PSI en VBM

Qu es la comisura anterior del cerebro?Siguiendo a Snell (2007), las fibras comisulares conectan regiones correspondientes de los dos hemisferios cerebrales y la comisura anterior: es un pequeo haz de fibras nerviosas que cruza la lnea media en la lmina terminal. Por su trayectoria lateral un haz ms pequeo o anterior se curva hacia adelante a cada lado hacia la sustancia perforada anterior y el tracto olfatorio. Un haz ms grande se curva hacia atrs a cada lado y surca la cara inferior del ncleo lenticular para alcanzar los lbulos temporales. (p. 282) No utilices los tres puntos suspensivos No es necesario que cites la pgina; en caso de que sea una cita textual utiliz comillas

Qu significa reorientar una imagen?Las imgenes estructurales del cerebro, formato tipo Niftii, con las que se opera en VBM, estn representando un volumen, por eso, contamos para cada una de ella con tres ejes: x, y, z, donde podremos ubicar un punto cualquiera (El Mapeo Estadstico Paramtrico del Cerebro, n.d.). Para aplicar anlisis estadsticos sobre un grupo de imgenes estructurales es necesario que las mismas estn normalizadas a una plantilla. As ser factible realizar la comparacin entre un punto cualquiera (x, y, z) de una imagen y otro de iguales coordenadas, pero de una imagen distinta. El primer paso de dicha normalizacin es el realineamiento de la imagen estructural sobre la imagen canonical (Marino, 2011). Reorientar una imagen significa modificar su punto de origen, coordenadas 0 0 0, de modo tal que todas las imgenes a procesar, se aproximen lo mximo posible al mismo. Para ello se asimila el punto de origen de una imagen estructural al punto de origen de la imagen canonical. Este punto se encuentra en la comisura anterior. A travs de SPM y con el uso de las herramientas Check Reg y Display podremos lograr la reorientacin deseada (PIPELINE BARILOCHE VBM, n.d.)

No ests usando bien Mendeley, n.d. te est informando que no tiene datos eso no debe ocurrir seguir el pipeline Andaluca La imagen se denomina cannica, si utilizs el anglicismo hazlo en cursiva

Cuntas imgenes cannicas hay en el mundo? La imagen cannica es aquella en la que se basa la plantilla normalizadora que se mencion con anterioridad. La ms utilizada es la creada Montreal Neurological Institute- MNI (E. a Hirshorn & Thompson-Schill, 2006; Poldrack, 2006 citados en Marino, 2011). Esta imagen de referencia trata de parecerse a la cannica de Talairach y Tournoux, de los aos ochenta (El Mapeo Estadstico Paramtrico del Cerebro, n.d.). En el mundo, existen otras imgenes cannicas que son creadas en funcin de las necesidades de los grupos poblacionales. (Marino, 2011)

Ver como citar en Mendeley, n.d. no debe aparecer Investigar cules son las imgenes cannicas ms utilizadas en el mundo aparte de MNI

Mediante qu paso uno se asegura que los cambios que ha hecho han quedado definitivamente guardados en el cerebro nativo? Qu botones hay que presionar?Para asegurarnos que los cambios hayan quedado guardados debemos hacer el control a travs del botn DISPLAY de la ventana de herramientas del SPM

Luego de clickear en l, elegimos el archivo a controlar en el directorio, y seleccionamos DONE.Como resultado se abre la siguiente ventana:

En el lugar indicado en el grfico anterior, debemos escribir las coordenadas 0 0 0, para verificar que crosshair quede situado en el punto que habamos elegido.De esta manera chequeamos haber procedido correctamente al momento de guardar los cambios sobre el cerebro nativo, al momento de haber reorientado su punto de origen.

PASO 1: Reorientar Imgenes1-Agregar SPM a MATLABEn la ventana Current folder Buscar el directorio que corresponde a la carpeta SPM8:

Ej: D:\soledad\documents\SPM8 Click derecho sobre la carpeta SPM8 Click sobre add to pad select folders and subfolders

2-Iniciar SPMEn la ventana Command Window tipear: >> spm fmri

3-Pasar los archivos DICOM a NIFTII DICOM import160 cortes en formato DICOM sern transformados en un archivo NIFTII En el Men del SPM8 ir a: DICOM Import: 1 click, se abre la ventana dicom files

En DICOM Files, buscamos los 160 archivos con los que vamos a trabajar, para eso: En DRIVE seleccionar el disco donde estn los casos (Ej. D)

Buscar el directorio abajo a la izquierda (Ej. D:\soledad\documents\CASOS SPM8) ah estn los casosSeleccionar una carpeta ej. AGUILERA LORENA: 1 clickCLICK EN SER00501: en el cuadro de la derecha aparecen los 160 archivos En el cuadro de la derecha SELECCIONAR TODO CON SHIFT: en el cuadro de abajo aparecen los 160 archivos CLICK EN DONE Aparece la ventana output director para guardar el NIFTII que vamos a crear, elegir nuevamente la carpeta de AGUILERA LORENA, o en PREV, nos sale el ltimo directorio utilizado.

Ej PREV: click en AGUILERA LORENA\SER00501CLICK EN SER00501: se va a la ventana derechaCLICK EN SER00501: se va a la ventana de abajo DONEUsando DISPLAY podemos ver la imagen Cerebral del NIFTII que creamos - DISPLAYVolvemos a la primera ventana del paso 3 DISPLAYPREV: click en AGUILERA LORENA\SER00501

A la derecha aparece ese archivo largo que volvemos a seleccionar abajo y le damos DONE de la misma forma en que lo venimos haciendo mm: 0 0 0 y podemos ver el punto cero de esta imagen

4- Comparar el punto 0 0 0 de la imagen cannica con el de la imagen estructural a reorientar CHECK REGLa distancia entre los puntos 0 0 0 debe ser menor a 5 cm entre ambas imgenes (PIPELINE BARILOCHE VBM, n.d.)Volvemos a la primera ventana del paso 3Abrir los dos archivos juntos: Imagen CANONICAL y nuestro caso (Imagen estructural): DRIVE (Ej. D:\soledad\documents\SPM8\spm8\spm8\canonical*) Aadirla a la ventana de abajo con un clickPREV: click en AGUILERA LORENA\SER00501Aadirla a la ventana de abajo con un click DONE*La imagen CANONICAL tiene el siguiente formato:Avg: significa promedio152: significa cantidad de personas que participaronT1: se refiere al tipo de tejidoTrabajamos siempre con esta Se centra crosshair (que es el cruce entre las lneas azules) en COMISURA ANTEIOR anterior de la imagen cannica y se observa el ajuste de las T1 a procesar.

CORTE AXIALAL CORTE CORONALALCORTE SAGITAL SAGITAL

5- Modificar el punto cero de la imagen estructural posicionndolo en la COMISURA ANTERIOR DISPLAYPrimero rotamos la imagen si es necesario para ajustarla a la posicin de la CANONICAL Es una medida en radianes (mucho ms sensible que el mm, voy probando con 0.01) PITCH (observamos una rotacin en el plano sagital) ROLL (observamos una rotacin en el plano coronal) YAW (observamos una rotacin en el plano axial)Luego posicionamos crosshair en la comisura anterior

As obtenemos un resultado en las coordenadas del crosshair, por ej: -1.1 / 43.7 / 76.6Para llevar el cero a ese punto, tenemos que colocar los valores indicados pero en signo invertido, por ej: RIGHT = 1.1 FORWARD = -43.7 UP = -76.6Y luego hacer click en la barra indicada en el grfico anterior colocar 0 0 0 en mmPodemos seguir haciendo todos los ajustes que sean necesarios para que el punto cero quede lo ms cerca posible de la comisura anterior Ej. Pruebo, -3. Luego si falta un punto ms, pongo -4 (porque no es que a tres le sumo uno, sino que vuelvo al origen, de -3 y luego -4, significa que qued en -4 NO en -7, no se suman los nmeros)Cuando estemos en el lugar deseado reorientamos el cero Reorient Images (indicado en la imagen anterior)PREV: seleccionar el NIFTII del casoDONE

6- Controlar el resultado de la reorientacin CHECK REGHaciendo nuevamente CHECK REG (Paso 4) al posicionar crosshair en la comisura anterior de la imagen canonical debera coincidir con el mismo punto en la imagen estructural de abajo.

Si hubiera diferencias pueden hacerse nuevos reajustes repitiendo el paso 5

PASO 2: Estimate and Write

En el men SPM seleccionamos la opcin BATCH

Y seleccionamos VBM8: Estimate & Write como indica el grfico de abajo

En current modules, seleccionamos la opcin Volumes y agregamos los volmenes que necesitamos procesar (los que ya fueron alineados a la imagen cannica). Respecto a la cantidad de volmenes que seleccionemos para procesar, debemos tener en cuenta la capacidad del ordenador que utilicemos, ya que es un proceso que insume muchos recursos.

En este paso se ingresan las imgenes estructurales, tienen que pertenecer a una misma secuencia (por ej. T1). No se pueden incluir imgenes T1 y T2 mezcladas. Se calculan los mapas de los tres tejidos principales: p1 (sustancia gris), p2 (sustancia blanca) y p3 (lquido cefalorraqudeo) (PIPELINE BARILOCHE VBM, n.d.)Antes de pasar al procesamiento podemos guardar los parmetros del Batch en caso de que hubiramos hecho modificaciones del mismo (Kurth, Luders, & Gaser, n.d.), para eso: FILE Save Batch (aqu guardamos el modelo que luego vamos a correr)Luego procedemos a correr el Batch Run Batch

Cuando se termina de procesar cada imagen estructural obtenemos el siguiente resultado:

En cada grupo de tres cuadros, correspondiente a los cortes sagital, coronal y axial, puede visualizarse los mapas de los tejidos procesados, sustancia blanca, gris y lquido cfalo raqudeo.En la carpeta de cada caso procesado quedarn guardados los archivos que se generaron (Kurth et al., n.d.)

Siguiendo el trabajo Pipeline Bariloche (n.d.):La herramienta new segment de SPM8 obtiene 3 tejidos ms: crneo, tejidos blandos y aire. En este paso, que suele demorar horas, se utiliza la normalizacin de alta dimensionalidad DARTEL, que es un algoritmo creado por John Ashburne para deformar sobre una plantilla La normalizacin se realiza de dos formas, excluyentes: o se hace una normalizacin SPM default, de baja dimensionalidad, o una normalizacin DARTEL, que cuenta con las probabilidades a priori de los seis tejidos mencionados.

Paso 3: Display one slice for all imagesEn este paso podemos hacer un control de calidad (PIPELINE BARILOCHE VBM, n.d.) de las segmentaciones que hicimos en el apartado anteriorPara ello volvemos a acceder a la misma ventana que en el paso 2:

Accedemos a la herramienta display one slice for all imagesEn nuestro caso, al utilizar secuencias T1 se debe seleccionar yes en proportional scaling:

Run BatchY obtendremos la imagen para hacer el control correspondiente

Siguiendo nuevamente nuestro artculo de referencia (PIPELINE BARILOCHE VBM, n.d.):Los archivos se van generando con los siguientes cdigos:m0: significa que se realiz una deformacin no lineal, modulada (DARTEL)wr: que ha sido normalizadapX: codifica el tejido correspondiente (X es el nmero- cdigo del tejido)

ReferenciasEl Mapeo Estadstico Paramtrico del Cerebro. (n.d.).Kurth, F., Luders, E., & Gaser, C. (n.d.). VBM8-Toolbox Manual.Marino, J. (2011). Cuantificacin de Imgenes Cerebrales obtenidas por Resonancia Magntica Estructural (T1): Morfometra Basada en Voxels para predecir el rendimiento en la prueba neuropsicolgica de Fluidez de Acciones.PIPELINE BARILOCHE VBM. (n.d.).Snell, R. S. (2007). NEUROANATOMA CLNICA. (Panamericana, Ed.) (6o ed., p. 612). Retrieved from http://es.slideshare.net/JazzmineArandaCalipuy/snell-neuroanatomia-clinica-6-edicion