Laporan Resmi p1-p2

7/21/2019 Laporan Resmi p1-p2

1/8

LAPORAN RESMI PRAKTIKUM

KIMIA MEDISINAL II

Pharmacophore Mapping

Ligand Based danComplex Based

Disusun Oleh:

SARINA UMI K!AIA!

"#$%%%%&'$(A$)'%"*

(ST #)"# + ,OL II

(AKULTAS (ARMASI

UNI-ERSITAS ,AD.A! MADA

/O,/AKARTA

#)"*


2/8


3/8

7ahulu item ker#a dari obat anti inflamai golongan teroid tidak peifik karena

menghambat emua pembentukan en,im iklookaigenae- Seiring dengan perkembangan

pemodelan molekul+ obat anti inflamai non teroid ban%ak dikembangakan dan dimodifikai

untuk beker#a e.ara peifik pada COX/2- COX/2 berhubungan langung dengan inflamai

dan reeptor/reeptor n%eri erta demam-

Mekanime ker#a Obat antiinflamai non teroid %aitu menghambat pembentukan

en,im COX/2 dari aam arakhidonat ehingga tidak terbentuk endoperokidae %ang

men%ebabkan terbentukn%a inflamai dan n%eri-

Pemodelan molekul untuk pengembangan obat (I)S %ang peifik pada

penghambatan COX/2 dapat dilakukan dengan komputai+ alah atun%a %aitu dengan

pemetaan farmakofor- Farmakofor merupakan kerangka dari en%a0a %ang

bertanggung#a0ab pada akti!ita uatu obat- Farmakofor #uga menggambarkan tipe dan

lokai tempat berinterakin%a ligand an protein target- Fitur farmakofor terdiri dari donor

ikatan h%drogen+ akeptor ikatan h%drogen+ hidrofobik+ erta area terioniai poitif dan

negati!e-

&u#uan dari dilakukann%a pemetaan farmakofor adalah untuk menemukan protein

dan ligan aktif dari en%a0a COX/2+ kemudian men.ari en%a0a %ang mirip dengan ligand

atau protein reeptor dari COX/2- Sen%a0a %ang mirip terebut akan digunakan ebagai

penghambat terbentukn%a en%a0a COX/2 dengan .ara ubtitui pada ligan atau ubtitui

pada protein+ ehingga produk ikatan tidak terbentuk-

Pemodelan molekul e.ara in silico menggunakan aplikai+ alah atu diantaran%a

adalah MO1- MO1 'Mole.ular Operating 1n!iroment* merupakan aplikai %ang

mengintegraikan !iualiai+ imulai menggunakan Scientific vector Language (SVL) dalam

bahaa pemogramann%a ehingga mampu memanipulai truktur kimia dan ob#ek/ob#ek

molekul lain-

Pada MO1+ untuk menghailkan pemetaan farmakofor+ dapat dilakukan ligand-

based+ %aitu ditentukan dari koleki/koleki ligan aktif8 Komplek+ %aitu ditentukan dari dat

tru.tural komplek protein/ligan8 dan &arget+ %aitu ditentukan han%a dari data truktural

reeptor a#a- Pada per.obaan ini dilakukan pemetaan kromofor ligand-basedd an komplek-

Ala0 dan ahan

7atabae ligan 'SC-75416, SD-8381, 23d(R), 5c-S*+ file P7B '4M91+ 4)&"+

4L):*+ databae en%a0a .o3;drug + eperangkat PC 'komputer*+ erta program


4/8

!asil dan Pem2ahasan

Peme0aan (arma1o3or ligand-based

Pada metode ini digunakan perangkat lunak berupa Mole.ular Operating 1n!iromet

'MO1*+ dataet %ang digunakan adalah dataet en%a0a< ligan aktif-

Langkah ker#a %ang dilakukan %aitu preparai data+ %aitu dengan men#a#arkan

truktur/truktur ligan aktif e.ara flekibel 'flexible alignment*- Pada proe pen#a#aran

ligan/ligan aktif ini digunakan en%a0a >2B ebagai en%a0a refereni+ termauk elektif

pada COX/2 inibitor- Sen%a0a/en%a0a %ang memiliki truktur ligan mirip dengan ligan

dari en%a0a COX/2 inibitor %ang dilakukan pen#a#aran antara lain SC/?>=6@+ S7/A4A6+

24d'*+ >./S. "ambar 2 dimeni maing/maing ligan dapat dilihat pada gambar berikut-

ttp!!pdb"org ttp!!pdb"org

"ambar 6-SC ?>=6@ "ambar 2- S7/A4A6


5/8


"ambar 4- 24d '* "ambar =- >./>

ail dari dilakukann%a pen#a#aran adalah ditemukann%a en%a0a antar ligan %ang aling

overlap+ dimana memiliki truktur %ang mirip atu ama lain-

"ambar >- ailflexible alignment

Setelah dilakukan pen#a#aran+ maka dilakukan fitur farmakofor atau pembangkitan

titik/titik farmakofor %ang dianggap memiliki peran penting dari tiap en%a0a- 7ipilih 4 titik

agar diperoleh en%a0a %ang felkibel- ika dipilih lebih dari 4+ maka truktur %ang diperoleh

dari en%a0a akan lebih rigid edangkan #ika dipilih kurang dari 4 titik+ maka akan diperoleh

en%a0a %ang terlalu longgar- Pembangkitan titik/titik farmakofor ini dilakukan dengan

menggunakan alat parmacopore #uer$- "ambar berikut adalah gambar hailpembangkitan titik/titik farmakofor-

"ambar @

Peme0aan 3arma1o3or complex-based

Pada pemetaan farmakofor complex-based+ dilakukan pada COX/2 elektif- Pada

en,im COX/2 elektif terdapat beberapa ligan %ang men#adi bagian/bagian %ang dapat


6/8

berikatan dengan reeptor- Pada per.obaan kali ini+ digunakan 4 en%a0a %aitu 4M91+

4)&"+ dan 4L):-

Ketiga en%a0a terebut #uga terdiri dari beberapa rantai %ang men%uun

trukturn%a- 7imana pada rantai/rantai terebut+ terdapat ligan peifik- Sebelum

dilakukann%a pemetaan farmakofor+ dilakukan preparai berupa pemiahan antarantai dari

en%a0a/en%a0a terebut- al ini dimakudkan untuk memperoleh ligan %ang lebih peifik

dari uatu en%a0a-

Pada en%a0a 4M91+ terdapat 4 rantai+ %aitu rantai (+ B dan C- %ang dari maing/

maing rantai terebut terdiri ata protein+ ligan dan pelarut- Begitu pula dengan en%a0a

4)&"+ dan 4L)O-

7ari pemilihan rantai terebut maih dilakukan pen%elekian lagi pada bagian ligan+

%aitu dengan menghilangkan reidu/reidu eperti D)("E dan DBO"E- Sehingga pada tiap

rantai bagian ligan+ han%a terdiri dari truktur 1M 'heme* dan ligann%a itu endiri- em

merupakan kofaktor penting dan berperan dalam akti!ita %ang ditimbulkan oleh ikatan

antara protein dan ligand ehingga reidu hem tetap diikutertakan- "ambar berikut

merupakan gambar truktur dari ligan/ligan %ang memiliki truktur mirip dengan COX/2

ekeltif


"ambar ?- 4)&"+ '7?2* "ambar A 4M91+ '=6@*


7/8

ttp!!pdb"org

"ambar - >2B '4L):*

ail interkai antara antaren%a0a ligan 4M91+ 4)&" dan 4L):

"ambar 6:

Setelah dilakukann%a preparai pemotongan rantai dari tiap ligan+ maka dilakukan

uperpoe+ untuk mengetahui keberadaan ligan %ang atu dengan %ang lainn%a e.ara 4

dimeni- 7an hail %ang diperoleh adalah eperti gambar berikut-

"ambar 66- ail uperpoe


8/8

Kemudian dilakukan perhitungan PLIF 'Protein Ligand Intera.tion Fingerprint*

menggunakan konep la%akn%a idik #ari untuk mengetahui interaki antara ligan dan protein-

ail %ang diperoleh adalah

7ari hail penghitungan PLIF ini+ diperoleh 6 farmakofor %ang mirip+ %aitu (ni G (.. G ML

dengan radiu 6-::: dan 3H2?-:>8 %H6@-@>?8 dan ,H6-?A4- Pada per.obaan ini tidak

dilakukan pen.arian pada en%a0a refereni-

Kesimpulanail pemetaan farmakofor ligand baed dan .omple3 baed terdapat 4 fitur %ang

dianggap penting dari akti!itan%a terhadap en,im COX 2 %aitu %d/(.. dan (ro/%d pada

pemetaan farmakofor berdaarkn ligan dan (ni/(../ML pada pemetaan farmakofor

complex-based

Da30ar Pus0a1a

Mi.hau3+ Cathrine+ dkk+ 2::@+ Structure-based parmacopore of CO%-& selective 'nibitors

and 'dentification of Original Lead Compounds from atabase Searcing Metod,

6==@/6=>>+ 'http*

Sree!ata+ (-)-+ dkk- 2:66+ esigning *armacopores for CO% & En+$me n in Silico

pproac, ol-=+ )o-2 'http+*etun.u/ *ra/ti/um 0imia Medisinal ''+ Fakulta Farmai

U"M+ $og%akarta

Documents

Laporan Resmi p1-p2