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24/09/2012
1
Christophe Jacquet & les E-C de la commission de PhyV
Les enseignements en Biosciences Végétales
2
Les différentes mentions dans le département Biologie & Géosciences (2011-2016)
Master SPE
LICENCE TERRE &
ENVIRONNEMENT
TERRE &
ENVIRONNEMENT
TERRE &
ENVIRONNEMENT
Master ECOLOGIE
LICENCE BIOLOGIE & ENVIRONNEMENT
IPE
BOPE
PCESVT
PPE
BOPE
PCESVT
Master BBT & BI
LICENCE BIOCHIMIE
BBM
BI
BIOCHIMIE
L3
PRO
Master BIOSANTÉ
Master MABS
LICENCE BIOLOGIE
BCP
MABS
BIOLOGIE
PCAV
PCAV APPROFONDISSEMENT « BIOLOGIE, TERRE & ENVIRONNEMENT » APPROFONDISSEMENT « BIOLOGIE & BIOCHIMIE »
PORTAIL SCIENCES DE LA NATURE
L1
L2
L3
SPE : Science de la Planète et de l’Environnement
BOPE : Biologie des Organismes, des Populations et des Ecosystèmes
PCESVT : Prépa. concours d’Enseignants des SVT
IPE : Ingénierie pour l’environnement; PPE : Professorat des Ecoles
BBT : Biochimie et Biotechnologie; BBM : Biochimie et Biologie Moléculaire;
BI : Bioingénierie
MABS : Microbio Agrobiosciences Bioinformatique et biologie des systèmes
BCP : Bio cell et Physiologie
PCAV : Prépa Concours Agro-Véto,
M2
M1
2
24/09/2012
2
3
Positionnement des enseignements de biosciences végétales dans le département Biologie & Géosciences (2011-2016)
Master SPE
LICENCE TERRE &
ENVIRONNEMENT
TERRE &
ENVIRONNEMENT
TERRE &
ENVIRONNEMENT
Master ECOLOGIE
LICENCE BIOLOGIE & ENVIRONNEMENT
IPE
BOPE
PCESVT
PCESVT
PPE
LICENCE BIOCHIMIE
BBM
BIOCHIMIE
Master BIOSANTÉ
Master MABS
LICENCE BIOLOGIE
BCP
MABS
PCAV APPROFONDISSEMENT « BIOLOGIE, TERRE & ENVIRONNEMENT » APPROFONDISSEMENT BIOLOGIE & BIOCHIMIE »
PORTAIL SCIENCES DE LA NATURE
L1
L2
L3
SPE : Science de la Planète et de l’Environnement
BOPE : Biologie des Organismes, des Populations et des Ecosystèmes
PCESVT : Prépa. concours d’Enseignants des SVT
IPE : Ingénierie pour l’environnement; PPE : Professorat des Ecoles
BBT : Biochimie et Biotechnologie; BBM : Biochimie et Biologie Moléculaire;
BI : Bioingénierie
MABS : Microbio Agrobiosciences Bioinformatique et biologie des systèmes
BCP : Bio cell et Physiologie
PCAV : Prépa Concours Agro-Véto,
Master BBT & BI
BOPE
BI
BIOLOGIE
PCAV
BI
L3
PRO
Au total, du L1 au M1 : 28 UE
gérées par les EC de PhyV
M2
M1
3
4
De la cellule à l’organisme
Intervenants :
Laurent Hoffmann Guillaume Bécard
Fabien Mounet ATERs
Moniteurs L1 –
Se
me
str
e 2
- P
or
tail
SN
- A
pp
ro
fon
dis
se
me
nt
Physiologie Végétale – Physiologie Animale - Biologie Cellulaire
- Comprendre la structure du végétal. - Étudier l’influence des hormones et des facteurs environnementaux sur la croissance et les fonctions essentielles à la vie des plantes.
750-800
4 CM - TD
24/09/2012
3
5
Approches expérimentales : De la molécule à l’organisme
Intervenants :
Soizic Rochange Laurent Hoffman
Christiane Marque Chantal Teulière
Fabien Mounet Hua Wang
ATERs Moniteurs
L1 –
Se
me
str
e 2
- P
or
tail
SN
- A
pp
ro
fon
dis
se
me
nt
Module de TP exclusivement (PhyA, PhyV, bio mol, bio cell) Méthodologies de base : dilutions, spectrophotométrie, observations au microscope 1 TP sur la germination 1 TP sur les protoplastes
750-800
5 TP
L2
– S
em
estr
es 3
& 4
– B
OP
E –
BC
P/M
AB
S -
PC
ES
VT
Biologie du Développement des Plantes
Intervenants:
Didier Aldon
Hua Wang
Fabien Mounet
Nicolas Frei dit Frey
Christophe Jacquet
Mots clés : Développement végétatif Développement reproducteur (contrôle de la floraison, fécondation, embryogenèse et formation de la graine, développement du fruit …)
Licence PCESVT (filière enseignement) L2S4 Biologie du Développement Animal et végétal CM 7 x 2h + TD 3 x 2h + TP 1 x 4h
Licence BOPE (Ecologie) L2S3 Physiologie Végétale (Bio du développement) CM 7 x 2h + TD 3 x 2h + TP 1 x 4h
Licence BCP / MABS (Biologie) L2S3 Initiation à la Biologie du Développement Animal & Végétal CM 5 x 2h + TD 2 x 2h
230
210
40
6
24/09/2012
4
L2
– S
em
estr
e 4
– M
AB
S +
L2
Bio
ch
imie
+ P
CE
-SV
T Physiologie végétale (et métabolisme végétal)
Dynamique des métabolismes primaire et secondaire des végétaux
supérieurs.
Mots clés : nutrition carbonée, nutrition azotée minérale et
symbiotique, nutrition eau, transport des sèves brute
et élaborée, métabolites secondaires et paroi.
200
Intervenants:
Vincent Burlat
(Biologie)
Cécile Albenne
/Christophe Dunand
(Biochimie)
Guillaume Bécard
(PCE-SVT)
Hua Wang
Valérie Pacquit
Chantal Teulières
Moniteurs & ATERs 7
L2
– S
em
estr
es 4
– M
AB
S
Biotechnologies des microorganismes et des plantes
Intervenants:
Christophe Jacquet
Elodie Gaulin
Arnaud Bottin
+ collègues
microbio & genet
Exploitation des biotechnologies par l’homme dans le cadre du
développement durable.
3 sous-UE des composantes de MABS
Mots clés : OGM, amélioration génétique, marqueurs moléculaires,
plasmides Ti, levures, fermentation alcoolique, conjugaison, plasmide…
60
8
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5
L3
– S
em
estr
e 5
– M
AB
S
Génétique Moléculaire et Amélioration des Plantes
Intervenants:
Jean-Philippe Galaud
Christiane Marque
Chantal Teulières
Stratégies, concepts et outils d’amélioration génétique des végétaux.
Mots clés : Les 3 génomes; organisation et plasticité, génie génétique,
marqueurs moléculaires
50
9
L3
– S
em
estr
e 6
– M
AB
S/B
I
Biologie cellulaire et signalisation végétale
Intervenants:
Vincent Burlat
Valérie Cotelle
Valérie Pacquit
Mots clés :
- Parois, surface cellulaire. Diversité structurale et fonctionnelle.
- Réseaux de signalisation. Adaptation aux facteurs de l’environnement
(lumière, stress abiotiques). Hormones végétales.
35
10
24/09/2012
6
L3
– S
em
estr
e 6
– M
AB
S/B
I
Intervenant:
Laurent Hofman
De la génétique mendélienne aux programmes de sélection et
d’amélioration des espèces végétales d’intérêt agronomique.
Mots clés : Lois de Mendel, QTL caractères agronomiques, systèmes de
reproduction), créations variétales…
Applications de la génétique à l’agronomie
35
11
L3
(&
M1) –
Se
me
str
e 6
– M
AB
S/B
CP
Les bases de l’analyse de séquences.
Mots clés : Alignement deux à deux ; Alignement
multiple (ClustalW);
Comparaison séquences (Blast..); Motifs…
Bioanalyse
Intervenants:
Catherine Mathé
Elodie Gaulin
+ autres EC
bioinformatique
12
24/09/2012
7
13
Licence Professionnelle L3P
Biotechnologie
Spécialité : Amélioration génétique des plantes
MÉTIERS - Assistant- Ingénieur, Technicien spécialisé en recherche - Contrôleur qualité-produit.
SECTEURS PROFESSIONNELS VISES (public ou privé) : - Recherche et le développement : programmes d’exploration et d’amélioration des plantes - Production agricole : agrochimie, production de semences et protection des végétaux
Durée de la formation : 12 mois dont 5 de stage Recrutement : BAC + 2 (BTS, DUT, L2 ou équivalent) Formation initiale et continue , VAE (Validation des Acquis d’Expérience)
L3
PR
O –
dip
lôm
e
Intervenants:
Christiane Marque
Chantal Teulières
Didier Aldon
Jean-Philippe Galaud
Laurent Hoffmann
Maxime Bonhomme
Vincent Burlat
Christophe Roux
Christophe Dunand
Christophe Jacquet
18
13
Contenu de la partie académique (460h, septembre à mars)
Deux Unités d’Enseignement du tronc commun: • Communication dans l’entreprise • Analyse et traitement des données (MB)
Trois Unités d’Enseignement de la spécialité • Exploitation des vitro-méthodes et de la transgénèse (VB, CD, CT, CM)
•Métabolisme et développement • Production végétale in vitro •Embryogénèse somatique et systèmes simplifiés •Transformation génétique •Applications et aspects règlementaires associés aux OGM
• Etude des génomes et phytopathologie (JPG, CM, CR, DA)
•Bases de biologie cellulaire et moléculaire •Génomique structurale et fonctionnelle •Phytopathologie et diagnostic moléculaire
• Schémas de sélection et production de semences (DA, LH, CJ, MB, SR) •Bases génétiques de la sélection • Physiologie de la reproduction •Organisation de la filière semence, méthodes de contrôle qualité
L3
PR
O –
dip
lôm
e
+TPs
14
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8
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Positionnement des enseignements de biosciences végétales dans le département Biologie & Géosciences (2011-2016)
Master SPE
LICENCE TERRE &
ENVIRONNEMENT
TERRE &
ENVIRONNEMENT
TERRE &
ENVIRONNEMENT
Master ECOLOGIE
LICENCE BIOLOGIE & ENVIRONNEMENT
IPE
BOPE
PCESVT
PPE
BOPE
PCESVT
LICENCE BIOCHIMIE
BBM
BI
BIOCHIMIE
L3
PRO
Master BIOSANTÉ
Master MABS
LICENCE BIOLOGIE
BCP
MABS
BIOLOGIE
PCAV
PCAV APPROFONDISSEMENT « BIOLOGIE, TERRE & ENVIRONNEMENT » APPROFONDISSEMENT « BIOLOGIE & BIOCHIMIE »
PORTAIL SCIENCES DE LA NATURE
L1
L2
L3
SPE : Science de la Planète et de l’Environnement
BOPE : Biologie des Organismes, des Populations et des Ecosystèmes
PCESVT : Prépa. concours d’Enseignants des SVT
IPE : Ingénierie pour l’environnement; PPE : Professorat des Ecoles
BBT : Biochimie et Biotechnologie; BBM : Biochimie et Biologie Moléculaire;
BI : Bioingénierie
MABS : Microbio Agrobiosciences Bioinformatique et biologie des systèmes
BCP : Bio cell et Physiologie
PCAV : Prépa Concours Agro-Véto,
Master BBT &
BI M1 SVT-E
15
M1-M
AB
S
Agro
Food
Chain
Microbio – Génét
QSA
16
24/09/2012
9
M1–
Se
me
str
e 7
– M
AB
S
Outils et stratégies d’analyses globales. Mise en évidence des
spécificités plante / champignon /bactérie
Mots clés : Génomique, transcriptomique, protéomique, métabolomique…
Génomique des Plantes et des Microorganismes
Intervenants:
Jean-Philippe Galaud
Elodie Gaulin
+ EC microbio
55
17
analyses phénotypiques analyse de transcriptome
M1–
Se
me
str
e 7
– M
AB
S
Traitement des Données Biologiques
Intervenant:
Maxime Bonhomme
Initiation aux outils statistiques permettant d’analyser des données biologiques qui sont de nature variable (quantitatives, qualitatives)
55
18
24/09/2012
10
M1–
Se
me
str
e 7
– M
AB
S
initier l’étudiant à la recherche scientifique en lui proposant un véritable
projet scientifique en immersion complète dans un laboratoire pendant 2
mois
Mots clés : hygiène et sécurité, cahier de laboratoire, analyse
bibliographique, techniques de communication scientifique
Stage d’initiation à la recherche
Intervenants:
Valérie Cotelle
+ EC microbio
19
M1–
Se
me
str
e 7
– M
AB
S
TP et TD – anglais scientifique
Mots clés : approches expérimentales de microbiologie moléculaire
étude de la régulation de gènes impliqués dans le pouvoir pathogène.
Xanthomonas campestris; Colletotrichum lindemuthianum
Méthodes expérimentales et publications scientifiques
Intervenants:
Arnaud Bottin
C. Jacquet
+ EC microbio
20
10
24/09/2012
11
.
analyse de structure génétique des populations
analyse génétique de pedigrés
détection de QTL
Génomique et génétique statistique
M1–
Se
me
str
e 7
– M
AB
S
Mise en pratique et utilisation des concepts fondamentaux de la génétique
statistique, incluant la génétique des populations, la génétique quantitative, la
cartographie génétique. Cas concrets en génétique végétale et animale
Intervenant:
Maxime Bonhomme 21
10
.
Stratégies infectieuses des microorganismes
M1–
Se
me
str
e 8
– M
AB
S
Diversité des stratégies infectieuses des bactéries et parasites eucaryotes chez
les animaux et végétaux.
Mots clés : effecteurs, appressorium, système de sécrétion, biotrophie,
nécrotrophie, manipulation de l’hôte
Intervenants:
Christophe Roux
Matthieu Arlat
Elodie Gaulin
Arnaud Bottin
22
55
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12
.
Immunité et symbioses végétales
M1–
Se
me
str
e 7
& 8
– B
I/M
AB
S
Mécanismes de résistance chez les plantes, de la perception du parasite à
l’activation des défenses. Modèle en zig-zag de l’immunité végétale
Mise en place des différents types de symbioses
Comparaisons symbiose - résistance
Intervenants:
Christophe Jacquet
Guillaume Bécard
Elodie Gaulin
Arnaud Bottin 23
10-18
Biologie du Développement des Plantes
M1–
Se
me
str
e 8
– M
AB
S
Intervenants:
Didier Aldon
Vincent Burlat
Christophe Dunand
Laurent Hoffmann
Soizic Rochange
Hua Wang
Influence des facteurs environnementaux
Composés hormonaux et photorécepteurs dans la plasticité
phénotypique. Interactions croisées …
au cours des grandes étapes de développement (germination,
floraison, fécondation, embryogenèse et sénescence)
24
10
semestre 2 2012 Planning Master M1 - EM8BBVBM Biologie du Développement des Plantes
CM QUAND? lieu / heure QUOI ? QUI?
1 Lundi 23 janvier 2012 7h45-9h45 - Bat 2A C11 Introduction au Développement des plantes D. Aldon
2 jeudi 26 janvier 2012 10h -12h - Bat 2A C11 Espèces reactives de l'oxygène & développement C. Dunand
3 lundi 30 janvier 2012 7h45-9h45 - Bat 2A C11 L'acide abscissique - Perception & Signalisation D. Aldon
4 jeudi 2 février 2012 10h -12h - Bat 2A C11 Strigolactones, SMS & Développement des plantes S. Rochange
5 lundi 6 février 2012 7h45-9h45 - Bat 2A C11 Les Gibberellines D. Aldon
6 jeudi 9 février 2012 10h -12h - Bat 2A C11 L'épiderme racinaire: un modèle d'étude de la différenciation cellulaire L. Hoffmann
7 lundi 13 février 2012 7h45-9h45 - Bat 2A C11 Régulation développement des plantes / facteurs environnementaux exple de la lumière D. Aldon
8 jeudi 16 février 2012 10h -12h - Bat 2A C11 Cytokinines – brassinosteroides - D. Aldon
9 lundi 20 février 2012 7h45-9h45 - Bat 2A C11 Contrôles de la floraison D. Aldon
10 jeudi 23 février 2012 10h -12h - Bat 2A C11 Metabolisme IIdaire & devt des plantes Vincent Burlat
11 lundi 27 février 2012 7h45-9h45 - Bat 2A C11 Bio du devt - particularités des ligneux H. Wang
12 jeudi 1 mars 2012 10h -12h - Bat 2A C11 Auxines (Transport & voies de signalisation) H. Wang
13 lundi 12 mars 2012 7h45-9h45 - Bat 2A C11 Maintien de l'intégrité pariétale et acteurs moléculaires L. Hoffmann
14 jeudi 15 mars 2012 10h -12h - Bat 2A C11 Ethylène /formation fruit H. Wang
TD QUAND?
1 vendredi 27 janvier 2012 10h -12h - Bat 2A C1 ROS & peroxydase C. Dunand
2 vendredi 3 février 2012 10h -12h - Bat 2A C1 TD plantes - environnement & dev D. Aldon
3 vendredi 10 février 2012 10h -12h - Bat 2A C1 TD "New phytohormones" S. Rochange
4 vendredi 17 février 2012 10h -12h - Bat 2A C1 Approches génétiques pour l'étude du développement de l'épiderme d'Arabidopsis. L. Hoffmann
5 vendredi 24 février 2012 10h -12h - Bat 2A C1 TD floraison D. Aldon
6 vendredi 2 mars 2012 10h -12h - Bat 2A C1 TD Diff et dev trichomes D. Aldon
7 vendredi 16 mars 2012 10h -12h - Bat 2A C1 Signalisation hormonale & protéasome S. Rochange
8 vendredi 23 mars 2012 10h -12h - Bat 2A C1 Signalisation auxinique H. Wang
9 vendredi 30 mars 2012 10h -12h - Bat 2A C1 1 TD d'illustration couplé au cours Vincent Burlat
10 vendredi 6 avril 2012 10h -12h - Bat 2A C1 TD prepa TP H. Wang
24/09/2012
13
.
Génétique et épigénétique des plantes
M1–
Se
me
str
e 7
& 8
– B
I/ M
AB
S
Analyse fonctionnelle « Boîte à outils » génétique.
obtention, exploitation et analyse de mutants; génétique directe et inverse,
Epigénétique : modifications de la chromatine, ARN non codants, silencing
Mots clés : EMS, tilling, insertion, RNAi, miRNA & siRNA
Intervenants:
Soizic Rochange
JP Galaud
Valérie Cotelle
Valérie Pacquit
25
10-18
La plante: son utilisation et amélioration par l’homme
Programmes CAPES
M1–
Se
me
str
e 8
–
SV
T-E
Etat de la planète (eau, sol..)
VANA (Valorisation Non Alimentaire Biomasse Végétale)
Développement Durable
Les interactions plantes/environnement
- symbiose
- parasitisme
Intervenants:
Elodie Gaulin
Christophe Jacquet
Guillaume Bécard
Thierry Lamaze
26
25
24/09/2012
14
?
Great Dane >50 kg Chihuahua <3 kg
* Classical and molecular genetics and their use in plant and animal breeding * The techniques used in biotechnology
M1–
Se
me
str
e
8 A
gr
o F
oo
d C
ha
in
Molecular Basis for Plant & Animal Improvement
Intervenant:
Hua Wang 27