Tugas: Ilmu ternak Potong dan Ruminansia Lanjut Dwi Ahmad Priyadi15/391200/PPT/00923

Resum: Jurnal of Benetic Engineering and Biotechnology (2014) 12. 143-147

Nukleotida Polimerphisme Tunggal (Single Nucleotide Polymorphism) gen Insulin-like

Growth Factor Binding Protein-3 pada Sapi Mesir (Egyptian)

Othman E. Othman, Sally S. Alam, Sekena H. Abd El-AziemCell Biology Department, National Reserch Centre, Dokki, Egypt

Pendahuluan

Gen Insulin-like Growth Factor Binding Protein-3 (IGFBP-3) adalah gen struktural

yang bertanggungjawab pada banyak pengaruh di sistem insulin-like growth factors (IGFs).

Gen ini dipertimbangkan sebagai gen kandidat untuk sifat pertumbuhan dan reproduksi.

IGFBP-3 merupakan keluarga dari sekurangnya 6 protein homolog yang mengikat IGFs dan

banyak mengatur aksi biologisnya. IGFBP-3 digunakan sebagai marker untuk fungsi-fungsi

tubuh seperti pertumbuhan, metabolisme, reproduksi, kekebalan, dan keseimbangan

energi. Di Mesir, sapi merupakan penghasil daguing dan susu yang penting, maka dari itu

untuk kepentingan seleksi polimorphisme gen ini perlu diteliti.

Materi Metode

Sampel darah diambil dari 46 ekor sapi Mesir. Genom DNA diekstrak dengan metode

Miller termodifikasi. Fragmen DNA tersebut di perbanyak dengan PCR metode Mullis,

kemudian diamplifikasi dengan elktoforesis agarose. Perbanyakan fragmen gen IGFBP-3 sapi

pada 651-bp dan didigesti dengan tiga enzim endonuklease; HaeIII, MspI, dan TaqI. Digesti

produk PCR dengan enzim endonuklease MspI dan TaqI menghasilkan pola restriksi yang

mirip pada semua ternak yang dites. Produk PCR juga di squensi di Macrogen Incorporation

(Seoul, Korea), kemudian hasil squensi di masukkan ke GenBank.

Hasil dan Pembahasan

Digesti produk PCR dengan enzim retriksi HaeIII tersingkap tiga genotif yang berbeda

pada Sapi Mesir dan terlihat dua alel; alel A dengan 7 fragmen yang terdigesti dihasilkan dari

6 titik restriksi dan alel C dengan 8 fragmen yang terdigesti dihasilkan dari 7 titik restriksi; 6

titik di alel A pada penambahan titik restriksi lain di posisi 289^299 seperti pada hasil SNP (A

→ C) pada alel C di posisi 299. Primer mengapit 651-bp yang didalamnya bagian dari ekson

2, intron 2, ekson 3, dan bagian dari intron 3. Digesti dengan enzim MspI menghasilkan hasil

yang serupa pada semua ternak, memotong di titik C^CGA di posisi 506^507 dan

menghasilkan ukuran fragmen 506-bp dan 145-bp. Digesti produk PCR dengan enzim TaqI

Tugas: Ilmu ternak Potong dan Ruminansia Lanjut Dwi Ahmad Priyadi15/391200/PPT/00923

juga mwnunjukkan hasil yang sama pada semua ternak, dan memotong titil T^CGA pada

posisi 411^412 dan menghasilkan 2 fragmen pada ukuran 411-bp dan 240-bp. Pola restriksi

dari IGFBP-3/HaeIII menunjukkan 46 sapi yang diuji adalah bergenotif AA, CC, dan AC

dengan frekuensi berurutan 21,74%, 21,74%, dan 56,52%. Efek IGFBP-3 pada IGF-1 dapat

menghambat maupun meningkatkan, dan konsentrasi dari IGFBPs merupakan indikator

yang potensial dari status IGF-I dan dimungkinkan menjadi penyedia pada pertumbuhan

ternak dan potensi karkas.

Kesimpulan dari penelitian ini bahwa polimorphisme IGFBP-3/HaeIII dapat digunakan

sebagai marker yang baik untuk pembeda genetis antara sapi potong dari fungsi tubuh yang

berbeda seperti pertumbuhan, metabolisme, reproduksi, imunitas, dan keseimbangan

energi. Squensing nukleotida IGFBP-3 A dan C alel dari sapi potong Mesir telah di masukkan

ke GenBank secara berurutan dengan nomor KF899893 dan KF899894.