SNP molekulinio kariotipavimo rezultatai -ŪLL. Genetinių … · 2018-09-13 · •4 monosomija •7 monosomija •8 trisomija •9 monosomija •13 monosomija •17 monosomija Genai,

SNP molekulinio kariotipavimo rezultatai - ŪLL.

Genetinių tyrimų algoritmas HOTC

SNP-A analizė• Naudoti mikrolustai, turintys 300 000 SNP žymenų

• Ištirti 20 suaugusiųjų ŪLL pacientų.

V P, 63 m.

V P, 63 m.

Nustatytos genominės aberacijos:

• dup(1q)

• del(1)(p23) (16.7 Mb) – RPS7, TPO

• del(5q)

• dup(10)(p12p15) (13 Mb) – CUBN, MLLT10

• del(10)(q21.2) (4.2 Mb) – ZNF365

• del(10)(p14) (2.8 Mb) – CELF2

Genai, patenkatys į nustatytas aberacijas:

RPS7 – koduoja ribosominį baltymą, reikalingas rRNR brendimui.

TPO – skydliaukės hormonų T(3) ir T(4) reguliatorius.

CUBN – dalyvauja vit.B12, geležies, lipoproteinų metabolizme.

MLLT10 - myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia. Transkripcijos veiksnys, būna fusion

• dup(13q)

• 20 trisomija

• 21 trisomija

• del(22)(q13qter) (8.1 Mb)

• 17p LOH

leukemia. Transkripcijos veiksnys, būna fusion su MLL.

ZNF365 – dalyvauja šlapimo rūgšties metabolizme.

CELF2 – su RNR sąveikaujantis baltymas, siejamas su neuroblastoma.

Laboratoriniai duomenys

• mėginys – kaulų čiulpai

• blastai – kč nevertinti

• blastai kraujyje – 75%

V J, 22 m.


• dup(4q) (227 Kb) – GRID2

• del(9)(p22) (1.1 Mb) – 24 genai, IFNA1,

CDKN2A

• 21 trisomija

• 13q LOH


GRID2 – jonotropinis glutamato receptorius, dalyvauja neurotransmiterių pernašoje. Funkcijos sutrikdymas siejamas su neuronų apoptoze.

IFNA1 – interferonas-alfa, produkuojamas makrofagų, būdingas antivirusinis aktyvumas

CDKN2A – nuo ciklinų priklausantis kinazės 2A inhibitorius, vėžio supresorius, dalyvauja reguliuojant G1 ir G2 ląstelės stadijas,

V J, 22 m.

reguliuojant G1 ir G2 ląstelės stadijas, stabilizuoja p53 baltymą, jungiasi ir reguliuoja (slopina) BCL6 geno transkripcijos aktyvumą



• blastai – 86%

• kariotipu nustatyta 21 trisomija

S R, 55 m.


• del(9)(p13) (2.8Mb) – PAX5, FANCG


PAX5 – dalyvauja B-ląstelių diferencijacijoje

FANCG – DNR reparacijos baltymas, dalyvauja post-replikacinėje reparacijoje, yra ląstelės ciklo “check-point” reguliatorius, siejamas su Fankoni anemija

S R, 55 m.



• blastai – 87%

• BCR-ABL(+)

S Ž, 25 m.

S Ž, 25 m.


• dup(2q) (16 Mb)

• dup(11p) – chromosomos trumpasis petys

• dup(16p) (6 Mb)


analizuojami


• mėginys – kraujas

• blastai – 52%

• KMUK

R S, 22 m.

R S, 22 m.


• aberacijų nenustatyta




• blastai – 77%

R G, 22 m.

R G, 22 m.


• dup(3)(q27) (2.9 Mb) – BCL6, LPP

• dup(6)(q13q22) (80Mb)

• del(9)(p22) (4.6 Mb) – MLLT3

• del(13)(q33) (6.9 Mb) – LIG4, ING1, F7

• dup(14)(q32) (18.3 Mb)


BCL6 – transkripcijos faktorius, susijęs su B-cell CLL/lymphoma 6 patogeneze

LPP – dalyvauja ląstelių adhezijoje arba kaip transkripcijos ko-aktyvatoius, dažnas onkogeninių translokacijų dalyvis

MLLT3 - myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia, būna fusion su MLL

LIG4 – DNR ligazė, dalyvauja V(D)J LIG4 – DNR ligazė, dalyvauja V(D)J rekombinacijoje ir DNR dvigubų trūkių reparacijoje

ING4 – vėžio supresoriaus genas, sąveikauja su p53, stabdo ląstelių augimą ir aktyvuoja apoptozę.

F7 – koaguliacijos faktorius VII, funkcijos sutrikdymas siejamas su koagulopatija


• mėginys – kaulų čiulpai (2010-07-27)

• blastai – 23%

• pirminis refrakterumas

• MRD pagal IG/TCR 100% (2011-05-10)

• diagnozuotas įgimtas VII faktoriaus deficitas

P M, 56 m.

P M, 56 m.


RPS14 – ribosominis baltymas S14

IRGM – siejamas su imuniniu atsaku į infekcijas, yra indukuojamas interferono, dalyvauja makrofagų adhezijoje


• del(5)(q32) (400 Kb) – RPS14, IRGM



• blastai – 21,5%

• molekuliniai tyrimai - neigiami

N K, 55 m.

N K, 55 m.


• 2p LOH

• 5q LOH

• 6pLOH

• 15p LOH


analizuojami



• blastai – 96%


A K, 59 m.

A K, 59 m.


• 4q LOH


analizuojami



• blastai – 89%


K K, 18 m.

K K, 18 m.


• norma




• blastai – 84%

• molekuliniai tyrimai, FISH – neigiami

• kariotipas – norma

J Š, 79 m.

J Š, 79 m.


> 56 chromosomos bei 4 ir 10 trisomijos siejamos su gera prognoze


• 1 trisomija

• 4 trisomija

• 5 trisomija

• 10 trisomija

• 11 trisomija

• 14 trisomija

• 15 trisomija• 15 trisomija

• 16 trisomija

• 22 trisomija

• dup(17p)



• blastai – 32%

• molekuliniai tyrimai – neigiami

J B, 79 m.

J B, 79 m.


• 3 monosomija

• 4 monosomija

• 7 monosomija

• 8 trisomija

• 9 monosomija

• 13 monosomija

• 17 monosomija


FANCM – siejamas su Fankoni anemija, dalyvauja viengranžių DNR trūkių reparacijoje.

• 17 monosomija

• 18 monosomija

• 20 monosomija

• dup(14q) (12 Mb) - FANCM



• blastai – 92%

• molekuliniai tyrimai – neigiami

• ligos progresija specifinio gydymo fone, konstatuojamas refrakteriškumas

I E, 26 m.

I E, 26 m.


• del(6)(q21) (6.4 Mb)

• del(17p)

• dup(21q)+ LOH – AML1(RUNX)

• 7q LOH (16.7 Mb)


AML1 – amplifikacija blogas prognostinis žymuo



• blastai – 85%

• FISH – galima AML1 amplifikacija

I G, 19 m.

I G, 19 m.


• 9p LOH (24 Mb) – JAK2

• del(10)(q23) (430 Kb) – PTEN

• del(1)(p32p33) (500 Kb) – SIL/TAL1


PTEN – vėžio supresoriaus genas, fosfatazė, taip pat dalyvauja neuronų veikloje, sinapsių susidaryme, reguliuoja insulino ir gliukozės metabolizmą.

JAK2 - ?

SIL/TAL1 - ?



• blastai – 84%

• RPL

• FISH – del(1)(p32p32)

G R, 19 m.

G R, 19 m.


• 4 trisomija

• 6 trisomija

• 9 trisomija

• 17 trisomija

• 18 trisomija

• X trisomija

• dup(14q) (4 Mb+2 Mb)


Hiperdiploidinis kompleksinis kariotipas

• dup(14q) (4 Mb+2 Mb)




• FISH – galimi chromosomų skaičiaus pakitimai: trys 9, 4 chromosomos, keturios 21, 14 chromosomos

• Citogenetika (SORPO) - išanalizuota 25 ląstelės. 11-oje ląstelių nustatytas hiperdiploidinis kompleksinis kariotipas. Atskirose ląstelėse rasti skirtingi papildomų chromosomų deriniai. Taip pat rasta papildoma markerinė chromosoma, kurios susidarymo mechanizmas neindentifikuotas. Likusiose ląstelėse nustatytas moteriškos lyties kariotipas be pakitimų

E D, 53 m.

E D, 53 m.


• dup(3q)(9 Mb, BRCA2, KL )+del(3q)(2.6 Mb)+dup(3q)(9,7 Mb, RB1)

• dup(19p)


BRCA2 – dalyvauja dvigrandžių DNR trūkių reparacijoje ir homologinėje rekombinacijoje.

KL – reguliuoja kalcio ir fosforo homeostazę.

RB1 – vėžio supresoriaus genas, retinoblastoma

ELANE – mutacijos šiame gene siejamos su cyclic neutropenia ir severe congenital neutropenia neutropenia

STK11 – kinazė, vėžio supresoriaus genas

TCF3 – transkripcijos reguliatorius, dalyvauja ankstyvoje B-ląstelių diferencijacijoje.

KLF1 – dalyvauja eritropoezėje

LYL1 – transkripcijos faktorius, dalyvauja hematopoezėje, dažnai įvyksta translokacijos tarp šio geno ir T ląstelių receptoriaus beta lokuso




• FISH - neigiamas

E B, 22 m.

E B, 22 m.


• del(1)(q34) (2 Mb) – PBX1

• dup(9)(q21) (1.2 Mb) – RMI1

• dup(10q)

• 22q LOH


PBX1 – transkripcijos aktyvatorius, siejamas su pre-B ląstelių leukemija, dalyvauja steroidogenezėje.

RMI1 – dalyvauja DNR reparacijoje



• blastai – 92%


D M, 63 m.

D M, 63 m.


• 8p LOH (4 Mb)

• dup(15)(q11) (3 Mb) – BCL8


BCL8 – transkripcijos faktorius, susijęs su B-cell CLL/lymphoma 8 patogeneze



• blastai – 60%

• molekuliniai tyrimai – BCR-ABL1(+)

PCR FISH G-banding SNP-A

AMLt(15;17), t(8;21), t(6;9),

inv(16), t(9;11), t(9;22) inv(3), MLL, RARA break - +

ALLt(9;22), t(1;19), t(4;11),

t(12;21), IG/TCRMLL, AML ic21(amp), E2A t(1;19),

BCR-ABL1 + +(pagal reikala)

MDS - MLL

+(jei SNP-A nepavyksta arba atskiru paskyrimu) +

Genetinių tyrimų algoritmas HOTC

MPN - MLL

+(jei SNP-A nepavyksta arba atskiru paskirimu) +

LML t(9;22) t(9;22) - -

LLL - del(17p), del(11q) - -

MM - del(17p), t(4;11) - -

Documents

SNP molekulinio kariotipavimo rezultatai -ŪLL. Genetinių … · 2018-09-13 · •4 monosomija •7 monosomija •8 trisomija •9 monosomija •13 monosomija •17 monosomija Genai,