11/01/2013

1

PubMed Informatica Medica e Biologica, a.a. 2011/12

Facoltà di Medicina Veterinaria

Visione generale

• Cos’è PubMed

• Come si accede

• Strategia di ricerca

• Operatori Booleani

• Ricerca intuitiva

• Come PubMed esegue una ricerca standard

• Associare i risultati

• Limitare la ricerca

• Trovare i riferimenti più recenti

Panoramica

• Medical Subject Headings (MeSH)

• Trovare e usare MeSH nella ricerca con PubMed

• Aggiungere termini alla propria ricerca

• Consultare la history

• Vedere i risultati

• Utilizzare i risultati

• Salvarli

• Altre Caratteristiche

Cos’è PubMed?

• Banca dati biomedica

• Versione elettronica dell’Index Medicus

• Istituito dalla National Library of Medicine (NLM), U.S.

• Copre i settori della medicina, infermieristica, odontoiatria, veterinaria, organizzazione sanitaria……..

11/01/2013

2

Cosa Contiene?

• Contiene più di 21 milioni di citazioni bibliografiche di articoli su riviste

• Medline ha indicizzato circa 5400 riviste

• Contiene citazioni di pubblicazioni internazionali (75% English) di 70 paesi (40% USA)

• Attiva dal 1950

• Aggiornamenti quotidiani

• Gratuita dal 1997

• Altri dettagli: http://www.nlm.nih.gov/pubs/factsheets/dif_med_pub.html

Strategia di ricerca

• Esempio: vorrei sapere se è possibili prevenire il

tumore alla mammella negli animali con una dieta specifica e/o vitamine.

• Parole chiave: tumore al seno Breast cancer

prevenzione Prevention vitamine Vitamins alimentazione Nutritional Supplements

Operatori logici (booleani)

• AND – Unisce 2 o più differenti

concetti. Aiuta a restringere i risultati della ricerca.

• OR

– Collega 2 o più sinonimi o termini correlati. Amplia i risultati della ricerca.

• NOT

– Vengono esclusi i termini o i concetti non desiderati. Riduce il numero dei risultati.

Strategia di ricerca

• Relazioni tra concetti:

Breast cancer

AND

prevention

AND

(vitamins OR nutritional supplements)

11/01/2013

3

Ricerca intuitiva

• Facile, veloce

• Richiede una conoscenza minima degli operatori logici

• Il sistema fa tutto lui! (mappando i termini in modo appropriato)

• Ricerca molto ampia

• Bassa precisione

PubMed: Ricerca e funzioni di ricerca

Accesso

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/

National Center for Biotechnology Information

11/01/2013

4

utilizzando Basic Search, inserire le parole chiave nella search box. In PubMed, non è necessario usare citazioni, AND, OR, o speciali formati. Nella ricerca libera, PubMed ti aiuta a scegliere i termini. Quando inizi a scrivere una parola, in automatico si evidenzia una lista di termini possibili. Seleziona quello che vuoi.

Risultati

Anatomia dei risultati

Se vogliamo avere altre informazioni come l’abstract o l’intero testo dobbiamo cliccare

Caratteristiche dell’abstract

la lingua in

cui è scritto l’articolo

Gli autori

Il contenuto dell’articolo

Il titolo

11/01/2013

5

Ricerca per autore Non ci sono comandi speciali per cercare un articolo di un autore, inserisci il nome dell’autore (non è necessario il punto): Cognome e iniziali del nome PubMed lo riconosce come autore e automaticamente lo ricerca

Note: PubMed trova l’autore, indipendentemente da dove si trova nella lista degli autori – primo , secondo o terzo posto

Combinare diversi concetti

Scrivi una frase che comprenda tutti i termini della ricerca. Non usare AND o OR, in modo da non interferire con la ricerca di PubMed. Non ha importanza l’ordine della parole. Se vuoi vedere esattamente cosa PubMed sta cercando, guarda sul Search Details per il percorso.

Traduttori PubMed traduce automaticamente e in modo corretto utilizzando AND con le tue parole, e OR + i sinonimi. Ora guarda il metodo di ricerca utilizzato in fondo ai Details.

Trovare le riviste Cercare una rivista usando il

titolo con: – L’abbreviazione ufficiale di

Medline -

• New Engl J Med

– Abbreviazioni più note, meno ufficiali -

• NEJM

– Il titolo completo -

• New England Journal of Medicine

note: È possibile ottenere diversi risultati. Utilizzare l’abbreviazione ufficiale è il modo migliore per ottenere una buona ricerca.

Si può utilizzare il database Journals dalla home page di PubMed per trovare la sigla ufficiale e per recuperare il numero esatto di tutti gli articoli di una particolare rivista.

11/01/2013

6

Cliccare

Limitare la ricerca

•Clicca

sull’etichetta Limit

Limitare la ricerca

• Scegli i limiti

Applica i tuoi limiti

• Clicca su

• PubMed applica i tuoi limiti ed esegue la ricerca

11/01/2013

7

I risultati dopo avere eseguito la ricerca con i limiti

Per recuperare i riferimenti più recenti

• Clicca sull’etichetta Limit

• Scegli il parametro tempo

• Scegli il periodo desiderato

• Clicca su Go (in alto o in fondo allo schermo)

Ricerca diretta da citazioni specifiche (1)

Vai su Single Citation Matcher e clicca sull’etichetta

Ricerca diretta da citazioni specifiche (2)

Inserisci i dati

che conosci

poi vai su Go

e dai l’invio

11/01/2013

8

Scegli l’autore, clicca su Go e guarda i risultati

Ricerca diretta da citazioni specifiche

(3)

MeSH

(Medical Subject Headings)

I descrittori di soggetto MeSH (Medical Subject Headings)

• È una lista di parole o frasi standardizzate: cancer=neoplasms

• Elimina le diverse trascrizioni : tumor or tumour=neoplasms

• Copre una grande quantità di sinonimi o termini più specifici : neoplasms include Lung neoplasms, Kidney neoplasms, Breast neoplasms, etc.

• I termini sono disposti in una gerarchia « ad albero » in cui i termini generali contengono i termini più specifici.

MeSH (2)

• Permette di trovare un numero contenuto di articoli riguardanti un soggetto utilizzando l’opzione Major topic

• Consente di ridurre un argomento a sottovoci (subheadings) che rappresentano specifici aspetti dell’argomento stesso - ex. : Breast Neoplasms – prevention & control

11/01/2013

9

MeSH (3)

Clicca su

MeSH

Database

Per trovare MeSH e usarlo nella ricerca con PubMed

• scegli MeSH database

• Scrivi il concetto nella query box

Trova e usa MeSH…..

• Consulta le informazioni su MeSH

• Fai le scelte opportune in base alla stringa di ricerca (major topic, subheadings a seconda delle necessità)

Trova e usa MeSH….

• Scegli una o più subheadings per MeSH

• Spedisci a Search box

11/01/2013

10

Trova e usa MeSH …

• Scegli MeSH

• Spedisci MeSH alla Search box

Trova e usa MeSH..

• Click su Search PubMed (scegliendo MeSH-Subheadings queste sono cercate su PubMed)

Videata dei risultati

• Questi sono i risultati della tua ricerca

Aggiungi termini alla tua ricerca

• Ripeti il processo con altri concetti

11/01/2013

11

Aggiungi termini alla tua ricerca

• Combina i termini usando Send to search box con…AND o OR

• Completa la tua ricerca dando l’invio su Search PubMed

Consulta il tuo percorso di ricerca

Con history : • Si visualizzano le ultime strategie di ricerca che sono

automaticamente salvate e cancellate dopo 8 ore di inattività

• Le ricerche sono indicate da un numero preceduto da #

• È possibile combinare le strategie nella history con gli operatori logici. Va riportato il simbolo # seguito dal numero

Consultare il tuo percorso di ricerca

• Dai l’invio sull’etichetta History

Partendo dalla tua history seleziona gli argomenti

• Clicca sul primo argomento

• Scegli l’ operatore

• clicca sul secondo argomento

• Scegli nuovamente l’operatore

• Clicca su Go

11/01/2013

12

I tuoi risultati Guarda i risultati

• Clicca su Display per vedere il menù

• Scegli il formato MEDLINE se vuoi esportare i dati a un software di gestione bibliografica

Gestisci i tuoi risultati

• Tutti i risultati in assenza di ulteriori specifiche

• Selezione dei risultati

• Invio dei risultati alla Clipboard

• Invia per E-mail

• Feed RSS

• Salva

– Testo

– File

Gestisci i tuoi risultati Scegli file, apri la tendina di format, scegli MEDLINE poi

clicca su crea file

11/01/2013

13

Salvare la ricerca - 1

• MyNCBI

– Save Search

(salvataggio della ricerca)

– Sign In (registrazione)

– Dare un nome alla ricerca

Salva la ricerca - 2

• URL

– Clicca su Details

– Clicca su URL per evidenziare l’indirizzo web della pagina con i risultati della ricerca

– Usa la funzione preferiti del browser per salvare e ritrovare la pagina con i risultati

Richiamare la ricerca

• MyNCBI

– entra

– Clicca di nuovo MyNCBI

– Gestisci i tuoi dati

Funzioni aggiuntive

• Database delle riviste

• Ricerca diretta da citazioni specifiche

• Feed RSS

• Collegamenti agli articoli in full text, se accessibili

11/01/2013

14

Altre risorse utili

• PubMed Help file : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/help/pmhel

p.html • PubMed FAQ (domande ricorrenti –

Frequently Asked Questions) : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/faq.html

• Tutorial PubMed interattivo : http://www.nlm.nih.gov/bsd/pubmed_tutorial/m1001.html

http://www.nlm.nih.gov/bsd/disted/clinics/build.html

Altre risorse utili

• MeSH Medical Subject Headings/traduzione italiana

a cura dell’Istituto Superiore di Sanità (ISS); l’accesso è gratuito, previa registrazione.

http://www.iss.it/site/mesh/

• Dizionario dei termini medici in Internet Vocabolario on line italiano – inglese, ospitato

sul sito Pneumonet http://www.pneumonet.it/scientifico/vocabolario/