bemærk også at Wikipedia – især den engelske version – er glimrende til opslag af begreber, som skal afklares. AN-Mik 1 Mikroskopi, hud, milt, lymfeknuder, blodceller,

marv og thymus Modul b10

Abstrakt Annette Møller Dall, Michael Tveden Gundesen Version 20.10.15

AN-Mik 1 - Annette Møller Dall Undervisningen vil fokusere på: Huden beklæder hele legemets overflade og udfører vigtige funktioner hvoraf nogle er knyttet til kroppens immunforsvar. Huden er opbygget af 2 lag – Epidermis og Dermis – der hviler på et underliggende bindevæv - Subcutis. De enkelte lag er alle inddelt i flere lag, der har egne karakteristika. De enkelte lags histologiske opbygning gennemgås, hvorefter der mikroskoperes præparater af

• tynd hud • tyk hud • hår, sved- og talgkirtler

Anbefalet forberedelse:

Hudens histologi (Kapitel 17 i Geneser; Kapitel 18 (2. udg)/Kapitel 20 (3. udg) i Langman; Kapitel 14 (p. 305-308) i Abbas)

Øvelseshæfte (pdf-fil) vedr. Hudens histologi findes på e-learn og skal printes ud og medbringes til timerne. AN-Mik 2 Mikroskopi, hud, milt, lymfeknuder, blodceller, Modul b10

14

marv og thymus Abstrakt Annette Møller Dall, 20.10.15

AN-Mik 2 - Annette Møller Dall Kroppens lymfoide organer inddeles i primære (knoglemarv og thymus) og sekundære (milt, lymfeknuder og MALT) lymfoide organer. Organernes histologiske karakteristika gennemgås og der mikroskoperes præparater af

• thymus • lymfeknude • milt

Anbefalet forberedelse: De lymfoide væv og organers histologi (Kapitel 16 (s. 415, 435-458 i gl. udgave; s. 387-388, 411-432 i ny udgave) Geneser; Kapitel 15 (2.udg)/ Kapitel 16 (3. udg), Langman; Kapitel 2, Abbas)) Øvelseshæfte (pdf-fil) vedr. Lymfoide organers histologi findes på e-learn og skal printes ud og medbringes til timerne. MI-F2 Vært og mikroflora Modul b10 Abstrakt på Elearn Hans Jørn Kolmos Version 06-11-2012

Undervisningen vil fokusere på: Mennesker har på alle ydre og indre overflader en righoldig mikroflora, som først og fremmest består af bakterier. Hver anatomiske lokalitet har sin karakteristiske flora, og hvert enkelt individ har et unikt udvalg af typer inden for hver art. De fleste arter i normalfloraen er harmløse for værten (kommensaler), men nogle kan lejlighedsvist forårsage sygdom (potentielt patogene). Det kan ske, hvis værtens naturlige forsvarsbarrierer nedbrydes ved kirurgiske indgreb eller anlæggelse af katetre. Normalfloraen kan også være en forureningskilde i forbindelse med mikrobiologisk prøvetagning. Normalfloraen beskytter værten mod udefra kommende patogene bakterier og udgør således et vigtigt led i værtens immunforsvar (”first line of defense”). Værten er beskyttet mod normalfloraen ved fysiske og kemiske barrierer og ved en specifikt erhvervet immunitet, som bl.a. medieres af sekretorisk IgA. Normalfloraen udgør et fint afbalanceret økosystem, som kan forstyrres ved hyppig og intensiv behandling med antibiotika. Hvis det sker under hospitalsindlæggelse, vil patienten blive eksponeret for de bakterier, som trives i hospitalsmiljøet. Herved kan der opstå en hospitalsinfektion. Restriktiv anvendelse af antibiotika er derfor en af de vigtige forebyggende forholdsregler mod hospitalsinfektioner. Anbefalet forberedelse:

1. Schaechter: kapitel 1 og 2 2. Basisbog i diagnostiske fag: Kapitel 6 3. Kolmos HJ. Hospitalsinfektioner: aktuelle smittekilder og smitteveje. Ugeskr

Læger 2007;169:4138-42

15

Tema 2 - Akut inflammation Introduktion til temaet: Dette tema beskæftiger sig med kroppens helt centrale forsvarssystem: den akutte inflammatoriske reaktion. Du kender den så glimrende fra dit eget liv. Du har nok haft en bullen finger, et inficeret sår eller bumser. Du har i hvert fald haft øvre luftvejsinfektioner med hævelse, rødme og ømhed i svælget. Alle disse tilstande har det til fælles at din krop lokalt har reageret med akut inflammation. Akut inflammation er central for rigtig mange sygdomme, så sæt dig godt ind i det fænomen. Vi benytter samtidigt lejligheden til at introducere dig til en række bakterier, som er rigtig gode til at fremkalde akut inflammation. Temaet tager udgangspunkt i en patient med follikulit/furunkel med Staphylococcus aureus. Der gennemgås systematisk stafylokokker, streptokokker og clostridier med fokus på virulensegenskaber, herunder betydningen af toksiner, smittemåder, infek-tionernes forløb og behandling, samt muligheder for forebyggelse. Immunologisk gennemgås akut inflammation med detektion af ”danger” af makrofager og dendritiske celler, signalering, ekstravasation af neutrofile granulocytter, makrofager og neutrofilocytters funktionsmåder, pusdannelse, klassiske inflammationstegn, akut-fase-respons, venstreforskydning. Fagocytose og drab af bakterierne gennemgås med fagolysosomdannelse og oxidative burst. Komplementsystemet gennemgås med samt dets rolle i opsonisering og drab af bakterier. Heling uden intervention udefra omtales også. Under dette tema finder du også undervisning i huden og de lymfoide vævs anatomi. Temaets specifikke faglige indhold: Temaet omfatter bl.a. følgende mikrobiologiske emner: Streptokokker, stafylokokker, anaerobe bakterier samt relationen mellem vært og mikroflora. Temaet omfatter bl.a. følgende immunologiske/anatomiske/patologiske emner: Hudens anatomi og barrierefunktioner. Gennemgang af det innate immunsystem med komplementsystemet, pathogen-associated molecular patterns (PAMPS), pattern recognition receptors (PRR), fagocytter, proinflammatoriske cytokiner, den inflammatoriske karreaktion, fagocytose, oxidative burst og drab af mikroorganismer. Endelig gennemgås det lymfoide vævs anatomi og thymus’ embryologi. Undervisningen gives som: Forelæsninger: Tema-F2, PA-F1, MI-F3, Mi-F4 og Mi-F5 Holdundervisning: PA-Mik1, Im-H01, Im-H02 Øvelseskurser: Ingen Tema-F2 Akut inflammation Modul b10 Hans Jørn Kolmos/Uffe Holmskov Version 06-11-2012

Undervisningen vil fokusere på: Temaet tager udgangspunkt i en patient med follikulit/furunkel med Staphylococcus aureus. Der gennemgås systematisk stafylokokker, streptokokker og clostridier med fokus på virulensegenskaber, herunder betydningen af toksiner, smittemåder, infektionernes forløb og behandling, samt muligheder for forebyggelse.

16

Immunologisk gennemgås akut inflammation med detektion af ”danger” ved makrofager og dendritiske celler, signalering, ekstravasation af neutrofile granulocytter, makrofager og neutrofilocytters funktionsmåder, pusdannelse, klassiske inflammationstegn, akut-fase-respons, venstreforskydning. Fagocytose og drab af bakterierne gennemgås med fagolysosomdannelse og oxidative burst. Komplementsystemet gennemgås med samt dets rolle i opsonisering og drab af bakterier. Heling uden intervention udefra omtales også. Under dette tema finder du også undervisning i huden og de lymfoide vævs anatomi. Temaets specifikke faglige indhold Temaet omfatter bl.a. følgende mikrobiologiske emner: Streptokokker, stafylokokker, anaerobe bakterier samt relationen mellem vært og mikroflora. Temaet omfatter bl.a. følgende immunologiske/anatomiske/patologiske emner: Hudens anatomi og barrierefunktioner. Gennemgang af det innate immunsystem med komplementsystemet, pathogen-associated molecular patterns (PAMPS), pattern recognition receptors (PRR), fagocytter, proinflammatoriske cytokiner, den inflammatoriske karreaktion, fagocytose, oxidative burst og drab af mikroorganismer. Endelig gennemgås det lymfoide vævs anatomi og thymus’ embryologi. Anbefalet forberedelse: Schaechter’s, kapitel 6, 7, 8, 9, 11 PA-F1 Akut inflammation Modul B10 Louise Helskov Jørgensen Version 03-11-2010

Undervisningen vil fokusere på: Akut inflammation er et øjeblikkeligt hurtigt indsættende respons på celle- eller vævs-beskadigelse. Der er tre hovedkomponenter: 1. ændringer i karrenes kaliber, således at blodflowet til skadestedet øges 2. ændringer i karvæggen, hvilket fører til at proteiner og leukocytter kan forlade blodbanen 3. emigration af leukocytter ud til skadestedet Akut inflammatorisk reaktion er mikroskopisk karakteriseret ved dominans af neutrofile granulocytter i vævet. Som følge af det inflammatoriske respons ses ændringer i vævet, som kan påvises og karakteriseres såvel makroskopisk (med det blotte øje) som mikroskopisk. Både generelle ændringer i vævets udseende samt karakteristiske, morfologiske typer af akut inflammation vil blive gennemgået med fokus på kliniske og patoanatomiske fund. Ved den inflammatoriske reaktion foregår et kompliceret samspil mellem immunsystemet, helingsmekanismer og karsystemet med det formål at fjerne irritamenter og begrænse samt reparere beskadigelserne. I nogle tilfælde kan den akutte inflammation dog medføre yderligere skade på det organ, hvor den finder sted f.eks. med organruptur til følge. Anbefalet forberedelse: Marcussen N, Sørensen FB, Holck S, Steinicke T Patologi, 1. Udgave, FADLs forlag 2010 Kapitel 3

17

Alternativt: Baandrup U, Clausen PP, Fenger C, Græm N, Jacobsen GK. Almen Patologi. Teori og praksis. 2. udgave. FADLs forlag 2005. Kapitel 6 MI-F3 Stafylokokker Modul b10 Gitte Nyvang Hartmeyer

Undervisningen vil fokusere på: Stafylokokker er normalflora på hud og slimhinder. Der findes en række forskellige arter med varierende evne til at forårsage infektioner. Særligt Staphylococcus aureus er en vigtig humanpatogen bakterie og en meget hyppig årsag til pyogene infektioner. Undervisningen vil fokusere på: - de væsentligste arter inden for stafylokokkerne:

- Staphylococcus aureus - Staphylococcus epidermidis og andre koagulase-negative

stafylokokker - stafylokokker som del af normalfloraen. - patogenesen ved stafylokokinfektioner: - virulensfaktorer, enzymer og toksiner - de hyppigste/væsentligste sygdomme forårsaget af stafylokokker:

- hud- og bløddelsinfektioner - knogle- og ledinfektioner - fremmedlegemeinfektioner - sepsis - endocarditis - nosokomielle infektioner - sygdomme forårsaget af eksotoxiner.

Kapitel 11, 64, 65 og 67 i Schaechter, 5th ed. MI-F4 Streptokokker Modul b10 Gitte Nyvang Hartmeyer Version 06-11-2012


1. de væsentligste arter inden for streptokokkerne - hæmolytiske streptokokker - pneumokokker (S. pneumoniae) - non-hæmolytiske streptokokker - enterokokker

2. streptokokker som normalflora

3. patogenesen ved streptokokinfektioner - enzymer og toksiner

4. de hyppigste/væsentligste sygdomme forårsaget af streptokokker - lokaliserede infektioner

- halsbetændelse

18

- hud- og bløddelsinfektioner - pneumoni - urinvejsinfektion

- systemiske infektioner - fremmedlegemeinfektion - sepsis - endocarditis - meningitis

- post-streptokok infektion - febris rheumatica - akut glomerulonefrit

Anbefalet forberedelse: Side 156-166 i Schaechter, 4th ed. Kapitel 12 og 13 (side 160-177) i Schaechter, 5th ed. (Specifikke streptokok-sygdomme omtales desuden i kapitel 61 (Infections of the Central Nernous System) og kapitel 62 (Respiratory System Infections) (begge emner gennemgås dog under lektionen ”Bakterielle infektioner i luftveje og CNS), samt i kapitel 64 (Infections of the Skin and Soft Tissue) og kapitel 65 (Infections of Bones, Joints, and Muscles). MI-F5 Anaerobe bakterier Modul b10 Abstrakt på Elearn

Flemming Schønning Rosenvinge Version 06-10-2014

Undervisningen vil fokusere på: Anaerobe bakterier er karakteriseret ved at gro bedst under iltfrie betingelser. Nogle anaerobe bakterier kan dog gro i op til 2-4 % ilt og mens andre kræver mindre end 0,5 % ilt. Langt de fleste anaerobe bakterier findes i mundhulen og i gastrointestinal-kanalen, især colon, som en del af normalfloraen hos mennesker. De anaerobe bakterier, der giver anledning til sygdom hos mennesker, stammer som regel fra et af normalflora-områderne. Nogle anaerobe bakterier kan give anledning til særlige sygdomsbilleder: Lemierres syndrom (Fusobacterium necrophorum), stiv-krampe (Clostridium tetani), pølseforgiftning (Clostridium botulinum) og gasgangræn (Clostridium perfringens). Sygdomsbilleder, diagnostik og behandling ved arter tilhørende slægterne Bacteroi-des, Clostridium og Fusobacterium vil blive omtalt. Anbefalet forberedelse:

• Kapitel 10 (side 145), 15 (side 188-194) og 20 (side 235-241) i Schaechter, 5th ed.

PA-Mik1 Akut inflammation Modul B10 Abstrakt på Martin Wirenfeldt Nielsen Version 03-11-2010

19

Elearn Undervisningen vil fokusere på: Ved mikroskopiundervisningen kommer I til – under vejledning - at mikroskopere præparater repræsenterende karakteristiske eksempler på akut inflammation. Anbefalet forberedelse: Marcussen N, Sørensen FB, Holck S, Steinicke T Patologi, 1. Udgave, FADLs forlag 2010 Kapitel 3 Alternativt: Baandrup U, Clausen PP, Fenger C, Græm N, Jacobsen GK. ´ Almen Patologi. Teori og praksis. 2. udgave. FADLs forlag 2005. Kapitel 6 Im-H01 Den akutte inflammationsreaktion Modul b10 Abstrakt på Elearn Grith Lykke Sørensen Version 25-10-2011

Undervisningen vil fokusere på: Den akutte inflammationsproces gennemgås med udgangspunkt beskrivelse af cel-lulære og molekylære mekanismer i det medfødte immunforsvar. Begrebet inflam-mation defineres. Der lægges herefter vægt hvorledes det medfødte immunforsvar genkender fremmedorganismer eller døende værtsceller via mønster-genkendelses-receptorer. Det beskrives hvorledes genkendelsen initierer den inflammatoriske pro-ces bl.a. eksemplificeret med genkendelse af nogle få selekterede mikrobielle ligan-der og der gives eksempler på klinisk relevans af mønstergenkendelses receptorer. Det akutte inflammatoriske respons opdeles i 6 stadier, 1) karpåvirkning, 2) rekrutte-ring af inflammatoriske celler, 3) Fagocytose og det mikrobielle drab, 4) systemiske påvirkninger, 5) initiering af det adaptive immunsystem, 6) og endeligt terminering af inflammation. Til slut i lektionen afsættes tid til fælles løsning af eksamens relevante opgaver som repeterer indholdet af lektionen.

Anbefalet forberedelse: Abbas Kap. 1 s. 1-6, s. 10 + kapitel summary, Kap. 3 s. 37-45 Kap. 4 Bemærk Appendix 1 i Abbas giver forklaringer på en del ord og begreber. Bemærk også at Wikipedia – især den engelske version – er glimrende til opslag af begreber, som skal afklares. IM-H02 Komplementsystemets fysiologi og

patofysiologi Modul b10

Abstrakt Søren Hansen Version 06-10-2014

IM-H02 - Komplementsystemets fysiologi og patofysiologi

20

Undervisningen vil fokusere på: Komplementsystemet gennemgås med klassisk, alternative og lektinaktiveringsvejene, der mødes ved C3 som leder til aktivering af C5 og dannelse Mac-komplekset. De vigtigste komplementregulerings-mekanismer beskrives, og deres rolle som hæmmere af komplementaktivering på egne celler nævnes. Komplementreceptorer og deres rolle i forbindelse med opsonisering og fagocytose, immunkompleksclearing samt induktion af inflammation. Endelig gennemgås deres rolle i forbindelse med induktion at det erhvervede immunrespons. Slutteligt gennemgås eksempler på immunevation af komplementsystemet samt de vigtigste komplementdefekter og deres betydning. Anbefalet forberedelse: Abbas et al. 7 udgave kap. 12. (Effector mechanisms of humoral immunity) Abbas et al. 8 udgave; Table 4-3, s55 (Focus on collectins, ficolins, complement, pentraxins s69-72 fra ”soluble recognition and effector molecules of innate immunity” s84 Summary, de to punkter som omhandler komplement p273-288, ”The complement system” p349, ”Innate Immunity to extracellular bacetria (Effector mechanisms of humoral immunity) Bemærk Appendix 1 i Abbas giver forklaringer på en del ord og begreber. Bemærk også at Wikipedia – især den engelske version – er glimrende til opslag af begreber, som skal afklares

Tema 3 - Virusinfektioner Introduktion til temaet: Temaet tager udgangspunkt i mæslingeepidemien på Færøerne i 1846. Situationen bruges som ramme for omtale af virus, inkubationstid, smitteveje og immunologisk hukommelse. Mikrobiologisk gennemgås udvalgte virus systematisk, herunder deres sygdomsbillede, smitteveje, diagnostik og muligheder for behandling og forebyggelse af infektion. Immunologisk gennemgås det innate virusforsvar (lokale forhold i de inficerede celler samt NK-celler), siden det adaptive immunsystem i rækkefølgen T-celler/MHC og B-celler/antistoffer. Temaet ender med affinitetsmaturering og udvikling af langlivede plasmaceller, som giver livslang beskyttelse mod fx mæslinger og forklarer Panums observation af immunitet efter en mæslingeepidemi 65 år tidligere. Temaets specifikke faglige indhold: Temaet omfatter bl.a. følgende mikrobiologiske emner: Almen virologi, herpesvirus, virale børnesygdomme, influenza og andre virale luftvejssygdomme, gastrointesti-nale virussygdomme og viruskemoterapi. Temaet omfatter bl.a. følgende immunologiske emner: Udvikling af T- og B-lymfocytter, receptor-gen-rearrangering, positiv og negativ selektion, isotypeskift, somatisk hypermutation, vaccination og immunologisk hukommelse. Undervisningen gives som: Forelæsninger: Tema-F3, IM-F3, IM-F4, MI-F6, IM-F5, IM-F6, MI-F7, MI-F8, MI-F9. Holdundervisning: MI-H01, MI-H02, IM-H03, IM-H04, IM-H05

21

Øvelseskurser: Ingen Tema-F3 Virusinfektioner Modul b10 Abstrakt Michael Kemp & Torben Barington Version 20.10.15

Undervisningen vil fokusere på: Forelæsningen tager udgangspunkt i læge Peter Ludvig Panum’s observationer fra mæslingeepidemien på Færøerne i 1846. Panums arbejde blev en hjørnesten i vor forståelse af epidemiske sygdomme, hvor han leverede afgørende evidens for contagieteorien i modsætning til miasmeteorien og påviste at mæslingeinfektion giver anledning livslang immunitet. Forelæsningen vil fremdrage iagttagelser fra Panums arbejde, som illustrerer centrale elementer i virus’ måde at fremkalde sygdom såvel som immunsystemets måde at håndtere denne trussel på. Vi kommer ind på sygdommen mæslinger, på begreber som smitteveje, inkubationstid, symptomer, epidemibegrebet, og introducerer til det innate og det adaptive immunsystems måde at takle virus på. Anbefalet forberedelse: Du kan fx læse Schaecter kap. 7, 31 og 34. IM-F3 NK-celler generelt og medfødt immunforsvar

mod virus Modul b10

Abstrakt Søren Hansen Version 01-11-2011

Undervisningen vil fokusere på: Virus er obligate intracellulære mikroorganismer – det er derfor primært den cellulære immunitet der er beskyttende. Virus har imidlertid også en ekstracellulær fase, og her kan andre mekanismer fungere, f.eks. antistoffer. Immunforsvaret mod virus vil indledningsvis og overordnet blive gennemgået ud fra dette skema: Det medfødte immunforsvar Ekstracellulær neutralisering via. opløselige proteiner Fagocytose, oxygen radikaler, ødelæggelse af virus proteiner og virus RNA/DNA NK-celler, genkendelse og drab af virus inficerede celler, syntese og effekt af IFN alfa/beta Det tillærte immunforsvar TC-lymfocytter Antistoffer Neutraliserende ADCC udført af NK-celler Herefter vil følgende medfødte immunforsvars-mekanismer blive gennemgået detaljeret:

22

Genkendelsesmekanismerne, der initierer processen gennemgås, herunder toll-like receptor-afhængige (TLR-3, 7, 9) og toll-like uafhængige (RIG-, MDA-5) aktiveringsmekanismer, der leder til IFN-produktion. Herefter lægges der vægt på IFN-alpha og IFN-beta og deres virkning i de inficerede celler og i nabocellerne. Den primære IFN-afhængige aktivering af NK-cellerne beskrives og den efterfølgende NK-celle – makrofag aktiverings-amplifikation via IFN-gamma og IL12 beskrives. NK-cellernes genkendelse af virusinficerede celler gennemgås herunder nedsat udtryk af af MHC-I og KIR som princip. NK-cellernes drabsmekanisme i form af granzym B og perforin forklares. Forskellige virale evasionsmekanismer beskrives. Anbefalet forberedelse: I modsætning til andre delemner findes litteraturen til ”Det medfødte immunforsvar mod virus” spredt ud over flere kapitler (Abbas, 7th, kapitel 4, 10, 12, 15 og 20). Derfor gives følgende detaljerede læsevejledning for lektionen: Læsevejledning kapitel 4: Side 56-63, 65: Fokus på Toll-like (TLR 3,7,8,9), RIG-like (RIG-1, MDA5) Side 68-72: NK celler Side 74-75: Fokus på pentraxiner og kollektiner Side 76: Tabel 4.4 med fokus p IL-12, IFNalfa+beta (type I interferoner) Side 78-81: Fokus på IFNgamma, IL-12 og ROS produktion af aktiverede makrofager. Side 83-87: The antiviral response Side 86-87: Summary Kapitel 10 Side 238-240: Fokus på perforin og granzym, incl. Figur 10-13. Kapitel 12 Side 273-276 Fokus på CD16 Kapitel 15 Side 353-358 Immunity to virus Side 363 Summary, fokus på ”Innate immunity against virus..” Kapitel 20 Side 456-457 Fokus på NK-relaterede immundefekter, incl. tabel 20-5 Bemærk Appendix 1-3 i Abbas giver forklaringer på en del ord og begreber (appendix I), cytokiner (appendix II) og receptorer/CD molekyler (appendix III) Bemærk også at Wikipedia – især den engelske version – er glimrende til opslag af begreber, som skal afklares. IM-F4 T-celler og deres antigener Modul b10 Abstrakt Torben Barington Version 20.10.15


23

T-lymfocytter genkender ikke antigen i sin naturlige konformation, men små lineariserede peptider dannet ud fra antigenerne ved proteolyse. Antigener skal altså indeholde en proteinkomponent for at kunne genkendes af T-celler i modsætning til B-celler, som kan genkende alle slags molekyler, når de blot er store nok (>10 kDa). Forelæsningen starter med at beskrive HLA klasse-I- og –II-molekylernes struktur, deres måde at binde peptider på og de cellulære mekanismer bag deres opladning med peptid. HLA-molekylernes store polymorfi omtales og der filosoferes lidt over peptidrepertoirets størrelse og hvilke selektionsfordele, der har frembragt den store polymorfi. Professionelle antigen-præsenterende celler defineres


Abbas 8. udg., kap. 6 MI-F6 Virus overordnet Modul b10 Michael Kemp Version 30-10-2008

Undervisningen vil fokusere på: - opbygning og funktion af RNA- og DNA-virus, herunder struktur, kapsel, kappe, genomstørrelse, replikation, integration, rekombination, proteinsyntese - væsentlige kriterier for inddeling af virus i hovedgrupper - smitteveje, betydningen af kappe og forebyggelse af virusinfektioner - infektion i cellen: lytisk, latent, kronisk - spredning i kroppen, herunder akut, kronisk eller latent infektion - diagnostik af virusinfektioner Anbefalet forberedelse: Schaechter: 31. Biology of Viruses IM-F5 T-celle-immunitet Modul b10 Torben Barington Version 20.10.15

Undervisningen vil fokusere på: Forelæsningen starter med T-celleudviklingen i thymus (startende med thymus’ dannelse i embryon og pro-T-cellernes dannelse i det hæmopoietiske væv). Dannelse af genet for T-celle-receptoren gennemgås i detaljer. Positiv og negativ selektion. Central tolerans. Gamma-delta T-celler nævnes og der fortælles lidt om deres specificitet. Forelæsningen fortsætter med omtale af recirkulationen af naive T-celler mellem blod og lymfe og mødet med antigen præsenteret af dendritiske celler i lymfeknuderne. Herunder kommer jeg ind på betydningen af co-stimulatoriske molekyler, klonal ekspansion med uddifferentiering af Th1, Th2 og Th17-celler, samt cytotoksiske T-celler, ændring af kemokinreceptorer/-adhærancemolekyler, og migration til inflammerede områder. Også afslutningen af immunresponset berøres med apoptose og dannelse af hukommelses-T-celler.


24

Abbas 8. udg., kap. 3, 8, 9 (T-celler) IM-F6 B-celle-respons, antistofstruktur og funktion Modul b10 Henrik Ditzel Version 01-11-2011

Undervisningen vil fokusere på: B-lymfocyt-responset mod fremmede antigener (herunder det T-celle-afhængige og det T-celle-uafhængige respons) vil blive gennemgået med speciel fokus på immunglobulinmolekylets struktur og funktion. De forskellige immunglobulinklasser (IgG, IgM, IgA, IgD og IgE) og deres funktion vil blive diskuteret såvel som antistofmolekylets forskellige domæner. Endvidere vil begreber som specificitet, diversitet og affinitetsmaturering blive gennemgået. Den hypervariable region, der er den del af antistofmolekylet, der interagerer med antigen, vil blive diskuteret, såvel som begreber som lineære og konformationelle epitoper, og multivalente antigener. Endvidere begreber som naturlige antistoffer Anbefalet forberedelse: Abbas 7. udg., kap. 5. MI-F7 Virale børnesygdomme Modul b10 Michael Kemp Version 01-11-2011

Undervisningen vil fokusere på: I timen gennemgås virusopbygning, smitteveje, patogenese, sygdomsbillede og -forløb, infektionshyppighed, diagnostik og forebyggelse af infektioner med poliovirus og andre enterovirus samt af (især kongenitte) infektioner med rubellavirus og parvovirus. Anbefalet forberedelse: Schaechter: 32. Picornaviruses and Coronaviruses 72. Congenital and Perinatal Infections MI-F8 Gastrointestinale virus Modul b10 Michael Kemp Version 01-11-2011

Undervisningen vil fokusere på: I timen gennemgås virusopbygning, smitteveje, patogenese, sygdomsbillede og -forløb, infektionshyppighed, diagnostik og forebyggelse af infektioner med rotavirus, norovirus og adenovirus. Anbefalet forberedelse: Schaechter: 37. Rotaviruses, Noroviruses, and Other Viral Agents of Gastroenteritis 39. Adenoviruses

25

MI-F9 Viruskemoterapi Modul b10 Michael Kemp Version 06-10-2014

Undervisningen vil fokusere på: De fleste virusinfektioner bekæmpes af menneskets eget immunsystem. Andre virusinfektioner har det været muligt at forebygge med vacciner. I nogle tilfælde kan menneskets eget immunsystem dog ikke bekæmpe virus eller også har det ikke været muligt at udvikle en effektiv vaccine. I disse tilfælde kan anvendelsen af specifikke lægemidler til behandling af virusinfektioner (viruskemoterapeutika) komme på tale. Udviklingen af viruskemoterapeutika har undergået en rivende udvikling de sidste 20 år, hvor der især er gjort store fremskridt i behandlingen af HIV. De forskellige viruskemoterapeutikas virkningsmekanisme og rolle i behandlingen af Hepatitis B og C virus, Herpesvirus, Influenzavirus og HIV vil blive gennemgået. Anbefalet forberedelse:

• Kapitel 44 (side 449-460) i Schaechter, 5th ed. • Kapitel 56 i Basal og klinisk farmakologi, 5. udgave

IM-H03 T-celler som effektorer, hukommelse Modul b10 Abstrakt Reza Khorooshi

IM-H03. T-celle aktivering/CD4+ lymfocytter Undervisningen vil fokusere på: Der vil i denne lektion være fokus på aktivering af CD4+ T-lymfocytter. Antigenpræsentation til naive kontra aktiverede T-lymfocytter, co-stimulering, opbygning af den immunologiske synapse samt signaleringsmekanismerne vil blive gennemgået. Derudover vil immunologisk tolerance overfor selv-antigener blive diskuteret (perifer tolerance, anergi, regulatoriske T-celler). Anbefalet forberedelse: Cell and Mol Immun., Abbas 8th ed. Da CD4+ T-lymfocytter er bredt beskrevet i flere dele af bogen, anbefales det at orientere sig i kapitlerne 6, 9 og15 (s315-325) Dele af læsepensum er også forberedelse til IM-H05 IM-H04 T-celler ontogenese (uden deltaljer om

rearrang.), selektion Modul b10

Søren Hansen Version 28-10-2011

Undervisningen vil fokusere på: Der vil i denne lektion være fokus på aktivering af CD4+ T-lymfocytter.

26

Antigenpræsentation til naive kontra aktiverede T-lymfocytter, co-stimulering, opbygning af den immunologiske synapse samt signaleringsmekanismerne vil blive gennemgået. Derudover vil immunologisk tolerance overfor selv-antigener blive diskuteret (perifer tolerance, anergi, regulatoriske T-celler). Anbefalet forberedelse: Cell and Mol Immun., Abbas 7th ed. kap 6 (s109-112+122n-138) kap 9 (s203-214) kap 14 (s319-332ø) Dele af læsepensum er også forberedelse til IM-H03 IM-H05 B-celler, rearrangement og isotypeskift Modul b10 Abstract Daniel Elias

Version 29-10-2015

IM-H06 Lymphocyte development and antigen receptor gene rearrangement Lymphocytes (B and T cells) are known for their expression of specific antigen receptors that enables the adaptive immune responses to make specific responses targeting a particular infectious agent. This ability of lymphocytes to recognize specific antigens is mediated by the expression of unique antigen receptors. This session is dedicated to understanding the processes involved in the development of B cells from progenitor cells. This includes:

1. the commitment of progenitor cells to B lymphoid lineage 2. the sequential rearrangement of antigen receptor genes that leads to the

development of the lymphocyte antigen receptors 3. the sequence of events leading to the elimination of the potentially pathogenic

B cells 4. And the mechanisms of tolerance to self-antigens

Recommended reading material: Abbas et al.: Cell. Mol. Immunol., 8th Edition, chapter 8 (171-198), chapter 15 (315-329) MI-H01 Herpesvirus Modul b10 Sigurður Skarphéðinsson Version 24-11-2008

Undervisningen vil fokusere på: Herpes virus’ struktur, klassifikation, tropisme, infektionsforløb, smitteveje, sygdomsbilleder, diagnostik, behandling. Eksemplificeret primært ved Herpes simplex og Epstein-Barr virus infektioner. Anbefalet forberedelse: Schaechter: Herpes virus, kap: 41

27

MI-H02 Influenza + andre luftvejsvirus Modul b10 Sigurður Skarphéðinsson Version 24-11-2008

Undervisningen vil fokusere på: Influenzavirus’ struktur, klassifikation, epidemier, pandemier, drift vs. shift, kliniske symptomer, vaccination, behandling, fugleinfluenza. Anbefalet forberedelse: Schaechter: Influenza virus, kap: 36

Tema 4 - Kapselbærende bakterier Introduktion til temaet: Temaet tager udgangspunkt i et tilfælde af meningokokmeningitis. Situationen bruges som ramme for omtale af kapselbærende bakterier (meningokokker, pneu-mokokker, Haemophilus influenzae m.fl), kapslen som virulensfaktor, bærertilstand, samt hvordan bakterierne smitter og hvordan infektionerne kan behandles. Immuno-logisk gennemgås antistoffers effektorfunktioner, thymusafhængige og thymus-uafhængige B-celle-responser, samt infektionsforebyggelse med konjugat-vacciner. Temaet giver endvidere mulighed for løsning af eksamensopgaver dækkende tema-erne: 1-4 med efterfølgende gennemgang af udvalgte opgaver ved holdundervisning (Mi-MCQ(H11)), Im-MCQ(H07)). Temaets specifikke faglige indhold: Temaet omfatter bl.a. følgende mikrobiologiske emner: Bakterielle infektioner i luft-veje og centralnervesystem. Seksuelt overførte sygdomme ekskl. HIV-infektion. Temaet omfatter bl.a. følgende immunologiske emner: B-celle-respons, antistoffers struktur og effektorfunktioner, immunglobulin-gen-rearrangement og isotypeskift, samt B-celle-hukommelse. Undervisningen gives som: Forelæsninger: Tema 4, MI-F10, IM-F7. Holdundervisning: IM-H06, MI-H03, IM-MCQ(H07), MI-MCQ(H11) Øvelseskurser: Ingen NB! Multiple choice-opgaver er tilgængelige på e-learn fra den 22.04. Opgaverne bør være besvaret INDEN undervisningen (lektionerne: Mi-MCQ(H11) og Im-MCQ(H08) for hhv. mikrobiologiopgaverne og de øvrige opgaver inkl. immunologi). Facit på opgaverne vil blive oplyst ved holdundervisningen og bliver herefter lagt ud på e-learn. Tema-F4 Kapselbærende bakterier Modul b10

28

Hans Jørn Kolmos/Henrik Ditzel Version 06-11-2012

Introduktion til temaet som anført ovenfor. Anbefalet forberedelse: Schaechter’s: Kapitel 13, 14 MI-F10 Bakterielle infektioner i luftveje og

centralnervesystemet Modul b10

Flemming Scønning Rosenvinge Version 12-11-2012

Undervisningen vil fokusere på: 1) Bakterielle infektioner i øvre og nedre luftveje er hyppige sygdomme. Infektionerne forårsages af en række forskellige bakteriearter, og der forekommer alt fra mild til livstruende sygdom. Samfundsmæssigt bidrager infektionerne betydeligt både til sygelighed og død. Undervisningen vil fokusere på: - de væsentligste sygdomsenheder:

- otitis media, tonsillitis, pharyngitis, sinuitis, epiglotitis, trakeobronkitis, akut bronkitis og pneumoni

- de væsentligste bakterielle ætiologier til infektioner i luftvejene (herunder forekomst, smitte, patogenese og sygdomsbilleder):

- hæmolytiske streptokokker, Corynebacterium diphtheriae, Bordetella pertussis, Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae, Moraxella (Branhamella) catarrhalis, Mycoplasma pneumoniae, Legionella pneumophila, Chlamydia pneumoniae og C. psittaci

- de forskellige ætiologier til pneumoni ved: - samfundserhvervet og sygehuserhvervet pneumoni - pneumoni hos børn, yngre og ældre - pneumoni hos immuninkompetente - aspirationspneumoni

- de væsentligste komplikationer ved pneumoni. - overordnede principper for diagnostik og behandling. Bakterielle infektioner i CNS er relativt sjældne. Infektionerne er alvorlige og risikoen for sequelae eller død er betydelig selv ved optimal behandling. Undervisningen vil fokusere på: - de væsentligste sygdomsenheder:

Akut meningitis (øvrige sygdomsenheder – fx hjerneabsces vil blive nævn, men ikke gennemgået).

- de væsentligste bakterielle ætiologier (herunder forekomst, smitte, patogenese og sygdomsbilleder):

Neisseria meningitidis, Streptococcus pneumoniae, hæmolytiske streptokokker gruppe B, Listeria monocytogenes

- de forskellige ætiologier til bakteriel meningitis ved: - meningitis hos nyfødte, børn, voksne og gamle - meningitis hos immuninkompetente patienter

29

- nosokomielt erhvervet neuroinfektion. - overordnede principper for diagnostik, behandling og vaccination. Kapitel 61, 62, 12 (s167: hæmolytiske streptokokker gruppe B) 13, 14 (meningokokker), 19, 21, 27 (Chlamydophila pneumoniae og Chlamydia psittaci), 29 (Mycoplasma pneumoniae) i Schaechter, 5th ed. IM-F7 Antistoffers effektorfunktioner, T-afhængigt B-

celle-respons, germinalcenter-dannelse Modul b10

Henrik Ditzel Version 01-11-2011

Undervisningen vil fokusere på: Effektorfunktioner, såsom neutralisation, Fc medieret fagocytose (opsonisering), ADCC (Antibody-Dependent Cell-Mediated Cytotoxicity), IgE krydsbinding af mast-celler og aktivering af komplementsystemet vil blive gennemgået. Interaktionen mellem B- og T-hjælper-lymfocytter (herunder CD40:CD40 ligand interaktionen) og dets betydning for det T-celle-afhængige antistofrespons vil blive diskuteret. Endvi-dere vil de forskellige anatomiske strukturer i lymfeknuden, hvor de forskellige aktive-ringstrin af B-lymfocytter finder sted, såsom B- og T-celle zonerne og germinalcentre blive gennemgået. Anbefalet forberedelse: Abbas 7. udg., kap. 12 og kap. 11 (250-256). IM-H06 production-celleudvikling, plasmaceller og

memory, monokionale antistoffer Modul b10

Abstract Daniel Elias Version 29-10-2015

Undervisningen vil fokusere på: The effector function of B cells is mainly mediated by antibodies they produce. This lecture is dedicated to summarizing the key features of B cell activation including activation of B cells, clonal expansion, maturation the subsequent antibody production. We will further discuss factors affecting antibody production including the regulatory mechanisms in place to control the production of antibodies. At last we will discuss how immunological memory is generated and maintained. Suggested reading Abbas et al.: Cell. Mol. Immunol., 8th Edition Chapter 12 (239-262), chapter 13 (265-272) MI-H03 Seksuelt overførte sygdomme Modul b10 Olav Ditlevsen Larsen Version 31-10-2012

MI-H10 - Seksuelt overførte sygdomme (Schaechter´s kapitel 14 gonococcer, kapitel 24, kapitel 27 genital chlamydia) Undervisningen vil fokusere på:

30

Epidemiologi, smitteforhold, klinik, prognose og behandling vil blive gennemgået for gonoré, genital chlamydia og syfilis. Chlamydia trachomatis er en særdeles hyppig seksuelt overført infektion hos unge. De kliniske symptomer kan variere fra ingen over uretrit til svær generaliseret immun-reaktion. Infektionen er let at diagnosticere og behandle hvis man får mistanken. Gonoré og syfilis er langt fra så hyppige infektioner som chlamydia, men incidensen er - specielt blandt mænd – stigende i Danmark for begge infektioner. Begge infektioner kan behandles, men specielt syfilis kan af og til være vanskelig at diagnosticere. Anbefalet forberedelse: Ud over lærebogsmaterialet har www.ssi.dk (Statens Serum Institut) nyttige informationer under sygdomme - underafsnit seksuelt overførbare infektioner samt i EPI-NYT 2012 uge 35 (klamydia), uge 36 (gonoré) og uge 37 (syfilis).

Tema 5 - Slimhinderne som kampzone Introduktion til temaet: Temaet tager udgangspunkt i et tilfælde af bakteriel gastroenteritis. Situationen bruges som ramme for gennemgang af relevante bakterier, som rammer mave-tarm-kanal og urinveje med fokus på mekanismer bag smittespredning, adhæsion vha pili, kolonisering, toksinvirkning, patogenese, betydning af normalflora, samt forebyg-gelse og behandling. Vigtige mikroorganismer er E. coli, Salmonella, Shigella, andre enterobakterier, samt Campylobacter, Helicobacter og Vibrio. Immunologisk omtales slimhindernes immunsystem, herunder IgAs rolle inkl. Spredning af B-celler/ plasmaceller til kirtlerne inkl. mammae. I den forbindelse omtales også ontogenesen af immunglobulinerne, betydning af transplacentære antistoffer og amning for den nyfødtes beskyttelse mod infektioner. Temaets specifikke faglige indhold: Temaet omfatter bl.a. følgende mikrobiologiske emner: Bakterielle infektioner i mave-tarmkanalen og urinvejene. Antibiotika og –resistens. Temaet omfatter bl.a. følgende immunologiske emner: Slimhindernes immunsystem, passiv overførsel af immunitet fra mor til barn, immunglobulinernes ontogenese. Undervisningen gives som: Forelæsninger: Tema F5, MI-F11, IM-F8, MI-F12, MI-F13 Holdundervisning: MI-H04 Øvelseskurser: Ingen Tema-F5 Slimhinderne som kampzone Modul b10 Hans Jørn Kolmos/Uffe Holmskov Version 06-11-2012

Introduktion til temaet Som anført ovenfor. Anbefalet forberedelse:

http://www.ssi.dk/

31

Schaechter’s: kapitel 16, 17, 22, 60 MI-F11 Bakterielle gastroenteritter Modul b10 Abstrakt på Elearn

Sigurður Skarphéðinsson Version 01-11-2011

Undervisningen vil fokusere på: Kliniske symptomer ved bakteriel gastroenterit, patogenese, epidemiologi, zoonoser, Salmonella, Shigella, Campylobakter, Yersinia, Clostridium, Staph. aureus, behandling, forebyggelse. Anbefalet forberedelse: Schaecter: kap. 16, 17, 73 IM-F8 MALT, IET, Gamma-delta T-celler, ontogenese

af immunssystemet Modul b10

Kristian Assing Version 01-11-2011

Undervisningen vil fokusere på: Slimhinder der er et af immunsystemets vigtigste elementer og indeholder en stor andel af kroppens immunceller. Immunforsvaret i slimhinder gennemgås med hovedvægt på mave-tarm kanalen. Slimhindens immunceller beskrives: T-celler, B-celler, intraepiteliale lymfocytter (IEL), dendritiske celler. Andre emner, der gennemgås: Intraepiteliale lymfocytter Isotypeskift og IgA-produktion i slimhinder Rollen af TGF-ß M-cellers rolle i transport af antigener fra tarmens lumen Lymfocytters recirkulation i blod og slimhinder Tolerance i slimhindens immunforsvar MI-F16 Antimikrobiel kemoterapi overordnet Modul b10 Flemming Schønning Rosenvinge Version 06-10-2014

Undervisningen vil fokusere på: I det overordnede tema om medikamentel behandling af bakterielle infektioner vil følgende blive gennemgået:

• Lidt historie • Hvad er antibiotika? - Selektiv toksicitet • Hvordan virker antibiotika? • Bakteriocid og bakteriostatisk • Antimikrobielt spektrum - økologi • Farmakokinetik & farmakodynamik

32

• Antibiotikabehandling!? • Resistensmekanismer • Måling af antibiotikafølsomhed - resistensbegrebet


• Kapitel 5 (side 55-65) og 30 (side 314-320) i Schaechter, 5th ed. • Kapitel 53 i Basal og klinisk farmakologi, 5. udgave

Dette er også forberedelse til timen om Antibiotika (MI-H14(F)) og Resistens (MI-H15(F)). Såfremt man ikke har Basal og klinisk farmakologi kan meget af stoffet læses på www.pro.medicin.dk se under: Lægemiddelgrupper – J Infektionssygdomme, systemiske midler. MI-F12 Antibiotika Modul b10 Flemming Schønning Rosenvinge Version 06-10-2014


• I forlængelse af temaet ”Antimikrobiel kemoterapi overordnet” vil følgende væsentlige antibiotikagrupper blive gennemgået:

- β-laktamantibiotika (penicilliner, cefalosporiner og carbapenemer) - aminoglykosider - makrolider - flourquinoloner - metronidazol

• Der vil blive fokuseret på:

- farmakodynamikken – hvordan virker stoffet? - farmakokinetikken - hvornår skal stoffet bruges - hvad er problemerne med anvendelse af stoffet?


• Se Antimikrobiel kemoterapi overordnet (MI-F4).

MI-F13 Resistens Modul b10 Flemming Schønning Rosenvinge Version 06-10-2014

Undervisningen vil fokusere på: På trods af forskning i udvikling af nye antibiotika er antibiotikaresistens et stigende problem. Hver gang vi forsøger at trænge bakterierne op i et hjørne, finder de en smutvej. Antibiotikaresistens udgør således en af de største medicinske udfordringer vi har i dag. Inddeling af resistens og resistensmekanismer vil blive gennemgået sammen med hvordan resistens overføres (transformation, transduktion og konjugaton) og hvordan

33

det opstår. Der vil blive gennemgået konkrete eksempler på resistensproblemer og hvad der kan gøres ved det. Anbefalet forberedelse:

• Se Antimikrobiel kemoterapi overordnet (MI-F4). MI-H04 E. coli Modul b10 Sigurður Skarphéðinsson Version 24-11-2008

Undervisningen vil fokusere på: E.coli, betydning som tarmpatogen bakterie, symptomatologi, toksiner, EHEC, ETEC, HUS. Betydning som patogen ved urinvejsinfektioner. Forekomst, behandling. Anbefalet forberedelse: Schaecter: kap. 16, 17

Tema 6 - Kronisk inflammation og hypersensitivitet Introduktion til temaet: Temaet tager udgangspunkt i et tilfælde af lungetuberkulose. Situationen bruges som ramme for omtale af bakterier, som overvejende giver anledning til kroniske, intra-cellulære infektioner. Immunologisk gennemgås T-celle-responset på sådanne mikroorganismer med fokus på Th1-celler og IL12-IFNgamma-aksen, type-4 hyper-sensitivitetsreaktionen. Patologerne gennemgår kronisk inflammation med morfologi, fibrose, vævstab osv. Fremmedlegemereaktioner omtales. Også betydningen af kronisk inflammation for udvikling af andre generative sygdomme som iskæmisk hjertesygdom og cancer omtales. Temaets specifikke faglige indhold: Temaet omfatter bl.a. følgende mikrobiologiske emner: Tuberkulose og andre kroni-ske infektioner med intracellulære bakterier. Temaet omfatter bl.a. følgende immu-nologiske/patologiske emner: T-hjælperceller (Th1 og Th17) og deres deltagelse i bekæmpelsen af mikroorganismer, som overlever intracellulært i fagocytter, samt i type-4 hypersensitivitetsreaktioner og autoimmune sygdomme. Cytokinerne IL1, TNFa, IL 6, IL 12, IFNg, IL 17. Kronisk inflammation, fibrose, nekrose og regenera-tion. Undervisningen gives som: Forelæsninger: Tema-F6 og IM-F9. Holdundervisning: Pa-H01 og PA-Mik2 Øvelseskurser: Ingen Tema-F6 Kronisk inflammation og hypersensibilitet Modul b10 Uffe Holmskov/Hans Jørn Kolmos Version 06-11-2012

34

Undervisningen vil fokusere på: Temaforelæsningen tager sit udgangspunkt i sygdommen tuberkulose. Situationen bruges som ramme for omtale af bakterier, som overvejende giver anledning til kroniske, intracellulære infektioner. Immunologisk gennemgås det innate og det adaptive immunrespons (specielt T-celle-responset) på sådanne mikroorganismer. Også betydningen af kronisk inflammation for udvikling af andre degenerative sygdomme som iskæmisk hjertesygdom og cancer omtales. Temaforelæsningens specifikke faglige indhold: Temaet omfatter bl.a. følgende mikrobiologiske og immunologiske emner: tuberkulose og andre kroniske infektioner med intra-cellulære bakterier, udviklingen af kronisk inflammation, Th1 versus Th2 polarisering af T-celle responset, IL12-IFNgamma-aksen, og Type-4 reaktionen (hypersensibilitetsreaktionen). Anbefalet forberedelse: Schaechter´s: kapitel 23 og dele af kapitel 15 og kapitel 18 i Abbas, 7. udg. IM-F9 TH-responser - fokus på TH1 Modul b10 Søren Hansen Version 25-10-2011

Undervisningen vil fokusere på: TH-subsets repeteres. TH1-differentiering og effekter gennemgås med vægt på aktivering af makrofager og isotypeskift i antistoffer. Mycobacterium tuberculosis benyttes som model for kronisk bakteriel infektion, der medierer et TH1-respons. IFN-gamma/IL-12 signalerings betydning for responset gennemgås. Delayed type hypersensitivity (type IV) eksemplificeret ved Mantoux-reaktion. Sygdomme præget af kronisk TH1-medieret inflammation nævnes. TH17-responset introduceres kort. Anbefalet forberedelse: Abbas, Cellular and Molecular Immunology, 7th ed. Kapitel 10 s. 225-233 Kapitel 15 s. 345-354 Kapitel 18 s. 407-409, s. 414-423 PA-H01 Kronisk inflammation Modul B10 Louise Helskov Jørgensen Version 03-11-2010

Undervisningen vil fokusere på: Inflammation betegnes som kronisk, når den fortsætter i uger eller måneder efter at vævet er blevet eksponeret for irritamentet. Ved den kroniske inflammation består det cellulære exudat overvejende af lymfocytter, plasmaceller og makrofager. Kro-nisk inflammation er endvidere karakteriseret ved karnydannelse (angiogenese), bindevævsdannelse (fibrose) og vævsdestruktion med varierende manifestation.

35

Man ved i dag, at den kroniske inflammatoriske reaktion er involveret i en række væsentlige sygdomme som f.eks. aterosklerose, hjertesvigt, diabetes mellitus, rheu-matoid artritis, nyresvigt, psoriasis, Alzheimers sygdom m.fl. Kronisk inflammation er dermed oftest et større problem end akut inflammation, idet sygdommene i mange tilfælde er uhelbredelige og symptomatisk behandling eneste mulighed. Når celler/væv udsættes vedvarende irritamenter vil man i nogle tilfælde se at vævet tilpasser sig de nye forhold (adaptation). Dette kan ske ved forskellige, morfologisk karakteristiske mekanismer (hypertrofi, atrofi, hyperplasi og metaplasi) som vil blive gennemgået i undervisningen. Hvis irritamentet resulterer i irreversibel celleskade og –død udvikles nekrose (= de morfologiske forandringer ved celledød). Der vil blive redegjort for forskellige typer af nekrose og blive lagt vægt på forskellen på organis-mens reaktion på disse nekrosetyper. Anbefalet forberedelse: Marcussen N, Sørensen FB, Holck S, Steinicke T Patologi, 1. Udgave, FADLs forlag 2010 Kapitel 1 og 3 Alternativt: Baandrup U, Clausen PP, Fenger C, Græm N, Jacobsen GK. ´ Almen Patologi. Teori og praksis. 2. udgave. FADLs forlag 2005. Kapitel 4 og 6 PA-Mik2 Kronisk inflammation Modul B10 Tina Green Version 03-10-2010

Undervisningen vil fokusere på: Ved mikroskopiundervisningen kommer I til – under vejledning - at mikroskopere præparater repræsenterende eksempler på kronisk inflammation og nekrose fx granulomatøs inflammation ved sarcoidose og kaseøs nekrose ved TB i lungevæv. Anbefalet forberedelse: Marcussen N, Sørensen FB, Holck S, Steinicke T Patologi, 1. Udgave, FADLs forlag 2010 Kapitel 1 og 3 Alternativt: Baandrup U, Clausen PP, Fenger C, Græm N, Jacobsen GK. ´ Almen Patologi. Teori og praksis. 2. udgave. FADLs forlag 2005. Kapitel 4 og 6

Tema 7 - Kampen mod eukaryoterne Introduktion til temaet: Temaet tager udgangspunkt i evolutionen af eukaryote mikroorganismer. Dette bruges som en ramme om, hvordan eukaryoternes større genom og evt. flercellethed og kønnet formering medfører et langt mere sofistikeret samspil mellem parasit og vært end vi kender det fra bakterierne. Mikrobiologisk gennemgås udvalgte proto-zoer, orme, gær- og skimmelsvampe med hensyn til deres opbygning, livscyklus, vektorer/mellemværter, patogenese, sygdomsbillede, diagnostik, forebyggelse og behandling. Immunologisk fokuseres på parasitternes evasion af immunsystemet med malaria som eksempel. Th1/Th2 paradigmet illustreres med responset ved

36

Leishmaniasis. Responset på orme (IgE, eosinofile, mastceller) gennemgås med overgang til type-1 allergi. Temaets specifikke faglige indhold: Temaet omfatter bl.a. følgende mikrobiologiske emner: Svampeinfektioner, parasi-tære sygdomme, vektorbårne sygdomme og importerede infektioner. Temaet omfat-ter bl.a. følgende immunologiske emner: T-hjælperceller (Th2), basofile granulocyt-ter, mastceller, eosinofile granulocytter og deres deltagelse i bekæmpelsen af orme og parasitter. Parasitters evasion af immunsystemet. Immunmekanismer ved type-1 allergi. Undervisningen gives som: Forelæsninger: Tema-F7, Mi-F14, MI-F15, IM-F10. Holdundervisning: IM-H08, MI-H05, MI-H06 Øvelseskurser: Ingen Lymfocytters recirkulation i blod og slimhinder Tolerance i slimhindens immunforsvar Tema-F7 Kampen mod eukaryoterne Modul b10 Michael Kemp/Henrik Ditzel Version 01-11-2011

Undervisningen vil fokusere på: Som anført ovenfor. Anbefalet forberedelse: Litteratur til immunologidelen af Temaforelæsningen: Abbas, 7. udg., kap. 15 (side 353,358-361), samt kap. 19. Litteratur til mikrobiologidelen af Temaforelæsningen: Schaechter: 46. Introduction to the Fungi and the Mycoses samt 51. Introduction to Parasitology MI-F14 Svampeinfektioner Modul b10 Flemming Schønning Rosenvinge

Undervisningen vil fokusere på: De humanpatogene svampe er eukaryote organismer, som kan opdeles i gærsvampe, skimmelsvampe og dimorfe svampe. Svampene forekommer i miljøet og/eller som en del af normalfloraen. De vigtigste svampeinfektioner i Danmark er hud-, slimhinde- og opportunistiske infektioner med gær- og skimmesvampe. Undervisningen vil fokusere på: - de væsentlige arter inden for humanpatogene svampe: - Candida, Aspergillus, Pneumocystis jiroveci og dermatofytter (hudsvampe) - svampenes opbygning:

37

- skimmelsvampe og gærsvampe - svampenes forekomst og smitteveje - risikofaktorer: - eksposition - værtsfaktorer - iatrogene faktorer - patogenese og sygdomme: - hud og slimhindeinfektioner - invasive infektioner - fremmedlegemeinfektioner - nosokomielle infektioner - overordnede principper for diagnostik og behandling Kapitel 46, 48 og 49 (kun s489-491 “Cutaneous mycoses” og “Superficial mycoses”) i Schaechter, 5th ed. Kapitel 54 i Kampmann et al, Basal og klinisk farmakologi, 5. udgave MI-F15 Parasitære sygdomme Modul b10 Michael Kemp Version 01-11-2011

Undervisningen vil fokusere på: I timen gennemgås eksempler på humanpatogene protozoer og ormes opbygning, smitteveje, patogenese, sygdomsbillede og –forløb, infektionshyppighed, diagnostik og forebyggelse af infektioner. Hovedvægten vil blive lagt på Entamoeba, Giardia, Trichomonas, Toxoplasma, Ascaris, Enterobius, Taenia og Trichinella. Anbefalet forberedelse: Schaechter: 51. Introduction to Parasitology 52. Blood and Tissue Protozoa 53. Intestinal and Vaginal Protozoa 54. Intestinal Helminths 55. Tissue and Blood Helminths IM-F10 TH2-responser (Leish), parasitter og allergi Modul b10 Søren Hansen Version 25-10-2011

Undervisningen vil fokusere på: Parasitter er en stor og divers gruppe af infektiøse organismer, der både omfatter protozoer, orme, tæger og mider. De meget forskelligartede organismer og deres forskellige livsstadier kræver hver især et specifikt immunrespons. Kendte immunmekanismer mod parasitterne beror på TH1- og TH2-responser, og responserne er målrettet den specifikke type infektion. TH1-responset er gennemgået i IM-H10, men nu introduceres TH2-celler og TH-polariseringen repeteres. TH2-cellernes cytokinprofil, induktion af isotypeskift til IgE, alternativ aktivering af makrofager samt aktivering af eosinofile granulocytter og mastceller gennemgås.

38

Immunresponset mod forskellige parasitter og disses metoder til at omgå det adaptive immunsystem gennemgås. Malaria og leishmaniasis gives som eksempler på infektioner som bekæmpes via TH1-medieret immunitet. Nematodeinfektion, schistosomiasis og trypanosomiasis gives som eksempler på infektioner som bekæmpes via TH2-medieret immunitet. Type-1 hypersensitivitetsreaktionen gennemgås kort. Anbefalet forberedelse: Pensum til IM-H11 bygger i høj grad på samme pensum som til IM-H10. Dog tilføjes Abbas, 7. udg., s. 233-237 s. 276 afsnit ”Antibody mediated clearance of helminths” Kap. 19 IM-H08 Type I allergi Modul b10 Søren Hansen Version 01-11-2011

Undervisningen vil fokusere på: Type I allergi kendetegnet ved Ig-E-medieret allergi og ofte benævnt akut allergi (immediate hypesensitivity) gennemgås med vægt på forskellige typer af allergier som f.eks. høfeber, astmatisk bronkitis og fødevareallergi. De molekylære mekanismer, der ligger til grund for symptomer, gennemgås i relation til typer af allergener, Ig-E-effektor funktioner og involveringen af mastceller. Mulige udredningsalgoritmer og behandlingsmuligheder gennemgås. Mulige årsager til udvikling af allergi diskuteres. Læringsmål: Man skal kunne redegøre for: -de grundlæggende mekanismer ved allergier -forskellene mellem intolerans og allergi -effektor-funktionerne af IgE -aktiveringsmekanismer og effektormekanismer af mastceller Man skal have kendskab til: -diagnostiske principper ved allergiske lidelser -principper for behandling af uønskede immunologiske reaktioner Anbefalet forberedelse: Abbas 7th: hele kapitel 19 side 425-444 – kapitel 13 side 308 (food allergies) Bemærk Appendix 1-3 i Abbas giver forklaringer på en del ord og begreber (appendix I), cytokiner (appendix II) og receptorer/CD molekyler (appendix III) Bemærk også at Wikipedia – især den engelske version – er glimrende til opslag af begreber, som skal afklares. MI-H05 Vektorbårne infektioner Modul b10 Sigurður Skarphéðinsson Version 03-12-2008

39

Undervisningen vil fokusere på: Betydning af begreberne reservoir og vektor for udbredelse af disse infektioner. Flåter vs insekter som vektorer. Infektioner der gennemgås; Lyme borreliose, Dengue, Gul feber, Rickettioser. Anbefalet forberedelse: Schaecter: kap. 25, 28, 33, 70 MI-H06 Importerede infektioner Modul b10 Sigurður Skarphéðinsson Version 31-10-2015

Undervisningen vil fokusere på: Infektioner, der ikke normalt kan erhverves i Nordvesteuropa, men som er almindelige i andre dele af verden, gennemgås. Det drejer sig f. eks. om sygdomme som malaria og dengue feber, der begge er infektioner med stor geografisk udbredelse, afhængighed af klimaforhold og urbanisering samt for malarias vedkommende betydelig mortalitet. Klinisk billede samt betydningen af vektor, smittevej og geografisk lokalisation vil blive gennemgået. Følgende infektioner omtales: Trypanosomiasis, Leismaniasis, Filariasis og Schistosomiasis. Hvis tiden tillader det, nævnes Ebola, Echinococcer, Histoplasma, Coccidioides og Rabies. Anbefalet forberedelse: Schaechter´s kapitler: 35, 47, 52, 55 Ud over lærebogen kan man få let tilgængelig information på http://www.ssi.dk/rejser/. Samt i EPI-NYT 2015 uge 25 (malaria), uge 22 (ebola) og 2012 uge 6 (dengue).

Tema 8 - Det lidende immunforsvar Introduktion til temaet: Temaet tager udgangspunkt i en HIV-inficeret patient, som progredierer til AIDS. Mikrobiologisk bruges temaet til at gennemgå HIV og opportunistiske infektioner. Immunologisk indledes med gennemgang af primære og sekundære immundefekter. HIV/AIDS-temaet fortsætter ind i øvelseskurserne, hvor der arbejdes med diagnostiske aspekter af blandt andet denne sygdom. Immunologisk fortsættes med autoimmunitet, alloimmunitet, transplantation, blodtypeserologi og tumorimmunologi. Temaets specifikke faglige indhold: Temaet omfatter bl.a. følgende mikrobiologiske emner: Mikrobiologiøvelser som omfatter diagnostiske metoder inden for mikrobiologien. Hepatitis og HIV-infektion. Temaet omfatter bl.a. følgende immunologiske emner: Primære og sekundære immundefekter, autoimmune sygdomme samt transplantation og alloreaktioner. Undervisningen gives som: Forelæsninger: Tema-F8, IM-F11, IM-F12, IM-F13. Holdundervisning: MI-H07, IM-MCQ(H09), IM-MCQ(H08)

http://www.ssi.dk/rejser/

40

Øvelseskurser: MI-Ø1, MI-Ø2, MI-Ø3, MI-Ø4, MI-Ø5, MI-Ø6 Tema-F8 Det lidende immunforsvar Modul b10 Torben Barington Version 20.10.15

Undervisningen vil fokusere på: Temaforelæsningen tager udgangspunkt i 6-7 sygehistorier, som eksemplificerer for-holdet mellem individets immunsystem og mikroorganismerne. Defekter i T-celle-immunitet, B-celle-immunitet (hypogammaglobulinæmi) og det innate immunsystem (fagocytter) berøres og gennemgangen omfatter både erhvervede og kongenitte immundefekter. Der lægges vægt på en forståelse af, hvordan forskellige immun-defekter fører til forskellige infektionsproblemer. Også immundefektdiagnostikken berøres, som oplæg til øvelserne. Anbefalet forberedelse: Litteratur til immunologidelen af Temaforelæsningen: Abbas, 8. udv., kap. 21: Congenital and Acquired Immunodeficiencies Litteratur til mikrobiologidelen af Temaforelæsningen: Schaechter: 23 Mycobacteria: Tuberculosis and Leprosy 38 Human Retroviruses: AIDS and Other Diseases (48 Opportunistic Fungal Infections) IM-F11 Primære og sekundære immundefekter Modul b10 Søren Thue Lillevang Version 01-11-2011

Undervisningen vil fokusere på: Der indledes med kort skitsering af primære/sekundære immundefekter: På grund af immunsystemets kompleksitet er der talrige muligheder for, at defekter kan opstå. De egentlige immundefekter, hvor en eller flere af immunsystemets komponenter ikke fungerer som følge af en medfødt defekt, kaldes primære immundefekter, i modsæt-ning til de sekundære immundefekter, der udløses af udefra kommende påvirkninger, hvoraf AIDS på grund af HIV-infektion er den bedst kendte. Til de erhvervede immundefekter regnes også de iatrogene (lægeligt fremkaldte), fx som bivirkning til immunsupprimerende eller antineoplastisk behandling. Herefter berøres de erhver-vede immundefekter ikke yderligere. Med udgangspunkt i et par kliniske cases (atypisk mykobakteriel infektion, fulminant forløbende EBV-infektion) gennemgås, hvordan mistanken om immundefekt fås ved forekomst af hyppige og/eller atypiske infektioner. De primære immundefekter mani-festerer sig oftest i barnealderen, mens sekundære immundefekter kan debutere i alle aldre. Der lægges vægt på, hvordan vores viden om immunsystemets bekæm-pelse af mikroorganismer kan føre til målretning af diagnostikken ud fra patientens infektionsmønster. Det gennemgås, hvordan et immundefektudredningsprogram tilrettelægges: dels anamnese (infektionsmønster, symptomer, familieanamnese mv.), dels et immunolo-gisk udredningsprogram, som kan omfatte undersøgelser af immunglobulinniveauer, leukocyt- og differentialtælling, granulocytfunktion, lymfocytfænotype og –funktion, mannanbindende lektin, komplement og en række andre undersøgelser. For en del

41

primære immundefekters vedkommende kendes genetiske aberrationer (mutationer, deletioner), som kan undersøges specifikt. Forekomst af primære immundefekter omtales kort: den hyppigste er selektiv IgA-mangel, som rammer ca. 1:400-600, alle de øvrige er meget sjældnere, men til gen-gæld ofte alvorlige. Immundefekter kan ramme såvel det medfødte (innate) immun-system – fx granulocytfunktion, komplement, mannanbindende lektin – som det erhvervede (adaptive) – hvor der kan optræde selektive defekter i B- eller T-lymfo-cytfunktionen, evt. kombinerede B- og T-lymfocytdefekter. Behandlingen af immundefekter spænder fra antibiotikaprofylakse, over substitu-tionsterapi til i de svære tilfælde knoglemarvstransplantation og evt. genterapi.

Anbefalet forberedelse: Abbas 8. udg., kap. 21 IM-F12 Autoimmunologi Modul b10 Søren Thue Lillevang Version 01-11-2011

Undervisningen vil fokusere på: Paradigme: autoimmunitet som bivirkning ved (det adaptive) immunsystem(et)s funktion. Det adaptive systems receptorrepertoire udvalgt på basis af egne antigener – sekvenshomologi mellem mikroorganismer og mennesker. Mekanismer til opretholdelse af tolerance gennemgås (central tolerance, anergi, regulatoriske T-celler/suppression, immunologisk tavshed). Brud på tolerance (nekrose i stedet for apoptose, infektion/inflammation) – det adaptive immunrespons skal initieres af det innate. Autoimmunitet som (normalt) ledsagefænomen til immunresponset. Molecular mimicry (Campylobacter, gr. A streptokokker). Sygdomsspektret – eksempler på sygdomme. Genetik: disposition – HLA, komplement (SLE), PTPN22, IPEX, AIRE Diagnostik: autoantistoffer Behandling: symptomatisk behandling, immunsuppression, plasmaferese. ICS: Inflammatorisk artrit, Bindevævssygdomme

Anbefalet forberedelse: Abbas 8. udg., kap. 15 IM-F13 Transplantation og alloimmunitet Modul b10 Torben Barington Version 20.10.15

Undervisningen vil fokusere på: I det adaptive immunsystem dannes antigenreceptorerne i det enkelte individ, som helt nye og unikke molekyler. Selektion af hensigtsmæssige receptorer (og fraselektion af uhensigtsmæssige) kan derfor kun foregå i det samme individ, som receptorerne er dannet i. Det er muligt at fjerne receptorer (klonal deletion), som binder til molekyler til stede i individet selv (autoantigener), men ikke receptorer, som binder til allele varianter af de samme molekyler i andre individer fra samme art (alloantigener). Det adaptive immunsystem er derfor af natur (også) alloreaktivt. Dette i modsætning til det innate immunsystem, hvor alle receptorerne gennem evolutionen (ved den kønnede formering) har mødt alle allele varianter af gener i

42

populationen og de tilhørende gener er derfor blevet selekteret for, om genkendelse er hensigtsmæssig eller ej for artens videreførelse. Den indbyggede tendens til at genkende alloantigener på lige fod med antigener fra andre organismer giver anledning til en række problemstillinger i humanmedicinen. Det biologisk vigtigste er problemet med graviditet, hvor fosteret altid er allogent i forhold til kvinden. I den moderne medicin dukker problemet også op i forbindelse med transplantation af blod og væv fra én person (donor) til en anden (patienten=recipienten). I begge situationer (graviditet og transfusion/transplantation) er det derfor nødvendigt at tage hensyn til de allogene forskelle. I holdtimen vil vi gennemgå de immunologiske mekanismer bag allogenkendelse, både direkte og indirekte alloreaktion, og de sygdomstilstande, som alloreaktioner udløser i klinikken: transfusionsreaktioner, rejektion af transplantater og graft-versus-host sygdom. Vi vil også gennemgå de vigtigste alloantigener: HLA-systemet, AB0 og RhD-systemet. Endelig vil principperne for forebyggelse af rhesusimmunisering af gravide, principperne for blodtransfusion og principperne for forebyggelse af transplantationsreaktioner blive omtalt. Anbefalet forberedelse: Stoffet vil fx være dækket af Abbas, 8. udg., kapitel 17: Transplantation immunology. MI-H07 Hepatitis og hiv Modul b10 Belinda Klemmensen Mössner Version 25-10-2011

Undervisningen vil fokusere på: Patogenese, virologi, smitteveje og visse kliniske præsentationer af hiv beskrives. Patogenese, virologi og smitteveje for hepatitis A, B og C beskrives. Hepatitis D og E berøres. Sygdomsbilledet ved den akutte og kroniske hepatitis og komplikationer hertil i form af cirrose og hepatocellulært carcinom præsenteres. Endvidere under-vises i den serologiske udredning af den akutte og kroniske hepatitis. Primær pro-fylakse samt generelle epidemiologiske forhold berøres. Anbefalet forberedelse: Kap. 38 + 43 i Schaechter´s “Mechanisms of Microbial Disease”. 4. udgave.

Tema 9 - Forebyggelse og behandling Introduktion til temaet: Temaet tager udgangspunkt den globale mæslingesituation med fokus på sygdoms-forebyggelse gennem vaccination. Immunologisk gennemgås børnevaccinationspro-grammet og passiv immunitet og immunterapi. Mikrobiologisk gennemgås antibiotika, resistensproblemer, hygiejne. Temaet indeholder immunologisk øvelse. Temaet giver endvidere mulighed for løsning af eksamensopgaver dækkende tema-erne: 5-9 med efterfølgende gennemgang af udvalgte opgaver ved holdundervisning (Mi-MCQ(H21), Im-MCQ(H14)). Temaets specifikke faglige indhold:

43

Temaet omfatter bl.a. følgende mikrobiologiske emner: Infektionshygiejne, kommuni-kation mellem kliniker og laboratorium, forebyggelse af endogene infektioner, fore-byggelse af krydsinfektioner, fortolkning af bakteriologiske undersøgelser og fortolk-ning af serologi, PCR og andre analyser. Temaet omfatter bl.a. følgende immunologiske emner: Primære og sekundære immundefekter, autoimmune sygdomme samt transplantation og alloreaktioner. Undervisningen gives som: Forelæsninger: Tema-F9, Mi-F16, MI-F17, MI-F18, MI-F19, MI-F20, MI-F21, MI-F22, IM-F14 MI-F23 Holdundervisning: IM-H10, IM-H11, IM-H12, IM-H13, IM-H14, IM-H15 Der afholdes spørgetime på biomedicinsporet fredag den 3/6-2016 kl. 10.00-11.00 i WP 15, st. Aud. Tema-F9 Forebyggelse og behandling Modul b10 Hans Jørn Kolmos og Henrik Ditzel Version 06-11-2012

Undervisningen vil fokusere på: Temaforelæsningen danner indledningen til undervisningen i infektionshygiejne. Den beskriver baggrunden for hospitalsinfektioner, som grundlag og forståelsesramme for de efterfølgende forelæsninger i infektionshygiejne: Smittekilder og smitteveje (MI-F5) og forebyggelse af endogene infektioner (MI-F7), Forebyggelse af krydsinfek-tioner (MI-F8) og Forebyggelse af smitte fra miljøet (MI–F9). Immunologisk gennemgås grundprincipperne i vaccineudvikling og børnevaccina-tionsprogrammet. De forskellige former for vacciner, så som levende svækkede vac-ciner, dræbte/inaktiverede vacciner, komponentvacciner, og rekombinante vacciner vil blive beskrevet, samt eksempler vil blive givet, herunder koppevaccinen og polio-vaccinen, der har haft kolossal betydning for udryddelse/begrænsning af disse meget alvorlige sygdomme. Endvidere vil principperne ved passiv immunitet og immun-terapi blive gennemgået. Anbefalet forberedelse: Litteraturforslag (infektionshygiejne)

• Schaechter kapitel 75 • Basisbog i diagnostiske fag: kapitel 6 • Kolmos HJ, Jarløv JO. Infektionshygiejne – en nødvendig opgave for alle.

Ugeskr Læger 2007;169:4133 Litteraturforslag (vacciner)

• Abbas kapitel 15 (370-372) MI-F17 Fortolkning af bakteriologiske

undersøgelser Modul b10

Hans Jørn Kolmos Version 09-09-2009

44

Undervisningen vil fokusere på: Mikrobiologiske analyser udføres for at vejlede klinikeren i at stille den rigtige diag-nose og iværksætte den rigtige behandling. For at få det optimale udbytte af mikro-biologisk diagnostik er det afgørende, at man tager prøverne på den rigtige måde og kan fortolke prøvesvarene korrekt. Derfor er kommunikationen mellem kliniker og laboratorium afgørende vigtig. I forelæsningen og den efterfølgende forelæsning og holdtime (MI-F10 og MI-H22) gives indblik i principperne for mikrobiologisk undersøgelse af patienter mistænkt for infektionssygdom. Der gives en kort karakteristik af vigtige typer af mikrobiologiske analyser og af særlige problemer, som knytter sig til prøvetagning, og der gives indblik i hvordan man fortolker mikrobiologiske og serologiske analyseresultater i en klinisk sammenhæng. Anbefalet forberedelse: Litteraturforslag:

• Schaechter kapitel 58 & 63 • Immunologisk og Mikrobiologisk Metodelære (øvelsesvejledningen), afsnittet

om mikrobiologisk undersøgelse af prøver fra patienter.

MI-F18 Infektionshygiejne (smittekilder og –veje) Modul b10 Hans Jørn Kolmos Version 06-11-2012

Undervisningen vil fokusere på: Hospitalsinfektioner omfatter alle infektioner, som opstår i relation til sundhedsydel-ser, uanset om det sker på hospital eller andre steder i sundhedssektoren. Infektio-nerne er relateret til procedurer inden for diagnostik, behandling, pleje og rehabilite-ring. Infektionsspektret favner vidt, fra banal forkølelse til livstruende sepsis med multiresistente bakterier. Smitten kan komme fra andre patienter og fra sundheds-personale (krydsinfektion), fra patienternes egen normalflora (selvinfektion), eller fra ting i miljøet. I Tema-F9 og Mi-F5 vil vi uddybe baggrunden for hospitalsinfektioner, infektions-patogenesen og smittekilder og smitteveje. I de efterfølgende tre holdtimer MI H22-24 vil vi beskæftige os med infektionshygiejniske procedurer, dvs. de sæt af forholds-regler som kan forebygge de forskellige typer af hospitalsinfektioner. De vigtigste forholdsregler er håndhygiejne, uniformshygiejne, rengøring af hospitalsmiljøet, des-infektion og sterilisation af medicinsk udstyr, forholdsregler på operationsstuen, iso-lationsprocedurer og rationel anvendelse af antibiotika. Anbefalet forberedelse:

• I Schaechter kapitel 59 og 75, findes en meget kortfattet gennemgang af infektionshygiejne, som dog langt fra er dækkende. Stoffet må derfor sammenstykkes fra flere forskellige kilder.

• Basisbog i diagnostiske fag: kapitel 6 • Infection Control 2012, kapitel 2: benyt nedenstående link

http://www.intechopen.com/books/infection-control-updates/sources-and-routes-of-infection

• Forelæsningsnoterne er vigtige og herudover kan man have god nytte af nedenstående baggrundslitteratur:



45

• Ugeskrift for Læger 2007 nr. 48 og 49 (to temanumre om infektionshygiejne). Heri kan man især have udbytte af flg artikler:

o Kolmos HJ, Jarløv JO. Infektionshygiejne – en nødvendig opgave for alle. Ugeskr Læger 2007;169:4133.

o Kolmos HJ. Hospitalsinfektioner: aktuelle smittekilder og smitteveje. Ugeskr Læger 2007;169:4138-42.

o Gottrup F et al. Sårinfektioner, præ-, per- og postoperativ infektionsforebyggelse. Ugeskr læger 2007;169:4150-5.

o Høiby N et al. Fremmedlegemeinfektioner – nyt om biofilm og quorum sensing. Ugeskr Læger 2007;169:4163-6.

o Laustsen S, Kristensen B. Håndhygiejne i sundhedsvæsenet – anno 2007. Ugeskr Læger 2007;169:4169-71.

o Andersen LP, Hilsberg P. Desinfektionsmidler og metoder. Ugeskr Læger 2007;169:4243-6.

o Christensen T et al. Rengøringens betydning for forekomst af hospitalsinfektioner. Ugeskr læger 2007;169:4249-51.

o Frimodt-Møller N, Gahrn-Hansen B. Antibiotika i et sygehushygiejnisk perspektiv. Ugeskr Læger 2007;169:4254-6.

o Skov R et al. Methicillinresistente S. aureus og multiresistente Enterobacteriaceae. To af de mest betydningsfulde resistensproblemer i Danmark. Ugeskr Læger 2007;169:4259-62.

• Hans Jørn Kolmos’s forelæsning om hospitalsinfektioner, smittekilder og smitteveje i ”Danskernes Akademi” på DR2: http://www.dr.dk/DR2/Danskernes+akademi/Sundhed_Sygdom/20111010115955.htm

MI-F19 Forebyggelse af endogene infektioner Modul b10 Hans Jørn Kolmos Version 06-11-2012

Se abstraktet og anbefalet litteratur for MI-F18 - Infektionshygiejne MI-F20 Fortolkning af serologi, PCR og andre

analysesvar Modul b10

Abstrakt på Elearn

Michael Kemp Version 01-11-2011


I timen gennemgås kortfattet princippet i påvisning af nukleinsyre med PCR, påvisning af antistof med ELISA, tolkning af disse svar ved undersøgelse af immunstatus overfor en mikroorganisme og ved mistanke om infektion, samt begreberne sensitivitet, specificitet, positiv prædiktiv værdi og negativ prædiktiv værdi.

Anbefalet forberedelse: Schaechter: 58. Diagnostic Principles

MI-F21 Kommunikation mellem kliniker og

laboratorium Modul b10

http://www.dr.dk/DR2/Danskernes+akademi/Sundhed_Sygdom/20111010115955.htm

http://www.dr.dk/DR2/Danskernes+akademi/Sundhed_Sygdom/20111010115955.htm

46

Hans Jørn Kolmos Version 09-11-2009

Undervisningen vil fokusere på: Mikrobiologiske analyser udføres for at vejlede klinikeren i at stille den rigtige diag-nose og iværksætte den rigtige behandling. For at få det optimale udbytte af mikro-biologisk diagnostik er det afgørende, at man tager prøverne på den rigtige måde og kan fortolke prøvesvarene korrekt. Derfor er kommunikationen mellem kliniker og laboratorium afgørende vigtig. I forelæsningen og den efterfølgende forelæsning og holdtime (MI-F17 og MI-F20) gives indblik i principperne for mikrobiologisk undersøgelse af patienter mistænkt for infektionssygdom. Der gives en kort karakteristik af vigtige typer af mikrobiologiske analyser og af særlige problemer, som knytter sig til prøvetagning, og der gives indblik i hvordan man fortolker mikrobiologiske og serologiske analyseresultater i en klinisk sammenhæng. Anbefalet forberedelse: Litteraturforslag:

• Schaechter kapitel 58 & 63 • Immunologisk og Mikrobiologisk Metodelære (øvelsesvejledningen),

afsnittet om mikrobiologisk undersøgelse af prøver fra patienter. • Forelæsningsnoterne til F21

MI-F22 Forebyggelse af krydsinfektioner Modul b10 Hans Jørn Kolmos Version 06-11-2012

Se abstraktet og anbefalet litteratur for MI-F5 - Infektionshygiejne

MI-F23 Forebyggelse af smitte fra miljøet Modul b10 Hans Jørn Kolmos Version 06-11-2012

Se abstraktet og anbefalet litteratur for MI-F18 - Infektionshygiejne

IM-F14 Tumorimmunologi

Modul b10

Morten Gjerstorff Version 06/10-2014

Undervisningen vil fokusere på: Baggrunden for at det medfødte og det erhvervede immunsystem responderer på tumorer og kan dræbe tumorceller vil blive gennemgået. Indenfor det medfødte immunrespons vil der blive fokuseret på effekten af natural killer (NK) celler og makrofager, mens de CD8+ cytotoksiske T lymfocytter vil være i fokus indenfor det erhvervede immunrespons. De forskellige former for tumorantigener bliver gennemgået. Disse inkluderer produkter af muterede gener, unormalt udtrykte cellulære proteiner, antigener fra onkogene vira, onkoføtale antigener, ændrede glykolipider eller glykoproteiner, og vævsspecifikke differentieringsantigener. Cancercellernes forsøg på at undgå kroppens immunforsvar vil blive omtalt. Ligeledes vil forskellige former for immunterapi blive gennemgået. Disse inkluderer stimulering og aktivering af kroppens eksisterende immunrespons overfor tumorer,

47

samt passiv immunterapi hvor T celler eller antistoffer administreres til cancerpatienter. Endelig vil nyere resultater, der tyder på at immunforsvaret (bl.a. ved kronisk inflammation) også har en cancer promoverende effekt, blive præsenteret. Anbefalet forberedelse: Kapitel 18 i Abbas, Lichtman and Pillai: Cellular and molecular immunology. 8th ed. IM-H10 Immunologiske metoder:

Antistoffer – produktion og anvendelse Modul b10

Abstrakt på Elearn Morten Frier Gjerstorff Version 07-05-2015

Undervisningen vil fokusere på: Antistoffer som redskab har revolutioneret diagnostik, behandling og forskning. I denne time vil vi diskutere typer af antistoffer, samt hvordan de rejses og produceres. Vi vil gøre dette i relation til B cellers biologi. Vi vil også gennemgå tidligere eksamensopgaver der beskæftiger sig med emnet. Anbefalet forberedelse: Abbas et al. ”Cellular and molecular immunology” Kapitel 5 (Antibodies and antigens). Im-H11 Immunologiske behandlingsprincipper Modul b10 Kristian Assing Version 20-10-2015


1. Teoretisk gennemgang af principperne bag aktiv og passiv immunisering. 2. Teknologier til fremstilling af antistoffer til diagnostik og behandling 3. Løsning af relevante eksamensopgaver inden for emnet

Principper bag antistofmedieret immunitet gennemgås med udgangspunkt i antistoffernes opdagelse i 1892. Passiv immunitetsoverførsel gennemgås med eksempler fra klinikken og principperne bag vacciner (herunder konjugate vacciner) omtales. Teknikker til fremstilling af monoklonale antistoffer gennemgås og principper for deres anvendelse i klinikken berøres.


4. Abbas 8. udg. s. 87-99 og 354-7 (Strategies for vaccine development) IM-H12 Immunologiske metoder:

Immunkemiske metoder I forskning og diagnostik

Modul b10



48

I denne time vil vi dække de mest brugte immunkemiske teknikker i forskning og diagnostik. Vi vil have fokus på enzyme-linked immunosorbant assay (ELISA), som bl.a. benyttes i udredning af infektionssygdomme, og på antistofbaserede immunfarvninger af celler og væv. Vi vil også gennemgå opgaver der illustrerer diagnostisk anvendelse af ELISA. Anbefalet forberedelse: Abbas et al. ”Cellular and molecular immunology” Kapitel 5 (Antibodies and antigens), samt kapitlerne ”Quantification of antigen by immunoassays” og ”Western blotting” side 503-505 i appendix IV (inklusiv figurerne A-1 og A-3) IM-H13 Diagnostisk anvendelse af autoantistoffer –

Immunologi i diagnostik og behandling

Modul b10

Søren Thue Lillevang 03.11.15

Den empiriske baggrund for anvendelse af påvisning af autoantistoffer i diagnostisk øjemed. Gængse metoder til påvisning af autoantistoffer. Eksempler på autoimmunsygdomme og associerede autoantistofspecificiteter, der anvendes diagnostisk/prognostisk. Foreslået forberedelse: Abbas, 8. udg. Kap. 15, Appendix IV om ELISA-metode. IM-H14 Immunologiske metoder:

Undersøgelse af immunforsvarets celler Modul b10


Undervisningen vil fokusere på: I denne time diskuteres primært hvordan flow cytometri kan bruges til undersøgelse af kroppens immunceller. Denne teknik er bl.a. anvendelig i forbindelse med udredning af leukæmi, HIV infektioner og immundeficiens. Vi vil også gennemgå opgaver der illustrerer diagnostisk anvendelse af flow cytometri. Anbefalet forberedelse: For at forstå teknikken er det en god ide at læse kapitlerne ”Flow cytometry and fluorescence-activated cell sorting” og ”Purification of cells” side 506-509 i Abbas et al. ”Cellular and molecular immunology” (inklusiv figur A-4). Im-H15 Stamcelletransplantation og genterapi Modul b10 Torben Barington Version 20-10-2015

49


1. Teoretisk gennemgang af de immunologiske aspekter af allogen stamcelleterapi inklusive afstødning og graft-versus-host-sygdom.

2. Teoretisk gennemgang af principperne bag genterapi for immundefekt og genetisk manipulation af T-celler i cancerbehandlingen.

3. Løsning af relevante eksamensopgaver inden for emnet allogen transplantation


5. Abbas 8. udg. kap. 17 (specielt s. 379-81 (Haematopoietic stem cell transplantation))

7. Akademikersporet Undervisningen begynder mandag den 02.05.16. Velkommen til akademikersporet. Vores vision for Akademikersporet er at: Den studerende skal have kendskab til:

• grundlæggende begreber inden for kvantitativ sundhedsvidenskabelig forskning

• grundlæggende principper for epidemiologiske og biostatistiske analysemetoder i sundhedsvidenskabelig forskning grundlæggende principper for indsamling og bearbejdning af data, hvad enten disse indhentes fra laboratorieforsøg, journalmaterialer, registre, spørgeskemaer eller interviews

I modulet indgår 11 forelæsninger og 29 holdtimer. Undervisningen starter i uge 18. Eksamen ligger i uge 23. Tidspunkter og lokaler fremgår af skemaet, der findes på e-learn. Tallet i parentes efter modulugen henviser til kalenderugen, der korresponderer med modulugen.

Moduluge 4 (uge 18) Forelæsninger: A-F01, A-F02, F-03, F-04 Holdtimer:A-H01 – A-H04 samt A-H05 – A-H09 A-F01. Introduktion til forskningsmetodik (Rune Lindahl-Jacobsen) Hvorfor skal medicinstuderende have et forskningsmetodologisk kursus? Hvor kommer viden fra? Kan vi stole på vores viden?

Rune Lindahl-Jacobsen Mikael Thinggaard

50

Viden er en foranderlig størrelse, der afhænger af tid og sted. Forskningsmetodolo-gisk indsigt er nødvendig for at kunne vurdere nuværende viden og kommende nye resultater af betydning for tænkning og behandling inden for lægevidenskaben. Den viden som reflekteres i lærebøger fremstilles ofte som ”sandheden”. I videnska-belige artikler er fremstillingen meget anderledes. I timen vil der blive givet en gene-rel introduktion til videnskabelige artikler samt forskningsmetodik og blive givet en kort oversigt over kurset. Endelig repeteres studiedesign, associationsmål og hyppighedsmål fra modul 3 kort. A-F02. Statistik i sundhedsvidenskab (Mikael Thinggaard) Statistik i sundhedsvidenskab spiller en betydelig rolle i:

• forståelse – hvad er årsagen til processer, herunder sygdomme, og hvilke konsekvenser forventes?

• diagnostik – med hvilken sikkerhed kan vi konkludere på baggrund af oplysninger om symptomer og signaler?

• behandling – hvilken indsats er effektiv for hvem og hvornår? • prognose – hvordan vil specifikke patienter med en given sygdom klare sig

over en periode? - generelt, hvorledes vil befolkningsgrupper med en given sundhedsrisiko klare sig over en periode?

Ordet ‘statistik’ er afledt af det latinske ‘status’ og statistisk analyse går for en stor del ud på at gøre status, uddrage essentiel information fra undersøgelser og skabe modeller for sammenhænge. I denne første forelæsning betragter vi statistikkens hovedområder i sundhedsvidenskab, nemlig: Design af undersøgelse, beskrivelse, analyse og fortolkning. Basale statistiske begreber introduceres. Empirisk baseret forskning går ud på at opstille (falsificerbare) hypoteser, for så at teste hvorvidt de er i overensstemmelse med det observerede. Eksempelvis kan vi betragte hypotesen: Fødselsvægten af drenge og piger er ens i middel. Hvis hypotesen er forkert, så er middelfødselsvægten større for drenge end for piger eller omvendt. Der er kun én måde at afgøre, om hypotesen er rigtig eller forkert: Ved at veje alle spædbørn! Det vil vi ikke gøre, men i stedet nøjes med at veje nogle af børnene, altså udtage en stikprøve. Baseret på stikprøven vil vi give et kvalificeret gæt på hypotesens rigtighed. Det gøres ved at udføre et t-test. Dette test optræder i to udgaver, hvor hver afhænger af eksperimentets design; Det uparrede t-test optræder hvis der kun er én observation for hvert individ, men hvor hvert individ hører til én af to grupper Hvis vi har et par af observationer for hvert individ, så anvendes det parrede t-test. Sådanne test resultere i en teststørrelse hvorfra man kan udlede en sandsynlighed for at observere en stikprøve med en middelvægtforskel, der er mindst lige så kritisk for hypotesen, som den middelvægtforskel vi allerede har observeret, når hypotesen er sand. Denne størrelse kaldes for testets p-værdi. Jo mindre p-værdi, des mindre tiltro har vi til hypotesen, og des mere tilbøjelig er vi til at forkaste den. A-F03. Hyppighedsmål, kontrolgrupper og associationsmål (Rune Lindahl-Jacobsen)

51

Måling af hyppigheden af sygdomme/tilstande spiller en meget central rolle i langt de fleste medicinske forskningsprojekter fra de deskriptive studier (hvor hyppig er diabetes?) til de analytiske (nedsætter et medikament risikoen for recidiv?). De centrale hyppighedsmål: incidens, prævalens og risiko gennemgås, og de forskellige designs, som giver disse hyppighedsdata, introduceres som. Begrænsninger ved målene påpeges: prævalens er ikke velegnet til årsagssøgende forskning. Risiko er afhængig af tidsperioden, der studeres. Der er logistiske problemer ved incidensstudier. En række eksempler på angivelse af hyppighedsmål fra lærebøger og artikler vil blive præsenteret og diskuteret. En stor del af den medicinske forskning er baseret på sammenligning af to eller flere grupper. Nogle gange er sammenligningen klar (fx ved to behandlingsformer), andre gange sammenlignes en gruppe af eksponerede (fx stråleeksponerede Thulearbejdere) med ”baggrundsbefolkningen”. Der udvises ofte stor omhu i bestemmelsen af case-gruppen/den eksponerede gruppe, mens kontrolgruppen tildeles mindre betydning. Imidlertid er de to grupper lige afgørende for sammenligningen. De basale associationsmål: rate ratio, difference og odds-ratio gennemgås. A-F04. Analyse af kategoriske data (Mikael Thinggaard) Sandsynlighed, risiko og odds (for sygdom). Vi betragter statistisk inferens for disse mål i form af konfidensintervaller og simple test. Proportioner opstår af kategoriske variable. Det kan eksempelvis være andelen af overvægtige (BMI er større end eller lig 25 kg/m2), prævalens af diabetes eller inci-dens af vuggedød. Vi gennemgår inferens for proportioner og sammenligning af disse. Binomial- og normalfordelingen er essentielle for dette. Eksponering-Sygdomsassociation: Er der sammenhæng mellem eksempelvis spæd-børns soveleje (i form af maveleje eller ej) og vuggedød? Mere generelt: Vi studerer en eventuel sammenhæng mellem to fænotyper, der observeres som kategoriske variable. En sådan sammenhæng søges kvantificeret ved associationsmål som relativ risiko og odds ratio. Den generelle ide bag metoden for test for sammenhæng er følgende: Først antager vi, at de to variable er uafhængige (nul-hypotesen). Dernæst undersøger vi rimeligheden af denne antagelse på baggrund af den observerede stikprøve. Jo mere urimelig antagelsen om uafhængighed er, des mere tiltro har vi til, at der er en sammenhæng. Analysen er generel for epidemiologiske og kliniske forsøg. A-H01 – AH02 Epidemiologi: Baggrund for undervisning i artikellæsning og opbygning af videnskabelige artikler: Opgaveløsning i kompendium svarende til forelæsningstitel (findes på e-learn under akademikersporet). A-H03 – A-H04 Statistik: Basale begreber – beskrivelse af observationer, normalfordeling, konfidens og t-test. I holdtimerne arbejdes med opgaver og eksempler gennemgås. Opgaver, eksempler, læseplan og forståelsesspørgsmål findes i kompendium for statistik i afsnittet svarende til forelæsningstitlen.

52

Kan vi beskrive det, som vi observerer? Når forsøg udføres, så opsamler vi en mængde information. Det kan eksempelvis være ved måling af blodtryk, observation af depression, udførelse af spørgeskemaundersøgelse, osv. Vi vil gerne beskrive data, og et vigtigt indledende skridt er grafisk præsentation og klassifikation af data. Vi betragter gennemsnit og varians, som giver oplysninger om data, samt indledende statistisk inferens; konfidens og hypotesetest. Forudsætninger: At den studerende har læst:

• Juul S: Epidemiologi og evidens, 2. udgave. København: Munksgaard, 2012. Side 13-18.

• Kirkwood og Sterne: Medical Statistics: Side 33-79. Eller:

• Olsen J, Overvad K & Juul S: Analytisk Epidemiologi. En introduktion, 2. udgave. København: Munksgaard, 1998. Side 51-64.

• Rothman KJ: Epidemiology. An Introduction. Oxford, New York: Oxford University Press, 2002. Side 1-7.

• Hammar og Persson: A short course in biostatistics: Side 9-21. Læringsmål: At den studerende skal kunne:

• forstå den helt centrale placering, som forskning har i deres kommende gerning

• pointere at den lægevidenskabelige viden ikke er absolutte sandheder • anvende basale statistiske begreber • anvende basale statistiske udregninger • give en oversigt over kurset

A-H08-AH09: Statistik: Association for kategoriske udfald og eksponeringer. Hyppigheds- og associationsmål, test. Opgaver, eksempler, læseplan og forståelsesspørgsmål findes i kompendium for statistik i afsnittet svarende til forelæsningstitlen. A-H05-AH06 Epidemiologi: Opgaveløsning i kompendium svarende til forelæsningstitel. Forudsætninger: At den studerende har læst:

• Juul S: Epidemiologi og evidens, 2. udgave. København: Munksgaard, 2012. Side 49-59 samt 83-104.

• Kirkwood og Sterne: Medical Statistics: Side 131-176.

Eller: • Rothman KJ: Epidemiology. An Introduction. Oxford, New York: Oxford

University Press, 2002. Side 8-23 samt 57-93.

53

Læringsmål: At den studerende skal:

• Forstå årsagsbegrebets og dets relation til epidemiologiske studier • Kunne sondre imellem de forskellige studiedesigns og deres anvendelse til

produktion af evidens. • forstå den vigtige sondring mellem statistiske associationer og kausalitet • kunne redegøre for de vigtigste epidemiologiske studiedesigns, samt deres

styrker og svagheder • have forståelse for sygdommes komplekse kausalitetsnet • blive fortrolig med analysen af kategoriske variable, krydstabeller og

tilhørende test for uafhængighed. Chi2 testet • kunne bestemme konfidensintervaller for de klassiske associationsmål • kunne angive metoder for analysen af matchede design og hensyntagen til

confoundere • kunne anvende hypotesetest-begrebet

Moduluge 5 (uge 19) Forelæsninger A-F05, A-F06, A-F07, A-F08 Holdtimer A-H10, A-H11, A-H12, A-H13 (A-H14 ligger i moduluge 20) A-F05. Regressionsmodeller 1 (Mikael Thinggaard) I denne uge primært fokus på sammenligning af to numeriske fænotyper (måledata). Hvornår kan vi med rimelighed sige, at disse to fænotyper er associeret? Hvordan ændres lungefunktion med alder i barndommen? Hvis vi måler lungefunktionen blandt 653 unge i alderen 4 til 18 år kan vi udregne hvad lungefunktionen ændre sig med per 1 års aldersstigning? Er lungefunktion associeret med alder i barndommen? Og yderligere; Hvor stor er ændringen, og er denne ændring signifikant? En ofte anvendt metode til at afgøre om to numerisk fænotyper er associeret, er lineær regression. Lineær regression går ud på at beskrive en variabels vækst eller formindskelse i forhold til en anden. Mens regressionsanalyse går ud på at give et udtryk for sammenhængen mellem variable, vil vi med korrelationsanalyse give et mål for sammenhængens størrelse. Korrelation er et associationsmål for numeriske variabler. Vi vil i forelæsningen diskutere, hvordan vi estimere, anvender og fortolker lineære regressionsmodeller. Vi vil desuden snakke om transformationer og modelkontrol af lineære regressioner.. Forudsætninger: At den studerende har læst:

• Kirkwood og Sterne: Medical Statistics: Side 87-97 og 107-126.

54

Læringsmål: At den studerende skal:

• blive fortrolig med typen af spørgsmål, hvor regressionsanalyse kan give

svar. • kan udføre simpel lineær regression og kan fortolke resultaterne. • forstå forudsætningerne ved lineær regression og ved hvordan man kan tage

hånd om disse forudsætninger. • kan fortolke resultaterne ved log transformerede variabler.

A-F06. Regressionsmodeller 2 (Mikael Thinggaard) Kan vi beskrive sammenhængen mellem variable? Vi ønsker at opstille en model, som kan belyse sammenhæng mellem variable, eksempelvis for en eksponerings påvirkning af et udfald, hvor der tages hensyn til indflydelse af andre faktorer af betydning for sammenhængen. Regression er til stor nytte i undersøgelsen af effekten af flere faktorer (uafhængige variable) på en fænotype (den afhængige variabel). Dette kaldes multipel regression. Kendes effekten af de indgående faktorer (eksempelvis vægt og alder) så kan vi tage højde for disse, når vi vurdere fænotypen (eksempelvis det systoliske blodtryk). Med udgangspunkt i ovennævnte regressionsbegreb introducerer vi multipel regression, hvor vi vil gennemgå forudsætningerne ved multiple regression, og vi vil igen se hvordan vi kan tage højde for disse forudsætninger, f.eks. ved at introducere interaktionsmodeller. Forudsætninger: At den studerende har læst:

• Kirkwood og Sterne: Medical Statistics. Side 87-117. Læringsmål: At den studerende:

• kan forklare anvendelsen af multipel regression i forbindelse med justering af confounder-effekt.

• kan fortolke resultaterne ved multiple regression med interaktionsled. A-F07. Epidemiologiske studiedesigns og evidenshierarkiet. Årsagsbegrebet. (Rune-Lindahl-Jacobsen) Evidens er et buzzword i sundhedsvidenskab. Ifølge Medicinsk Kompendium og andre kilder er den randomiserede kliniske undersøgelse og metaanalyser af sådanne kilde til den højeste evidens. Men langt fra alle sundhedsvidenskabelige problemstillinger kan undersøges i randomiserede kliniske trials. Når årsager til syg-domme skal udforskes må man oftest benytte sig af observationelle studiedesigns:

55

kohorteundersøgelsen eller case-kontrolundersøgelsen. Også tværsnitsstudier og korrelationsstudier kan give ny indsigt i sygdomsårsager. De forskellige studiedesigns og deres styrker og svagheder vil blive gennemgået. Årsager til sygdomme og relationen til forebyggelse og behandling vil blive diskuteret i relation til evidenshierarkiet. A-F08. Regressionsmodeller 3 (logistisk regression) (Mikael Thinggaard) Kan vi beskrive sammenhængen mellem variable når outcome er en binær variabel? Regression går ud på at beskrive en variabels vækst eller formindskelse i forhold til en anden. Eksempelvis kan vi beskrive forøgelsen af det systoliske blodtryk, når vægten forøges. I logistisk regression modelleres odds for outcome ved hjælp af regressionsmodeller, og det betyder, at fortolkningen af de forklarende variable ændrer betydning. Vi ser på, hvorledes logistiske regressionsmodeller kan bruges til at associere flere forklarende variable med en binær respons, som eksempelvis død/i live. A-H10 – A-H12 Statistik: Lineære regression modeller med fokus på forståelse og forudsætninger af disse modeller. Opgaver, eksempler, læseplan og forståelsesspørgsmål findes i kompendium for statistik i afsnittet svarende til forelæsningstitlen. A-H13 – A-H14 Statistik: Multiple regression modeller hvor fokus bliver forståelse af confounder justering og interaktionsmodeller. Opgaver, eksempler, læseplan og forståelsesspørgsmål findes i kompendium for statistik i afsnittet svarende til forelæsningstitlen.

Moduluge 6 (uge 20) Forelæsninger A-F09, A-F10, A-F11 Holdtimer: A-H14, A-H15, A-H16, A-H17, A-H19, A-H20, A-H21, A-H22 A-F09. Validitet og Bias inkl. Confounding (Rune Lindahl-Jacobsen) Kan vi stole på forskningsresultater? Det afhænger først og fremmest af intern validitet, dvs. om undersøgelsen er lavet uden skævheder (bias). De hyppigste biasformer: selektion, information og confounding gennemgås med udgangspunkt i eksempler. Selv om en undersøgelse har god intern validitet, er det ikke sikkert, at der kan generaliseres til andre grupper, steder og tider. Om der kan, vil ofte være baseret på et mere eller mindre velbegrundet skøn. Der findes forskellige metoder til håndtering af bias og confounding afhængigt af om man befinder sig i indsamlingsfasen eller analysefasen af et studie. Disse metoder anvendes i videnskabelig produktion og vil blive gennemgået. Forskellen mellem reproducerbarhed og validitet vil blive fremhævet.

56

A-F10. Overlevelsesanalyse (Mikael Thinggaard) Introduktion til overlevelsesanalyse. Følgende situation optræder meget ofte: En begivenhed er indtruffet, og man vil gerne udtale sig om, hvornår en efterfølgende begivenhed indtræder. Det kan eksempelvis være ventetiden fra ophør af indtagelse af p-piller til graviditet, eller ventetiden fra udviklingen af visse cancertyper til død. Er ventetiden kortere eller længere end den forventede ventetid? Er ventetiden forskellig fra det forventede under nul-hypotesen om ingen sammenhæng, så synes de to begivenheder at have noget med hinanden at gøre. Dette konkretiseres i overlevelsesanalyse, som er et uhyre nyttigt, og ofte anvendt i sundhedsvidenskabelig forskning. Det er som bekendt vanskeligt at spå - især om fremtiden. Vi betragter empiriske og modelbaserede overlevelseskurver, samt studerer kvalitative statistiske forskelle i disse ud fra studiedesign. Cox’ regressionsmodel omtales. A-F11. Hvorfor har en læge brug for epidemiologi? (Kaare Christensen) At beskrive og forstå sygdommes udbredelse i populationer er vigtigt for læger – også i det daglige kliniske arbejde. Intuitivt kunne man forvente at diagnostik og behandling af den enkelte patient er uafhængig af den øvrige population som patienten er en del af, sådan forholder det sig imidlertid ikke. Tolkningen af testresultater er f.eks. afhængig af forekomsten af sygdommen i populationen. Yderligere kan der være direkte modsætningsforhold mellem hvad der er hensigtsmæssigt på populationsniveau og hvad der gavner den enkelte patient. Den klinisk arbejdende læge vil møde sådanne problemstillinger og behøver epidemiologiske redskaber og indsigt til at håndtere sådanne problemstillinger. Testresultaters afhængighed af populationsfrekvenser vil blive gennemgået, ligesom screeningsproblematikker. AH15-AH17. Epidemiologi: Opgaveløsning i kompendium svarende til forelæsningstitel. AH17-AH18 Statistik. Opgaver, eksempler, læseplan og forståelsesspørgsmål findes i kompendium for statistik i afsnittet svarende til forelæsningstitlen. Forudsætninger: At den studerende har læst:


• Kirkwood og Sterne: Medical Statistics. Side 177-204 og 429-433. • Hoffrage U, Lindsay S, Hertwig R, Gigerenzer G: Communicating statistical

information. Science 2000;290:2261-2262. Læringsmål:

57

At den studerende skal:

• blive fortrolig med typen af spørgsmål, hvor logistisk regression kan give svar • at kunne fortolke og konkludere på baggrund af resultaterne fra en logistisk

regressionsmodel • kunne forklare de estimerede effekter for kvantitative og kategoriske

forklarende variable fra logistisk regression • have kendskab til anvendelserne af logistisk regression • kunne forstå at positiv prædiktiv værdi er en central størrelse i klinisk arbejde

AH19 – AH22 Epidemiologi: Opgaveløsning i kompendium svarende til forelæsningstitel.

Moduluge 7 (uge 21) Holdtimer: A-H18, A-H23, A-H24, A-H25, A-H26, A-H27, A-H28, A-H29 AH23 – AH25 Statistik: Opgaver, eksempler, læseplan og forståelsesspørgsmål findes i kompendium for statistik i afsnittet svarende til forelæsningstitlen.

Forudsætninger: At den studerende har læst:

• Juul S: Epidemiologi og evidens, 2. udgave. København: Munksgaard, 2012. Side 162-181. Samt artikelsamling med navnet ’Interventionsstudier’ placeret på e-learn

• Kirkwood og Sterne: Medical Statistics. Side 225-233 og 272-294. Læringsmål: At den studerende skal:

• blive fortrolig med basale begreber i overlevelsesanalyse, herunder overlevelseskurver

• have kendskab til anvendelser af Cox’ regressionsmodel • blive fortrolig med betydningen af populationsparametre i tolkningen af

diagnostiske tests for den enkelte patient • forstå at der kan opstå et modsætningsforhold mellem, hvad der er bedst for

en population, og hvad der er bedst for enkelte patienter A-H26 – A-H29) - Epidemiologi: Opgaveløsning i kompendium svarende til forelæsningstitel + tidligere eksamensopgaver.

Forudsætninger: At den studerende har læst:

• Kirkwood og Sterne: Medical Statistics. Side 272-294.

58


Supplerende litteratur:

• Hoffrage et al.: Communicating Statistical Information. Science 2000;290:2261-2.

Læringsmål: Den studerende skal:

• blive fortrolig med typen af spørgsmål, hvortil regressions- og korrelations-analyse kan give svar. Kunne udføre simpel lineær regression og fortolke korrelation

• kunne forklare anvendelsen af multipel regression i justering for confounder-effekt

• have kendskab til anvendelserne af Poisson- og logistisk regression • kunne forstå at positiv prædiktiv værdi er en central størrelse i klinisk arbejde • kunne vurdere størrelsen af den positive prædiktive værdi ud fra et tests

sensitivitet og specificitet samt sygdommens prævalens • kende de forskellige typer interventionsstudier der anvendes inden for

sundhedsvidenskaben og forstå deres fordele og ulemper • kunne fortolke resultater fra interventionsstudier præsenteret som

primærlitteratur og forholde sig kritisk til validiteten

Der afholdes spørgetime på Akademikersporet onsdag 01.06.16 kl. 17-18 i Emil.

GENERELT: For at bestå modul 10 skal du:

• Have bestået den skriftlige moduleksamen (multiple choice) på biomedicinsporet

• Have bestået den skriftlige moduleksamen (multiple choice) på akademikersporet

Eksamensoplysning for medicin: http://www.sdu.dk/information_til/studerende_ved_sdu/din_uddannelse/bachelor/medicin_bachelor/undervisning+og+eksamen Generelle oplysninger om digital eksamen: http://www.sdu.dk/Om_SDU/Fakulteterne/Sundhedsvidenskab/Studerende/Digital_eksamen Her står bl.a.: De studerende er selv ansvarlige for at orientere sig om retningslinjer og praktiske forhold omkring digitale eksamener. For at du kan afvikle din eksamen digitalt er det nødvendigt at du:

• Orienterer dig på modulets e-learn side om eksamensforholdene. • Læser Håndbog for studerende (.pdf) - vær opmærksom på, at håndbogen

løbende opdateres, så print den ikke ud.

http://www.sdu.dk/information_til/studerende_ved_sdu/din_uddannelse/bachelor/medicin_bachelor/undervisning+og+eksamen

http://www.sdu.dk/information_til/studerende_ved_sdu/din_uddannelse/bachelor/medicin_bachelor/undervisning+og+eksamen

http://www.sdu.dk/Om_SDU/Fakulteterne/Sundhedsvidenskab/Studerende/Digital_eksamen

http://www.sdu.dk/Om_SDU/Fakulteterne/Sundhedsvidenskab/Studerende/Digital_eksamen

http://www.sdu.dk/%7E/media/Files/Om_SDU/Fakulteterne/Sundhedsvidenskab/studerende/Digital_eksamen/Digitale%20stedpr%C3%B8ver%20p%C3%A5%20Det%20Sundhedsvidenskabelige%20Fakultet%20-%20h%C3%A5ndbog%20til%20studerende%20210212.pdf

59

• Gennemser videoklippene her, der viser dig hvordan en digital stedprøve vil finde sted.

• Sikrer dig at din computer kan tilgå det trådløse netværk Eduroam, og at du i god tid har downloadet eventuelle programmer, der er påkrævet i forbindelse med den digitale eksamen.

Biomedicinsporet evalueres ved en digital multiple choice-eksamen (17.01.17) med 80-100 opgaver af typen (”one best answer”). Opgaver af samme type bliver udleveret via e-learn til brug ved holdundervisningen under tema 4 og 9. Eksamen er uden hjælpemidler og varer 2 timer. Der anvendes 7-trinsskalaen. Du skal have over halvdelen af opgaverne rigtigt besvaret for at bestå (karakteren 02 eller højere). Karakteren 12 gives for den fremragende præstation, hvilket typisk betyder mere end 83% af opgaverne rigtigt.

Akademikersporet evalueres ved en digital multiple choice-eksamen (19.01.17) med 25-35 opgaver. Det er en 3 timers eksamen, hvor alle hjælpemidler er tilladt. Der anvendes 7-trinsskalaen. Du skal have over halvdelen af opgaverne rigtigt besvaret for at bestå (karakteren 02 eller højere). Karakteren 12 gives for den fremragende præstation, evt. med få mangler. Der vil blive brugt Exammonitor, se nærmere herom her .

Du vil få besked om resultatet af din eksamen senest 4 uger efter eksamensdatoen. Link til eksamensregler og bestemmelser. EKSEMPLER PÅ EKSAMENSOPGAVER: I eksamensmappen på e-learn findes eksamenssæt fra biomedicinsporet. Opgaverne er glimrende til at understøtte læsningen undervejs på modulet. Eksa-mensrepræsentative opgaver vil blive tilgængelige på e-learn under tema 4 og 9.

Appendix 1 - særlige oplysninger om bogkøb Indkøb af lærebøger og supplerende faglig litteratur kan fx ske i FADL Boghandel (Klinikbygningen) Tlf: 6613 7406 Email: [email protected] Adresse: Sdr. Boulevard 29, 5000 Odense C Åbningstid: mandag-fredag kl. 10-16 samt i Studenterboghandelen (Campus) Tlf: 65501700 Alternativer: 1705, 1708 Email: [email protected] Hjemmeside: http://www.boghandel.sdu.dk Adresse: Studenterboghandelen, Campustorvet Åbningstider: mandag-torsdag 9.30-17.15; fredag 9.30-15.00 Et link til lærebøger, priser osv. finder du hos Academic Books - Panum: http://www.academicbooks.dk/ Panum Instituttet Blegdamsvej 3b, st.

Feltkode ændret

Feltkode ændret

http://www.youtube.com/user/StudentElearnSDU

http://static.sdu.dk/mediafiles/2/6/A/%7B26AD1504-050E-44AB-B42E-855492133A20%7DDigital%20eksamen%20p%C3%A5%20Det%20Sundhedsvidenskabelige%20Fakultet%20-%20h%C3%A5ndbog%20til%20studerende%20(version%20januar%202016).pdf

http://www.sdu.dk/%7E/media/FFCE3DB2A50542F3B866E551AB27E82D.ashx



http://www.boghandel.sdu.dk/

http://www.academicbooks.dk/

60

2200 København N Tlf.: 3532 6809 E-mail: [email protected] Åbningstid: mandag-torsdag 9.00-17.30, fredag 9.00-16.00


Documents

Study-guide for Modul 1: Liv, sundhed og sygdom · 2016-11-09 · og i dermatologi. I de sidste to tilfæ lde er det dog kun en mindre del af bøgerne, ... anatomi (mikro sko-pisk