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LES FLORES
L’environnement est loin d’être stérile :
Évolution des germes en fonction de l’atmosphère
Flores dépendent du type d’organe et de sa situation par rapport à
l’extérieur (flores digestives, oropharyngées, vaginale…)
Il existe des flores de l’environnement : air – terre - eau
IMPORTANCE DE LA CONNAISSANCE DES FLORES
Concerne médecin, biologiste, infirmière :
Lors des prélèvements : ne pas contaminer le malade ni le prélèvement
choix de l’antiseptique, hémoculture, ECBU
Si pénétration de cette flore (plaie, perforation d’organe…) : antibiothérapie probabiliste adaptée à la flore résiduelle
Intérêt en chirurgie : prophylaxie
Ex organisation eu bloc opératoire :
Changer de vêtements : flore extérieure (air, eau, hôpital…)
Surchaussure : flore du sol
Lavage des mains : flore cutanée, avec de l’eau filtrée : flore de l’eau
Air purifié : flore aérienne
Masque : flore oropharyngée
Adapter au mieux les règles d’hygiène
Digestion
Villosités intestinales
Stimulation du système
immunitaire
Effet barrière
ROLE DES FLORES
FLORES HUMAINES
FLORE DIGESTIVE
Salive
Streptocoques alpha (salivarius, mitis…) – lactobacilles – pneumocoque
Neisseiria
Anaérobies : x10 aérobies
Levures : Candida albicans
Protozoaires : Trichomonax tenas, Endolimax gingivalis….
108 germes/ml
Flore rhinopharyngée
Idem + : staphylocoques
Staphylocoque aureus : portage 30 %)
Pneumocoque : 15 à 30 %
Haemophilus : 20 %
Streptocoque A : 15 %
1 gouttelette de salive = 1 mm3
100.000 germes
Estomac
pH acide : bactéricidie (sauf BAAR)
Problème si achlorydrie : comme la salive
10 à 100 germes/ml
Duodéno-jejunum
Augmentation des anaérobies
102 à 104 germes /ml
Ileon
Anaérobies +++ : Bacteroïdes
Sterptocoque, entérobactéries
105 à 108 germes/ml
Contenu de l’intestin grêle : 1 litre
Soit 108 germes
Colon
Bactéries : 40 % du poids des selles
Environ 400 espèces différentes (99 % anaérobies)
Rapport ana/aérobies :
duodénum : 1/1
iléon : 10/1
colon : 10 à 10 000/1
Aérobies sont les pathogènes
109 à 1011 germes/ g de selles
FLORE RESPIRATOIRE
Stérile à partir de la trachée
FLORE CUTANÉE
Zones sèches : 102 à 104/cm2
Zones humides : 105 à 106 /cm2
Surface corporelle 2m2
108 germes sur tout le corps
Résidents :
corynébactéries – staphylocoque epidermidis – propionibacterium acnes…
Candida (autres que albicans)
Acariens
Transitoire :
hospitalière – pathogènes – résistance aux antibiotiques
FLORE VAGINALE
pH acide : bactéricidie
Lactobacilles (flore de Döderlein)
Staphylocoques coagulase négative, corynébactéries
Entérobactéries – streptocoques…
Levures : candida
Portage streptocoque B : 20 à 30 %
FLORES DE L ’ENVIRONNEMENT
• Eau : potable :< 100 germes/ml égouts : 105 à 107 /ml
• Aliments : < 100 germes /g
• Air : pur (Chamonix) : < 5 UFC/m3 /hôpital : 200 à 500 UFC /m3
vestaires : 103 à 105 /m3
• Surfaces : propres : 5 à 50 /25 cm2 sales : 1000 à 2000/cm2
• Terre : 106 à 109 /g (putréfaction)
HOMO CONTAMINUS
10 fois plus de bactéries que de cellules
Rhinopharynx : ½ litres rejetés par jour
MALADE PERSONNEL
AIR SUPPORTINERTE
SUJETPREDISPOSE
FLORES ET INFECTIONS
3 grandes classes pathogènes : intrinsèque
contagionréservoir : homme malade
ex : tuberculose - lèpre - syphilis - choléra - peste - fièvre typhoïde - méningocoque - gonocoque
commensaux : réservoir : homme saingradient de potentiel pathogènenon spécifiques
saprophytes : pathogènes possibles tétanos - gangrène gazeuse - légionellose - aspergillose
Malade Virulence
Donc infection quand :
• le bon germe
• au bon endroit
• en quantité suffisante
MECANISME DE L ’INFECTION
Modes de transmission
Direct : Respiratoire
Fécal oral
Sexuel
Vecteurs
Indirect : eau, aliments, matériels souillés…..
Horizontale ou verticale
RESERVOIR
INVASION
• adhésion – adhésines (pili, fimbriae) récepteurs cellulaires (muqueuses et biomatériaux)
• ubiquitaires : mannose, collagène, fibronectine, ganglioside M• spécifiques d ’un tissu ou d ’un organe :
– duodénum et jéjunum pour E coli et choléra– iléon pour salmonelle
• multiplication : colonisation formation d’un biofilm (biomatériaux)
doit se déplacer :
nécessité de flagellesenzymes détruisant le tissu pour progresser : protéases - collagénases - fibrinolysines - hyaluronidasesformation de galeries : par production de gaz (C perfringens)
dissémination : gagnent le sang, la lymphe, les ganglions tous les organes
fixation là où existent des récepteurs lésions tissulaires (toxines, enzymes, réponse de l’hôte)
pénétration du tissu : est alors une porte d’entrée
une invasine bactérienne entre en contact avec son récepteur, une intégrine cellulaireex : shigella
au niveau de la zone de contact, modification du cytosquelette==> pseudopodes==> ingestion de la bactérie
PRODUCTION DE TOXINES• exotoxines
multiplication locale du germe, sécrétion d’une substance (protéique) diffusant dans l’organisme, et responsable de la maladieaction à faible dosesont thermolabilesex : tétanos - choléra - diphtérie - scarlatine - TIAC (Staphylocoque aureus - botulisme)
action sur une cible : ex AMPc activité endopeptidase (empêche
sortie neuromédiateur) : botulisme, tétanos désorganise la membrane
cytoplasmique (cytolysine) : pneumolysine,shiga like, listérioysine O
signal transmembranaire (superantigène): interaction sur macrophages et lymphocytes T
==> production de cytokines +++ (fièvre, choc toxique, vomissements…
• endotoxinesproviennent de la dégradation de la membrane externe du germe (BGN surtout ) : LPSthermostableactivation du système immunitaire (activation du complément, production de cytokines+++, activation de la coagulation)
MECANISMES DE DEFENSES
Barrière cutanéo-muqueuse
effet barrière des flores : empêche la multiplication physique : est quasi imperméable
chimique : destruction des germes (acidité, lysozyme, bile...)
Elimination des germes
évacuation du bol alimentaire (selles)flux des urinestapis muco ciliaire de l’arbre respiratoirehygiène (lavage régulier)desquamation
Non spécifiques - Innés
Action :
vasodilatation
chimiotactisme
phagocytose
Réponse inflammatoire
Induction de la production de protéines de l’inflammation (hépatique) :
CRP – fibrinogène – haptoglobine….
Action directe sur les germesFormation d’une coque fibrineuse
Interféron : résistance aux virus
Activation du complément :
activation en cascade de plusieurs enzymes, pour former une macromolécule
Conséquences cliniques et biologiques :
- 4 signes cardinaux locaux de l’inflammation : rougeur – oedème – chaleur – douleur
-- NFS : hyperleucocytose
- Augmentation de la vitesse de sédimentation
- augmentation des protéines de l’inflammation (CRP : bactéries ; interféron : virus)
• DONC INFECTION SI :
– perte de substance cutanée (brûlés - escarres - plaies...)
– injection (KT - SAD - piqûres d’insectes...)
– destruction de la flore (antibiothérapie)
– diminution des défenses (déficits acquis ou congénitaux)
si pénétration : gagne le tissu lymphoïde
Fièvre
Déclenchée par les substances liées au germe,
ou par les mécanismes de défense
Inhibe la croissance bactérienne, diminue le métabolisme
Spécifiques : immunité humorale et cellulaire
Sources
Endogènes : surtout si SAD, KT…
Exogènes
- manuportage : fréquent, peu médiatisé
endémique (respect des règles
d’hygiène..)
« indicateurs » : BMR
- environnement : très médiatisé, rare
air (aspergillus) – eau (légionelles) matériel mal décontaminé
aliments (TIAC)
contamination des antiseptiques,
produits sanguins …
?
HOSPITALISATION
Flore exogène
Flore hospitalière
Infection nosocomiale
Flore endogène
portage
colonisation
infection
Acquisition (transmission croisée)