RAPPORT GLOBAL EVALUATION EXTERNE DE LA QUALITE DES ... · le plus souvent suite à des morsures d’animaux ou à des contacts étroits avec ceux-ci. Le germe est généralement

ISSN 0778-8371 ISP-LP Rue J. Wytsman, 14 B-1050 BRUXELLES

SERVICE PUBLIC FEDERAL, SANTE PUBLIQUE, SECURITE DE LA CHAINE ALIMENTAIRE ET ENVIRONNEMENT

COMMISSION DE BIOLOGIE CLINIQUE

SERVICE DES LABORATOIRES DE BIOLOGIE CLINIQUE COMITE DES EXPERTS

RAPPORT GLOBAL

EVALUATION EXTERNE DE LA QUALITE DES ANALYSES EN BIOLOGIE CLINIQUE

MICROBIOLOGIE/SEROLOGIE/PARASITOLOGIE

ENQUETE 03/2003

Microbiologie (identifications) Corynebacterium urealyticum Bergeyella zoohelcum Streptococcus pyogenes Shigella boydii Parasitologie Cyclospora cayetanensis Giardia lamblia Sérologie HCV HIV Tous les rapports sont également à consulter sur notre site web : http://www.iph.fgov.be/ClinBiol/FR/Rapport_globaux_microbiologie_choix.htm

ISP-LP/03/03/Micro./Sero./Para. 54 Ce rapport ne peut être reproduit, publié ou distribué sans l’accord de l’ISP.

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Page 1 sur 60Rapport globalMicrobiologie 2003/3

I. REMARQUES GENERALES

Pour la 3ème enquête du cycle 2003 (enquête 2003/3), lematériel suivant a été expédié le 06 octobre 2003.

1.1. Quatre échantillons lyophilisés pour identification.Pour un échantillon, les tests de sensibilité ont étédemandés.

1.2. Deux suspensions formolées de selles pour larecherche de parasites.

1.3. Trois échantillons liquides de plasma pour la recherchedes anticorps de HIV et HCV.

NOMBRE DE PARTICIPANTS

Le nombre de formulaires de réponses évaluables est de :1. Pour les identifications et les antibiogrammes : 2162. Pour la parasitologie : 2023. Pour la sérologie :

HIV : 204HCV : 192

Nous remercions Marc Lontie pour les photographies quiillustrent ce rapport global.


II. IDENTIFCATIONS

2.1. Culture M/2494 Corynebacterium urealyticum

Cette souche nous a rappelé que les stratégiesd’identification en microbiologie sont principalementorientées vers la mise en évidence rapide des‘pathogènes primaires’ et que l’identification d’autresespèces (non-fermentants, streptocoques viridans,…)est moins fréquente. Il en est de même pour lesbactéries ‘corynéformes’.Les corynébactéries appartiennent à un vaste groupede genres et espèces qui se ressemblent : bacillesaérobies à Gram positif avec ou sans formesirrégulières: corynébactéries, lactobacilles, Listeria,Nocardia, mycobactéries atypiques, mais égalementActinomyces aéro-tolérant, Propionibacterium et mêmedes espèces de Clostridium et toute une série debactéries qui n’ont été nommées que récemment, avecdes noms ‘exotiques’ (voir également référence 1).Il faut une grande expérience pour pouvoir reconnaîtrela majorité des espèces de ce groupe avec destechniques artisanales : souvent, on se limite àl’identification des espèces virulentes (C. diphteriae,Listeria monocytogenes,…) ou dans le cas des ‘isolatssignificatifs’ (cultures pures, grands nombres, cliniqueévidente) ou aux espèces liées à une pathologiespécifique.

Les corynébactéries, isolées à partir de culturesd’urines, peuvent être ‘traitées’ de façon plus élaborée(antibiogramme, identification) si ces cultures sontsignificativement riches ou si le sédiment urinaire estpositif, ou étant donné une résistance(Corynebacterium JK présente souvent une résistanceà la plupart des antibiotiques classiques) ou vu unpotentiel pathogène spécifique.


Les deux dernières raisons sont valables pour C.urealyticum. Cette espèce est un producteur importantd’uréase. L’alcalinisation prononcée peut induire laproduction des cristaux de struvite ; ceux-ci peuventcauser une urine sanguinolente et ‘encrusted cystitis’.

Dans de rares cas C. urealyticum peut être considérécomme responsable d’infections de plaies, bactériémies,endocardites,...

Culture : Dans la plupart des cas, C. urealyticum croîtdifficilement sur des milieux CLED et apparentés. Leslaboratoires qui ensemencent les échantillons d’urinesuniquement sur de tels milieux, risquent de ne pasretrouver ces ‘uropathogènes’ (étant donné quecertains des participants ont eu des problèmes à mettrela souche en culture). Il serait souhaitable d’utiliserune gélose au sang (et de l’incuber au moins 2 jours) sile tableau clinique et/ou les résultats du sédimenturinaire (hématurie, souvent macroscopique) sontcompatibles avec la présence de cristaux de struvitedans les urines. La croissance de cette espèce estégalement stimulée par l’ajout de Tween-80, puisquecette bactérie appartient aux espèces lipophiles.


Identification : Les bactéries corynéformes peuventêtre facilement et rapidement identifiées comme C.urealyticum à l’aide du virage de couleur rapide dansun tube d’uréase (déjà après quelques minutes à latempérature de chambre).Dans ce cas, il n’est pas nécessaire d’effectuer destests d’identification supplémentaires. Il estintéressant de mentionner que l’espèce peut êtreidentifiée sur base des galeries commerciales(important pour les isolats extra-urinaires).Pour les personnes désirant identifier les isolats dugroupe des corynébactéries, nous referons au guidepratique, écrit par le professeur G. Wauters et M.Janssens (référence 4).

Sensibilité aux antibiotiques. Un dernier problèmecomprend l’antibiogramme.C. urealyticum, et autres corynébactéries, sont souventrésistantes à un vaste groupe d’antibiotiquesclassiques, y compris les quinolones, mais elles restenttoutes sensibles aux glycopeptides, à la télithromycine,au linezolid, au quinopristin-dalfopristin. Si on effectuel’antibiogramme avec la méthode de diffusion en suivantla standardisation NCCLS, on constate qu’il estimpossible d’interpréter un antibiogramme pour lescorynébactéries. Tout en restant prudent, le bon sensnous indique, qu’en absence de zones d’inhibitionl’antibiotique n’aura pas d’effet, tandis qu’avec delarges zones, on peut s’attendre à une activité.Une vraie ‘encrusted cystitis’ est une infection graveet la durée du traitement est donc plus longue que celled’une cystite classique (au moins 2 à 3 semaines) ; lesuivi clinique du traitement est indispensable.

Epidémiologie : (Voir référence 2) Dans une étude sur20 766 échantillons urinaires, C. urealyticum a étéidentifié dans 67 échantillons. Un quart des patientsmontraient des symptômes légers.


A l’exception de 2 patients, qui ont eu une « encrustedcystitis », l’évolution était favorable. Les facteurs àrisque pour C. urealyticum étaient : anomalies etmanipulations des voies urinaires, traitement auxantibiotiques et hospitalisation de longue durée.

Geert Claeys, UZ Gent


Figure 2.1.1. Corynebacterium urealyticum (échantillon de cetteenquête).


REFERENCES

1. Coryneform Gram-positive Rods. G. Funke, K.A. Bernard. In :Manual of clinical microbiology. 8th Edition (2003) ASM Press( ISBN 1 55581 255 4)

2. Incidence and characteristics of urinary tract infectionscaused by Corynebacterium urealyticum (Corynebacteriumgroup D2). Nebreda-Mayoral T, Munoz-Bellido JL, Garcia-Rodriguez JA.Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 1994Jul;13(7):600-4.

3. Encrusted cystitis and pyelitis., Meria P, Desgrippes A, ArfiC, Le Duc A. J Urol. 1998 Jul;160(1):3-9.

4. Identification des corynébactéries corynéformes. G. Wauters,M. Janssens. Vol 29 (nr5) 305-314 : 2000. Tijdschrift van deBelgische vereniging van laboratorium technologen Revue del’association belge des technologues de laboratoire.


2.2. Culture M/4508 Bergeyella zoohelcum

Ce germe a été initialement décrit par le CDC sous ladésignation « CDC group IIj «. Il a ensuite été classédans le nouveau genre Weeksella sous le nom de W.zoohelcum à côté de W. virosa (CDC group IIf). Plustard W. zoohelcum a été transférée dans le nouveaugenre Bergeyella comme B. zoohelcum.Cette bactérie est présente chez différentes espècesanimales, en particulier chez les chiens, mais aussi chezles chats. Les infections humaines surviennent dès lorsle plus souvent suite à des morsures d’animaux ou à descontacts étroits avec ceux-ci. Le germe estgénéralement isolé de plaies de morsures infectées, plusrarement des voies respiratoires. Il peut cependantprésenter un caractère plus invasif et provoquer unesepticémie. Une méningite après morsure a égalementété décrite.B. zoohelcum est un bacille à Gram négatif, plus ou moinspolymorphe, immobile, dont les colonies sur gélose ausang sont mucoïdes et peuvent être légèrementjaunâtres. Le germe est non-fermentant, l’oxydase etla catalase sont positives, Il est non glucidolytique,produit de l’indole et possède une uréase extrêmementactive, généralement détectable après quelquesminutes. La plupart des antibiotiques sont actifs surcette espèce, y compris les pénicillines. La colimycineest inactive. Il n’y a cependant pas à l’heure actuellede recommandation pour un choix précis del’antibiothérapie et l’antibiogramme reste conseillé.Ce germe fait partie du groupe très restreint desbacilles gram négatifs non-fermentants producteursd’indole, à savoir les espèces anciennement rangées dansles Flavobacterium et apparentées, c’est à direactuellement les Chryseobacterium, Empedobacter,Weeksella et Bergeyella.


Les deux principaux non-fermentants indologènes non-glucidolytiques sont Weeksella virosa et Bergeyellazoohelcum qui pourraient être confondues.Toutefois, la première, généralement isolée des voiesuro-génitales, est uréase négative et sensible à lacolimycine, tandis que chez la seconde, ces deuxcaractères sont inversés. Les systèmes commerciauxpermettent souvent d’identifier Bergeyella zoohelcum,mais pas toujours avec un haut degré de probabilité,qui est par exemple de 30 à 40% dans le système API20 .NE.Au laboratoire de routine, une identificationprésomptive peut être basée sur les éléments simplessuivants: bacilles à Gram négatif donnant des coloniesmuqueuses, oxydase positive, non-fermentants,n’acidifiant pas le glucose, produisant de l’indole etayant une uréase très rapide. L’anamnèse d’une morsureou d’un contact avec des animaux peut renforcer cetteprésomption mais son absence ne permet pas del’écarter.

Fig. 2.2.1. Bergeyella zoohelcum (échantillon M/4508)


2.3. Culture M/4534 Streptococcus pyogenes

Streptocoque β-hémolytique du groupe A deLancefieldCocci à Gram positif, en chaînettes ; non sporulés,immobiles.

Classification des streptocoques

Bien que les apports de la biologie moléculaire aientquelque peu modifié la taxonomie des streptocoques,la classification des streptocoques utilisée reposetoujours sur trois caractères :

1. Le type d’hémolyse α , β ou non-hémolytique ;

2. La présence du polyoside C divisant lesstreptocoques en sérogroupes (groupes deLancefield) permettant de distinguer lesstreptocoques en groupables et non groupables, etle Streptococcus pyogenes (groupe A) des autresstreptocoques β−hémolytiques tels le G, F, L, certainsC ;

3. Les propriétés biochimiques et physiologiques

• Les streptocoques sont des germes trèsexigeants, fragiles aux variations de température(optimum 35°C - 37°C) et de pH . Nécessitéd’utiliser des milieux enrichis au sang.

• Catalase (–)• Cytochrome oxydase (–)• Aéro-anaérobies facultatifs• Fermentation du glucose et autres hydrates de

carbone avec production d’acide lactique.• Production de gaz (–)


Il existe également une classification moléculaire quiétudie le génome (apanage des centres de recherche) :- contenu en bases C et G du génome (coefficient de

Chargaff : % GC) ;- comparaison des ARN ribosomaux 16 S ;- hybridation ADN/ADN

Habitat

Streptococcus pyogenes est un germe strictementhumain atteignant le rhinopharynx (taux de portage :20 %) et le colonisant par diffusion dans l’organisme.Il se retrouve aussi au niveau de la peau et desmuqueuses.

Pouvoir pathogène

On distingue les infections et les syndromespoststreptococciques.1. Infections

• infections de la sphère O.R.L.Les infections dues au Streptococcus pyogenesles plus courantes sont les angines et pharyngitessurtout chez les enfants entre cinq et dix ans.Ces angines peuvent se compliquer, si elles sontmal traitées, d’otites et sinusites.

• infections cutanéesLes streptocoques du groupe A sont responsablesde l’impétigo survenant chez les jeunes enfantset les personnes âgées ainsi que de l’érysipèlechez le nourrisson et les adultes après vingt ans.Dans de rares cas, on peut observer, au départd’une infection cutanée, une fasciïte nécrosantepouvant entraîner la mort dans 50 % des cas.


La scarlatine (rare) est une maladie éruptive surtout le corps provoquée par des souchesproductrices de toxine érythrogène. Elle estimmunisante.

• infections locales ou généralesCitons les infections pulmonaires, génitales(fièvre puerpérale), cardiaques, méningites quientraînent des septicémies.Depuis 1985, un certain nombre de cas desyndrome de choc toxique sévère (hypotension,insuffisance rénale, thrombopénie, CIVD) ont étésignalés. Dans les infections sévères type choctoxique ou fasciïte nécrosante, on isole alorsla protéine M type 1 ou 3, ou plus souvent encoreune exotoxine pyrogène.

2. Syndromes poststreptococciques

• le rhumatisme articulaire aigu (RAA) : affectionpoststreptococcique observée après une angine,même si elle a été bien traitée, donnant lieu à unepolyarthrite et des atteintes cardiaques. Lescrises de RAA peuvent récidiver après chaqueréinfection à streptocoques A d’un autre type.

• une glomérulonéphrite aiguë (GNA) : séquellepoststreptococcique d’une angine ou d’uneinfection cutanée à S. pyogenes. De pronosticsouvent favorable, elle peut être la caused’insuffisance rénale chronique.

• la chorée de Sydenham (ou danse de St Guy)caractérisée par des mouvements désordonnés.Elle guérit en deux ou quatre mois mais peutlaisser des séquelles cardiaques d’apparition trèstardive.

• l’érythème noueux peut relever d’une étiologiestreptococcique.


Mode de transmission

- par aérosol de gouttelettes provenant des voiesrespiratoires d’un malade;

- par contact direct avec porteur de lésions;- épidémies nosocomiales d’infections de plaies par des

porteurs de germe.

Facteurs de virulence

1. Facteurs d’adhésion et d’inhibition de la phagocytose

• Acide lipoteichoïqueConstituant de la paroi cellulaire de la bactérie,il facilite l’adhésion de celle-ci avec la matriceextracellulaire de l’hôte.

• Protéine M (codée par les gènes emm)Antigène le plus important de la paroi cellulairedes streptocoques du groupe A, favorisantl’adhésion de la bactérie à l’épithélium respiratoireou cutané et impliqué dans la résistance à laphagocytose. La protéine M est le facteur majeurde la virulence et elle confère une immunitédurable et protectrice (des essais de vaccinssont à l’étude). Il y a 80 types de protéine M chezles streptocoques de groupe A.

2. ToxinesElles sont responsables des lésions tissulaires etcellulaires.

• La streptolysine OElle est produite par tous les streptocoques dugroupe A, quelques souches des groupes C et Gainsi que par les pneumocoques.


Cette toxine oxygéno-labile et thiol-activable, ades propriétés hémolytiques, cytolytiques(leucocytes, plaquettes, cellules des tissus etleurs organites comme les mitochondries etlysosomes). Elle est immunogène et induit laproduction d’anticorps, les ASLO qui sont desmarqueurs de l’infection. Bien que d’apparitionprécoce, le dosage des ASLO n’est ni spécifiqueni sensible car dans 30 à 50 % des cas, on netrouve pas d’anticorps ASLO en particulier pourles infections cutanées alors que le patientprésente des signes d’une infection. Seule, uneaugmentation des titres en quelques jours estsignificative.

• La streptolysine SElle est produite par plus de 95 % desstreptocoques des groupes A, C et G ainsi que desgroupes E, H, et L. Insensible à l’oxygène,thermolabile et non antigénique, elle a despropriétés hémolytiques et cytolytiques.

• Les toxines érythrogènes et pyrogènes codéespar les gènes speLes souches de streptocoques du groupe A etcertaines souches des groupes C et G produisentun ou plusieurs types de toxines érythrogènes.Immunogènes, elles induisent une réactioninflammatoire avec érythème cutané et fièvre.


3. EnzymesLes enzymes excrétées par Streptococcus pyogenescatalysent la destruction de macromolécules etfavorisent la diffusion de la bactérie.

• La streptokinase catalyse l’activation duplasminogène en plasmine qui lyse la fibrine. Elleest immunogène et entraîne la synthèsed’anticorps antistreptokinase (ASK).

• La streptodornase est une DNase qui est aussiimmunogène et engendre la production d’anticorps(ASD). Les ASD sont plus spécifiques, plussensibles mais apparaissent plus tardivement queles ASLO.

• La hyaluronidase provoque un effet lytiqueimportant sur la substance de base du tissuconjonctif et facilite ainsi la diffusion de labactérie.Immunogène, elle induit la production d’anticorpsantihyaluronidase.

Diagnostic

1. Détection directe

• La coloration de Gram n’est pas utile car elle nepermet pas de différencier le Streptococcuspyogenes des autres streptocoques.

• La mise en évidence directe de l’antigène dugroupe A sur des prélèvements pharyngés(largement répandu aux USA, en France, pas enBelgique) par réaction d’agglutination avec desparticules de latex sensibilisées, après extractionpeut être pratiquée si le nombre de streptocoquesdans le spécimen est élevé.


Si le test est négatif, il faudra cependantpratiquer la mise en culture de l’échantillon (unpetit nombre de streptocoques dans leprélèvement pouvant être cliniquementsignificatif). Le test n’est pas remboursé enBelgique.

• Un test de détection directe des streptocoquesdu groupe A sur des prélèvements pharyngés parPCR est commercialement disponible mais larelation utilité / coût n’est pas encore clairementétablie.

2. Culture

Les streptocoques, dépourvus de cytochromestolèrent l ’oxygène grâce à un systèmeflavoprotéinique. L’eau oxygénée, produit final dumétabolisme de l’oxygène est toxique pour lesstreptocoques du fait de l’absence de catalase etpar conséquent, ces germes ne peuvent survivrelongtemps dans les milieux nutritifs sans additionde sang défibriné (action catalasique del’hémoglobine).Le milieu de culture est généralement une gélose ausang (Columbia) enrichie de 5 % de sang défibrinéde mouton. Le sang de mouton a l’avantage d’inhiberla croissance de la majorité des souchesd’Haemophilus.La gélose au sang de mouton est incubée enaérobiose sans CO2 à 35-37°C. Cette culture seraexaminée après 18 ou 24 H d’incubation et réincubéesi négative avant un examen final après 48 H. Selonles études, la réincubation permet d’augmenter lenombre de souches isolées de 2 % à 46 %.


Les S. pyogenes forment généralement de largescolonies (>0,5mm diamètre après 24H d’incubation)entourées d’une zone d’hémolyse complètecomparativement aux petites colonies, également β-hémolytiques (<0,5mm diamètre) du groupe« anginosus ». Certaines souches de S. pyogenespeuvent former de larges colonies mucoïdes.Bien que S. pyogenes puisse rapidement être identifiépar méthode antigénique ou le test PYR, le test desensibilité à la bacitracine permet de distinguer leS. pyogenes d’autres espèces β-hémolytiques PYR(+). Toute zone d’inhibition autour d’un disque debacitracine à 0,04 UI plaide pour un streptocoquedu groupe A.

3. Identification des souches β-hémolytiques (testssérologiques).Un test de mise en évidence de l’antigène de paroide Lancefield sera pratiqué à partir des colonies β-hémolytiques, vérifiées catalase (-). Les petitescolonies β-hémolytiques exprimant les groupes A, C,F ou G de Lancefield ou non groupables sontidentifiées comme streptocoques du groupe« anginosus ».NB. Les antigènes de Lancefield des groupes A, C etG ne sont pas spécifiques d’une seule espèce destreptocoques. Les streptocoques porteurs de cesantigènes peuvent être différenciés par des testsbiochimiques.


4. Identification des souches β-hémolytiques (testsbiochimiques)

• La production de pyrrolidonyl arylamidase (PYR),appelée aussi pyrrolidonyl aminopeptidase estrare chez les streptocoques excepté chez S.pyogenes, chez certaines souches depneumocoques ainsi que chez S. porcinus et S.iniae (S. iniae, pathogène pour le poisson, peutoccasionnellement causer chez l’homme cellulite,bactériémie, endocardite, méningite à la suite delésions cutanées chez des personnes manipulantdes poissons comme le Tilapia. S. iniae, bêta-hémolytique en anaérobiose, double zone de β-puis d’α–hémolyse en aérobiose, PYR (+), VP (-),sensibilité variable à la bacitracine peut prêter àconfusion avec S. pyogenes. Mais il ne réagit pasavec le groupe A de Lancefield ni aucun autregroupe d’ailleurs).

• Le test de Voges Proskauer (VP) ou de productiond’acetoïne permet de différencier les petitescolonies β-hémolytiques A, C ou G du groupe« anginosus » des larges colonies β-hémolytiqueset pyogènes des mêmes groupes.

Caractère différenciant les streptocoques β−hémolytiques

Groupe deLancefield

AACCGG

Taille descoloniesLargesPetitesLargesPetitesLargesPetites

Espèces

S. pyogenesGroupe «anginosus»S. dysgalactiae s-esp equisimilisGroupe «anginosus»S. dysgalactiae s-esp equisimilisGroupe «anginosus»

PYR

+-----

VP

-+-+-+


Epidémiologie

• Le laboratoire de référence des S. pyogenes : Pr. Dr.H. GoossensUIA-Microbiologie, Wilrijkstraat 10, 2650 Edegem

• Maladie à déclaration obligatoire: non

Risques professionnels

• Niveau de biosécurité de classe 2 quant auxméthodes, matériel, précautions et exigences deconfinement.

• Sensibilité aux désinfectants : sensibilité à denombreux désinfectants : hypochlorite de sodium à1%, éthanol à 70°, glutaraldéhyde, formaldéhyde,iode.

J.M. Jadin, Centre Hospitalier de Jolimont


Figure 2.3.1. S pyogenes (échantillon M/4534)


Figure 2.3.2. S pyogenes (échantillonM/4534)


REFERENCES

1. Goubau P., Van Gompel A.,- 2000- Repères en microbiologie.Editions Garant.

2. Goossens H., Laboratoires vigies. Streptococcuspyogenes :Objectifs et description du réseau de surveillance(1994-2001) www.iph.fgov.be/epidemio/

3. Murray Patrick R., and all.;- 2003- Manual of ClinicalMicrobiology. 8th edition.


2.4. Culture M/4535 Shigella boydii 1

Nous remercions le Centre National Salmonella etShigella de l’ISP pour la confirmation de l’identificationde cette souche.

En 1898, Shiga a démontré que la bactérie, qui porteson nom, était responsable de la majorité des cas dedysenterie. La dysenterie bacillaire est plusfréquemment retrouvée que la dysenterie amibienne.La dysenterie bacillaire a causé de multiples problèmesau cours de plusieures guerres (par exemple : la guerrecivile Américaine, la guerre Franco-Prussienne de 1870)avec un coût énorme en vies humaines (1).

Définition

On connaît quatre sous-groupes de Shigella chacund’eux présentant différents sérotypes (2).1. Sous-groupe A: Shigella dysenteriae avec 15

sérotypes. Les plus connus sont S. dysenteriae 1 oule bacille de Shiga (qui est caractérisée par laproduction d’une exotoxine résistante à la chaleurqui agit sur l’intestin et le système nerveux central),et S. dysenteriae 2 ou le bacille de Schmitz.

2. Sous-groupe B: Shigella flexneri avec 8 sérotypes.3. Sous-groupe C: Shigella boydii avec 19 sérotypes.4. Sous-groupe D: Shigella sonnei avec un sérotype.Selon le rapport annuel du laboratoire belge deréférence (4) il y avait en 2002 sur un total de 347souches : 1.4% S. dysenteriae, 26.8 % S. flexneri, 4.0%S. boydii, 61.4% S. sonnei et 6.4% souches non-typables.


Identification

Les Shigella sont des bacilles à Gram négatif immobiles(Figure 2.4.1.) appartenant aux Enterobacteriaceae (2).Les Shigella sont étroitement apparentées à Escherichiacoli. Certaines souches d’E. coli (entre autres l’E. colientéro-invasif et l’E. coli O157:H7) produisent unsyndrome analogue. E. coli O157:H7 produit égalementune « Shiga-like » toxine.Les Shigella sont d’un point de vue biochimiquerelativement inactifs. L’acidification du mannitol et laproduction d’indole sont des éléments importants dansla différentiation des Shigella. Toutes les Shigella sonten principe négatives pour le lysinedécarboxylase (LDC)et l’ornithinedécarboxylase (ODC). Néanmoins, S.boydii 13 et presque toutes les S. sonnei (99%) sontpositives pour l’ornithinedécarboxylase (2). Cettesouche était mannitol-positive et négative en indole etpour l’ornithinedécarboxylase. Il est conseilléd’envoyer toutes les souches de Shigella ou les souchessuspectes au centre de référence (Centre Nationalbelge pour Salmonella et Shigella, Rue Juliette Wytsman14 à 1050 Bruxelles)

Pathogenèse

Les Shigella spp. causent une diarrhée aqueuse et de lafièvre. La dysenterie bacillaire est retrouvée dans lescas graves. La formation de micro-abcès dans le colonest à l’origine de la présence de globules rouges etglobules blancs dans les selles. Une septicémie est trèsrare. La plupart des patients guérissent spontanémentaprès une semaine ; mais des formes chroniques existentégalement. Le syndrome hémolytique et urémique (SHU)est une complication grave de la shigellose.


Epidémiologie

Shigella spp. sont retrouvées surtout chez l’homme maisont été décrites également chez les anthropoïdes. Lemode de transmission est interhumain par les mainscontaminées, la nourriture contaminée et les mouches(maladie des mains sales). Les Shigellae sont trèscontagieuses; une centaine de bactéries sontsuffisantes pour transmettre l’infection. Il s’agit dela forme la plus contagieuse de diarrhée bactérienne.Ce sont surtout les enfants en dessous de 10 ans quisont infectés. La shigellose est plus fréquemmentretrouvée dans les tropiques et sous-tropiques que dansnos régions. En Belgique seule la S. sonnei est encoreendémique. Les Shigella spp. sont également une causeimportante de diarrhée des voyageurs. Depuis 1979, lebacille de Shiga (S. dysenteriae 1) est, après uneabsence de plusieurs années, réapparu dansdifférentes régions tropicales.

Antibiogramme

Les fluoroquinolones ont une très grande activité contreles Shigella spp. (1, 3). Le CMI 50 pour la ciprofloxacineest ≤ 0.015 mg/l (4). Les fluoroquinolones sontconsidérées comme traitement de premier choix pourles adultes (1). Les alternatives (par exemple pour lesenfants) sont le cotrimoxazole et l’ampicilline (1). Larésistance aux fluoroquinolones a été décrite maisreste (pour le moment) exceptionnelle dans notre pays(3, 5). On suspecte que les Shigella spp. résistantes àl’acide nalidixique sont moins sensibles aux nouvellesfluoroquinolones (5). C’est donc une bonne pratique detester l’acide nalidixique et une fluoroquinolone. Vu lafréquence de la résistance (1, 3) tant à l’ampicilline(>25%) qu’au cotrimoxazole (>50%), le traitement,surtout chez les enfants, n’est pas toujours facile ; eton se basera sur l’antibiogramme dans ces cas.


L’utilisation des freinateurs du transit intestinal estdéconseillée dans le traitement des shigelloses (1).

Figure 2.4.1. Shigella boydii (échantillon de cette enquête).

M. Lontie, MCH Louvain et K. Vernelen, ISP Bruxelles


REFERENCES

1. Du Pont H.L. 2000. Shigella species (bacillary dysentery). InMandell G. et al. (eds.). Principles and practice of infectiousdiseases. Churchill Livingstone, New York.

2. Bopp C.A., Brenner F.W, Fields P.I. et al. 2003. Escherichia,Shigella, and Salmonella. p. 654-671. In Murray P.R. et al. (eds.).,Manual of Clinical Microbiology, American Society forMicrobiology, Washington DC.

3. Lontie M., Blanckaert H. & Chasseur-Libotte M.L. 1999. In vitroactivity of gemifloxacin and other antimicrobials against recentisolates of Salmonella spp. and Shigella spp. from stool specimens.Poster 2297, 39th ICAAC, San Francisco.

4. Institut Scientifique de la Santé Publique. 2003. Souches deSalmonella et Shigella isolées en Belgique en 2002. Bruxelles.

5. http://www.cdc.gov/narms/pub/presentations/nfid/baker_n.htm


III. RESULTATS DES IDENTIFICATIONS (N=216)

Les identifications correctes ou acceptables sont soulignées.

3.1. Culture M/2494 Corynebacterium urealyticum ( urine)N = 216

Corynebacterium urealyticum 197 (91,2%)Corynebacterium species 4Corynebacterium genitalium 2Corynebacterium pseudodiphtheriticum 2Corynebacterium jekeium 1Corynebacterium groupe D2 1Micrococcus species 2Kytococcus sedentaris 1Oerskovia species 1Staphylococcus aureus 1Pas de pathogène 4

3.2. Culture M/4508 Bergeyella zoohelcum (hémoculture)N = 216

Bergeyella zoohelcum 115 (53,2%)Bergeyella species 10Weeksella zoohelcum 4Weeksella species 9Weeksella virosa 5Weeksella sp./Bergeyella sp. 1Myroides species 17Myroides sp./ Bergeyella sp. 1Flavobacterium species 5Flavobacterium odoratum 4Flavobacterium species groupe CDC II B 1Brevundimonas diminuta 3Brevundimonas species 1Brucella species 3Helicobacter species 2


Methylobacterium species 2Psychrobacter species 2Actinobacillus species 1Agrobacterium species 1Bordetella bronchiseptica 1Brevibacterium species 1Cardiobacterium species 1Chryseobacterium indologenes 1Corynebacterium urealyticum 1Gemella species 1Haemophilus influenzae 1Moraxella phenylpyruvica 1Ochrobactrum anthropi 1Pasteurella species 1Pseudomonas aeruginosa 1Pseudomonas species 1Ralstonia species 1Shewanella putrefaciens 1P.melaninogenica/P. oralis 1S. pyogenes + F. odoratum 1Bacilles à Gram négatif, non fermantants 4Bacilles à Gram négatif, oxidase positifs,non fermantants 3Bacilles à Gram négatif, oxidase positifs 1Pas de réponse 5


3.3. Culture M/4534 Streptococcus pyogenes (liquidesynovial)N = 216

Streptococcus pyogenes 195 (90.3%)Streptococcus de groupe A 20 (9.2%)Streptococcus agalactiae 1

3.4 Culture M/4535 Shigella boydii (selles)N = 216

Shigella boydii 103 (47.7%)Shigella boydii/flexneri 2 (0.9%)Shigella species 100 (46.3%)Shigella species (non sonnei non flexneri) 2 (0.9%)Shigella species (non sonnei) 2 (0.9%)Shigella species (non A non D) 1 (0.5%)Shigella flexneri 2Shigella dysenteriae 1Ochrobactrum anthropi 1Plesiomonas shigelloides 1Pas dans le domaine d’application* 1

* Cette réponse a été fournie par le laboratoire d’unefirme.


IV. ANTIBIOGRAMME

L’antibiogramme type a été réalisé par plusieurs experts selonles deux méthodes les plus couramment utilisées et pouvantservir de référence : méthode par diffusion de disque selonNCCLS et ROSCO (NEO-SENSITABS).

4.1. Culture M/4535

Nombre de participants = 216Tous les laboratoires n’ont pas déterminé la résistanceà tous les antibiotiques. Certains participants ontdéterminé la résistance à plusieurs fluoroquinolones.Certains laboratoires ont utilisé plus d’une techniquepour quelques antibiotiques ; ils ont obtenu les mêmesrésultats pour les mêmes antibiotiques avec différentesméthodes.

Tableau 4.1.1. Résultats des antibiogrammes effectuéspour l’échantillon M/4535 (S.boydii).

Co-trimoxazoleAmpicillineTétracycline

Doxycycline2

FluoroquinolonesCiprofloxacineLévofloxacineMoxifloxacineNorfloxacineOfloxacinePéfloxacineFluoroquinolone3

SSSS

SSSSSSS

212210137

15

14423

180571 15

0410

0000000

0201

0000000

Résultatattendu S I R

1 Quelques laboratoires ont déterminé l’antibiogramme brut pour la tétracycline maisn’ont pas répondu l’antibiogramme final ; ils ont mentionné que le NCCLS ne donnepas de critères en 2003 pour la tétracycline en ce qui concerne Shigella spp. dansles selles.

2 Un certain nombre de laboratoires ont déterminé la résistance à la doxycycline.3 Certains laboratoires n’ont pas mentionné le nom de la fluoroquinolone utilisée.

0050

0000000

Pas derésultatsfinal1


Lorsque la méthode complète était reprise, nous avonsdéterminé le diamètre médian, minimum et maximumpour les méthodes de diffusion sur disque selon NCCLSet ROSCO (NEO-SENSITABS).Certains laboratoires n’utilisent pas la chargeappropriée ou ne mentionnent pas la charge des disquesutilisés ; ces laboratoires ne sont pas pris en comptepour le calcul des médianes, minima et maxima.

Tableau 4.1.2. Diamètres obtenus avec la méthode dediffusion par disques selon NCCLS pour l’échantillonM/4535 (S.boydii).

Co-trimoxazoleAmpicillineTétracyclineDoxycyclineCiprofloxacineLévofloxacineNorfloxacineOfloxacine

1.25/23.7510303055105

2821,525,52032,5303030,5

25-3515-2820-3120-2329-4030-3228-3820-32

524839

232

62110

Nombred’utilisateurs

ayantmentionné la

charge(nombre total)

Diamètremédian

Valeursextrêmes

S

Antibiotique

314030

322

5138

(52)(53)(41)(3)

(32)(6)(21)(10)

Charge

04000000

01010000

I R

Résultat(Nombre total)

00200000

*

* Quelques laboratoires ont déterminé l’antibiogramme brut pour la tétracyclinemais nont pas répondu l’antibiogramme final ; ils ont mentionné que le NCCLSne donne pas de critères en 2003 pour la tétracycline en ce qui concerneShigella spp. dans les selles.


Co-trimoxazoleAmpicillineTétracyclineDoxycyclineCiprofloxacineLévofloxacineMoxifloxacineNorfloxacineOfloxacinePéfloxacine

5.4/24033808010510101010

4028303035,53228303431

28-5021-3320-3827-3226-4426-38

26-4022-4030-43

959573135413

12820

4

Nombred’utilisateurs

ayantmentionné la

charge(nombre total)

Diamètremédian

Valeursextrêmes

S

Antibiotique

9570581 14613

12820

4

(95)(95)(77)(13)(54)(13)(1)

(28)(20)(4)

Charge

0010000000

0000000000

I R

Résultat(Nombre total)

0030000000

*

Tableau 4.1.3. Diamètres obtenus avec la méthode dediffusion par disques selon ROSCO pour l’échantillonM/4535 (S.boydii).

* Quelques laboratoires ont déterminé l’antibiogramme brut pour la tétracyclinemais nont pas répondu l’antibiogramme final ; ils ont mentionné que le NCCLSne donne pas de critères en 2003 pour la tétracycline en ce qui concerneShigella spp. dans les selles.

Les résultats obtenus avec Vitek sont repris dans le tableau 4.1.4.

Tableau 4.1.4. Résultats obtenus avec Vitek pourl’échantillon M/4535 (S.boydii).

Co-trimoxazoleAmpicillineTétracyclineCiprofloxacineLévofloxacineNorfloxacineOfloxacinePéfloxacine

≤ 102

≤ 1≤ 0,5

-≤ 4

-≤ 1

(9)(9)(5)(8)

(4)

(2)

Résultatfinal

Antibiotique

9958-4-2

Vitek 1

S I R

0000-0-0

0000-0-0

Dilutionmention-

née le plusfréquem-

ment

Nombre de labosayant mention-

nés cettedilution (Nombretotal d’utilisa-

teurs)

4314-1-1

≤ 20≤ 2

≤ 1 et 4≤ 0,25≤ 0,25

≤ 0,5≤ 0,25

≤ 1

(35)(35)(4)(30)(1)(21)(21)(1)

Résultatfinal

35354

301

21211

Vitek 2

S I R

00000000

00000000

Dilutionmention-

née le plusfréquem-

ment

Nombre de labosayant mention-

nés cettedilution (Nombretotal d’utilisa-

teurs)

2625

chacun 123

11515

1


Dans la plupart des cas la « dilution la plusfréquemment mentionnée » est la seule reprise par lesparticipants. Il est à noter qu’un certain nombre delaboratoires ne mentionnent toutefois pas cettedilution. Généralement pour la plupart des antibiotiquesles réponses ne diffèrent pas plus d’une dilution.

Les résultats obtenus avec la méthode ATB sont reprisdans le tableau 4.1.5. La plupart des laboratoires ontmentionné seulement le résultat (S, I ou R) et n’ont pasmentionnés les valeurs obtenues.

Tableau 4.1.5. Résultats obtenus avec la méthode ATBpour l’échantillon M/4535 (S.boydii).

Antibiotique Résultat

S I RCo-trimoxazole 18 0 0Ampicilline 14 0 1Tétracycline 9 0 0Ciprofloxacine 17 0 0Lévofloxacine 1 0 0Norfloxacine 5 0 0Ofloxacine 7 0 0Péfloxacine 2 0 0

Il reste à mentionner que:- deux laboratoires ont déterminé la résistance au co-

trimoxazole, à l’ampicilline, à la tétracycline et à laciprofloxacine avec le test E;

- deux laboratoires ont déterminé la résistance au co-trimoxazole, à l’ampicilline et à la ciprofloxacine avec laméthode de microdilution ; un de ces deux laboratoires autilisé cette technique pour déterminer la résistance à latétracycline ; l’autre laboratoire a utilisé cette techniquepour déterminer la résistance à la lévofloxacine;


- deux laboratoires ont déterminé la résistance au co-trimoxazole, à l’ampicilline, et à la norfloxacine surPhoenix ; un de ces deux laboratoires a utilisé cettetechnique pour déterminer la résistance à la ciprofloxacineet à la lévofloxacine;

- un laboratoire a déterminé la résistance à la tétracyclineavec la méthode de dilution sur agar;

- un laboratoire a déterminé la résistance au co-trimoxazole,à l’ampicilline, à la tétracycline, à la ciprofloxacine et à lapéfloxacine sur Sirscan ;

- un laboratoire a déterminé la résistance au co-trimoxazole,à l’ampicilline, à la tétracycline et à la péfloxacine surgalerie Mini Api.

Finalement il y a quatre laboratoires qui n’ont pas mentionné laméthode utilisée pour un ou plusieurs antibiotiques.


V. PARASITOLOGIE

5.1. Les échantillons

Deux suspensions de selles formolisées ont étéenvoyées : P/4387 et P/4683.Les échantillons étaient accompagnés desrenseignements cliniques suivants :

P/4387 : Après un voyage en Asie un enfant de 12 seprésente chez son médecin avec diarrhée, vomissementset spasmes abdominaux.

P/4683 : Un patient de 36 ans présente une diarrhéedepuis une dizaine de jours.

L’échantillon P/4387 contenait des oocystes deCyclospora cayetanensis.L’échantillon P/4683 contenait des kystes de Giardialamblia.

5.2. L’échantillon P/4387

5.2.1 Les résultatsLes 202 laboratoires ont fourni 210 réponses.191 laboratoires ont répondu la présence d’unparasite, huit ont répondu la présence de 2parasites et 3 laboratoires ont répondu :«absence de parasites ».Les réponses sont reprises dans le tableausuivant :


Parasite Nombre

Cyclospora cayetanensis 178Endolimax nana 7Entamoeba hartmanni 6Entamoeba histolytica 4Giardia lamblia 4Entamoeba coli 3Cryptosporidium parvum 3Blastocystis hominis 1Strongyloides stercoralis 1Absence de parasites 3

Total 210

Les laboratoires ayant répondu la présence de2 parasites, ont mentionné les combinaisonssuivantes:- C. cayetanensis + C. parvum : 3 fois- C. cayetanensis + E. hartmanni : 3 fois- C. cayetanensis + S. stercoralis : 1 fois- C. cayetanensis + G. lamblia : 1 fois(ce laboratoire a néanmoins mentionné commequantité pour G. lamblia “0”)

Les stades d’évolutions répondus par leslaboratoires pour C. cayetanensis sont reprisdans le tableau suivant. Un laboratoire amentionné deux stades (oocyste etsporocyste).

Stade d’évolution Nombre de laboratoires

Oocyste 143Kyste 29Oeuf 4Sporocyste 1Non précisé 2

Total 179


Pour les stades d’évolution mentionnés le plusfréquemment, nous représentons les valeursextrêmes et la médiane dans le tableausuivant :

Médiane

Oocyste 0,01 15 1Kyste 0,05 3 1

MaximumMinimum

Il faut mentionner que pour oocyste et kysterespectivement 2 et 6 laboratoires ontmentionné la réponse « <1 ».

5.2.2 CommentaireCyclospora cayetanensis peut causer unediarrhée tant chez le patient immunocompétentque chez le patient immunodéprimé. C.cayetanensis a été décrit sous diversesappellations: algues bleues-vertes oucyanobactéries, corps de type cyanobactérie(cyanobacterium-like bodies ou CLB),coccidian-like, Cryptosporidium-like etCyclospora sp. Actuellement cemicroorganisme est classé parmi les coccidies(4).

PathogénieUne diarrhée provoquée par le Cyclospora sp.est caractérisée par une longue durée (auminimum deux semaines) et son caractèreaqueux marqué. Habituellement on ne trouvepas de leucocytes dans les selles. Cettediarrhée s’accompagne souvent dune perted’appétit, de symptômes des voies digestivessupérieures, de perte de poids et de fatigue.Les patients atteints du SIDA rechutent trèsfacilement. (3).C. cayetanensis envahit les entérocytes del’intestin grêle (3, 4).


DiagnosticAu niveau des selles, C. cayetanensis seprésente habituellement sous forme d’oocystessphériques, mesurant 8 à 10 µm (figure 5.2.2.1.).La paroi de l’oocyste est bien délimitée et ilcontient plusieurs petits globules réfringentsjuxtaposés, lui donnant l’aspect du stademorula. Dans les selles fraîches, ces granulesont un aspect vert et sont fluorescents à lalumière UV. L’oocyste sporulé contient deuxsporocystes contenant chacun deuxsporozoïtes. Les oocystes de Cyclosporaprésentent quelques similitudes avec ceux desautres coccidies intestinales humaines, lesCryptosporidium spp. et Isospora spp. (1, 4, 8).Les oocystes ne se colorent pas au Lugol, sontacido-résistants mais peuvent être colorés parla méthode de Ziehl-Neelsen. Les oocystes sontconcentrés par la méthode formol-éther selonRitchie (1, 8).

Figure 5.2.2.1.: Oocyste de Cyclospora cayetanensis dansles selles fraîches.


EpidémiologieC. cayetanensis est retrouvé plus fréquemmentdans les tropiques. Des cas ont été décrits dansdifférents pays de chaque continent. EnAfrique l’infection est plutôt exceptionnelle(3). La transmission peut se faire à l’aide d’eaucontaminée, de fraises et d’autres produitsalimentaires d’origine végétale (3, 4). EnAmérique du Nord les fraises contaminéesprovenaient du Guatemala (4). Dans notre paystous les cas de C. cayetanensis sont apparussporadiquement et il s’agissait pratiquementchaque fois d’une pathologie importée (2, 6).De nombreuses questions non-résoluespersistent au sujet du C. cayetanensis. Desespèces apparentées sont retrouvées chez lesanimaux, entre autres chez les anthropoïdesen Afrique orientale (3, 4).

TraitementLa plupart des médicaments anti-infectieux nesont pas actifs dans les infections à C.cayetanensis (4). Le co-trimoxazole (160 mgtrimethoprim et 800 mg sulfamethoxazol, deuxfois par jour, pendant 7 jours) est letraitement de choix (5, 7). La ciprofloxacineest proposée comme traitement alternatif,certes moins efficace que le co-trimoxazole(7). Une guérison spontanée est fréquente.


Figure 5.2.2.2.: Oocyste de Cyclospora cayetanensis dans les sellesanciennes

M. Lontie, MCH Louvain et K. Vernelen, ISP Bruxelles


REFERENCES

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2. Crucitti T., Lontie M., Vervoort T., Libeer J.C. 1999. Cyclosporacayetanensis: diagnosis and situation in Belgium. Arch. PublicHealth 57:301-310.

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4. Herwaldt B.L. 2000. Cyclospora cayetanensis: a review, focusingon the outbreaks of cyclosporiasis in the 1990’s. Clin. Infect.Dis. 31:1040-1057.

5. Hoge C.W., Shlim D.R., Ghimire M. et al. 1995. Placebo-controlledtrial of co-trimoxazole for Cyclospora infections amongtravellers and foreign residents in Nepal. Lancet 345:691-693.

6. Lontie M., Degroote K., Michiels J. et al. 1995. Cyclospora sp.: acoccidian that causes diarrhoea in travellers. Acta ClinicaBelgica 50:288-290.

7. Verdier R.I., Fitzgerald D.W., Johnson W.D., Pape J.W. 2000.Trimethoprim-sulfamethoxazole compared with ciprofloxacinfor treatment and prophylaxis of Isospora belli and Cyclosporacayetanensis infection in HIV-infected patients. A randomized,controlled trial. Ann. Intern. Med. 132:885-888.

8. Wurtz R. 1994. Cyclospora: A newly identified intestinalpathogen of humans. Clin. Infect. Dis. 18:620-623.


Parasite Nombre

Giardia lamblia 199Cyclospora cayetanensis 3Balantidium coli 1Entamoeba hartmanni 1

Total 204

5.3. L’échantillons P/4683

5.3.1 Les résultats

Parmi les 202 participants 200 laboratoires ontdétecté la présence d’un parasite et deux ontdétecté la présence de 2 parasites.Les réponses sont reprises dans le tableausuivant :

Les laboratoires ayant détecté la présence de2 parasites, ont mentionné les combinaisonssuivantes:- G. lamblia + E. hartmanni- G. lamblia + B. coli

Le tableau ci-dessous reprend les différentsstades d’évolution mentionnés par leslaboratoires. Il est à noter que quatorzelaboratoires ont mentionné deux stadesd’évolution.

Stade d’évolution Nombre

Kyste 192Trophozoïte 13Forme végétative 5Oeuf 2Oocyste 1

Total 213


Les laboratoires ayant mentionné 2 stadesd’évolution, ont donné les combinaisonssuivantes :- kyste + trophozoïte: 10 fois- kyste + forme végétative: 4 fois

Les valeurs extrêmes et la médiane du nombrede parasites rencontrés/champ sontreprésentés dans le tableau suivant pour lesstades d’évolution mentionnés le plusfréquemment :

Médiane

Kyste 0,05 15 4Trophozoïte 0,01 5 2,5

MaximumMinimum

Deux laboratoires ont mentionné la réponse« <1 », 1 laboratoire a mentionné la réponse« nombreux » et 2 laboratoires n’ont pasmentionné la quantité de kystes. Pour lestrophozoïtes 4 laboratoires ont mentionné laréponse « <1 » et 1 laboratoire n’a pasmentionné la quantité.

5.3.2 Commentaires

Parmi les 202 participants 199 laboratoires ontretrouvé le Giardia lamblia dans cetéchantillon. Ceci est un très bon résultat; 5laboratoires seulement ont trouvé égalementd’autres parasites dans cet échantillon. Laprésence d’autres parasites (en nombreminimal) ne peut jamais être exclue et cesrésultats ne peuvent donc pas être interprétéscomme fautifs.


Néanmoins nous devons remarquer que lacodification utilisée pour les stades del’évolution reste peu correcte. Seuls quelqueslaboratoires mentionnent avoir utilisé unetechnique immunologique pour la détection del’antigène.

5.3.3 Discussion du parasite Giardia lamblia

(voir rapport global Microbiologie / Sérologie/ Parasitologie Enquête 01.2001 p.28)

5.3.3.1 Diagnostic parasitologique

(voir rapport global Microbiologie /Sérologie / Parasitologie Enquête01.2001 p.29)

5.3.3.2 Diagnostic immunologique par la re-cherche des antigènes parasitairesdans les selles

Aperçu de la littérature récente:

La recherche microscopique desparasites est un travail laborieux etdemande des technologues delaboratoire bien formés.

Des tests de détection d’antigènealternatifs ont été développés, cestests sont basés sur des techniques defluorescence directe (DFA), des testsimmuno-enzymatiques (EIA) et plusrécemment des tests rapides« dipstick ».


On retrouve dans la littérature ungrand nombre de rapportsmentionnant une très bonne spécificitéet une sensibilité supérieure à celle dela microscopie. L’efficacité dulaboratoire serait égalementaméliorée, surtout grâce à la réductiondu travail laborieux de microscopie (1).

Le test d’immunofluorescence directerecherche les organismes intacts aumoyen d’anticorps (monoclonaux oupolyclonaux) marqués à la fluorescéineet dirigés contre les antigènesmembranaires des kystes de Giardia.La sensibilité et la spécificité sontrespectivement considérées commeétant de 92% à 100% et de 99,8% à100% (2).

Pour les EIAs plusieurs auteurs ontdécrit une sensibilité de 94 à 97%, etune spécificité de 99 à 100% (1,3).

Suite à la variabilité antigénique,décrite pour Giardia lamblia, un risquede voir diminuer la sensibilité et parconséquent de voir apparaître desrésultats faux négatifs lors del’utilisation de monoclonaux, subsiste(4).

D’autre part différents auteurs ontdémontré que l’affirmation desfabricants selon laquelle les testscopro-antigènes suppriment lanécessité d’examiner de multipleséchantillons de selles, n’est pascorrecte.


Récemment Hanson et al.2001 (5) ontpublié un article intéressant à cesujet. Van Gool et al.2003 (6) ontégalement mentionné cetteproblématique.

Résultats obtenus dans notrelaboratoireDe 1998 à 2002 nous avons effectuédans notre laboratoire l ’examenparasitologique et l’ELISA GSA65 sur10.372 échantillons de selles.(GSA65= Giardia specific antigen 65).Avec l’examen microscopique aucunparasite n’a été retrouvé dans 8245échantillons et d’autres parasites queGiardia lamblia ont été retrouvés dans1298 échantillons.Parmi les 10.372 échantillons 829 ontété trouvés positifs pour Giardialamblia par l’examen microscopique,qui reste « golden standard ».


Sensibilité et spécificité vis-à-vis de la microscopie:Sensibilité: 99,6% (95% intervalle de confidentialité : 99,2-100%)Spécificité: 98,5% (95% intervalle de confidentialité : 98,2-98,7)

Un aperçu des résultatsmicroscopiques et de l’ELISA estreprésenté dans le tableau ci-dessous:

ELISA

Examen microscopique

+ - Total

+ 826 147 973

- 3 9396 9399

Total 829 9543 10372


Remarques :

1. Si on ne tient pas compte del‘examen microscopique considérécomme « golden standard », nousremarquons que l’ELISA donne 147résultats positifs qui sont négatifsen microscopie. Sagit-il de fauxpositifs ? La méthode ELISA est-elle plus sensible que lamicroscopie?

Sur base des données cliniques deces patients la possibilité d’uneinfection au Giardia semble réelle.Nos résultats sont comparables auxdonnées de la littérature quiattribue aux EIAs une sensibilitéqui est +/- 10% supérieure à cellede l’examen microscopiqueclassique.

2. Il est également très important desuivre les directives du fabricantpour l’utilisation des selles fraîchesou fixées. La nature du fixateurjoue également un grand rôle !Notre expérience avec l’ELISA-GSA65 montre que nous pouvonsconserver sans problème unéchantillon frais pendant unesemaine et un échantillon fixé auformol 5% pendant 3 mois à unetempérature de 2°-8°C.

T. Vervoort, Instituut voor Tropische Geneeskunde, Antwerpen


Figure 5.3.1. Kyste de G. lamblia (échantillon P/4683)

Figure 5.3.2. Kyste de G. lamblia (échantillon P/4683)


REFERENCES

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4. Morgan, U.M.,2000. Detection and characterization ofparasites causing emerging zoonoses.International J.for Parasitology 30:1407-1421.

5. Hanson, -K-L; Cartwright, -C-P,2001. Use of an enzymeimmunoassay does not eliminate the need to analyze multiplestool specimens for sensitive detection of Giardia lamblia.J.Clin.Microbiol. 39(2):474-477

6. Van Gool, T. et al, 2003. Triple focus test. An effective toolfor detection of intestinal parasites in routine clinical practice.Eur.J.Clin.Microbiol. Infect.Dis.22:284-290.


VI. SEROLOGIE

6.1. Description de l’échantillon

Trois échantillons liquides, S/4667, S/4669 et S/4671,ont été envoyés pour le dosage des anticorps anti-VIHet anti-HCV.Aucun des trois échantillons ne contenaient desanticorps anti-VIH : ils étaient donc tous VIH-négatifs.Par contre les trois échantillons étaient positifs pourles anticorps HCV.

6.2. VIH

6.2.1. Les participants

Pour les anticorps anti-VIH et l’échantillonS/4669 nous avons reçu 204 réponses, pourles échantillons S/4667 et S/4671 203réponses. Ce sont deux laboratoiresdifférents qui n’ont pas répondu pour chacunde ces 2 derniers échantillons.Plusieurs laboratoires ont effectué plus d’untest par échantillon.Le tableau ci-dessous illustre le nombre detests effectués par laboratoire :

Echantillon

S/4667S/4669S/4671

182184184

191817

222

226226224

1 test 2 tests 3 tests Total


6.2.2. Réactifs utilisés

Le tableau suivant reprend le nombred’utilisateurs des trousses de réactifs :

Abbott AxSYM HIV-1/2gO 71 71 71AxSYM HIV Ag/Ab Combo 22 22 21AxSYM HIV-1/2 9 9 9DETERMINE HIV 1/2 5 5 5Murex HIV-1.2.0. 5 5 5HIV-1/2gO EIA 4 4 4IMx HIV-1/HIV-2 III PLUS 3 3 3PRISM HIV 0 Plus 2 2 2

Bayer Centaur HIV 1/0/2 4 4 4Behring Enzygnost HIV Integral 7 6 6

Enzygnost anti-HIV 1/2 PLUS 1 1 1bioMérieux VIDAS HIV DUO 48 49 48

Vironostika HIVUni-Form II Ag/Ab 1 1 1

BioRad Access HIV 1/2 New1 20 20 20Genscreen HIV 1/2 Version 2 1 1 1

Biotest HIV Tetra Kit 6 6 6Ortho Diagnostics VITROS Immunodiagnostic

Products anti HIV 1+2 14 14 14HIV-1/HIV-2 Ab-CaptureElisa test 2 2 2HIV Check 1 1 1

Total 226 226 224

Trousse S/4667

Fabriquant S/4669

S/4671

1 La trousse Access HIV 1/2 New est produite par BioRad ; ces trousses sontnéanmoins utilisées sur l’appareil Access, produit par Analis.

6.2.3. Résultats

L’échantillon S/4667 a été considéré commenégatif par 202 des 203 laboratoires. Unparticipant a trouvé un résultat faux positifavec la trousse AxSYM HIV-1/2. Celaboratoire enverrait donc cet échantillon à unlaboratoire de référence.


Les échantillons S/4669 et S/4671 sontconsidérés comme négatifs par tous leslaboratoires.Les laboratoires qui ont effectué plusieurstests sur un échantillon ont obtenu desrésultats négatifs avec chaque technique.Malgré le fait qu’ils aient considérés ceséchantillons comme négatifs, en routine, deuxlaboratoires enverraient ces 3 échantillons àun laboratoire de référence.

6.2.4. Discussion des résultats de l’enquête

Les trois échantillons envoyés étaient négatifs.S’il est de Bonne Pratique d’envoyer à unLaboratoire de référence les échantillonspositifs ou douteux en sérologie, leséchantillons négatifs ne doivent pas l’être saufs’il y avait une discordance entre les résultatset les renseignements cliniques.Deux tests différents sur un même échantillonne se justifient que s’ils sont complémentaires.Exemple : Un test anticorps et un testantigène/anticorps combiné.Si l’échantillon s’avère positif ou douteux, ilest recommandé de refaire le test par la mêmetechnique. Cet échantillon ainsi que lesrésultats obtenus doivent être envoyés à unLaboratoire de référence de son choix. Aucunrésultat ne devrait être communiqué auprescripteur avant le résultat final.

D. Sondag-Thull, Centre de Transfusion, Liège


6.3. HCV

6.3.1. Les participants

Nous avons reçu 192 réponses pour lesanticorps anti-HCV et les échantillons S/4667et S/4669 et 191 réponses pour l’échantillonS/4671.Plusieurs laboratoires ont effectué plus d’untest par échantillon.Le tableau ci-dessous montre le nombre detests effectués par laboratoire :

EchantillonS/4667

S/4669

S/4671

174

174

175

17

17

16

1

1

0

211

211

207

1 test 2 tests 3 tests Total

Il est à noter que 2 laboratoires qui onteffectué 2 tests, ont utilisé 2 fois la mêmeméthode (avec des résultats comparables).

Abbott AxSYM HCV 3.0 97 97 97AxSYM HCV 15 15 15IMx HCV 3.0 10 10 10HCV 3rd generation 4 4 4PRISM HCV 3.0 2 2 2

Bayer Centaur HCV 3 3 3

Trousse S/4667

Fabriquant S/4669

S/4671

6.3.2. Réactifs utilisés

Le tableau suivant montre le nombred’utilisateurs des différentes trousses:


BioRad Access HCV Ab Plus1 25 25 24Monolisa Anti-HCV Plus Version 2 9 9 9Deciscan HCV Plus 1 1 1

Innogenetics Innotest HCV Ab IV 6 6 6Innolia HCV Ab III update 4 4 4

Mikrogen recomBlot HCV IgG 1 1 0Ortho Diagnostics HCV Version 3.0 Elisa 14 14 14

Vitros ECi anti-HCV 13 13 13Chiron RIBA HCV 3.0 SIA 3 3 2

Méthode maison Microplaques 2 2 2Non spécifié RT PCR 1 1 0

Non spécifié 1 1 1

Total 211 211 207

Trousse S/4667

Fabriquant S/4669

S/4671

1 La trousse Access HCV Ab Plus est produite par BioRad ;ces trousses sont néanmoins utilisées sur l’appareilAccess, produit par Analis.

6.3.3. Résultats

Les échantillons S/4667 et S/4669 ont étéconsidérés comme positifs par tous leslaboratoires.L’échantillon S/4671 a été considéré commepositif par 189 des 191 participants. Unlaboratoire, qui a déterminé les anticorps avecdeux techniques différentes, a obtenu unrésultat positif (avec la trousse Monolisa Anti-HCV Plus Version 2 kit de BioRad) et un résultatborderline (avec une « méthode maison » enmicroplaques). Un dernier laboratoire a obtenuun résultat négatif (sans spécifier la méthode).


Dans les tableaux ci-dessous nous présentonsles valeurs extrêmes et la médiane pour lesméthodes utilisées le plus fréquemment et oùla réponse quantitative a été apportée:

Echantillon S/4667

Fabricant Trousse Minimum Maximum MédianeAbbott Architect HCV 11,15 17,92 15,97

AxSYM HCV 3.0 79 137 114IMx HCV 3.0 37,8 58,0 50,8

BioRad Access HCV Ab Plus 10,45 13,37 11,47Ortho Diagnostics Vitros ECi anti-HCV 30,4 45,8 40,7

Echantillon S/4669Fabricant Trousse Minimum Maximum MédianeAbbott Architect HCV 13,30 15,79 14,40

AxSYM HCV 3.0 36 58 49IMx HCV 3.0 23,2 32,2 28,4


Echantillon S/4671Fabricant Trousse Minimum Maximum MédianeAbbott Architect HCV 11,72 15,57 13,18

AxSYM HCV 3.0 36 92 77IMx HCV 3.0 27,56 39,07 31,74



Les réponses à la question de savoir si les laboratoiresenverraient ces échantillons en routine à unlaboratoire de référence sont reprises dans le tableauci-dessous :

Enverraient N’enverraient pas Pas del’échantillon l’échantillon réponse

S/4667 100 87 5S/4669 100 87 5S/4671 100 86 5

Quelques laboratoires qui n’enverraient pasl’échantillon ou qui n’ont pas donné de réponse, ontfourni les explications suivantes :

- 4 laboratoires effectuent eux-mêmes uneconfirmation

- 2 laboratoires n’envoient que les échantillonsfaiblement positifs (ce qui n’était pas le cas avecces échantillons)

- 2 laboratoires suggèrent de déterminer le HCV-ARN

- un laboratoire demanderait un nouvel échantillonafin d’exclure une contamination et pour yrechercher le HCV-ARN

Enfin un laboratoire propose de rayer les patientscomme donneurs de sang et conseille un suivi par lesmédecins traitants.


6.3.4. Discussion des résultats de l’enquête

Globalement de bons résultats ont été obtenusdans cette enquête, avec unanimité sur deuxéchantillons et 99% de concordance pour letroisième. La question qui divise les participantsest l’envoi de l’échantillon à un laboratoire deréférence. La confirmation d’un résultatsérologique peut se faire par l’application d’undeuxième test sérologique différent. Cedernier peut être un autre test ELISA ou untest immunoblot. Les tests immunoblots n’ontpas d’avantage remarquable par rapport à undeuxième ELISA et ils sont plus chers. Ce quinous intéresse finalement, ce n’est pas le faitde savoir si la personne a des anticorps, maisc’est le fait de savoir si la personne estinfectée. Ceci a des conséquences pour soninfectiosité et pour son suivi clinique. Dans cecadre, il est impératif d’utiliser un test de RT-PCR, une réaction de polymérase en chaîneaprès transcription inverse, afin de rechercherl’ARN viral, de façon qualitative dans unpremier temps. Un sérum utilisé dans la routined’un laboratoire, sans l’intention initiale d’yappliquer des techniques de recherche d’acidesnucléiques n’est pas approprié pour une telleanalyse. Un second sérum, prélevé de façonintentionnelle pour une RT-PCR sera plusadéquat et devra être transporté dans descirconstances favorables (rapidement oucongelé) vers le laboratoire responsable. Unautre avantage d’un second sérum est qu’ilconfirme l’identité du premier.


Rappelons également qu’en cas d’infection parle HCV, les marqueurs fonctionnels hépatiques,particulièrement les transaminases, sontsouvent peu altérés et une évaluation de lafonction hépatique nécessite souvent derépéter les tests.Les valeurs extrêmes mentionnées dans letableau des résultats n’ont qu’une valeurrelative, car les tests ne sont par réellementquantitatifs. Il n’y a pas de signification àaccorder au taux d’anticorps obtenus.

Les tests d’anticorps anti-HCV sont toujourspositifs en cas d’infection chronique chez unepersonne immunocompétente. En phase aiguëla sensibilité est beaucoup plus faible et lediagnostic d’une hépatite aiguë nécessite aussil’exclusion d’autres causes (particulièrementdes causes toxiques et médicamenteuses, lesvirus de l’hépatite A et B, ainsi que le virusEpstein-Barr et le cytomégalovirus) et en casde négativité la recherche directe de l’ARNviral ou la répétition du test anticorps sur unéchantillon de suivi.Le don de sang constitue une circonstancedifférente de celle du diagnostic. Un testpositif entraîne le refus du don, commeexplicité par un des participants.

P. Goubau, Cliniques universitaires St-Luc, Bruxelles

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RAPPORT GLOBAL EVALUATION EXTERNE DE LA QUALITE DES ... · le plus souvent suite à des morsures d’animaux ou à des contacts étroits avec ceux-ci. Le germe est généralement