L ' a u t o m a t i s a t i o n en biologie

mol culaire : une r volution e s t

en m a r c h e .

B ioTribune : Votre sp~cialit~ est le diagnostic en biologie mol~culaire. Nous aurions

souhait~ faire le point avec vous sur les nouveaux robots et les techniques d'avant-garde qui se profilent a I'horizon.

Patrick Merel* : II me semble que la PCR quantitative est en pleine ~volution et que ceci est principalement de a des instruments comme le LightCycler de Roche Diagnostics. La grande innovation reside dans la r6alisation de PCR de fa(;)on tres rapide avec une d~tection en temps r6el. Au niveau de I'organisation du travail, cet outil simplifie les proc6dures de diagnostic moleculaire puisque tout peut maintenant pratiquement 6tre r6alise dans une seule piece. Les tubes ne sont en effet plus du tout ouverts apres I'~tape de PCR. Par ailleurs, le temps d'ex6cution d'une PCR auparavant se situait autour de 2h a 3h, avec des procedures de d6tection qui pouvaient prendre de 2 ~ 4 heures apr6s la PCR. Avec ces nouveaux instruments (LightCycler de Roche Diagnostics, SmartCycler de Cepheid - USA, distribu~ par Eurogenetec, RotorCyler de Corbett - Australie, distribue par Ozyme), le gain de temps est assez remarquable car une PCR qualitative ne dure que 20 minutes et une PCR quantitative de I'ordre de 40 ~ 60 minutes. Ensuite, puisque les r6sultats sont fournis en temps r6el, par la machine, finies les ~tapes apres-PCR. Autre revolution sur les paillasses : I'usage de capillaires de verre qui remplacent les tubes traditionnels (c'est le cas du LightCycler). Apr~s les r~ticences du d~but

(fragilit6 de ces capillaires dans les manipulations), le syst~me a 6te am61ior~, le rendant plus aisee Iors des manipulations, et les capillaires sont maintenant monnaie courante dans les laboratoires. Un ~lement reste dissuasif : le prix de ces instruments. II est 10 fois plus 61ev~ que pour les appareils de PCR traditionnelle. Je pense cependant, vule succ~s remport~ par ces instruments, que 1'6volution du diagnostic mol6culaire va passer par I'utilisation de ces machines, et que finalement, I'inves- tissement est un investissement long terme. A noter qu'une societ6 fran(;aise est sur le point de sortir le DiscCycler (Genesystems, installee pros de Rennes) qui non seulement pr6sentera la particularite de proposer des "disques PCR" avec reactifs pr6-distribu~s, mais aussi devrait pr6senter un co0t nettement inferieur (160 Kf) ~ celui des machines de PCR quantitative rapides plutSt aux alentours de 300-350 Kf. Destine aux analyses en milieu agroalimentaire, le DiscCycler pourra vraisemblablement int6resser I'ensemble des biologistes moleculaires, et qui salt permettra t-il de tirer vers le basle prix de ces

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instruments. Je pense que dans le domaine du s~quen?age, un autre bond important aura et6 r6alis6 ces derniers temps avec, apr~s les sequenceurs & gel plat, I'arrivee des s6quenceurs capillaires. En virologie, le s6quen~:age d'acides nucleiques est en pleine expansion, et en particulier dans les analyses de "suivi therapeutique" des patients infectes par le VIH, ou bien encore par le VHC. Le gain de temps est considerable avec ces machines, puisque per- mettant de diviser par 2 ou par 3 le temps des procedures de s~quen~age. Par exemple, I'utilisation d'un s6quenceur multicapillaires (8) comme celui de Beckman Coulter (CEQ2000XL) nous permet de produire ~1 I'aide d'une technicienne, 96 s6quences par semaine, soit I'analyse des mutations du VIH pour 24 patients. Le co£~t aussi a consid~rablement baiss~, puisque inf~rieur a 250 francs en comptant 4 sequences par patient.

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*Dr Patrick Merel, Laboratoire de Virologie - CHU Pellegrin, Bordeaux.