Upload
dangcong
View
225
Download
1
Embed Size (px)
Citation preview
PEMERIKSAAN Viral Nervous Necrosis (VNN) PADA IKAN DENGAN
METODE Polymerase Chain Reaction (PCR) DI BALAI BESAR
KARANTINA IKAN PENGENDALIAN MUTU DAN
KEAMANAN HASIL PERIKANAN SOEKARNO
HATTA TANGERANG, BANTEN
PRAKTEK KERJA LAPANG
PROGRAM STUDI S-1 BUDIDAYA PERAIRAN
Oleh :
ELLY FITRIATIN
LAMONGAN - JAWA TIMUR
FAKULTAS PERIKANAN DAN KELAUTAN
UNIVERSITAS AIRLANGGA
SURABAYA
2015
ADLN - PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA
PKL PEMERIKSAAN Viral Nervous Necrosis (VNN) PADA IKAN DENGAN Elly Fitriatin
PEMERIKSAAN Viral Nervous Necrosis (VNN) PADA IKAN DENGAN
METODE Polymerase Chain Reaction (PCR) DI BALAI BESAR
KARANTINA IKAN PENGENDALIAN MUTU DAN
KEAMANAN HASIL PERIKANAN SOEKARNO
HATTA TANGERANG, BANTEN
Praktek Kerja Lapang sebagai Salah Satu Syarat untuk Memperoleh Gelar
Sarjana Perikanan pada Program Studi Budidaya Perairan
Fakultas Perikanan dan Kelautan Universitas Airlangga
Oleh :
ELLY FITRIATIN
NIM. 141211132015
Mengetahui, Menyetujui,
Dekan Fakultas Perikanan dan Kelautan Dosen Pembimbing, Universitas Airlangga, Prof. Dr. Hj. Sri Subekti, drh., DEA Abdul Manan, S.Pi, M.Si NIP. 19520517 197803 2 001 NIP.19800517 200312 1 004
ADLN - PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA
PKL PEMERIKSAAN Viral Nervous Necrosis (VNN) PADA IKAN DENGAN Elly Fitriatin
PEMERIKSAAN Viral Nervous Necrosis (VNN) PADA IKAN DENGAN
METODE Polymerase Chain Reaction (PCR) DI BALAI BESAR
KARANTINA IKAN PENGENDALIAN MUTU DAN
KEAMANAN HASIL PERIKANAN SOEKARNO
HATTA TANGERANG, BANTEN
Oleh :
ELLY FITRIATIN
NIM. 141211132015
Setelah mempelajari dan menguji dengan sungguh-sungguh, kami berpendapat bahwa
Praktek Kerja Lapang (PKL) ini, baik ruang lingkup maupun kualitasnya dapat diajukan sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Sarjana Perikanan.
Telah diujikan pada Tanggal : 10 Juni 2015
KOMISI PENGUJI Ketua : Abdul Manan, S.Pi, M. Si. Anggota : Wahju Tjahjaningsih, Ir., M.Si. Sudarno.Ir., M.Kes.
Surabaya, 10 Juni 2015
Fakultas Perikanan dan Kelautan Universitas Airlangga
Dekan,
Prof. Dr. Hj. Sri Subekti,drh.,DEA.
NIP. 19520517 197803 2 001
ADLN - PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA
PKL PEMERIKSAAN Viral Nervous Necrosis (VNN) PADA IKAN DENGAN Elly Fitriatin
i
RINGKASAN
ELLY FITRIATIN. Pemeriksaan Viral nervous necrosis (VNN) pada Ikan
dengan Metode Polymerase Chain Reaction (PCR) Di Balai Besar Karantina
Ikan Pengendalian Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan (BBKIPM-KHP)
Soekarno Hatta Tangerang, Banten. Dosen Pembimbing Abdul Manan, S.Pi,
M.Si.
Produksi perikanan di Indonesia mengalami peningkatan setiap tahunnya.
Kegiatan perdagangan produk perikanan di Indonesia baik ekspor maupun impor
setiap tahunnya akan terus meningkat. Pengawasan dan pengendalian produk
perikanan yang dilalulintaskan di Indonesia bertujuan untuk mengurangi resiko
masuk dan tersebarnya hama dan penyakit ikan di Indonesia. Tujuan dari Praktek
Kerja Lapang ini adalah untuk mengetahui teknik pemeriksaan virus pada ikan
dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR).
Praktek Kerja Lapang ini dilaksanakan di Balai Besar Karantina Ikan
Pengendalian Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan (BBKIPM-KHP)
Soekarno Hatta Tangerang, Banten pada tanggal 12 Januari – 12 Februari 2015.
Metode Kerja yang digunakan dalam Praktek Kerja Lapang ini adalah metode
deskriptif dengan pengambilan data meliputi data primer dan data sekunder.
Pengambilan data dilakukan dengan partisipasi aktif, wawancara, dan studi
pustaka.
Metode pemeriksaan virus Viral Nervous Necrosis (VNN) adalah dengan
metode Polymerase Chain Reaction (PCR). Tahapan pemeriksaan virus dengan
metode PCR meliputi nekropsi sampel, ekstraksi RNA, amplifikasi, elektroforesis,
dan diagnosa hasil menggunakan UV Transluminator. Sampel ikan yang diperiksa
virus VNN terdiri dari ikan hidup dan ikan beku baik komoditas ekspor, impor,
ataupun domestik. Hasil pemeriksaan menunjukkan bahwa semua sampel ikan
negatif terinfeksi virus VNN.
Kata Kunci : Virus VNN, Teknik PCR, Hasil Pemeriksaan.
ADLN - PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA
PKL PEMERIKSAAN Viral Nervous Necrosis (VNN) PADA IKAN DENGAN Elly Fitriatin
ii
SUMMARY
ELLY FITRIATIN. Viral nervous necrosis (VNN) Examination at Fish by
Polymerase Chain Reaction (PCR) method in the Quarantine Fish Quality
Control and Safety of Fishery Products (BBKIPM-KHP) Soekarno Hatta
Tangerang, Banten. Academic Advisor Abdul Manan, S.Pi, M.Si.
Fish production annually has increased. Trading activities of Fishery in
Indonesia both exports and imports will continue to increase every year. Control
and monitoring of fisheries products was transported in Indonesia aims to reduce
the risk of entry and spread of pests and diseases of fish in Indonesia. The purpose
of Field Practice Project is to know examination techniques of virus Viral Nervous
Necrosis (VNN) at fish by Polymerase Chain Reaction (PCR) method.
This Field Practice Project was held in the Quarantine Fish Quality
Control and Safety of Fishery Products (BBKIPM-KHP) Soekarno Hatta
Tangerang, Banten on January 12th to February 12th, 2015. The methods of data
fetching consisted of primary and secondary data. The data fetching was
performed with active participation, observation, interviews, and literature.
Examination methods Viral Nervous Necrosis (VNN) by Polymerase
Chain Reaction (PCR). Stages of virus examination by PCR method includes
necropsy samples, RNA extraction, amplification, electrophoresis, and the
diagnosis results using UV transluminator. Fish samples were examined VNN
virus consisting of a live fish and frozen fish both commodity exports, imports, or
domestic. The results showed that all fish samples are negative infected with the
virus VNN.
Keyword : Viral Nervous Necrosis, PCR Technique, Examination result.
ADLN - PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA
PKL PEMERIKSAAN Viral Nervous Necrosis (VNN) PADA IKAN DENGAN Elly Fitriatin
iii
KATA PENGANTAR
Puji syukur kehadirat Allah SWT, atas limpahan rakhmat, taufiq, dan
hidayah-Nya, sehingga penulis dapat menyelesaikan Praktek Kerja Lapang (PKL)
tentang Pemeriksaan Viral nervous necrosis (VNN) pada Ikan dengan Metode
Polymerase Chain Reaction (PCR) di Balai Besar Karantina Ikan Pengendalian
Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan (BBKIPM-KHP) Soekarno Hatta
Tangerang, Banten ini. Penulis mengucapkan terima kasih kepada orang tua,
keluarga, Bapak dan Ibu Dosen, serta sahabat yang telah mendo‟akan,
memberikan motivasi dan semangat hingga selesainya Praktek Kerja Lapang
(PKL) ini. Karya Ilmiah Praktek Kerja Lapang (PKL) ini disusun sebagai salah
satu syarat untuk memperoleh gelar Sarjana Perikanan pada Program Studi
Budidaya Perairan, Fakultas Perikanan dan Kelautan Universitas Airlangga
Surabaya.
Penulis menyadari bahwa Karya Ilmiah Praktek Kerja Lapang (PKL) ini
masih banyak kekurangan, sehingga kritik dan saran yang membangun sangat
penulis harapkan demi perbaikan dan kesempurnaan Karya Ilmiah ini. Akhirnya
penulis berharap Karya Ilmiah ini bermanfaat dan dapat memberikan informasi
kepada semua pihak, khususnya bagi Mahasiswa Program Studi Budidaya
Perairan, Fakultas Perikanan dan Kelautan Universitas Airlangga Surabaya
mengenai pengembangan ilmu dan teknologi dalam bidang perikanan.
Surabaya, September 2015
Penulis
ADLN - PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA
PKL PEMERIKSAAN Viral Nervous Necrosis (VNN) PADA IKAN DENGAN Elly Fitriatin
iv
UCAPAN TERIMA KASIH
Penulis menyadari dalam penyelesaian laporan Praktek Kerja Lapang ini
tidak terlepas dari dukungan moril dan materil dari semua pihak. Melalui
kesempatan ini, penulis ingin menyampaikan terima kasih sebesar–besarnya
kepada Allah SWT yang telah memberikan rahmat serta hidayah-Nya, serta
kepada :
1. Prof. Dr. Hj. Sri Subekti, drh., DEA. selaku Dekan Fakultas Perikanan dan
Kelautan Universitas Airlangga.
2. Bapak Ir. Muhammad Arief, M.Kes. selaku dosen pembimbing akademik
yang telah memberikan bimbingan akademik kepada penulis mulai dari awal
masuk Perguruan Tinggi hingga saat ini.
3. Bapak Abdul Manan, S.Pi., M.Si. selaku Dosen Pembimbing Praktek Kerja
Lapang yang telah memberikan bimbingan dan arahan.
4. Seluruh staf pengajar dan staf kependidikan Fakultas Perikanan dan Kelautan
yang telah bersedia menyampaikan ilmunya kepada penulis dan membantu
penulis dalam administrasi demi kelancaran pelaksanaan Praktek Kerja
Lapang.
5. Bapak Ir. Teguh Samudro, MP selaku Kepala Balai Besar Karantina Ikan
Pengendalian Mutu Dan Keamanan Hasil Perikanan (BBKIPM-KHP)
Soekarno Hatta Tangerang, Banten yang telah memberikan izin kepada
penulis untuk melaksanakan kegiatan Praktek Kerja Lapang.
6. Bapak Kurniadhi Prabandono selaku Kepala Laboratorium Balai Besar
Karantina Ikan Pengendalian Mutu Dan Keamanan Hasil Perikanan
(BBKIPM-KHP) Soekarno Hatta Tangerang, Banten yang telah memberikan
izin kepada penulis untuk melaksanakan kegiatan Praktek Kerja Lapang.
7. Ibu Agustina K. Sibuea selaku pembimbing lapang yang telah bersedia
membimbing penulis selama kegiatan Praktek Kerja Lapang di Balai Besar
Karantina Ikan Pengendalian Mutu Dan Keamanan Hasil Perikanan
(BBKIPM-KHP) Soekarno Hatta Tangerang, Banten.
ADLN - PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA
PKL PEMERIKSAAN Viral Nervous Necrosis (VNN) PADA IKAN DENGAN Elly Fitriatin
v
8. Ibu Luky Murni, Ibu Dani, Ibu Ika, Ibu candra dan semua staf pegawai Balai
Besar Karantina Ikan Pengendalian Mutu Dan Keamanan Hasil Perikanan
(BBKIPM-KHP) Soekarno Hatta Tangerang, Banten yang telah membantu
penulis selama pelaksanaan Praktek Kerja Lapang.
9. Farah, Eva, Linnya, Choni, Stella, Anita, Indah, Reni dan teman – teman
seperjuangan PKL Ima, Mualifah, Eni, Tari, Jeje dan Toyib dari UNSOED
Purwakarta.
10. Teman-teman angkatan 2012 yang senantiasa memberi semangat dan
dukungan penulis untuk menyelesaikan penyusunan laporan Paktek Kerja
Lapang ini.
11. Semua pihak yang telah membantu penyelesaian laporan Praktek Kerja
Lapang yang tidak dapat penulis sebutkan satu per satu.
12. Bapak, Ibu, kakak dan keluarga tercinta yang selalu memberikan doa-doa
terbaiknya dari awal hingga akhir penyusunan laporan Praktek Kerja Lapang
ini.
Semoga Allah Yang Maha Pengasih lagi maha Penyayang melimpahkan
berkat-Nya dan membalas segala bantuan serta kebaikan yang telah diberikan oleh
semua pihak kepada penulis.
Surabaya, September 2015
Penulis
ADLN - PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA
PKL PEMERIKSAAN Viral Nervous Necrosis (VNN) PADA IKAN DENGAN Elly Fitriatin
vi
DAFTAR ISI
Halaman
RINGKASAN ................................................................................................. i
SUMMARY ..................................................................................................... ii
KATA PENGANTAR .................................................................................... iii
UCAPAN TERIMA KASIH ........................................................................... iv
DAFTAR ISI ................................................................................................... vi
DAFTAR TABEL ........................................................................................... viii
DAFTAR GAMBAR ...................................................................................... ix
DAFTAR LAMPIRAN ................................................................................... x
I PENDAHULUAN ................................................................................... 1
1.1 Latar Belakang ................................................................................... 1
1.2 Tujuan ................................................................................................ 2
1.3 Manfaat .............................................................................................. 2
II TINJAUAN PUSTAKA .......................................................................... 3
2.1 Viral Nervous Necrosis (VNN) ........................................................... 3
2.1.1 Morfologi ................................................................................... 3
2.1.2 Inang dan Organ yang Terinfeksi ............................................... 4
2.1.3 Gejala Klinis .............................................................................. 5
2.1.4 Replikasi Virus ........................................................................... 6
2.1.5 Penyebaran VNN ....................................................................... 8
2.2 Polymerase Chain Reaction ( PCR ) .................................................. 9
III PELAKSANAAN KEGIATAN .............................................................. 13
3.1 Tempat dan Waktu ............................................................................. 13
3.2 Metode Kerja ..................................................................................... 13
3.3 Metode Pengumpulan Data ................................................................ 13 3.3.1 Data Primer ................................................................................ 13
ADLN - PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA
PKL PEMERIKSAAN Viral Nervous Necrosis (VNN) PADA IKAN DENGAN Elly Fitriatin
vii
3.3.2 Data Sekunder ............................................................................ 15 IV HASIL DAN PEMBAHASAN ................................................................ 16
4.1 Keadaan Umum Lokasi Praktek Kerja Lapang ................................. 16 4.1.1 Sejarah Perkembangan BBKIPM Jakarta I ................................ 16 4.1.2 Visi dan Misi .............................................................................. 17 4.1.3 Tugas Pokok dan Fungsi ............................................................ 18 4.1.4 Letak Geografi dan Keadaan Alam Sekitar Lokasi ..................... 19 4.1.5 Wilayah Kerja ............................................................................ 20 4.1.6 Sumber Daya Manusia ............................................................... 21 4.1.7 Struktur Organisasi ..................................................................... 21 4.1.8 Sarana dan Prasarana .................................................................. 22 4.2 Kegiatan Pemeriksaan Virus di BBKIPM Jakarta I ............................ 24 4.2.1 Penerimaan dan Pemeriksaan Sampel ........................................ 24 4.2.2 Pemeriksaan Virus dengan Metode PCR ................................... 25
V SIMPULAN DAN SARAN ..................................................................... 42
5.1 Simpulan ............................................................................................ 42
5.2 Saran .................................................................................................. 42
DAFTAR PUSTAKA ..................................................................................... 43
LAMPIRAN .................................................................................................... 46
ADLN - PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA
PKL PEMERIKSAAN Viral Nervous Necrosis (VNN) PADA IKAN DENGAN Elly Fitriatin
viii
DAFTAR TABEL
Tabel Halaman
1. Jumlah pegawai BBKIPM Soekarno-Hatta tahun 2013.................................. 21
2. Sarana pada laboratorium PCR ...................................................................... 23
3. Prasarana BBKIPM Soekarno – Hatta ........................................................... 24
4. Daftar Sampel Ikan Hidup dan Ikan Beku ..................................................... 28
ADLN - PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA
PKL PEMERIKSAAN Viral Nervous Necrosis (VNN) PADA IKAN DENGAN Elly Fitriatin
ix
DAFTAR GAMBAR
Gambar Halaman
1. Morfologi Viral Nervous Necrosis. ............................................................. 3
2. Gejala Klinis ikan Kerapu yang terinfeksi VNN ........................................ 5
3. Gambaran Histopathologi larva ikan Kakap yang terinfeksi
Betanodavirus ............................................................................................... 6
4. Skema Replikasi Virus VNN ...................................................................... 8
5. Tahapan Proses Amplifikasi ........................................................................ 11
6. Laboratorium BBKIPM Soekarno-Hatta .................................................... 20
7. Bagan Struktur Organisasi Laboratorium BBKIPM Soekarno-Hatta ......... 22
8. Kegiatan Elektroforesis .............................................................................. 39
9. Hasil Elektroforesis VNN ........................................................................... 40
10. Hasil PCR positif VNN ............................................................................... 41
ADLN - PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA
PKL PEMERIKSAAN Viral Nervous Necrosis (VNN) PADA IKAN DENGAN Elly Fitriatin
x
DAFTAR LAMPIRAN
Lampiran Halaman
1. Peta lokasi BBKIPM Soekarno Hatta ......................................................... 47
2. Struktur BBKIPM Soekarno Hatta ............................................................. 48
3. Sarana dan Prasarana ................................................................................... 49
4. Alat dan Fungsi ............................................................................................ 50
5. Bahan dan Fungsi ......................................................................................... 51
6. Kegiatan pemeriksaan virus dengan metode PCR ...................................... 52
7. Form permohonan pengujian sampel .......................................................... 54
8. Form laporan hasil pengujian ....................................................................... 55
9. Data pemeriksaan virus VNN ..................................................................... 56
ADLN - PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA
PKL PEMERIKSAAN Viral Nervous Necrosis (VNN) PADA IKAN DENGAN Elly Fitriatin