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MOL.504Analyse von DNA- und
Proteinsequenzen
Übungsaufgaben Datenbanken und Informationssysteme
23.04.2012
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IÜ1 – Tutorial für NCBI
NCBI – Nucleotide: Suche nach ‚cellobiose dehydrogenase fungi‘
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IÜ1 – Tutorial für NCBI
NCBI – Nucleotide: Suche nach ‚cellobiose dehydrogenase fungi‘
• Welche ‚Taxonomic Groups‘ (bzw. Untergruppen) werden gefunden? Siehe Liste oder Tree rechts im Fenster – für Überblick
Wieviele Einträge gibt es zu jeder Gruppe?
Wähle die cellobiose dehydrogenase aus Myriococcum thermophilum (ein Basidiomycete)
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IÜ1 – Tutorial für NCBI
• Wähle die cellobiose dehydrogenase aus Myriococcum thermophilum und suche dazu Informationen zur:
Molekül- und Sequenztyp, Proteinsequenz und –ID/Accession Taxonomy Literatur (Pubmed) Related Sequences
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IÜ1 – Tutorial für NCBI
• Wähle die cellobiose dehydrogenase aus Myriococcum thermophilum und suche dazu Informationen zur:
• Starte auch eine Blastn-Suche dazu (gegen nr/nt) und finde
Highly similar sequences
More dissimilar sequences
Somewhat similar sequences
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IÜ2 – NCBI-Nucleotide
Suche nach ‚soluble epoxide hydrolase plants‘
• Welche ‚Taxonomic Groups‘ (bzw. Untergruppen) werden gefunden? Siehe Liste oder Tree rechts im Fenster – für Überblick
Wieviele Einträge gibt es zu jeder Gruppe?
• Wähle die soluble epoxide hydrolase aus Arabidopsis thaliana (Tipp: eudicots) und suche dazu Informationen zur:
Molekül- und Sequenztyp, Proteinsequenz und –ID/Accession Taxonomy Literatur (Pubmed) Related Sequences
Anmerkung: In der Ergebnis-Liste keine kompletten Chromosomen und keine „putative“-Einträge wählen
• Starte auch eine Blastn-Suche dazu (gegen nr/nt) und finde Highly similar sequences More dissimilar sequences Somewhat similar sequences
Acker-Schmalwand Arabidopsis thaliana(Bild: Wikipedia)
z.B.: Arabidopsis thaliana soluble epoxide hydrolase (SEH) mRNA, complete cdsNCBI Reference Sequence: NM_128231.2
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IÜ3 – NCBI-Nucleotide/Protein Suche nach der Nukleotidsequenz mit der Accession-Nummer
‚NC_000964‘ : Um welche Sequenz handelt es sich?
Organismus, Molekül- und Sequenztyp, PubMed-ID ?
Suche in der Genomsequenz (mit Strg+F) nach einem Sub-Eintrag „yqjM“
• Sichere die CDS dieser Gensequenz als .txt-Datei im FASTA-Format
Auf CDS klicken
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IÜ3 – NCBI-Nucleotide/Protein
Suche in der Genomsequenz (mit Strg+F) nach einem Sub-Eintrag „yqjM“
• Sichere die CDS dieser Gensequenz als .txt-Datei im FASTA-Format Auf CDS klicken
• Gib Informationen zu diesem Gen-Eintrag an: Sequenzstart und -ende im Genom Name des Translationsprodukts der CDS
• Gib die Accession-Nr. des korrespondierenden Proteins an und gehe mit Hilfe der Protein-ID zum Protein-Eintrag(NCBI Reference Sequence: NP_390263.1)
• Verwende die Optionen rechts auf der Seite („All links from this record“): Welches ist die nächste, verwandte Sequenzen die nicht aus Bacillus subtilis stammt?
(BLink)
Suche konservierte Domänen (Conserved Domains)
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IÜ4 – ExPASy/ProSite
Suche in ExPASy (UniProt KB) nach:
• Prunus dulcis hydroxynitrile lyase
• Myriococcum thermophilum cellobiose dehydrogenase
• Arabidopsis thaliana soluble epoxide hydrolase
• Notiere die 3 UniProt KB Accession-Nummern
http://expasy.org/http://uniprot.org
• Gehe auf der jeweiligen Seite des Eintrags zum Abschnitt „Sequences“ und verwende das Tool „Compute pI/MW“
- Isoelektrischer Punkt ?
Molekulargewicht ?
• Gehe über das ExPASy-Menu (oder direkt: http://prosite.expasy.org/scanprosite/) zum „Scan ProSite“-Eingabeformular und gebe die jeweilige UniProt KB Accession-Nummer ein: Anmerkung: Checkbox „Exclude motifs“ deaktivieren!
– Welche Glykosilierungs-Stellen werden vorgeschlagen? Wie sieht das ‚consensus pattern‘ aus?
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IÜ4 – ExPASy/ProSite
Suche in ExPASy (expasy.org (DB: UniProt KB) oder uniprot.org nach:
• Prunus dulcis hydroxynitrile lyase
• Myriococcum thermophilum cellobiose dehydrogenase
• Arabidopsis thaliana soluble epoxide hydrolase
• Notiere die 3 UniProt KB Accession-Nummern
• Gehe „Scan ProSite“-Eingabeformular (http://prosite.expasy.org/scanprosite/) und gebe die jeweilige UniProt KB Accession-Nummer ein:
– Welche Glykosilierungs-Stellen werden vorgeschlagen?
Anmerkung: Checkbox „Exclude motifs“ deaktivieren!
Wenn Server nicht funktionert:
Alternative: http://www.cbs.dtu.dk/services/NetNGlyc/
check correct patterns http://www.expasy.org/prosite/PDOC00001
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IÜ4 – ExPASy/ProSite
• Prunus dulcis hydroxynitrile lyase - Glykosilierungsstellen
check correct patterns http://www.expasy.org/prosite/PDOC00001
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ugab
en I
Ü5 – BRENDA
Suche in der BRENDA-DB nach „Aldose Reductase“
• welche E.C.-Nummer hat dieses Enzym?
• welche Reaktion(en) wird/werden katalysiert? (Geben Sie die erste in der Liste an).
• welcher Kofaktor wird benötigt?
• aus welchen Organismen sind Aldose-Reduktasen bekannt (nennen Sie 5)?
Reduzieren Sie den Eintrag auf den Organismus Homo sapiens
• gibt es Aminosäure-Sequenzen und Strukturen (linkes Menü)?
– welche Sequenzlänge hat die menschliche Aldose-Reduktase?
• wo wurde die höchste Turnover Number, wo die höchste spezifische Aktivität beschrieben (linkes Menü)?
– Angabe der Werte
– Angabe der vollständigen Referenz