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NOTIONS EN BACTERIOLOGIE GENERALE2ème partie UE.2.10.S1
Dr Christine VENOT, biologisteLaboratoire GCS de Saintonge
Généralités – définitions
Le diagnostic bactériologique
ensemble de moyens permettant de confirmer que étiologie infectieuse est d'origine bactérienne.
DIAGNOSTIC DIRECT : mise en évidence de la bactérie elle-même
DIAGNOSTIC INDIRECT :
mise en évidence de la réponse de l'organisme à l'infection par la présence d'anticorps spécifiques
DIAGNOSTIC DIRECT :
prescription du clinicien :
réaliser un examen cytobactériologique
Ex : E.C.B.U.
Examen Cyto-Bactériologique des Urines
DIAGNOSTIC DIRECT : les étapes au labo
1. Examen direct JOexamen macroscopiqueexamen macroscopique
2. Culture permet d’’isoler la bactérie J+2/+4
ce qui permettra l'identification ainsi que l’étude de sa sensibilité aux antibiotiques, antibiogramme.
Les étapes du diagnostic direct
aspect macroscopique
présence de leucocytes
polynucléaires
présence de bactéries :
coloration de gram
Examen macroscopique :
• Trouble : urine,• LCR, liquide pleural ou articulaire
Hématique : urine, LCR, liquide pleural ou articulaire
Consistance : Exemple d'une selle liquide.
Examen macroscopique
Examen microscopique
Etat fraisColoration de GRAM
Une préparation est obtenue avec le dépôt d'une goutte du prélèvement entre lame et lamelle,
-présence de bactéries- appréciation semi-quantitative (rares,
peu nombreux, nombreux, très nombreux...) ou mieux quantitative, exprimée par nombre d'éléments / mm3 ou ml ou par champ.
coloration de Gram = oriente le diagnostic
Examen après coloration de Ziehl-Neelsen: Les bacilles acido-alcoolo-résistants (BAAR) compte tenu de la composition de leur paroi sont détectés spécifiquement. Il s'agit du groupe des mycobactéries dont le bacille tuberculeux (Bacille de KOCH/BK) colorées en rouge sur un fonds bleu.EXAMEN /colorant fluorescent (auramine )
Recherche de leucocytes (polynucléaires neutrophiles): après coloration bleu de methylène ou MGG:
Premières conclusions:
Les éléments récoltés de l'examen macroscopique et surtout microscopique fournissent souvent des arguments diagnostiques de très forte présomption qui vont permettre la mise en route d'une thérapeutique adaptée. La culture ou l'isolement de l'agent causal sera, cependant, essentielle. Elle permettra l'identification ultérieure mais aussi de préciser sa sensibilité aux antibiotiques (Antibiogramme).
Examen macroscopique
Examen microscopique
Etat frais/leucocytesColoration de GRAM
Examens « directs » macroscopiques et microscopiques
rendu J0
Diagnostic direct
"examen cyto-bactériologique" = demande J0
Examen macroscopique J0
Examen microscopique etat frais J0après coloration
Mise en culture identification J+2/J+4antibiogramme
• Identification Par ensemencement d'une galerie biochimique adaptée / automates
ANTIBIOGRAMME
DIAGNOSTIC DIRECT :
1. La bactérie entière = identification + antibiogramme
2. Un constituant (produits) de la bactérie :
. ADN bactérien par PCR,
. Capsule : «antigène soluble du pneumocoque dans les
urines »
DIAGNOSTIC DIRECT : mise en évidence de la bactérie elle-même
DIAGNOSTIC INDIRECT : mise en évidence de la réponse de l'organisme à l'infection par la présence d'anticorps spécifiques
DIAGNOSTIC INDIRECT : sérologie
réponse de l'organisme à l'infection par la
présence d'anticorps spécifiques IgG et IGMIl se base sur les conséquences induites chez l'hôte (réaction
immunologique), à savoir la production d'anticorps IgM et IgG. La réaction immunitaire ne se développe qu'à partir d'un délai, de l'ordre
de 8 à 10 jours.
peu utilisé pour les bactéries
intérêt uniquement pour les bactéries de
croissance difficileExemple : treponema pallidium = syphilis
ANTIBIOGRAMME
Notion de résistance bactérienne
- Antibiogramme
- Spectre clinique
- les Bactéries MultiRésistantes BMR
Antibiogramme = détermination de la sensibilité d’une bactérie aux antibiotiques
Disques imprégnés d’ATB
Absence de croissance =sensible
CroissanceBactérienne =résistant
Réponses de l'antibiogramme à pourbut le classement en catégorie clinique au nombre de trois
1/ SENSIBLE
2/ INTERMEDIAIRE
3/ RESISTANT
SENSIBLE: Les souches S ,probabilité de succès thérapeutique est acceptable. On doit s'attendre à un effet thérapeutique dans le cas d'un traitement à dose habituelle par voie générale.
RESISTANT: Les souches R ,forte probabilité d'échec thérapeutique.On doit s'attendre à un echec thérapeutique
INTERMEDIAIRE: Les souches I, succès thérapeutique est imprévisible. forment un ensemble hétérogène pour lequel la seule valeur de la CMI n'est pas prédictive
• Interprétation de l'antibiogramme (données brutes)
Les résistances ne s'expriment pas toujours.
L'étude des mécanismes de résistance permet d'établir des profils de résistance.
Identification de souches difficiles à identifier.
SPECTRE CLINIQUE DES ANTIBIOTIQUES (SCA)
L'antibiogramme n'est pas nécessaire si il y a prise en compte du spectre clinique des antibiotiques (SCA), Pour deux classes thérapeutique (habituellement sensibles et modérément sensibles) le recours à l'antibiogramme n'est pas nécessaire, cela implique qu'il n'y aura pas d'examen cytobactériologique.La prescription d'un antibiotique sans antibiogramme prend alors en compte la faible probabilité de la présence d'un mécanisme de résistance
Ainsi 4 classes sont proposées au clinicien par espèce bactérienne:
- HABITUELLEMENT SENSIBLE
- MODEREMENT SENSIBLE
- INCONSTAMMENT SENSIBLE
- RESISTANTE
Demander un examen cyto-bactériologique avec antibiogramme est un acte quotidien, banalisé,
Mais
la prescription n'est pas toujours nécessaire, compte tenu de la quasi-certitude d'avoir une souche sensible aux antibiotiques.
«Je suis très inquiet à l’idée de ce qu’il adviendrait d’unepopulation indemne jusqu’ici, si un nouvel agent infectieux, venu
d’ailleurs, venait à s’y propager.»« Les maladies infectieuses ne disparaîtront jamais. Il ennaîtra toujours de nouvelles; il en disparaîtra lentementquelques unes; celles qui subsisteront ne se montrerontplus sous la forme que nousconnaissons aujourd’hui… »Le destin des Maladies Infectieuses.1926 et 1935
Avant la découverte de la pénicilline G
Après la découverte de la penicilline G
BACTERIES MULTI RESISTANTESAux
ANTIBIOTIQUES
Les BMR ne sont plus sensible qu’à un faible nombre d’antibiotiques
d’ ou risque d’impossibilité de traitement
Nécessité de maitriser leur dissémination
Enjeu de santé public
Le problème n’est pas que celui de l’infection
mais celui de la dissémination
Proportion élevée en France
Qui sont elles?
2 types de BMR selon le niveau de l’implication
des soins dans la transmission
BMR Endémiques
responsables d’épidémies
BMR sporadiques (rares)
Autres BMR
BMR Endémiques Staphylococcus aureus Résistant à la
Méticilline SARM ou « staph Meti-R »
Entérobactéries BLSE « E-BLSE »
BMR sporadiques Acinetobacter baumanii Entérocoques R aux Glycopeptiques ERG
Autres BMR Entérobactéries Hyper productrice de
céphalosporinase Pseudomonas aeruginosa « pyo »
Comment
devient elles résistantes?
Pression de sélection des ATB = création
Dissémination
FranceConsommation d’antibiotique élevée en France… à l’hôpital aussi
Consommation d’Antibiotiques
Pression de sélection sur les bactéries
Apparition de multi résistance.
Déterminants génétiques
Déterminants génétiques
Acquisition de R =
acquisition d’un gène de résistance
MUTATION CHROMOSOMIQUE
Acquisition de matériel génétique
MUTATION CHROMOSOMIQUE
• 15% des R acquises
• Naturelles, Rares, Spontanées
• Spécifiques : 1 ATB / 1espèce
bactérienne
• Sensible à la pression de sélection des
ATB
Apparaît sous traitement dans la
population initiale
• Peu de transmission
Effet de la pression de sélection sur l’émergence
de mutants
Antibiotique 2h
Antibiotique 4j
Déterminants génétiques
MUTATION CHROMOSOMIQUE
Acquisition de matériel génétique
Acquisition de matériel génétique
• 85% des R acquises
• résistances Associées à +sieurs ATB
• N’apparaît pas dans la population
initiale
• Capacité > à disséminer épidémies
• 85% des R acquises
• résistances Associées à +sieurs ATB
• N’apparaît pas dans la population
initiale
• Capacité > à disséminer épidémies
Transfert de matériel génétique par Conjugaison bactérienne
Effet de la pression de sélection sur l’acquisition de
résistance par transfert
Effet de la pression de sélection sur l’acquisition de
résistance par transfert
Effet de la pression de sélection sur l’acquisition de
résistance par transfert
Effet de la pression de sélection sur l’acquisition de
résistance par transfert
Transfert
Antibiotique 2h
Antibiotique 4j
sensible résistant
Comment
devient elles résistantes?
Pression de sélection des ATB = création
Dissémination
Dissémination par manuportage
Réservoirs :excrétas : selles, urines E-BLSE, ERGécoulement, plaie SARM
Fosses nasales SARM
Transmission par manuportage
contact direct avec patient,matériel de soins partagé,environnement proche
Autre patient
Facteurs de risque d’acquisition de BMR
présence dans la même unité de porteurs de BMR
longue durée de séjour
nombre et durée des procédures invasives
ratio charge de travail en soins/personnel inadéquat
Mode de transmission
Multiples vecteurs de résistances Bactéries Eléments transférables portant les gènes de R
Mobilité des patients entre les Hôpitaux,
entre les Hôpitaux et les collectivités (EHPAD..)
Multiplications des voyages et des échanges
…..mondialisation des BMR
Klebsielle pneumoniae résistante aux carbapenemes
Grèce et Israël
E faecium résistant à la Vanco
SARM Staphylococcus Aureus Résistant à la Meticilline
E. Coli R aux C3G
Que faire?
Sélection / création
Bon usage
des antibiotiques
Que faire?
Dissémination /
Transmission
Procédures d’hygiène
Que faire?
Que faire? dissémination
Réservoir Transmission manuportée
Précautions standards
Hygiène des mains / SHA
Ou sont elles?...
- Le plus souvent, on ne connait pas les patients porteurs de BMR : colonisation des fosses nasales, du colon … pas de signes cliniques
- Pas de dépistage systématique
Que faire? dissémination
Réservoir Transmission manuportée
Précautions standards
Hygiène des mains / SHA
BMR identifiée
Précautions complémentaires type contact à définir avec l’Hygiéniste :
- BMR émergente? Épidémiogène?
- résidants EHPAD / Long séjour ?
Bien connaitre, pour mieux maîtriser…