Embed Size (px)
Citation preview
SAS Clinical Standards Toolkitを用いたSDTM準拠チェック
三沢 喬, 北原孝志, 白濱聡子, 李康赫
株式会社ACRONET
データサイエンス本部 生物統計部
SAS Clinical Standards Toolkit-Based
SDTM Compliance Check
Takashi Misawa, Takashi Kitahara,
Satoko Shirahama, Lee GangHyuck
ACRONET Corporation Data Science Division
Biostatistics Department
2
SDTM準拠チェックの重要性
Clinical Standards Toolkitとは
SDTM準拠チェック実行手順
まとめ
Agenda
3
SDTM準拠チェックの重要性
Clinical Standards Toolkitとは
SDTM準拠チェック実行手順
まとめ
Agenda
FDAがSDTM形式のデータを推奨 → 効率的なデータ処理及びレビューを行える
はじめに
4
出典: FDA [Study Data Specifications] http://www.fda.gov/downloads/Drugs/DevelopmentApprovalProcess/FormsSubmissionRequirements/ElectronicSubmissions/UCM199759.pdf
Specifications
Specifications for the Data Tabulation datasets of human drug product
clinical and animal toxicology studies are provided by the SDTM.
CDISC未準拠の場合、承認に遅延が発生
Sponsor
SDTM準拠チェックの重要性
5
FDA
Checks
Review
CRT-DDS DataBase
SDTM
Fail
Pass
Sponsor
SDTM準拠チェックの重要性
6
FDA
Checks
Review CRT-DDS
DataBase
SDTM
事前にチェックを行うことで、承認の遅延リスク軽減可能
Checks
・WebSDM FDA導入の準拠チェックとレビュー用のツール
・OpenCDISC FDAが推奨しているツール
・SAS
-PROC CDISC プロシジャで準拠チェックを行う
-Clinical Standards Toolkit (CST) CSTが提供するマクロを用いて準拠チェックを行う
SDTM準拠チェックツール
7
現在は準拠チェック機能として 使用されていない
今後はCSTを中心に 開発予定
機能比較(CST vs OpenCDISC)
8
CST OpenCDISC
SDTM・ADaM
CRT-DDSチェック ○ ○
チェック時使用データ データ(.sas7bdat)
メタデータ(.sas7bdat)
データ(.xpt, .text)
メタデータ(define.xml, .csv)
CRT-DDS作成 ○ ○
レポーティング Excel,CSV,PDF Excel,CSV,HTML
実行方法 プログラム 実行毎にGUIによる指定
CSTを使用すれば、CDISC準拠データ作成を
一貫してBase SASで行える！
9
SDTM準拠チェックの重要性
Clinical Standards Toolkitとは
SDTM準拠チェック実行手順
まとめ
Agenda
大きく分けて2つの機能を持ったツール
CRT-DDS作成
Clinical Standards Toolkitとは
10
CRT-DDS
準拠チェック
CRT-DDS
ADaM
SDTM
※
※ADaM準拠チェックはCST1.4から対応（BaseSAS9.3） SDTM準拠チェックはCST1.3でも対応可能（ BaseSAS9.2）
CSTの構成
Clinical Standards Toolkitとは
11
CDISC
Standards
Macros Framework
Clinical Standards Toolkitとは
12
Macros
•CDISC標準のメタデータや準拠チェック項目
Framework
CDISC Standards
•チェック機能やフレームワークを呼び出すマクロ
•データセットのテンプレート
13
Controlled
Terminology
チェック結果 の一覧
試験データ
プロセスコントロール
準拠チェック 実行
ソースメタデータ
テーブル 変数
ソースデータ
DM AE ・・・
リファレンスメタデータ
テーブル 変数
バリデーション チェック項目
プロパティ
チェック結果 の要約
SDTM準拠チェック方法
試験データ ソースメタデータ
テーブル 変数
ソースデータ
DM AE ・・・
• 試験データ
ソースデータ 試験で作成したSDTMデータ
ソースメタデータ 試験で作成したSDTMデータのメタデータ
SDTM準拠チェック方法
14
15
ドメイン名
ドメインラベル
構造 キー変数
テーブルメタデータ例
Class
変数メタデータ例
16
ドメイン名 変数名 Length
フォーマット
変数ラベル
Role
Core
• プロセスコントロール
準拠チェックの基準となるデータ
リファレンスメタデータ 基準となるSDTMのメタデータ
バリデーションチェック項目 SDTM準拠チェックの一覧
プロパティ チェック実行時のオプション
SDTM準拠チェック方法
17
プロセスコントロール
リファレンスメタデータ
テーブル 変数
バリデーション チェック項目
プロパティ
バリデーション チェック項目例
18
チェックID
チェック項目のソースツール名 (WebSDM or OpenCDISC or SAS)
実行するマクロ ソースID
対象ドメイン
対象変数
チェック
プログラム
Controlled Terminology 試験に用いた統制語彙
チェック結果の一覧
チェック結果の要約
SDTM準拠チェック方法
19
Controlled
Terminology
チェック結果 の要約
チェック結果 の一覧
20
SDTM準拠チェックの重要性
Clinical Standards Toolkitとは
SDTM準拠チェック実行手順
まとめ
Agenda
• 変数とドメインのメタデータを定義
事前定義をおすすめ（e.g. Excel）
※フレームワーク(データセットの変数定義)はCSTが提供
1.テーブルのメタデータ ドメイン名、ドメインラベル、構造、キー など
2.変数のメタデータ 変数名、変数ラベル、Length、Coreなど
SDTM準拠チェックの実行手順①
21
プロセスコントロール リファレンスメタデータ
テーブル 変数
試験データ ソースメタデータ
テーブル 変数
変数のフレームワーク %cst_createds(_cstStandard=CDISC-SDTM,
_cstStandardVersion=3.1.2,
_cstType=referencemetadata,
_cstSubType=column,
_cstOutputDS=reference_columns);
ドメインのフレームワーク %cst_createds(_cstStandard=CDISC-SDTM,
_cstStandardVersion=3.1.2,
_cstType=referencemetadata,
_cstSubType=table,
_cstOutputDS=reference_tables);
SDTM準拠チェックの実行手順①（補足）
22
_cstSubTypeで指定したフレームワークが、_cstOutputDSで 指定したデータセット名でWorkライブラリに出力される(0obs)
SDTM準拠チェックの実行手順①（補足）
23
フレームワーク
事前定義データ (Excel等)
• バリデーションチェック項目を指定
チェック項目を限定する場合、
データセットを絞る
validation_master.sas7bdatとしてCSTが提供
※Users Guideに例示あり
ただしチェック項目を理解し、
どのチェックが必要か判断する必要がある
SDTM準拠チェックの実行手順②
24
プロセスコントロール
バリデーション チェック項目
• プロパティを指定
デフォルト又はカスタム指定
• CSTが提供するvalidation.propertiesを指定
• Global Macroを用いて指定
SDTM準拠チェックの実行手順③
25
プロセスコントロール
プロパティ
• SASReferences Fileを作成
事前にＥｘｃｅｌなどで定義しておくことをおススメ！
各データのパス、データセット名を指定した
データセット(SASReferences File)を作成
リファレンスのフレームワーク %cst_createds(_cstStandard=CST-FRAMEWORK,
_cstType=control,
_cstSubType=reference,
_cstOutputDS=work.sasreferences);
SDTM準拠チェックの実行手順④
26
• SASReferences Fileを作成
SDTM準拠チェックの実行手順④
27
パス
データセット名
• SDTM準拠チェックを実行
%SDTM_Validationを実行する
と が出力される
※CSTが提供するSDTM準拠チェックの
サンプルプログラム [validate_data.sas]を実行することで
サンプルデータに対するチェック結果を確認することが可能
SDTM準拠チェックの実行手順⑤
28
チェック結果 の要約
チェック結果 の一覧
• SDTM準拠チェック結果をPDFでまとめる
1.%CRT_REPORTの手順を実行
SDTM準拠チェックの実行手順 （参考）
29
プログラム例： %cstutil_createreport(
_cstsasreferencesdset=Sasreferences,
_cstresultsdset=validation_results,
_cstmetricsdset=validation_metrics,
_cstreportbytable=N,
_cstreporterrorsonly=Y,
_cstreportobs=50,
_cstreportoutput=c:¥report.pdf,
_cstsummaryReport=Y,
_cstioReport=Y,
_cstmetricsReport=Y,
_cstgeneralResultsReport=Y,
_cstcheckIdResultsReport=Y);
※サンプルプログラムは、[cst_report.sas]
• SDTM準拠チェック結果をPDFでまとめる
SDTM準拠チェックの実行手順 （参考）
30
31
SDTM準拠チェックの重要性
Clinical Standards Toolkitとは
SDTM準拠チェック実行手順
まとめ
Agenda
CSTとOpenCDISCの比較 (SDTM 3.1.2)
32
CST OpenCDISC
入手方法 DVD
（要契約） ホームページ
費用 無料 無料
チェック項目 220 227
チェック精度 ○ ○
実行時間 △ ○
事前にプログラムを作成しておけば、
SDTM作成、準拠チェック、CRT-DDS作成を
プログラムを実行するだけで作成することが可能
まとめ
33
SDTM作成を一貫してSASで行える
CSTの利点
時間が限られた対応の場合を考慮し、OpenCDISC
と同等またはそれ以上の実行時間短縮
現在FDAはValidation RuleにOpenCDISCを利用するよう求めているため、チェック項目にOpenCDISC
のIDが付与してあると利便性が高い
まとめ
34
実行時間短縮 チェック項目にOpenCDISCのIDを付与
CSTへのリクエスト
参考文献
•SAS Clinical Standards toolkit User’s Guide 1.3, 1.4
•FDA:
Study Data Standards Resources (Accesed 2012 Jun)
<http://www.fda.gov/ForIndustry/DataStandards/StudyDataStandards/default.htm>
Study Data Specifications (Accesed 2012 Jun)
<http://www.fda.gov/downloads/Drugs/DevelopmentApprovalProcess/
FormsSubmissionRequirements/ElectronicSubmissions/UCM199759.pdf>
•CDISC:
Bay Area CDISC Implementation Network November Meeting (Accesed 2012 Jun)
<http://cdiscportal.digitalinfuzion.com/CDISC%20User%20Networks/
North%20America/Bay%20Area/Presentations/Forms/DispForm.aspx?ID=6>
•OpenCDISC :
CDISC SDTM 3.1.2 Validation Rules (Accesed 2012 Jun)
http://www.opencdisc.org/projects/validator/cdisc-sdtm-3.1.2-validation-rules
CST vs OpenCDISC -参考資料-
36
CST
Cntlterm 71
Column 53
ColumnAttribute 8
ColumnValue 14
Date 7
Metadata 20
Multirecord 20
Multitable 27
OpenCDISC
Consistency 83
Cross-reference 14
Format 14
Limit 9
Metadata 15
Presence 10
Terminology 82
カテゴリが異なる為、比較できない
• カテゴリ比較
CST vs OpenCDISC -参考資料-
37
CST
Note 55
Warning 131
Error 34
OpenCDISC
Warning 157
Error 70
OpenCDISC CST
Warning → Error
Warning → Warning
Warning → Note
Error → Error
Error → Warning
Error → Note
CSTのSeverityが緩くなっている
• Severity比較
×
CST vs OpenCDISC -参考資料-
38
OpenCDISC CT0063
Pre-Specified (--PRESP) variables values should be
populated with terms found in 'No Yes Response'
(C66742) CDISC controlled terminology codelist
CST SDTM0490 Identifies records that violate the condition [Pre-
specified (**PRESP) is either 'Y' or null]
OpenCDISC SD1044 Baseline Flag (--BLFL) should be present in all
custom Findings domains
CST × ×
CSTは値を確認するがTerminologyは確認しない
CSTにはチェックがない
CSTのSDTM標準メタデータを使用していれば
上記チェックは網羅されている
CST vs OpenCDISC -参考資料-
39
OpenCDISC SD0009
When Serious Event (AESER) variable value is 'Y', then at
least one of seriousness criteria variables is expected to
have value 'Y' (Involves Cancer (AESCAN), Congenital
Anomaly or Birth Defect (AESCONG), Persist or Signif
Disability/Incapacity (AESDISAB)
OpenCDISC SD1062 Serious Event (AESER) variable value is expected to be 'Y',
when Occurred with Overdose (AESOD) variable value
equals 'Y'
CST SDTM0452
Identifies records where Serious Event (AESER)='Y' but
none of Involves Cancer (AESCAN), Congenital Anomaly or
Birth Defect (AESCONG), Persist or Signif
Disability/Incapacity (AESDISAB), Results in Death
(AESDTH), Requires or Prolongs Hospitalization
(AESHOSP), Is Life Threatening (AESLIFE), Other Medically
Important Serious Event (AESMIE), or Occurred with
Overdose (AESOD) equals 'Y'
OpenCDISCにおける2つのチェック項目が
CSTでは1つにまとまっていることもある
