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RFLPs RFLPs Electroforesis de RFLPs y su correspondiente patrón Electroforesis de RFLPs y su correspondiente patrón

RFLPs Electroforesis de RFLPs y su correspondiente patrón

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Page 1: RFLPs Electroforesis de RFLPs y su correspondiente patrón

RFLPsRFLPs

Electroforesis de RFLPs y su correspondiente patrónElectroforesis de RFLPs y su correspondiente patrón

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RFLPsRFLPs

AMOVA: Componentes de la varianza en nuestra especie para diferentes polimorfismosAMOVA: Componentes de la varianza en nuestra especie para diferentes polimorfismos

Barbujani Barbujani et alet al, 1997, 1997

Page 3: RFLPs Electroforesis de RFLPs y su correspondiente patrón

RFLPsRFLPs

Nei Nei et alet al, 1996, 1996

Page 4: RFLPs Electroforesis de RFLPs y su correspondiente patrón

STRsSTRs

Electroferograma de un microsatéliteElectroferograma de un microsatélite

Page 5: RFLPs Electroforesis de RFLPs y su correspondiente patrón

STRsSTRs

Y-STRsY-STRs

Page 6: RFLPs Electroforesis de RFLPs y su correspondiente patrón

STRsSTRs

Page 7: RFLPs Electroforesis de RFLPs y su correspondiente patrón

RosenbergRosenberg et al et al, 2002, 2002

STRsSTRs

Análisis de Structure para un grupo de STRs en diferentes poblacionesAnálisis de Structure para un grupo de STRs en diferentes poblaciones

Page 8: RFLPs Electroforesis de RFLPs y su correspondiente patrón

Zhivotovsky Zhivotovsky et alet al 2003 2003

STRsSTRs

Análisis de Coordenadas Principales para un grupo de STRs en diferentes poblacionesAnálisis de Coordenadas Principales para un grupo de STRs en diferentes poblaciones

Page 9: RFLPs Electroforesis de RFLPs y su correspondiente patrón

Pérez-Miranda Pérez-Miranda et alet al 2005 2005

STRsSTRs

MDS para STRs en poblaciones de la cuenca mediterraneaMDS para STRs en poblaciones de la cuenca mediterranea

Page 10: RFLPs Electroforesis de RFLPs y su correspondiente patrón

Frecuencias alélicas de genesFrecuencias alélicas de genes

PCR-SSPPCR-SSP

Page 11: RFLPs Electroforesis de RFLPs y su correspondiente patrón

Frecuencias alélicas de genesFrecuencias alélicas de genes

Page 12: RFLPs Electroforesis de RFLPs y su correspondiente patrón

Frecuencias alélicas de genesFrecuencias alélicas de genes

PCR-SSPPCR-SSP

Page 13: RFLPs Electroforesis de RFLPs y su correspondiente patrón

Frecuencias alélicas de genesFrecuencias alélicas de genes

MDS HLA-DPB1MDS HLA-DPB1

Sánchez-Mazas, 2001Sánchez-Mazas, 2001

Page 14: RFLPs Electroforesis de RFLPs y su correspondiente patrón

Frecuencias alélicas de genesFrecuencias alélicas de genes

Algunas clinas HLA en EuropaAlgunas clinas HLA en Europa

Pérez-Miranda Pérez-Miranda et alet al 2004 2004

Page 15: RFLPs Electroforesis de RFLPs y su correspondiente patrón

SNPsSNPs

Detección de SNPs mediante secuenciaciónDetección de SNPs mediante secuenciación

Page 16: RFLPs Electroforesis de RFLPs y su correspondiente patrón

SNPsSNPs

SNPs del cromosoma 5SNPs del cromosoma 5

Page 17: RFLPs Electroforesis de RFLPs y su correspondiente patrón

SNPsSNPs

Genomic organization of CYP24A1 gene, location of genotyped SNPs,Genomic organization of CYP24A1 gene, location of genotyped SNPs, linkage disequilibrium between SNPs (with R2 indicated by bullet size)linkage disequilibrium between SNPs (with R2 indicated by bullet size)

Page 18: RFLPs Electroforesis de RFLPs y su correspondiente patrón

Asociación entre la variación en el gen fosfodiesterasa 4D y la densidad mineral del hueso.Asociación entre la variación en el gen fosfodiesterasa 4D y la densidad mineral del hueso.Cartografía fina a partir de 80 SNPsCartografía fina a partir de 80 SNPs

Reneland Reneland et alet al 2005 2005

SNPsSNPs

Page 19: RFLPs Electroforesis de RFLPs y su correspondiente patrón

D. Altshuler et al., Science 322, 881 -888 (2008)

Fig. 1. DNA sequence variation in the human genome

SNPsSNPs

Page 20: RFLPs Electroforesis de RFLPs y su correspondiente patrón

SNPsSNPs

AFC realizado a partir de 749 SNPs en una serie de muestras europeasAFC realizado a partir de 749 SNPs en una serie de muestras europeas

Seldin et al 2006Seldin et al 2006

Page 21: RFLPs Electroforesis de RFLPs y su correspondiente patrón

ADN mitocondrialADN mitocondrial

Esquema del ADN mitocondrial humanoEsquema del ADN mitocondrial humano

d-loop

Page 22: RFLPs Electroforesis de RFLPs y su correspondiente patrón

ADN mitocondrialADN mitocondrial

Dispersión de los principales haplogrupos de ADN mtDispersión de los principales haplogrupos de ADN mt

Page 23: RFLPs Electroforesis de RFLPs y su correspondiente patrón

ADN mitocondrialADN mitocondrial

Dendrograma de un grupo de primates a partir de ADN mtDendrograma de un grupo de primates a partir de ADN mt

Gagneux et al 1999Gagneux et al 1999

Page 24: RFLPs Electroforesis de RFLPs y su correspondiente patrón

ADN mitocondrialADN mitocondrial

MDS para un grupo de poblaciones a partir de ADN mtMDS para un grupo de poblaciones a partir de ADN mt

Alfonso-Sánchez et al 2006Alfonso-Sánchez et al 2006

Page 25: RFLPs Electroforesis de RFLPs y su correspondiente patrón

Inserciones AluInserciones Alu

Proceso de inserciónProceso de inserción

Page 26: RFLPs Electroforesis de RFLPs y su correspondiente patrón

Inserciones AluInserciones Alu

Esquema de una inserciónEsquema de una inserción

Page 27: RFLPs Electroforesis de RFLPs y su correspondiente patrón

Inserciones AluInserciones Alu

Electroforesis de agarosa de varias muestras analizadas para una inserción AluElectroforesis de agarosa de varias muestras analizadas para una inserción Alu

Page 28: RFLPs Electroforesis de RFLPs y su correspondiente patrón

Inserciones AluInserciones Alu

Dendrograma obtenido a partir de frecuencias de 100 inserciones AluDendrograma obtenido a partir de frecuencias de 100 inserciones Alu

Watkins et al 2003Watkins et al 2003

Page 29: RFLPs Electroforesis de RFLPs y su correspondiente patrón

Inserciones AluInserciones Alu

Mapa topogenético de una serie de poblaciones de la cuenca mediterráneaMapa topogenético de una serie de poblaciones de la cuenca mediterránea

García-Obregón et al 2006García-Obregón et al 2006

Page 30: RFLPs Electroforesis de RFLPs y su correspondiente patrón

Inserciones AluInserciones Alu

Poblaciones consideradasPoblaciones consideradas

Gómez-Pérez et al 2007Gómez-Pérez et al 2007

Page 31: RFLPs Electroforesis de RFLPs y su correspondiente patrón

Inserciones AluInserciones Alu

Análisis discriminante, MDS, ReynoldsAnálisis discriminante, MDS, ReynoldsGómez-Pérez et al 2007Gómez-Pérez et al 2007

Africa Subsahariana

Africa del Nortey Próximo Oriente

Europa

América

Este de Asia

Medio Oriente

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Alfonso-Sánchez et al 2006 Sequence polymorphisms of the mtDNA control region in a human isolate: the Georgians Alfonso-Sánchez et al 2006 Sequence polymorphisms of the mtDNA control region in a human isolate: the Georgians from Swanetia J Hum Genet 51:429-439 (JAP1309)from Swanetia J Hum Genet 51:429-439 (JAP1309)

Barbujani et al 1997 An apportionment of human DNA diversity. Proc Natl Acad Sci Usa 94:4516-4519 (JAP1305)Barbujani et al 1997 An apportionment of human DNA diversity. Proc Natl Acad Sci Usa 94:4516-4519 (JAP1305)García-Obregón et al 2006 Genetic Position of Valencia (Spain) in the Mediterranean Basin According to Alu Insertions García-Obregón et al 2006 Genetic Position of Valencia (Spain) in the Mediterranean Basin According to Alu Insertions

American Journal of Human Biology 18:187-195 (JAP1093)American Journal of Human Biology 18:187-195 (JAP1093)Gagneux et al 1999 Mitochondrial sequences show diverse evolutionary histories of African hominoids Proc Natl Acad Gagneux et al 1999 Mitochondrial sequences show diverse evolutionary histories of African hominoids Proc Natl Acad

Sci 96:5077-5082 (JAP757)Sci 96:5077-5082 (JAP757)Gómez-Pérez, L., Alfonso-Sánchez, M.A., Pérez-Miranda, A.M., de Pancorbo, M.M., Peña, J.A., 2007, Utilidad de las Gómez-Pérez, L., Alfonso-Sánchez, M.A., Pérez-Miranda, A.M., de Pancorbo, M.M., Peña, J.A., 2007, Utilidad de las

inserciones Alu en los estudios de mestizaje, Antropo, 14, 29-36. www.didac.ehu.es/antropoinserciones Alu en los estudios de mestizaje, Antropo, 14, 29-36. www.didac.ehu.es/antropoGresham et al 2001 Origins and Divergence of the Roma (Gypsies) Am J Hum Genet 69:1314-1331 (JAP1308)Gresham et al 2001 Origins and Divergence of the Roma (Gypsies) Am J Hum Genet 69:1314-1331 (JAP1308)Kalaydjieva et al 2001 Genetic studies of the Roma (Gypsies): a review BMCMedical Genetics, 2:5 (JAP1307)Kalaydjieva et al 2001 Genetic studies of the Roma (Gypsies): a review BMCMedical Genetics, 2:5 (JAP1307)Lovell et al 2005 Lovell et al 2005 Ethiopia: between Sub-Saharan Africa and Western Eurasia. Annals of Human Genetics. 69,275–287 Nei M, Takezaki N 1996 The Root of the Phylogenetic Tree of Human Populations Mol Biol Evol 13:170-177 Nei M, Takezaki N 1996 The Root of the Phylogenetic Tree of Human Populations Mol Biol Evol 13:170-177

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linkage disequilibrium of the HLA-DP region in Basques from Navarre (Spain) Tissue Antigens 64: 264–275 linkage disequilibrium of the HLA-DP region in Basques from Navarre (Spain) Tissue Antigens 64: 264–275 (JAP1025)(JAP1025)

Pérez-Miranda et al 2005 Microsatellite data support subpopulation structuring among Basques J Hum Genet 50:403-Pérez-Miranda et al 2005 Microsatellite data support subpopulation structuring among Basques J Hum Genet 50:403-414414

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Rosenberg et al 2002 Genetic Structure of Human Populations Science 298:2381-2385 (JAP1020)Rosenberg et al 2002 Genetic Structure of Human Populations Science 298:2381-2385 (JAP1020)Sánchez-Mazas A 2001 African diversity from the HLA point of view: Influence of genetic drift, geography, linguistics, Sánchez-Mazas A 2001 African diversity from the HLA point of view: Influence of genetic drift, geography, linguistics,

and natural selection Human Immunology 62:937-948 (JAP861)and natural selection Human Immunology 62:937-948 (JAP861)Seldin et al 2006 European Population Substructure: Clustering of Northern and Southern Populations PLoS Genet. 2(9): Seldin et al 2006 European Population Substructure: Clustering of Northern and Southern Populations PLoS Genet. 2(9):

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Genome Research 13:1607–1618 (JAP1101)Genome Research 13:1607–1618 (JAP1101)Zhivotovskyet al 2003 Features of Evolution and Expansion of Modern Humans, Inferred from Genomewide Zhivotovskyet al 2003 Features of Evolution and Expansion of Modern Humans, Inferred from Genomewide

Microsatellite Markers Am. J. Hum. Genet. 72:1171–1186 (JAP1160)Microsatellite Markers Am. J. Hum. Genet. 72:1171–1186 (JAP1160)

Bibliografía complementariaBibliografía complementaria