Wprowadzenie do użytkowania infrstruktury PLGrid. Usługi QCG dla gridu dziedzinowego: chemia kwantowa i fizyka molekularnaczyli

PLGrid Plus i Chemia kwantowaprof. Jacek Komasa (UAM)

dr Krzysztof Kurowski (PCSS)Piotr Kopta (PCSS)

Tomasz Piontek (PCSS)Mariusz Mamoński (PCSS)

Poznań, 31 listopada 2012 r.

Agenda

1. PLGrid Plus i gridy dziedzinowe2. Dostęp do infrastruktury3. Zlecanie zadań4. Granty

Konsorcjum

Akademickie Centrum Komputerowe CYFRONET AGH w Krakowie

Poznańskie Centrum SuperkomputerowoSieciowe w Poznaniu

Interdyscyplinarne Centrum ModelowaniaMatematycznego i Komputerowego w Warszawie

Wrocławskie CentrumSieciowo - Superkomputerowe we Wrocławiu

Akademickie Centrum Komputerowe CYFRONET AGH w Krakowie

Gridy dziedzinowe

• Przygotowanie specyficznych środowisk i usług dostosowanych do potrzeb różnych grup naukowców (początkowo 13 grup użytkowników: AstroGrid, HEPGrid, Nanotechnologie, Akustyka, LifeScience, Chemia kwantowa i fizyka molekularna, Ekologia, SynchroGrid, Energetyka, Bioinformatyka, Zdrowie, Materiały, Metalurgia).

• Stworzenie platformy do współpracy i wymiany doświadczeń pomiędzy grupami naukowców pracującymi nad podobnymi zagadnieniami

• Umożliwienie przeprowadzenia eksperymentów obliczeniowych, jakie z powodu swojej złożoności i czasochłonności nie były możliwe do wykonania z wykorzystaniem mniejszej ilości zasobów

Chemia kwantowa i fizyka molekularna

• Udostępnienie zintegrowanego środowiska uruchamiania skomplikowanych, wieloetapowych eksperymentów obliczeniowych na platformie gridowej (w Infrastrukturze PL-Grid)

• Utworzenie platformy do efektywnego modelowania komputerowego własności mechanicznych i termomechanicznych materii na różnych poziomach złożoności struktury i dla różnych skal przestrzennych i czasowych

• Migracja użytkowników do nowoczesnych pakietów oprogramowania• Wsparcie dla grup tworzących oprogramowanie• Zaangażowane instytucje:

– Uniwersytet im. Adama Mickiewicza w Poznaniu, – Poznańskie Centrum Superkomputerowo Sieciowe, – Wydział Chemii Uniwersytetu Jagiellońskiego

Koszt dostępu

• Dostęp do infrastruktury gridowej oferowanej w ramach projektu PL-Grid jest nieodpłatny dla naukowców i wszystkich osób prowadzących działalność naukową, związaną z uczelnią lub instytutem naukowym w Polsce.

Zasoby

6.5

TB

99

5.7

5 T

B4

08

03

4.4

T

Flo

ps

9.7

TB

35

7 T

B4

84

85

1

TF

lop

s

13

.95

TB

12

65

TB

41

52

41

.34

T

Flo

ps

13

.5 T

B9

80

TB

74

64

73

.5

TF

lop

s7.68 TB 30721.02 TB 29.92 TFlops

51.33 TB ram 23616 rdzenie3.6 PB dyski 230.16 TFlops peak

Aplikacjehttp://www.plgrid.pl/oferta/oprogramowanie_naukowe

Od czego zacząćregulamin użytkownika

• Użytkownikiem infrastruktury PL-Grid może być każda osoba prowadząca badania naukowe, związana z jednostką naukową w rozumieniu ustawy z dnia 8 października 2004 r. o zasadach finansowania nauki.

• Z konta dostępowego do infrastruktury ma prawo korzystać wyłącznie właściciel tego konta. Zabronione jest udostępnianie konta osobom trzecim.

• Użytkownik jest uprawniony do korzystania z zasobów infrastruktury PL-Grid jedynie w celu wykonywania obliczeń oraz przechowywania danych zgodnie z zadeklarowanym tematem badań.

• Zabrania się wykorzystywania zasobów niezgodnie z prawem oraz wszelkich działań umyślnych, które mogą zakłócić poprawne funkcjonowanie infrastruktury.

• Użytkownik jest zobligowany do załączenia informacji o wykorzystaniu infrastruktury PL-Grid w publikacjach, które powstały w oparciu o wyniki uzyskane przy użyciu tej infrastruktury.

• Użytkownik ma obowiązek raportowania wszystkich takich publikacji poprzez funkcjonalność udostępnianą w Portalu Operacyjnym, w celu rozliczenia grantu, nie rzadziej niż co rok. Brak wypełnienia obowiązku rozliczenia użycia zasobów może spowodować zawieszenie usług.

Od czego zacząć –zasady funkcjonowania

• Aby zostać użytkownikiem infrastruktury PL-Grid należy dokonać rejestracji w portalu PL-Grid. W trakcie procesu rejestracji wymagana jest akceptacja regulaminu używania infrastruktury oraz określenie dziedziny i tematyki badań. W wyniku rejestracji nadawany jest użytkownikowi identyfikator PL-Grid, który jednoznacznie identyfikuje użytkownika w infrastrukturze.

• W procesie rejestracji użytkownika dane weryfikowane są przez operatora Centrum Operacyjnego PL-Grid z wykorzystaniem bazy danych: "Ludzie nauki" dostarczanej przez Ośrodek Przetwarzania Informacji (zwanej dalej bazą OPI). Użytkownik musi potwierdzić wprowadzone dane poprzez odpowiedź na e-mail wysłany przez operatora na adres zarejestrowany w bazie OPI.

• Osoby niezarejestrowane w OPI (doktoranci, studenci) lub osoby, których dane w bazie OPI są niekompletne bądź nieaktualne, zobowiązane są wskazać opiekuna naukowego, którego dane w OPI są aktualne i który spełnia warunki określone dla użytkownika infrastruktury PL-Grid. Opiekun naukowy potwierdza autentyczność danych osobowych i związek z działalnością naukową wykonywaną za jego wiedzą.

• Opiekun naukowy nie jest prawnie odpowiedzialny za niezgodne z prawem działania potwierdzonego przez niego użytkownika. Potwierdzenie użytkownika przez opiekuna naukowego jest traktowane jako potwierdzenie tożsamości użytkownika i jego udziału w pracach naukowych.

Dostęp do infrastrukturyPortal

• Umożliwia założenie konta bądź zalogowanie się do niego

• Sprawdzenie zużycia zasobów

• Aplikowanie o dostęp do zasobów

• Składanie wniosków o grant

https://portal.plgrid.pl

Dostęp do infrastrukturyZakładanie konta

• Wymagane informacje:• dane osobowe (imię, nazwisko, pesel, login, email,

numer telefonu, hasło)• numer z bazy OPI (swój lub opiekuna naukowego) http://nauka-polska.pl/dhtml/raportyWyszukiwanie/

wyszukiwanieLudzieNauki.fs

• Cała procedura dokładnie opisana w Podręczniku użytkownika

http://plgrid.pl/podrecznik_uzytkownika

Generowanie certyfikatów

• Certyfikat poświadcza tożsamość użytkownika• Simple CA vs Polish Grid CA• Potrzebny przy zlecaniu zadań i dostępie do

infrastruktury obliczeniowej• Generowanie w portalu (przycisk wygeneruj

certyfikat SimpleCA w zakładce Moje konto, w ramce Certyfikaty SimpleCA)

Aplikowanie o dostępdo zasobów

• Ramka Usługi w zakładce Moje Konto

• Umożliwia włączenie/wyłączenie dostępu lub uzyskanie informacji o usługach oferowanych w projekcie PLGrid

• Do zlecania zadań w przez nas prezentowany sposób należy aplikować o usługę Globalny dostęp QosCosGrid

• Czas propagowania się informacji na wszystkie systemy

Zlecanie zadańInfrastruktura QCG

• Zestaw narzędzi do zarządzania zasobami i zadaniami uruchomionymi na wielu klastrach dostęp do lokalnych systemów klastrowych

• Wspiera m. in. obsługę zadań wielo-klastrowych, parametrycznych, typu workflow.

• Zainstalowany na wszystkich maszynach infrastruktury PL-Grid

• Zawiera zarówno tekstowe, graficzne, jak i portalowe narzędzia dostępowe.

http://www.qoscosgrid.org

Zlecanie zadańQCG-Icon

• Aplikacja graficzna napisana dla systemów Windows, Linux oraz Mac OS.

• Umożliwia zlecanie zadań w bardzo prosty i intuicyjny dla użytkownika sposób.

• Aktualnie obsługuje aplikacje: Matlab, Mathematica, Gamess, LAMMPS, Molpro, Ansys-Fluent, NAMD, Gaussian-09, Ansys-CFX, a także skrypty w językach Bash oraz R.

• Istnieje możliwość dodania innych aplikacji używanych przez użytkowników.

• Pozwala na dostęp do plików wyjściowych w trakcie działania aplikacji.

• Wymaga od użytkownika posiadania certyfikatu PL-Grid.

Zlecanie zadańQCG-Icon

http://www.qoscosgrid.org/trac/qcg-icon/

Zlecanie zadańGaussView via QCG-Icon

• Dostępny jest skrypt instalacyjny która pozwala zlecić zadanie bezpośrednio z poziomu aplikacji GaussView (wersja 5).

• Cały mechanizm uruchomienia zadania jest przeźroczysty dla użytkownika.

http://www.qoscosgrid.org/trac/qcg-icon/downloads

Zlecanie zadańKlient tekstowy

• Umożliwia większą kontrolę nad zleceniem zadania, transferem plików we/wy, wykorzystaniem modułów oraz ustawień środowiska.

• Obsługa zbliżona do poleceń systemu kolejkowego.• Możliwość uruchomienia dowolnego kodu, oraz poleceń

systemu operacyjnego.• Umożliwia zautomatyzowanie zlecenia większej ilości zadań

(np. zadania parametryczne)

Dokładny opis w podręczniku użytkownika

Granty

• Każdemu użytkownikowi przysłguje odnawialny grant osobisty (1000 „rdzenio –godzin” obliczeń, 40 GB) udzielany na 6 miesięcy

• Większa ilość zasobów może być wykorzystywana przez uzyskanie grantu właściwego

• Aktywację grantu osobistego dokonuje się przyciskiem Stwórz grant podstawowy w panelu Granty użytkownika w zakładce Zespoły i granty

Dokładny opis w podręczniku użytkownika

Zespół użytkowników

• Zespół użytkowników umożliwia wspólne obliczenia w ramach grantu właściwego oraz współdzielenie pamięci dyskowej na klastrze

• Każdy zespół musi mieć co najmniej jednego kierownika• Grant właściwy jest przypisywany do zespołu użytkowników

i wnioskować o niego może jeden z kierowników• Zakładanie i zarządzanie zespołami dokonuje się w panelu

Zarządzanie zespołami w zakładce Zespoły i granty

Dokładny opis w podręczniku użytkownika

Grant właściwy

• Aplikowanie o grant właściwy odbywa się poprzez zdefiniowanie:– szkicu– opisu merytorycznego– wymagań zasobowych

• Po zdefiniowaniu szkicu i opisu merytorycznego można wysłać grant do recenzji

• Wymagania zasobowe grantu definiowane są w systemie Bazaar

Dokładny opis w podręczniku użytkownika

Ankieta

• Ankieta w wersji elektronicznej dla użytkowników projektu PlGrid Plus

• Dzięki niej możemy lepiej dostosować system do oczekiwań użytkowników

http://plgrid.pl/ankieta

Gdzie znaleźć informacje

• PLGrid PlusStrona główna http://plgrid.pl/plus Portal https://portal.plgrid.plPodręczniki http://www.plgrid.pl/podrecznik_uzytkownika

• QCGStrona główna http://www.qoscosgrid.org/ Klient tekstowy http://www.plgrid.pl/podrecznik_uzytkownika QCG-Icon http://www.plgrid.pl/podrecznik_uzytkownika

Osoby kontaktowe

• Kierownik gridu dziedzinowego chemii kwantowej i fizyki molekularnej

Prof. Jacek Komasa komasa@man.poznan.pl• Pracownicy PCSSPiotr Kopta pkopta@man.poznan.plMariusz Mamoński mamonski@man.poznan.plTomasz Piontek piontek@man.poznan.pl

Problemy, sugestie, pomoc

qcg@plgrid.pl

Materiały szkoleniowe

http://fury.man.poznan.pl/~pkopta/uam