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Programación de Memoria Compartida openMP

Programación de Memoria Compartida

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Programación de Memoria Compartida. openMP. El Modelo de Memoria Compartida. Los procesadores interactuan uno con otro mediante variables compartidas. OpenMP es el estandar para programaci ón de memoria compartida. ¿Que es openMP?. - PowerPoint PPT Presentation

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Page 1: Programación de Memoria Compartida

Programación de Memoria Compartida

openMP

Page 2: Programación de Memoria Compartida

El Modelo de Memoria Compartida

P r o c es s o r P r o c es s o r P r o c es s o r P r o c es s o r

M em o r y

Los procesadores interactuan uno con otromediante variables compartidas.

OpenMP es el estandar para programación de memoria compartida.

Page 3: Programación de Memoria Compartida

¿Que es openMP?

• openMP es una especificación para una implementación portable de paralelismo en FORTRAN y C/C++.

• La especificación provee directivos de compilador, rutinas de biblioteca que se pueden usar para controlar paralelismo.

Page 4: Programación de Memoria Compartida

Paralelismo Fork/Join

• Inicialmente solamente el hilo maestro está activo

• El hilo maestro ejecuta el código secuencial

• Fork: El hilo maestro crea hilos adicionales para ejecutar el código paralelo

• Join: Al finalizar de código paralelo, los hilos creados mueren o se suspendien

Page 5: Programación de Memoria Compartida

Ejemplo

#include <omp.h> #include <stdio.h> int main (int argc, char *argv[]) {#pragma omp parallel printf(“Hello world\n”);return 0; }

Page 6: Programación de Memoria Compartida

El Modelo de Memoria Compartida vs. el Modelo que

Pasa Mensajes (#1)• El modelo de memoria compartida

– El número de hilos es 1 al principio y al final y cambia dinámicamente durante de la ejecutación del programa

• El Modelo que pasa mensajes– Todos los procesos estan activos durante de

la ejecutacion del programa.

Page 7: Programación de Memoria Compartida

Paralelización Incremental

• Un programa secuencial es un caso especial de un programa de memoria compartida

• Paralelización incremental es el procesos de convertir un programa secuencial a un programa paralelo poco a poco

Page 8: Programación de Memoria Compartida

Un Bucle for Paralelo

• Las iteraciones de un bucle for se pueden ejecutar en paralelo si ninguna iteración depende de otra anterior.

• Ejemplos: Las iteraciones de

- for (i=first;i<size;i += prime; marked[i]=1) se pueden ejecutar en paralelo, pero

-for (i=1;i<=n;i++) suma += suma + v[i]

no

Page 9: Programación de Memoria Compartida

Pragmas

• Una pragma en C o C++ es un directivo al compilador.

• La sintaxis es

#pragma omp <el resto de la pragma>

Ejemplo:

#pragma omp parallel for

es una directriz que dice al compilador que trate a paralelizar el bucle for que sigue

Page 10: Programación de Memoria Compartida

La Pragma for Paralelo

#pragma omp parallel forfor (i = 0; i < N; i++) a[i] = b[i] + c[i];

• El compilador tiene que verificar que cuando se ejecuta, habrá disponible la información necesaria para llevar a cabo las iteraciones

Page 11: Programación de Memoria Compartida

La sintaxis de la pragma for paralelo

inc

inc

inc

incincultimoprimero

indiceindex

indiceindice

indiceindice

indiceindice

indice

indiceindice

indice

;indice;indice(for

Page 12: Programación de Memoria Compartida

El Contexto de Ejecutación

• Todo hilo tiene un contexto de ejecutación, que consiste del espacio de direcciones que el hilo puede aceder

• El contexto de ejecutación incluye variables estáticas, estructuras dinámicamente asignadas, y variables en el “run-time stack”

Page 13: Programación de Memoria Compartida

“Variables Compartidas y Variables Privadas

• Una variable compartida tiene la misma dirección en el contexto de ejecutación de cada hilo.

• Una variable privada tiene una dirección distinta en el contexto de ejecutación de cada hilo.

• Un hilo no puede aceder las variables privadas de otro hilo.

Page 14: Programación de Memoria Compartida

Función omp_set_num_threads

• Se usa para asignar el número de hilos a ser activos en secciones paralelas del código

• Se puede llamar en varios puntos del programa

void omp_set_num_threads (int t)

Page 15: Programación de Memoria Compartida

omp_get_thread_num()

• Todo hilo tiene una identificación que es el número del hilo

• omp_get_thread_num()devuelve el número del hilo

Page 16: Programación de Memoria Compartida

Función omp_get_num_procs

• Devuelve el número de procesadores fisicos que están dispondible para el uso del programa paralelo

int omp_get_num_procs (void)

Page 17: Programación de Memoria Compartida

Hello World• #include <omp.h>• #include <stdio.h>• • int main (int argc, char *argv[]) {• int p,th_id;• p=omp_get_num_procs(); • omp_set_num_threads(p);• #pragma omp parallel private(th_id);• {• th_id = omp_get_thread_num();• printf("Hello World from thread %d\n", th_id);• }• return 0;• }

Page 18: Programación de Memoria Compartida

Pragmas - REPASO

• Una pragma en C o C++ es un directivo al compilador.

• La sintaxis es

#pragma omp <el resto de la pragma>

Ejemplo:

#pragma omp parallel for

es una directriz que dice al compilador que trate a paralelizar el bucle for que sigue

Page 19: Programación de Memoria Compartida

La sintaxis de la pragma for paralelo

inc

inc

inc

incincultimoprimero

indiceindex

indiceindice

indiceindice

indiceindice

indice

indiceindice

indice

;indice;indice(for

Page 20: Programación de Memoria Compartida

Ejemplo 1

#pragma omp parallel for

for (i=0;i<(int) sqrt(x);i++)

{ a[i] = 2.3*i;

if (i < 10) b[i]=a[i];

}

Page 21: Programación de Memoria Compartida

Ejemplo 2

flag = 0;

for (i=0;(i<n) & (!flag);i++){

a[i] = 2.3*i;

if (a[i] < b[i]) flag = 1);

}

No se puede paralelizar el bucle pues no

no satisface el requisito de sintaxis.

Page 22: Programación de Memoria Compartida

Ejemplo 3

for (i=0;i<n;i++) {

a[i] = foo(i);

if (a[i] < b[i]) break;

}

No se puede paralelizar un bucle cuyo cuerpo contiene break, return, o exit.

Page 23: Programación de Memoria Compartida

Variables privadas y compartidas

• #pragma omp parallel <clausula>

bloque

• La clausula puede ser

private (lista de variables)

shared (lista de variables)

y otras.

Page 24: Programación de Memoria Compartida

Variables privadas y compartidas(2)

• Una variable compartida tiene la misma dirección en el contexto de ejecutación de cada hilo

• Una variable privada tiene una dirección distinta en el contexto de ejecutación de cada hilo

• Cada variable en el cuerpo de un bucle paralelo, excepto la variable de iteración, que no se especifica como privada es compartida.

Page 25: Programación de Memoria Compartida

Ejemplo

//Despues de ejecutar el siguiente código, debe ser cierto que a[i] <= b[i] para todo i

#pragma omp parallel for for (i=0;i<n;i++) if (a[i] > b[i]) {temp=a[i];a[i]=b[i]; b[i]=temp;} ¿Funciona este código?

Page 26: Programación de Memoria Compartida

Ejemplo(continuado)

• No funciona correctamente, pues la variable temp debe ser privada

• //El código correcto

#pragma omp parallel for private(temp)

for (i=0;i<n;i++)

if (a[i] > b[i])

{temp=a[i];a[i]=b[i]; b[i]=temp;}

Page 27: Programación de Memoria Compartida

Grafos con Pesos

• Un grafo dirigido en la cual hay asociado con cada arista un número positivo (el “peso”) se llama un grafo dirigido con pesos.

• El largo de una trayectoria de un vértice u a otro vértice v es la suma de los pesos de las aristas que componen la trayectoria.

Page 28: Programación de Memoria Compartida

El Problema de Todos Pares Distancias mas Cortas

• Dado un grafo dirigido con pesos, ¿cuales son las trayectorias de largos mínimos (es decir “distancias mas cortas”) entre todos los pares de vértices?

Page 29: Programación de Memoria Compartida

La Matríz de Adyacencias

• Representar un grafo dirigido con pesos G con n vértices por una matríz AG como sigue:

• Si 1,2, … ,n son los vértices, entonces el elemento en la fila #i y la columna #j es 0 si i=j, es ∞ (un número mas grande que

cualquier peso) si no hay arista de I a j, y es el peso de la arista de i a j si tal arista existe.

Llamemos AG la matríz de adyacencias.

Page 30: Programación de Memoria Compartida

El Algoritmo de Floyd

for (k= 0;k<n;k++)

for (i =0;i< n;i++)

for (j= 0;j<n;j++)

a[i,j] min (a[i,j], a[i,k] + a[k,j])

Page 31: Programación de Memoria Compartida

Ejemplo

A

E

B

C

D

4

6

1 35

3

1

2

0 6 3 ∞

4 0 ∞ 1

∞ ∞ 0 5

∞ 3 ∞ 0

∞ ∞ ∞ 2

A

B

C

D

E

A B C D

1

0

E

Matríz de Adyacencias

Page 32: Programación de Memoria Compartida

¿Como se puede paralelizar el Algoritmo de Floyd para openMP?

for (k= 0;k<n;k++)

for (i =0;i< n;i++)

for (j= 0;j<n;j++)

a[i,j] min (a[i,j], a[i,k] + a[k,j])

El bucle exterior no se puede paralelizar, pues las itereraciones no son independientes. Cada uno de los otros bucles es paralelizable.

Page 33: Programación de Memoria Compartida

¿Cual es el mejor? ¿Paralelizar el bucle en el medio o el mas interior?

• Mejor paralelizar el bucle en el medio para

Evitar el costo de multiplos fork-join.

Page 34: Programación de Memoria Compartida

¿Como se puede paralelizar el siguiente código?

x[0] = complex_function();

for (i=0;j<n;i++) {

for (j=1;j<4;j++)

x[j]=g(i,x[j-1]);

answer[i] = x[1] – x[3];}

Page 35: Programación de Memoria Compartida

Como se puede paralelizar el siguiente código:

x[0] = complex_function();for (i=0;j<n;i++) { for (j=1;j<4;j++) x[j]=g(i,x[j-1]); answer[i] = x[1] – x[3];}Se puede hacer el bucle exterior paralelo si

hacemos j y x privadas. Sin embargo, x[0] se necesita en la primera iteración del bucle interior.

Page 36: Programación de Memoria Compartida

firstprivate

Se podría mover la inicialización de x[0] a dentro del bucle anterior, pero es caro.

Mejor usar la cláusula firstprivate.x[0] = complex_function();#pragma omp parallel for private[j] firstprivate(x)for (i-0;j<n;i++) { for (j=1;j<4;j++) x[j]=g(i,x[j-1]); answer[i] = x[1] – x[3];}

Page 37: Programación de Memoria Compartida

firstprivate

Se podría mover la inicialización de x[0] a dentro del bucle anterior, pero es caro.

Mejor usar la cláusula firstprivate.x[0] = complex_function();#pragma omp parallel for private[j] firstprivate(x)for (i-0;j<n;i++) { for (j=1;j<4;j++) x[j]=g(i,x[j-1]); answer[i] = x[1] – x[3];}

Page 38: Programación de Memoria Compartida

firstprivate (cont)

• Se usa para crear una variable privada que tiene su valor inicial igual al valor de la variable controlada por el hilo maestro cuando se entra el bucle.

• Si un hilo cambia el valor de una variable en alguna iteración, entonces este valor será el valor de la variable en iteraciones subsecuentes

Page 39: Programación de Memoria Compartida

lastprivate

• La secuencialmente última iteración es la última iteración que se lleva a cabo cuando el bucle se ejecuta secuencialmente

• La cláusula lastprivate se usa para copiar el valor privado del hilo que ejecutó la secuencialmente última iteración a la copia del hilo maestro

Page 40: Programación de Memoria Compartida

Ejemplo

for (i=0;i<n;i++){ x[0] = 1.0; for (j=1;j<4;j++) x[j] = x[j-1] * (i+1); sum_of_powers[i] = x[0]+x[1]+x[2]+x[3];}n_cubed = x[3]; Si se paraleliza el bucle exterior, no se puede

predecir el valor de x[3]!

Page 41: Programación de Memoria Compartida

Una solución para que x[3]=n3

#pragma omp parallel for private(j) lastprivate(x)

for (i=0;i<n;i++){

x[0] = 1.0;

for (j=1;j<4;j++)

x[j] = x[j-1] * (i+1);

sum_of_powers[i] = x[0]+x[1]+x[2]+x[3];

}

n_cubed = x[3];

Page 42: Programación de Memoria Compartida

La Regla Rectangulo para Computar

= ∫0

1 4/(1+x2) dx

• La Regla de Rectangulo consiste de estimar el area debajo de la curva y=4/(1+x2) entre x=0 y x=1 mediante areas de rectangulos

Page 43: Programación de Memoria Compartida

Código para aproximar

double area, pi, x;int i, n;...area = 0.0;for (i = 0; i < n; i++) { x += (i+0.5)/n; area += 4.0/(1.0 + x*x);}pi = area / n;

Page 44: Programación de Memoria Compartida

¿Como se puede paralelizar el código para aproximar a ?for (i = 0; i < n; i++) { x += (i+0.5)/n; area += 4.0/(1.0 + x*x);}Si dos hilos, digamos A y B están ejecutando dos iteraciones, entonces B podria intentar a poner area al dia mientras que A está haciendo lo mismo,B podría usar el valor de area antes deque A ha terminado a poner su nuevo valor Esto se llama una “condición de carrera”

Page 45: Programación de Memoria Compartida

La Pragma critical

• #pragma omp critical

bloque de código

garantiza que solamente un hilo ejecuta

el bloque a la vez

Page 46: Programación de Memoria Compartida

Código correcto, pero no eficientedouble area, pi, x;int i, n;...area = 0.0;#pragma omp parallel for private(x)for (i = 0; i < n; i++) { x += (i+0.5)/n;#pragma omp critical area += 4.0/(1.0 + x*x);}pi = area / n;

Page 47: Programación de Memoria Compartida

Ineficiente porque …

Poner area al dia a dentro de una sección crítica no es eficiente ya que

• Solamente un hilo puede ejecutar la asignación a la vez, es decir, es código secuencial.

• El tiempo para ejecutarla puede ser una parte significativa del bucle

Page 48: Programación de Memoria Compartida

Reducciones

Se puede añadir una cláusula de reducción a una pragma parallel for

Hay que especificar la operación y la variable

OpenMP lleva cuenta de los resultados parciales y los combina despues de

ejecutar el bucle

Page 49: Programación de Memoria Compartida

La Cláusula reduction

• La sintaxis es:reduction (<op> :<variable>)

• Operadores + Suma * Producto & Bitwise and | Bitwise or ^ Bitwise exclusive or && Logical and || Logical or

Page 50: Programación de Memoria Compartida

El Código con la Cláusula reduction

double area, pi, x;int i, n;...area = 0.0;#pragma omp parallel for \ private(x) reduction(+:area)for (i = 0; i < n; i++) { x = (i + 0.5)/n; area += 4.0/(1.0 + x*x);}pi = area / n;

Page 51: Programación de Memoria Compartida

Compilar y Ejecutar en mathcluster

• Para compilar:

cc –fopenmp prog.c –o prog

• Para ejecutar:

./prog

Page 52: Programación de Memoria Compartida

Para medir tiempo en OpenMP

• Ejemplo: double empezar,terminar; empezar=omp_get_wtime( ); … algun código terminar=omp_get_wtime(); printf(“TIEMPO=%lf\n”,empezar-terminar)

El resultado es en segundos.

Page 53: Programación de Memoria Compartida

Resultados de Ejecutar pi.c en mathcluster

hilos tiempo speedup

1 .486118

2 .284774 1.7

3 .178959 2.7

4 .157069 3.1

8 .134919 3.6

Page 54: Programación de Memoria Compartida

La multiplicación matríz-vector

• Para computar y = Ax = [aij]x donde A es

m X n y x es n X 1:

for (i=0;i<m;i++){ y[i] = 0; for (j=0;j<n;j++) y[i] = y[i] + A[i][j] * x[j]; }

• f

Page 55: Programación de Memoria Compartida

Paralelizar el bucle exterior

#pragma omp parallel for private(j)for (i=0;i<m;i++){ y[i] = 0; for (j=0;j<n;j++) y[i] = y[i] + A[i][j] * x[j]; }

• f

Page 56: Programación de Memoria Compartida

Paralelizar el bucle interior

for (i=0;i<m;i++){ tmp = 0.0;#pragma omp parallel for reduction(+:tmp)for (j=0;j<n;j++) tmp = tmp + A[i][j] * x[j];y[i]=tmp; }

• f

Page 57: Programación de Memoria Compartida

Matrices Esparcidas

• Una matríz es esparcida si la mayoria de sus elementos son iguales a cero.

• Los algoritmos ordinarios aplicados a matrices esparicidas, no son lo mas eficientes pues ocupan mucho espacio y gastan operaciones de mas.

Page 58: Programación de Memoria Compartida

“Compressed Sparse Row Format”(CSR)

• El format de fila esparcida comprimida matríz A mXn de una consiste de:

(1) Un arreglo, vals, de los elementos no cero.

(2) Un arreglo, cols, de los números de columna en las cuales cada elemento de vals aparece.

(3) Un arreglo, filas, donde filas[i] es el indice en el arreglo vals del primer elemento no cero de la fila i, i =0,1, ... , m-1, y filas[m] = nz, la cantidad de elementos no cero de A.

Page 59: Programación de Memoria Compartida

Ejemplo 1

• Determinar el formato CSR (o sea los arreglos vals, cols y filas) para la siguiente matriz:

1 0 0 2 0

0 0 3 0 0

7 0 8 9 10

0 1 0 0 0

0 5 2 0 0

Page 60: Programación de Memoria Compartida

Ejemplo 2

• Determinar la matríz cuya representación se da por

vals: 9 3 2 7 6 8 5 4 1 1 1 2 3 4

cols: 0 2 3 3 4 5 0 1 1 2 0 1 4 5

filas: 0 3 5 6 8 10 14

Page 61: Programación de Memoria Compartida

La multiplicación de una matriz nXn en el formato CSR por un vector

for(i=0;i<n;i++){ y[i]=0;for(k=filas[i];k<filas[i+1];k++) {j=cols[k]; y[i] += vals[k]*x[j]; }}

Page 62: Programación de Memoria Compartida

Paralelizar el bucle exterior

#pragma omp parallel for private(j,k) for(i=0;i<n;i++){ y[i]=0; for(k=filas[i];k<filas[i+1];k++) {j=cols[k]; y[i] += vals[k]*x[j]; }

Page 63: Programación de Memoria Compartida

Repaso

#pragma omp <algo mas>: #pragma omp parallel <clausula> #pragma omp parallel for <clausula> #pragma omp critical

La clausula puede ser: private<lista de variables> shared<private<lista de variables> firstprivate<lista de variables> lastprivate<lista de variables> reducion<,op>:<variable>

Page 64: Programación de Memoria Compartida

Repaso 2

Funciones OpenMP:

void omp_set_num_threads(int t)

int omp_get_num_threads()

int omp_get_thread_num()

Int omp_get_num_procs()

Page 65: Programación de Memoria Compartida

Otro uso del la Pragma parallelEjemplo: ¿Como se puede optimizarlo siguiente?for (i = 0; i < m; i++) { low = a[i]; high = b[i]; if (low > high) { printf ("Exiting (%d)\n", i); break; } for (j = low; j < high; j++) c[j] = (c[j] - a[i])/b[i];}No se puede paralelizar el bucle exteriorpues contiene break.

Page 66: Programación de Memoria Compartida

Primer Intento#pragma omp parallel private(i,j)for (i = 0; i < m; i++) { low = a[i]; high = b[i]; if (low > high) { printf ("Exiting (%d)\n", i); break; }for (j = low; j < high; j++) c[j] = (c[j] - a[i])/b[i];}Ahora, cada hilo va a ejectar todas las iteraciones del bucle interior. Nos gustaria que los hilos los compartan.

Page 67: Programación de Memoria Compartida

Segundo Intento#pragma omp parallel private(i,j)for (i = 0; i < m; i++) { low = a[i]; high = b[i]; if (low > high) { printf ("Exiting (%d)\n", i); break; }#pragma omp forfor (j = low; j < high; j++) c[j] = (c[j] - a[i])/b[i];}

Page 68: Programación de Memoria Compartida

La pragma for

• #pragma omp for

<bucle for>

dentro de una región paralela dice al compilador particionar las iteraciones entre los hilos

Page 69: Programación de Memoria Compartida

Segundo IntentoAhora hay solamente un problema: Cada hilo va a escribir un mensaje “Exiting..” #pragma omp parallel private(i,j)for (i = 0; i < m; i++) { low = a[i]; high = b[i]; if (low > high) { printf ("Exiting (%d)\n", i); break; }#pragma omp forfor (j = low; j < high; j++) c[j] = (c[j] - a[i])/b[i];}

Page 70: Programación de Memoria Compartida

Tercer Intento#pragma omp parallel private(i,j)for (i = 0; i < m; i++) { low = a[i]; high = b[i]; if (low > high) {#prama omp single printf ("Exiting (%d)\n", i); break; }#pragma omp forfor (j = low; j < high; j++) c[j] = (c[j] - a[i])/b[i];}

Page 71: Programación de Memoria Compartida

La Pragma single

• #pragma omp single

<bloque de código>

dice al compilar que solamente un solo hilo deberia ejecutar el bloque que sigue.

Page 72: Programación de Memoria Compartida

Cuarto IntentoFinalmente se puede remover la barrera al finalizar del segundo bucle#pragma omp parallel private(i,j,low,high)for (i = 0; i < m; i++) { low = a[i]; high = b[i]; if (low > high) {#prama omp single printf ("Exiting (%d)\n", i); break; }#pragma omp for nowaitfor (j = low; j < high; j++) c[j] = (c[j] - a[i])/b[i];}}

Page 73: Programación de Memoria Compartida

La cláusula nowait

• Cuando se añade a un bucle for paralelo, elimina la barrera al finalizar de un bucle.

Page 74: Programación de Memoria Compartida

Dos Tipos de Paralelismo de Data

• La paralelización del bucles for

Ejemplos: El computo de π, el algoritmo

de Floyd

• Paralelismo de data mas general – la creación de una región paralela mediante la pragma omp parallel

Ejemplos: hello, satisfacer un circuito

Page 75: Programación de Memoria Compartida

Paralelismo Funcional

• Hasta ahora hemos considerado paralelismo de data nada mas

• OpenMP nos permite asignar hilos distintos a partes distintas del código (paralelismo funcional)

Page 76: Programación de Memoria Compartida

Ejemplo de Paralelismo Funcional

v = alpha(); w = beta(); x = gamma(v, w); y = delta(); printf ("%6.2f\n", epsilon(x,y));

a lp h a b e ta

g am m a d elta

ep s ilo n

Se puede ejecutaralpha, beta, and deltaen paralelo.

Page 77: Programación de Memoria Compartida

La pragma parallel sections

• Precede un bloque de k bloques de código que se puede ejecutar en paralelo por k hilos

• La sintaxis:

#pragma omp parallel sections

Page 78: Programación de Memoria Compartida

La pragma section

• Precede cada bloque de código dentro del bloque grande

• Se puede omitir para el primer bloque después de la pragma parallel sections

• La sintaxis:

#pragma omp section

Page 79: Programación de Memoria Compartida

Ejemplo de parallel sections

#pragma omp parallel sections {#pragma omp section /* Opcional */ v = alpha();#pragma omp section w = beta();#pragma omp section y = delta(); } x = gamma(v, w); printf ("%6.2f\n", epsilon(x,y)); }

Page 80: Programación de Memoria Compartida

Otra Posibilidad

a lp h a b e ta

g am m a d elta

ep s ilo n

Ejecutar alpha ybeta en paralelo.Ejecutar gama ydelta en paralelo.

Page 81: Programación de Memoria Compartida

La otra posibilidad - usar dos secciones paralelas

#pragma omp parallel sections{#pragma omp section v=alpha();#pragama omp section w=beta();}#pragma omp parallel sections { #pragma omp section y=delta(); #pragma omp section x=gamma(v,w); }printf(“%6.2f\n”,epsilon(x,y);

Page 82: Programación de Memoria Compartida

Uso de la pragma sections

#pragma omp parallel { #pragma omp sections { #pragma omp section v = alpha(); #pragma omp section w = beta(); } #pragma omp sections { #pragma omp section x = gamma(v, w); #pragma omp section y = delta(); } } printf ("%6.2f\n", epsilon(x,y));

Page 83: Programación de Memoria Compartida

La pragma sections

• Aparece a dentro de un bloque paralelo de código

• Tiene el mismo significado como la pragma parallel sections

• Varias pragmas sections dentro de un bloque paralelo podría reducir los gastos de fork/join

Page 84: Programación de Memoria Compartida

Ejemplo de secciones#pragma omp parallel sections{#pragma omp section for(i=0;i<n;i++) c[i]=a[i]+b[i];#pragma omp section for(j=0;j<n;j++) d[j]=e[j]+f[j];}Los dos bucles se ejecutan en paralelo, pero cada uno se

ejecuta secuencialmente.

Page 85: Programación de Memoria Compartida

Una posibilidad mejor

#pragma omp parallel{ #pragma omp for for(i=0;i<n;i++) c[i]=a[i]+b[i]; #pragma omp for for(j=0;j<n;j++) d[j]=e[j]+f[j];}

Page 86: Programación de Memoria Compartida

o simplemente

#pragma parallel for

for(i=0;i<n;i++)

{

c[i]=a[i]+b[i];

d[i]=e[i]+f[i];

}

Page 87: Programación de Memoria Compartida

Mejormiento en el Rendimiento de Bucles Paralelos

(1) Invertiendo bucles

(2) Ejecutando los bucles condicionalmente

(3) Mediante el uso de schedule

Page 88: Programación de Memoria Compartida

(1) Invertiendo los Bucles

• Muchos fork/joins puede empeorar el rendimiento

• Invertir bucles puede mejorar el rendimiento si– Hay paralelismo en el bucle interio– El bucle exterior se puede paralelizar

después de la inversión.– La inversión no disminuye la razón de

“cache hits”

Page 89: Programación de Memoria Compartida

Ejemplo-Invertir bucles

for(i=1;i<m;i++)

for(j=0;j<n;j++)

a[i][j]=2*a[i-1][j]

El bucle exterior no se puede paralelizar pues contiene dependencias. El bucle interior se puede paralelizar pues no contiene dependencias.

Page 90: Programación de Memoria Compartida

Paralelizar el bucle interior

for(i=1;i<m;i++)

#pragma omp parallel for

for(j=0;j<n;j++)

a[i][j]=2*a[i-1][j]

Ahora, hay m fork-joins.

Page 91: Programación de Memoria Compartida

Invertir los bucles

#pragma omp parallel for private(i)for(j=0;j<n;j++) for(i=1;i<m;i++) a[i][j]=2*a[i-1][j]Comparando tiempos en mathcluster con 4

hilos para este segmento de código con el anterior con m=n=100, este segment era 4 veces mas rápido a pesar de los aparente “cache misses”

Page 92: Programación de Memoria Compartida

Memoria Cache

Memoria rápida que reduce el tiempo necesario para que el CPU busque un dato

Almanace copias de los datos de las localizaciones de la memoria principal mas usadas.

Un “cache hit” refiere a un intento exitoso de buscar un dato en el cache.

Un “cache miss” refiere a un intento de buscar un dato en el cache que no está

Page 93: Programación de Memoria Compartida

Ejemplo de cache miss

#pragma parallel for private (i) for (j=0;j<100;j++) for (i=0;i<100;i++) a[i][j]=1;En mathcluster con 4 hilos, este segmento es 5

veces mas lento que el segmento que resulta invertiendo los bucles.

En general, habran “cache misses” cuando el bucle exterior acede a los columnas pues C almanace los arreglos bidimensionales fila por fila.

Page 94: Programación de Memoria Compartida

(2) Ejecutando Bucles Condicionalmente

• Si un bucle tiene pocas iteraciones, los gastos generales podría ser mayor que la economia de ejecutación paralela.

• La cláusula if instruye al compilador determinar si el bucle se debe ejecutar en paralelo.

#pragma omp parallel for if(n > 5000)

Page 95: Programación de Memoria Compartida

(3) Usando la cláusula schedule

• Las iteraciones de un bucles pueden variar mucho en duración.

• Se puede usar una cláusula schedule para indicar como las iteraciones se asignan a los hilos.

Page 96: Programación de Memoria Compartida

Dos tipos de schedule estática y dinámica

• Schedule estática: todas las iteraciones se asignan a los hilos antes de ejecutarla

• Schedule dinámica: solamente algunas iteraciones se asignan al prinicipio de la ejecutación de un bucle. Las otras iteraciones se asignan a hilos que terminan sus iteraciones asignadas.

Page 97: Programación de Memoria Compartida

Estático vs. Dinámico

• Static scheduling:

• -Gastos generales menores (“low overhead”)

• Dynamic scheduling

– Gastos generales mayores

– Puede reduce el imbalance de trabajo

Page 98: Programación de Memoria Compartida

Chunks

• Un chunk es un conjunto contiguo de iteraciones que se asignan a hilos

• Aumentar el tamaño de un chunk reduce los gastos generales y podría aumentar el “cache hit rate”

• Disminuir el tamaño de chunk permite uno a obtener un balance mas preciso del trabajo

Page 99: Programación de Memoria Compartida

La Cláusula schedule

• La sintaxis:schedule (<tipo>[,<chunk> ])

• Se requiere tipo, pero el tamaño del chunk es opcional

• El tipo puede ser– static– dynamic– guided– runtime

Page 100: Programación de Memoria Compartida

Opciones para schedule

• schedule(static): asignar bloques de aproximadamente n/t iteraciones contiguas a cada hilo

• schedule(static,C): asignar chunks de tamaño C

• schedule(dynamic): asignar dinámicamente iteracones una por una.

• schedule(dynamic,C): asignar dinámicamente C iteraciones a la vez

Page 101: Programación de Memoria Compartida

Opciones para schedule (cont)

• schedule(guided, C): asignar chunks dinámicamente. Los tamaños de los chunks decrecen dependiendo de la implementación.

C es el tamaño mínimo.• schedule(guided): Lo mismo excepto 1 es el

tamaño mínimo.• schedule(runtime): el tipo de schedule se

escoge al tiempo de ejecutación basado en el

valor de la variable omp_schedule.

Page 102: Programación de Memoria Compartida

Ejemplo

#pragma omp parallel for schedule(dynamic,1) private(j)

for (i=1;i<n;i++)

for (j=0;j<i;j++)

b[j+n*i]=a[j+n*i]+a[j+n*(i-1)]

Page 103: Programación de Memoria Compartida

Ejemplo

#pragma omp parallel for

for (i=1;i<n;i++)

for (j=0;j<i;j++)

b[j+n*i]=a[j+n*i]+a[j+n*(i-1)]

Sufre de imbalance (“load imbalance”). El largo del bucle interior varia de 1 iteración (cuando i=1) hasta n -1 iteraciones (cuando i=n-1).

Page 104: Programación de Memoria Compartida

Ejemplo-Balancear con schedule

#pragma omp parallel for schedule(dynamic 1) private(j)

for (i=1;i<n;i++)

for (j=0;j<i;j++)

b[j+n*i]=a[j+n*i]+a[j+n*(i-1)]

El tiempo para este segmento (para n=200) era como 25% mas rápido en mathcluster.