Upload
nguyentram
View
239
Download
0
Embed Size (px)
Citation preview
Metagenomic analysis reveals a novel bacteriophage abundant in human feces (B.E. Dutilh et al., Nature Communications (2014))
Supplementary Figure 1. Depth profiles of cross-contigs. Depth profiles of the cross-contigs containing reads from five through twelve samples, showing the highly correlating occurrence of the most ubiquitous cross-contigs. For details see Supplementary Data 1.
Ladder:
Supplementary Figure 2.������������ �������������������� ����������������� ��������������� ����������������� ��� ���� ��������� ��!���������"���� ������������#����� ����������������������$�� �������������� �������������!���������"�� �����%��� ��&����'��������� ��%����&*��������������� �������� ����������������� ��������� ��+�/�����3������������ ��� ��������'��������� ��/�����&����������� ���������������������������� ����5���������'��� �����!�����������5������
F1R1 F1R2 F2R2 F3R3 F4R4 F4R6 F5R5 F6R6 F7R7 F8R8 F8R10 F9R9F9R8 F11R11 F12R11F10R10 F11R10 F12R12 F13R13 F14R14 F14R17 F15R15 F16R16 F17R17F17R16 F17R20 F18R18 F19R19 F20R20F20R19 F21R21F21R20 F21R22 F22R21 F23R23 F24R24
Feca
l vira
l sam
ple
TSD
C8.
2Fe
cal v
iral s
ampl
e TS
4.2
5,009 10,139 5,920 5,419 4,333 16,188 8,022 6,269 2,706 5,184 12,486 5,1671,040 5,295 7375,344 699 5,095 3,908 5,197 18,342 5,327 5,810 5,971498 17,356 5,728 5,468 4,499924 5,587840 9,615 1,495 5,794 4,838
10 kb8 kb6 kb5 kb4 kb3.5 kb3 kb2 kb1.5 kb1 kb750 bp500 bp250 bpBand
(A) orf00068
(B) orf00077
(C) orf00079
(D) orf00019
orf00019 (continued)
orf00019 (continued)
orf00019 (continued)
(E) orf00021
(F) orf00028
(G) orf00032
(H) orf00034
(I) orf00036
(J) orf00040
(K) orf00097
(L) orf00041
(M) orf00042
(N) orf00050
Supplementary Figure 3. Unrooted maximum likelihood phylogenetic trees of crAssphage ORFs orf00068 (A); orf00077 (B); orf00079 (C); orf00019 (D, this large tree is split over four pages, the inset on each page shows which part of the tree is displayed); orf00021 (E); orf00028 (F); orf00032 (G); orf00034 (H); orf00036 (I); orf00040 (J); orf00097 (K) orf00041 (L); orf00042 (M); and orf00050 (N) with Genbank homologs. In each tree, the crAssphage ORF is indicated with a dashed arrow. The Phylip files for these trees are available from the authors on request.
Supplementary Figure 4. Phage proteomic tree of 1,193 complete viral genomes including crAssphage. CrAssphage and the two Bacteroides phages B124-14 and B40-8 are indicated with a dashed arrow in red. This large tree is split over four pages, the inset on each page shows which part of the tree is displayed.
0 100 200 300 400 500 600 700 800 900 1,000 1,100 1,200
Supplementary Figure 5. Domain structure of orf00074, including eight BACON domains. The shading intensity ������������������ �+�� ����=��� ����>�*�??+�&@�?Q+�*Q�VV+�&?�WQ+�3*�@X+�&Q�&*+�3�X3+����&X�3?�
orf0
0001
orf0
0003
orf0
0004
orf0
0007
orf0
0009
orf0
0010
orf0
0011
orf0
0012
orf0
0013
orf0
0014
orf0
0015 or
f000
16or
f000
17
orf00
018
orf00
020
orf00022
orf00023
orf00024
orf00025
orf00026orf00027
orf00029
orf00031orf00032
orf00033
orf00035
orf00036orf00037
orf00038orf00039orf00040orf00041orf00042orf00044
orf00045orf00046orf00047
orf00050
orf00081
orf00101 orf00102
orf00052
orf00053
orf0
0054
orf0
0055
orf0
0056
orf0
0057
orf00
059
orf00
060
orf00
062
orf00
063
orf00065orf0
0066orf00067orf00068orf00069orf00070orf00071orf00072
orf00073
orf00074
orf00075
orf00076
orf00077
orf00078
orf00079orf00080
orf00081
orf00082
orf00084
orf00086
orf00088
orf00091
orf00092
orf00094orf00095
orf00096 orf00097orf00098 orf00099orf00093
10 0
10 1
10 2
10 3
10 4
10 5
10 6
ORFs on forward strandORFs on reverse strand
Gut metagenomes (n = 446)F2T1 metagenome (ref. 8)
Other metagenomes (n = 2,440)PCR amplicons, and sequenced regions
0
5,000
10,000
15,000
20,000
25,000
30,000
35,000
40,000
45,00050,000
60,000
55,000
70,000
65,000
80,000
75,000
90,000
85,000
95,000
F1R1
F22R21
F21R21
F21R22
F20R20
F18R18
F19R19
F17R17 F17R16
F14R17
F15R15
F16R16
F14R14 F13R13
F12R12 F11R11
F10R10F11R10
F12R11
F9R9
F8R8F9R8 F8R10
F7R7
F6R6
F4R6
F5R5
F4R4
F3R3
F1R2
F2R2
F24R24
F23R23
F21R20
F17R20
F20R19
Supplementary Figure 6.�'�������� �� ��������������� ���� �� ���������������/��������������V?�Y�%��������� ��� �������������Z����� �� ������������ ������/����������� �������������������������%3/&���������+�����������������������������[Z���'/�������������\]QQ���������������3+]]?���� ����������+�������� ��������������������>�^WX����������������^@X_�������+�����[�����`��Z ����� ��������������*Q� ������������ ������������������ ��������\����/�����3����'��������� ��/�����&`��'�������� ����������� ���������������\������������������� ��� ������������ ����� �`��� ����5���������'��� �����!�����������5������������������������������������ ���������� ������ ������� ��������������\'��������� ��/�����&`�
crAs
spha
ge
Bact
eroi
des
sp 3
2 5
Bact
eroi
des
sp 2
1 1
6
Bact
eroi
des
sp 2
1 5
6FAA
����
���
���
���
����
����
�
����
���
���
���
����
���
Bact
eroi
des
fragi
lis 3
1 1
2
����
�����
���
����
����
����
�1
Bacte
roide
s egg
erth
ii DSM
206
97
B����
���
�����
����
����
����
AA
Bacteroides xylanisolvens XB1A draft genome
Bacteroides xylanisolvens XB1A
������������������!����"#�����$
�����������!��%��"#������
Bacteroides s
p D1
Bacteroides sp 2 1 22
Bacteroides s
p D22
Bacteroides s
p 1 1 30
Bacteroides s
p D2
Bacteroides s
p 3 1 23
Bacteroides o
vatus 3�� 47FAA
�����������
!��%����������&
Bacteroides s
p 2 2 4
�����������
!��%��"
#��'��&*
Bacter
oides
sp 1
1 6
Bacteroides s
p 1 1 14
Bacter
oides
fineg
oldii D
SM 1756
5
������
���
������
�����
�����&��
&
Bacter
oides
claru
s YIT 12
056
������
���
�!%���
�%��+
���0
Bacter
oides
sp 4
3 47F
AA
Bacter
oides
sp 3
1 40A
Bacter
oides
sp 9
1 42F
AA
Bacter
oides
sp 3
1 33F
AA
������
���
����
�#"'��-
���
Bacter
oides
dorei
5 1 3
6 D4
�����
���
�� ��$
�%��#
"'��
-�&�
Bacte
roide
s cop
roco
la DSM
1713
6
Bacte
roide
s unif
orm
is AT
�����/
�
Bacte
roide
s sp
4 1
36
Bacte
roide
s sp
D20
+��!
����
����
����
����
�#"'
����
��
Bact
eroi
des
fluxu
s YI
T 12
057
����
���
���
�� �
� �
�%��
#"'
����
��
+���
$���
���
���
� �#
�&
Bact
eroi
des
sp 3
1 1
9Ba
cter
oide
s sp
2 1
33B
Bact
eroi
des
sp 2
1 7
Bact
eroi
des
sp 2
0 3
Bact
eroi
des
inte
stin
alis
DSM
173
93
����
���
���
����%
���
����
%��#
"'��
��&�
O�
�$��
�����
���%
��;I
T 12
061
Bact
eroi
des
cacc
ae A
T��
431
��
���
� ��
����
��<
�>��
&���
��*
�����
�?��
���
� ��
����
��<
�>�&
��Al
istip
es p
utre
dini
s D
SM 1
7216
Alis
tipes
indi
stin
ctus
YIT
120
60
Prev
otel
la s
aliv
ae D
SM 1
5606
+��!
����
����
� ��
#"'
����
��
+���
��!
����
����
����
�
���;
@���
����
+���
��!
����
����
����
�;@�
����
��#
����
��?
����
�?��
��#
"'��
��&�
+���
$���
���
���
?��
���
���
���
&���
Para
$act
eroi
des
john
soni
i DSM
1�3
15
Parasutterella excrementihom���;@������/
�%�E����������$�����%m 1 1 47
Bilophila wadsworthia 3 1 6
Bilophila sp 4 1 30
D��%�*�!$���� ����������A
#��%�*�!$���� �&������&
#��%�*�!$��� ����������/�/�
�����$�����%?�?��%�E��#"'����/-
G����$������ �?�������-������$���*������?e
H����$������ �?�������-���$�
�ollinsella stercoris DSM 13279
���������������������#"'��&���
�ollinsella aerofaciens AT�� 259�6
�*�$�����%?�� �������-����
�*�$�����%?�����%?��%$� �����%?�����*�$�����%?�����%?��%$� �����%?�����
Bifido$acterium longum su$sp infantis 157F
�*�$�����%?�����%?��%$� �����%?�J�'����-
�*�$�����%?�����%?��%$� ��*�������KH������
B*�$�����%?�$��!��#SM 20213
�*�$�����%?�����%?��%$� ��*�����J�'�����
�*�$�����%?�����%?��%$� �����%?������*������?���*�$�����%?�����%?�����%?���
Bifido$acterium longum su$sp longum AT�� 55�13
B*�$�����%m pseudocatenulatum DSM����&��J�M 1200 strain DSM����&�
�*�$�����%?� ��%������%���%?�#���
�*�$�����%? catenulatum DSM���//��J�' 1194 strain DSM 16992�*�$�����%?����%?�������-�-�
�*�$�����%?����%���%?�#"'����/�
�*�$�����%?������������>��&�
�*�$�����%?�$*%?�N�@'�����-�
�*�$�����%?������%?�#"'����/&
������%?�� ��*��?��#"'�����
Acidaminococcus sp D21
Yokenella reg���$%rgei AT�� 43003
�itro$������� �&��2
����$������*��%����-��-����
����$��������%��������� 29220
Q�����$����������������%���T���&�&��
Kle$siella sp MS 92 3
V��$������ ��%?������%$� � ��%?�����<H><
�
V��$������� �������
V��$������ ��%?������%$� � ��%?�����<H><
3
Q�����$���������������%$� ���������N����/&/����*������?��
Q�����$��������������N���/&/�Escherichia sp 4 1 40B
Escherichia coli 4 1 47FAA
Escherichia coli MS 79 10
Escherichia coli MS 107 1
Escherichia sp 1 1 43
Escherichia coli MS 145 7
Escherichia coli M"�����
Escherichia coli MS 124 1
Escherichia coli MS 119 7
Escherichia coli SE11
Escherichia sp 3 2 53FAA
Escherichia coli SE15
Escherichia coli M"����1
Q�������������'"������
Escherichia coli MS 196 1
Escherichia coli MS 117 3
Escherichia coli MS 175 1
Q�������������'"�-��1
Escherichia coli MS 116 1
Escherichia coli MS 146 1
Escherichia coli MS 115 1
Escherichia coli MS 1�- 1
Escherichia coli MS 69 1
Q�������������'"��/���
Escherichia coli MS 21 1
Escherichia coli MS 60 1
Q�������������'"������
Escherichia coli MS 16 3
Escherichia coli MS 110 3
Escherichia coli MS 45 1
Escherichia coli MS 153 1
Escherichia coli MS 57 2
Escherichia coli MS 200 1
Kle$siella sp 4 1 44FAA
+��!�������%�������������-
Z�*�����!����������-&
+����%�� �����������&��/�
Q[�������������������&���
Providencia alcalifaciens DSM 30120
Providencia rettgeri DSM 1131
Providencia rustigianii DSM 4541
+����%��?��$���<H><�
Q�����$�����������$�����%?�/��������
Turic$acter sp HGF1
�%��$����������%���+�/�/
#��������%����� ��%��;@�������
Veillonella sp 6 1 27Veillonella sp 3 1 44�%��$�����%?�� �����&��%��$�����%?�� ����������
��? ���$������� ��������
Sutterella wadsworthensis 3 1 45B
Sutterella wadsworthensis 2 1 59BFAA
"%��������� ��!�%$���;@�������
Ralstonia sp 5 7 47FAA
Ralstonia sp 5 2 56FAA
Acineto$��������dioresistens SH164
������$������^%��"Z���
Succinatimonas hippei YIT 12066
Neisseria macacae AT���&&/��
Oxalo$acter formigenes OX��13
Pseudomonas sp 2 1 26
Parvim�����?���������&&�-��%��$�����%m varium����� 27725
�%��$�����%?�%��������������/���
�%��$�����%?�� ������
�%��$�����%?�?���*��%?������/��7
�%��$�����%? sp D12
�%��$�����%? necrophorum��%$� �*%�%�*��?e 1 1 36SFu��$�����%? sp D11
�%��$�����%? sp 7 1
�%��$�����%?�� ������
�%��$�����%? sp 3 1 33
�%��$�����%?�� ����&��
�%��$�����%?��%�����%?��%$� ���?������������/�
�%��$�����%?�� ������&
�%��$�����%?�� �&����-
�%��$�����%?�� �&���&���
�%��$�����%?�� �&����R
F%��$�����%? gonidiaformans AT�������&
+�� ��$�����%?�� ���K������AM������$��!$�������mithii DSM 2375M������$��!$�������mithii DSM 2374
�oryn�$acterium ammoniagenes DSM 20306
>����$����%��� �-����-���
��������?�����������/&��
Anaerococcus hydrogenalis DSM 7454
Enterococcus faecalis TX4244Enterococcus faecalis TX1467Enterococcus faecalis TX1346
Enterococcus faecalis TX2134Enterococcus faecalis TX1322
������%?���������#"'��&�-�
Streptococcus sp 2 1 36FAA
"��� ������%��������%���������V
Streptococcus infan���%���%$� ��*�ntarius AT�� BAA 102
"��� ������%���_%�%�������/��2
>����$����%�����!���%��#"'����-�Enterococcus saccharolyticus 30 1
Enterococcus faecium TX1330>�%���������?������������%$� ����?����������/���
>����$����%�� ���������%$� � ���������������&��
>����$����%�� ���������%$� � ���������-����
Weis
sella
param
esen
teroid
es A
T�� 33
313
Pedioc
occu
s acid
ilacti
ci DSM���
���
Pedioc
occu
s acid
ilacti
ci 7 4
Synergistes sp 3 1 syn1
A�����$��%�um hydrogeniformans AT�� BAA 1�50
Z����$������[����?���������������&�
Z����$������ %����%?�'@��/�����/
H����$������ ������3 complete genome
Z����$������ �����&�����? ���������?��Z����$�������������KH������
�ampylo$acter upsaliensis�JV21
��m ���$����������JV20Arco$acte��$utzle��JV22
Z����$���������������'@��/����/�
Z����$������$���������&�-/
������� ������$������&
Enterococcus faecalis TX1342
Enterococcus faecalis TX1341
+���$����%��� �ZGF7
>����$����%�������#"'�����1
�����%��� �-������������2+���$����%��� �ZH��
Mitsuokella multacida DSM 20544
Megamonas hypermegale ART12 1 draft genome
M���?�����*%�*��?��;@�������
Megamonas hypermegale ART121
#��%�*��$�����%?���*������#+-
Listeria innocua AT�� 33091
Listeria grayi DSM 20601
Q���������%��*�
������+���1
>����$����
%��%��%�����
�#"' 16047
>����$����
%����
� ��%������ 4796
>����$����
%���?���
����%��#
"'������
������%?��
�����������������-/
������%? sp
7 2 43FAA
�lostridium perfri
ngens WAL 14572
>����
$����
%����
%����'
M2 3
Lacto
$acill
us fe
rmen
tum AT�� 14
931
Lacto
$acill
u��$u
chne
ri AT�� 11
577
>����$����
%��$��!�
��%$�
����!���
����������-&��
>����
$����
%���
����
��������
/�
Bacillu
s smith
ii 7 3
47FAA
Lacto
$acil
lus rh
amno
sus L
MS2 1
>����
$���
�%����
�?��
�%���
������
���
>����
$���
�%����
�?��
�%���
�����
&��3
>����
$���
�%����
%����"
#����
���? ��
�����
��?�
>����
$���
�%����
%����'
'���A
>����
$���
�%����
%����J
�'�����
>����
$���
�%��*�
�?en
tum
IFO 3
956
>����
$���
�%��
�����
�%?
��%$�
� ��
����
%? A
T���
��/�
-
>����
$���
�%��
��$�%
��E
��%$�
����
���#
"' 2
0072
O��
��$�
����
�*��?
igen
es H
OxB
LS
>���
�$��
��%��
��%�
����
����
&�En
tero
cocc
us s
p 7L
76 d
raft
geno
me
Ente
roco
ccus
sp
7L76
Q���
����
��%�
�*���
%?
�+��
�1
Ente
roco
ccus
faec
alis T
X213
7
Ente
roco
ccus
faec
alis T
X130
2
����
��%
?�
**��
��N�
+�-
����
��
%?�
**�
���N
�+��
Ente
roco
ccus
faec
alis
TX01
04
Brac
hysp
ira p
ilosic
oli W
esB
Anae
rofu
stis
ster
corih
omin
is DS
M 1
7244
"%$
���
���%
�%?
�� �
��&�
����
���
�����
�����
�����
E��
�;@�
����
�&
+�����������$�����%?��%�����%�����;@������-Phascolarcto$acterium sp YIT 12067
Erysipelotrichaceae�$acterium 3 1 53
Q��� �������������$�����%?��������
Ruminococcus torques AT�� 27756
>������ �������$�����%?�&��������
Lachnospira�����$�����%m������7FAA
>������ �������$�����%?������-���
>������ �������$�����%?�-��������
���!��*������� ��%��������/��&
Eggerthella sp HGA1
Eggerthella sp 1 3 56FAA������%?�$������������������&
E%$�����%? sp 3 1 31
Q��� �������������$�����%?����&
������%?�**����-����������
Rum������%�����!%������ 29149
>������ �������$�����%?��������AA
Lachnospiraceae $acterium 9 1 43BFAA
>������ �������$�����%?�����&-���
�� ��$����%��� �#-
������%?���?��%?�#"'�����
Anaerostipes sp 3 2 56FAA
>������ �������$�����%?����������
�� ��$����%��� �&�&������
>������ �������$�����%m 6 1 63FAA
>������ �������$�����%? 1 4 56FAA
�lostridium nexile DSM��-�-
���%����������#"'�����&
������%?������[���<�>�������opro$�cillus sp���� 54BFAA
Anaerostipes caccae DSM 14662>������ �������$�����%?������&���
������������ �""������*������?��
������������ �""��
�lostridium sp SS2 1������%?�����?�����#"'�����&
�lostridium�$artlettii DSM 16795
�� ��$����%��� �#�
�� ��$����%��� ��/�1�lostridium leptum DSM 753������%?�� �ZH��
Lachnospiraceae�$acterium 5 1 57FAA
�lostridium clostridioforme 2 1 49FAA
������%?�������������&�-��
Q%$�����%?�����%?�#"' 3991
������%?�� �#�
>������ �������$�����%?�&����-������1
������%?���?$��%?�<�>����-&
������%?������[���#"'��&�-/
������%?���������W�>��-���
�����������$�����%?���-��-����
�����������$�����%?���-��-������������-��-����
Holdemania filiformis DSM 12042
�lostridium sp 7 3 54FAA
Rum
inococcus torques L2 14 draft genome
Rum
inococcus torques L214{
%?������%�����������
���
��/�-� #��
�����
���
����
��#
"'
��&�
��
Rum
inoc
occu
s sp
SR
1 5
draf
t gen
ome
Rum
inoc
occu
s sp
SR
15R
umin
ococ
cus
sp 5
1 3
9B F
AAR
umin
ococ
cus
sp 5
1 3
9BFA
A st
rain
5 1
39B
FAA
E%$�
����
%m
hal
lii D
SM 3
353
#��
���*�
�?�
���
����
���
���
��--
��D
orea
form
icig
ener
ans
4 6
53A
FAA
Q%$�����%?�!������%?
�����
��-���Eu$�cterium
�$*��?e D
SM 3/�9
�� ������%����?
���">-��
� ������%����?����
���
��--��
�� ������%�����%��H
#�-���*������?
���
� ������%�����%��H#
-
R��
�$%�
��n
ulin
ivor
ans
DSM
����
��
{��
�$%�
���
����
���
��|
����
���
*����
��?
��
Ros
�$%�
���
����
���
��|
B6B4
{��
�$%�
���
����
���
��'
����
���
*����
��?
��
{��
�$%�
���
����
���
��'
���
Ros
e$ur
ia in
test
inal
is L
1��2
�%��
�!$
����
����
��%�
�#"'
���-
�
Bact
eroi
des
pect
inop
hilu
s AT
��
432
43
>���
�$��
��%��
�%?
��
����
���
����
�%��
�!$
���*
$��
��!�
����
��
Q%$�
����
%?
�����
����
'��
����
��*
�����
�?e
Q%$�
����
%?
�����
����
'��
��
E%$a
cter
ium
rect
ale
DSM
176
29 d
raft
geno
me
Q%$�
����
%?
�����
����
����
�%��
�!$
���*
$��
��!�
����
����
��*
�����
�?��
�lo
strid
ium
sp
L2 5
0
���
���
���
���
�""&
���
��*��
����
?�
���
���
���
���
�""&
�
{%?
������%���$�%?����
���/�-�
Rum
inococcus o$eum A2 162 draft genom
e {
%?������%���$�%?
������
Q%$�����%?��������������-���*������?
��Q%$�����%?
�������������-
�lostridium
asparagiforme D
SM 15/�1
Su$doligranulum va��$ile DSM 15176
Q��� �������������$�����%?�������
{%?������������$�����%?�#��
+��%�*��!��*��������� ����%��������/-//
Q��� �������������$�����%?����������
�lostridium saccharolyticum
like K10 draft genome
������%m saccharolyticum
like K10
�lostridiales sp SM4 1 draft genome
�lostridiales sp SM41
Rum
inococcu��$��mii L2 63 draft genom
e
{%?
������%��$��?�>��&
Blautia hydrogenotrophica DSM
10507
������%?
�?����� �����%?
�#"'
���-�
Anaerotruncus colihominis D
SM 17241
Marvin$ryantia form
atexigens DSM
14469
Q%$�����%? siraeum
V10S������*������?e
Q%$�����%?�����%?
�}��"���
Q%$�����%?�����%?
�#"'
���-��
Q%$�����%? siraeum
70 3 draft genome
Q%$�����%? siraeum
703
�lostridium sym
$��%? W
AL 14163
������%?�� �'
���1
Ruminococcus sp 1�+13
{%?������%�����?
������������ ����������+�&����*������?�
�� ������%��� ��{��������*������?��
�� ������%��� ��{����
�� ������%���%����%��������--�/������$�����%?
� ��%���~�">&�&���*������?��
������$�����%? prausnitzii SL33
������$�����%?� ��%���~�'
����
������$�����%? prausnitzii A2 165
������$�����%m cf prausnitzii KLE1255
������$�����%?� ��%���~�>������*������?
��
������$�����%?� ��%���~�>��
������$�����������������������FirmicutesProteobacteriaBacteroidetesActinobacteriaOther
Supplementary Figure 7.������������ ������������������ ������ ��������������j ��������� ��������� ������ �������������� z������ ���&X&�{[������������������������� ��������+����$��#���� ������ ��������������������+����]?]���������������� ��������������� �����������/����������� ���������������������������������
Supplementary Table 1. Regions sequenced by Sanger dideoxynucleotide sequencing and their origin. Sample: sample of fecal virus-like particle (VLP) derived DNA used for amplification, see Methods for details. Primers: primer pair used for amplification by long-range PCR; see Table 2 for sequences; see Supplementary Figure 6 for region; see Supplementary Figure 2 for band. Amplified: start and end positions of the amplicon. Sequenced: start and end positions of the region sequenced by Sanger sequencing. Identity: percent identity of the region sequenced by Sanger sequencing.
Identifier Sample Genbank ID Primers Amplified Sequenced Identity TS4.2-F1R1-1 TS4.2 KM000086 F1-R1 1,784-6,793 6,010-6,732 97.79 TS4.2-F2R2-2 TS4.2 KM000087 F2-R2 6,003-11,923 6,040-7,068 99.90 TS4.2-F2R2-3 TS4.2 KM000088 F2-R2 6,003-11,923 10,855-11,882 99.61 TSDC8.2-F3R3-4 TSDC8.2 KM000089 F3-R3 9,511-14,930 14,214-14,651 91.55 TS4.2-F4R6-5 TS4.2 KM000090 F4-R6 13,525-29,713 24,740-25,760 99.71 TS4.2-F4R6-6 TS4.2 KM000091 F4-R6 13,525-29,713 24,748-25,785 100.00 TS4.2-F5R5-7 TS4.2 KM000092 F5-R5 17,800-25,822 17,855-18,859 99.80 TS4.2-F5R5-8 TS4.2 KM000093 F5-R5 17,800-25,822 24,779-25,785 99.80 TS4.2-F6R6-9 TS4.2 KM000094 F6-R6 23,444-29,713 23,487-24,478 99.80 TS4.2-F6R6-10 TS4.2 KM000095 F6-R6 23,444-29,713 28,632-29,679 99.24 TS4.2-F7R7-11 TS4.2 KM000096 F7-R7 28,191-30,897 28,223-29,125 99.78 TSDC8.2-F7R7-12 TS4.2 KM000097 F7-R7 28,191-30,897 28,223-29,040 94.01 TS4.2-F7R7-13 TSDC8.2 KM000098 F7-R7 28,191-30,897 30,024-30,831 99.75 TSDC8.2-F7R7-14 TSDC8.2 KM000099 F7-R7 28,191-30,897 30,009-30,838 97.47 TS4.2-F8R8-15 TS4.2 KM000100 F8-R8 30,874-36,058 30,913-31,880 99.69 TS4.2-F8R8-16 TS4.2 KM000101 F8-R8 30,874-36,058 35,064-36,006 100.00 TS4.2-F9R9-17 TS4.2 KM000102 F9-R9 35,018-40,185 35,064-36,060 99.80 TS4.2-F9R9-18 TS4.2 KM000103 F9-R9 35,018-40,185 39,256-40,134 98.75 TS4.2-F10R10-19 TS4.2 KM000104 F10-R10 38,016-43,360 38,067-39,023 100.00 TS4.2-F10R10-20 TS4.2 KM000105 F10-R10 38,016-43,360 42,451-43,309 99.77 TSDC8.2-F12R12-22 TSDC8.2 KM000106 F12-R12 47,319-52,314 47,289-47,646 93.58 TSDC8.2-F13R13-23 TSDC8.2 KM000107 F13-R13 50,677-54,585 50,746-51,290 92.46 TSDC8.2-F13R13-24 TSDC8.2 KM000108 F13-R13 50,677-54,585 53,703-54,518 97.92 TSDC8.2-F14R17-25 TSDC8.2 KM000109 F14-R17 53,476-71,818 71,512-71,805 97.28 TSDC8.2-F17R20-26 TSDC8.2 KM000110 F17-R20 65,847-83,203 69,229-70,168 95.43 TSDC8.2-F17R20-27 TSDC8.2 KM000111 F17-R20 65,847-83,203 78,679-79,572 98.77 TS4.2-F20R20-28 TS4.2 KM000112 F20-R20 78,704-83,203 78,761-79,782 99.80 TS4.2-F20R20-29 TS4.2 KM000113 F20-R20 78,704-83,203 82,218-83,152 99.89 TSDC8.2-F21R22-30 TSDC8.2 KM000114 F21-R22 82,363-91,978 82,470-83,000 91.34 TSDC8.2-F21R22-31 TSDC8.2 KM000115 F21-R22 82,363-91,978 83,756-84,563 97.28 TS4.2-F23R23-32 TS4.2 KM000116 F23-R23 91,909-628 91,940-92,951 99.51 TS4.2-F23R23-33 TS4.2 KM000117 F23-R23 91,909-628 96,503-97,064 96.80 TS4.2-F23R23-34 TS4.2 KM000118 F23-R23 91,909-628 4-601 99.50 TS4.2-F23R23-35 TS4.2 KM000119 F23-R23 91,909-628 96,513-96,998 97.12 TSDC8.2-F23R23-36 TSDC8.2 KM000120 F23-R23 91,909-628 91,957-92,893 97.24 TS4.2-F24R24-37 TS4.2 KM000121 F24-R24 95,394-3,167 2,420-3,109 99.28