Upload
georgine-berthe
View
105
Download
0
Embed Size (px)
Citation preview
Les virus émergents
Arnaud Fontanet
Unité d’Epidémiologie des Maladies Emergentes
Institut Pasteur
2
20ème siècle: les grandes avancées - hygiène
D’après Guyer, B. et al. Pediatrics 2000;106:1307-1317
Mortalité maladies infectieuses, 1-19 ans, 1900-96, Etats-Unis
3
20ème siècle: les grandes avancées - antibiotiques
Source: CDC phototèque
4
20ème siècle: les grandes avancées - vaccins
Source: CDC phototèque
5
20ème siècle
Est-ce la fin des maladies infectieuses ?
6
1976: Ebola, Zaïre
Source: CDC phototèque
7
1981: SIDA
H.R. Gelderblom, Robert-Koch-Institut, Berlin MMWR 1981:30:250-252
Luc Montagnier
FrançoiseBarré-Sinoussi
8
Concept des maladies émergentes
• Infections récemment devenues épidémiques en population humaine (SIDA, SRAS).
• Infections dont l’agent causal a été récemment identifié (hépatite C).
• Infections ayant récemment gagné de nouvelles zones géographiques (Fièvre du Nil Occidental aux Etats-Unis, Chikungunya).
« Emerging infections: Microbial threats to health in the United States ». Institute of Medicine, 1992.
9
Place des maladies émergentes dans les causes de décès dans le monde, 2003
Weiss RA, Nature Medicine, 2004
SIDA, 1981
Hépatite C, 1989
Ebola, 1976
Hantavirus, 1992
Maladie de Creutzfeld-Jakob (variant), 1995
SRAS, 2003
Encéphalite du Nil Occidental, 1999
10
Mécanismes de l’émergence
Transmission àl’homme
Transmission inter-humaine
et dissémination
Virus Hôte intermédiaire« amplificateur »
Réservoir animal Vecteur
11
Contact animal-homme
Source: HS de Jong
Source: WCS Weiss RA, Nature Medicine, 2004
Déforestation
Densité des volailles
12
Adaptation du virus à l’homme
• Plusieurs étapes fondamentales:– Fixation sur un récepteur et
entrée dans la cellule.– Multiplication du virus.– Relargage du virus vers
d’autres cellules.– Et pour la transmission
inter-humaine: excrétion du virus sous une forme infectante vers l’extérieur
(Palese, Nature Med, 2004)
Virus influenza
13
Adaptation du virus à l’homme:exemple de la grippe
Belshe, NEJM, 2005
14
Adaptation du virus à l’homme:la grippe – facteurs génétiques?
(Butler, Nature News, 2006)
15
Adaptation du virus au vecteur:l’exemple du Chikungunya
(Schuffenecker et al, PLos Med 2006)
16
Démarrage d’une épidémie
(Antia R, et al, Nature, 2003)
Moment pour agir
17
Densité et mouvements de population
Source: World Tourism Organization, 1997
Shen, EID, 2004
SRAS
Population humaine 1750 - 2150
Source: UN 2002
Mégapoles
18
Propagation du SIDA en Afrique
(Amat-Roze JM, Soc.Sci.Med 1993)
2001
Source: OMS – ONUSIDA 2001
20 – 39%
10 – 20%
5 – 10%
1 – 5%
0 – 1%
trend data unavailable
outside region
19
Transmission inter-humaine:population vectorielle
Température à la surface du globe Transmission du paludisme en Afrique
Tanser FC, Lancet 2003
20
Hépatite C: développement des soins médicaux
0
10
20
30
40
50
60
0-4 5-9 10-14 15-19 20-24 25-29 30-34 35-39 40-44 45-49 50-54 55-59 60+
hommes
femmesProportion infectée (%)
Groupes d’âge
Village de Zwyat Razin, Egypte
21
Bio-terrorisme: Sverdlovsk, Ukraine,1979
Villages où ont étérecensés des casde charbon chez les animaux.
Meselson, Science, 1994
66 décès humainssur 79 infections
Zhong NS, Lancet 2003
Province de Canton, ChineNovembre 2002 – Février 2003
• syndromes respiratoires• quelques centaines de patients• hiver• taux de mortalité élevé malgré les antibiotiques
grippe aviaire?
23
Tournant de l’épidémie: fin février 2003
12 mars 2003:
Alerte globale lancée par l’OMS
Christian, CID, 2004
24
Enquête épidémiologiqueEstimation de la période
d’incubation
Median incubationperiod: 4-5 days
Range: 1-14 days
Meltzer, EID, 2004
0
20
40
60
80
0 1 2 3 4 5-6 7-8 9+Days from Onset to Isolation
Cases
0
1
2
3
4
Secondary
case
s
Number of cases
Number of secondary cases
Average /case
Estimation de la p ériode de contagiosité
25
Enquête épidémiologique (2)
Hong KongTsang, NEJM, 2003
TorontoTime magazine
Transmission intra-hospitalière
Transmission communautaire
26
Contrôle de l’épidémie: isolement et quarantaine
http://www.manilatimes.net/ 3/29/03
27
Identification de l’agent causal: un coronavirus
Holmes, NEJM, 2003 Ksiazek, NEJM, 2003
28
« Beaucoup de bruit pour rien ? »
Weiss RA, Nature Medicine, 2004
Causes de décès dans le monde, 2003
29
Transmission par voie respiratoire
30(Liang, EID, 2004)
Taux d’attaque par groupe d’âge, Pékin, 2003
31
(Christian, CID, 2004)
A global village
32
SRAS: transmission intra-hospitalière
Dr Urbani, OMS
33
Restriction des transports aériens
www.BBC.com 4/2/03 Photo: CNN.com
Coût global du SRASestimé à 25 milliards d’euros
Sommet du G8 en 2003
34
La civette palmiste masquée: hôte intermédiaire ou réservoir animal?
(Guan, Science,2003)
(Zhong, Lancet, 2003)
35
La civette palmiste masquée
Wozencraft, 1993
Bell, Phil Trans R Soc Lond 2004
36
Marchés du sud de la Chine
37
Qu’est-il arrivé depuis?
• 5 cas « naturels » en décembre 2003-janvier 2004:– 4 fois sur 5 liés aux civettes– bénins– sans transmission secondaire
• 3 cas de laboratoire:– graves, dont un avec 3 générations de cas
secondaires
38 (Song HD et al, PNAS, 2005)
Etude phylogénétique comparant lessouches virales humaines et animales
Même virus chez les civetteset chez l’homme
39(Song HD et al, PNAS, 2005)
Etude phylogénétique comparant lessouches virales humaines et animales
Ratio des mutations non-synonymes/synonymes dans la région de la protéine Spike des souches de civettes palmistes masquées: 2.68 virus en cours d’adaptation la civette est un hôte intermédiaire
40
(Holmes K, Science, 2005)
Adaptation du virus aux récepteurs humains
(Qu XX, J Biol Chem, 2005)
Deux changements d’acides aminés permettent l’adaptation du virus de civetteau récepteur ACE2 de l’homme
Virus en cours d’adaptation:• peu virulent• peu contagieux le moment d’agir
41
Eliminationdes civettesdes marchés- janvier 2004
42
La chauve-souris semble être le réservoir animal du coronavirus du SRAS
(Li et al., Science, 2005)
(famille Rhinolophidae)
Question: comment s’est fait le passage à l’homme?
43
Leçons du SRAS (1)
• A démontré la vulnérabilité de nos sociétés à de nouveaux agents infectieux:– 774 morts « seulement »– hôpitaux paralysés– impact socio-économique considérable avec
isolements, quarantaines, restrictions des déplacements
– semblable aux scénarios d’attaque bio-terroriste
44
Leçons du SRAS (2)
• A démontré nos capacités de réaction:– réseau international de
veille épidémiologique (GOARN)
– laboratoires: nouveaux outils de détection
– plans de préparation– communication
Réseau international des Instituts Pasteur
45
Leçons du SRAS (3)
• Nous avons eu beaucoup de chance!!!– agent peu
transmissible– contagieux seulement
après le début des
symptômes
Fraser, PNAS, 2004
46
Le prochain defi: la grippe aviaire?
Grippe espagnole: 1918-9