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Package R Markdown
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Package R Markdown: Un outil pour générer des pages html avec R Studio
Sophie LAMARRE – Plateforme GeT-Biopuces à Toulouse
Email: [email protected]
Réunion du Groupe Utilisateurs de R
« FLtauR »
6 Novembre 2013
1. Qu’est-ce que R Markdown?
2. Cas d’utilisations
3. Comment ca marche?
4. Plus de détails
Plan
4. Plus de détails
5. Vers une mise en page personnalisée
6. Pour aller plus loin
7. Conclusion
8. Annexes
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• C’est un package de R qui combiné à R Studio, permet de créer de manière simplifiée des pages web.
• Sur la page web on peut mettre:
1. Qu’est ce que R Markdown?
• Sur la page web on peut mettre:– du code R
– le résultat de l‘exécution
– des graphiques
– des images
– des formules
– …
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• Pour créer un cours que l’on veut publier en
ligne (avec Rpubs)
• Pour réaliser un compte rendu avec affichage
des résultats (issu des commandes tapées
2. Cas d’utilisations
des résultats (issu des commandes tapées
dans R), que l’on souhaite communiquer à
d’autres personnes (sans avoir à s’initier au
Latex pour écrire des rapports avec Sweave)
• …
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• Le package « markdown » fonctionne avec le package « knitr » (à télécharger sur le CRAN
lors de la première utilisation)
• Ce dernier permet d’inclure et d’exécuter le
3. Comment ca marche?
• Ce dernier permet d’inclure et d’exécuter le code R qui génère des tableaux et/ou des graphiques (au lieu d’insérer les tableaux et/ou les graphiques exécutés préalablement)
-> reproductibilité des documents
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• On ouvre R Studio
• On créé un fichier R Markdown
3. Comment ca marche?
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• On enregistre le fichier que l’on vient de créer (de toute façon, R Studio demandera à ce qu’il porte un nom
pour qu’il puisse transformer le fichier en un format .html).
3. Comment ca marche?
On appuie sur « Knit HTML »
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• On obtient notre page html générée
3. Comment ca marche?
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• Dans notre dossier, on a:
– Un fichier .rmd: contenu de la page web
– Un fichier .md: contient le code R traduit (ex: résultats des
tableaux et des graphiques)
3. Comment ca marche?
Package Knitr:
Permet la
compilation du
code R
Package
markdown:
– Un fichier .html: page web créée
– Un dossier « figure »: contient les graphiques, images
créés
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markdown:
Génère la
page web
• Si on souhaite publier en ligne notre page:
3. Comment ca marche?
On clique sur « Publish »
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Attention, la page sera publique
• Une autre fonctionnalité intéressante Notebooks:
Créer une page web directement à partir du code R!
3. Comment ca marche?
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On clique sur le dernier icône à droite
3. Comment ca marche?
• Une autre fonctionnalité intéressante Notebooks:
Créer une page web directement à partir du code R!
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• Ajouter du code et voir le résultat:
4. Plus de détails
Le code sur le fichier .Rmd
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Le résultat de la page Html
• Affichage d’un graphique généré avec R:
4. Plus de détails
Le résultat de la page Html
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Le code sur le fichier .Rmd
• Insérer un tableau:
4. Plus de détails
Le code sur le fichier .Rmd
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Le résultat de la page Html
• Insérer une équation:
4. Plus de détails
Le code sur le fichier .Rmd
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Le résultat de la page Html
• Insérer une image:
4. Plus de détails
Le code sur le fichier .Rmd
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Le résultat de la page Html
• Insérer un lien vers une page Internet:
4. Plus de détails
Le code sur le fichier .Rmd
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Le résultat de la page Html
• Insérer une citation:
4. Plus de détails
Le code sur le fichier .Rmd
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Le résultat de la page Html
• Par défaut, la mise en page est un peu sommaire:
– Pas de couleurs
– Tableaux sans bordures
– Texte non souligné
– …
5. Vers une mise en page personnalisée
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• On peut grâce à la feuille de style CSS modifier cette mise en page.
La procédure à suivre est la suivante:
– copier la feuille de style CSS nommée “markdown.css” qui se trouve dans le
répertoire du package “Markdown” (endroit où tous les packages sont stockés)
– la renommer
– Modifier la feuille de style avec la mise en page que l’on souhaite (exemple:
couleurs aux titres, bordures aux tableaux …)
– la placer à l'endroit où on a stocké notre fichier .Rmd .
5. Vers une mise en page personnalisée
– la placer à l'endroit où on a stocké notre fichier .Rmd .
– Ensuite, dans notre fichier .Rmd, on écrit en haut: la ligne suivante entourée de
“<” et “>”:
link href=“my_custom.css” rel=“stylesheet”
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5. Vers une mise en page personnalisée
Sans mise en forme Avec mise en forme
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5. Vers une mise en page personnalisée
Sans mise en forme Avec mise en forme
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5. Vers une mise en page personnalisée
Sans mise en forme Avec mise en forme
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D’autres fonctionnalités existent et n’ont pas été montrées lors de cette séance:
• Réaliser des graphiques interactifs avec GoogleVis et les afficher sur la page
web créée
http://rpubs.com/gallery/googleVis
• Convertir la page web en format pdf avec Pandoc
6. Pour aller plus loin
• Convertir la page web en format pdf avec Pandoc
Sous Linux, une fois la page web créée:
- Ouvrir une console
- Se placer dans le répertoire où se trouve le fichier « .md »
- Taper: pandoc-s Nom_fichier.md –o Nom_fichier.pdf
Attention: la mise en page est altérée (tableaux déformés, couleurs non originales …).
Sinon, la méthode basique, imprimer dans fichier pdf marche bien aussi!
• Et bien d’autres encore!
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7. Conclusion
Package intéressant qui permet de créer des
rapports reproductibles sous forme de pages
web, facilement sans avoir à connaître
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web, facilement sans avoir à connaître
Le langage Latex ni Html.
8. AnnexesLe code .Rmd utilisé dans cette présentation
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8. AnnexesLe code .Rmd utilisé dans cette présentation
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8. AnnexesLe code .Rmd utilisé dans cette présentation
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8. AnnexesLe code .css utilisé dans cette présentation
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8. AnnexesLe code .css utilisé dans cette présentation
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8. AnnexesLe code .css utilisé dans cette présentation
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8. AnnexesLe code .css utilisé dans cette présentation
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