NovaSeq 6000 Sequencing System 가이드(1000000019358) · 2020-03-23 · NovaSeq6000 SequencingSystem가이드 문서번호1000000019358v11KOR자료번호20023471 2019년2월 ILLUMINA소유

NovaSeq 6000Sequencing System가이드

문서번호 1000000019358 v11 KOR 자료번호 20023471

2019년 2월

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NovaSeq 6000 Sequencing System가이드

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개정내역문서 날짜 변경사항 설명

자료 번호 20023471문서 번호1000000019358 v11

2019년2월

Xp 워크플로우에 대한 라이브러리 풀 Plexity 표를 업데이트했습니다.

자료 번호 20023471문서 번호1000000019358 v10

2019년1월

SP 플로우 셀 정보를 추가했습니다.표준 및 Xp 워크플로우에 대한 권장 라이브러리 풀 Plexity 표를 업데이트했습니다.

자료 번호 20023471문서 번호1000000019358 v09

2018년11월

NovaSeq 6000 지원 페이지 링크를 수정했습니다.누락된 경고를 수정했습니다.

자료 번호 20020483문서 번호1000000019358 v08

2018년9월

NovaSeq 6000 S4 Kit(200개 사이클) 정보가 추가되었습니다.사용자 계정 정보가 추가되었습니다.단일 셀 로드 농도가 추가되었습니다.시간차 런 시작 지침이 업데이트되었습니다.BaseSpace 로그인 지침이 업데이트되었습니다.프리 런 검사 지침이 업데이트되었습니다.종료 또는 재시작 요건에 대한 참고 사항이 추가되었습니다.불완전한 포스트 런 세척에 대한 참고 사항이 추가되었습니다.관리세척 정보를 명확히 했습니다.소프트웨어 업데이트 정보를 명확히 했습니다.

자료 번호 20020483문서 번호1000000019358 v07

2018년4월

시퀀싱 전에 부스트 단계에서 시약을 혼합하는 라이브러리 튜브 사용을 명확히 했습니다.소모품 또는 소모품 패키지에 표시된 기호에 대한 기호 설명 표가 추가되었습니다.Run Setup(런 설정) 모드 섹션에 Illumina Proactive 모니터링 서비스에 대한 정보가 추가되었습니다.NovaSeq LIMS API에 대한 정보가 추가되었습니다.NovaSeq Control Software v1.4.0에 대한 소프트웨어 설명이 업데이트되었습니다.S2 플로우 셀의 필터를 통과하는 일반적인 리드 수가 업데이트되었습니다.NovaSeq Xp 워크플로우의 권장 로드 농도가 업데이트되었습니다.플로우 셀 패키지를 여는 지침이 업데이트되었습니다.라이브러리를 플로우 셀에 로드하는 절차를 명확히 했습니다.기기를 사용하여 관리세척을 시작할 수 있는지 여부에 대한 참고 사항이추가되었습니다.시간차 시작 카운트다운 타이머에 대한 정보가 추가되었습니다.SRP 규칙의 추가 또는 삭제 방법에 대한 지침이 업데이트되었습니다.

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문서 날짜 변경사항 설명

문서 번호1000000019358 v06

2018년2월

플로우 셀 섹션에 S1 플로우 셀을 사용할 때 소프트웨어 버전 1.3.1이 필요하다는 참고 사항이 추가되었습니다.라이브러리 로드 방법의 표에서 설명 및 표준 용량이 업데이트되었습니다.Reagent Kit 구성요소에 주의가 추가되었습니다.0.5 및 1.5ml 튜브와 20, 200, 1000ul 파이펫의 파이펫 끝이 소모품 표에 추가되었습니다. 장비 표에 눈금 실린더가 추가되었습니다.4장 및 5장에 플로우 셀 준비 섹션이 추가되었고 6장의 단계가 이 섹션으로 이동되었습니다.4장에서 S1 플로우 셀의 총 용량이 업데이트되었습니다.권장 라이브러리 풀 플렉시티 표가 4장의 정규화된 라이브러리 풀 생성에추가되었습니다.4장 및 5장에서 SBS 및 클러스터 카트리지 해동 단계가 업데이트되었습니다.플로우 셀 준비에서 해동 지침을 명확히 했습니다.NovaSeq Xp 권장 로드 농도에서 해동 정보가 업데이트되었습니다.5장의 정규화된 라이브러리 풀 생성에서 권장 라이브러리 풀 플렉시티 표가 업데이트되었습니다.NovaSeq Xp 워크플로우 요약 및 플로우 셀 준비에 플로우 셀을 삭제한 후에 12시간 이내에 사용해야 한다는 것을 명확히 하는 문장이 추가되었습니다.

문서 번호1000000019358 v05

2017년12월

시퀀싱 워크플로우 다이어그램에 Xp용 빈 라이브러리 튜브에 대한 명확한설명이 추가되었습니다.Standard 워크플로우에 대한 라이브러리 및 옵션 PhiX 컨트롤 변성의 5단계에서 표에 나와 있는 Tris-HCI 용량이 업데이트되었습니다.NovaSeq Xp 워크플로우에 대한 ExAmp 마스터 믹스 준비의 4단계 다음에최상의 결과를 얻으려면 흔들어야 한다는 참고 사항이 추가되었습니다.NovaSeq Xp 워크플로우에 대한 플로우 셀에 라이브러리 로드의 3단계 다음에 샘플을 천천히 로드하라는 알림이 추가되었습니다.

자료 번호 20023471문서 번호1000000019358 v04

2017년10월

기기 기능 목록에 개별 레인 로드가 추가되었습니다.소모품 - NovaSeq Xp 2-Lane Kit 및 NovaSeq Xp 4-Lane Kit가 추가되었습니다. NovaSeq Xp 2-Lane Manifold Pack 및 NovaSeq 4-Lane ManifoldPack이 추가되었습니다.장비 - NovaSeq Xp 플로우 셀 도크 및 NovaSeq Xp 워크플로우용 P200 파이펫이 추가되었습니다.NovaSeq Xp 워크플로우에 대한 소모품 준비 챕터가 추가되었습니다.사용된 시약병 비우기가 시퀀싱 장에서 NovaSeq Standard 워크플로우 및NovaSeq Xp 워크플로우 장의 앞부분으로 이동되었습니다.Standard 워크플로우에 대한 풀링된 라이브러리 농도 표 및 권장 로드 농도 표가 업데이트되었습니다.

문서번호 1000000019358 v11 KOR 자료번호 20023471

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문서 날짜 변경사항 설명

자료 번호 20020483문서 번호1000000019358 v03

2017년9월

S1 및 S4 플로우 셀에 대한 지원이 포함되도록 NovaSeq Control Softwarev1.2에 대한 소프트웨어 설명이 업데이트되었습니다.S1 및 S4 플로우 셀의 듀얼 플로우 셀 런을 위한 디스크 공간 요건이 추가되었습니다.특정 *.json 파일의 이름 지정 요건이 명시되었습니다.키트 및 액세서리 장에서 키트 개요 정보가 재구성되었습니다. 이 챕터에서는 시약 및 라이브러리 로드 키트의 구성, 구성요소, 호환성 라벨을 다룹니다.NovaSeq 6000 Reagent Kit가 사용자가 준비해야 하는 소모품에 추가되었습니다.S1 및 S4 플로우 셀의 정보를 포함하도록 라이브러리 풀링 및 변성 지침이업데이트되었습니다.S1 및 S2의 경우 2시간, S4의 경우 4시간 동안 욕조에 담가야 한다는 내용을 포함하도록 시약 카트리지 해동 지침이 업데이트되었습니다.S4 구성요소를 포함하도록 라이브러리 튜브, 시약 카트리지 및 플로우 셀에 대한 설명이 업데이트되었습니다.관리 챕터에 자동 소프트웨어 업데이트에 대한 섹션이 추가되었습니다.Reducing Whole-Genome Data Storage Footprint(게시 번호 970-2012-013)에 대한 참조가 NovaSeq Series and HiSeq X Ten Data QualityComparison(게시 번호 770-2017-010)로 교체되었습니다.6장의 런 매개변수 입력의 3단계에 참고 사항이 추가되었습니다.S1 및 S4 타일 정보를 포함하도록 플로우 셀 타일 섹션이 업데이트되었습니다.

자료 번호 20018871문서 번호1000000019358 v02

2017년4월

다음 정보가 추가되었습니다.• 런에 필요한 Illumina 공급 소모품.• 시약 키트 구성요소에 대한 보관 조건.• 라이브러리 로드 농도에 대한 권장사항.• 2개 플로우 셀의 NaOH 희석.• 로드하기 전에 플로우 셀이 실온에 도달하게 하는 단계.• 사용된 시약병을 비운 후의 장갑 교체 단계.• 타사 LIMS 시스템용 LIMS 출력 구성.• 샘플 시트의 이름 지정 규칙.• 프로세스 관리 아이콘 및 문제 해결.• Windows 보안 기능 및 구성 지침이 나와 있는 부록.• 기술 지원을 받을 수 있는 연락처 정보.시약 카트리지 해동 시간이 4시간으로 증가되었습니다.1% PhiX spike-in 용량을 0.9µl로 변경하고 10mM Tris-HCl, pH 8.5를 사용하여 10nM PhiX를 희석하도록 PhiX spike-in 지침이 업데이트되었습니다.미립자가 보이는 경우에만 플로우 셀 및 플로우 셀 스테이지를 세척하도록지침이 업데이트되었습니다.관리세척 빈도가 14일마다로 업데이트되었습니다.연속성을 높이기 위해 소모품 준비 지침이 재구성 및 통합되었습니다.French 도어의 이름이 액체 부분 도어로 변경되었습니다.

자료 번호 20018406문서 번호1000000019358 v01

2017년3월

Process Management(프로세스 관리) 화면의 열 이름이 Sequencing(시퀀싱)으로 수정되었습니다.

자료 번호 20015871문서 번호1000000019358 v00

2017년2월

최초 릴리스.

문서번호 1000000019358 v11 KOR 자료번호 20023471

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목차

1장 개요 1도입 1추가 리소스 2시퀀싱 개요 2시퀀싱 워크플로우 3기기 구성요소 5

2장 키트 및 액세서리 10키트 개요 10시약 키트 구성요소 11NovaSeq Xp Kit 구성요소 15NovaSeq Xp 플로우 셀 도크 15기호 설명 16

3장 시작하기 18기기 시작 18설정 구성 19사용자가 준비해야 하는 소모품 및 장비 24

4장 Standard 워크플로우: 소모품 준비 27방법 27라이브러리 가이드라인 27SBS 및 클러스터 카트리지 해동 27사용된 시약병 비우기 28플로우 셀 준비 29시퀀싱을 위해 라이브러리 풀링 및 변성 30

5장 NovaSeq Xp 워크플로우: 소모품 준비 34NovaSeq Xp 워크플로우 요약 34방법 35라이브러리 가이드라인 35SBS 및 클러스터 카트리지 해동 35사용된 시약병 비우기 36플로우 셀 준비 37시퀀싱을 위해 라이브러리 풀링, 변성 및 로드 38

6장 시퀀싱 46시퀀싱 런 설정 46런 진행 상황 모니터링 52시간차 런 시작 53런 삭제 53위치 #30 분리 54자동 포스트 런 세척 54

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7장 관리 55예방 관리 55관리세척 55소프트웨어 업데이트 58

부록 A 문제 해결 60문제 해결 리소스 60문제 해결 파일 60프리 런 검사 오류 60프로세스 관리 문제 해결 61클러스터링 전 런 실패 61런 종료 62기기 종료 63

부록 B 실시간 분석 64실시간 분석 개요 64실시간 분석 워크플로우 66

부록 C 출력 폴더 및 파일 69출력 폴더 구조 시퀀싱 69출력 파일 시퀀싱 70

부록 D Windows 보안 71보안 구성 71비밀번호 요건 71Windows 방화벽 71Enhanced Mitigation Experience Toolkit 71소프트웨어 제한 정책 72

인덱스 75

기술 지원 79

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1장 개요도입 1추가 리소스 2시퀀싱 개요 2시퀀싱 워크플로우 3기기 구성요소 5

도입Illumina® NovaSeq™ 6000 Sequencing System은 확장 가능한 처리량과 유연한 시퀀싱 기술을 벤치톱 시스템의 효율성과 비용 효율성을 갖춘 프로덕션 규모의 플랫폼에 패키징합니다.

기능u 확장 가능 시퀀싱 - NovaSeq 6000은 광범위한 적용 분야를 위해 고품질 데이터를 사용하여 시퀀싱을 프

로덕션 수준까지 확장합니다.

u 조정 가능 출력 - NovaSeq 6000은 광범위한 출력 범위가 있는 듀얼 플로우 셀 시스템입니다. 1개의 플로우 셀을 시퀀싱하거나 리드 길이가 다른 2개의 플로우 셀을 동시에 시퀀싱합니다. 세 가지 유형의 플로우셀과 다양한 리드 길이를 혼합하여 사용합니다.

u 패턴화된 플로우 셀 - 패턴화된 플로우 셀은 빽빽한 간격의 클러스터를 생성합니다. 나노웰 간 간격이 감소하면 클러스터 밀도 및 데이터 출력이 증가합니다.

u 온보드 ExAmp 혼합 - NovaSeq 6000은 ExAmp 시약을 라이브러리와 혼합하고 라이브러리를 증폭하며 간소화된 시퀀싱 워크플로우를 위해 클러스터를 생성합니다.

u 개별 레인 로드 - NovaSeq Xp 플로우 셀 도크를 사용하면 라이브러리를 플로우 셀의 개별 레인에 미리로드할 수 있으므로 라이브러리 로드 용량이 감소합니다.

u 고처리량 라인 스캔 - NovaSeq 6000은 양방향 스캔 기술이 있는 한 대의 카메라를 사용하여 2개의 컬러채널에서 플로우 셀을 동시에 신속하게 촬영합니다.

u RTA(Real-Time Analysis: 실시간 분석) - NovaSeq 6000은 RTA3이라는 RTA의 구현을 사용합니다. 이 통합소프트웨어는 이미지를 분석하고 베이스를 호출합니다.

u BaseSpace™ Sequence Hub 통합 - 시퀀싱 워크플로우는 데이터 분석, 보관 및 협업을 위한 Illumina 유전체학 컴퓨팅 환경인 BaseSpace Sequence Hub와 통합됩니다. 런이 진행됨에 따라 출력 파일이 실시간으로 환경에 스트리밍됩니다.

u BaseSpace Clarity LIMS 준비 - 샘플 및 시약의 포괄적인 추적, 자동화된 워크플로우 및 통합 기기 작동을통해 작업 효율성이 개선됩니다.

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추가리소스Illumina 웹사이트의 NovaSeq 6000 Sequencing System 지원 페이지에 추가 시스템 리소스가 나와 있습니다.이러한 리소스에는 소프트웨어, 교육, 호환 제품 및 다음 설명서가 포함됩니다. 항상 최신 버전의 지원 페이지를 확인하십시오.

리소스 설명

사용자지정 프로토콜 선택기

시퀀싱 런에 사용된 라이브러리 프렙 방법, 런 매개변수 및 분석 방법에 맞게 맞춤화된 포괄적인사용자지정 설명서를 생성하는 마법사입니다.

NovaSeq 시리즈 현장 프렙 가이드(문서번호1000000019360)

실험실 공간, 전기 요건, 환경 고려사항 및 네트워크 고려사항에 대한 사양을 제공합니다.

NovaSeq 시리즈 안전 및 준수 가이드(문서 번호1000000019357)

작업 안전 고려사항, 준수 설명 및 기기 라벨링에 대한 정보를 제공합니다.

RFID 리더 준수 가이드(문서 번호1000000002699)

준수 인증 및 안전 고려사항을 포함하여 기기의 RFID 리더에 대한 정보를 제공합니다.

NovaSeq 시리즈 사용자지정 프라이머가이드(문서 번호1000000022266)

Illumina 시퀀싱 프라이머를 사용자지정 시퀀싱 프라이머로 교체하는 것과 관련된 정보를 제공합니다.

시퀀싱개요

클러스터생성클러스터 생성 중에 단일 DNA 분자가 플로우 셀 표면에 결합되고 동시에 증폭되어 클러스터를 형성합니다.Standard 워크플로우의 경우 ExAmp 마스터 믹스가 클러스터 생성 전에 기기에 탑재된 라이브러리와 혼합됩니다. NovaSeq Xp 워크플로우의 경우 ExAmp 시약 및 라이브러리가 혼합되어 기기 외부의 플로우 셀에 제공됩니다. 용량은 플로우 셀 유형 및 워크플로우에 따라 다양합니다.

시퀀싱클러스터는 양방향 스캔 및 2채널 시퀀싱 화학검사를 사용하여 이미지로 만들어집니다. 카메라는 빨간색 및녹색 조명을 감지하는 센서를 사용하여 각 스와스(swath)를 이미지로 만들고 동시에 전체 스와스의 빨간색및 녹색 이미지를 생성합니다. 이미지를 만든 후에 패턴화된 플로우 셀에 의해 결정된 위치를 기준으로 각 클러스터에 대한 빨간색 신호 대비 녹색 신호의 비율에 따라 각 타일 내 클러스터에 대한 베이스 콜링이 수행됩니다. 이 프로세스는 각 시퀀싱 사이클에 대해 반복됩니다.

분석런이 진행됨에 따라 NVCS(NovaSeq Control Software)는 데이터 분석을 위해 베이스 콜(*.cbcl) 파일을 지정된 출력 폴더 위치로 자동 전송합니다.

적용 분야에 따라 여러 분석 방법을 사용할 수 있습니다. 자세한 내용은 Illumina 웹사이트의 BaseSpaceSequence Hub 지원 페이지를 참조하십시오.

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https://support.illumina.com/sequencing/sequencing_instruments/novaseq-6000.html

http://support.illumina.com/custom-protocol-selector.html

http://support.illumina.com/custom-protocol-selector.html

https://support.illumina.com/sequencing/sequencing_software/basespace.html

https://support.illumina.com/sequencing/sequencing_software/basespace.html

시퀀싱워크플로우SBS 및 클러스터 시약 카트리지를 해동합니다.

라이브러리를 풀링하고 변성합니다. Standard 워크플로우의 경우 라이브러리를 라이브러리 튜브에 추가합니다. NovaSeq Xp 워크플로우의 경우 ExAmp/라이브러리 믹스를 플로우 셀에 로드합니다.두 워크플로우 모두 라이브러리 튜브를 해동된 클러스터 카트리지에 로드합니다.

소프트웨어 인터페이스에서 Sequence(시퀀스)를 선택하고 듀얼 플로우 셀 런 또는 단일 플로우 셀 런을지정합니다.

이전 런에서 소모품을 언로드하고 현재 런을 위해 새 소모품을 로드합니다.

Run Setup(런 설정) 화면에서 런 매개변수를 지정합니다. BaseSpace Sequence Hub가 구성된 경우 LogIn(로그인) 화면에서 로그인합니다.프리 런 검사가 완료되면 런이 자동으로 시작됩니다.

런 모니터링이 활성화된 경우 BaseSpace Sequence Hub의 Sequence(시퀀스) 화면에서 또는 시퀀싱 분석 뷰어를 사용하여 네트워크 컴퓨터에서 런을 모니터링합니다.데이터가 지정된 출력 폴더로 전송됩니다.

시퀀싱이 완료되면 기기 세척이 자동으로 시작됩니다.

라이브러리로드방법라이브러리는 선택된 워크플로우에 따라 다음 2가지 방법 중 1가지를 사용하여 NovaSeq 6000 플로우 셀에로드됩니다. 시퀀싱 런 설정은 워크플로우에 따라 다릅니다. 항상 방법에 맞는 지침을 따라야 합니다. 27페이지의 Standard 워크플로우: 소모품 준비 및 34페이지의 NovaSeq Xp 워크플로우: 소모품 준비를 참조하십시오.

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워크플로우라이브러리 풀 로드 및 ExAmp 혼합 방법

개별 레인 주소 지정 및 데이터 분석로드 용량*

SP/S1–S2–S4 모드(µ l)

Standard 단일 라이브러리 풀이 라이브러리 튜브에 로드되고 라이브러리 튜브에서 온보드로 ExAmp 시약과 혼합되며 클러스터링 및 시퀀싱을 위해 플로우 셀에 자동으로 전달됩니다. 시퀀싱 전 부스트 단계에서는 클러스터 카트리지 및 라이브러리 튜브의 시약을 사용하여 클러스터링효율성을 높이는 데 도움이 되는 조절믹스를 생성합니다.

단일 라이브러리 풀이 플로우 셀의 모든레인 전체에서 배포되고 시퀀싱됩니다.모든 레인의 리드가 종합적으로 분석됩니다.

150–225–465µl(전체 플로우 셀)

NovaSeq Xp 1개 이상의 라이브러리(플로우 셀 레인수에 해당함)가 기기 외부에서 ExAmp시약과 수동으로 혼합되고 NovaSeq Xp플로우 셀 도크를 사용하여 플로우 셀의개별 레인에 직접 로드됩니다. 그런 다음채워진 플로우 셀이 클러스터링 및 시퀀싱을 위해 기기에 로드됩니다. 시퀀싱 전부스트 단계에서는 빈 라이브러리 튜브를 사용해 클러스터 카트리지의 시약을혼합하여 클러스터링 효율성을 높이는데 도움이 되는 조절 믹스를 생성합니다.

각 라이브러리가 플로우 셀의 개별 레인에 로드된 다음 시퀀싱됩니다. 다양한풀, 동일한 풀의 분주 또는 임의의 조합을 사용할 수 있습니다. 이에 따라 다양한 레인의 리드가 개별적으로 또는 종합적으로 분석됩니다.

27–33–45µl(개별레인)

표 1 라이브러리로드방법

*NovaSeq Xp 워크플로우는 Standard 워크플로우보다 25~50% 더 낮은 농도의 변성된 라이브러리가 필요합니다.

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기기구성요소NovaSeq 6000 Sequencing System은 터치스크린 모니터, 상태 표시줄, USB 포트가 실행 중인 전원 버튼 및3개의 부분으로 구성됩니다.

그림 1 외부 구성요소

A 터치스크린모니터 - 시스템구성과런설정및모니터링을위한NVCS인터페이스를표시합니다.B 광학부분 - 플로우셀의듀얼표면이미징을활성화하는광학구성요소가포함되어있습니다.C 액체부분 - 시약및버퍼카트리지와사용된시약을담을병이포함되어있습니다.D 플로우셀부분 - 플로우셀을보관합니다.E 상태표시줄 - 시퀀싱준비완료(녹색), 처리중(파란색) 또는주의필요(주황색)로 플로우셀상태를나타

냅니다.F 전원및USB 포트 - 주변구성요소의전원버튼과USB 연결에액세스할수있습니다.

플로우셀부분플로우 셀 부분에는 플로우 셀 스테이지가 포함되어 있어서 왼쪽에는 플로우 셀 A를 보관하고 오른쪽에는 플로우 셀 B를 보관합니다. 각 측면에는 자동으로 포지셔닝하여 플로우 셀을 고정하는 4개의 클램프가 있습니다.

플로우 셀 스테이지에 장착된 광학 배열 타겟이 광학 문제를 진단하고 수정합니다. NVCS에 메시지가 표시되면 광학 배열 타겟이 시퀀싱 결과를 개선하기 위해 시스템을 다시 배열하고 카메라 초점을 조정합니다.

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그림 2 플로우 셀 스테이지

A 측면 A플로우셀홀더B 측면 B 플로우셀홀더C 플로우셀클램프(측면당 4개중 1개)D 광학배열타겟

소프트웨어는 플로우 셀 부분 도어의 개폐를 제어합니다. 도어는 자동으로 열려 런 또는 관리세척을 위해 플로우 셀을 로드합니다. 로드 후 소프트웨어는 부분 도어를 닫고 플로우 셀을 제 위치로 이동하며 클램프 및진공 포장을 체결합니다. 센서는 플로우 셀의 존재 및 호환성을 확인합니다.

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액체부분런을 설정하려면 액체 부분에 액세스하여 시약 및 버퍼를 로드하고 사용된 시약병을 비워야 합니다. 2개의도어가 플로우 셀 A와 플로우 셀 B에 대하여 2개의 일치하는 면으로 나뉜 액체 부분을 둘러싸고 있습니다.

그림 3 액체 부분 구성요소

A 사용된소형시약병 - 캡을손쉽게보관하기위한캡홀더가있으며클러스터카트리지의사용된시약을보관합니다.

B 사용된대형시약병 - 캡을손쉽게보관하기위한캡홀더가있으며 SBS및버퍼카트리지의사용된시약을보관합니다.

C 시약냉각기 - SBS및클러스터카트리지를냉각합니다.D 시약냉각기서랍 - 색상코딩된위치로왼쪽(회색라벨)에는 SBS카트리지를보관하고오른쪽(주황색라

벨)에는클러스터카트리지를보관합니다.E 버퍼서랍 - 왼쪽에는사용된대형시약병을보관하고오른쪽에는버퍼카트리지를보관합니다.

사용된시약유체 시스템은 잠재적으로 유해한 클러스터 카트리지 시약을 사용된 소형 시약병으로 보내도록 설계되어 있습니다. SBS 및 버퍼 카트리지의 시약을 사용된 대형 시약병으로 보냅니다. 그러나 사용된 시약이 흘러가는동안 교차 오염이 발생할 수 있습니다. 안전을 위해 사용된 시약병 모두에 잠재적으로 유해한 화학물질이 포함되어 있다고 가정하십시오. SDS(Safety data sheets: 안전보건자료)에 자세한 화학검사 정보가 나와 있습니다.

참고시스템이사용된시약을외부에서수집하도록구성되어있다면사용된대형시약병으로흘러가도록외부로보냅니다. 클러스터카트리지시약을항상사용된소형시약병으로보냅니다.

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시스템소프트웨어기기 소프트웨어 제품군에는 시퀀싱 런, 기기 분석 및 관련 기능을 수행하는 통합 애플리케이션이 포함됩니다.

u NVCS(NovaSeq Control Software) - 시퀀싱 런을 설정하는 단계를 안내하고 기기 작동을 제어하며 런 진행에 따른 통계를 표시합니다. 소모품의 적합한 언로드 및 로드를 보여주기 위해 NVCS는 런 설정 중에지침 동영상을 재생합니다.

u RTA(Real-Time Analysis: 실시간 분석) - 런 중에 이미지 분석을 분석하고 베이스를 콜링합니다. NovaSeq6000은 아키텍처, 보안 및 기타 향상된 기능을 통합하여 성능을 최적화하는 RTA3을 사용합니다. 자세한내용은64페이지의 실시간 분석을 참조하십시오.

u Universal Copy Service(UCS) - 전체 런 중에 RTA3 및 NVCS에서 출력 폴더로 출력 파일을 복사합니다. 해당되는 경우 이 서비스는 데이터를 BaseSpace Sequence Hub로도 전송합니다. 실행 중에 UniversalCopy Service가 중단되면 다시 연결하여 데이터 전송을 자동으로 다시 시작하도록 여러 번 시도합니다.

상태아이콘NVCS 인터페이스의 상태 아이콘은 런 상태를 나타냅니다. 아이콘에 있는 숫자는 상태에 대한 조건 수를 나타냅니다.

런 상태가 변경되면 이에 대한 경고를 위해 아이콘이 깜박입니다. 상태에 대한 설명을 보려면 아이콘을 선택하십시오. Acknowledge(확인)를 선택하여 메시지를 지운 다음 Close(닫기)를 선택하여 대화상자를 닫습니다.

상태 아이콘

상태 이름 설명

상태 양호 시스템이 정상입니다.

처리 중 시스템이 처리 중입니다.

경고 경고가 발생했고 주의가 필요합니다.경고로 인해 런이 중단되지 않거나 계속하기 전에 조치가 필요합니다.

오류 오류가 발생했습니다.오류로 인해 런을 계속하기 전에 조치가 필요합니다.

표 2 NVCS상태아이콘

프로세스관리Process Management(프로세스 관리) 화면에서 CE(Compute Engine: 컴퓨팅 엔진) 및 하드 드라이브(C:\)에액세스할 수 있습니다. 이 화면에서 런 진행 상황을 모니터링하고 런을 삭제하고 디스크 공간을 관리할 수 있습니다. 파일 및 폴더를 C:\에서 바로 삭제하지 마십시오.

Process Management(프로세스 관리)에는 가용 디스크 공간, CE 및 C:\에 사용된 공간, 디스크 공간을 사용하는 런의 상태가 표시됩니다. Run Date(런 날짜) 및 Name(이름) 열은 각 런을 식별합니다. Run Status(런 상태), BaseSpace 및 Network(네트워크) 열은 런의 각 프로세스 상태를 보여줍니다.

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프로세스 아이콘 설명

런 상태 런이 진행 중입니다.

런이 시퀀싱을 완료했습니다.

네트워크 파일을 네트워크상의 출력 폴더에 복사하고 있습니다.

모든 파일이 네트워크상의 출력 폴더에 복사되었습니다.

런이 네트워크 출력 폴더에 업로드하도록 구성되지 않았거나 업로드 상태가 알려져 있지않으므로 해당되지 않습니다.문제를 해결하려면 61페이지의 프로세스 관리 문제 해결을 참조하십시오.

BaseSpace 파일을 BaseSpace Sequence Hub에 업로드하고 있습니다.

모든 파일이 BaseSpace Sequence Hub에 업로드되었습니다.

런이 BaseSpace Sequence Hub에 업로드하도록 구성되지 않았거나 업로드 상태가 알려져 있지 않으므로 해당되지 않습니다.문제를 해결하려면 61페이지의 프로세스 관리 문제 해결을 참조하십시오.

표 3 프로세스관리상태아이콘

플로우 셀 런이 시작되기 전에 CE 및 C:\의 최소 공간 요건을 충족해야 합니다.

참고단일플로우셀런의경우최소공간요건은다음표에나와있는요건의절반에해당합니다.

플로우 셀 사이클당 CE 공간 플로우 셀 페어당 C:\ 공간

SP .5Gb 5Gb

S1 1.35Gb 20Gb

S2 2.7Gb 20Gb

S4 4.3Gb 40Gb

표 4 듀얼플로우셀런을위한CE및C:\의최소공간요건

런에 필요한 총 CE 공간을 계산하려면 '사이클당 CE 공간' 아래 값을 리드 1, 리드 2, 인덱스 1 및 인덱스 2 길이 값과 곱하십시오( 49페이지의 런 매개변수 입력 참조). 예를 들어 페어드 엔드 150 사이클의 경우 두 인덱스 길이가 8베이스인 듀얼 플로우 셀 S4 런에 필요한 CE 공간은 ( 151 * 2 + 8 * 2 ) * 4.3 = 1.37Tb입니다.

디스크 공간을 확보하는 자세한 방법은 53페이지의 런 삭제를 참조하십시오.

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2장 키트및액세서리키트 개요 10시약 키트 구성요소 11NovaSeq Xp Kit 구성요소 15NovaSeq Xp 플로우 셀 도크 15기호 설명 16

키트개요NovaSeq 6000에서 런을 수행하려면 NovaSeq 6000 Reagent Kit가 필요합니다. NovaSeq Xp 워크플로우는NovaSeq Xp Kit도 필요합니다. 이러한 키트는 다음 구성으로 제공됩니다.

실험 설계에 적합한 키트 크기를 선택하십시오. Illumina는 런 길이가 300 사이클을 초과하는 경우에만 500 사이클 키트를 사용할 것을 권장합니다.

런에 필요한 항목의 전체 목록은 24페이지의 사용자가 준비해야 하는 소모품 및 장비를 참조하십시오.

키트 이름 Illumina 카탈로그 번호

NovaSeq 6000 S4 Reagent Kit(300개 사이클) 20012866








NovaSeq 6000 SP Reagent Kit(500개 사이클) 20029137



NovaSeq Xp 2-Lane Kit 20021664

NovaSeq Xp 4-Lane Kit 20021665

표 5 키트구성

호환성라벨링호환되는 키트 구성 요소를 식별하기 위해 플로우 셀과 카트리지는 키트 모드를 표시하는 기호로 라벨이 지정됩니다(SP, S1, S2 또는 S4). NovaSeq Xp 매니폴드는 여러 모드를 지원하며 2레인(SP, S1 및 S2 플로우 셀용) 또는 4레인(S4 플로우 셀용)으로 라벨이 지정됩니다.

동일한 런에서 모드는 다른 구성요소를 사용할 수 없습니다. 예를 들어 S1 카트리지를 S2 플로우 셀과 페어링하면 안 됩니다.

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키트 모드

라벨 표시

설명

SP 키트구성 요소

SP 플로우 셀은 필터를 통과하는 6억 5천만 개에서 8억 개의 단일 리드를 생성하며 2 x 150bp에서 최대 250Gb 및 2 x 250bp에서 최대 400Gb를 출력합니다.

S1 키트구성요소

S1 플로우 셀은 필터를 통과하는 최대 16억 개의 단일 리드를 생성하며 2 x 150bp에서 최대500Gb를 출력합니다. S1 키트는 처리량이 높은 대부분의 적용 분야에 소량 샘플의 고속 시퀀싱을 제공합니다.


S2 플로우 셀은 필터를 통과하는 최대 41억 개의 단일 리드를 생성하며 2 x 150bp에서 최대1250Gb를 출력합니다. S2 플로우 셀은 처리량이 높은 적용 분야에 대부분 고속 시퀀싱을 제공하며 시퀀싱 출력을 높이기 위해 S1 플로우 셀보다 더 많은 수의 리드를 제공합니다.


S4 플로우 셀은 필터를 통과하는 최대 100억 개의 단일 리드를 생성하며 2 x 150bp에서 최대3000Gb를 출력합니다. 이는 최대 출력을 위해 설계된 4레인 버전의 플로우 셀입니다. 이를 사용하면 다양한 종과 적용 범위 전반에서 비용 효율적으로 전장 유전체를 시퀀싱할 수 있게 됩니다.

Illumina 웹사이트의 NovaSeq Reagent Kits 제품 페이지에는 각 모드에 대한 자세한 사양이 나와 있습니다.

시약키트구성요소각 NovaSeq 6000 Reagent Kit에는 다음 구성요소가 포함되어 있습니다. 각 구성요소는 정확한 소모품 추적및 호환성을 위해 RFID(Radio-Frequency Identification:무선 주파수 식별)를 사용합니다.

적절한 성능을 보장하려면 키트를 받은 즉시 구성요소를 표시된 온도에 보관하십시오.

수량 키트 구성요소 보관 온도

1 라이브러리 튜브 15°C ~ 30°C

1 플로우 셀 2°C ~ 8°C

1 버퍼 카트리지 15°C ~ 30°C

1 클러스터 카트리지 -25°C ~ -15°C

1 SBS 카트리지 -25°C ~ -15°C

표 6 키트구성요소

주의카트리지를떨어뜨리지마십시오. 떨어뜨릴경우상해가발생할수있습니다. 시약이카트리지에서누출되는경우피부자극이발생할수있습니다. 사용전에카트리지에균열이있는지검사하십시오.

라이브러리튜브NovaSeq 6000 라이브러리 튜브는 클러스터 카트리지 위치 #8에 맞는 16mm 튜브입니다. 위치 #8은 손쉽게식별하도록 Library Tube(라이브러리 튜브)라는 라벨이 표시되고 주황색 원이 그려져 있습니다. 튜브에는 필요 시 라이브러리를 보관하도록 나사형 캡이 있습니다. 클러스터 카트리지에 로드하기 전에 캡이 제거되었는지 확인합니다.

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https://www.illumina.com/products/by-type/sequencing-kits/cluster-gen-sequencing-reagents/novaseq-reagent-kits.html

그림 4 라이브러리 튜브

라이브러리 튜브는 워크플로우에 따라 다음 2가지 방법 중 1가지로 사용됩니다.

u Standard - 풀링된 라이브러리 및 변성된 라이브러리가 라이브러리 튜브에 추가되고 이는 캡이 없는 상태로 클러스터 카트리지에 로드됩니다. 런이 시작된 후에 기기는 라이브러리 튜브에서 라이브러리를ExAmp 시약과 혼합합니다. 그러면 라이브러리 튜브가 플로우 셀에 자동으로 전달됩니다.

u NovaSeq Xp - 캡이 없는 빈 라이브러리 튜브가 클러스터 카트리지에 로드됩니다. 런 동안 플로우 셀에배포하기 전에 라이브러리 튜브에서 시약이 혼합됩니다.

플로우셀NovaSeq 6000 플로우 셀은 카트리지로 둘러싸인 패턴화된 플로우 셀입니다. 플로우 셀은 수십억 개의 나노웰을 순서가 지정된 배열로 포함하는 유리 기반 물질이므로 출력 리드 및 시퀀싱 데이터의 수를 증가시킵니다. 클러스터가 시퀀싱되는 나노웰에 생성됩니다.

각 플로우 셀에는 풀링된 라이브러리의 시퀀싱을 위한 여러 레인이 있습니다. SP, S1 및 S2 플로우 셀에는 각각 2개의 레인이 있고, S4 플로우 셀에는 4개의 레인이 있습니다. 각 레인은 여러 스와스에 이미지로 만들어지고 소프트웨어는 각 스와스의 이미지를 타일이라고 하는 더 작은 부분으로 나눕니다. 자세한 내용은 65페이지의 플로우 셀 타일을 참조하십시오.

참고S1플로우셀을사용하는경우NVCS v1.3.1이상을사용하는지확인하십시오. SP플로우셀을사용하는경우NVCS v1.6이상을사용하십시오.

그림 5 플로우 셀

A 플로우셀카트리지B 4레인플로우셀(S4)C 2레인플로우셀(SP, S1및 S2)

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각 플로우 셀의 밑면에 4개의 개스킷이 있습니다. 라이브러리 및 시약이 플로우 셀의 주입구 끝에 있는 개스킷을 통해 플로우 셀 레인에 들어갑니다. 사용된 시약은 배출구 끝에 있는 개스킷을 통해 레인에서 배출됩니다.

참고플로우셀을취급할때개스킷에닿지않게하십시오.

그림 6 뒤집어 놓은 플로우 셀

A 배출구끝B 주입구끝C 개스킷(4개중 1개)

버퍼,클러스터및SBS 카트리지NovaSeq 6000 버퍼, 클러스터 및 SBS 카트리지에는 시약, 버퍼, 세척 용액으로 미리 채워져 있는 알루미늄포장지에 싸인 저장장치가 있습니다. 각 카트리지 유형 중 1개가 시약 키트에 포함됩니다.

카트리지는 기기에 직접 로드되고 로드 오류를 줄이기 위해 색상 코딩 및 라벨 표시되어 있습니다. 시약 냉각기 및 버퍼 서랍의 가이드가 적절한 방향을 보장합니다.

카트리지에 대한 라벨에는 S1/S2 또는 SP/S1/S2같이 지원되는 모드가 명시되어 있습니다. 카트리지는 라벨에 나와 있는 모드에만 사용할 수 있습니다.

카트리지 설명

NovaSeq 6000 버퍼 카트리지 시퀀싱 버퍼로 미리 채워져 있으며 무게는 최대 6.8kg(15lbs)입니다. 플라스틱 핸들을 사용하여 운반, 로드 및 언로드가 용이합니다. 상단 플레이트의 들어간 부분에 카트리지를 적재할 수 있습니다.

NovaSeq 6000 클러스터 카트리지

클러스터링, 인덱싱 및 페어드 엔드 시약과 세척 용액으로 미리 채워져 있습니다. 라이브러리 튜브의 지정된 위치가 포함되어 있습니다. 주황색 라벨이 클러스터 카트리지와 SBS 카트리지를 구분합니다.

표 7 시약카트리지

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카트리지 설명

NovaSeq 6000 SBS 카트리지 키트에서 지원하는 사이클 수(500, 300, 200 또는 100)에 특정한 용량의 시퀀싱 시약이 사전 충전되어 있습니다. 3개의 시약 위치 각각에 인접하여 자동 포스트 런 세척에 예약된 위치가 있습니다. 회색 라벨이 SBS 카트리지와 클러스터 카트리지를구분합니다.

클러스터카트리지저장장치

제거가능저장장치위치 #30에 있는 변성 시약에 유기 아미드이며 생식 독소인 포름아미드가 포함되어 있습니다. 시퀀싱 런 후에 사용하지 않은 시약을 안전하게 폐기하도록 이 저장장치를 제거할 수 있습니다.

참고SBS카트리지를클러스터카트리지상단에적재하지마십시오. 위치 #30이분리될수있습니다.

예약된저장장치3개의 저장장치가 사용자지정 프라이머에 예약되어 있고 빈 위치가 라이브러리 튜브에 예약되어 있습니다.샘플 추적을 위해 라이브러리 튜브가 런 설정 중에 클러스터 카트리지에 로드되고 런 종료까지 카트리지에그대로 유지됩니다.

그림 7 번호가 지정된 저장장치

위치 예약 대상

5, 6 및 7 옵션 사용자지정 프라이머

8 라이브러리 튜브

사용자지정 프라이머에 대한 자세한 내용은 NovaSeq 시리즈 사용자지정 프라이머 가이드(문서 번호1000000022266)를 참조하십시오.

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NovaSeq Xp Kit구성요소각 NovaSeq Xp Kit는 일회용이며 다음 구성요소를 포함합니다. 적절한 성능을 보장하려면 키트를 받은 즉시구성요소를 표시된 온도에 보관하십시오.

수량 키트 구성요소 보관 온도

1 DPX1 -25°C ~ -15°C

1 DPX2 -25°C ~ -15°C

1 DPX3 -25°C ~ -15°C

1 NovaSeq Xp Manifold 키트와 함께 보관하거나 실온에 보관하십시오.

표 8 NovaSeq Xp Kit구성요소

DPX1, DPX2및DPX3시약DPX1, DPX2 및 DPX3은 NovaSeq 워크플로우를 위해 개별 튜브에 제공되는 Xp ExAmp 시약입니다. 이러한시약을 통합하면 플로우 셀에 로드하기 전에 라이브러리 풀과 혼합되는 ExAmp 마스터 믹스가 만들어집니다.

NovaSeq Xp ManifoldNovaSeq Xp Manifold는 라이브러리 풀을 개별 플로우 셀 레인에 직접 로드하도록 NovaSeq Xp 플로우 셀 도크에 배치됩니다. NovaSeq Xp Manifold의 측면에 있는 암은 도크에 손쉽게 배치하도록 설계되었습니다.

NovaSeq Xp Manifold는 2레인 및 4레인 플로우 셀과 일치하도록 2웰 및 4웰 구성으로 제공됩니다. 각 웰은 플로우 셀 레인에 해당합니다. 플로우 셀은 NovaSeq Xp 플로우 셀 도크에 거꾸로 로드되므로 뒤집어진 플로우셀에 지정된 레인 번호와 일치하도록 오른쪽에서 왼쪽으로 웰 번호가 지정됩니다.

그림 8 번호가 지정된 웰이 있는 NovaSeq Xp Manifold

NovaSeq Xp플로우셀도크NovaSeq Xp 플로우 셀 도크는 라이브러리를 플로우 셀에 직접 로드하는 재사용 가능한 액세서리입니다. 플로우 셀은 뒤집어서 도크에 로드되고 NovaSeq Xp Manifold는 플로우 셀 위에 장착됩니다.

2개의 돌출부(브래킷 아래)와 2개의 스프링이 플로우 셀 삽입을 유도하여 적절한 방향을 보장합니다. 컷아웃이 NovaSeq Xp Manifold 암을 적절한 방향으로 유지하고 균일하게 장착합니다. 자석 클램프가 180° 회전하여NovaSeq Xp Manifold를 플로우 셀 위에 고정합니다.

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그림 9 NovaSeq Xp 플로우 셀 도크

A 로드를유도할돌출부(브래킷아래)B 플로우셀을배열할스프링C NovaSeq Xp Manifold 암을유지할컷아웃D 플로우셀및NovaSeq Xp Manifold를고정할클램프

기호설명다음 표에서는 소모품 또는 소모품 패키지에 표시되는 기호를 설명합니다.

기호 설명

소모품이 만료되는 날짜입니다. 최상의 결과를 얻으려면 이 날짜 전에 소모품을 사용하십시오.

제조업체(Illumina)를 나타냅니다.

용도가 연구 전용(RUO: Research Use Only)임을 나타냅니다.

소모품을 식별할 부품 번호를 나타냅니다.¹

소모품이 제조된 배치 또는 로트를 식별할 배치 코드를 나타냅니다.¹

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기호 설명

일련 번호를 나타냅니다.

빛이나 열로부터 보호해야 함을 나타냅니다. 직사광선을 피해서 보관하십시오.

건강에 유해함을 나타냅니다.

유해물 경고를 나타냅니다.

섭씨로 표시되는 보관 온도 범위입니다. 소모품을 표시된 범위 내에 보관하십시오.²

¹ REF는 개별 구성요소를 식별하고 LOT는 구성요소가 속해 있는 로트 또는 배치를 식별합니다.

² 보관 온도는 배송 온도와 다를 수 있습니다.

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3장 시작하기기기 시작 18설정 구성 19사용자가 준비해야 하는 소모품 및 장비 24

기기시작1 기기 뒷면의 토클 전원 스위치를 |(켜짐) 위치로 전환합니다.

그림 10 전원 스위치 위치

2 기기의 오른쪽에 있는 전원 버튼이 파란색으로 켜질 때까지 기다렸다가 누릅니다.

그림 11 전원 버튼 위치

사용자계정NVCS v1.5 이상 버전에는 관리자와 사용자라는 2가지 유형의 계정이 있습니다. 각 유형에 대한 권한이 다음표에 나와 있습니다.

권한 관리자 사용자

시퀀싱 런 설정, 시작 및 모니터링 X X

소프트웨어 다운로드 및 업데이트 X

다른 사용자가 시작한 활성 런의 상태 확인 X

응답하지 않는 UCS 프로세스 종료 X

애플리케이션 데이터 파일은 C:/ProgramData에 저장됩니다. 애플리케이션은 C:/Program Files에 설치됩니다. NVCS는 계정 유형 모두에서 전체 화면 앱으로 실행됩니다.

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시스템로그온1 운영체제가 로드될 때 사이트의 사용자 이름 및 비밀번호를 사용하여 Windows에 로그온합니다.

2 NVCS를 엽니다.소프트웨어가 실행되고 시스템을 초기화합니다. 초기화가 완료되면 Home(홈) 화면이 표시됩니다.

NVCS가 사용자 앱으로 실행됩니다. 소프트웨어 업데이트와 같이 관리자 권한이 필요한 기능을 사용하려고할 때 관리자로 로그인되지 않은 경우 관리자로 로그인하라는 메시지가 표시됩니다.

시퀀싱 런의 진행 상황에 관한 최신 정보를 받으려면 NVCS가 실행 중일 때와 시퀀싱 런이 진행 중일 때 로그인 상태를 유지합니다.

설정구성NVCS에는 다음에 대한 설정이 포함됩니다.

u 런 모드(수동 또는 파일 기반)

u NovaSeq Xp 워크플로우

u BaseSpace Sequence Hub

u 소프트웨어 업데이트

참고소프트웨어업데이트에대한Workflow Selection(워크플로우선택) 또는 Automatic Checks(자동 검사)를구성하기전에Mode Selection(모드 선택)이 구성되어있어야합니다.

런설정모드u Manual(수동) - 나중에 분석할 수 있도록 데이터를 지정된 출력 폴더로 보내는 기본 모드입니다.

u File-Based(파일 기반) - BaseSpace Clarity LIMS 또는 다른 LIMS 시스템의 파일을 사용하여 런 매개변수를 정의하는 대체 모드입니다. 자세한 내용은 20페이지의 LIMS 출력 구성을 참조하십시오.

런 설정 모드를 구성할 때 런 설정 폴더의 기존 위치를 지정해야 합니다. 이 폴더는 필수이며 유효하지 않은위치 메시지는 지정된 위치가 존재하지 않는다는 것을 나타냅니다.

두 런 설정 모드 모두 분석을 위해 데이터를 BaseSpace Sequence Hub로 보내는 옵션이 있습니다.

수동모드구성1 Main Menu(주 메뉴)에서 Settings(설정)를 선택합니다.

Settings(설정) 화면이 열리고 Mode Selection(모드 선택) 탭이 표시됩니다.

2 Manual(수동)을 선택합니다.

3 [옵션] 출력 폴더의 기본 설정 네트워크 위치를 입력하거나 해당 위치로 이동합니다.C:\, D:\ 또는 Z:\ 드라이브에서 위치를 지정하지 마십시오. 그러면 유효하지 않은 드라이브 오류가 발생합니다.이 설정은 기본 위치입니다. 출력 폴더 위치는 런 단위로 변경할 수 있습니다.

4 [옵션] Illumina로 기기 성능 데이터 전송을 선택하여 Illumina Proactive 모니터링 서비스를 활성화합니다.소프트웨어 인터페이스에서의 설정 이름은 사용 중인 NVCS 버전에 따라 이 가이드 상의 이름과 다를 수있습니다.

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이 설정을 켜면 기기 성능 데이터가 Illumina에 전송됩니다. 이 데이터는 Illumina가 문제를 더 쉽게 해결하고 잠재적 장애를 감지하여 사전 예방적 관리를 활성화하고 기기 가동 시간을 극대화하는 데 도움을 줍니다. 이 서비스의 이점에 대한 자세한 내용은 Illumina Proactive 기술 노트(문서 번호 1000000052503)를 참조하십시오.이 서비스는 다음과 같습니다.u 시퀀싱 데이터를 전송하지 않습니다.u 기기가 인터넷 액세스를 통해 네트워크에 연결되어 있어야 합니다.u 기본적으로 사용 설정되어 있습니다. 이 서비스를 사용하지 않으려면 Illumina로 기기 성능 데이터 전

송 설정을 비활성화합니다.

5 Save(저장)를 선택합니다.

파일기반모드구성1 Main Menu(주 메뉴)에서 Settings(설정)를 선택합니다.


2 File-Based(파일 기반)를 선택합니다.

3 LIMS 파일이 있는 런 설정 폴더의 기본 설정 네트워크 위치를 입력하거나 해당 위치로 이동합니다.런을 설정하기 전에 적절한 LIMS 파일이 런 설정 폴더에 추가됩니다. 런 설정 중에 소프트웨어가 라이브러리 튜브 ID 또는 플로우 셀 ID를 사용하여 현재 런에 대한 파일을 찾습니다.

4 [옵션] 출력 폴더의 기본 설정 네트워크 위치를 입력하거나 해당 위치로 이동합니다.C:\, D:\ 또는 Z:\ 드라이브에서 위치를 지정하지 마십시오. 그러면 유효하지 않은 드라이브 오류가 발생합니다.출력 폴더 위치는 런 단위로 변경할 수 있습니다.

5 [옵션] Illumina로 기기 성능 데이터 전송을 선택하여 Illumina Proactive 모니터링 서비스를 활성화합니다.소프트웨어 인터페이스에서의 설정 이름은 사용 중인 NVCS 버전에 따라 이 가이드 상의 이름과 다를 수있습니다.이 설정을 켜면 기기 성능 데이터가 Illumina에 전송됩니다. 이 데이터는 Illumina가 문제를 더 쉽게 해결하고 잠재적 장애를 감지하여 사전 예방적 관리를 활성화하고 기기 가동 시간을 극대화하는 데 도움을 줍니다. 이 서비스의 이점에 대한 자세한 내용은 Illumina Proactive 기술 노트(문서 번호 1000000052503)를 참조하십시오.이 서비스는 다음과 같습니다.u 시퀀싱 데이터를 전송하지 않습니다.u 기기가 인터넷 액세스를 통해 네트워크에 연결되어 있어야 합니다.u 기본적으로 사용 설정되어 있습니다. 이 서비스를 사용하지 않으려면 Illumina로 기기 성능 데이터 전

송 설정을 비활성화합니다.이 옵션을 사용하려면 외부 인터넷에 연결해야 합니다.


LIMS 출력구성시스템이 파일 기반 모드로 구성되어 있고 BaseSpace Clarity LIMS 이외의 LIMS 소프트웨어를 사용하는 경우*.json 형식의 런 설정 파일을 생성하도록 LIMS를 구성합니다. Standard 워크플로우의 경우 파일 이름이 라이브러리 튜브 ID와 일치해야 합니다. 파일의 플로우 셀 ID 필드를 비워둘 수 있습니다. NovaSeq Xp 워크플로우의 경우 파일 이름이 플로우 셀 ID와 일치해야 하고 플로우 셀 ID 및 라이브러리 ID가 파일에 지정되어야 합니다. 파일 이름 및 값은 대소문자를 구분하지 않습니다.

외부 LIMS 소프트웨어는 NovaSeq LIMS API를 사용하여 NovaSeq 6000과 상호작용할 수 있습니다. API 엔드포인트에 대한 자세한 내용은 Illumina 기술 지원에 문의하십시오.

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필드 이름 값

run_name 기본 설정 런 이름(영숫자 문자, 하이픈 및 밑줄을 포함할 수 있음)

run_mode 다음 모드 중 1가지입니다:• SP• S1• S2• S4

workflow_type NoIndex, SingleIndex 또는 DualIndex

librarytube_ ID 라이브러리 튜브의 RFID

rehyb* True 또는 False

sample_ loading_type NovaSeqStandard 또는 NovaSeqXp

Flowcell_ ID 플로우 셀의 ID

paired_end True 또는 False

read1 최대 251까지의 값

read2 최대 251까지의 값

index_read1 모든 값

index_read2 모든 값

output_folder 이스케이프(escape) 시퀀스에 대해 2개의 백슬래시가 있는 출력 폴더의 경로

samplesheet 이스케이프(escape) 시퀀스에 대해 2개의 백슬래시가 있는 샘플 시트 또는 다른*.csv 형식 파일의 경로

use_basespace True 또는 False

basespace_mode RunMonitoringOnly 또는 RunMonitoringAndStorage

use_custom_read1_primer True 또는 False

use_custom_read2_primer True 또는 False

use_custom_ index_read1_primer True 또는 False

* NVCS v1.4.0 이전 버전에서는 재혼성화를 이용할 수 없습니다.

H6655DMXX.json이라는 *.json 파일 예:

{"run_name": "2x151_PhiX","run_mode": "S2","workflow_type": "NoIndex","sample_loading_type": "NovaSeqXp","librarytube_ID": "NV1236655-LIB","flowcell_ID": "H6655DMXX","rehyb": false,"paired_end": true,"read1": 151,"read2": 151,"index_read1": 0,"index_read2": 0,"output_folder": "\\\\sgnt-prd-isi01\\NovaSEQ\\SeqRuns","attachment": "\\\\sgnt-prd-isi01\\NVSQ\\SampleSheet.csv","use_basespace": false,"basespace_mode": null,"use_custom_read1_primer": false,

문서번호 1000000019358 v11 KOR 자료번호 20023471



"use_custom_read2_primer": false,"use_custom_index_read1_primer": false

}

기본인덱스사이클구성표준 워크플로우에 대한 기본 인덱스 사이클 수를 다음과 같이 구성할 수 있습니다.

1 Main Menu(주 메뉴)에서 Settings(설정)를 선택합니다.Settings(설정) 화면이 열리고 Mode Selection(모드 선택) 탭이 표시됩니다.

2 Workflow Selection(워크플로우 선택) 탭을 선택합니다.

3 Index Cycles(인덱스 사이클) 텍스트 상자에 기본 인덱스 사이클 수를 입력합니다.


NovaSeq Standard및NovaSeq Xp워크플로우NovaSeq Standard 워크플로우와 NovaSeq Xp 워크플로우 모두 Illumina 소유의 ExAmp 화학검사를 사용합니다.

u Standard 워크플로우

NovaSeq Standard 워크플로우는 기기에서 온보드로 Illumina 소유의 ExAmp 클러스터 화학검사를 수행하는 중요한 다음 2가지 단계를 자동화합니다.

u ExAmp 마스터 믹스 준비

u 플로우 셀에 마스터 믹스 제공

마스터 믹스의 온보드 준비 및 제공은 사용자 개입을 최소화하고 준비된 믹스의 가변성을 줄여줍니다.

Standard 워크플로우에 대한 런 설정의 일환으로 권장 농도로 변성되고 중화된 라이브러리 풀이 포함된라이브러리 튜브가 클러스터 카트리지의 위치 #8에 삽입됩니다. 런 시작의 후속 단계는 기기에서 온보드로 진행되고 이때 사용자 개입은 필요하지 않습니다. 여기에는 ExAmp 시약을 클러스터 카트리지에서 라이브러리 튜브로 옮기거나 시약 및 라이브러리 풀 믹스를 준비하거나 준비된 믹스를 플로우 셀의 모든 레인으로 보내는 단계가 포함됩니다.

온보드 클러스터링 후 워크플로우 모두에 공통된 일련의 단계가 수행됩니다. 여기에는 조절 믹스를 클러스터링된 플로우 셀에 적용하는 단계와 합성을 통해 시퀀싱용 클러스터를 준비하는 추가 화학검사 단계가 포함됩니다. 조절 믹스는 클러스터링 프로세스 동안 클러스터 카트리지의 시약과 런 설정 중에 삽입된라이브러리 튜브를 사용하여 준비됩니다. 조절 믹스는 NovaSeq 기기에서 클러스터링의 효율성을 높이는데 도움을 줍니다.

u NovaSeq Xp 워크플로우

NovaSeq Xp 워크플로우에서는 NovaSeq Xp 플로우 셀 도크와 플로우 셀별 소모품 키트(NovaSeq Xp 2-Lane Kit 또는 NovaSeq Xp 4-Lane Kit)를 사용하여 다양한 라이브러리 또는 라이브러리 풀을 NovaSeq 플로우 셀의 개별 레인에 로드할 수 있습니다. NovaSeq Xp Kit에는 클러스터링에 필요한 ExAmp 시약과 레인 로드에 필요한 NovaSeq Xp Manifold가 포함되어 있습니다.

ExAmp/라이브러리 믹스를 준비하여 NovaSeq Xp 플로우 셀 도크와 NovaSeq Xp Manifold를 사용해 플로우 셀의 개별 레인에 로드합니다. 자동 액체 핸들러를 사용해 ExAmp/라이브러리 믹스를 준비하고 매니폴드에 제공하여 플로우 셀을 자가 충전할 수 있습니다. 플로우 셀 샘플 로드가 완료되면 빈 라이브러리튜브가 클러스터 카트리지의 위치 #8에 삽입되고, 플로우 셀이 기기에 배치되고, 시퀀싱 런이 시작됩니다.

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런이 시작되면 워크플로우 모두에 공통된 일련의 단계가 수행됩니다. 여기에는 조절 믹스를 클러스터링된 플로우 셀에 적용하는 단계와 합성을 통해 시퀀싱용 클러스터를 준비하는 추가 화학검사 단계가 포함됩니다. 조절 믹스는 클러스터링 프로세스 동안 클러스터 카트리지의 시약을 사용하여 준비되고 런 설정중에 삽입된 빈 라이브러리 튜브에서 혼합됩니다. 조절 믹스는 NovaSeq 기기에서 클러스터링의 효율성을 높이는 데 도움을 줍니다.

NovaSeq Xp워크플로우구성1 Main Menu(주 메뉴)에서 Settings(설정)를 선택합니다.


2 Workflow Selection(워크플로우 선택) 탭을 선택합니다.

3 NovaSeq Xp 워크플로우를 활성화하려면 Enable Workflow Selection(워크플로우 선택 활성화)을 선택합니다.

4 [옵션] NovaSeq Xp를 기본 워크플로우로 만들려면 NovaSeq Xp를 선택합니다.


BaseSpace Sequence Hub구성다음 지침에 따라 BaseSpace Sequence Hub에 대한 기본 설정을 구성하십시오. 런 설정 중에 현재 런에 대해 BaseSpace Sequence Hub를 비활성화하거나 런 모니터링 및 보관에 대한 설정을 변경할 수 있습니다.BaseSpace Sequence Hub에 연결하려면 인터넷 접속이 필요합니다.

1 Main Menu(주 메뉴)에서 Settings(설정)를 선택합니다.Settings(설정) 화면이 열리고 Mode Selection(모드 선택) 탭이 표시됩니다.

2 BaseSpace Sequence Hub 확인란을 선택합니다.

3 다음과 같이 구성 옵션을 선택합니다.u Run Monitoring and Storage(런 모니터링 및 보관) - 원격 모니터링 및 데이터 분석을 위해 런 데이터

를 BaseSpace Sequence Hub에 보냅니다. 이 옵션을 사용하려면 런과 함께 샘플 시트를 업로드해야합니다.

u Run Monitoring Only(런 모니터링만) - 런을 원격으로 모니터링할 수 있도록 InterOp, 로그 및 기타non-CBCL 런 파일을 BaseSpace Sequence Hub에 보냅니다.

4 Hosting Location(호스팅 위치) 드롭다운 메뉴에서 EU(Frankfurt) 또는 USA(N. Virginia)를 선택합니다.이 옵션은 데이터가 업로드되는 위치를 결정합니다.

5 BaseSpace Enterprise 가입자인 경우 다음을 따릅니다.

a Private Domain(비공개 도메인) 확인란을 선택합니다.b BaseSpace Sequence Hub에 대한 Single Sign-On(싱글 사인온)에 사용된 도메인 이름을 입력합니

다.


샘플시트이름NVCS v1.3.1 혹은 이전 버전을 실행할 때 NovaSeq 6000 런과 BaseSpace Sequence Hub에 업로드된 샘플시트의 이름을 SampleSheet.csv(대소문자 구분)로 지정해야 합니다. 샘플 시트의 이름이 잘못 지정되고 RunMonitoring and Storage(런 모니터링 및 보관)가 활성화되면 BaseSpace Sequence Hub는 사용자가 주의하도록 런을 플래그 지정합니다. 플래그가 지정된 런은 More(더보기) | Fix Sample Sheet and Requeue(샘플 시트수정 및 다시 대기열에 추가)를 선택한 다음 해당 샘플 시트를 입력하여 FASTQ 생성을 위해 대기열에 추가할수 있습니다. 샘플 시트가 제공될 때까지는 시퀀싱 데이터를 FASTQ 파일로 변환할 수 없습니다.

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NVCS v1.4 이상 실행 시에는 샘플 시트 이름에 대한 제한이 없습니다.

bcl2fastq2 변환 소프트웨어 v2.19 이상을 사용하여 데이터를 로컬에서 FASTQ 파일로 변환하는 경우에는 명령줄 옵션 --sample-sheet를 사용하여 모든 위치에서 모든 CSV 파일을 지정할 수 있습니다. 명령줄을 사용하면 모든 파일 이름을 사용할 수 있습니다.

소프트웨어업데이트구성소프트웨어 업데이트에 대한 자동 검사는 기본적으로 활성화되어 있습니다. 업데이트 자동 검사를 Settings(설정)에서 비활성화 또는 활성화할 수 있습니다.

1 Main Menu(주 메뉴)에서 Settings(설정)를 선택합니다.

2 Software Update(소프트웨어 업데이트)를 선택합니다.

3 If enabled, the instrument will display a notification when a Software Update is available(활성화된 경우 소프트웨어 업데이트를 이용할 수 있을 때 기기에 알림이 표시됩니다) 확인란을 선택합니다.


사용자가준비해야하는소모품및장비다음의 사용자가 준비해야 하는 소모품 및 장비가 소모품 준비, 시퀀싱 및 시스템 관리에 사용됩니다.

소모품

소모품 공급자 목적

1N NaOH 일반 실험실 공급자 라이브러리 변성을 위해 0.2N으로 희석.

10mM Tris-HCl, pH 8.5 일반 실험실 공급자 변성 전에 라이브러리 및 옵션 PhiX 컨트롤 희석.

400mM Tris-HCl, pH 8.0 일반 실험실 공급자 변성 전에 라이브러리 및 옵션 PhiX 컨트롤 중화.

원심분리 병, 500ml 일반 실험실 공급자 관리세척을 위해 Tween 20 희석.

원심분리 튜브, 30ml 일반 실험실 공급자 관리세척을 위해 NaOCl 희석.

가루가 묻지 않는 일회용 장갑 일반 실험실 공급자 일반 목적.

이소프로필 알코올 수건, 70%또는에탄올 알코올 수건, 70%

VWR, 카탈로그 번호 95041-714또는 이와 동등일반 실험실 공급자

런 전에 구성요소 세척 및 일반 목적.

보풀이 적은 실험실용 티슈 VWR, 카탈로그 번호 21905-026또는 이와 동등

플로우 셀 스테이지 건조 및 일반 목적.

마이크로 원심분리 튜브, 1.5ml VWR, 카탈로그 번호 20170-038또는 이와 동등

NaOH 및 라이브러리 희석 시 용량 혼합.

NaOCl, 5% Sigma-Aldrich, 카탈로그 번호239305

관리세척.

NovaSeq 6000 Reagent Kit Illumina(카탈로그 번호는 10페이지의 키트 개요 참조)

시퀀싱 런 수행.

파이펫 끝, 20μl 일반 실험실 공급자 라이브러리 희석 및 로드를 위한 파이펫팅.



시약 또는 분광 측량용 이소프로필 알코올(99%), 100ml 병

일반 실험실 공급자 정기적으로 광학 구성요소 세척 및 세척 카트리지 지원.

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소모품 공급자 목적

Tween 20 Sigma-Aldrich, 카탈로그 번호P7949

관리세척.

일반 실험실용 순수 일반 실험실 공급자 라이브러리 변성을 위해 NaOH 희석.관리세척을 위해 Tween 20 및 하이포아염소산나트륨 희석.

[NovaSeq Xp 워크플로우] 다음키트 중 1개:• NovaSeq Xp 2-Lane Kit• NovaSeq Xp 4-Lane Kit

Illumina:

• 카탈로그 번호 20021664• 카탈로그 번호 20021665

라이브러리를 플로우 셀에 수동으로 로드.

• SP, S1 및 S2 플로우 셀용 2레인 키트• S4 플로우 셀용 4레인 키트

[NovaSeq Xp 워크플로우] 0.5ml및 1.7ml 튜브

일반 실험실 공급자 ExAmp 혼합을 위해 필요.

[NovaSeq Xp 워크플로우] [옵션] 다음 매니폴드 팩 중 1가지:• NovaSeq Xp 2-Lane Manifold

Pack• NovaSeq Xp 4-Lane Manifold

Pack

Illumina:

• 카탈로그 번호 20021666• 카탈로그 번호 20021667

라이브러리를 플로우 셀에 수동으로 로드하기 위한 예비 Spare NovaSeq Xp Manifold.

[옵션] PhiX Control v3 Illumina, 카탈로그 번호 FC-110-3001

PhiX 컨트롤 spike-in.

Illumina키트의소모품1개의 플로우 셀을 시퀀싱하려면 하나의 NovaSeq 6000 Reagent Kit가 필요합니다. 각 키트는 다음 표에 나와 있는 여러 소모품으로 구성됩니다. 듀얼 플로우 셀 런의 경우 2개의 키트를 사용하십시오.

소모품(각각 1개) 목적

버퍼 카트리지 런을 위한 시퀀싱 버퍼를 제공합니다.

클러스터 카트리지 런을 위한 클러스터링, 인덱싱 및 페어드 엔드 시약을 제공합니다.

플로우 셀 플로우 셀에서 클러스터링 및 시퀀싱 반응이 발생합니다.

SBS 카트리지 런을 위한 시퀀싱 시약을 제공합니다.

라이브러리 튜브 풀링된 라이브러리 및 변성된 라이브러리(고객 제공)를 보관하거나시퀀싱의 클러스터링 효율성을 높이는 조절 믹스를 준비하는 데 사용된 튜브를 비웁니다.

표 9 NovaSeq 6000 Reagent Kit의소모품

NovaSeq Xp 워크플로우에 따라 라이브러리를 플로우 셀에 직접 로드하는 경우 각 시약 키트를 1개의NovaSeq Xp Kit로 보충하십시오. 각 NovaSeq Xp Kit는 다음 소모품으로 구성됩니다.

소모품(각각 1개) 목적

DPX1 ExAmp 마스터 믹스를 준비합니다.

DPX2

DPX3

NovaSeq Xp Manifold 라이브러리를 플로우 셀에 로드합니다.

표 10 NovaSeq Xp Kit의소모품

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일반실험실용순수에대한가이드라인항상 일반 실험실용 순수 또는 탈이온수를 사용하여 기기 절차를 수행하십시오. 수돗물은 사용하지 말고 다음 그레이드의 순수 또는 그와 동등한 순수를 사용하십시오.

u 탈이온수

u Illumina PW1

u 18MΩ 순수

u Milli-Q 순수

u Super-Q 순수

u 분자 생물 실험용 순수

장비

항목 출처

냉동고, -25°C ~ -15°C 일반 실험실 공급자

눈금 실린더, 500ml, 멸균 일반 실험실 공급자

얼음통 일반 실험실 공급자

파이펫, 20µl 일반 실험실 공급자



냉장고, 2°C ~ 8°C 일반 실험실 공급자

튜브, 욕조* 일반 실험실 공급자

[NovaSeq Xp 워크플로우] NovaSeq Xp 플로우 셀 도크 Illumina, 카탈로그 번호 20021663

* 2개의 시약 카트리지와 적절한 수위를 수용할 수 있는 욕조를 사용하십시오(예: 61cm × 91.4cm × 25.4cm).

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4장 Standard워크플로우:소모품준비방법 27라이브러리 가이드라인 27SBS 및 클러스터 카트리지 해동 27사용된 시약병 비우기 28플로우 셀 준비 29시퀀싱을 위해 라이브러리 풀링 및 변성 30

방법샘플 또는 소모품을 준비하기 전에 NVCS 버전이 다음 표에 나와 있는 최소 소프트웨어 요건을 충족하는지확인해야 합니다.

플로우 셀 최소 소프트웨어 버전

SP 1.6

S1 1.3.1

S2 모두

S4 1.2.0

표 11 최소소프트웨어요건

u 필수 소모품 및 장비가 있는지 확인하십시오 24페이지의 사용자가 준비해야 하는 소모품 및 장비를 참조하십시오.

u 소모품을 준비할 때 항상 라벨에서 구성요소 간에 호환이 되는지 확인하십시오. SP, S1, S2 및 S4 구성 요소를 혼합 및 일치시키지 마십시오.

u 지정된 용량, 농도, 온도 및 지속기간을 사용하여 표시된 순서대로 지침을 따르십시오.

u 지침에 중단점이 지정되어 있지 않은 경우 즉시 다음 단계를 진행하십시오.

라이브러리가이드라인모든 지침은 지원되는 라이브러리 프렙 방법에 적용되고 지원되는 NovaSeq 6000 적용 분야에 일반적인 삽입크기를 가정합니다.

u 최상의 결과를 얻으려면 즉각적인 시퀀싱을 위해 라이브러리를 풀링 및 변성합니다.

u 라이브러리를 적용 분야에 적합한 로딩 농도로 희석합니다. 로딩 농도가 너무 낮거나 너무 높으면 필터통과 클러스터의 비율(%PF)에 부정적인 영향을 미칩니다. 낮은 라이브러리 농도는 시퀀싱 중복을 증가시킵니다. 지나치게 높은 라이브러리 농도는 %PF를 압박합니다.

u 최적의 %PF를 달성하려면 정확한 라이브러리 정량화 및 적절한 품질 관리가 필요합니다. 권장사항은 라이브러리 프렙 키트 설명서를 참조하십시오.

SBS 및클러스터카트리지해동1 시퀀싱 런이 진행 중인 경우 해동이 완료되면 기기의 양 측면 모두를 이용할 수 있는지 확인합니다.

2 SBS 및 클러스터 카트리지를 -25°C ~ -15°C 보관장치에서 꺼냅니다.

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3 각 카트리지를 와이어 해동 랙에 놓습니다.랙은 기기와 함께 제공되며 이를 사용하면 욕조에서 뒤집어지는 것을 방지할 수 있습니다.

그림 12 와이어 해동 랙의 카트리지

4 실온 욕조(19°C ~ 25°C)에서 해동합니다.대략 절반 정도 잠기게 합니다.

5 다음 표에 따라 해동 시간을 결정합니다.

주의시약을해동할때뜨거운물을사용하면데이터품질이저하되거나런이실패할수있습니다.

카트리지 해동 시간

SP, S1 및 S2 SBS 카트리지 4시간

SP, S1 및 S2 클러스터 카트리지 최대 2시간

S4 SBS 카트리지 4시간

S4 클러스터 카트리지 최대 4시간

6 종이 타월을 사용하여 카트리지 베이스를 완전히 건조합니다. 모든 물이 제거되도록 웰 사이를 건조합니다.

7 알루미늄 포장지에 물이 있는지 검사합니다. 물이 남아 있는 경우 보풀 없는 티슈로 닦아서 건조합니다.

8 각 카트리지의 아래쪽을 검사하여 저장장치에 얼음이 없는지 확인합니다. 이는 시약이 해동되었음을 나타냅니다.

9 각 카트리지를 10회 뒤집어서 시약을 혼합합니다.

10 벤치에서 각 카트리지의 바닥을 가볍게 두드려서 공기 버블을 줄입니다.

11 4시간 이내에 시약을 기기에 로드할 수 없는 경우 최대 24시간 동안 2°C ~ 8°C에 보관합니다.

사용된시약병비우기다음 지침에 따라 매 시퀀싱 런마다 사용된 시약병을 비우십시오. 시스템이 사용된 시약을 외부로 보내도록구성된 경우 소형 병으로 사용된 시약을 수집하여 각 시퀀싱 런마다 비워야 합니다. 대형 병은 제자리에 있어야 합니다.

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경고이시약에는잠재적으로유해한화학물질이포함되어있습니다. 흡입, 섭취, 피부접촉및눈접촉으로인해신체적상해가발생할수있습니다. 보호안경, 장갑, 실험가운등노출된위험에적합한보호장비를착용하십시오. 사용된시약은화학물질폐기물로취급하고해당지역, 국가, 현지법률및규정에따라폐기하십시오. 환경, 건강, 안전에대한추가정보는 support.illumina.com/sds.html에서 SDS를참조하시기바랍니다.

1 다음과 같이 사용된 소형 시약병을 꺼내서 비웁니다.

a 레버를 올려서 사용된 소형 시약병을 알코브에서 꺼냅니다. 병의 측면을 잡습니다.b 병 앞면에 있는 캡 홀더에서 나사형 캡을 제거합니다.c 쏟아지지 않도록 병 입구를 캡으로 밀봉합니다.d 내용물을 다른 병의 내용물과 분리하여 보관하고 해당 표준에 따라 폐기합니다.e 캡이 없는 병을 알코브에 다시 넣은 다음 레버를 내립니다. 캡을 캡 홀더에 보관합니다.

2 다음과 같이 사용된 대형 시약병을 꺼내서 비웁니다.

a 상단 핸들을 사용하여 사용된 대형 시약병을 버퍼 서랍의 왼쪽에서 꺼냅니다.b 병 앞면에 있는 캡 홀더에서 나사형 캡을 제거합니다.c 쏟아지지 않도록 병 입구를 나사형 캡으로 밀봉합니다.d 해당 표준에 따라 내용물을 폐기합니다. 비울 때 두 핸들을 잡습니다.e 캡이 없는 병을 버퍼 서랍에 다시 넣습니다. 캡을 캡 홀더에 보관합니다.

그림 13 빈 병 반환

3 가루가 묻지 않는 새 장갑을 착용하여 기기 표면의 오염을 방지합니다.

4 버퍼 서랍을 닫은 다음 액체 부분 도어를 닫습니다.

경고사용된시약병을비우지않으면런이종료되고오버플로우가발생하여기기가손상되고안전상의위험이발생할수있습니다.

플로우셀준비1 2°C ~ 8°C 보관장치에서 새로운 플로우 셀 패키지를 꺼냅니다.

문서번호 1000000019358 v11 KOR 자료번호 20023471



http://support.illumina.com/sds.html

2 플로우 셀이 실온에 도달하도록 포장지에 싸인 플로우 셀 패키지를 10~15분 동안 그대로 둡니다.플로우 셀을 패키지에서 꺼낸 후 12시간 이내에 사용합니다.

시퀀싱을위해라이브러리풀링및변성

정규화된라이브러리풀생성다음 지침에 따라 라이브러리를 적절한 농도로 정규화한 다음 풀링하십시오. 동일한 플로우 셀에 시퀀싱된라이브러리는 정규화된 단일 풀에 통합해야 합니다.

1 적용 분야 및 플로우 셀 유형별 일반적인 리드 수와 권장 플렉시티는 다음 표를 참조하십시오.

적용 분야 플로우 셀 유형플로우 셀당 필터 통과 페어드 엔

드 리드 수(B)레인당 라이브러리 수

인간 유전체 SP 1.3~1.6 ~2

S1 2.6~3.2 ~4

S2 6.6~8.2 ~10

S4 16~20 ~24

엑솜 SP 1.3~1.6 ~20

S1 2.6~3.2 ~40

S2 6.6~8.2 ~100

S4 16~20 ~250

전사체 SP 1.3~1.6 ~16

S1 2.6~3.2 ~32

S2 6.6~8.2 ~82

S4 16~20 ~200

표 12 권장라이브러리풀플렉시티

풀링을위한라이브러리정규화1 원하는 최종 로드 농도를 기준으로 필요한 풀링된 라이브러리 농도를 결정합니다.

31페이지의 권장 로드 농도를 참조하십시오.

최종 로드 농도(pM) 풀링된 라이브러리 농도(nM)

100 0.50

150 0.75

200 1

250 1.25

300 1.50

350 1.75

400 2

450 2.25

500 2.50

2 10mM Tris-HCl, pH 8.5를 사용하여 라이브러리를 원하는 풀링된 라이브러리 농도로 정규화합니다.라이브러리를 적절한 농도로 희석하려면 Illumina 웹사이트의 Pooling Calculator(풀링 계산기)를 참조하십시오.

문서번호 1000000019358 v11 KOR 자료번호 20023471



http://support.illumina.com/help/pooling-calculator/pooling-calculator.html

권장로드농도최적의 DNA 로드 농도는 라이브러리 유형과 삽입 크기에 따라 달라집니다. 다음 표에 삽입 크기가 ≤ 450bp이고 Illumina 라이브러리를 기준으로 권장되는 DNA 로드 농도가 나와 있습니다. 삽입 크기가 더 작은 라이브러리는 권장 범위의 하단에 로드하십시오. 삽입 크기가 > 450bp인 라이브러리의 경우 더 높은 로드 농도가필요할 수 있습니다.

참고Illumina 라이브러리프렙이아닌방법을통해생성된라이브러리의경우최적의 %PF를얻기위해처음에특정라이브러리유형의적정을수행하여최적의시딩농도를확보해야할수도있습니다. 최적의로드농도가결정되면앞으로동일한라이브러리유형에적용해야합니다.

라이브러리 유형 최종 로드 농도(pM) 풀링된 로드 농도(nM)

PhiX¹ 250 1.25

DNA PCR-free 라이브러리 풀 175~350 0.875~1.75

DNA PCR로 증폭된 라이브러리 풀 300~600 1.5~3.0

단일 셀² 250~500 1.25~2.5

표 13 Standard워크플로우(소프트웨어버전1.1이상)의권장로드농도

¹ PhiX 전용 런에 해당합니다.

² 단일 셀은 Xp 워크플로우에 대해서만 검증되었습니다.

HiSeq™ X, HiSeq™ 4000 또는 HiSeq™ 3000의 최종 로드 농도를 최적화한 경우 해당 농도의 1.5배를NovaSeq 6000에 사용하십시오. 예를 들어 HiSeq X의 최종 로드 농도가 200pM인 경우 300pM를 NovaSeq6000에 사용합니다.

정규화된라이브러리풀링및옵션PhiX컨트롤추가1 적절한 용량의 정규화된 각 라이브러리를 새로운 마이크로 원심분리 튜브에 혼합하여 다음과 같은 최종

용량 중 1개를 생성합니다.

모드 최종 용량(µ l)

SP/S1 100

S2 150

S4 310

예를 들어 6플렉스 라이브러리 풀 및 S2 모드의 경우 동일한 농도로 정규화된 각 라이브러리의 25µ l를 혼합합니다. 4플렉스 라이브러리 풀 및 S1 모드의 경우 정규화된 각 변성되지 않은 라이브러리의 25µ l를 혼합합니다.

2 [옵션] 풀링되지 않은 나머지 라이브러리를 -25°C ~ -15°C의 온도로 보관합니다.

3 [옵션] 다음과 같이 변성되지 않은 1% PhiX를 spike-in합니다.

a 10mM Tris-HCl, pH 8.5를 사용하여 10nM PhiX를 2.5nM로 희석합니다.b 적절한 용량의 변성되지 않은 2.5nM PhiX를 변성되지 않은 라이브러리 풀의 튜브에 추가합니다.

모드 변성되지 않은 2.5nM PhiX(µ l) 변성되지 않은 라이브러리 풀(µ l)

SP/S1 0.6 100

S2 0.9 150

S4 1.9 310

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PhiX를 spike-in할 때 1%가 균형 잡힌 라이브러리의 권장 용량입니다. 다양성이 낮은 라이브러리가 더 필요할 수 있습니다. PhiX 컨트롤을 다양성이 낮은 라이브러리와 함께 사용하기 위한 지침은 Illumina 기술지원에 문의하십시오.

Fresh NaOH희석액준비시퀀싱을 위해 라이브러리를 변성하려면 Fresh 0.2N NaOH 희석액을 준비하십시오. 작은 파이펫팅 오류가 최종 NaOH 농도에 영향을 미치지 않도록 추가 용량을 준비합니다.

주의새로희석한 0.2N NaOH는 변성프로세스에반드시필요합니다. 변성이적절하지않으면수율이감소할수있습니다.

1 다음 용량을 마이크로 원심분리 튜브에 혼합하여 1N NaOH를 0.2N으로 희석합니다.

시약 1개 플로우 셀의 용량(µ l) 2개 플로우 셀의 용량(µ l)

일반 실험실용 순수 40 80

Stock 1N NaOH 10 20

표 14 SP/S1/S2모드

이러한 용량을 사용하면 1개 플로우 셀의 경우 50µ l 0.2N NaOH, 2개 플로우 셀의 경우 100µ l 0.2N NaOH가 생성됩니다.

시약 1개 플로우 셀의 용량(µ l) 2개 플로우 셀의 용량(µ l)

일반 실험실용 순수 80 160

Stock 1N NaOH 20 40

표 15 S4모드

이러한 용량을 사용하면 1개 플로우 셀의 경우 100µ l 0.2N NaOH, 2개 플로우 셀의 경우 200µ l0.2N NaOH가 생성됩니다.

2 여러 번 뒤집어서 혼합하거나 완전히 흔듭니다. 튜브의 캡을 닫은 상태로 보관하고 12시간 이내에 사용합니다.

라이브러리풀및옵션PhiX컨트롤변성1 다음과 같이 0.2N NaOH를 변성되지 않은 라이브러리 풀 및 옵션 PhiX가 들어있는 튜브에 추가합니다.

플로우 셀0.2NNaOH

변성되지 않은 라이브러리 풀(µ l) 결과 용량

SP/S1 25 100 125µl 또는 125.6µl(PhiX 포함 시)

S2 37 150 187µl 또는 187.9µl(PhiX 포함 시)

S4 77 310 387µl 또는 388.9µl(PhiX 포함 시)

2 캡으로 닫은 다음 가볍게 흔듭니다.

3 280 × g에서 최대 1분 동안 원심분리합니다.

4 실온에서 8분 동안 배양하여 변성합니다.

5 다음과 같이 400mM Tris-HCl, pH 8.0을 추가하여 중화합니다.

모드 400mM Tris-HCl, pH 8.0 (µ l) 결과 용량

SP/S1 25 150µl 또는 150.6µl(PhiX 포함 시)

S2 38 225µl 또는 225.9µl(PhiX 포함 시)

S4 78 465µl 또는 466.9µl(PhiX 포함 시)

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8 변성된 라이브러리의 용량 또는 변성된 라이브러리 및 PhiX의 전체 용량을 NovaSeq 6000 Reagent Kit와함께 제공된 라이브러리 튜브로 옮깁니다.

9 즉시 라이브러리 튜브를 클러스터 카트리지에 로드하고 런을 설정합니다.라이브러리 튜브를 포함한 시약 카트리지는 30분 이내에 기기에 로드해야 합니다.

10 [옵션] 즉시 진행할 수 없다면 라이브러리 튜브를 캡으로 닫고 -25°C ~ -15°C에서 최대 3주 동안 보관합니다. 해동 후에 다시 냉동하지 마십시오.

주의필요한경우에만라이브러리튜브를보관하십시오. -25°C ~ -15°C에서장기간보관하면중복이증가하여수율이감소할수있습니다.

SBS및클러스터카트리지준비1 각 카트리지의 아래쪽을 검사하여 저장장치에 얼음이 없는지 확인합니다. 이는 시약이 해동되었음을 나

타냅니다.



라이브러리튜브로드1 하단의 라이브러리를 방해하지 않으면서 캡이 없는 라이브러리 튜브를 클러스터 카트리지의 Library

Tube(라이브러리 튜브) 위치(#8)에 삽입합니다.

그림 14 위치 #8에 로드된 캡이 없는 라이브러리 튜브

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5장 NovaSeq Xp워크플로우:소모품준비NovaSeq Xp 워크플로우 요약 34방법 35라이브러리 가이드라인 35SBS 및 클러스터 카트리지 해동 35사용된 시약병 비우기 36플로우 셀 준비 37시퀀싱을 위해 라이브러리 풀링, 변성 및 로드 38

NovaSeq Xp워크플로우요약샘플 또는 소모품을 준비하기 전에 NVCS 버전이 다음 표에 나와 있는 최소 소프트웨어 요건을 충족하는지확인해야 합니다.


SP 1.6

S1 1.3.1

S2 모두

S4 1.2.0


참고NVCS는새로운런의시간차시작을지원합니다. 53페이지의시간차런시작을참조하십시오.

NovaSeq Xp 워크플로우의 모든 단계를 지정된 순서로 완료했는지 확인하십시오.

참고1~5단계는동시에완료할수있고 6단계를진행하기전에완료해야합니다.

1 SBS 및 클러스터 카트리지를 해동합니다.

2 사용된 시약병을 비웁니다.

3 라이브러리를 정규화합니다.

4 라이브러리를 풀링하고 옵션 PhiX 컨트롤을 추가합니다.

5 플로우 셀이 실온에 도달하도록 포장지에 싸인 플로우 셀 패키지를 10~15분 동안 그대로 둡니다. 플로우셀을 패키지에서 꺼낸 후 12시간 이내에 사용합니다.

참고6~12단계를지정된순서로완료하십시오.

6 ExAmp 시약을 해동합니다.

7 Fresh NaOH 희석액을 준비합니다.

8 라이브러리 풀을 변성하고 중화합니다.

9 플로우 셀 및 도크를 준비합니다.

10 ExAmp 마스터 믹스를 준비합니다.

11 ExAmp/라이브러리 믹스를 플로우 셀에 로드합니다.

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12 빈 라이브러리 튜브를 클러스터 카트리지의 위치 #8에 로드합니다.

방법u 필수 소모품 및 장비가 있는지 확인하십시오 24페이지의 사용자가 준비해야 하는 소모품 및 장비를 참조

하십시오.

u 기기가 켜져 있고 런을 위한 보관장치 공간이 충분한지 확인하십시오 8페이지의 프로세스 관리를 참조하십시오.

u 워크플로우의 6단계를 시작하기 전에 기기 양 측면에 대한 자동 포스트 런 세척이 완료되었는지 확인하십시오(34페이지의 NovaSeq Xp 워크플로우 요약 참조).

u 소모품을 준비할 때 항상 라벨에서 구성요소 간에 호환이 되는지 확인하십시오. 기기의 한쪽에서 SP, S1,S2 및 S4 구성 요소 또는 2레인 및 4레인 구성 요소를 혼합하지 마십시오.

u 지정된 용량, 온도 및 지속기간을 사용하여 표시된 순서대로 지침을 따르십시오.

u 능동적으로 혼합하지 않을 경우 모든 시약 및 라이브러리를 얼음 위에 놓으십시오.

u 지침에 중단점이 지정되어 있지 않은 경우 즉시 다음 단계를 진행하십시오.

u 2레인 플로우 셀의 시퀀싱을 성공적으로 시작하려면 2개의 레인 모두 채워야 합니다. 4레인 플로우 셀의시퀀싱을 성공적으로 시작하려면 한 레인을 부분적으로 채우거나 비워둘 수 있습니다.

u ExAmp 시약을 수동으로 혼합할 때 결과가 달라지는 가장 일반적인 원인은 전달되는 ExAmp 구성요소의용량이 정확하지 않고 충분히 혼합하지 않기 때문입니다. 충분히 혼합하십시오.

참고라이브러리를플로우셀에로드한후가급적 30분이내에바로시퀀싱런을시작하십시오.

라이브러리가이드라인모든 지침은 지원되는 라이브러리 프렙 방법에 적용되고 지원되는 NovaSeq 6000 적용 분야에 일반적인 삽입크기를 가정합니다.

u 최상의 결과를 얻으려면 시퀀싱 직전에 라이브러리를 풀링 및 변성합니다.

NovaSeq Xp 워크플로우의 경우 시퀀싱할 준비가 될 때까지 ExAmp 마스터 믹스를 준비하지 마십시오.

u 라이브러리를 적용 분야에 적합한 로딩 농도로 희석합니다. 로딩 농도가 너무 낮거나 너무 높으면 필터통과 클러스터의 비율(%PF)에 부정적인 영향을 미칩니다. 낮은 라이브러리 농도는 시퀀싱 중복을 증가시킵니다. 높은 라이브러리 농도는 %PF를 압박할 수 있습니다.

u 최적의 %PF를 달성하려면 정확한 라이브러리 정량화 및 적절한 품질 관리가 필요합니다. 권장사항은 라이브러리 프렙 키트 설명서를 참조하십시오.

u 시퀀싱 런을 설정하기 전에 빈 라이브러리 튜브를 클러스터 카트리지 위치 #8에 로드합니다. 빈 라이브러리 튜브는 플로우 셀에 배포하기 전에 조절 믹스를 준비하는 데 사용됩니다. 조절 믹스는 시퀀싱을 위해 클러스터링 효율성을 높이는 데 도움을 줍니다.

SBS 및클러스터카트리지해동1 시퀀싱 런이 진행 중인 경우 해동이 완료되면 기기의 양 측면 모두를 이용할 수 있는지 확인합니다.

2 SBS 및 클러스터 카트리지를 -25°C ~ -15°C 보관장치에서 꺼냅니다.

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3 각 카트리지를 와이어 해동 랙에 놓습니다.랙은 기기와 함께 제공되며 이를 사용하면 욕조에서 뒤집어지는 것을 방지할 수 있습니다.

그림 15 와이어 해동 랙의 카트리지

4 실온 욕조(19°C ~ 25°C)에서 해동합니다.대략 절반 정도 잠기게 합니다.

5 다음 표에 따라 해동 시간을 결정합니다.

주의시약을해동할때뜨거운물을사용하면데이터품질이저하되거나런이실패할수있습니다.

카트리지 해동 시간

SP, S1 및 S2 SBS 카트리지 4시간

SP, S1 및 S2 클러스터 카트리지 최대 2시간

S4 SBS 카트리지 4시간

S4 클러스터 카트리지 최대 4시간

6 종이 타월을 사용하여 카트리지 베이스를 완전히 건조합니다. 모든 물이 제거되도록 웰 사이를 건조합니다.

7 알루미늄 포장지에 물이 있는지 검사합니다. 물이 남아 있는 경우 보풀 없는 티슈로 닦아서 건조합니다.

8 각 카트리지의 아래쪽을 검사하여 저장장치에 얼음이 없는지 확인합니다. 이는 시약이 해동되었음을 나타냅니다.



11 4시간 이내에 시약을 기기에 로드할 수 없는 경우 최대 24시간 동안 2°C ~ 8°C에 보관합니다.

사용된시약병비우기다음 지침에 따라 매 시퀀싱 런마다 사용된 시약병을 비우십시오. 시스템이 사용된 시약을 외부로 보내도록구성된 경우 소형 병으로 사용된 시약을 수집하여 각 시퀀싱 런마다 비워야 합니다. 대형 병은 제자리에 있어야 합니다.

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1 다음과 같이 사용된 소형 시약병을 꺼내서 비웁니다.

a 레버를 올려서 사용된 소형 시약병을 알코브에서 꺼냅니다. 병의 측면을 잡습니다.b 병 앞면에 있는 캡 홀더에서 나사형 캡을 제거합니다.c 쏟아지지 않도록 병 입구를 캡으로 밀봉합니다.d 내용물을 다른 병의 내용물과 분리하여 보관하고 해당 표준에 따라 폐기합니다.e 캡이 없는 병을 알코브에 다시 넣은 다음 레버를 내립니다. 캡을 캡 홀더에 보관합니다.

2 다음과 같이 사용된 대형 시약병을 꺼내서 비웁니다.

a 상단 핸들을 사용하여 사용된 대형 시약병을 버퍼 서랍의 왼쪽에서 꺼냅니다.b 병 앞면에 있는 캡 홀더에서 나사형 캡을 제거합니다.c 쏟아지지 않도록 병 입구를 나사형 캡으로 밀봉합니다.d 해당 표준에 따라 내용물을 폐기합니다. 비울 때 두 핸들을 잡습니다.e 캡이 없는 병을 버퍼 서랍에 다시 넣습니다. 캡을 캡 홀더에 보관합니다.

그림 16 빈 병 반환

3 가루가 묻지 않는 새 장갑을 착용하여 기기 표면의 오염을 방지합니다.

4 버퍼 서랍을 닫은 다음 액체 부분 도어를 닫습니다.


플로우셀준비1 2°C ~ 8°C 보관장치에서 새로운 플로우 셀 패키지를 꺼냅니다.

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2 플로우 셀이 실온에 도달하도록 포장지에 싸인 플로우 셀 패키지를 10~15분 동안 그대로 둡니다.플로우 셀을 패키지에서 꺼낸 후 12시간 이내에 사용합니다.

시퀀싱을위해라이브러리풀링,변성및로드

ExAmp시약해동1 DPX1, DPX2 및 DPX3 각각의 튜브 1개를 -25°C ~ -15°C 보관장치에서 꺼냅니다.

2 실온에서 10분 동안 해동합니다.

3 얼음 위에 둡니다.

참고개봉하지않은 ExAmp 시약을다시냉동해야하는경우해동후즉시다시냉동하십시오. ExAmp 시약은한번만다시냉동할수있습니다. 잔류시약은냉동하거나혼합해서사용할수없습니다.

정규화된라이브러리풀생성다음 지침에 따라 라이브러리를 적절한 농도로 정규화한 다음 풀링하십시오. 동일한 레인에 시퀀싱된 라이브러리는 단일 풀에 통합해야 합니다. 정규화된 각 풀의 레인당 총 용량은 다음 표에 나와 있습니다. 동일한 풀이 둘 이상의 레인 전반에서 시퀀싱되는 경우 표 17에 있는 값에 레인 수를 곱합니다.

모드 레인당 풀의 총 용량(µ l)

SP/S1 18

S2 22

S4 30

표 17 풀링된라이브러리의총용량

Standard 워크플로우에 집계된 모든 레인과 반대로 Xp 워크플로우의 경우에는 각 레인의 데이터 출력을 가져옵니다. 따라서 Xp 워크플로우의 라이브러리 풀은 Standard 워크플로우보다 라이브러리 수가 더 적습니다.

적용 분야 및 플로우 셀 유형별 일반적인 리드 수와 권장 플렉시티는 다음 표를 참조하십시오.

적용 분야 플로우 셀 유형레인당 필터 통과 페어드 엔드 리

드 수(B)레인당 라이브러리 수

인간 유전체 SP .65–.8 1

S1 1.3~1.6 ~2

S2 3.3~4.1 ~5

S4 4.0~5.0 ~6

엑솜 SP .65–.8 ~10

S1 1.3~1.6 ~20

S2 3.3~4.1 ~50

S4 4.0~5.0 ~62

전사체 SP .65–.8 ~8

S1 1.3~1.6 ~16

S2 3.3~4.1 ~41

S4 4.0~5.0 ~50

표 18 권장라이브러리풀플렉시티

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풀링을위한라이브러리정규화1 원하는 최종 로드 농도를 기준으로 필요한 풀링된 라이브러리 농도를 결정합니다.

39페이지의 권장 로드 농도를 참조하십시오.

최종 로드 농도(pM) 풀링된 라이브러리 농도(nM)

100 0.5

150 0.75

200 1.0

250 1.25

300 1.5

350 1.75

400 2.0

450 2.25

500 2.5

2 10mM Tris-HCl, pH 8.5를 사용하여 라이브러리를 원하는 풀링된 라이브러리 로드 농도로 정규화합니다.라이브러리를 적절한 농도로 희석하려면 support.illumina.com/help/pooling-calculator/pooling-calculator.html에서 Pooling Calculator(풀링 계산기)를 참조하십시오.

권장로드농도최적의 DNA 로드 농도는 라이브러리 유형과 삽입 크기에 따라 달라집니다. 다음 표에 삽입 크기가 ≤ 450bp이고 Illumina 라이브러리를 기준으로 권장되는 DNA 로드 농도가 나와 있습니다. 삽입 크기가 더 작은 라이브러리는 권장 범위의 하단에 로드하십시오. 삽입 크기가 > 450bp인 라이브러리의 경우 더 높은 로드 농도가필요할 수 있습니다.

라이브러리 유형 최종 로드 농도(pM) 풀링된 로드 농도(nM)

PhiX¹ 100 0.5

DNA PCR-free 라이브러리 풀 115~235 0.575~1.175

DNA PCR로 증폭된 라이브러리 풀 200~400 1.0~2.0

단일 셀 175~275 .875~1.375

표 19 권장로드농도

¹ PhiX 전용 런에 해당합니다.

HiSeq™ X, HiSeq™ 4000 또는 HiSeq™ 3000의 로드 농도를 최적화한 경우 해당 농도를 NovaSeq Xp 워크플로우에 사용하십시오. NovaSeq Standard 워크플로우의 로드 농도를 최적화한 경우에는 약 1/3만큼 적은 농도를 NovaSeq Xp 워크플로우에 사용하십시오.

참고라이브러리는최적의리드농도를얻기위해적정해야할수있습니다. 최적의로드농도가결정되면동일한라이브러리유형에적용할수있습니다.

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정규화된라이브러리풀링및옵션PhiX컨트롤추가1 적절한 용량의 정규화된 각 라이브러리를 새로운 마이크로 원심분리 튜브에 혼합하여 레인당 적절한 최

종 용량을 생성합니다.

모드 레인당 풀의 총 용량(µ l)

SP/S1 18

S2 22

S4 30

예를 들어 6플렉스 라이브러리 풀 및 S4 모드의 경우 동일한 농도로 정규화된 각 라이브러리의 5µ l를 혼합합니다.

2 [옵션] 풀링되지 않은 나머지 라이브러리를 -25°C ~ -15°C의 온도로 보관합니다.

3 [옵션] 다음과 같이 변성되지 않은 1% PhiX를 spike-in합니다.

a 10mM Tris-HCl, pH 8.5를 사용하여 10nM PhiX를 0.25nM로 희석합니다.b 적절한 용량의 PhiX를 변성되지 않은 라이브러리 풀의 튜브에 추가합니다.

모드 변성되지 않은 0.25nM PhiX(µ l) 변성되지 않은 라이브러리 풀(µ l)

SP/S1 0.7 18

S2 0.8 22

S4 1.1 30

PhiX를 spike-in할 때 1%가 균형 잡힌 라이브러리의 권장 용량입니다. 다양성이 낮은 라이브러리가 더 필요할 수 있습니다. PhiX 컨트롤을 다양성이 낮은 라이브러리와 함께 사용하기 위한 지침은 Illumina 기술지원에 문의하십시오.

Fresh NaOH희석액준비시퀀싱을 위해 라이브러리를 변성하려면 Fresh 0.2N NaOH 희석액을 준비하십시오. 최종 NaOH 농도에 영향을 미칠 수 있는 파이펫팅 오류를 최소화하려면 플로우 셀당 30µ l 이상의 NaOH 희석액을 준비하십시오. 듀얼플로우 셀 런의 경우 60µ l의 NaOH 희석액을 준비하십시오.

주의새로희석한 0.2N NaOH는 변성프로세스에반드시필요합니다. 변성이적절하지않으면수율이감소할수있습니다.

1 1개 플로우 셀의 경우 다음 용량을 마이크로 원심분리 튜브에 혼합하여 1N NaOH를 0.2N으로 희석합니다.u 일반 실험실용 순수(24µ l)u Stock 1N NaOH(6µ l)이러한 용량을 사용하면 30µ l 0.2N NaOH가 생성됩니다. 2개의 플로우 셀의 경우 용량을 두 배로 하십시오.

2 여러 번 뒤집어서 혼합하거나 완전히 흔듭니다. 튜브의 캡을 닫은 상태로 보관하고 12시간 이내에 사용합니다.

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라이브러리풀및옵션PhiX컨트롤변성1 다음과 같이 0.2N NaOH 를 변성되지 않은 라이브러리 풀 및 옵션 PhiX가 들어있는 튜브에 추가합니다.

모드 0.2N NaOH (µ l) 변성되지 않은 라이브러리 풀(µ l) 결과 용량

SP/S1 4.0 18.0 22.0µl 또는 22.7µl(PhiX 포함 시)

S2 5.0 22.0 27.0µl 또는 27.8µl(PhiX 포함 시)

S4 7.0 30.0 37.0µl 또는 38.1µl(PhiX 포함 시)



4 실온에서 8분 동안 배양하여 변성합니다.

5 다음과 같이 400mM Tris-HCl, pH 8.0을 추가하여 중화합니다.

모드 400mM Tris-HCl, pH 8.0 (µ l) 결과 용량

SP/S1 5.0 27.0µl 또는 27.7µl(PhiX 포함 시)

S2 6.0 33.0µl 또는 33.8µl(PhiX 포함 시)

S4 8.0 45.0µl 또는 46.1µl(PhiX 포함 시)



8 ExAmp 마스터 믹스를 추가할 준비가 될 때까지 변성된 라이브러리를 얼음 위에 보관합니다.

9 [옵션] 즉시 진행할 수 없다면 튜브를 캡으로 닫고 -25°C ~ -15°C에서 최대 3주 동안 보관합니다. 해동 후에 다시 냉동하지 마십시오.

주의필요한경우에만변성된라이브러리풀을보관하십시오. 장기간보관하면중복이증가하여수율이감소할수있습니다.

플로우셀및도크준비1 NovaSeq Xp 플로우 셀 도크를 평평한 표면에 놓습니다. 기기에 로드될 때까지 플로우 셀 레벨을 유지합

니다.

2 도크를 검사하여 미립자가 없는지 확인합니다.

3 가루가 묻지 않는 새 장갑을 착용하여 플로우 셀의 유리 표면에 발생하는 오염을 방지합니다.

4 플로우 셀 알루미늄 패키지를 평평한 표면 위에 놓은 채로 모서리 탭에서 알루미늄을 벗겨냅니다.

5 플로우 셀을 덮고 있는 투명한 플라스틱 리테이너를 제거합니다.

6 패키지에서 플로우 셀을 꺼냅니다. 유리 또는 밑면 개스킷에 닿지 않도록 플로우 셀의 측면을 잡습니다.

7 유리 표면에서 미립자가 보이는 경우 보풀 없는 알코올 수건으로 해당 표면을 닦고 보풀이 적은 실험실용티슈로 건조합니다.

8 패키지를 적절하게 폐기합니다.

참고플로우셀의일부스크래치와기타사소한결함은정상이며데이터품질에영향을미치지않습니다.

9 상단 표면이 아래쪽을 향하도록 플로우 셀을 뒤집습니다.

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10 플로우 셀의 배출구 끝을 브래킷 아래로 밀어서 도크에 배치합니다. 12페이지의 플로우 셀 및 15페이지의 NovaSeq Xp 플로우 셀 도크를 참조하십시오.

그림 17 플로우 셀 배치

11 웰이 위를 향한 상태에서 NovaSeq Xp Manifold를 플로우 셀의 주입구 끝에 로드합니다. NovaSeq XpManifold 암이 도크 컷아웃에 안전하게 배치되었는지 확인합니다.

그림 18 NovaSeq Xp Manifold 배치

A 위를향한NovaSeq Xp Manifold 웰B 도크컷아웃에배치된NovaSeq Xp Manifold 암

12 클램프를 닫아 플로우 셀 및 NovaSeq Xp Manifold를 고정하고 개스킷을 밀봉합니다.

13 라이브러리 풀을 플로우 셀에 로드한 후에 NovaSeq Xp Manifold를 폐기합니다.NovaSeq Xp Manifold는 일회용입니다.

ExAmp마스터믹스준비ExAmp 마스터 믹스를 준비할 때 필수 용량의 최소 두 배가 들어 있는 마이크로 원심분리 튜브를 사용하십시오.

u 2레인 플로우 셀의 경우 0.5ml 또는 1.7ml 튜브를 사용하십시오.

u 4레인 플로우 셀의 경우 1.7ml 튜브를 사용하십시오.

ExAmp 시약을 수동으로 혼합할 때 결과가 달라지는 가장 일반적인 원인은 전달되는 용량이 정확하지 않고충분히 혼합하지 않기 때문입니다. 충분히 혼합하십시오.

1 뒤집거나 가볍게 흔들어서 DPX1 및 DPX2를 혼합합니다.

2 DPX3을 가볍게 흔들어서 혼합합니다.ExAmp 시약이 보관장치에서 분리될 수 있습니다. DPX2 및 DPX3은 점성이 있습니다. DPX3은 높은 점성으로 인해 뒤집으면 쉽게 혼합되지 않습니다.

3 DPX1, DPX2 및 DPX3을 가볍게 원심분리합니다.

4 다음 용량을 적합한 마이크로 원심분리 튜브에서 지정된 순서대로 혼합합니다.

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추가 순서 시약* 2레인 플로우 셀의 용량(SP/S1/S2)(µ l) 4레인 플로우 셀(S4)의 용량(µ l)

1 DPX1 126 315

2 DPX2 18 45

3 DPX3 66 165

*DPX 시약 튜브에는 색상이 코딩될 수 있습니다(DPX1, DPX2, DPX3가 각각 빨간색, 노란색, 파란색). 튜브 캡을 교체할 때, 색상 코딩이 유지되도록

주의하십시오.

이러한 용량을 혼합하면 SP, S1 또는 S2 모드를 위한 210µ l ExAmp 마스터 믹스 또는 S4 모드를 위한525µ l 마스터 믹스가 만들어집니다. 이러한 용량은 해당 모드에 충분합니다. 라이브러리를 플로우 셀에로드할 때 발생하는 파이펫팅 오류 추가 용량이 포함됩니다.

5 버블이 생기지 않도록 천천히 파이펫팅하고 분주하여 전체 용량이 팁에서 배출되는지 확인합니다.

6 20~30초 동안 또는 완전히 혼합될 때까지 vortex합니다.

참고ExAmp 마스터믹스는흔들어도안정적입니다.

혼합물이 흐려 보일 수 있지만 이는 정상입니다.


8 최상의 시퀀싱 성능을 얻으려면 즉시 다음 단계로 이동합니다. 필요 시 마스터 믹스의 이상적인 보관은얼음 위에서 최대 1시간입니다. 실온에서 보관하는 경우 30분 이내에 사용하십시오.

플로우셀에라이브러리로드최상의 결과를 얻으려면 다음을 따르십시오.

u 로드된 플로우 셀을 실온에서 관리하십시오. 냉각하거나 얼음 위에 놓지 마십시오.

u 배양 시간이 연장되면 필터 통과 클러스터의 비율(%PF)이 감소할 수 있습니다.

u 라이브러리 풀을 플로우 셀에 로드한 후 30분 이내에 런을 시작하십시오.

u ExAmp/라이브러리 믹스를 즉각 사용하면 최상의 결과가 나옵니다.

1 다음과 같이 ExAmp 마스터 믹스를 변성된 각 라이브러리 풀에 추가한 다음 20~30초 동안 흔들어서 혼합합니다.튜브 스트립을 사용하는 경우 파이펫을 사용하여 균일해질 때까지 혼합합니다.

모드 변성된 라이브러리 풀(µ l) ExAmp 마스터 믹스(µ l) 결과 용량(µ l)

SP/S1 27 63 90

S2 33 77 110

S4 45 105 150


3 p200µ l 파이펫을 사용하여 해당 용량의 ExAmp/라이브러리 혼합물을 각 NovaSeq Xp Manifold 웰에 추가합니다.u 버블이 생기지 않도록 샘플을 천천히 로드하십시오.u 라이브러리 풀 혼합물을 의도한 레인에 해당하는 웰에 추가했는지 확인하십시오.u 파이펫으로 추가할 때 웰 하단의 필터에 닿지 않도록 하십시오.u 혼합물을 나머지 매니폴드 웰에 추가하기 전에 레인이 완전히 채워질 때까지 기다리지 않아도 됩니

다.

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모드 웰당 라이브러리/ExAmp 혼합물(µ l)

SP/S1 80

S2 95

S4 130

번호가 지정된 NovaSeq Xp Manifold 웰이 플로우 셀 레인의 번호와 일치합니다. 플로우 셀이 뒤집어지면레인 번호도 반대로 지정됩니다.

그림 19 뒤집어진 레인 번호 지정

4 ExAmp/라이브러리 혼합물을 모든 매니폴드 웰에 추가한 후 혼합물이 각 레인의 반대쪽에 도달할 때까지약 2분 동안 기다립니다.레인의 배출구에 작은 공기 버블이 생기는 것은 정상입니다. 레인이 채워진 후에 소량의 혼합물이 매니폴드 웰에 있을 수 있습니다.

주의레인이채워졌는지확인하거나버블이있는지확인할때플로우셀을기울이지마십시오. 기울이면ExAmp/라이브러리혼합물이플로우셀에서누출될수있습니다. 레인이완전히채워지지않은경우수정하려고시도하지마십시오. 부분적으로채워진레인의데이터수율이감소할수있습니다. 플로우셀에서샘플을회수하지마십시오.

참고운반할때플로우셀을기울이지마십시오.

SBS및클러스터카트리지준비1 각 카트리지의 아래쪽을 검사하여 저장장치에 얼음이 없는지 확인합니다. 이는 시약이 해동되었음을 나

타냅니다.



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빈라이브러리튜브로드1 NovaSeq 6000 Reagent Kit와 함께 제공된 라이브러리 튜브의 캡을 제거합니다.

2 캡이 없는 빈 라이브러리 튜브를 클러스터 카트리지의 Library Tube(라이브러리 튜브) 위치(#8)에 삽입합니다.RFID 스캔 및 온보드 시약 혼합을 위해 빈 라이브러리 튜브가 있어야 합니다. 라이브러리 튜브 바코드는LIMS 파일에 지정된 바코드에 대해 검증되지 않습니다. RFID를 검증하여 튜브가 사용되지 않았는지 확인합니다.

그림 20 위치 #8에 로드된 캡이 없는 라이브러리 튜브

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6장 시퀀싱시퀀싱 런 설정 46런 진행 상황 모니터링 52시간차 런 시작 53런 삭제 53위치 #30 분리 54자동 포스트 런 세척 54

시퀀싱런설정Illumina는 NVCS가 실행 중일 때와 시퀀싱 런이 진행 중일 때 로그인 상태를 유지할 것을 권장합니다.

1 기기 표면에서 모든 항목을 꺼냅니다.시퀀싱 런 중에 표면을 깨끗하게 유지하고 기기에 기대어 두지 마십시오. 플로우 셀 도어에 압력을 가하면 도어가 열려서 런이 중단될 수 있습니다. 중단된 런은 다시 시작할 수 없습니다.

참고새로운런의시간차시작이지원됩니다. 시간차시작타이머는시간차런을시작할수있는시간을나타냅니다. 자세한내용은 53페이지의시간차런시작을참조하십시오.

2 Home(홈) 화면에서 Sequence(시퀀스)를 선택한 다음 단일 플로우 셀 런 또는 듀얼 플로우 셀 런을 선택합니다.u A+B - 듀얼 플로우 셀 런을 설정합니다.u A - 측면 A에서 단일 플로우 셀 런을 설정합니다.u B - 측면 B에서 단일 플로우 셀 런을 설정합니다.소프트웨어가 Load(로드)부터 시작하여 일련의 런 설정 화면을 시작합니다.

3 OK(확인)를 선택하여 경고를 확인하고 플로우 셀 도어를 엽니다.

기기에플로우셀로드1 플로우 셀이 있는 경우 이전 런에서 플로우 셀을 꺼냅니다.

2 플로우 셀 스테이지에서 미립자가 보이면 알코올 수건으로 광학 배열 타겟의 유리 표면과 유체 접점을 포함한 전체 스테이지를 닦습니다. 보풀 없는 티슈로 건조합니다.

그림 21 플로우 셀 스테이지

3 [Standard 워크플로우] 다음과 같이 패키지에서 플로우 셀을 꺼냅니다.

a 가루가 묻지 않는 새 장갑을 착용하여 플로우 셀의 유리 표면에 발생하는 오염을 방지합니다.b 패키지를 평평한 표면 위에 놓은 채로 모서리 탭에서 알루미늄을 벗겨냅니다.c 플로우 셀을 덮고 있는 투명한 플라스틱 리테이너를 제거합니다.

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d 패키지에서 플로우 셀을 꺼냅니다. 유리 또는 밑면 개스킷에 닿지 않도록 플로우 셀의 측면을 잡습니다.

e 유리 표면에서 미립자가 보이는 경우 보풀 없는 알코올 수건으로 해당 표면을 닦고 보풀이 적은 실험실용 티슈로 건조합니다.

f 패키지를 적절하게 폐기합니다.

참고플로우셀의일부스크래치와기타사소한결함은정상이며데이터품질에영향을미치지않습니다.

4 [NovaSeq Xp 워크플로우] 다음과 같이 도크에서 플로우 셀을 언로드합니다.

a 플로우 셀 및 매니폴드를 고정하는 클램프를 엽니다.b 액체가 플로우 셀에 떨어지지 않도록 매니폴드를 조심스럽게 꺼내서 폐기합니다.c 액체가 플로우 셀에 떨어지면 보풀 없는 알코올 수건으로 닦고 보풀 없는 실험실용 티슈로 건조합니

다.d 플로우 셀의 측면을 잡아 도크에서 꺼냅니다. 플로우 셀 레벨을 유지합니다.e 개스킷에 잔류 물질이 있는 경우 보풀 없는 티슈로 4개의 플로우 셀 개스킷을 닦아서 건조합니다. 개

스킷에 닿지 않도록 하십시오.f 상단 표면이 위를 향하도록 긴 축을 중심으로 플로우 셀을 뒤집습니다.

그림 22 긴 축을 중심으로 플로우 셀 뒤집기

g 도크를 보관장치에 다시 넣기 전에 검사하여 미립자가 없는지 확인합니다.

5 플로우 셀을 4개의 올려진 클램프 위에 배열하고 플로우 셀 스테이지에 놓습니다.

그림 23 클램프에 맞게 배열된 로드된 플로우 셀

6 Close Flow Cell Door(플로우 셀 도어 닫기)를 선택합니다.플로우 셀 도어를 닫고 센서 및 RFID를 확인하면 플로우 셀 ID가 화면에 표시됩니다.

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SBS및클러스터카트리지로드

참고NovaSeq Xp 워크플로우의경우클러스터카트리지를로드하기전에캡이없는빈라이브러리튜브가카트리지에로드되었는지확인하십시오.

1 액체 부분 도어를 연 다음 시약 냉각기 도어를 엽니다.

2 사용된 SBS 및 클러스터 카트리지를 꺼냅니다.사용된 카트리지의 알루미늄 포장지에는 구멍이 뚫려 있습니다.

3 해당 표준에 따라 사용하지 않은 내용물을 폐기합니다.클러스터 카트리지의 위치 #30을 안전하게 폐기하려면 54페이지의 위치 #30 분리를 참조하십시오.

4 삽입 라벨이 기기 뒷면을 향하도록 준비된 카트리지를 시약 냉각기 서랍에 로드합니다.u SBS 카트리지(회색 라벨)를 왼쪽 위치에 배치합니다.u 캡이 없는 라이브러리 튜브가 포함된 클러스터 카트리지(주황색 라벨)를 오른쪽 위치에 배치합니다.

그림 24 로드된 시약 카트리지

5 서랍을 냉각기 안으로 넣은 다음 시약 냉각기 도어를 닫습니다.센서 및 RFID를 확인합니다. 라이브러리 튜브와 2가지 카트리지의 ID가 화면에 표시됩니다.

버퍼카트리지로드1 금속 핸들을 당겨 버퍼 서랍을 엽니다.

2 사용된 버퍼 카트리지를 버퍼 서랍의 오른쪽에서 꺼냅니다.사용된 버퍼 카트리지의 알루미늄 포장지에는 구멍이 뚫려 있습니다.

3 Illumina 라벨이 서랍 앞면을 향하도록 새 버퍼 카트리지를 버퍼 서랍에 넣습니다. 서랍 바닥 및 측면에 있는 올려진 가이드에 맞게 카트리지를 배열합니다.제대로 로드되면 버퍼 카트리지가 균일하게 장착되고 서랍을 닫을 수 있습니다.

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그림 25 버퍼 카트리지 로드

4 사용된 두 시약병을 모두 비워진 경우 사용된 시약병이 모두 비어 있음을 나타내는 확인란을 선택합니다.


5 사용 가능한 버튼을 선택하십시오.u Log In(로그인) - Log In(로그인) 화면을 열어 BaseSpace Sequence Hub에 로그인합니다. BaseSpace

Sequence Hub 로그인에 따라 진행합니다.u Run Setup(런 설정) - BaseSpace Sequence Hub를 건너뛰고 Run Setup(런 설정) 화면을 열어 런 매

개변수를 입력합니다. 49페이지의 런 매개변수 입력에 따라 진행합니다.사용 가능한 버튼은 시스템이 BaseSpace Sequence Hub에 맞게 구성되었는지에 따라 달라집니다.

BaseSpace Sequence Hub로그인NVCS를 열면 BaseSpace Sequence Hub의 기본 작업 그룹이 작업 그룹으로 선택됩니다. 기본값을 지정하지않은 경우 개인 작업 그룹이 선택됩니다.

1 [옵션] 현재 런의 BaseSpace Sequence Hub 설정을 업데이트합니다.u BaseSpace Sequence Hub를 비활성화하려면 BaseSpace Sequence Hub 확인란을 지운 다음

Run Setup(런 설정)을 선택하여 로그인하지 않고 계속 진행합니다.u 원격 모니터링 및 데이터 분석을 위해 런 데이터를 BaseSpace Sequence Hub에 보내려면

Run Monitoring and Storage(런 모니터링 및 보관)를 선택합니다. 이 옵션을 사용하려면 샘플 시트가필요합니다.

u InterOp 파일, runinfo.xml 및 runParameters.xml을 BaseSpace Sequence Hub에 보내서 런을 원격으로 모니터링하려면 Run Monitoring Only(런 모니터링만)를 선택합니다.

2 BaseSpace Sequence Hub 사용자 이름 및 비밀번호를 입력한 다음 Sign In(로그인)을 선택합니다.

3 메시지가 표시되면 런 데이터를 업로드할 작업 그룹을 선택한 다음 Run Setup(런 설정)을 선택합니다.여러 작업 그룹에 속해 있는 경우에만 메시지가 표시됩니다.

런매개변수입력1 NovaSeq Xp 워크플로우가 활성화된 경우 워크플로우 유형을 선택합니다.

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u NovaSeq Xp를 선택한 경우 빈 라이브러리 튜브가 로드되는지 확인합니다.u NovaSeq Standard를 선택한 경우 샘플이 라이브러리 튜브에 로드되는지 확인합니다.

2 Run Name(런 이름) 필드에 현재 런을 식별할 기본 설정 이름을 입력합니다.런 이름은 영숫자 문자, 하이픈 및 밑줄을 포함할 수 있습니다.

3 시퀀싱 런에서 각 리드 및 인덱스 길이에 대한 사이클 수를 입력합니다.최대 인덱스 사이클 수는 없지만 리드 사이클 수와 인덱스 사이클 수의 합은 키트에 대한 사이클 수보다적어야 합니다.u Read 1(리드 1)—300개 사이클 키트의 경우 사이클 값으로 최대 151을 입력하고 500개 사이클 키트

의 경우 최대 251을 입력합니다.u Index 1(인덱스 1)—인덱스 1(i7) 프라이머에 대한 사이클 수를 입력합니다.u Index 2(인덱스 2)—인덱스 2(i5) 프라이머에 대한 사이클 수를 입력합니다.u Read 2(리드 2)—300개 사이클 키트의 경우 사이클 값으로 최대 151을 입력하고 500개 사이클 키트

의 경우 최대 251을 입력합니다. 이 값은 일반적으로 리드 1 값과 동일합니다.

참고리드 1및리드 2에서분석되는사이클수는입력한값보다 1이적습니다. 예를들어페어드엔드 150사이클런(2× 150bp 런)을 수행하려면리드 1및리드 2에대한사이클값으로 151을입력합니다.

입력된 4개값의합이선택된시약키트에표시된사이클수를초과할수있습니다. 즉 페어드엔드런의경우최대 23개사이클, 단일리드런의경우최대 30개사이클을초과할수있습니다.

4 Advanced Options(고급 옵션)를 확장하여 현재 런에 대한 설정을 적용합니다.달리 명시되지 않는 한 이 설정은 옵션입니다.u Custom Primers(사용자지정 프라이머) - Custom Primers(사용자지정 프라이머) 확인란을 선택한 다

음 해당 확인란을 선택합니다.u Read 1(리드 1) - 리드 1에 사용자지정 프라이머를 사용합니다.u Read 2(리드 2) - 리드 2에 사용자지정 프라이머를 사용합니다.u Custom Index(사용자지정 인덱스) - 인덱스 1에 사용자지정 프라이머를 사용합니다.

u Output Folder(출력 폴더) - Browse(찾아보기)를 선택하여 현재 런의 출력 폴더를 변경합니다. 런이BaseSpace Sequence Hub에 연결되지 않은 경우 보관을 위해 출력 폴더가 필요합니다.

u Samplesheet(샘플 시트) - Browse(찾아보기)를 선택하여 런 모니터링 및 보관을 위해 BaseSpaceSequence Hub를 사용할 때 필요한 샘플 시트를 업로드하거나 기타 CSV 파일을 업로드합니다. CSV파일은 출력 폴더에 복사되고 런 매개변수에는 영향을 미치지 않습니다.

u Custom Recipe(사용자지정 레시피) - Custom Recipe(사용자지정 레시피)를 선택한 다음 Browse(찾아보기)를 선택하여 이 런에 XML 형식의 사용자지정 레시피를 사용합니다.

참고사용자지정레시피에서클러스터링단계수정은지원되지않습니다.

5 Review(검토)를 선택합니다.소프트웨어는 지정된 매개변수가 레시피에 적합한지 확인합니다.

런매개변수확인1 Review(검토) 화면에 표시된 런 매개변수를 확인합니다.

2 [옵션] Back(뒤로)을 선택하여 Run Setup(런 설정) 화면으로 돌아가서 런 매개변수를 편집합니다.

3 Start Run(런 시작)을 선택합니다.프리 런 검사가 자동으로 시작됩니다.

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프리런검사검토1 프리 런 검사가 완료될 때까지 5분 동안 기다립니다.

성공적으로 완료되면 런이 자동으로 시작됩니다.

참고하드드라이브가가득차지않게하려면런시작후에데이터를C:\에복사하지마십시오.

2 플로우 셀 미감지와 같은 센서 오류로 인해 프리 런 검사에 실패하면 워크플로우를 종료하고 다시 시작해야 합니다.

3 기타 프리 런 검사 실패의 경우 Retry(재시도)를 선택하여 실패한 검사를 다시 시작하거나 Retry All(모두재시도)을 선택하여 모든 검사를 다시 시작합니다.오류는 런을 시작하기 전에 해결해야 합니다. 문제 해결 정보는 60페이지의 프리 런 검사 오류를 참조하십시오.

4 Error(오류) 아이콘을 선택하여 오류 세부정보를 확인합니다.

5 배열 검사에 실패하는 경우 다음과 같이 오류를 해결합니다.

a Reload(다시 로드)를 선택한 다음 OK(확인) 를 선택하여 Load(로드) 화면으로 돌아가는지 확인합니다.

b 기기 상단에서 모든 항목을 제거한 다음 OK(확인)를 선택합니다.c 플로우 셀을 다시 로드한 다음 Run Setup(런 설정)을 선택합니다.d 각 화면을 계속하여 각 RFID를 다시 읽고 Pre-Run Checks(프리 런 검사) 화면으로 돌아갑니다.e 다시 검사합니다.

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런진행상황모니터링1 측정지표가 화면에 표시될 때 런 진행 상황, 강도 및 퀄리티 스코어(Q-score)를 모니터링합니다.

런 측정지표에 대한 자세한 내용은 64페이지의 실시간 분석을 참조하십시오.

그림 26 시퀀싱 런 진행 상황 및 측정지표

A Time to completion(완료 시간) - 런완료날짜및시간(yyyy-mm-dd hh:mm)입니다.B Run progress(런 진행상황) - 현재의런단계입니다. 진행률표시줄의크기가각단계의런비율에비례하

지않습니다.C Q-score - 퀄리티스코어(Q-score)의 분포입니다.D Intensity(강도) - 각타일에대한 90백분위수의클러스터강도값입니다. 플롯색상은빨간색및녹색채

널을나타냅니다.E Clusters passing filter (%)(필터통과클러스터(%)) - 필터통과클러스터의비율입니다.F Estimated yield (Gb)(예상 수율(Gb)) - 런에예상되는베이스의수입니다.G Q30 - 런의베이스콜중퀄리티스코어(Q-score)가 ≥ 30인베이스콜의비율입니다.

참고NVCS가실행중일때종료또는재시작되는경우사용자는종료또는재시작이진행되기전에이작업을확인해야합니다.

런측정지표소프트웨어는 런 동안 생성된 측정지표를 표시합니다. 측정지표는 RTA3에 의해 생성되고 InterOp 파일에 기록된 데이터에 따라 플롯, 그래프, 표 형식으로 표시됩니다.

클러스터링은 약 2시간이 소요되므로 시퀀싱은 사이클 1로 시작합니다. 측정지표는 시퀀싱이 진행됨에 따라업데이트됩니다. 필터 통과 클러스터, 수율 및 퀄리티 스코어(Q-score)는 사이클 26 이후에 제공됩니다,

처리상태Process Management(프로세스 관리) 화면에는 각 런의 상태가 나와 있습니다. Main Menu(주 메뉴)에서Process Management(프로세스 관리)를 선택합니다.

각 런 이름에 대해 Process Management(프로세스 관리)에 다음 프로세스의 상태가 나열됩니다.

u Run Status(런 시작) - CBCL 파일의 처리를 기반으로 합니다.

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u Network(네트워크) - Universal Copy Service를 사용한 파일 전송을 기반으로 합니다.

u BaseSpace - BaseSpace Sequence Hub에 대한 파일 업로드를 기반으로 합니다(해당되는 경우).

프로세스가 완료되면 녹색 확인표시가 나타납니다. 자세한 내용은 8페이지의 프로세스 관리를 참조하십시오.

시간차런시작런이 기기의 한 측면에서 진행 중일 때 유휴 상태인 다른 측면에서 런을 설정하고 시작할 수 있습니다. 이를시간차 시작이라고 합니다. 시간차 런은 다음 시작 카운트다운 타이머 상태에 표시되는 대로 런 동안 특정 시간에 설정됩니다.

u Run Start: Available(런 시작: 이용 가능) - 현재 시간차 시작을 이용할 수 있습니다. 시간차 시작을 이용할수 없게 되면 날짜와 시간이 표시됩니다. 현재 사이클이 완료된 후 새로운 시간차 런을 시작하려면Sequence(시퀀스)를 선택합니다.

u Run Start: Unavailable(런 시작: 이용 불가) - 현재 시간차 시작을 이용할 수 없습니다. 기기의 다른 측면에서 시간차 시작을 이용할 수 있게 되면 날짜와 시간이 표시됩니다.

u Waiting...(대기 중) - 시간차 시작을 이용할 수 없을 때 새로운 런이 시도되면 상태가 Waiting(대기 중)으로 변경되고 기기가 새로운 런을 시작할 준비가 되는 대략적인 시간이 표시됩니다. 시간차 시작을 이용할수 있을 때 기기가 런 설정을 계속 진행합니다.

새로운 런을 설정하면 소프트웨어가 필요에 따라 실행 중인 플로우 셀에서 런을 자동으로 일시중지한 후 다시 시작합니다. 일시중지되면 시스템이 안전한 상태가 됩니다.

절차1 Home(홈) 화면에서 Sequence(시퀀스)를 선택한 다음 A 또는 B를 선택합니다.

선택한 측면이 현재 유휴 상태인 측면이어야 합니다.

2 현재 실행 중인 플로우 셀의 런이 일시중지될 때까지 기다립니다. 새로운 런을 취소하고 일시중지되지 않도록 하려면 Cancel(취소)을 선택합니다.실행 중인 런이 클러스터 생성, 페어드 엔드 재합성, 이미징 또는 세척을 수행하는 경우 소프트웨어가 일시중지되기 전에 현재 단계를 완료합니다.

3 실행 중인 런이 일시중지되고 플로우 셀 도어가 열리는 경우 새로운 런을 설정합니다.새로운 런이 시작되면 일시중지된 런이 자동으로 다시 시작되고 새로운 런이 시작됩니다.

런삭제데이터 전송이 완료되면 Process Management(프로세스 관리)에서 현재 런을 삭제하여 후속 런을 위한 공간을 비울 수 있습니다. 런을 삭제하면 시스템 관리 파일을 삭제하거나 네트워크에 영향을 미치거나BaseSpace Sequence Hub 복사본에 영향을 미치지 않고 CE 및 C:\가 지워집니다. 시퀀싱하는 런은 삭제할수 없습니다.

1 Main Menu(주 메뉴)에서 Process Management(프로세스 관리)를 선택합니다.

2 [옵션] 런의 각 프로세스에 데이터 전송이 완료되었음을 나타내는 녹색 확인표시가 표시되는지 확인합니다.네트워크 또는 BaseSpace Sequence Hub로의 전송이 완료되지 않은 런은 삭제할 수 있지만 모든 런 데이터가 손실됩니다.

3 Delete Run(런 삭제)을 선택한 다음 Yes(예)를 선택하여 확인합니다.

4 Done(완료)을 선택합니다.

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위치 #30분리클러스터 카트리지의 위치 #30에 있는 저장장치에 포름아미드가 포함되어 있습니다. 이는 사용된 클러스터카트리지에서 제거하여 별도로 폐기됩니다.


1 장갑을 착용한 상태에서 Detach after use(사용 후 분리)라고 라벨 표시된 흰색 플라스틱 탭을 오른쪽으로 누릅니다.

2 저장장치 아래 손이나 단단한 표면을 놓고 투명한 플라스틱 탭을 Illumina 라벨을 향해 눌러 클러스터 카트리지 아래에서 저장장치를 해제합니다.

참고보관할때클러스터카트리지를적재하지않게하십시오. 적재하면저장장치가실수로분리될수있습니다.

그림 27 제거 가능 위치 #30

A 분리할흰색플라스틱탭B 해제할투명한플라스틱탭

3 해당 표준에 따라 저장장치를 폐기합니다.

자동포스트런세척시퀀싱이 완료되면 소프트웨어에서 자동 포스트 런 세척이 시작되어 약 80분 동안 수행됩니다. 위치 #17에서0.24% 하이포아염소산나트륨(NaOCl)이 펌핑되어 0.12%로 희석됩니다. 0.12% NaOCl는 플로우 셀을 통해ExAmp 시약 및 라이브러리 위치로 펌핑된 후에 사용된 시약병으로 펌핑됩니다. 교차 오염을 방지하기 위해세척 시 시스템의 템플릿이 플러시됩니다.

세척이 완료되면 시스템이 안전한 상태가 되고 Home(홈) 버튼이 활성화됩니다. 다음 런까지 소모품을 제자리에 두십시오. 세척 후 시퍼는 SBS 및 클러스터 카트리지에 그대로 유지되어 시스템에 공기가 유입되는 것을 방지합니다. 사용된 시약병이 비워질 수 있도록 버퍼 카트리지의 시퍼를 들어 올립니다.

참고자동포스트런세척중에오류가발생하고포스트런세척이불완전한경우관리세척이필요합니다.

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7장 관리예방 관리 55관리세척 55소프트웨어 업데이트 58

예방관리Illumina는 매년 예방 관리 서비스를 예약할 것을 권장합니다. 서비스 계약을 체결하지 않은 경우 해당 지역계정 관리자 또는 Illumina 기술 지원에 문의하여 유료 예방 관리 서비스를 예약하십시오.

관리세척소프트웨어는 다음 시점에 관리세척하라는 메시지를 표시합니다.

u 지난 14일 동안 포스트 런 세척을 수행한 4레인 런이 없었던 경우

u 지난 14일 동안 관리 세척이 없었던 경우

u 포스트 런 세척이 실패하거나 불완전한 경우

관리세척 시 사용자가 준비한 Tween 20 및 NaOCl의 희석액을 사용하여 시스템을 플러시합니다. 희석액은 세척 카트리지에서 플로우 셀, 사용된 시약병 및 각 카트리지 저장장치로 펌핑되어 모든 시퍼를 세척합니다. 세척 시간은 약 80분입니다.

관리세척하려면 사용된 버퍼 카트리지 및 SBS 세척 카트리지, 클러스터 세척 카트리지, 기기와 함께 제공된 4레인 세척 플로우 셀(또는 사용된 4레인 플로우 셀)이 필요합니다. 시약 카트리지와 마찬가지로 세척 카트리지는 로딩 오류를 방지하기 위해 색상 코딩됩니다. SBS 세척 카트리지에는 Tween 20 희석을 위한 중앙 웰이있습니다. NaOCl 희석액이 클러스터 세척 카트리지의 저장장치에 추가됩니다.

그림 28 SBS 세척 카트리지(왼쪽) 및 클러스터 세척 카트리지(오른쪽)

세척용액준비1 400ml 일반 실험실용 순수를 500ml 원심분리 튜브에 추가합니다.

2 0.2ml 100% Tween 20을 추가하여 400ml 이상의 0.05% Tween 20 세척 용액을 생성합니다.새로 준비된 Tween 20 희석액을 사용하면 생체 오염물질이 유체 시스템에 유입되지 않습니다.

3 뒤집어서 혼합합니다.

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4 SBS 세척 카트리지 중앙 웰의 뚜껑을 제거합니다.

5 세척 용액을 중앙 웰에 추가합니다. 최소 필수 용량을 나타내는 라인까지 채웁니다.다른 저장장치는 비워 둡니다.

그림 29 MIN FILL VOLUME(최소 채우기 용량) 라인까지 채운 중앙 웰

6 다음 용량을 30ml 원심분리 튜브에 혼합하여 20ml의 0.25% NaOCl를 준비합니다.u 5% NaOCl(1ml)u 탈이온수(19ml)

7 뒤집어서 혼합합니다.

8 5ml 0.25% NaOCl를 클러스터 세척 카트리지에 추가합니다.위치는 주황색 원 안에 Fill(채우기)이라고 표시됩니다. 다른 모든 저장장치는 비워 둡니다.

그림 30 0.25% NaOCl의 위치

세척플로우셀로드1 기기 표면에서 모든 항목을 꺼냅니다.

관리세척 중에 표면을 깨끗하게 유지하고 기기에 기대어 두지 마십시오. 플로우 셀 도어에 압력을 가하면도어가 열려서 세척이 중단될 수 있습니다.

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2 Home(홈) 화면에서 Wash(세척)를 선택한 다음 세척할 측면을 선택합니다.u A+B - 양 측면을 동시에 세척합니다.u A - 측면 A만 세척합니다.u B - 측면 B만 세척합니다.소프트웨어가 일련의 세척 화면을 표시합니다.

참고한쪽측면에대한관리세척은다른측면이유휴상태이거나 SBS리드사이클을수행하는동안에만시작할수있습니다. NVCS시간차시작시간은기기를사용하여새로운런또는세척을시작할수있는지를나타냅니다. 53페이지의시간차런시작을참조하십시오.

3 OK(확인)를 선택하여 경고를 확인하고 플로우 셀 도어를 엽니다.

4 세척 플로우 셀 또는 사용된 4레인 플로우 셀이 이미 있는 경우 1개를 로드합니다.

5 Close Flow Cell Door(플로우 셀 도어 닫기)를 선택합니다.도어를 닫고 센서 및 RFID를 확인하면 플로우 셀 ID가 화면에 표시됩니다.

세척카트리지로드세척 카트리지는 관리세척에 필요합니다. 사용된 SBS 및 클러스터 카트리지를 사용하지 마십시오.

1 액체 부분 도어를 연 다음 시약 냉각기 도어를 엽니다.

2 사용된 SBS 및 클러스터 시약 카트리지를 꺼냅니다. 해당 표준에 따라 사용하지 않은 내용물을 폐기합니다.클러스터 카트리지의 위치 #30을 안전하게 폐기하려면 54페이지의 위치 #30 분리를 참조하십시오.

3 삽입 라벨이 기기 뒷면을 향하도록 세척 카트리지를 시약 냉각기 서랍에 로드합니다.u SBS 카트리지(회색 라벨)를 왼쪽 위치에 배치합니다.u 클러스터 카트리지(주황색 라벨)를 오른쪽 위치에 배치합니다.

4 서랍을 냉각기 안으로 넣은 다음 시약 냉각기 도어를 닫습니다.센서가 확인되면 각 카트리지에 대한 RFID를 스캔하여 화면에 표시합니다.

5 버퍼 서랍을 엽니다.

6 아직 없는 경우 사용된 버퍼 카트리지를 로드합니다.

사용된시약병비우기다음 지침에 따라 매 관리세척마다 사용된 시약병을 비우십시오. 시스템이 사용된 시약을 외부로 보내도록구성된 경우에도 소형 병으로 사용된 시약을 수집하고 대형 병은 제자리에 있어야 합니다.

경고이시약에는잠재적으로유해한화학물질이포함되어있습니다. 흡입, 섭취, 피부접촉및눈접촉으로인해신체적상해가발생할수있습니다. 보호안경, 장갑, 실험가운등노출된위험에적합한보호장비를착용하십시오. 사용된시약은화학물질폐기물로취급하고해당지역, 국가, 현지법률및규정에따라폐기하십시오. 환경, 건강, 안전에대한추가정보는 support.illumina.com/sds.html에서SDS를참조하시기바랍니다.

1 사용된 소형 시약병을 꺼내서 해당 표준에 따라 내용물을 폐기합니다. 내용물을 다른 병의 내용물과 분리하여 보관합니다.

2 사용된 소형 시약 용기를 알코브에 다시 넣습니다.

3 사용된 대형 시약병을 꺼내서 해당 표준에 따라 내용물을 폐기합니다.

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4 사용된 대형 시약병을 버퍼 서랍에 다시 넣습니다.

5 가루가 묻지 않는 새 장갑을 착용합니다.

6 버퍼 서랍을 닫은 다음 액체 부분 도어를 닫습니다.센서 및 RFID를 확인합니다. 각 세척 구성요소의 ID가 화면에 표시됩니다.

세척시작1 사용된 시약병이 모두 비었음을 확인하는 확인란을 선택한 다음 Start Wash(세척 시작)를 선택합니다.

세척이 시작되고 예상 세척 완료 시간이 표시됩니다.

경고사용된시약병을비우지않으면세척이종료되고오버플로우가발생하여기기가손상되고안전위험이야기될수있습니다.

2 세척이 완료되면 Home(홈)을 선택합니다.

3 다음 런까지 소모품을 제자리에 두십시오.시퍼는 SBS 및 클러스터 카트리지에 그대로 유지되어 시스템에 공기가 유입되는 것을 방지합니다. 사용된 시약병이 비워질 수 있도록 버퍼 카트리지의 시퍼를 들어 올립니다.

소프트웨어업데이트소프트웨어 업데이트는 NVCS v1.4 이상에 제공됩니다. 소프트웨어 업데이트는 NVCS에서 다운로드하여 설치할 수 있습니다. 소프트웨어 업데이트에 대한 자동 검사는 기본적으로 활성화되어 있습니다. 자동 업데이트는 Settings(설정)에서 활성화 또는 비활성화할 수 있습니다.

참고

소프트웨어 업데이트를 확인하고 다운로드하려면 NovaSeq 6000이 인터넷에 연결되어 있어야 합니다.

자동 업데이트는 24시간마다 확인됩니다. 업데이트가 있으면 Main Menu(주 메뉴)에 알림이 표시됩니다. 업데이트 알림은 모든 사용자에게 표시되지만 관리자만 업데이트를 다운로드하여 설치할 수 있습니다.

NovaSeq Xp 워크플로우의 경우 샘플 또는 소모품을 준비하기 전에 NVCS 버전이 다음 표에 나와 있는 최소소프트웨어 요건을 충족하는지 확인해야 합니다.


SP 1.6

S1 1.3.1

S2 모두

S4 1.2.0


참고시퀀싱런, 세척또는런설정이진행중이거나출력폴더또는 BaseSpace Sequence Hub로파일을옮기는중인경우에는소프트웨어를업데이트할수없습니다. NovaSeq Xp 워크플로우가진행중인경우라이브러리가플로우셀에로드되고시퀀싱이완료될때까지기다렸다가소프트웨어를업데이트하십시오.

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업데이트를 수동으로 확인하거나 업데이트를 다운로드하여 설치하려면 다음을 따르십시오.

1 Main Menu(주 메뉴)에서 Software Update(소프트웨어 업데이트)를 선택합니다.사용 가능한 업데이트에 대한 릴리스 노트가 나와 있는 소프트웨어 업데이트 화면이 표시됩니다. 소프트웨어 업데이트에 대한 자동 확인이 활성화되지 않은 경우 업데이트를 수동으로 확인하거나 자동 확인을활성화할 수 있습니다.

2 업데이트를 다운로드하여 설치하려면 확인란을 선택하여 다운로드 및 설치에 약 30분이 소요된다는 것을 확인합니다.

3 Download and Install(다운로드 및 설치)을 선택합니다.다운로드가 완료되면 NVCS가 닫히고 설치 프로그램이 실행됩니다. 설치 프로그램 지침에 따라 설치를완료하십시오.다운로드 또는 설치 중에 오류가 발생하면 Illumina 기술 지원에 문의하십시오.

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부록 A문제해결문제 해결 리소스 60문제 해결 파일 60프리 런 검사 오류 60프로세스 관리 문제 해결 61클러스터링 전 런 실패 61런 종료 62기기 종료 63

문제해결리소스기술 관련 문제는 Illumina 웹사이트의 NovaSeq 6000 Sequencing System 지원 페이지를 참조하십시오. 지원페이지에서 설명서, 다운로드 및 FAQ에 액세스할 수 있습니다. 지원 게시판에 액세스하려면 MyIllumina 계정에 로그인하십시오.

런 품질 또는 성능 문제는 Illumina 기술 지원에 문의하십시오. 79페이지의 기술 지원을 참조하십시오. 문제 해결을 원활하게 진행하려면 BaseSpace Sequence Hub의 런 요약 링크를 Illumina 기술 지원과 공유하십시오.

문제해결파일

주요 파일 폴더 설명

런 정보 파일(RunInfo.xml)

Root 폴더 다음과 같은 런 설정이 포함되어 있습니다.• 런의 사이클 수• 런의 리드 수• 리드가 인덱싱되었는지 여부• 플로우 셀의 스와스 및 타일 수

런 매개변수 파일(RunParameters.xml)

Root 폴더 일련 번호, 로트 번호, 만료 날짜, 카탈로그 번호와 같은 RFID 정보를 포함하여런 매개변수 및 런 구성요소에 관한 런 이름 및 정보가 있습니다.

InterOp 파일(*.bin) InterOp 시퀀싱 분석 뷰어에 사용된 바이너리 보고 파일입니다.InterOp 파일은 전체 런 동안 업데이트됩니다.

로그 파일 Logs 로그 파일에는 사용된 시약을 포함해 각 사이클에 대해 기기에서 수행되는 각단계가 설명되어 있고 런과 함께 사용된 소프트웨어 및 펌웨어 버전이 나와 있습니다. [InstrumentName]_CurrentHardware.csv 파일에는 기기 구성요소의 일련 번호가 나와 있습니다.

프리런검사오류프리 런 검사 중에 오류가 발생하는 경우 다음 조치를 취하여 해결하십시오. 듀얼 플로우 셀 런을 설정한 경우 한 쪽이 실패하면 실패한 쪽은 취소하고 통과한 쪽을 진행할 수 있습니다.

프리 런 검사에 실패하는 경우 플로우 셀, 시약 및 버퍼의 RFID가 잠금 설정되지 않으므로 소모품을 후속 런에 사용할 수 있습니다. 런이 시작되면 시퍼가 시약 카트리지에서 알루미늄 포장을 뚫고 모든 RFID가 잠금 설정됩니다.

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https://support.illumina.com/sequencing/sequencing_instruments/novaseq-6000.html

시스템 검사 실패 이유 권장 조치

센서 부분 도어가 열려 있거나 소모품이 제대로 로드되지 않았거나 1개 이상의 센서가 작동하지않습니다.

Retry(재시도)를 선택하고 화면 프롬프트에 따라 오류를 해결합니다.

디스크 공간 지정된 출력 폴더 위치가 가득 차서 디스크 공간이 충분하지 않습니다.

Process Management(프로세스 관리) 화면을 사용하여지정된 출력 폴더 위치에서 디스크 공간을 지웁니다.

시스템 연결 RTA3 연결, 유체 시스템 연결 또는 기타 연결이 중단되었습니다.

Retry(재시도)를 선택하고 화면 프롬프트에 따라 오류를 해결합니다.

배열 플로우 셀의 위치가 이미징을 방해합니다. 화면 프롬프트에 따라 플로우 셀을 다시 로드합니다.

누출트레이누출 트레이는 누출된 시약 또는 냉각수를 수집하고 사용된 시약병에서 오버플로우를 수집하기 위해 기기의베이스에 내장됩니다. 정상 조건에서는 누출 트레이가 건조한 상태입니다. 누출 발생은 기기에 문제가 있음을 의미하며 사용된 시약병을 정기적으로 비우지 않으면 오버플로우가 발생합니다.

프리 런 검사 동안 센서는 누출 트레이에 액체가 있는지를 감지합니다.

u 누출 트레이에 액체가 있지만 가득 차지 않은 경우 런을 진행할 수는 있지만 Illumina 기술 지원에 문의해야 합니다 79페이지의 기술 지원을 참조하십시오.

u 누출 트레이가 가득 차면 런을 진행할 수 없으므로 Illumina 기술 지원에 문의해야 합니다.

경고매런마다사용된시약병을비우십시오. 사용된시약병이가득차면런이중단됩니다. 사용된시약병중1개에서오버플로우가발생하면기기가손상되고 Illumina 담당자가사이트를방문해야하며안전상의위험이발생합니다.

프로세스관리문제해결다음 표에는 Process Management(프로세스 관리) 화면의 N/A 아이콘에 대한 문제 해결 옵션이 나와 있습니다.

u N/A 아이콘은 BaseSpace 열에 표시되고 런이 BaseSpace Sequence Hub에 업로드하도록 구성되어 있습니다.

u N/A 아이콘이 Network(네트워크) 열에 표시되고 런이 네트워크에 출력 폴더를 업로드하도록 구성되어 있습니다.

런 상태 문제 해결 조치

런이 진행 중입니다. Process Management(프로세스 관리) 화면을 닫고 약 5분 후에 화면을 다시 엽니다.

런이 진행 중이 아닙니다.

기기를 종료했다가 다시 시작한 다음 Process Management(프로세스 관리) 화면을 다시 엽니다.

문제 해결 조치를 완료한 후에도 N/A 아이콘이 계속 표시되는 경우 Illumina 기술 지원에 문의하십시오. 79페이지의 기술 지원을 참조하십시오.

클러스터링전런실패클러스터링이 시작되기 전에 소프트웨어에서 런을 실패하는 경우 새로운 런을 위해 시약 카트리지, 라이브러리 튜브(샘플 포함) 및 플로우 셀(즉시 다시 사용되는 경우)을 저장할 수 있습니다. 클러스터링이 시작되면 시퍼가 알루미늄 포장을 뚫고 시약이 라이브러리 튜브 및 플로우 셀로 전달되므로 소모품 라이브러리를 다른런에 재사용할 수 없습니다.

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실패한 런에서 저장된 시약 카트리지, 라이브러리 튜브 및 플로우 셀을 사용하여 새 런을 설정하는 두 가지옵션이 있습니다.

u Set up a new run immediately(즉시 새로운 런 설정) - 런 실패 후 4시간 이내에 새로운 런을 설정합니다.시약 카트리지, 라이브러리 튜브 및 플로우 셀이 로드된 상태로 유지됩니다.

참고NovaSeq Xp 워크플로우에서최적의결과를얻으려면가능한한빨리새로운런을시작하십시오.

u Set up a new run later(추후에 새로운 런 설정) - 런 실패 후 3주 이내에 새로운 런을 설정합니다. 시약 카트리지 및 라이브러리 튜브가 기기에서 언로드되어 저장됩니다. 저장된 소모품은 날짜로 라벨을 표시하고 원래 상태로 보관해야 합니다.

참고플로우셀은다시사용할수없으므로폐기해야합니다. 교체플로우셀을구하려면 Illumina 기술지원에문의하십시오.

즉시새로운런설정실패한 런에서 NovaSeq Xp 워크플로우를 사용한 경우 최적의 결과를 얻으려면 가능한 한 빨리 새로운 런을시작하십시오.

1 런이 실패하고 기기의 다른 측면이 유휴 상태인 경우 기기를 재부팅합니다. 그러지 않으면 Home(홈)을선택합니다.

2 새로운 런을 설정합니다.

3 현재 플로우 셀을 그대로 유지합니다.

4 시약 냉각기 도어 및 버퍼 서랍을 열었다가 닫아서 NVCS가 시약 카트리지 RFID를 다시 읽도록 합니다.카트리지, 라이브러리 튜브 및 플로우 셀은 런 실패 후 최대 4시간 동안 기기에 그대로 유지될 수 있습니다.

5 필요 시 사용된 시약병을 비우고 기기에 넣습니다.

6 런 설정을 계속 진행합니다.

추후에새로운런설정1 런이 실패하면 Home(홈)을 선택합니다.

2 새로운 런 또는 관리세척을 설정하여 기기에서 소모품을 꺼냅니다.

3 메시지가 표시되면 다음 소모품을 꺼내서 보관합니다.u 라이브러리 튜브를 캡으로 닫아서 -25°C ~ -15°C에 최대 3주 동안 보관합니다.u SBS 및 클러스터 카트리지를 -25°C ~ -15°C 보관장치에 넣습니다.u 버퍼 카트리지를 빛으로부터 보호되는 실온 보관장치에 넣습니다.구멍이 뚫리지 않은 경우 카트리지를 새로운 런에서 다시 사용할 수 있습니다.

4 End(종료)를 선택하여 런 또는 관리세척을 취소한 다음 Yes(예)를 선택하여 명령을 확인합니다.관리세척을 취소하지 않고 완료할 수 있습니다.

런종료NovaSeq 6000 시스템에서 런을 종료하는 것은 최종 단계입니다. 소프트웨어는 런을 다시 시작하거나 시퀀싱데이터를 저장할 수 없으며 소모품은 다시 사용할 수 없습니다.

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1 End(종료)를 선택한 다음 Yes(예)를 선택하여 명령을 확인합니다.런이 리드 1 이후에 종료되면 소프트웨어는 자동 포스트 런 세척을 시작합니다.

2 메시지가 표시되면 다음 세척 옵션 중에서 선택합니다.u End Run Without Wash(세척 없이 런 종료) - 런을 종료하고 관리세척을 시작합니다.u End Run and Wash(런 종료 및 세척) -런을 종료하고 자동 포스트 런 세척을 시작합니다.u Cancel(취소) - 현재 런을 계속합니다.런이 클러스터링 완료 및 리드 1 완료 사이에 종료되면 소프트웨어는 세척 옵션을 표시합니다. 그러지 않으면 소프트웨어는 자동 포스트 런 세척을 시작합니다.

3 End Run Without Wash(세척 없이 런 종료)를 선택한 경우 소프트웨어 프롬프트에 따라 관리세척을 설정합니다.

기기종료기기를 종료하면 모든 소프트웨어 및 시스템이 안전하게 종료되고 기기 전원이 꺼집니다. 상태 표시줄이 녹색에서 흰색으로 희미해지면서 종료가 진행 중임을 나타냅니다.

정상 상황에서는 기기를 종료할 필요가 없습니다.

NVCS가 실행 중일 때 종료 또는 재시작되는 경우 사용자는 종료 또는 재시작이 진행되기 전에 이 작업을 확인해야 합니다.

1 Main Menu(주 메뉴)에서 Shutdown Instrument(기기 종료)를 선택합니다.

2 화면에 아무 내용도 나타나지 않으면 기기 뒷면의 토글 전원 스위치를 꺼짐 위치로 전환합니다.

3 60초 이상 기다린 후에 기기를 다시 켭니다.

주의기기의위치를변경하지마십시오. 잘못이동하면광학배열에영향을미치고데이터무결성을해칠수있습니다. 위치변경에관한도움을얻으려면 Illumina 담당자에게문의하십시오.

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부록 B 실시간분석실시간 분석 개요 64실시간 분석 워크플로우 66

실시간분석개요NovaSeq 6000 Sequencing System은 기기 CE(Compute Engine: 컴퓨팅 엔진)에서 실시간 분석 소프트웨어인 RTA3을 실행합니다. RTA3은 카메라에서 받은 이미지에서 강도를 추출하고, 베이스 콜링을 수행하며, 퀄리티 스코어(Q-score)를 베이스 콜에 할당하고, PhiX에 맞게 배열하고, 시퀀싱 분석 뷰어에서 볼 수 있도록InterOp 파일에 데이터를 보고합니다.

처리 시간을 최적화하기 위해 RTA3은 정보를 메모리에 저장합니다. RTA3이 종료되면 처리가 다시 시작되지않고 메모리에서 처리 중인 모든 런 데이터는 상실됩니다.

RTA3 inputsRTA3은 처리를 위해 로컬 시스템 메모리에 포함된 타일 이미지가 필요합니다. RTA3은 NVCS에서 런 정보 및명령을 수신합니다.

RTA3출력각 컬러 채널의 이미지는 메모리에서 RTA3에 타일로 전달됩니다. 이러한 이미지에 대해 RTA3은 퀄리티 스코어(Q-score) 베이스 콜 파일 및 필터 파일을 출력합니다. 기타 모든 출력은 출력 파일을 지원합니다.

파일 유형 설명

베이스 콜 파일 분석되는 각 타일이 연결된 베이스 콜(*.cbcl) 파일에 포함됩니다. 동일한 레인 및 표면의 타일은 각 레인 및 표면에 대한 1 *.cbcl 파일에 집계됩니다.

필터 파일 각 타일은 클러스터가 필터를 통과하는지를 지정하는 필터 파일(*.filter)을 생성합니다.

클러스터 위치 파일 클러스터 위치(*.locs) 파일에는 타일의 모든 클러스터에 대한 X,Y 좌표가 포함됩니다. 클러스터 위치 파일은 각 런마다 생성됩니다.

출력 파일은 BaseSpace Sequence Hub에서 다운스트림 분석에 사용됩니다. 또는 FASTQ 변환 및 타사 분석솔루션에 대해 bcl2fastq 변환 소프트웨어를 사용하십시오. NovaSeq 파일은 bcl2fastq2 변환 소프트웨어v2.19 이상이 필요합니다. bcl2fastq2의 최신 버전을 이용하려면 Illumina 웹사이트에서 bcl2fastq 다운로드 페이지를 방문하십시오.

RTA3은 타일, 사이클 및 리드 수준 측정지표를 포함하는 바이너리 출력인 InterOp 파일로 저장된 런 품질에대한 실시간 측정지표를 제공합니다. 시퀀싱 분석 뷰어를 사용하여 실시간 측정지표를 보려면 InterOp 파일이 필요합니다. 시퀀싱 분석 뷰어의 최신 버전을 이용하려면 Illumina 웹사이트에서 시퀀싱 분석 뷰어 다운로드 페이지를 방문하십시오.

오류처리RTA3은 로그 파일을 생성하고 이를 Logs 폴더에 작성합니다. 오류는 *.log 파일 형식의 텍스트 파일로 기록됩니다.

처리가 끝나면 다음 로그 파일이 최종 출력 대상으로 전송됩니다.

u info_00000.log 파일에는 중요한 런 이벤트가 요약되어 있습니다.

u error_00000.log 파일에는 런 중에 발생한 오류가 나와 있습니다.

u warning_00000.log 파일에는 런 중에 발생한 경고가 나와 있습니다.

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https://support.illumina.com/sequencing/sequencing_software/bcl2fastq-conversion-software/downloads.html

https://support.illumina.com/sequencing/sequencing_software/bcl2fastq-conversion-software/downloads.html

http://support.illumina.com/sequencing/sequencing_software/sequencing_analysis_viewer_sav/downloads.html

http://support.illumina.com/sequencing/sequencing_software/sequencing_analysis_viewer_sav/downloads.html

플로우셀타일타일은 플로우 셀의 작은 이미징 영역입니다. 카메라는 각 스와스마다 1개의 이미지를 촬영하며 소프트웨어는 RTA3 처리를 위해 이를 타일로 나눕니다. 총 타일 수는 플로우 셀에 이미지로 만들어지는 레인, 스와스(swath) 및 표면의 수에 따라 달라집니다.

u SP 플로우 셀에는 총 312개의 타일이 있습니다.

u S1 플로우 셀에는 총 624개의 타일이 있습니다.



플로우 셀 구성요소 SP S1 S2 S4 설명

레인 2 2 2 4 레인은 입력 및 출력 포트가 있는 물리적 채널입니다.

표면 1 2 2 2 S1, S2 및 S4 플로우 셀은 상단과 하단의 2개 표면에 이미지로 만들어집니다 . 타일의 상단 표면이 먼저 이미지로 만들어집니다. SP 플로우 셀은 하단 표면에만 이미지로 만들어집니다.

레인당 스와스 2 2 4 6 스와스(swath)는 카메라가 1개의 이미지로 캡처하는 플로우셀 레인의 컬럼입니다.

스와스(swath)당 타일 78 78 88 78 타일은 스와스(swath)의 한 부분으로 플로우 셀에 이미지로만들어진 영역을 나타냅니다.

생성된 총 타일 312 624 1408 3744 레인 × 표면 × 스와스(swath) × 스와스당 타일이 총 타일 수와 동일합니다.

표 21 플로우셀타일

타일이름지정타일 이름은 플로우 셀에서 타일 위치를 나타내는 5자리 숫자입니다. 예를 들어 파일 이름1_1205는 레인 1, 상단 표면, 스와스(swath) 2, 타일 5를 나타냅니다.

u 첫 번째 숫자는 레인 번호입니다.u SP, S1 또는 S2 플로우 셀의 경우 1 또는 2입니다.u S4 플로우 셀의 경우 1, 2, 3 또는 4입니다.

u 두 번째 숫자는 표면을 나타냅니다. 상단은 1이고 하단은 2입니다.

SP 플로우 셀의 경우 하단 표면만 있으므로 두 번째 숫자는 항상 2입니다.

u 세 번째 숫자는 스와스(swath) 번호를 나타냅니다.u SP 또는 S1 플로우 셀의 경우 1 또는 2입니다.u S2 플로우 셀의 경우 1, 2, 3 또는 4입니다.u S4 플로우 셀의 경우 1, 2, 3, 4, 5 또는 6입니다.

u 마지막 두 자리는 타일 번호를 나타냅니다. 번호는 플로우 셀의 배출구 끝에서 01로 시작되고 주입구 끝에서 88 또는 78까지 지정됩니다.u SP, S1 또는 S4 플로우 셀의 경우 01에서 78까지입니다.u S2 플로우 셀의 경우 01부터 88까지입니다.

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실시간분석워크플로우등록 각 클러스터의 위치를 패턴화된 플로우 셀에 기록합니다.

강도 추출 각 클러스터의 강도 값을 결정합니다.

페이싱 수정 페이싱 및 예비 페이싱의 효과를 수정합니다.

베이스 콜링 모든 클러스터의 베이스 콜을 결정합니다.

퀄리티 스코어(Q-score) 모든 베이스 콜에 퀄리티 스코어(Q-score)를 할당합니다.

등록이미지를 등록하면 패턴화된 플로우 셀의 나노웰 육각 어레이에 배열됩니다. 나노웰의 배열 순서가 지정되어있으므로 타일의 각 클러스터에 대한 X 및 Y 좌표가 미리 결정됩니다. 클러스터 위치는 각 런의 클러스터 위치(s.locs) 파일에 작성됩니다.

사이클의 모든 이미지에 대한 등록이 실패하면 해당 사이클의 타일에 대한 베이스 콜이 생성되지 않습니다.등록에 실패한 이미지를 식별하려면 시퀀싱 분석 뷰어를 사용하십시오.

강도추출등록 후 강도 추출은 특정 이미지에서 각 나노웰의 강도 값을 계산합니다. 등록에 실패하면 해당 타일의 강도를 추출할 수 없습니다.

페이싱수정시퀀싱 반응 동안 클러스터의 각 DNA 나선이 사이클당 1베이스씩 연장됩니다. 페이싱 및 예비 페이싱은 나선이 현재 통합 사이클에서 이탈하면 발생합니다.

u 페이싱은 베이스가 뒤처지면 발생합니다.

u 예비 페이싱은 베이스가 앞으로 나아가면 발생합니다.

그림 31 페이싱 및 예비 페이싱

A 페이싱중인베이스가있는리드B 예비페이싱중인베이스가있는리드

RTA3은 전체 런 동안 모든 사이클에서 데이터 품질을 극대화하는 페이싱 및 예비 페이싱 효과를 수정합니다.

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베이스콜링베이스 콜링은 특정 사이클에 지정된 타일의 모든 클러스터에 대한 베이스(A, C, G 또는 T)를 결정합니다.NovaSeq 6000 Sequencing System은 4개의 DNA 베이스에 대한 데이터를 인코딩하기 위해 2개의 이미지인빨간색 채널의 이미지와 녹색 채널의 이미지가 필요한 2채널 시퀀싱을 사용합니다.

콜 없음은 N으로 식별됩니다. 클러스터가 필터를 통과하지 못하거나 등록에 실패하거나 클러스터가 이미지밖으로 이동하면 콜이 발생하지 않습니다.

각 클러스터의 강도를 빨간색 이미지와 녹색 이미지에서 추출하고 서로 비교하여 4개의 개별 모집단을 만듭니다. 각 모집단이 베이스에 해당합니다. 베이스 콜링 프로세스는 각 클러스터가 속하는 모집단을 결정합니다.

그림 32 클러스터 강도의 시각화

베이스 빨간색 채널 녹색 채널 결과

A 1(설정) 1(설정) 빨간색 채널과 녹색 채널 모두에 강도를 표시하는 클러스터입니다.

C 1(설정) 0(해제) 빨간색 채널에만 강도를 표시하는 클러스터입니다.

G 0(해제) 0(해제) 알려진 클러스터 위치에 강도를 표시하지 않는 클러스터입니다.

T 0(해제) 1(설정) 녹색 채널에만 강도를 표시하는 클러스터입니다.

표 22 2채널시퀀싱의베이스콜

필터통과클러스터런 중에 RTA3이 미가공 데이터를 필터링하여 데이터 품질 임계값을 충족하지 않는 리드를 제거합니다. 겹치는 저품질 클러스터가 제거됩니다.

2채널 분석에 대해 RTA3은 집단 기반 시스템을 사용하여 베이스 콜의 chastity(강도 순도 측정)를 결정합니다. 첫 25개 사이클에서 1개의 베이스 콜만 chastity가 고정된 임계값보다 낮은 경우 클러스터가 필터를 통과합니다. PhiX 배열은 필터를 통과한 클러스터의 타일 하위세트에 대해 사이클 26에서 수행됩니다. 필터를 통과하지 않은 클러스터는 베이스 콜이 되지 않으며 배열되지 않습니다.

퀄리티스코어(Q-score)퀄리티 스코어(Q-score)는 잘못된 베이스 콜이 발생할 확률에 대한 예측입니다. Q-score가 높을수록 베이스콜의 품질이 더 높고 정확할 가능성이 높다는 것을 의미합니다. Q-score가 결정되면 결과가 베이스 콜(*.cbcl) 파일에 기록됩니다.

Q-score는 작은 오류 확률을 간단하게 전달합니다. 퀄리티 스코어(Q-score)는 Q(X)로 표시되고 여기서 X는 스코어입니다. 다음 표에는 퀄리티 스코어(Q-score)와 오류 확률의 관계가 나와 있습니다.

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Q-Score Q(X) 오류 확률

Q40 0.0001(1/10,000)

Q30 0.001(1/1000)

Q20 0.01(1/100)

Q10 0.1(1/10)

퀄리티스코어(Q-score) 및보고퀄리티 스코어(Q-score)는 각 베이스 콜의 예측 인자를 계산한 다음 해당 예측 인자 값을 사용하여 퀄리티 표에서 퀄리티 스코어(Q-score)를 조회합니다. 퀄리티 표는 시퀀싱 플랫폼 및 화학검사 버전의 특정 구성으로생성된 런의 정확한 퀄리티 예측 인자를 제공하기 위해 마련되었습니다.

참고퀄리티스코어(Q-score)는 수정된버전의 Phred 알고리즘을기반으로합니다.

RTA3은 베이스 콜의 신뢰도를 기준으로 각 베이스 콜에 3개의 퀄리티 스코어(Q-score) 중 1개를 할당합니다.이 퀄리티 스코어(Q-score) 보고 모델을 사용하면 정확성이나 성능에 영향을 주지 않으면서 보관장치 용량및 대역폭 요건을 줄일 수 있습니다.

퀄리티 스코어(Q-score)에 대한 자세한 내용은 NovaSeq™ 6000 System 퀄리티 스코어(Q-score) 및 RTA3 소프트웨어(게시 번호 770-2017-010)를 참조하십시오.

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부록 C 출력폴더및파일출력 폴더 구조 시퀀싱 69출력 파일 시퀀싱 70

출력폴더구조시퀀싱NVCS는 출력 폴더 이름을 자동으로 생성합니다.

Config - 런의 구성 설정입니다.

Logs - 작동 단계, 기기 분석 및 RTA3 이벤트에 관해 설명하는 로그 파일입니다.

Data

Intensities

BaseCalls

L00[X] - 레인, 표면 및 사이클당 1개의 파일로 집계된 베이스 콜 파일(*.cbcl)입니다.

s.locs - 런의 클러스터 위치 파일입니다.

InterOp - 시퀀싱 분석 뷰어에서 사용되는 바이너리 파일입니다.

Recipe - 런 전용 레시피 파일입니다.

Thumbnail Images - 모든 10번째 타일에 대한 미리보기 이미지입니다.

LIMS - 런 설정 파일(*.json)입니다(해당되는 경우).

RTA3.cfg

RunInfo.xml

RunParameters.xml

RTAComplete.txt

CopyComplete.txt

SampleSheet.csv - 샘플 시트 또는 기타 첨부 파일입니다(해당되는 경우).

SequenceComplete.txt

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출력파일시퀀싱

파일 유형 파일 설명, 위치 및 이름

베이스 콜 파일 분석된 각 클러스터가 사이클, 레인 및 표면당 1개의 파일로 집계된 베이스 콜 파일에 포함되어 있습니다. 집계된 파일에는 모든 클러스터에 대한 베이스 콜과 인코딩된 퀄리티 스코어(Q-score)가포함됩니다. 베이스 콜 파일은 BaseSpace Sequence Hub 또는 bcl2fastq2에서 사용됩니다.Data\Intensities\BaseCalls\L001\C1.1L[lane]_[surface].cbcl(예: L001_1.cbcl)

클러스터 위치 파일 각 플로우 셀에 대한 바이너리 클러스터 위치 파일에는 타일의 클러스터에 관한 XY 좌표가 포함되어 있습니다. 플로우 셀의 나노웰 레이아웃과 일치하는 육각 레이아웃이 좌표를 사전 정의합니다.Data\Intensitiess_[lane].locs

필터 파일 필터 파일은 클러스터가 필터를 통과했는지 여부를 지정합니다. 필터 파일은 25개의 데이터 사이클을 사용하여 사이클 26에 생성됩니다. 각 타일에 대해 1개의 필터 파일이 생성됩니다.Data\Intensities\BaseCalls\L001s_[lane]_[tile].filter

InterOp 파일 시퀀싱 분석 뷰어에 사용된 바이너리 보고 파일입니다. InterOp 파일은 전체 런 동안 업데이트됩니다.InterOp 폴더

런 정보 파일 런 이름, 각 리드의 사이트 수, 리드가 인덱스 리드(Index Read)인지 여부, 플로우 셀의 스와스 및타일 수가 나와 있습니다. 런 정보 파일은 런 시작 시 생성됩니다.[Root folder], RunInfo.xml

미리보기 파일 활성화된 경우 각 컬러 채널(빨간색 및 녹색)의 모든 10번째 타일에 대한 미리보기 이미지입니다.Thumbnail_ Images\L001\C[X.1] - 파일이 각 사이클의 하위 폴더에 저장됩니다.s_[lane]_[tile]_[channel].jpg - 미리보기 이미지에 타일 번호가 포함됩니다.

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부록 D Windows보안보안 구성 71비밀번호 요건 71Windows 방화벽 71Enhanced Mitigation Experience Toolkit 71소프트웨어 제한 정책 72

보안구성기기 컨트롤 컴퓨터를 실행하는 Windows 운영체제에는 원하지 않는 소프트웨어 실행을 방지하는 보안 구성이 포함되어 있습니다. 이 부록의 정보는 구성과 요구 사항에 맞게 구성을 사용자지정하는 방법에 관해 설명합니다.

정상 상황에서는 기본 보안 구성을 변경할 필요가 없습니다. 필요한 경우 숙련된 관리자가 신중하게 계획을수립한 후에 변경사항을 관리하게 하십시오.

주의이러한구성은시스템성능에영향을미치고보안을해칠수있으므로설정을편집해야하는지여부가확실하지않거나어떤영향을미치는지알려져있지않은경우 Illumina 기술지원에문의하십시오.

비밀번호요건다음 표에는 컨트롤 컴퓨터의 필수 비밀번호 정책이 나와 있습니다. 소프트웨어는 첫 로그온 시 비밀번호를변경하라는 메시지를 표시합니다.

정책 보안 설정

비밀번호 기록 적용 5개 비밀번호 기억

최대 비밀번호 사용기간 180일

최소 비밀번호 사용기간 0일

최소 비밀번호 길이 10자

복합성 요건을 충족해야 함 사용 안 함

가역적 암호화를 사용하여 비밀번호 저장 사용 안 함

표 23 기본비밀번호정책

Windows방화벽Windows 방화벽은 잠재적인 위협을 제거하도록 들어오는 트래픽을 필터링하여 컨트롤 컴퓨터를 보호합니다. 방화벽은 모든 인바운드 연결을 차단하도록 기본적으로 활성화되어 있습니다. 방화벽을 활성 상태로 유지하고 아웃바운드 연결을 허용하십시오. 아웃바운드 연결에 대한 자세한 내용은 NovaSeq 시리즈 현장 프렙가이드(문서 번호 1000000019360)를 참조하십시오.

Enhanced Mitigation Experience ToolkitEMET(Enhanced Mitigation Experience Toolkit)는 소프트웨어 취약점의 악용을 방지하고 인증서 신뢰 기능을제공합니다. 이 기능은 악성 인증서를 사용하는 공격을 감지하여 중단합니다.

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소프트웨어제한정책Windows SRP(Software Restriction Policies: 소프트웨어 제한 정책) 는 지정된 소프트웨어만 실행하도록 규칙을 사용합니다. NovaSeq 6000의 경우 SRP 규칙은 인증서, 파일 이름 및 확장명, 디렉토리를 기반으로 합니다.

기본적으로 SRP는 원하지 않는 소프트웨어가 컨트롤 컴퓨터에서 실행되지 않도록 사용 설정되어 있습니다.IT 담당자 또는 시스템 관리자가 보안 수준을 사용자지정하도록 규칙을 추가 및 제거할 수 있습니다. 시스템이 도메인에 추가된 경우 로컬 GPO(Group Policy Object: 그룹 정책 개체)가 자동으로 규칙을 수정하고 SRP를 사용 해제합니다.

주의소프트웨어제한정책을사용해제하면해당소프트웨어가제공하는보호기능을사용할수없습니다.규칙을변경하면기본보호기능이재정의됩니다.

허용된SRP규칙NovaSeq 6000 Sequencing System에서 SRP는 기본적으로 다음 규칙을 허용합니다.

인증서DigitalSystemsIllumina, Inc.NovaSeq

실행 파일Portmon.exeProcmon.exeProcmon64.exeTcpview.exe

파일 확장명*.bin*.cbcl*.cfg*.config*.csv*.dat*.focus*.imf1*.ims*.jpg*.json*.lnk*.locs*.log*.manifest*.sdf*.tif*.txt*.xml

디렉토리%HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\ProgramFilesDir%%HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\SystemRoot%C:\CrashDumps\*C:\Illumina\*

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디렉토리C:\Illumina Maintenance Logs\*C:\LocalSymbols\*C:\Program Files (x86)\Chromium\Application\*C:\Program Files (x86)\EMET 5.5\*C:\Program Files (x86)\Illumina\*C:\Program Files (x86)\Internet Explorer\*C:\Program Files (x86)\LibreOffice 5\*C:\Program Files\Illumina\*C:\ProgramData\Illumina\*C:\ProgramData\Package Cache\*C:\Users\sbsuser\AppData\Local\Temp\Citrix\*C:\Users\sbsuser\AppData\Local\Temp\CitrixLogs\*C:\Users\sbsuser\Desktop\FSE turn over to customer.batD:\Illumina\*

SRP 규칙추가및제거SRP 규칙을 추가 및 제거하여 시스템 보안을 사용자지정합니다. 규칙을 수정하려면 SRP를 일시적으로 해제해야 합니다.

주의SRP를해제하면기본보호가재정의됩니다.

1 운영체제에 로그인합니다.

2 SRP를 해제합니다.

a C:\Illumina\Security 디렉토리로 이동합니다.b Disable.reg를 더블 클릭합니다.c Yes(예)를 선택하여 변경사항을 확인합니다.

터치스크린 인터페이스를 사용할 때 약 2초간 탭하면 마우스 오른쪽 버튼을 클릭하는 것과 동일하게 작동합니다.

3 Start(시작)를 선택한 다음 Run(런)을 선택합니다.

4 Open(열기) 필드에 secpol.msc를 입력합니다.

5 Local Security Policy(로컬 보안 정책) 대화상자에서 Software Restriction Policies(소프트웨어 제한 정책)를 확장한 다음 Additional Rules(추가 규칙)를 선택합니다.

6 다음 방법으로 규칙을 추가합니다.

a Action(작업) 메뉴에서 New Path Rule(새 경로 규칙)을 선택합니다.b Path(경로) 필드에 허용할 인증서, 파일 이름, 파일 확장명 또는 디렉토리를 입력합니다.c 보안 수준 목록에서 Unrestricted(무제한)를 선택합니다.d [옵션] Description(설명) 필드에 규칙을 생성하는 이유를 입력합니다.e OK(확인)를 클릭하여 규칙을 추가합니다.

7 다음 방법으로 규칙을 삭제합니다.

a 삭제할 규칙을 선택한 다음 Delete(삭제)를 선택합니다.b Yes(예)를 선택하여 삭제를 확인합니다.

8 Local Security Policy(로컬 보안 정책) 대화상자를 닫습니다.

9 즉시 SRP를 복원합니다.

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a C:\Illumina\Security 디렉토리로 이동합니다.b Enable.reg를 더블 클릭합니다.

10 SRP 규칙이 처음 수정된 경우 규칙을 적용하려면 로그오프한 다음 다시 로그온합니다.

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인덱스

O

%PF 27, 35, 672레인 플로우 셀 122채널 시퀀싱 2, 674레인 플로우 셀 12BaseSpace Enterprise 23BaseSpace Sequence Hub 1, 23

연결 및 연결 해제 49지원 2

bcl2fastq2 23, 64CBCL 파일 2, 52, 67Ce 64CE 8chastity 필터 67dock

components 15DPX 시약, 보관 15EMET 71ExAmp reagents

thawing 38ExAmp 마스터 믹스 2, 43ExAmp 시약 11, 42

보관 15혼합 방법 3

FASTQ 변환 23, 64GPO 72Illumina Proactive 모니터링 서비스 19-20insert sizes 31, 39InterOp files 8InterOp 파일 60, 64, 70library tubes

incartridge storage 62LIMS 1, 19LIMS 설정 20NaOCl 54-55NovaSeq Xp 도크 41, 46NovaSeq Xp 매니폴드 41

보관 15NovaSeq Xp 매니폴드 웰, 번호 지정 15NovaSeq Xp 워크플로우 22NovaSeq Xp, 정의됨 3PhiX

spike-in 31, 40배열 64카탈로그 번호 24

Phred 알고리즘 68RFID 11, 60sequencing steps 2spike-in, PhiX 31, 40

SRP 기본 72Standard 워크플로우 22Standard, 정의됨 3Tween 20 55Universal Copy Service 8, 52USB 포트 5Windows

보안 72강도 값 66개별적으로 주소 지정 가능한 레인 3, 15개스킷 12, 41, 46개스킷, 오버플로우 43경고 8경고등 5, 63계산기, 풀링 30, 39고객 지원 79공급업체 24관리 세척

관리 용액 55소모품 24, 55

관리, 예방 55관리자 계정 73광학 5광학 배열 타겟 5, 46교차 오염 7, 54그룹 정책 개체 72기기 성능 데이터 19-20기기 위치 변경 63기기 이동 63기본 설정 19, 23기술 지원 79깜빡임 아이콘 8나노웰 66냉각기 7냉동고 사양 26냉장고 사양 26노멀라이제이션 30, 38녹색 채널 67누출 61뉴클레오티드 67단일 리드 런 50데이터 전송 8, 53데이터 품질 67도메인, BaseSpace Sequence Hub 23도움말 60

설명서 2풀링 라이브러리 30, 39

도움말, 기술 79도크 41, 46드립 트레이 61

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등록 실패 66디스크 공간 8, 60라이브러리

보관 32, 41, 62정량화 27, 35품질 관리 27, 35희석 32, 41

라이브러리 튜브 14, 61보관 11, 32, 62

라이브러리 튜브 저장 62런

모니터링 23, 49삭제 8시간차 53일시중지 53재개 62지표 64

런 매개변수, LIMS 20런 모드 19런 설정 19런 설정 폴더 19-20런 시간 52런 재개 62런 지표 52런정보.xml 60, 70레인 12, 65레인 번호 지정 15, 43로그 파일 60, 64로드 농도 2, 27, 35로드 용량 2로트 번호 16리드 1 62리드, 라벨 10만료 날짜 16모드 10미리보기 70방화벽 71배열 실패 60배치 코드 16백서 68버블 43버퍼 부분 48버퍼 카트리지 48, 57번호 지정, 웰 15베이스 콜 파일 64, 70변성 시약 32, 40보관 데이터 49보관 라이브러리 32, 41보관 시약 키트 11, 15보관 조건 16보안 72

사용자 지정 73

보안 데이터 시트 7보안 설정 71부분 5부품 번호 16분석 23분석 방법 2분석 설정 19비밀번호 정책 71빨간색 채널 67사양 10사용된 시약 7, 28, 36, 48사용자지정 프라이머 2, 14, 50사이클 수 50, 52상태 데이터 19-20상태 표시줄 5, 63샘플 시트 23, 49-50샘플 시트 포맷 23샘플 적재 14설명서 2, 79설정, 보안 71세척

시간 54-55주파수 55

세척 카트리지 55, 57세척 플로우 셀 55세척액 13센서 5, 57, 60소모품

관리 세척 55실험실용 순수 26언로드 54, 58패키지 16희석 및 변성 24

소프트웨어 제품군 8수, 키트 구성요소 10수산화나트륨, 희석 32, 40수율 52스와스 2, 12, 65스캔 2스크래치, 플로우 셀 41, 46시간

관리 세척 55시퀀싱 런 52자동 포스트 런 세척 54클러스터 생성 52

시스템 연결 60시약 냉각기 7시약 카트리지

라벨링 10, 13보관 11, 61언로드 48준비 27, 35

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시약 카트리지 저장 61시퀀싱 런

삭제 53시퀀싱 분석 뷰어 64, 66시퀀싱 사이클 52시퀀싱 소모품 24시퀀싱 화면 52시퍼 위치 54, 58실시간 분석 1, 8실험실용 순수 가이드라인 26아웃바운드 연결 71아이콘 8, 16아이콘, 깜빡임 8애플리케이션 1액체 부분 13언로드 시약 카트리지 48예방 관리 55오류 8, 60

확률 67-68오류 로그 64오버플로우 28, 36, 61온라인 교육 2와이어 랙 27, 35욕조 27, 35운영체제 18, 71워크플로우 22웰 번호 지정 43웹사이트, 지원 60위치 #30 54, 57유해한 화학물질 7, 16이미지 2, 12, 64-65인덱스 리드 50인바운드 연결 71인증서 신뢰 71일시중지 런 53입력 웰 15자동 검사 60장갑, 변경 28, 36, 57재혼성화 20적재 카트리지 14전원 18전원 끄기 63정량화 27, 35제조업체 16종료 후 다시 시작 63증폭 2지원 게시판 60지원 페이지 60진단 5초기화 18출력 폴더 19-20출력 폴더 이름 69

카메라 1, 5, 65카탈로그 번호 10

사용자 제공 소모품 24카트리지

적재 14캡 홀더 28, 36컨트롤 소트프웨어 8컨트롤 컴퓨터 71컴퓨팅 엔진 8, 53, 64켜기 18콜 없음 66-67퀄리티 스코어 52, 67-68클램프, 플로우 셀 5클러스터 강도 66클러스터 위치 64, 70클러스터 카트리지 11클러스터 통과 필터 52클러스터 필터링 67클러스터링 시간 52키트 구성 10키트 구성요소 25타사 LIMS 20타일 2, 12, 64타일 번호 지정 65템플릿 생성 66특권, 관리자 계정 73파이펫 26파일

런-전용 60패턴화된 플로우 셀 1, 12페이싱 및 예비페이싱 66폐기 7포름아미드 폐기 14, 54포스트 런 활동 54표면 번호 지정 65풀링 계산기 30, 39풀링 라이브러리 30, 39품질 관리 27, 35품질 표 68프로세스 관리 52프리 런 검사 60플렉시티 30, 38플로우 셀

라벨링 10보관 11, 41사양 10세척 41, 46스크래치 41, 46

플로우 셀 스테이지 5, 46플로우 셀 홀더 46플롯 색상 52플루이딕 문제 61

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플루이딕 시스템 7, 55필터 통과 클러스터 27, 35필터 통과(PF) 67필터 파일 64, 70하드 드라이브 8, 19-20, 53하이포아염소산나트륨 54-55해동 랙 27, 35현장 프렙 2, 71호스팅 위치 23화이트리스트, SRP 72희석 라이브러리 32, 41희석 수산화나트륨 32, 40희석액 32, 40

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핀란드 +358 800918363 +358 974790110

호주 +1.800.775.688

홍콩 800960230

기타 국가 +44.1799.534000

SDS(Safety data sheets: 안전보건자료) - Illumina 웹사이트(support.illumina.com/sds.html)에서 제공합니다.

제품 설명서 - Illumina 웹사이트에서 PDF로 다운로드할 수 있습니다. support.illumina.com으로 이동하여 제품을 선택한 다음 Documentation & Literature(설명서 및 홍보 자료)를 선택합니다.

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