Personal - Biochimie

Lab biochimie (locatie)

secre

taria

t

Chim

ie

anorg

anic

a

Amf

P3

Lab

BC

H

sca

ri

Sala pasilor pierdutiIntrare

UNI

xerox

ho

l

ho

lC

h. A

na

l

Ch

. An

al

?

PB

Discipline biologice

Biochimie

Biologie

celulara

Genetica

Imunologie

Microbiologie

Farmacologie

Fiziologie

Bibliografie curs

Bibliografie curs

Bibliografie curs

Bibliografie curs

Bibliografie curs

Bibliografie curs

Bibliografie curs

Bibliografie laborator

Bibliografie laborator

Referat literatura

LUCRARI DE LABORATOR

Reguli in laboratorul de biochimie. Echipamente si aparatura.

Preparare soluțiilor tampon. Seminar aminoacizi (1)

Estimarea concentraţiei proteinelor. Metoda spectrofotometrică

directă și Bradford. Seminar aminoacizi (2)

Electroforeza ADN-ului

Test enzime și acizi nucleici

Separarea proteinelor prin electroforeza. Test aminoacizi.

Teste preliminare pentru detectia

medicamentelor sau drogurilor

ilicite.

Test proteine. Seminar toxicologie

Extractia catalazei din sursele vegetale.

Influenta pH-ului, temperaturii și a

inhibitorilor asupra reacției enzimatice

Test proteine. Seminar enzime și acizi

nucleici

Teste preliminare pentru determinarea

alcaloizilor nocivi

Test toxicologie

BIO

CH

IMIE

D

ES

CR

IPT

IVA

BIO

CH

IMIE

S

I T

OX

ICO

LO

GIE

Materiale curs/laborator https://robi74ro.wordpress.com/studenti/

Dozarea bilirubinei totale din ser sau din plasma

Seminar proteine

Curs 1

Notiuni

introductive

Tipuri de energieFotosinteza

Transferul

en. potentiale

Notiunea

de biochimie

Tematica lucrarilor

de laboratorpH-ul in sistemele

biologice

Energia Bibliografie (curs/laborator)

Legaturi

Covalente

Necovalente

Interactiuni

intre proteine

(complementaritatea)

Procese redox

celulare

En. de activare

Curs 2

Exemple

cisteina (redox)

histidina (crom. afinitate)

Aminoacizi

Clasificari

catenă

(nepolari/polari)

încărcare (pI)

(ne)esentiali

dupa sinteza

metabolică

Structura generala

Modificari

postranslationale

Derivati biologic activi

(dopamina, histamina

tiroxina)

Importanta

Aminoacizi

neproteinogeni

Configuratia (L/D)

Curs 3

Conformații

fura/piranozică

semiscaun

plic, răsucită

Conjugati

ai zaharurilor

Acidul gluconic/glucuronic

deoxizaharuriImportanță

Monozaharide

si derivatii

acestora

Clasificare (cetoze/hexoze)

Intoleranța la fructoză

Anomerii glucozeiLegaturi O(N) glicozidice

Aminozaharuri/derivati

Polialcooli1,5-anhidro-

D-glucitolul

Deoxiriboza, Fucoza

Curs 3

Curs 3

Testul Fehling

Intoleranta la lactoza

Inversia zaharozeiOligozaharidele

conjugate

(antigeni)

Ciclodextrine

Dizaharide

Lactoza

Zaharoza

Trehaloza

Maltoza

Celobioza

Oligozaharide

si

polizaharide

Trizaharide

Panoza

Izopanoza

Lactozaharoza

Tetrazaharide

Stahioza

Indulcitori

artificiali

Amidon

Glicogen

Celuloza

Chitina

Homopolizaharide

Heparina

Heteropolizaharide

Trigliceride

Glicerofosfolipide

fosfolipaze

Alti esteri

ai ac. grași

Sterolii (colesterol etc)

și derivații

Hormoni

Importanță

Lipide

Ceramidele

Sfingomielinele

Cerebrozide

Gangliozide

Straturi

bilipidice

Difuzia lipidelor

Distribuția lipidelor

în membrane

Acizi grași/reacții

Plasmogenii

Curs 4

Curs 5

Clasificare

Vitamina AVariante

Conversia provitaminei A

și a esterilor retinoici

Tipuri de carotenoizi

Retinoide

Adsorbția și transportul vitaminei A

Funcțiile vitaminei A

Ciclul vederii

Necesar/deficiente de vitamina A

Liposolubile

Funcțiile

Vitaminele

Terminologie

Vitamina DVariante (D2/D3) și derivații

Funcțiile calcitriolului/cuantificare

Deficiențele vitaminei D

Liposolubile

Tocoferoli/tocotrienoli

Adsorbția, transportul și

stocarea

Funcțiile vitaminei E

Deficiențele vitaminei E

Utilizările terapeutice

Vitamina E

Curs 6

B5 Derivați

Deficiențe

Vitamina KDescoperire

Variante (K1, K2, K3)

Transportul vitaminei K

Rol coenzimatic

Deficiență/toxicitate K3

Antagoniști

Liposolubile

VitamineleB1 (beri-beri)Carență, determinare

Hidrosolubile

B2 (Riboflavina)Ciclul redox al

glutationului

Deficiențe, surse

B3 (Pelagra)Variante, rol metabolic

Forme active NAD+ și NADP+

B6 Variante

Rol metabolic

B7 Interacțiunea cu streptavidina

Rol metabolic

B9 Rol metabolic (metilare)

Derivați

Deficiențe

B12 Rol

Carențe

C Rol în biosinteză

Carențe

Cursuri 7-8

Tehnici de separare

și caracterizarePrepararea extractului

Precipitarea

Dializa/Ultrafiltrarea

(Ultra)centrifugarea

Separarea cromatografică

Verificarea purității

SDS-PAGE

ESI-MS

Proteine

Structura primarăDeterminarea structurii

Nivele de organizare

Structura secundară-helix, -pliată

Structuri supersecundare

Motive structurale

cheii grecești

, și ,

Structura terțiarăDifracție cu raze X

RMN

Structura cuaternarăDimeri

Hexameri

Curs 8

Aplicații

Enzime de

restrictie

Specificitatea

Nomenclatura

IstoricFermentație

Digestia

Inhibitori enzimaticiacyclovir

viagra

Dezvoltarea

enzimologiei

mecanistice

EnzimeHemoglobina

Curs 9

Terminologie

Enzime în

industria

detergenților

Clasificarea

enzimelor

Puterea cataliticăH. pylori

Lipaze

Celulaze

Amilaze

Avantajele

folosirii

enzimelor

Enzime

Proprietăți

(Stereo)specificitate

Izoenzime (LDH)

Act. catalitică-factoriIoni metalici

Cofactori organici

Denumirea științifică6 clase (TGO, TGP)

Denumirea uzuală

Curs 10

Imunitatea

Reticularea

antigenilor

Structura

anticorpilorIgM, IgA, IgG

Tipuri de imunitate

TerminologieEpitop

Paratop

Imunitatea

Anticorpii

Sistemul imunitar

Celulele sistemului

imunitar

Teoria selecției

clonelor

Componentele sistemului

imunitar

Răspunsul la antigen

Interacțiunea

anticorp-antigen

Anticorpi monoclonaliObținere, terapii

Tehnica ELISA

Hepatita C, hormoni

HIV, alergeni

Detecție

Curs 11

Izolarea ADN-ului

Ribozomi

(ARNr)

Replicarea

semiconservativă

Baze purinice/pirimidinice

ARNm

ARNt

Acizii nucleici

Localizarea ADN-ului

Componența ADN-ului

Perechi de baze

Structura ADN-ului

Tipuri de ADN

ARN-ul

Proprietățile

ADN-ului

Factori care influențează

stabilitatea ADN-ului

etape

componență amestec

ADN polimeraze

aplicații

Reacția PCR

Balizele

moleculare

biosinteza

proteinelor

Curs 12

Fracționarea

acizilor nucleici

Boli asociate

cu repetiții

de trinucleotide

Structura

cromozomilor

Interacțiuni ADN-proteină

Boala Huntington

Ataxia Friedreich

Acizii nucleici

cromozomi

Technica

Southern Blotting

Exoni/introni

Controlul copierii

Informației geneticerepresori

factori de transcripție

Modificarea ADN-ului

Interacțiuni ligand-receptor-ADNCromatina

Histonele

Nucleozomii

Modificări structurale

ale cromatinei

Cursuri 13-14

Tipuri substante toxice

Ramurile toxicologiei

Actiunea la nivel

de tesut etc

Toxicologie

Intoxicatii

Toxicocinetica

Distributie, depozitare,

acumulare

Metabolismul

substantelor toxice

Eliminarea

substantelor toxiceRelatia

structura-activitate

Factori determinanti

ai toxicitatii

Combaterea

efectelor toxice

Favorizarea

eliminarii

Actiunea la nivel

celular

Actiunea la nivel

molecular

Evolutia organismelor

Studiul metabolismului

Modificari biologice

Modificarea starii

de sanatate

Tehnicile moderne

Vizeaza

Elemente esentiale vietii

H, O, N, C – 99% (masa celulara)

Elementele (urme)– esentiale functii proteine (enzime)

Lehninger’s Principles of Biochemistry-D.L.Nelson, C. Lehninger

–W.H.Freeman-2004

Hemoglobina - 0,3% Fe

Biochimia Chimia vietii

?

sinteza

degradare

mecanisme

Structura

ch, 3D

interactiune

energetica

Informatia

genetica

Biochimia

Structura moleculelor

Functia moleculelor

Interactiunea dintre

molecule

Structuri ordonate

Nivele de organizare dintr-un organism

Pratt-Essential Biochemistry-2014

Relatia biochimie-medicina

M. Laberge-Biochemistry-Chelsea House, NY, 2008

Filozofia antica

Cele patru elemente si proprietati

propuse de Aristotel

https://www.learner.org/courses/chemistry/visuals/visual

s.html?dis=U&num=Ym5WdElUQS9NaW89

Biochimie

Aminoacizi

Zaharuri

Lipide

Nucleotide

Energia

Tipuri de energie

cinetica termica

https://www.blendspace.com/

Principiul I al termodinamicii

Trasformarea

energiei potentialeFotosinteza

Legaturile chimice

Covalente Orientare precisa

NH3

C2H4

Legătura

covalentă

Energia

(Kcal/Mol)

Legătura

covalentă

Energia

(Kcal/Mol)

C≡C 213 C−O 86

C=O 174 C−C 83

C=C 146 C−Cl 81

C−F 103 S−H 81

O−H 111 C−N 73

C−H 99 C−S 62

N−H 93 O−O 35

Grupari functionale

Grupari functionale

https://www.visionlearning.com/en/

library/Biology/2/Lipids/207

slideplayer.com

Grupari functionale

http://www.differencebetween.net/

science/health/

Dipol momentul

Electronegativitatea

Distributia electronica in legatura peptidica

http://plantcellbiology.masters.grkraj.org

Legaturile de hidrogen

Legaturi necovalente stabilizeaza biomoleculele

Legaturile de hidrogen

H2O(l)

proteina

Lehninger’s Principles of Biochemistry

W.H.Freeman-2004

Legaturi ionice Interactiuni van der Waals

raza

covalenta

raza

van der Waals

Legaturi necovalente

http://www.u-helmich.de/

Interactii hidrofobe

www.nature.com

Interactii hidrofobe

Legaturi necovalente

Magnitudinea interactiunilor

Interactii care apar in proteine

https://www.fastbleep.com/biology-notes/

Interactii care apar in proteine

Aminoacizi hidrofobi (negru) implicati

in procesul de impachetarea proteinelor

K. Ahern, I. Rajagopolan & T. Tan

Biochemistry Free For All, version 1.0 (pdf), 2016

Complementaritatea biomoleculelor

Proteina A Proteina B

Complex stabil

Proteina A Proteina B

Complex instabil

Specificitatea interactiunilor

Acta Crystallogr D Biol Crystallogr.

2011 Sep 1; 67(Pt 9): 813–821.

Resturi implicate in legaturi de

hidrogen (verde)

gr. ureido (biotina)-resturi avidina

KD = 10-15 M

Complementaritatea biomoleculelor

Specificitatea interactiunilor

J.D. Fernstrom et al. , Mechanism of

sweetness, The Journal of nutrition, May,

2012,1S-8S.

http://slideplayer.com/slide/6856383/

KD = 210 x 10-6 M

REBA-receptor

Complementaritatea biomoleculelor

Specificitatea interactiunilor

Ionizarea gruparilor/pH-ul

pH-ul in sistemele biologice

https://www.phreshproducts.com/learn/charts/

http://altered-states.net/barry/update178/

Dezechilibrele de pH:

•dereglări hormonale

•deficiențe ale sistemului imunitar

•probleme structurale (oase)

•digestie/eliminare incetinită

•supraproducție microorganisme

•apariția tumorilor.

pH-ul in sistemele biologice

pH-ul in diferite compartimente subcelulare

Joseph R. Casey, Sergio Grinstein & John Orlowski

Nature Reviews Molecular Cell Biology 11, 50-61(2010)

pH-ul in sistemele biologice

pH-ul sangeluiEsential of Medical Biochemistry

with clinical casesN.V.Bhagavan, Chu-Eun Ha

pH < 6,8 formarea H2CO3

pH > 7,8 disocierea H2CO3

deces

Sistemele tampon sanguine:

– Bicarbonat • Plasmatic

• Eritrocitar

– Non-bicarbonat • Hemoglobina şi

oxihemoglobina

• proteinele plasmatice

• fosfatul organic şi

• fosfatul anorganic

pH-ul in sistemele biologice

Esential of Medical Biochemistry

with clinical casesN.V.Bhagavan, Chu-Eun Ha

Echilibru chimic

ADN

ARN

Acizi nucleici

pKa

Directia unei reactiii

Energia libera

Essential Cell Biology (2004 Garland Science)

Ener. rezultata

Sinteza macromolecule

metaboliti

Deplasarea celulei

Transportul moleculelor

Energie electrica

Procese celulare → redox

http://www.tutorvista.com/

Energia de activare si viteza de reactie

Reducerea Ea Cresterea ratei de reactie

http://ib.bioninja.com.au/