Mekanisme kerja RNAi

Studi awal menunjukkan bahwa siRNA merupakan dupleks 21-26 nukleotida RNA dengan 2-

nukleotida 3’ yang menggantung dan 5’ fosfat dan 3’ hidroksi sebagai terminal. 21-22 nt terlibat dalam

degradasi mRNA dan memiliki ukuran yang lebih panjang, 24-26 nt mengarahkan metilasi DNA dan

penghentian sistemik. Sebuah komponen RISC, domain PAZ dari Argonaute, memfasilitasi pengenalan

siRNA dengan untai tunggal 3’ yang menggantung dengan bantuan enzim Dicer. Telah dikemukakan

bahwa dupleks bergabung di prekursor RISC dan kemudian siRNA yang melepaskan ATP-dependent

mengubah prekursor RISC menjadi RISC aktif. Rasio RISC mengandung untai antisense atau sense dari

RNA yang ditentukan dengan kestabilan termodinamika dari pasangan basa 5’ terminal dari dupleks

siRNA. Basa-basa di dekat ujung 5’ menyumbangkan energi pada pelekatan RNA, sedangkan pasangan

basa yang dibentuk oleh pusat dan daerah 3’ dari siRNA menyediakan geometri berbentuk spiral yang

dibutuhkan untuk katalisis. Domain PIWI pada Argonaute di RISC mempunyai kemiripan dengan

ribonuklease H dengan sebuah motif aspartat-aspartat-glutamat yang dilindungi. Fosfat di antara

nukleotida 11 dan 12 dari ujung 5’ mRNA jatuh mendekati pusat pembelahan RISC yang aktif.

miRNA yang matang merupakan endogen 22 nt RNA yang penting untuk mengarahkan mRNA

dalam pembelahan atau represi translasi pada hewan dan tumbuhan. Molekul RNA yang pendek ini

dihasilkan di sitoplasma Rnase III Dicer dari pre-miRNA yang berbentuk jepit rambut yang diproses oleh

nuklir Rnase III Drosha. Residu 2-8 dari miRNA yang pertama berpasangan tepat dengan elemen daerah

3’ taktertranslasi (UTR) dari RNA target. Endogen dari si RNA dan miRNA mempunyai kemiripan

sehingga dua kelas dari RNA ini tidak dapat dibedakan dari komposisi kimia atau mekanisme kerjanya.

Pada mamalia, siRNA dapat berfungsi seperti miRNA melalui represi ekspresi mRNA target dengan

komplementer sebagian sampai kelipatan dari 3’ UTR. Daerah 5’ dari siRNA dan miRNA semuanya

memainkan peran analogi dalam pengenalan target dan penggabungan RISC ke target RNA. Akan tetapi,

perbedaan asal keduanya, perlindungan evolusioner, dan tipe gen yang dihentikan oleh keduanya telah

diuraikan dengan jelas.

Kemampuan RNA dalam genomic secara fungsional telah ditunjukkan. Teknologi RNAi telah

menjadi pilihan untuk pendekatan pada identifikasi target dan validasi serta pencegahan dan terapi

penyakit. Sebagai perbandingan dengan terapi yang berdasarkan basa RNA lainnya, RNAi mempunyai

banyak keuntungan. Teknologi menjadi jawaban dan memberikan pengaruh besar pada terapi kanker.