Mémoire Présenté - LaBioGene · prevalence of astrovirus are seen in children less than 24 months and the parasite in more than 24 months . Breastfeeding Breastfeeding is a protective

UNIVERSITE DE OUAGADOUGOU

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UNITE DE FORMATION ET DE

SCIENCES DE LA VIE ET DE LA TERRE

(UFR/SVT)

Mémoire Présenté

Par : Zakaria GAMSONRE

Pour l’obtention du Master II

de Biologie Moléculaire et de Génétique Moléculaire Appliquées

de l’Université de Ouagadougou

SUR LE THEME:

Diagnostic des gastro-entérites astrovirales et parasitaires chez les

enfants de moins de 5 ans de Ouagadougou (Burkina Faso)

Soutenu le 16 Novembre devant le jury composé de :

Président : Prof Nicola Barro, Professeur Titulaire, Université de Ouagadougou

Membres: Prof Jacques Simporé, Professeur Titulaire, Université de Ouagadougou

Dr Virginio Pietra, Chargé de recherche, Université de Brescia, Italie

LABORATOIRE DE BIOLOGIE MOLECULAIRE

ET DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE

(LABIOGENE)

N° d’Ordre .............................../LABIOGENE

Mémoire Master II /Biogéma/2012 / GAMSONRE Zakaria Page i

Préface du Coordonnateur du Master BIOGEMA

De nos jours, les connaissances avancées en génétique et biologie moléculaires sont

incontournables pour conduire des études de hautes valeurs ajoutées en sciences biologiques.

Les outils de la Biologie moléculaire ont permis d’accomplir de grands progrès dans le

domaine du diagnostic, de la pharmacie, de la thérapeutique, de l’agriculture et même dans

l’aide à la justice par l’identification humaine. Les Universités et les laboratoires de recherche

des Pays membres de l’UEMOA dans leur grande majorité, restent arrimés aux pays et

laboratoires de recherche du Nord pour leurs besoins en recherches et activités en génétique et

biologie moléculaires. Cet état de fait est lié au déficit en personnel qualifié et le manque de

ressources financières et matériel pour conduire les recherches en local in situ. Cela a pour

conséquence, une non maîtrise de la finalité ainsi que de l’utilisation des résultats et produits

des recherches que nous conduisons, une surenchère du coût des examens et des études en

biologie et génétique moléculaires. Un autre corollaire et non des moindres de cet état de fait

est la fuite de capitaux mais également la fuite des cerveaux car les étudiants les plus

compétents envoyés dans les pays du Nord ont tendance à y rester.

Le master en Biologie Moléculaire et en Génétique Moléculaire Appliquées (BioGeMA) a

pour but de combler le vide constaté dans l’expertise en génétique et biologie moléculaires

par la mise à disposition des pays de l’espace UEMOA, de personnels qualifiés, de haut

niveau de compétences pour conduire des études et recherches en génétique et biologie

moléculaires.

Le master BioGeMA est :

Un Master à dimension sous-régionale

Géré par un réseau de chercheurs et praticiens en génétique et biologie

moléculaires

Soutenu par une plateforme technologique sous-régionale à LABIOGENE

Ce Master a pour objectif de former des biologistes, des pharmaciens, des vétérinaires et des

médecins biologistes capables d’effectuer des diagnostics biomoléculaires dans des centres

hospitaliers et d’élaborer des études d’investigations dans des structures de recherches. En

outre, il ouvrira la porte d’études doctorales aux meilleurs étudiants pour permettre la

formation de chercheurs et d’enseignants-chercheurs afin d’assurer la relève du corps

enseignants, la constitution d’une masse critique d’experts africains et la mise en place d’un

véritable réseau africain de recherche dans le domaine ci-dessus cité.

Professeur Jacques SIMPORE

Professeur Titulaire de Biologie Moléculaire et de

Génétique Moléculaire

UFR/SVT-École Doctorale Sciences et

Technologie

Université de Ouagadougou – Burkina Faso

Mémoire Master II /Biogéma/2012 / GAMSONRE Zakaria Page ii

Dédicaces

Je dédie ce Mémoire:

A ma famille notamment ma mère Koussoubé Aminata, mon père Gamsonré Yéwaya

Oumarou et sa deuxième épouse Sarambé Nathalie Marceline kalidiata pour

leurs assistances continues et tous les sacrifices consenties.

A mes frères et sœurs: Abasse, Maliki, Mahamadi, Arouna, Rihanata,

Roukiétou, Ramata, Neimatou, Boukari, Fatimata, Mamoudou, Ladifatou,

Salifou pour leurs conseils,

A ma chérie Salimata Sana pour tout le soutien et les encouragements durant

cette aventure du 3è cycle;

A toute la première promotion du Master de Biologie et de Génétique

Moléculaires Appliquées (BioGeMA), Qu’elle trouve ici l’expression de mes

profondes considérations.

Mémoire Master II /Biogéma/2012 / GAMSONRE Zakaria Page iii

Remerciements

Le présent mémoire qui sanctionne notre formation au Master est aussi le fruit de la collaboration et des sacrifices

consenties par des personnes physiques et /ou morales de bonne volonté auxquelles nous traduisons toutes nos

reconnaissances. Mes remerciements vont:

A l’endroit des autorités de l’université de Ouagadougou notamment celles de l’UFR/SVT pour avoir accepté

notre inscription au Master de BIOGEMA.

Au professeur Jacques Simporé, professeur titulaire de génétique et de Biologie Moléculaires à l’université

de Ouagadougou, Directeur du Centre de Recherche Biomoléculaire Pietro Annigoni (CERBA), Directeur du Centre

Médical Saint Camille (CMSC) et Recteur de l’Université Saint Thomas d’Aquin (USTA) pour nous avoir permis de nous

initier à la recherche en Biologie Moléculaire, pour avoir accepté de diriger cette étude et pour ses précieux conseils

ainsi que ses encouragements;

Au Profession Nicola Barro, professeur titulaire de virologie générale, vice-président chargé des

Enseignements et des innovations pédagogiques pour avoir accepté présider ce Jury;

Au Docteur Piétra Virginio, chargé de recherche à l’université de Bréscia, Italie, enseignant du Master pour

avoir accepté de juger ce travail;

Au Docteur Cyrille BISSEYE, Enseignant chercheur à l’Université de Franceville au Gabon, Enseignant du Master II

BioGeMA, pour l’encadrement au laboratoire et pendant la rédaction du présent mémoire, pour la qualité de son

encadrement et sa grande disponibilité;

A l’endroit de tout le personnel du Centre de Recherche de Biomoléculaire Piétro Annigoni (CERBA/LABIOGENE)

et du Centre Médical Saint Camille (SMSC) pour les services rendus, les conseils prodigués tout au long de ce stage et

principalement le père Yonli Directeur adjoint du CERBA/LABIOGENE;

Aux docteurs : Djenéba Ouermi, Florencia Djigma, Linda Sagnan et Léon Nitiéma, Soyez assurés de ma

profonde gratitude et de toute ma reconnaissance;

A l’endroit de Monsieur Youssouf Tao pour son aimable implication à l’amélioration de la qualité de ce

mémoire et son soutien moral;

A mes parents, mes frères et sœurs pour leurs soutiens multiformes et tous ceux qui d’une manière ou d’une

autre ont contribué à la réalisation de ce travail;

A tous les enseignants du master de BioGeMA et de l’UFR/SVT, pour la qualité des enseignements reçu au

cours de notre formation;

A toutes les mères qui ont acceptées participer à cette étude.

Mémoire Master II /Biogéma/2012 / GAMSONRE Zakaria Page iv

Résumé

Introduction: Les gastro-entérites constituent une des principales causes de mortalité et de

morbidité dans le monde entier notamment dans les pays en développement. La malnutrition

est un facteur favorisant l’aggravation des maladies diarrhéiques chez les enfants de 0 à 5 ans.

L’incidence des maladies diarrhéiques s’observe durant toute l’année avec un pic élevé en

saison sèche. La prévalence des astrovirus dans le monde varie de 2 à 16% (Hamkar et al,

2010) et celle parasitaire reste toujours élevée dans la plus part des pays pauvres.

L’objectif de notre étude est d’établir la prévalence des infections astrovirales et parasitaires

chez les enfants diarrhéiques de moins de 5 ans de la ville de Ouagadougou (Burkina Faso).

Méthode: Nous avons évalué le statut nutritionnel des 213 enfants admis en consultation au

Centre Médical Saint Camille de Mai 2012 à Avril 2013. Les astrovirus ont été diagnostiqués

par la RT-PCR grâce à l’amplification de leur région de capside (ORF2). Pour cela les ARNs

viraux ont été extraits à l’aide du kit DNA Sobent B de Sacaces biotechnologies à partir des

selles des enfants. Après la rétro-transcription et l’amplification, les produits PCR sont migrés

par électrophorèse puis revelés sur Ultra-violet. La bande de 175 Pb correspond aux

échantillons positifs. Quant aux parasites (Gliadia lamblia, les Trichomonas intestinalis,

Hyponema nana, Entamoeba histolytica), ils ont été détectés par observation directe à la

microscopie ou après coloration au lugol.

Résultats: Sur l’ensemble de notre échantillon la malnutrition touche 59,7% des enfants avec

une forte prévalence chez les enfants de moins de 24 mois. Les astrovirus ont une prévalence

de 14,60% (31/213) et celle des Parasites de 20,7% (44/213). Parmi les parasites isolés

Gliadia lamblia représentent (12,2%), Trichomonas intestinalis (8%), Entamoeba histolytica

(1,9%). Les cas de coïnfections (astrovirus et parasites) sont observés seulement dans 4,2%

(9/213) des individus de la cohorte. Les fortes prévalences des astrovirus sont observées chez

les enfants de moins de 24 mois et celles parasitaires chez les plus de 24 mois. L’allaitement

maternel au sein est un facteur protecteur contre les épisodes diarrhéiques. La saison et l’âge

serait des causes de fluctuations de l’incidence diarrhéiques chez les enfants de moins de 5

ans.

Conclusion: La connaissance de l’ensemble des étiologies impliquées dans les diarrhées est

nécessaire pour une lutte efficace des gastro-entérites infantiles.

Mots clés: Gastro-entérites, astrovirus, Parasites, Malnutrition, RT-PCR, Microscopie et

Burkina Faso.

Mémoire Master II /Biogéma/2012 / GAMSONRE Zakaria Page v

Abstract:

Introduction: gastroenteritis is the leading cause of mortality and morbidity worldwide

including in the developing world. Malnutrition is a contributing factor to the increase of

diarrheal diseases among children 0-5 years. The incidence of diarrhea was observed

throughout the year with a high peak in the dry season. The prevalence of astrovirus in the

world varies from 2 to 16% (Hamkar et al, 2010) and the parasite remains high in most poor

countries.

The aim of our study was to establish the prevalence of parasitic infections and astrovirales

diarrheal children under 5 years of Ouagadougou (Burkina Faso) .

Methods: We assessed the nutritional status of 213 children admitted in consultation Medical

Center Saint Camille May 2012 to April 2013. Astroviruses were diagnosed by RT- PCR

amplification with their capsid region (ORF2). For that viral RNAs were extracted using the

DNA Sobent B Sacaces biotechnology kit from stool of children. After reverse transcription

and amplification, the PCR products were migrated by electrophoresis and identified on

Ultraviolet. The bands 175 Pb correspond to positive samples. As for parasites (Gliadia

lamblia, Trichomonas intestinalis, Hyponema nana, Entamoeba histolytica), they were

detected by direct observation or microscopy after staining with Lugol.

Results: Of the whole sample malnutrition affects 59.7 % of children with a high prevalence

in children under 24 months. Astroviruses have a prevalence of 14.60 % (31 /213) and the

Pest 20.7% (44/ 213). Among the isolated parasites are Gliadia lamblia (12.2%),Trichomonas

intestinalis (8%), Entamoeba histolytica (1.9 %).Cases of co-infection (astrovirus and

parasites) are observed only in 4.2% (9/ 213) of individuals in the study cohort .The high

prevalence of astrovirus are seen in children less than 24 months and the parasite in more than

24 months . Breastfeeding Breastfeeding is a protective factor against diarrheal episodes.

Season and age would be the causes of fluctuations in diarrheal incidence among children

under 5 years.

Conclusion: an observation of individual and collective ownership would reduce the incidence

of diarrhea and malnutrition is a public health problem. Knowledge of all etiologies involved

in diarrhea is necessary for effective control of infantile gastroenteritis.

Keywords: Gastroenteritis, astrovirus, Parasite, Malnutrition, RT -PCR, microscopy and

Burkina Faso.

Mémoire Master II /Biogéma/2012 / GAMSONRE Zakaria Page vi

Table de Matières

Préface du Coordonnateur du Master BIOGEMA ...................................................................... i

Dédicaces ................................................................................................................................... ii

Remerciements .......................................................................................................................... iii

Résumé ...................................................................................................................................... iv

Table de Matières ...................................................................................................................... vi

Listes des figures ..................................................................................................................... viii

Liste des tableaux ...................................................................................................................... ix

Abréviation ................................................................................................................................. x

Introduction ................................................................................................................................ 2

1 Revue Bibliographique ........................................................................................................ 5

1.1. Généralités sur les astrovirus (HAstvs) ........................................................................ 5

1.1.1. Définition ......................................................................................................................... 5

1.1.2. Historique et distribution .................................................................................................. 5

1.1.3. La morphologie ................................................................................................................ 5

1.1.4. Critère de classification des astrovirus ............................................................................. 6

1.1.5. Organisation génomique .................................................................................................. 6

1.1.6. Mode de transmission des Astrovirus .............................................................................. 7

1.1.7. Les facteurs de risque ....................................................................................................... 8

1.1.8. Variabilité génétique et transmission interspécifique .................................................... 10

1.1.9. Le processus de clivage du génome des HAstVs ........................................................... 10

1.1.10. Cycle de vie et mécanisme d’invasion ......................................................................... 11

1.1.11. Réponse immunitaire .................................................................................................... 12

1.1.12. Diagnostic des astrovirus ............................................................................................. 13

1.1.13. Physiopathologie .......................................................................................................... 15

1.1.14. Traitement et prévention .............................................................................................. 16

Mémoire Master II /Biogéma/2012 / GAMSONRE Zakaria Page vii

1.2. Les parasites intestinaux ............................................................................................ 17

1.2.1. Protozooses ..................................................................................................................... 17

1.3. Les autres gastroentérites. .......................................................................................... 20

1.3.1. Les rotavirus (Rv) ........................................................................................................... 21

1.3.2. Les norovirus .................................................................................................................. 21

1.3.3. Les adenovirus ................................................................................................................ 22

1.3.4. Les Bactéries .................................................................................................................. 22

2. Objectif du mémoire ............................................................................................................. 24

2.1. Objectif principal ........................................................................................................... 24

2.2. Objectifs spécifiques ...................................................................................................... 24

3. Matériels et Méthodes .......................................................................................................... 26

3.1. Cadre d’étude ................................................................................................................. 26

3.2. Population d’étude ......................................................................................................... 26

3.3. Détection des entéro-pathogènes ................................................................................... 27

3.3.1. Détection des astrovirus .......................................................................................... 27

3.2.6. Détection des parasites ............................................................................................ 30

3.2.6.1 Mode opératoire ........................................................................................................... 30

3.2.7. Considération éthique ............................................................................................. 30

3.2.8. Analyse statistique .................................................................................................. 30

4. Résultats ............................................................................................................................... 32

4.1. Caractéristiques sociodémographiques et cliniques des enfants ................................... 32

4.2. Prévalence des astrovirus et des parasites chez les enfants ........................................... 33

4.3. Répartition des astrovirus et des parasites en fonction des caractéristiques .................. 34

4.4. Répartition des infections astrovirales et parasitaires en fonction des signes cliniques des

enfants diarrhéiques .................................................................................................................. 36

4.5. L’influence des saisons sur les infections des entéro-pathogènes ................................. 36

5. Discussion ............................................................................................................................ 40

6. Conclusion ............................................................................................................................ 45

7. Références ............................................................................................................................ 47

Mémoire Master II /Biogéma/2012 / GAMSONRE Zakaria Page viii

Listes des figures

Figure 1:Image d’astrovirus observée au microscope électronique en coloration négative....... 6

Figure 2: Structure du génome des astrovirus ............................................................................ 7

Figure 3: Différentes voies de transmission des HAsTVs ......................................................... 8

Figure 4: Processus de clivage du génome des astrovirus ....................................................... 11

Figure 5: Cycle de vie et mécanisme d’invasion des astrovirus ............................................. 12

Figure 6: Physiopathologie des astrovirus. .............................................................................. 16

Figure 7: Trophozoite vue de face ........................................................................................... 18

Figure 8: Kyste de giardia lamblia .......................................................................................... 18

Figure 9: Morphologie de strongyloides stercoralis ................................................................ 20

Figure 10: Structure d’un rotavirus .......................................................................................... 21

Figure 11: Carte administrative du burkina faso ...................................................................... 26

Figure 12:Extraction de l’ARN des astrovirus au CERBA ...................................................... 29

Figure 13:Electrophoregramme des produits PCR ................................................................... 34

Figure 14: Influence des saisons sur les infections des entero-pathogènes .............................. 38

Figure 15 : Prévalence saisonnière des astrovirus et des parasites .......................................... 38

Mémoire Master II /Biogéma/2012 / GAMSONRE Zakaria Page ix

Liste des tableaux

Tableau 1 : Répartition des paramètres anthropométriques en fonction des tranches d’ âge. .. 32

Tableau 2: Répartition de l’état nutritionnel des enfants diarrhéiques en fonction des tranches

d’ âge ........................................................................................................................................ 33

Tableau 3: Caractéristiques pédiatriques en fonction des entéro-pathogènes .......................... 35

Tableau 4: Fréquence des astrovirus et des parasites en fonction des signes cliniques des

enfants ...................................................................................................................................... 37

Mémoire Master II /Biogéma/2012 / GAMSONRE Zakaria Page x

Abréviation

ADNc

AdV

AGE

ARN

ARNg

ARNsg

BioGeMA

BET

CERBA

CMSC

EDTA

ELISA

HAstV

HAZ

Kb

LABioGene

MML-V

mn

nm

Nov

Nsp

OMS

ORF

PCR

PBS

PV/VIH

RGPH

RHO

RT

Rv

UEMOA

UTR

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Acide Désoxyribonucléique Complémentaire;

Adenovirus;

Gastroentérite Aigue;

Acide Ribonucléique;

Acide Ribonucléique génomique;

Acide Ribonucléique sous génomique;

Biologie et Génétique Moléculaires Appliquées;

bromure d’éthidium;

Centre de Recherche Biomoléculaire Pietro Anigonni;

Centre Médical Saint Camille;

Acide éthylène diamine tétra-acétique;

Enzyme Linked Immuno Sorbent Assay;

Human Astrovirus;

Heigth for Age (taille/ âges);

Kilo-base;

Laboratoire de Biologie et de Génétique;

Virus de la leucémie murine de Moloney;

Minute;

Nanomètre;

Norovirus;

Protéine non structurale;

Organisation Mondiale de la Santé;

(Open Reading Frame) cadre de lecture ouverte;

Polymérase Chain Réaction (Réaction de Polymérase en Chaine);

Phosphate Buffered Saline;

Personne Vivant avec le VIH

Recensement Général de la Population et des Habitats;

Réhydratation par voie orale;

Reverse Transcription (Reverse transcriptase);

Rotavirus;

Union Economique et Monétaire Ouest Africain;

Untranslated Region (Région non traduite);

Mémoire Master II /Biogéma/2012 / GAMSONRE Zakaria Page xi

UV

V

VLP

VPg

WAZ

WAH

:

:

:

:

:

:

Ultra-Violet;

Volt;

Virus-Like Particule (particule(s) virale(s) de synthèse);

Protéine Virale liée au Génome;

Weight for Age (poids/ âges);

Weigth for Heigth (Poids/ Taille).

Mémoire Master II /Biogéma/2012 / GAMSONRE Zakaria Page 1

Introduction


Introduction

Les gastroentérites constituent une des principales causes de mortalité et de morbidité chez les

enfants de moins de 5 ans et sont aussi une cause majeure de la malnutrition et du retard de

croissance (Hamkar et al., 2010). De par leur répartition saisonnière, les maladies diarrhéiques

causent annuellement 2,5 millions de décès parmi les enfants de moins de 5 ans et

représentent 21% de tous les décès dans cette tranche d’âge (Kosek et al., 2003, Glass et al.,

2006). Voir aussi données de mortalité infantile sur le site de l’OMS

Au Burkina Faso les diarrhées chez les enfants de moins de 5 ans sont causées par les virus

(Rotavirus, Astrovirus, Norovirus, Adenovirus), les parasites (Giardia lamblia, Trichomonas

intestinalis, Hyponelepis nana, Entamoeba histolytica, Cryptospridium, amibes), les bactéries

(Salmonella, Shigella, Campylobacter, Escherichia coli, Yersinia, Vibrio cholerae,

Helicobacter pylori) et les toxines (champignons, coquillages infectés par des algues toxiques

lesquels ?) (Sanou et al., 1999, Nitiema et al., 2011). Les coïnfections sont les plus fréquentes

dans presque la totalité des épisodes de diarrhées chez les moins de 5ans (Ouermi et al., 2007;

Nitiema et al., 2011).

Les astrovirus représentent la deuxième cause des gastro-entérites virales après les rotavirus

(Finkbeiner. et al., 2009, De Benedictis et al., 2011) chez les nourrissons, les adultes, les

vieillards (Mitchell et al., 2002), les immunodéprimées (Coppo et al., 2000, Wunderli et al.,

2011) y compris les personnes vivant avec le virus de l’immunodéficience humaine (Pv/VIH)

(Pollok et al., 2001).

Les astrovirus (HAstVs) sont des virus à ARN appartenant à la famille des Astroviridae qui

comprend le genre Mamastrovirus et le genre Avastrovirus (Chu et al., 2008, Bosch et al.,

2011). Les HAstVs sont reconnus comme une cause endémique des gastro-entérites aiguës

dans le monde entier, des études sérologiques démontrant que 90% des individus dans

certaines populations ont des anticorps dirigés contre les HAstV (Koopmans et al., 1998;

Glass et al., 2001).

Cependant, tous les sujets porteurs d’HAstV ne développent pas une maladie ulcéreuse; ceci

pourrait s’expliquer par les facteurs génétiques de l’hôte, des facteurs environnementaux et/ou

la virulence des sous types d’HAstVs. Les HAstVs ont un tropisme pour les microvillosités,

la lamina propria, les entérocytes matures, les macrophages sous-épithéliaux, les lysosomes,

les cryptes et les parenchymes (Sebire et al., 2004).

Ils induisent une diarrhée modérée ou sévère, des fièvres, la perte d’appétit, des douleurs

abdominales et des vomissements (Cubitt et al., 1996; Mitchell et al., 2002).

http://vir.sgmjournals.org/content/94/Pt_3/570.long#ref-8





La transmission du virus se fait par la voie féco-orale, interhumaine et de l’animal à l’homme

(Pinto et al., 1996; Matsui et al., 2001). Les astrovirus constituent donc un problème majeur

de santé publique dans les pays développés et en voie de développements (Bon et al., 1999).

Les études menées dans le monde et en Afrique ont montré des prévalences très variées. Des

prévalences de 8,6%, 4,3% et de 3% ont été rapportées respectivement en Thailande, en

Australie et en Iran (Hermann et al, 1991); Schnagl et al., 2002; Hamkar et al, 2010). Au

Brésil 33% des enfants de moins de 5 ans présentaient des diarrhées à astrovirus (Silva et al.,

2001).

En Afrique, les rares études menées sur les HAstVs ont rapporté prévalences de 37,0% en

Afrique du Sud (Taylor et al., 1997), 4,0% en Côte d’Ivoire (Bini et al., 2007), et de 6,7% au

Nigeria et au Zaïre (Pennap et al., 2002). Au Burkina Faso la prévalence des astrovirus

jusque-là inconnue et leur rôle dans les gastroentérites chez les enfants n’a encore fait l’objet

d’étude.

Quant aux parasitoses, elles sont causées principalement par les helminthes et les

protozooses. Ces infections constituent un problème de santé publique dans les pays en

développement. En dépit des efforts entrepris pour leurs éliminations, les prévalences des

parasitoses restent toujours presque stables. Des prévalences de 10,7%, 18,2% ont été

rapportées respectivement au Burkina Faso (Sanou et al., 1999, Ouermi et al., 2007 chercher

autres références pour le BF) et en Ethiopie (Amare et al., 2012).

Au regard des fortes prévalences des infections astrovirales et parasitaires, il s’avère donc

nécessaire d’approfondir les connaissances sur le rôle de ces micro-organismes dans les

pathologies digestives. C’est donc cette nécessité qui a motivé le choix du thème:«Diagnostic

des gastro-entérites astrovirales et parasitaires chez les enfants de moins de 5 ans de

Ouagadougou (Burkina Faso)».


REVUE BIBLIOGRAPHIQUE


1 Revue Bibliographique

1.1. Généralités sur les astrovirus (HAstvs)

1.1.1. Définition

Les astrovirus (HAstV) sont des virus à ARN nu (sans enveloppe), à symétrie icosaedrale de

petite taille (28 à 30 nm de diamètre) appartenant à la famille des Astroviridae (Guix et al.,

2002; Bosch et al., 2011). Ils infectent les mammifères et certaines espèces d’oiseaux.

1.1.2. Historique et distribution

Les astrovirus humains (HAstV) ont été observés pour la première fois par Appleton et

Higgins (Appleton et al., 1975) au cours d’une épidémie de gastroentérites dans une maternité

en Ecosse. Leur appellation découle de l’observation des formes astrons (en grec étoile) en

microscopie électronique (Madeley et al., 1975).

Les astrovirus infectent les humains, les bovins, les porcins, les ovins, les visons, les chiens,

les chats, les souris, les poulets et les dindes (Jonassen et al., 2001, 2003). Ils se divisent en

huit sérotypes HAstV-1 à HAstV-8.

Les données d’épidémiologies moléculaires des infections à HAstV montrent que HAstV-1

est le sérotype le plus détecté dans de nombreuses régions du monde (Gaggero et al., 1998;

Mustafa et al., 2000; Mendez-Toss et al., 2004). Toutefois, le sérotype prédominant peut

varier dans différentes régions géographiques. Les sérotypes 1, 3, et 4 circulent en Australie

(Kurtz et Lee, et al., 1987; Schnagl et al., 2002), le sérotype 2 est le type le plus commun

trouvé au Mexique (Guerrero et al., 1998), et HAstV-8 a été trouvé en circulation dans la

population de l'Inde occidentale.

1.1.3. La morphologie

L’observation en microscopie électronique après coloration négative des HAstVs montre des

particules à symétries icosaédrales, les bords arrondis, lisses, un triangle dense aux électrons

et un centre clair (figure 1) leur conférant un aspect en étoile à cinq (5) ou six (6) pointes

(BAJOLET et al., 1998; Guix et al., 2002).


Figure 1:Image d’Astrovirus observée au microscope électronique en coloration négative

http://www.microbe-edu.org/etudiant/astroviridae.html 26/03/2013

1.1.4. Critère de classification des astrovirus

Les astrovirus appartenant à la famille des Astroviridae sont divisés en deux genres: les

Mamastrovirus et les Avastrovirus qui infectent respectivement les mammifères et les espèces

aviaires (Mendez et al., 2007; Bosch et al., 2011).

Les huit sérotypes ont été classés selon plusieurs critères. Les sept premiers sérotypes

humains ont été classés en HAstV-1 à HAstV-7 à partir de la réactivité du virus avec les

anticorps polychoraux et le huitième (HAstV-8) par génotypage (Belliot et al., 1997). La

comparaison des polyproteines nsp1a et nsp1b codées respectivement par les régions ORF1a,

ORF1b et ORF2 a permis d’isoler de nouveaux sérotypes des Astrovirus Humain:

HastrovirusMLB1, HastrovirusMLB2, Hastrovirus-SG, Hastrovirus-VA1, Hastrovirus-VA2,

HMOastrovirus-A, HMOastrovirus-B, HMOastrovirus-C (Méndez et al., 2013).

1.1.5. Organisation génomique

Le génome viral est à ARN positif d’environ 6,4 à 7,3 Kb (Guix et al., 2002). Il renferme trois

régions de fragments ouvertes (ORFs) désignés par ORF1a, ORF1b et ORF2. Les régions

ORF1a et ORF1b représentent la protéine non structurale codante et ORF2 est la protéine de

capside.

http://www.microbe-edu.org/etudiant/astroviridae.html%2026/03/2013


1.1.5.1. Région non structurale

Les deux segments du gène de la protéine non structurale codent chacune pour une protéine

virale. ORF1a code pour la polyprotéine nsp1a non structurale. Il s’agit d’une protéine de

2700 nucléotides (nt) (Liu et al., 2008) qui contient une sérine protéase virale et nucléaire.

ORF1b code pour la polyprotéine nsp1ab dont l'ARN polymérase dépendante de l'ARN

(RdRp) qui s'exprime à travers un code de lecture ribosomique à la jonction ORF1a/1b médié

par une séquence polyAdénine glissante. Cette région variable code pour le domaine

d'interaction du récepteur qui se lie à des récepteurs spécifiques sur la surface des cellules-

hôtes (Krishna et al., 2005; Jeong et al., 2012).

1.1.5.2. Région de capside: région ORF2

La protéine de capside formée à partir de la région ORF2 du génome des HAstVs codant les

polypeptides viraux structuraux (Sanchez et al., 1994; Monroe et al., 2005; Mende'z et al.,

2007) sont traduits à partir d'un ARN sous-génomique synthétisé lors de la réplication du

virus. La région hypervariable de la protéine d'enveloppe code pour le domaine de

l'assemblage qui est nécessaire pour la formation de la capside virale et l’encapsidation de

l'ARN viral (Krishna et al., 2005; Bosch et al., 2011; De Benedictis et al., 2011; Jong et al.,

2012). Il est situé à l’extrémité 3’ de la séquence et code pour le précurseur de la protéine de

capside qui s’exprime à partir d'un ARNm sous-génomique de 2,4 kb dans les cellules

infectées par les HAstVs (Monroe et al., 1993).

La région ORF2 est celle qui a été amplifiée par la RT-PCR pour le diagnostic des astrovirus

au cours de la présente étude.

Figure 2: Structure du génome des Astrovirus. ORF : Région de Fragment Ouverte, Pro :

Promoteur, Pol : Polymérase, Capsid : Capside, nt : nucléotides. Walter et al., 2001.

1.1.6. Mode de transmission des Astrovirus

Les astrovirus se transmettent par voie directe par voie indirecte.


1.1.6.1. Transmission directe

Les HAstVs se transmettent par les voies hydriques, d'origine alimentaire et oro-fécale (Pinto

et al., 1996; Matsui et al., 2001). Cette première voie est considérée principale ou majeure.

1.1.6.2. Transmission indirecte

Les astrovirus peuvent aussi se transmettre d’une personne à une autre, d’un l’animal à

l'homme et à travers les aérosols (Cattoli et al., 2007; Kapoor et al., 2009; Levy et al., 2009;

Chu et al, 2010; Luo et al., 2010). La transmission s’effectue aussi via les aliments

contaminés ou par contact.

Figure 3: Différentes voies de transmission des HAstVs

http://www.microbe-edu.org/etudiant/astroviridae.htm 26/02/2013

1.1.7. Les facteurs de risque

Les infections astrovirales sont associées à l’âge, à l’agent étiologique et dépendent des

facteurs associés à l’hôte (système immunitaire, hypo-acidité gastrique….).

1.1.7.1. Facteurs liés à l’hôte

Les facteurs liés à l’hôte sont ceux liés directement à la personne hébergeant l’agent

infectieux. Le système immunitaire constitue le facteur lié à l’hôte le plus important. Le

système de défense contre les astrovirus comprend une immunité naturelle d’origine

muqueuse et une immunité acquise issue des tissus lymphoïdes.

http://www.microbe-edu.org/etudiant/astroviridae.htm%2026/02/2013


L’allaitement au sein interrompu avant l’âge de 2 ans, le déficit immunitaire, l’hypo-acidité

gastrique, la motricité intestinale réduite et les facteurs génétiques (par exemple type sanguin)

contribuent à une réduction de la résistance aux infections astrovirales.

1.1.7.2. L’âge

La plupart des épisodes diarrhéiques à HAstV se produisent au cours des deux premières

années de la vie. Les fortes incidences sont observées avant le deuxième anniversaire (0 à 24

mois), âge auquel le sevrage est fréquent (Hamkar et al., 2010, Nitiema et al., 2011; Maham et

al., 2012; Lal et al., 2012).

1.1.7.3. Les saisons

Des études épidémiologiques ont montré qu'il existe une forte prévalence des infections

astrovirales en hiver et dans les régions tempérées (Walter et al., 2003; Liu et al., 2006; Lin et

al., 2008) de même qu’en saison hivernale dans les régions tropicales (Nguyen et al., 2008;

Verma et al., 2010). Mais le pic d’infection est observé en période chaude pendant le mois de

Janvier (Lin et al., 2008). De faibles prévalences ont été observées au cours des autres mois de

l’année (Verma et al., 2010, Lin et al., 2008).

1.1.7.4. L’agent étiologique

Il s’agit de la virulence de l’agent étiologique, de son écologie et de sa capacité à vivre et à

s’adapter hors de l’hôte et de sa physiopathologie. La virulence de l’agents étiologique des

diarrhées à astrovirus varie selon les sérotypes (Walter et al., 2001; Kapoor et al., 2009).

Les HAstVs sont des virus qui résistent à un pH=3, aux chloroformes, aux détergents, aux

solvants lipidiques et à la chaleur.

Ils conservent leurs pouvoirs infectieuses pendant 6 à 10 ans lorsqu’ils sont gardés à -70°C.

Les mutations et les recombinaisons génétiques favorisent la résistance des astrovirus aux

antibiotiques (Cattoli et al., 2007; Luo et al., 2010).

La concentration du virus dans les selles, sa capacité à conserver sa pathogénicité et la dose

nécessaire pour permettre son développement hors de l’organisme sont également des facteurs

favorisant son infectiosité.


1.1.8. Variabilité génétique et transmission interspécifique

Les mutations et les recombinaisons génétiques seraient à l’origine de la variabilité génétique

observée dans les souches recombinantes d’astrovirus (Walter et al., 2001). De nouvelles

souches d’astrovirus (HAstV, MLB1 et HMOAstV) détectés dans les échantillons de selles

humaines sont affiliées aux astrovirus d’origine animale et indiquent la transmission

zoonotique des HAstVs chez les humains (Kapoor et al., 2009). Récemment, de nouvelles

variantes des AHstVs trouvés chez les rats urbains (Rattus norvegicus) ont montré une

relation étroite avec HAstV-MLB1 et HAstV-MLB2 qui ont indiqué que ces deux souches ont

partagé un ancêtre commun (Chu et al., 2010).

1.1.9. Le processus de clivage du génome des HAstVs

La réplication des astrovirus serait liée à une réponse cellulaire de type apoptotique et les que

caspases seraient impliquées dans la maturation des capsides avant le clivage extracellulaire

(Mendez et al., 2004; Guix et al ., 2004).

Le clivage de la région VP90 se fait au niveau de la région carboxyle terminale en quatre

positions libérant ainsi des précurseurs des protéines intermédiaires de 82k, 78k, 75k et le

produit de clivage intracellulaire mature VP70 (Mendez et al., 2004). L’arginine 393

(Arg393) va d’abord cliver la protéine VP70 en Vp41 et VP28. Ces protéines sont ensuite

clivées d’une manière séquentielle au niveau des carboxyles et des amines terminales

respectivement pour donner les produits VP34 dérivés de VP41, VP27 et VP25 dérivés de

VP28 (figure 5).

Les différentes souches des HAstVs ont un processus de clivage similaire car les produits

finaux des différentes souches sont très identiques (Méndez et al., 2013; Mendez et al., 2004;

Sanchez et al.,1994).

Les particules des astrovirus sont libérées sous forme de particule VP70. Elles sont soit non

infectieuses ou moins infectieuses et l'activation de leur infectiosité nécessite que la particule

VP70 soit traitée par la trypsine. En effet ce traitement multiplie par 100 l’infectiosité dans le

cas des huit souches des HAstVs (Béliot et al., 1997; Mendez et al.,2004; Méndez et al.,

2013).


Figure 4: Processus de clivage du génome des astrovirus. VP: Particule Virale, aa: acide

aminés, P: Protéine. D’après Méndez et al., 2013.

1.1.10. Cycle de vie et mécanisme d’invasion

Il est probable que la pénétration des astrovirus dans les cellules s’effectue par le pôle apical à

travers un mécanisme d’endocytose. L’interaction du virus avec la membrane provoque

l’activation de la régulation du signal Kinase (ERK1/2). Bien que ce mécanisme d’activation

demeure inconnu, il est cependant indépendant de la réplication du virus (Moser et al., 2008).

Les endosomes précoces formées se transforment par la suite en endosomes tardifs qui se

désintègrent libérant ainsi les ARNs génomiques qui subiront une translation et puis une

réplication. L’ARN génomique est ensuite traduit en un précurseur de polyproteines nsp1a et

nsp1b qui sont ensuite clivées en protéines non structurales. Ils se fixent sur le cytosquelette et

subiront une réplication complexe pour donner deux ARNs génomiques (ARNg) négatifs et

positifs. Une première transcription de l’ARN génomique négatif produit des ARNs sous

génomiques qui subiront une translation avant d’être traduits par les ribosomes en protéines

de structures précoces qui s’assemblent avec l’ARNg+ pour donner des particules virales

(VP) de 90 Pb. Les particules VP90 libérés par lyse de la cellule doivent être clivées par les

caspases impliquées et la trypsine en particules VP70 qui seront ainsi libérées (Méndez et al.,

2013).


Figure 5: Cycle de vie et mécanisme d’invasion des Astrovirus : nsp1a: Protéine non

structurale 1a, nsp1b : Protéine non structurale 1ab, gRNA: Acide Ribonucléique génomique, sgRNA:

Acide Ribonucléique sous-génomique, VP: Particule Virale, ERK1/2: Signal de Régulateur Kinase.

Adapté de Méndez et al., 2013.

1.1.11. Réponse immunitaire

1.1.11.1. Immunité naturelle

L’immunité astrovirale n’est pas bien comprise. La défense contre les agents pathogènes se

fait à partir de l’immunité naturelle d’origine muqueuse et secondairement à partir du tissu

lymphoïde. Les jeunes enfants et les personnes âgées, (population à risques), sont

généralement ceux qui développent des infections asymptomatiques. Ce qui suggère que les

anticorps sont acquis tôt dans l’enfance. A la naissance, les anticorps maternels passent chez

l’enfant par voie transplacentaire et semble intervenir dans le système de défense pendant une

durée indéterminée.

Le lait maternel et le colostrum fournissent également des protections initiales contre les

microorganismes par le biais des anticorps qu’ils contiennent. Ces anticorps assurent la

protection au cours de l’enfance mas diminue avec l’âge (Glass et al., 2006).


La présence des HAstVs activent les macrophages qui produisent l’oxyde nitrique qui

supprime la réplication virale (Koci et al., 2004). Le système immunitaire inné en particulier

les macrophages et l’oxyde nitrique inductible synthétase (iNOs) jouent un rôle clé dans le

contrôle de la réplication. Les anticorps spécifiques du virus (Abs) sont essentiels à la

résistance aux infections à astrovirus (Koci et al., 2004).

1.1.11.2. Immunité acquise

L’immunité acquise implique l’action des anticorps synthétisés par l’hôte pour neutraliser les

antigènes des astrovirus. L’action des cytokines, des interleukines et les lymphocytes est peu

efficace à cause de l’immaturité du système immunitaire chez les nourrissons tandis que, chez

les adultes, c’est l’immunodépression qui favorise la progression de la maladie.

1.1.12. Diagnostic des astrovirus

Le diagnostic des HAstVs repose sur deux types de méthodes de détection: direct et indirect.

1.1.12.1. Les méthodes directes

Ces méthodes cherchent à isoler le virus lui-même à partir des fèces. Elles utilisent des

techniques de biologie moléculaire: RT-PCR pour amplifier l’ARN viral et la technique de

microscopie électronique.

La microscopie électronique

Principe: Elle consiste à placer un échantillon suffisamment mince sous un faisceau

d'électrons et à utiliser un système de lentilles magnétiques pour projeter l'image de

l'échantillon sur un écran phosphorescent qui transforme l'image électronique en image

optique.

Avantages: Les effets d'interactions entre les électrons et l'échantillon donnent naissance à

une image dont la résolution peut atteindre 0,08 nm. C’est ainsi que les HAstVs de 28 à 30

nm ont été observés par microscopie électronique (Appleton et al., 1975).

Inconvénients: Les inconvénients majeurs de cette technique sont le coût élevé de l’appareil

et la possibilité de confondre souvent les astrovirus à d’autres petits virus ronds entériques.

Elle est moins sensible et difficile à utiliser en routine (Glass et al., 2000).

http://fr.wikipedia.org/wiki/Lentille_magn%C3%A9tique


La Transcription Reverse-Réaction de Polymérisation en Chaine (RT-PCR)

La RT-PCR est une technique qui associe une transcription reverse (RT) suivie d’une réaction

de polymérisation en chaine (PCR).

La RT-PCR est 3 fois plus sensible que les tests enzymatiques (Monroe et al., 2001; Guix et

al., 2002).Une étude de Grote et al en (2011) a révélé que 30% des échantillons fécaux

négatifs par ELISA (Enzyme–Lynked immunosorbent assay) étaient positifs par RT-PCR.

Des résultats similaires ont été obtenus en Arabie Saoudite et en Corée respectivement par

(Tayeb et al, en 2008 et Jeong et al, en 2011).

Inconvénients: L’inconvénient majeur de cette technique est le coût élevé de l’appareil.

RT-PCR one-step

Elle est une variante de la RT-PCR qui s’effectue en une seule étape associant la reverse

transcriptase et la Taq-polymerase assurant le couplage de la transcription reverse et

l’amplification génomique. Cette technique est plus avantageuse car elle réduit la possibilité

de contamination croisée. Elle a la même sensibilité que la RT-PCR classique (Jiang et al.,

1999; Vennema et al., 2002; Vinje et al., 2003).

1.1.12.2. Les méthodes indirectes

Ces types d’analyses médicales ne visent pas directement le virus mais les anticorps anti-

astrovirus synthétisés par l’organisme humain lors du contact avec l’antigène viral. Les

méthodes les plus connues et les plus utilisées sont : Les tests ELISA et le test d’agglutination

au latex (LA).

Les tests ELISA

L’ELISA est une technique de diagnostic de laboratoire qui révèle la présence des anticorps

anti-astrovirus dans les selles (Guix et al., 2002). La prévalence des astrovirus serait sous-

estimée par l’utilisation des tests enzymatiques qui sont moins sensibles que la RT-PCR

(Tayeb et al., 2008; Jeong et al., 2011).

Principe: Les tests rapides ELISA sont très simples, trop qualifié et l'anticorps qui détecte

l'antigène n'est pas marqué.

Avantage: Le test est rapide (2 heures30mn) et sensible (utilisation d'anticorps monoclonaux)

Inconvénients: La Faible sensibilité en cas de période de séroconversion.


Le test d’agglutination au latex

Le test d'agglutination au latex (LA) est plus simple et plus pratique. C’est la méthode de

diagnostic rapide de référence utilisée pour la détection du virus dans les échantillons de

selles. Elle est plus rapide que la microscopie électronique (EM) ou la RT-PCR. Komorya et

al., (2003) ont rapporté une sensibilité et une spécificité de 88,5% et de 97,9% du test

d’agglutination au latex dans le diagnostic des astrovirus.

1.1.13. Physiopathologie

Contrairement aux rotavirus qui ont été largement étudiés, de nombreuses questions

concernant la pathogénicité, l’épidémiologie et l’implication des HAstVs dans la survenue des

millions de cas annuels des gastroentérites restent à évaluer de façon précise.

Les HAstVs ont une localisation très variée dans le tube digestif. Ils sont détectés dans les

selles et la maladie se manifeste par une diarrhée (chez les enfants en milieu tropical).

Une étude expérimentale faite sur la lame basale a montré que les HAstVs infectent les

entérocytes matures et les macrophages sous-épithéliaux de l’intestin grêle provoquant une

atrophie villositaire partielle ou plus rarement totale (Hall et al.,1987). Ce qui pourrait induire

un syndrome de malabsorption en cas d’infestation massive des microvillosités, le rejet de

l’eau et des nutriments avec les selles.

La multiplication intra-cytoplasmique entraîne une vacuolisation du cytoplasme avec

aplatissements des villosités qui se couvrent de cellules cuboïdes immatures et résistantes aux

l'infections. L’examen en microscopie électronique des parties de l’intestin grêle a révélé la

présence des HAstVs dans les para cristallines, le long des microvillosités et dans les

lysosomes des vacuoles autophagiques (Sebire et al., 2004). On note également la présence du

virus dans les macrophages et dans la lamina propria.

Les études antérieures menées sur les dindes ont rapporté les dommages causées par les

infections à HAstVs qui se caractérisent par une nécrose épithéliale bénigne, un infiltrat

inflammatoire de la lamina propria, une atrophie minimale des villosités et une hyperplasie

des cryptes (Sebire et al., 2004).

Une étude récente a révélé que les HAstVs seraient les agents causals de l'encéphalite chez un

garçon de 15 ans avec agammaglobulinémies (Quan et al., 2010).



Figure 6: La physiopathologie des astrovirus. (A) Photomicrographie d’une biopsie du jéjunum d’un

receveur de greffe osseuse atteint d’une infection à HAstV (grossissement×6100): microvillosités moussantes,

modification non spécifique des cellules épithéliales et un infiltrat inflammatoire de la lamina propria (B) et (C):

Photomicrographie d’une biopsie du jéjunum (B) et du duodénum (C) d’un receveur de greffe osseuse atteint

d’une infection à HAstV immunocolorée avec des anticorps anti-Astrovirus: présence d'importantes tâches sur la

surface des cellules l'épithéliales, le plus souvent près des extrémités des villosités (grossissements original,

6400 et 6100, respectivement).

Figure D: Electromicrographe d'un entérocytes du jéjunum démontrant le cytoplasmique para cristallin de

particules virales des HAstVs (grossissements originaux, 63000 et 6100 000 (en médaillon). Sebire et al.,

2004.

1.1.14. Traitement et prévention

Certains aspects concernant la réplication et les mécanismes immunitaires de l'infection à

HAstV restent à éclaircir. Une évaluation plus précise du rôle des HAstVs dans les diarrhées

d’origine virale de l'enfant est nécessaire afin d'estimer l'intérêt des différentes stratégies de

prévention et en particulier le développement d'un vaccin.


1.1.14.1. Traitement

Il n’existe pas jusqu’à ce jour un vaccin contre les gastroentérites à HAstV. Le sel de

réhydratation orale (SRO) est liquide qui confère une protection contre les diarrhées modérées

et sévères dues aux HAstVs. Les enfants ayant des signes de déshydratation sévère risquent de

mourir rapidement par choc hypovolémique. Dans ce cas le traitement de choix est la

réhydratation par voie intraveineuse qui permet de restaurer plus rapidement le volume d’eau

et d’électrolytes perdus. Ajouter protocole réhydratation en cas de malnutrition sévère

(RESOMAL).

1.1.14.2. Prévention

La prévention des maladies diarrhéiques à HAstV nécessite une bonne hygiène

individuelle et collective. La multiplication des sensibilisations de la population sur l’impact

des infections gastro-entérites et les Conseils de Récupération et d’Education Nutritionnelle

(CREN) pourraient éviter les infections astrovirales.

Une mise au sein précoce les heures qui suivent la naissance protègerait les nouveau-

nés des infections astrovirales et réduirait la mortalité infantile.

La supplémentation des aliments en micronutriments (Iode, vitamines A, fer, Calcium,

Zinc, Magnesium).

1.2. Les parasites intestinaux

L’épidémiologie des maladies parasitaires (protozooses et helminthiases) constitue un

problème de santé publique dans les pays de l’Afrique subsaharienne. Les parasitoses

intestinales sont répandues pratiquement dans le monde entier et ont des prévalences élevées

dans de nombreuses régions.

1.2.1. Protozooses

1 .2.1.1. Giardia lamblia

Giardia Lamblia, protozoaire ubiquitaire de l’environnement, est l’un des parasites

intestinaux les plus courants infectants les êtres humains (Ali et al., 2003; Savioli et al., 2006).

Dans certains pays à faible revenu plus de 90% des enfants ont vécu au moins une épisode

d’infection à Giardia avant l’âge d’un an (Mondal et al., 2012). Les Giardioses surviennent

après l’ingestion de kystes de Giardia Lamblia qui subissent un réveil dans le duodénum puis


une différenciation en formes végétatives. Elles adhèrent ensuite aux cellules épithéliales de

l’intestin mais ne peuvent cependant pas envahir la muqueuse duodénale (Hill et al., 2009).

Morphologie

Giardia lamblia est un protozoaire flagellé, diplomonodida de la famille des Hexamitidés se

présentant sous deux formes: le stade végétatif ou trophozoite et le kyste. Le trophozoïte

mesure environ 15 μm de long, 10 μm de large et 3 μm d’épaisseur avec une face dorsale

convexe et ventrale concave muni de ventouse. Cette ventouse permet la fixation du parasite

aux cellules intestinales. Il possède 4 paires de flagelles très longs dirigés vers la partie

postérieure. Le kyste est ovale à contour lisse de 10-14 µm, mince, réfringent avec une

enveloppe rétractée et décollée donnant l’impression d’une double coque. Le kyste mur

renferme 4 noyaux.

http://www.infectiologie.org.tn 10/07/2013

Physiopathologie

Les Giardioses se transmettent par ingestion des kystes qui se transforment en forme

végétative une fois dans l’estomac. Les formes végétatives après division binaire vont se fixer

sur la muqueuse duodénale provoquant l’altération des entérocytes qui est à l’origine de

l’atrophie villositaire. Elles utilisent les nutriments et les acides biliaires qui seraient la cause

d’une malabsorption des graisses et des vitamines liposolubles (Vitamine B12). Le diagnostic

peut se faire par la recherche des kystes et des formes végétatives grâce à l’examen

Figure 7: Trophozoite vue de face Figure 8: kyste de Giardia Lamblia

http://www.infectiologie.org.tn/


parasitologique directe des selles ou encore la détection des antigènes par ELISA dans les

selles et les tests moléculaires.

1 .2.1.2. Les Helminthiases

Hyponelepis nana

Hyponelepis nana est un cestode cosmopolite le plus commun des infections parasitaires dans

les régions tropicales à mauvaises conditions hygiéniques.

Cycle évolutif

Hymenolepis nana est un cestode monoxène (à cycle direct) et capable d’une auto-infestation

endogène. Dans le cas de l'autoreinfestation, les œufs pondus dans l'intestin par le parasite

adultes libèrent des larves qui pénètrent les villosités et s'y transforment en larves

cysticercoides. Ces dernières se libèrent ensuite des villosités et une fois activées, évoluent en

adultes. Une transmission interhumaine est également possible et peut occasionner des

épidémies. Il existe également un mode de transmission indirecte dans lequel l'acquisition des

stades cysticercoides infestants se fait par ingestion de charançons.

Physiopathologie

Les infestations intensives par Hyponelepis nana sont observées chez des enfants malnutris ou

chez les immunodéprimés. Les larves cysticercoides lèsent la muqueuse intestinale, ce qui

pourrait expliquer les signes de pertes protéiques notés chez les sujets parasités. Cette

infection s'accompagne de diarrhée, de douleurs abdominales, d'asthénie et d'amaigrissement.

1.2.1.3. Strongyloides Stercoralis

Strongyloides stercoralis est un nématode parasite qui se développe librement dans les

cellules animales.

Morphologie

Strongyloides stercoralis est un vers intestinal de 2 mm de long provoquant une maladie

appelée strongyloïdiose.


Figure 9: Morphologie de Strongyloides stercoralis

http://www.mlo-online.com/articles/200911/strongyloides-stercoralis-a-case-

study.php&docid 13/07/13

Physiopathologie

Strongyloides stercoralis est un nématode parasite qui peut aussi se reproduire dans l'hôte

animal. L’hôte s’infeste souvent par effraction et l’infection varie en gravité allant largement

de la forme asymptomatique à des complications.

1.3. Les autres gastroentérites.

Les gastroentérites sont très fréquentes. Les agents les répandus sont les rotavirus, connus

pour être la cause la plus commune de diarrhée aiguë sévère chez les enfants de moins de 5

ans dans le monde (Olesen et al., 2005), les adénovirus entériques, les calicivirus (dont le

virus de Norwalk ou norovirus), et les bactéries. Ces micro-organismes sont non spécifiques

de la muqueuse intestinale et se caractérisent par des troubles digestifs aigus (nausées,

vomissements, douleurs abdominales, diarrhées hydro-électrolytiques) accompagnés de signes

généraux souvent modérés. Les diarrhées évoluent généralement de manière bénigne en

quelques jours mais des formes sévères avec des déshydratations sont possibles notamment

chez les nourrissons (Pignatelli et al., 2000).

http://www.mlo-online.com/articles/200911/strongyloides-stercoralis-a-case-study.php&docid%2013/07/13

http://www.mlo-online.com/articles/200911/strongyloides-stercoralis-a-case-study.php&docid%2013/07/13


1.3.1. Les rotavirus (Rv)

Les rotavirus appartiennent à la famille des Reoviridae. Ce sont des virus non enveloppés à

symétrie icosaédrale d’un diamètre de 70 nm. Le génome viral de 18,5 kb est formé de 11

segments qui codent pour 6 protéines structurales (VP1 à VP6) et 6 protéines non-structurales

(NSP1 à NSP5) (Figure 8).

La protéine majoritaire de la capside est VP2, les deux protéines minoritaires VP1 et VP3

permettent la transcription et la réplication. Les protéines non structurales NSP1 à NSP6

apparaissent durant le cycle de multiplication, elles ne sont pas présentes dans le virus mature.

La protéine NSP4 joue un rôle important dans le mécanisme de la diarrhée. Les cellules cibles

des virus sont les entérocytes matures de l'intestin grêle. Le virus est excrété en grande

quantité dans les selles ce qui augmente l’infectiosité des rotavirus (Bajolet et al., 1998).

Figure 10: Structure d’un rotavirus. Les 11 segments d’ARN double brins sont séparés en

fonction de leur poids moléculaire sur gel de polyacrylamide. Les protéines correspondant à ces

segments sont indiquées sur la droite. (b) Schéma simplifié de la particule virale. Les sérotypes et

génotypes G et P les plus fréquents sont indiqués.

http://www.microbe-edu.org/etudiant/gastro-enterite 20/01/2013.

1.3.2. Les norovirus

Comme tous les membres de la famille des Caliciviridae, les norovirus (NoV) possèdent une

protéine virale associée à un ARN génomique et une capside icosaédrale non enveloppée de

27 à 40 nm de diamètre. L’ARN génomique du NoV est un ARN simple brin de polarité

http://www.microbe-edu.org/etudiant/gastro-enterite


positive, protégé par une protéine VPg jouant le rôle de coiffe à l’extrémité 5’, et polyadénylé

à l’extrémité 3’ (Green et al., 2001).

Les NoVs sont subdivisés en génogroupes I et II. Le génogroupe II est impliqué dans 90% des

gastro-entérites à NoV (Glass et al., 2000, Lopman et al.,2002). Les conséquences d’une

infection par les NoVs sont variables. Après deux à trois jours d’incubation se développent

différents symptômes dont les principaux sont la fièvre, les vomissements, les diarrhées et le

mal de tête. Les NoVs sont associés à 12% des cas de gastro-entérites sévères chez les enfants

de moins de 5 ans dans le monde (Patel et al., 2008).

1.3.3. Les adenovirus

Les adenovirus (AdV) humains classiques provoquent pour la plupart des infections

respiratoires et conjonctivales et certains sérotypes possèdent un pouvoir oncogène. Parmi les

51 sérotypes d’AdV (De jong et al., 1999), les types 40 et 41 d’origines entériques sont les

plus étudiés en tant que responsables des troubles digestifs chez l’Homme. Ils ont été liés à un

spectre de manifestations cliniques, notamment respiratoires, gastro-intestinales, oculaires,

neurologiques et infections urinaires. Ils sont le plus souvent retrouvés dans les voies

aériennes supérieures et parfois dans les selles. Les sérotypes 40 et 41, non cultivables, sont

connus comme agents des gastroentérites aiguës (GEA) infantiles (Bon et al., 1999).

Les AdV humain sont des virus à ADN non enveloppés de taille variant entre 70 et 80 nm et

ayant une symétrie icosaédrale portant des fibres hémagglutinines. Ils résistent aux conditions

environnementales défavorables.

1.3.4. Les Bactéries

La plupart des bactéries responsables des diarrhées appartiennent à une grande famille des

bactéries Gram négatif, les Enterobacteriaceae et certaines Vibrionaceae. Les entéro-

bacteriaceae sont majoritairement des commensaux de la flore bactérienne. Les diarrhées

d’origines bactériennes ont un impact sur la mortalité infantile. Ces bactéries colonisent

diverses parties du tube digestif provoquant des gastro-entérites plus ou moins sévères.


OBJECTIFS DE L’ETUDE


2. Objectif du mémoire

2.1. Objectif principal

L’objectif principal de cette étude est d’évaluer les prévalences des infections astrovirales et

parasitaires chez les enfants de moins de 5 ans à Ouagadougou.

2.2. Objectifs spécifiques

Pour réaliser notre objectif principal, plusieurs objectifs spécifiques ont été définis:

1. Evaluer les caractéristiques sociodémographiques et cliniques, de même que l’état

nutritionnel des enfants.

2. Évaluer les prévalences des astrovirus et des parasites en fonction des paramètres

sociodémographiques, des saisons, des signes cliniques et du type d’allaitement.

3. Déterminer la prévalence des gastro-entérites à astrovirus et à parasites en fonction de

l’état nutritionnel des enfants.


MATERIELS ET METHODES


3. Matériels et Méthodes

3.1. Cadre d’étude

L’étude s’est déroulée au Centre Médical Saint Camille (CMSC) de Ouagadougou au

Burkina Faso. Ouagadougou est située dans la zone intertropicale marquée par deux saisons :

une saison sèche d’octobre à Mai et une saison pluvieuse de Juin à Septembre. Le CMSC qui

fait partie du district sanitaire du secteur 30 est un centre médical à caractère social et

humanitaire comportant plusieurs services entre autres : le service de Santé Maternel et

Infantile (SMI) et le laboratoire d’analyses biomédicales où a eu lieu la collecte d’échantillons

de selles. Les analyses biomoléculaires ont été faites au Centre de Recherche Biomoléculaire

Piétro Annigoni (CERBA).

Figure 11: Carte administrative du Burkina Faso

http://www.1clic1planet.com/burkina%20faso.htm,1/08/2013 Ne pas « tirer » les images

par les côtés, ça le déforme. Tirer par les coins.

3.2. Population d’étude

Deux cent treize (213) enfants de moins de 5 ans ont été recrutés dans cette étude entre Mars

2012 et Mai 2013. Les enfants recrutés présentaient des diarrhées (donner critères définissant

diarrhée) avec des signes cliniques très variés (vomissements, nausées, douleurs

abdominales, déshydrations sévères, manque d’appétit et une malnutrition plus ou moins

sévère).

http://www.1clic1planet.com/burkina%20faso.htm,1/08/2013


Les mères des enfants de moins de 5 ans inclus dans l’étude ont répondu à un questionnaire

où différentes informations sociodémographiques et médicales ont été répertoriées.

L’état nutritionnel des enfants a été évalué à partir des mesures telles le poids, la taille et l’âge

de chaque enfant. Ces mesures sont faites au niveau de la Santé Maternelle et Infantile (SMI)

après la collecte des selles. L’état nutritionnel est déterminé en utilisant la population de

référence internationale définie par le U.S. National Center for Health Statistics (standard

NCHS). Attention, le standard international et national actuel est la table bisex OMS 2006.

Les enfants sont classés selon le Z-score (ou SD-score: standard déviation score). Cette

classification selon le Z-score recommandée par l’OMS et l’UNICEF utilise les indices

nutritionnels poids/taille (WHZ), poids/âge (WAZ), taille/âge (HAZ) et se fait selon les

critères suivants:

Z-score inférieur ou égale à -3: correspond à une malnutrition sévère.

Z-score compris entre -3 et -2: correspond à une malnutrition modérée.

Z-score supérieur ou égal à -2: correspond à un état nutritionnel normal.

3.3. Détection des entéro-pathogènes

3.3.1. Détection des astrovirus

Préparations des échantillons

Nous avons dilué les selles en ajoutant 800µl de solution saline (PBS). Ensuite on a prélevé

100 µl de cette suspension qu’on ajoute 1 ml de PBS pour obtenir la dilution au 1/10 (0,1 mg

de selles/1ml de PBS) dans des tubes polypropylènes de 1,5 ml. Le mélange obtenu est

centrifugé à 12000 g pendant 5 minutes et le surnagent est utilisé pour l’extraction des ARNs

viraux. La préparation peut être conservée à température ambiante pendant 24 h ou à

-20°C pour un temps suffisamment long.

Extraction de L’ARN viral des HAstVs

Les ARNs totaux ont été extraits à l’aide du kit DNA Sorb-B (Sacace Biotechnologies, Como,

Italie) en suivant les recommandations du fabricant. Brièvement l’extraction s’est faite selon

le protocole ci-dessous :

1. Mettre dans les tubes Eppendorf 300µl de solution de lyse, 10 µl de contrôle interne et

100 µl d’échantillon;


2. Le contrôle négatif d’extraction s’obtient en mélangeant 300µl de la solution de lyse,

10 µl de contrôle interne et 100 µl de contrôle négatif;

3. Le contrôle positif d’extraction est un mélange de 300µl de la solution de lyse, 10µl de

contrôle interne, 90µl de contrôle négatif et 10µl de contrôle positif;

4. Les tubes sont Vortexés, incubé pour 5 mn à 65°C et centrifuger à 12000g pendant 30

sec;

5. Les surnageants sont récupérés dans de nouveaux tubes Eppendorf. On ajoute 20 µl

de Sorbent dans tous les tubes Eppendorf;

6. Les tubes sont Vortexés 5 à 7 sec puis incuber à température ambiante pendant 3

minutes.

7. Répéter l’étape 6;

8. Centrifuger tous les tubes pendant 30 secs à 5000 g. écarté le surnageant;

9. Ajouté 300 µl de la solution de lavage 1 dans les tubes, Vortexer vigoureusement et

centrifuger pendant 30 sec à 8000 g. écarté le surnageant des tubes;

10. Ajouter 500 µl de la solution de lavage 2. Vortexer vigoureusement et centrifuger

pendant 30 sec à 8000g. écarté le surnageant des tubes;

11. Répéter l’étape 10 et incuber tous les tubes bouchons ouvert pour 5 minutes à 65°c

pour sécher le culot;

12. Resuspendre le culot dans 50 µl d’éluant puis incubé tous les tubes pendant 5 minutes

tout en vortexant périodiquement;

13. Centrifuger tous les tubes pour 1 mn à 12000 g;

14. Le surnageant contient les ARNs totaux prêts pour l’amplification ou qui peuvent être

conservés à -20 ou -80°C.


Figure 12:Extraction de l’ARN des Astrovirus au CERBA

Amplification des astrovirus

Le génome viral a été amplifié en utilisant le kit commercial astrovirus 175 PCR kit with

electrophoretic detection (Sacace Biotechnologies, Como, Italie) en suivant les instructions du

fabricant. La rétro-transcription de l’ARN a été faite dans un thermocycleur à 37°C pendant

30 minutes. Les ADNc obtenus ont servi de matrice pour la PCR. Brièvement, Nous avons

mélangé 10 µl de PCR-mix-2 et 10µl d’échantillon (ADNc dilué au ½ avec du TE-buffer)

dans les tubes contenant le PCR-Mix-1. La PCR a été réalisée dans un volume réactionnel de

20 µl dans un Thermocycleur de Gene Ampli PCR system 9700 (Applied Biosystems, USA).

Le programme d’amplification était le suivant : activation de la Taq Polymérase à 94°C

pendant 5 minutes suivi de 42 cycles composés d’une dénaturation pendant dix Secondes

(10s) à 94°C, une hybridation à 67°C pendant une minute (1mn) et une élongation à 72°C

pendant 10 s. Les 42 cycles sont suivis d’une élongation finale à 72°C pendant 1 minute.

Electrophorèse et révélation des produits PCR

La séparation des amplicons a été faite par électrophorèse sur gel d’agarose à 2% et leur

visualisation à l'aide d'un trans-illuminateur UV après coloration par le bromure d’éthidium.

Les échantillons positifs pour les astrovirus présentaient une bande caractéristique à 175 pb.


3.2.6. Détection des parasites

Les préparations de selles sont observées directement entre lame et lamelle à l’état frais et

après coloration.

Principe: L’examen direct a consisté à mettre en évidence les formes végétatives, vivantes et

mobiles des protozoaires ainsi que leurs kystes, mais également les œufs ou les adultes des

helminthes. L’observation de toute la lame se fait d’abord à l’objectif 10× puis à l’objectif

40×. La coloration (au Lugol) permet d’une part de différencier les kystes d’Entamoeba

histolytica (noyaux colorés en jaune) de ceux d’Entamoeba coli, et d’autre part de bien

distinguer les kystes de Giardia (forme du kyste bien nette).

3.2.6.1 Mode opératoire

Les selles ont été prélevé à plusieurs endroits (2 à 3 endroits selon l’aspect des selles), ce

prélèvement a été étalé entre lame et lamelle dans une goutte d’eau physiologique puis

observé au microscope optique respectivement à l’objectif 10× et 40× (la préparation ne doit

pas être épaisse). Une goutte de Lugol a été utilisée pour la coloration de la préparation et

l’observation s’est faite comme précédemment.

3.2.7. Considération éthique

L’étude a été approuvée par le comité d’éthique du CMSC/ CERBA. Les enfants ont été

recrutés après le consentement écrit de leurs parents ou tuteurs.

3.2.8. Analyse statistique

L’analyse des résultats s’est faite à l’aide du logiciel SPSS Software 17.0 (SPSS, Chicago, il,

USA). L’état nutritionnel des enfants a été calculé en utilisant Nutrition StatCal de épi info

3.5.1 (US, Center for Disease Control and prévention (CDC), 2008 et le CDC/who 1978). Les

échantillons positifs ont été comparés en fonction des caractéristiques sociodémographiques

et cliniques en utilisant le test de chi-square ou le test exact de Ficher. La différence a été

considérée significative pour p< 0,05.


RESULTATS


4. Résultats

4.1. Caractéristiques sociodémographiques et cliniques des enfants

Deux cent treize enfants provenant de Ouagadougou et ses environs ont été inclus dans cette

étude. L’échantillon est composé de 114 (56,5 %) garçons contre 99 (43,5 %) fille pour un

sexe ratio de 1,3. La majorité des enfants soit 198 (92,96%) provenaient de Ouagadougou.

L’âge moyen des enfants était de 15,7 ± 8,5 mois. La taille et le poids moyen des enfants

étaient respectivement de 73,9 ± 9,1 cm et de 7,8 ± 1,9 kg (Tableau 1).

Les enfants ont été réparties dans les trois catégories d’âge suivants: de 0-12 mois, >12-24

mois et de >24-60. La répartition des enfants dans les trois catégories d’âge citées ci-dessus

était respectivement de 40,4%, 44,6 et de 15%. Il aurait été plus approprié 0-11, 12-23 et 24-

59.

Tableau 1 : Répartition des paramètres anthropométriques en fonction des tranches d’âges.

Tranches

d’âge

Effectifs

N (%)

Poids moyen

(en kg)

Taille moyenne

(en cm)

Age moyen

(en mois)

0-12 86 (40,4) 6,8 ± 1,4 68,2 ± 3,8 8,6 ± 2,2

>12-24 95 (44,6) 7,8 ± 1,4 74,9 ± 8,4 17 ± 3,5

>24 30 (15,0) 10,4 ± 1,9 86,9 ± 7,6 32 ± 6,6

Total 211 7,8 ± 1,9 73,9 ± 9,1 15,7 ± 8,5

Les enfants présentaient des signes cliniques très variés en fonction de leur état nutritionnel.

Les signes cliniques les plus fréquents chez les enfants étaient les douleurs abdominales et les

pertes d’appétit avec respectivement 87,7% (186/213) et 67,5% (143) de cas. D’autres signes

cliniques ont été retrouvés chez ces derniers tels que: les vomissements (50%), la fièvre (34%)

et les nausées (16,9%).

Les cas de déshydratations ont été observés chez 139/213 (66,1%) enfants. La fréquence de la

déshydratation modérée et sévère (définir les critères des deux) était respectivement de 49% et

17,1% chez les enfants.

La majorité des mères des enfants diarrhéiques (51,2%) ont consulté quatre jours après le

début de la survenue des diarrhées.

L’état nutritionnel des enfants a aussi été évalué à leur inclusion dans l’étude.


Un retard de croissance et une insuffisance pondérale ont été observés respectivement chez

32,1% (68/213) et 59,0 (125/213) d’enfants. La malnutrition est très fréquente dans toutes les

tranches d’âges (p< 0,001). Je ne comprend pas ce que tu as comparé. Une différence

statiquement significative (entre quoi et quoi ?) est observée quel que soit les paramètres

d’évaluations nutritionnels (WAZ, WAH, HAZ). Donner définition de tous les 3 paramètres.

Le tableau 2 présente la distribution de l’état nutritionnel en fonction des tranches d’âges.

Tableau 2: Répartition de l’état nutritionnel des enfants diarrhéiques en fonction des tranches

d’âges

Tranches d’âge (mois)

0-11 (I)

12-24 (II) 25-60 (III) Total

Effectifs (%)

86 (40,4) 96 (44,6) 30 (15) 212

HAZ

X< -3

-3<X<-2

X>-2

5 (19,2)

12 (28,6)

69 (47,9)

15 (57,7)

27 (64,3)

54 (37,5)

6 (23,1)

3 (7,1)

21 (14,6)

26

42

144

WHZ

X< -3

-3<X<-2

X>-2

11 (28,2)

22 (34,9)

53 (48,2)

26 (66,7)

30 (47,6)

40 (36,4)

2 (5,1)

11 (17,5)

17 (15,4)

39

63

110

WAZ

X< -3

-3<X<-2

X>-2

22 (33,3)

15 (25,5)

49 (56,3)

38 (57,6)

31 (52,5)

27 (31)

6 (9,1)

13 (22,0)

11 (12,7)

66

59

87

Légende : P(X<-3) < 0,001; P (-3<X<-2)= 0,047; P (X>-2) <0,001 ; P (0-12)= 0,003 ;

P (>12-24)= 0,0004; P (>24-60)= 0,033.

4.2. Prévalence des astrovirus et des parasites chez les enfants

Les astrovirus ont été retrouvés chez 14,6% (31/213) des enfants présentant des signes

cliniques de diarrhées. Les patients positifs ont été identifiés à partir de l’électrophore

gramme (Figure 15). La fréquence des parasites était de 20,7% (44/213) chez les enfants

diarrhéiques. Giardia lambia (12,2%) et Trichomonas intestinalis (8%) étaient les parasites

les plus fréquents chez les enfants suivis d’Entamoeba histolytica/dispar (1,9%).


Figure 13:Electrophorégramme des produits PCR

Légende: M: Marqueur de poids moléculaire, C1: Contrôle négatif d’extraction, C2:Contrôle négatif d’amplification,

C3:Contrôle Positif d’amplification, P1, P5, P6, P7, P9, P10 et P11 sont des patients négatifs, P2, P3, P4, P8 sont les

patients positifs.

4.3. Répartition des astrovirus et des parasites en fonction des caractéristiques

sociodémographiques des enfants

Les infections astrovirales et parasitaires étaient réparties de façon similaire chez les enfants

de sexe masculin et féminin (p = 0,634 et p = 0,228).

La fréquence des astrovirus a été comparée en fonction de l’âge des enfants. Elle était plus

élevée chez les enfants âgés de 0 à 12 mois (45,2%) et ceux dont l’âge est compris entre 12 et

24 mois (41,9%) comparativement aux enfants âgés de 24 à 60 mois (2,9%) (p = 0,006)

(Tableau 5).

La majorité des infections astrovirales (87,1%) était retrouvée chez les enfants âgés de 0 à 24

mois.

Une association a été retrouvée entre l’infection parasitaire et l’âge chez les enfants

diarrhéiques. L’infection parasitaires était plus retrouvée chez les enfants âgés de 12 à 24

mois (52,3%) et >24-60 mois (33,3%) comparativement aux enfants âgés de 0 à 12 mois

(11,1%) (p < 0,001) (Tableau3).

Les diarrhées astrovirales (9,7%) et parasitaires (2,3%) étaient significativement moins

fréquentes chez les enfants nourris exclusivement au sein comparativement aux enfants ayant


un allaitement maternel non exclusif (67,7% et 40,9%) ou pas d’allaitement maternel (22,6%

et 56,8%) (P< 0,001). Pour interpréter ces résultats, il faut croiser les données âge et type

d’allaitement (âge et type d’alimentation sont deux variables confondantes, car le type

d’alimentation varie en fonction de l’âge de l’enfant).

Tableau 3: Répartition des entéro-pathogènes en fonction des caractéristiques pédiatriques

Attention : les données doivent être comparées par rapport au dénominateur de chaque groupe.

Exemple sur le sexe 15/114 vs 16/99

Pourquoi les variables anthropométriques n’ont pas été analysées ? il serait intéressant de sonder la

relation entre infection et malnutrition, aiguë ou chronique

Paramètres HAstV

N (%) P-value

Parasites

N (%) P-value

Genre Sexe

Masculin

Féminin

15 (48,4)

16 (51,6) 0,634

20 (45,5)

24 (54,5) 0,228

Groupe d’âge

0-12

>12 -24

>24-60

14(45,2)

13 (41,9)

4 (12,9)

0,006

6 (13,6)

23 (52,3)

15 (34,1)

<0,001

Type

d’alimentation

AM, sans autres

aliments

AM, avec autres

aliments

PAM

3 (9,7)

21 (67,7)

7 (22,6)

<0,001

1 (2,3)

18 (40,9)

25 (56,8)

<0,001

AME: Allaitement Maternel Exclusif; AMNE: Allaitement Maternel Non Exclusif; PAM: Pas Allaitement

Maternel. Définitions non adaptés à la tranche d’âge étudiée : après les 6 mois, on parle d’enfants avec ou sans

alimentation de complément.


4.4. Répartition des infections astrovirales et parasitaires en fonction des signes cliniques

des enfants diarrhéiques

Les diarrhées astrovirales ne sont associées ni aux vomissements, ni à la perte d’appétit, ni

aux douleurs abdominales ou encore à la déshydratation. Elles sont par contre caractérisées

par une fièvre modérée (p <0,001), une durée moyenne de la diarrhée de 4-5 jours (p<0,001),

un nombre de selles de 1-3 par jour (p<0,001) et une flore bactérienne normale (p< 0,001)

(Tableau4).

Par contre, les diarrhées parasitaires étaient caractérisées respectivement chez 54,3%, 77,3%

et 86,4% d’enfants par la perte d’appétit (p=0,004), les douleurs abdominales (p=0,017) et la

déshydratation (p<0,001). Les diarrhées parasitaires étaient aussi significativement associées

à la forte fièvre, (fièvre >38°C) (79,5%), a un nombre de selles >6 par jours (40,9%) et à une

flore bactérienne anormale (63,6%). Elles n’étaient associées ni aux nausées, ni à la durée de

la diarrhée ou à la déshydratation (Tableau 4).

4.5. L’influence des saisons sur les infections des entéro-pathogènes

L’incidence des maladies diarrhéiques s’observe pendant toute l’année avec de fortes

prévalences observées en saison sèche. Les mois de Juin, Juillet et Août sont associés à

39,91% des incidences contre 47,88% pour les mois de Décembre, Janvier et février. La plus

forte incidence est observée durant le mois de Janvier 25,35% (54/213).Une différence

significative de l’incidence saisonnière est observée au cours de l’année (p<0,001).

La prévalence des astrovirus et des parasites varie selon les saisons. Les astrovirus sont

retrouvés aussi bien en saison sèche que pluvieuse. Un pic d’infection a été observé en saison

sèche froide au mois de Janvier (29,3%). Les infections parasitaires sont présentes tout au

long de l’année avec une fréquence plus élevée en saison pluvieuse, notamment au mois

d’Aout (22,7%).Comme le montre les figures 24 et 25, la prévalence des astrovirus a été

significativement plus élevée en saison sèche qu’en saison pluvieuse (p=0,043) alors que celle

des parasites était plus élevée en saison pluvieuse comparativement à la saison sèche

(p <0,001).


Tableau 4: Fréquence des astrovirus et des parasites en fonction des signes cliniques des enfants Comme pour le tableau 3,

comparer par rapport au dénominateur de chaque groupe

Signes cliniques Astrovirus

N (%)

P-value Parasites

N (%)

P-value

Fièvre

37,5-38°C

>38°C

21 (67,7)

10 (32,3)

<0,001

9 (20,5)

35 (79,5)

<0,001

Vomissements

Présence

Absence

11 (35,5)

20 (64,5)

0,080

10 (22,7)

34 (79,3)

<0,001

Perte d’appétit

Présence

Absence

20 (64,5)

11 (35,5)

0,706

24 (54,5)

20 (45,5)

0,040

Nausées

Présence

Absence

8 (25,8)

23 (74,2)

0,157

6 (13,6)

38 (86,4)

0,507

Douleurs abdominales

Présence

Absence

29 (93,5)

2 (6,5)

0,286

34 (77,3)

10 (22,7)

0,017

Durée de la diarrhée (jours)

1-3

4-5

>6

8 (25,8)

20 (64,5)

3 (9,7)

<0,001

11(25,0)

22 (50,0)

11(25,0)

0,218

Nbre de selles en 24 h

1-3

17 (54,8)

<0,001

18 (40,9)

0,019

4-5 11 (35,5) 8 (18,2)

> 6

3 (9,7) 18 (40,9)

Déshydratation

sévère

9 (31)

0,101

6 (34,1)

0,772

modérée 12 (41,4) 23 (52,3)

Pas de déshydratation 8 (27,6) 15 (13,6)

Flore bactérienne

Normale

Anormale

23 (74,2)

8 (25,8)

<0,001

16 (36,4)

28 (63,6)

<0,001

Légende: En gras P-values significatif


Figure 14: L’influence des saisons sur les infections des entéro-pathogènes

Figure 15 : Prévalence saisonnière des Astrovirus et des Parasites


DISCUSSION


5. Discussion

La taille de l’échantillon n’est certes pas représentatif de toute la population du Burkina Faso

mais cette étude donne des informations pertinentes sur l’implication des astrovirus et des

Parasites dans les gastro-entérites infantiles. Cette étude avait pour but d’évaluer le rôle des

astrovirus et des parasites dans les diarrhées chez les enfants de moins de 5 ans à

Ouagadougou au Burkina Faso.

La répartition des diarrhées en fonction des tranches d’âge montre une incidence plus élevée

chez les enfants de 12 à 24 mois (44%) que chez ceux âgés de 0 à 12 mois (40,6%). Pour cette

tranche d’age (0- 12) Ouermi et al.,2007 et Sanou et al., 1999 ont rapportés des incidences

diarrhéiques supérieurs aux notre respectivement mois des incidences 47 et 56,0%.

Dans cette étude nous rapportons pour la première fois au Burkina Faso, la prévalence des

astrovirus chez les enfants diarrhéiques de moins de 5 ans. Nous avons trouvé une prévalence

astrovirale de 14,6%. Cette prévalence est comprise entre les prévalences de 2 et 16%

rapportées par plusieurs études antérieures (Hermann et al, 1991; Pennap et al, 2002; Bini et

al, 2007 ; Hamkar et al, 2010). Cependant, des prévalences astrovirales supérieures à 33% et

37% ont été rapportées respectivement au Brésil (Silva et al, 2001) et en Afrique du sud

(Taylor et al, 1997). Cette grande différence relevée par Taylor pourrait s’expliquer par la

taille de notre échantillon.

Les infections astrovirales chez les enfants diarrhéiques étaient plus fréquentes (45,2%) dans

la tranche de 0 à 12 mois comparativement à la tranche d’âge >24 mois. La prévalence des

astrovirus était égale à 88,1% chez les enfants âgés d’au plus 24 mois. Nos résultats

corroborent ceux de Hamkar et al, 2010 en Iran, de Mendez-Toss et al, 2004 au Mexico , en

Thaïlande (Hermann et al 1991), au Guatemala, en France (Bon et al, 1999), en Australie

(Mustapha et al, 2000), au Chilie (Gaggero et al, 1998), en Colombie et au Venezuela.

Ces forts taux s’expliqueraient par une contamination massive à travers les aliments et les

eaux de boisson souillées du fait de la résistance des astrovirus aux facteurs

environnementaux.

La prévalence des infections parasitaires dans les cas de diarrhées chez les enfants était de

20,7%. Cette prévalence est supérieure aux prévalences de 10,7 et 18,2% rapportées dans de

précédentes études faites au Burkina Faso (Sanou et al., 1999; Ouermi et al, 2007).

Cependant, elle est inférieure à la prévalence de 22,7% récemment rapportée en Ethiopie par

Amare et al.


La prévalence des infections parasitaires était particulièrement élevée (85,4%) chez les

enfants diarrhéiques âgés de plus de 12 mois. Les études antérieures ont rapportées de fortes

prévalences dans cette tranche au Burkina Faso (Ouermi et al., 2007; Nitiéma et al., 2011).

La prédominance des parasites dans ce groupe d'âge s’expliquerait par la transmission des

agents pathogènes par voie orale, par les aliments souillés, par la voie transcutanée et par la

terre souillée de larves.

Nous avons observé une forte saisonnalité dans la prévalence des parasites chez les enfants

inclus dans cette étude. Une plus forte prévalence parasitaire a été observée pendant la saison

pluvieuse de Juin à Août. Gliardia lamblia, le parasite le plus fréquent (12,2%) identifié chez

les enfants est connu pour être omniprésents dans l'eau et les aliments au Burkina Faso

(Ouermi et al., 2009).

Les infections à astrovirus sont très fréquentes tant en période chaude que froide (Lin et al.,

2008, Liu et al., 2006, Walter et al., 2003). Pendant la saison froide et sèche de Décembre à

Février nous avons observés 48,39% (15/31) des infections astrovirales, ce qui démontre la

forte saisonnalité des infections à astrovirus. En effet une prévalence 41,94% a été détectée

pendant la période chaude (Juin, Juillet et Août). Ces résultats sont comparables à ceux de

Hermann et al., 1991, Noel et al., 1994 et de Lin et al., en (2008) à Taipei. Egalement au

cours de cette période la prévalence des infections parasitaires étaient abondantes (67,9%).

Les variations saisonnières des zoonoses entériques résultent d'une complexe interaction entre

les facteurs climatiques et non climatiques saisonnières qui agissent à différentes échelles

temporo-spatiales et qui interagissent continuellement (Lal et al., 2012). Les diarrhées

d’origine virales et parasitaires sont plus fréquentes au cours des saisons sèches et froides

(Levy et al., 2009).

Cette saisonnalité est plus marquée dans les pays à climat tempéré que dans les pays

tropicaux. Ces différences observées pourraient être dues aux faibles variabilités climatiques

dans les pays tropicaux par rapport à celles des pays tempérés. La fréquence élevée

d’astrovirus pendant la saison sèche pourrait également s'expliquer par une baisse de

l'humidité et des précipitations favorisant l'assèchement du sol augmentant le transport aérien

de particules fécales sèches contaminées. Ce changement pourrait favoriser aussi la formation

de poussières, lesquelles fournissent des substrats aux particules virales (Levy et al., 2009).

La baisse de matières organiques pendant la saison sèche peut augmenter la quantité de

particules dans l'air, lesquelles peuvent contaminer l'eau ou les surfaces de l’environnement

ou être ingérées.


L’allaitement maternel a été associé à une diminution des taux de la diarrhée chez les

nourrissons dans les pays développés et en développement (Dewey et al., 1995). L’allaitement

maternel confère une protection efficace aux infections astrovirales. Les enfants qui ont un

allaitement mixte sont les plus atteints 67,7% suivi de ceux qui non pas été allaités 22,6% et

enfin les enfants allaités au lait maternel exclusivement 9,7%. L’allaitement exclusif au sein

pendant une période de six mois présente bien des avantages pour le nourrisson et la mère, et

notamment l’insigne avantage de protéger contre les infections gastro-intestinales, tant dans

les pays en développement que dans les pays industrialisés.

La proportion de diarrhée à astrovirus supérieur à 3 jours est observée dans 74,2% des cas.

Ces résultats sont conformes à ceux de Tseng et al., 2011 en Taiwan. Mais il n’existe pas de

différences significatives entre la durée des diarrhées astrovirales. Les astrovirus

prolongeraient donc la durée des diarrhées qui conduirait à une déshydratation pouvant se

compliqués de choc hypovolémique.

Dans notre étude 40,8% des enfants ont subi une consultation entre 1 à 3 jours de début de

diarrhée. En effet un taux de 52,2% de consultation après les trois premiers jours de diarrhée

témoigne de la banalisation de la diarrhée et la méconnaissance de ces conséquences par les

mères. Nos résultats concordent avec ceux de Sanou et al (1999) au Burkina Faso.

Les infections astrovirales ne sont pas associées à la flore bactérienne.

Le taux de malnutrition de 59,4% est respectivement supérieur à celui de Simporé et al (2009)

au Burkina Faso (35,1%), de Sanou et al (1999) au Burkina Faso (32,5 %). Les enfants de 12

à 24 mois sont les plus atteints. De nombreuses études ont montré que la malnutrition a un

effet sur la durée des épisodes diarrhéiques, ainsi les enfants malnutris ont des épisodes

diarrhéiques plus longs (Black et al., 1984, Bairagi et al., 1987) et une maladie plus grave

(Guerrant R L et al., 2008). Une cause importante de la malnutrition et la mortalité infantile

serait le faible taux d'allaitement maternel au Burkina Faso, un taux qui décline rapidement

dans les premiers mois de la vie d'un bébé selon le rapport de l’enquête nutritionnelle

(SMART, 2009). De plus, les épisodes diarrhéiques peuvent provoquer un retard de

croissance chez les enfants (Assis et al., 2005; Chechley et al., 2003). La relation

bidirectionnelle entre malnutrition et la diarrhée constitue un problème car d’une part, les

épisodes diarrhéiques peuvent avoir un impact sur le statut nutritionnel et d’autre part la

malnutrition favorise les infections intestinales et les diarrhées. Ce cercle vicieux entre

diarrhées et malnutrition constitue un problème notamment dans les pays en développements

(PED). Il a été estimé qu’1/4 des enfants souffre de malnutrition dans les PED (Thapar et al.,


2004), un (1) enfant sur deux (2) est atteint de malnutrition protéino-énergetique (MPE) en

Asie du sud et 30% en Afrique subsaharienne (FAO., 2012).


CONCLUSION ET PERSPECTIVES


6. Conclusion

Les maladies diarrhéiques dont la principale manifestation est la diarrhée constituent un

problème de santé publique pour les pays en développements et le Burkina Faso en

particulier. Cette étude nous a permis de d’établir les fréquences du virus et de micro-

organismes responsable justement de ces maladies diarrhéique par la méthode de la RT-PCR

une prévalence de 14,6% d’astrovirus a été notée. Les parasites intestinaux isolés par la

microscopie constituent 20,7% des étiologies infectieuses avec une plus grande fréquence de

Protozoaires (20,2%) que d’Helminthes (1,9%). Les astrovirus ont été isolés principalement

chez les enfants de moins de 12 mois et les parasites intestinaux chez les enfants de plus de 12

moins. La malnutrition qui reste le principal facteur d’aggravation est associée à 59,7% aux

gastro-entérites dans notre étude. La répartition d’astrovirus est saisonnière avec une forte

prévalence en saison sèche. Une observation de la propriété individuelle et collective réduirait

la malnutrition et par conséquent la mortalité infantile. En effet une connaissance de

l’ensemble des étiologies impliquées dans les diarrhées est nécessaire pour une lutte efficace

des gastro-entérites infantiles.

PERSPECTIVES

Au regard des gastro-entérites occasionner par la malnutrition et les infections

multiples en particulier les astrovirus et les parasites en guise de perspective nous proposons

de:

Identifier les différents génotypes des astrovirus circulants au Burkina Faso à travers

des recherches moléculaires.

Élargir l’étude aux autres Centres de Récupération et d’Éducation Nutritionnelle

(CREN) du Burkina Faso pour avoir le maximum d’informations.

Effectuer une étude de mise en évidence de l’ensemble des étiologies virale,

parasitaires et bactériennes de même que tous leurs génotypes.


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Mémoire Présenté - LaBioGene · prevalence of astrovirus are seen in children less than 24 months and the parasite in more than 24 months . Breastfeeding Breastfeeding is a protective