Mikrobioloogilised kollektsioonid Eestis · kollektsioon (WDCM821) • Asutati 1970. aastal seente süstemaatika ja varieeruvuse uurimiseks. • Kogus hoitakse püsivalt ligikaudu

Mikrobioloogilised kollektsioonid Eestis

Jaak TruuTartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut

Riikliku programmi poolt toetatavad kogudKogu nimi Programmis

alatesWDCM kood*

Eesti Maaülikooli Põllumajandus- ja keskkonnainstituudi seente eluskultuuride kollektsioon

2004 WDCM821

Keemilise ja Bioloogilise Füüsika Instituudi loodusteaduslikud kogud

2004

Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituudi looduslike ja laboratoorsete mikroobitüvede kollektsioon

2004 WDCM926

Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituudi loomsete koekultuuride ja eukarüootsete mikroorganismide kollektsioon

2005

Tartu Ülikooli Mikrobioloogia instituudi mikroobitüvede kollektsioon

2004

Tartu Ülikooli Tehnoloogiainstituudi biomeditsiini rakupank

2005

*WDCM kood on kogu registreerimisnumber WFCC andmebaasis (World Data Centre for Microorganisms)

Eesti Maaülikooli Põllumajandus- ja keskkonnainstituudi seente eluskultuuride

kollektsioon (WDCM821)

• Asutati 1970. aastal seente süstemaatika ja varieeruvuse uurimiseks.

• Kogus hoitakse püsivalt ligikaudu 2700 seenetüve, millest põhiosa moodustavad puitu lagundavad kandseened ja seente viljakehadel parasiteerivad kottseened, lisaks mükoriisat moodustavad ja eri liudseente liigid.

• Esindatud 390 liikiPhellinus ssp.

Fistulina hepatica

Eesti Maaülikooli Põllumajandus- ja keskkonnainstituudi seente eluskultuuride

kollektsioon

• Kultuure säilitatakse temperatuuril 5–6 °C kahes korduses ning ümberkülve tehakse kord aastas.

• 2008 a. alustati kandseente kultuuride külvamist pikemaajalisemaks säilitamiseks krüoviaalides steriilses vees

Hypomyces sp.Fotod: Anu Kollom


• Asutati 1980. aastal• Kogu koosneb eri tüüpi bioloogilisest materjalist –

– geenmodifitseeritud bakteriaalsed raskemetalli sensorid ja toksilisuse mehhanismi põhiselt geen-vaigistatatud tüved,

– plasmiidikollektsioon– (geno)toksikoloogilistes uuringutes kasutatavd bakterid– pärmikollektsioon, – looma- ja inimrakkude kultuurid – toksikoloogias in vitro kasutatavad mikrovetikate, algloomade ja

kirpvähiliste kogu. • Mikrobioloogilisi kogusid säilitatakse sügavkülmikutes ja vedelas

lämmastikus. • Säilitatavate kultuuride arv on 700. • Kogu veebipõhine andmebaas on väljatöötamisel ja kogude

andmebaasid olemas Exceli tabelite kujul.

Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituudi looduslike ja laboratoorsete

mikroobitüvede kollektsioon (WDCM926)

• Asutatud 1990. aastal• Kogus esindatud mikroobid on

kogutud Eesti eri piirkondade vee- ja pinnaseproovidest

• Suure osa koguga seotud tööst hõlmab mikroobitüvede iseloomustamine nende täpse identifitseerimise aluseks olevate klassikaliste ja molekulaarbioloogiliste meetoditega.

Mikroobitüvede kasutamine õppetöös. TÜ MRI mikrobioloogia praktikum 2008.

• Tüvesid säilitatakse sügavkülmikus (–80 °C) ja eluskultuuridena

• 2008. aastal käivitus veebipõhine andmebaas (http://www.miccol.ut.ee)

• Alates 2008 aastast on kogu Euroopa Kultuurikogude Organisatsiooni (ECCO) liige.


(WDCM926)

Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituudi loomsete koekultuuride ja eukarüootsete

mikroorganismide kollektsioon

• Asutatud 1996. aastal• Mitmesuguse päritoluga (eelkõige imetajate) rakukultuurid • Pärmid S. cerevisiae, S. pombe, H. polymorpha, P. pastoris

ja K. lactis ja C. albicans tüved. • Säilikute arv on 700. • Kogu kasutatakse õppe ja teadustööks eelkõige teadus-

arendusasutustes.


• Esimesed 227 laktobatsillide tüve isoleeriti Eesti ja Rootsi laste roojaproovidest allergiauuringu raames 1994-1995. aastal

• 1998–2004 lisati kollektsiooni veel 1300 laktobatsilli tüve• 2005. a täienes kultuurikollektsioon EL-i 5. raamprojekti käigus

läbiviidud sünbiootikumi katsetuses 53 Eesti vabatahtlikult pärinevate laktobatsillide tüvedega (u 500 tüve)

• Samuti hoitakse kultuurikollektsioonis Tervislike Piimatoodete Biotehnoloogia teadus-arenduskeskusele litsenseeritud laktobatsillide 11 tüve.

• Kogus säilitatakse ka H. pylori DNA näidiseid

Tartu Ülikooli Mikrobioloogia instituudi mikroobitüvede kollektsioonUus nimi: Eestis levinumate patogeensete

bakterite ja nende suhtes antagonistlike inimpäritolu laktobatsillide tüved

Tüvesid säilitatakse sügavkülmikus (–80 °C) ja/või lüofiliseeritult ampullides.


• Kogus hoitakse Eestis loodud rakuliine ning Tartu Ülikoolis loodud monokloonseid antikehi tootvaid hübridoomide liine, millel on nii teaduslik kui ka müügiväärtus.

• Lisaks sellele hoitakse kogus Tartu Ülikooli teadlaste poolt saadud, ostetud või muul viisil hangitud inimese ja loomade rakkude püsiliine.

• Säilikute orienteeriv arv kogus on 16 000. • Kogu täiendamiseks on alustatud geneetilise või võimaliku

geneetilise defektiga inimeste rakuliinide kogumist.

PÕLLUMAJANDUSUURINGUTE KESKUSE MIKROORGANISMIDE KOLLEKTSIOON

• Asutatud 1949. aastal• Kogus on esindatud üle 300 seenekultuuri (peamiselt mullaseened) ja

üle 200 bakteritüve (enamus mügarbakterid)• Kogu peamisi ülesandeid oli kunagi rakendusuuringuteks vajalike

mikroorganismide kollektsiooni säilitamine ja täiendamine ning uute bakteritüvede selekteerimine ja katsetamine taimse materjali efektiivseks kasvatamiseks ja säilitamiseks.

• Osasid mügarbakterite tüvesid kasutatakse liblikõieliste kultuuride rakendusuuringutes.(Eesti Maaviljelus Instituut)

• Hetke on kollektsiooni peamine ülesanne mikroorgamismide säilitamine.

Kogudes hoitava materjali päritoluKogu nimi Eestis

kogutudEestis loodud

Eesti Maaülikooli Põllumajandus- ja keskkonnainstituudi seente eluskultuuride kollektsioon

●


● ●


●

Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituudi loomsete koekultuuride ja eukarüootsete mikroorganismide kollektsioon

●


●


● ●

Edasine areng• Eesti mikrobioloogiliste kogude edasine areng

võiks lähtuda OECD soovitustest, mille eesmärgiks on tagada ühtsetest standarditest lähtudes kogudes hoitava materjali kvaliteet ja kättesaadavus

• Ühtsete standardite tutvustamine ja sisseviimine võib toimuda riiklikul tasandil, kuid OECD soovitab ka kogudel endil juhendmaterjalis esitatud põhimõtteid oma töös aktiivselt rakendada.

• Kindlasti tuleks rohkem panustada kogudes hoitava materjali kättesaadavuse parandamisele infotehnoloogiliste lahenduste kaudu, mis oleksid võimaluse korral seotud või ühilduksid rahvusvaheliste andmebaaside ning otsingusüsteemidega

http://www.oecd.org/dataoecd/ 7/13/38777417.pdf

Rahvusvahelised organisatsioonid

•Igal aastal konverents

•Ühiste taotluste ettevalmistamine

•Ühtse lepingu, MTA (Material Transfer Agreement)

loomine

Rahvusvahelised andmebaasid:

Rahvusvahelised andmebaasid: Straininfo.net

Lähinaabrid• Microbial Strain Collection of Latvia

(IDA)• VTT Culture Collection (Soome)• HAMBI Culture Collection (Soome)• Culture Collection, University of

Göteborg

Belgian Coordinated Collections of Micro-organisms

oLoodud 1983 nelja kogu baasil (seened, pärmid, bakterid, plasmiidid)

o1992 saadi IDA staatus

oPikaajaline finantseerimine, iga 5 aasta järel hinnatakse tulemusi

oOsaleb edukalt rahvus- vahelistes organisatsioonides ja projektides

Tänud

Tartu Ülikool: Prof. M. MikelsaarEesti Maaülikool: A. Kollom

KBFI: Dr. A. KahruPõllumajandusuuringute Keskus: M. Kauk

Mikrobioloogilised kogud

Tartu Ülikooli TÜMRI bakterite kogu (Foto J. Truu)


Tartu Ülikooli mikrobioloogia instituudi bakterite kogu (Foto P. Hütt ja M. Mikelsaar)


Eesti Maaülikooli seente eluskultuuride kogu (Foto U. Kõljalg)


Eesti Maaülikooli seente eluskultuuride kogu, (Foto K. Põldmaa)


Kogu Säiliku tüüp Laenutamine AndmebaasKBFI Bakterid (seened,

algloomad, vetikadTeadustööks Excel, veebipõhine

arendamisel

TÜMB, TÜK Bakterid Litsentsi ja lepingute alusel

Olemas, edasiarendus 2a.

TÜT Loomsed (sh. inimene) rakuliinid

Kokkuleppel rakuliini omanikuga

Olemas, lõplik väljatöötam. 2007

EMÜ PKI Seened Teadustööks tasuta Veebipõhine MySQL

TÜ LKEMK Loomsed koekultuurid, seened

Teadustööks tasuta (leping)

-

TÜ LLMK Bakterid Teadustööks tasuta -


Kogu Rahastamine Probleemid EttepanekudKBFI Ligikaudu 55%

kuludestRuumide ventilatsioon

TÜMB, TÜK Ligikaudu 55% kuludest

Andmete avalikus- tamise korrastam.

TÜT Ligikaudu 75% kuludest

Eesti Rakupank

EMÜ PKI Ligikaudu 90% kuludest

TÜ LKEMK Ligikaudu 75% kuludest

Stabiilne finants. tööjõud

TÜ LLMK Ligikaudu 60% kuludest

Kogu jaoks vaja eraldi ruumi

Pikaajaline finants. tööjõu palkamiseks

Mikrobioloogilised kollektsioonid Eestis �Riikliku programmi poolt toetatavad kogudEesti Maaülikooli Põllumajandus- ja keskkonnainstituudi seente eluskultuuride kollektsioon (WDCM821)��Eesti Maaülikooli Põllumajandus- ja keskkonnainstituudi seente eluskultuuride kollektsioonKeemilise ja Bioloogilise Füüsika Instituudi loodusteaduslikud kogud�Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituudi looduslike ja laboratoorsete mikroobitüvede kollektsioon (WDCM926) �Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituudi looduslike ja laboratoorsete mikroobitüvede kollektsioon (WDCM926) �Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituudi loomsete koekultuuride ja eukarüootsete mikroorganismide kollektsioon �Tartu Ülikooli Mikrobioloogia instituudi mikroobitüvede kollektsioon�Tartu Ülikooli Mikrobioloogia instituudi mikroobitüvede kollektsioonUus nimi: Eestis levinumate patogeensete bakterite ja nende suhtes antagonistlike inimpäritolu �laktobatsillide tüved��Tartu Ülikooli Tehnoloogiainstituudi biomeditsiini rakupank PÕLLUMAJANDUSUURINGUTE KESKUSE MIKROORGANISMIDE KOLLEKTSIOONKogudes hoitava materjali päritoluEdasine arengRahvusvahelised organisatsioonidRahvusvahelised andmebaasid:�Rahvusvahelised andmebaasid:�Straininfo.netLähinaabridBelgian Coordinated Collections of Micro-organismsSlide Number 20Slide Number 21Slide Number 22Mikrobioloogilised kogudMikrobioloogilised kogudMikrobioloogilised kogudMikrobioloogilised kogudMikrobioloogilised kogudMikrobioloogilised kogudMikrobioloogilised kogudMikrobioloogilised kogudMikrobioloogilised kogudMikrobioloogilised kogud

Documents

Mikrobioloogilised kollektsioonid Eestis · kollektsioon (WDCM821) • Asutati 1970. aastal seente süstemaatika ja varieeruvuse uurimiseks. • Kogus hoitakse püsivalt ligikaudu