Upload
others
View
12
Download
0
Embed Size (px)
Citation preview
i
LAPORAN KEMAJUAN
PENELITIAN DOKTOR BARU
DANA ITS 2020
(Sintesis dan Uji Antimikrobial Senyawa Bioaktif Berkerangka Oksindola
Dalam Rangka Ketahanan dan Kemandirian Obat)
Tim Peneliti :
Arif Fadlan, S.Si., M.Si., D.Sc. (Kimia/FSAD)
Prof. Dr. Mardi Santoso (Kimia/FSAD)
Sri Fatmawati, S.Si., M.Sc., Ph.D. (Kimia/FSAD)
DIREKTORAT RISET DAN PENGABDIAN KEPADA MASYARAKAT
INSTITUT TEKNOLOGI SEPULUH NOPEMBER
SURABAYA
2020
Sesuai Surat Perjanjian Pelaksanaan Penelitian No: 852/PKS/ITS/2020
i
Daftar Isi
Daftar Isi .......................................................................................................................................................... i
Daftar Tabel .................................................................................................................................................... ii
Daftar Gambar ............................................................................................................................................... iii
Daftar Lampiran ............................................................................................................................................. iv
BAB I RINGKASAN ..................................................................................................................................... 1
BAB II HASIL PENELITIAN ........................................................................................................................ 2
BAB III STATUS LUARAN ........................................................................................................................ 11
BAB IV PERAN MITRA ............................................................................................................................. 12
BAB V KENDALA PELAKSANAAN PENELITIAN ............................................................................... 13
BAB VI RENCANA TAHAPAN SELANJUTNYA ................................................................................... 14
BAB VII DAFTAR PUSTAKA ................................................................................................................... 15
BAB VIII LAMPIRAN ................................................................................................................................. 16
LAMPIRAN 1 Tabel Daftar Luaran ............................................................................................................. 17
ii
Daftar Tabel
Tabel 2.1 Hasil penambatan ulang ligan ko-kristal PIM pada makromolekul 2D0T 7
Tabel 2.2 Hasil perhitungan RMSD ligan ko-kristal PIM hasil penambatan terhadap
referensi 8
Tabel 2.3 Data hasil penambatan silang senyawa 1-4 pada makromolekul 2D0T 8
Tabel 2.4 Data interaksi-interaksi senyawa 1, 2, 3 terhadap makromolekul 2D0T 10
iii
Daftar Gambar
Gambar 2.1 Struktur senyawa 1-6 2
Gambar 2.2 Struktur makromolekul IDO1 dengan identitas 2D0T berserta perbesaran
area situs ikat ligan 3
Gambar 2.3 Rantai A makromolekul 2D0T setelah melalui proses preparasi 4
Gambar 2.4 Rantai A makromolekul 2D0T setelah ligan ko-kristal PIM diekstrak 4
Gambar 2.5 Struktur 2D senyawa 1-4 dan ligan ko-kristal PIM 5
Gambar 2.6 Struktur 3D senyawa 1-4 dan ligan ko-kristal PIM 5
Gambar 2.7 Area penambatan (grid box) molekular pada situs ikat ligan
ko-kristal PIM 6
Gambar 2.8 Penyejajaran atom-atom antara enam konformasi hasil
penambatan ulang dengan konformasi ligan ko-kristal PIM sebenarnya 7
Gambar 2.9 Visualisasi interaksi ligan-reseptor senyawa 1, 2, dan 3
dalam tampilan 3D 9
Gambar 2.1 Visualisasi interaksi ligan-reseptor senyawa 1, 2, dan 3
dalam tampilan 2D 9
iv
Daftar Lampiran
Lampiran 1 Tabel Daftar Luaran 17
1
BAB I RINGKASAN
Latar belakang: Penyakit infeksi masih menjadi masalah kesehatan utama di dunia. Kasus
penyakit infeksi yang akhir-akhir ini terjadi dan menjadi perhatian dunia adalah kasus penyebaran
novel coronavirus. Di Indonesia, penyakit infeksi berkisar antara 0,4-18,5% dengan diare, ISPA,
malaria, pneumonia, dan TBC merupakan penyakit infeksi dengan angka kejadian terbanyak.
Antibiotika umumnya digunakan untuk penanggulangan penyakit infeksi. Akan tetapi, penggunaan
antibiotika seringkali tidak tepat dan mengakibatkan terjadinya resistensi dan multipel resistensi
mikroba terhadap antibiotik. Pengembangan agen-agen baru untuk penanganan penyakit infeksi
merupakan salah satu fokus utama dalam hal ini. Oksindola yang memiliki berbagai aktivitas
biologis seperti antifungi, antibakteri, antiproliferatif, antikanker, antiinflamatori, antihipertensif,
antikonvulsan, antioksidan, antiHIV, dan antidiabetes telah banyak digunakan dalam bidang
kesehatan, dan beberapa diantaranya telah dijual bebas (Sunitinib, obat antikanker).
Tujuan: Penelitian bertujuan untuk sintesis senyawa-senyawa berkerangka oksindola dengan
substituen golongan halogen (fluorin, klorin, dan bromin), metil, dan nitro yang dilanjutkan dengan
karakterisasi struktur senyawa-senyawa tersebut, uji aktivitas antimikrobial, dan studi penambatan
molekular.
Tahapan metode penelitian: Senyawa-senyawa berkerangka oksindola dengan substituen
golongan halogen (fluorin, klorin, dan bromin), metil, dan nitro disintesis melalui reaksi berbagai
isatin dengan aseton menggunakan metoda refluks. Reaksi kemudian dilanjutkan dengan eliminasi
air menggunakan campuran asam klorida pekat dan asam asetat glasial dengan refluks.
Karakterisasi senyawa-senyawa yang terbentuk dilakukan dengan metoda spektroskopi yang
meliputi analisis IR, NMR, dan MS. Selanjutnya, uji aktivitas antimikrobial dilakukan terhadap
berbagai bakteri dengan metoda disc-diffusion yang dilanjutkan dengan penentuan MIC dan MBC.
Lebih lanjut, penambatan molekular dipelajari dengan Autodock Vina dalam PyRx dan visualisasi
menggunakan PyMOL.
Luaran yang ditargetkan: Penelitian ini menargetkan sebuah artikel ilmiah yang dipublikasikan
pada jurnal internasional terindeks (Q2) dan diseminasi hasil penelitian pada forum ilmiah
internasional.
Kata kunci: antimikrobial, oksindola, sintesis
2
Ringkasan penelitian berisi latar belakang penelitian,tujuan dan tahapan metode
penelitian, luaran yang ditargetkan, kata kunci
BAB II HASIL PENELITIAN
2.1 Penambatan Molekular
Studi penambatan molekular dilakukan untuk mengetahui potensial suatu senyawa sebagai
inhibitor enzim IDO1 berdasarkan bentuk strukturnya. Senyawa turunan oksindola 5-kloro-3-
hidroksi-3-(2-oksopropil)indolin-2-ona (1), 5,7-dikloro-3-hidroksi-3-(2-oksopropil)indolin-2-ona
(2), dan (Z)-5,7-dikloro-3-(2-oksopropilidene)indolin-2-ona (3) dipilih sebagai spesi ligan dalam
proses penambatan berdasarkan bentuk strukturnya yang merupakan analog dari turunan oksindola
(Z)-1-(5-kloro-2-oksoindolin-3-iliden)pentana-2,4-diona (4), 5-kloro-3-(2-oksopropilidena)indola-
2-ona (5), dan 1-(3-hidroksi-2-oksoindolin-3-il)pentana-2,4-diona (6) pada penelitian terdahulu
yang dilakukan oleh Paul, dkk pada tahun 2017 dengan kerangka struktur dasar yang sama berupa
oksindola, dan substituent yang terikat berupa gugus hidroksil, gugus kloro, dan rantai samping
berupa aseton (Gambar 1) [2]. Selain senyawa 1, 2, dan 3, senyawa 4 juga dipilih sebagai senyawa
pembanding berdasarkan konsentrasi penghambatan 50% (IC50) enzim IDO1 paling potensial yang
dilaporkan oleh Paul, dkk pada tahun 2017 sebesar 0,33 µM [2].
Gambar 2.2 Struktur senyawa 1-6
2.2 Preparasi Makromolekul
Makromolekul enzim indoleamina 2,3-dioksigenase 1 yang digunakan dalam penelitian ini
merupakan protein enzim IDO1 terkompleks ligan ko-kristal 4-fenilimidazola (PIM) dengan ligan
1 2 3
4
[2] 5 [2] 6
[2]
NH
O
O
HOCl
NH
O
O
HO
Cl
Cl
NH
O
O
Cl
Cl
ONH
Cl
OO
ONH
Cl
O
ONH
HO
OO
3
ko-kristal yang lainnya berupa protoporfirin IX yang mengandung besi (HEM), dan asam 2-
(sikloheksilamino)etanasulfonat (NHE), serta memiliki identitas protein 2D0T pada data bank
protein (protein data bank, PDB) [3]. Makromolekul 2D0T memiliki dua rantai, yaitu rantai A dan
B dengan sekuens penyusunan asam amino yang identik. Masing-masing rantai terdiri dari domain
besar dan kecil. Domain besar tersusun atas 15 rantai heliks-. Sedangkan, domain kecil tersusun
atas sembilan rantai heliks- dan dua lembar-β (Gambar 2). Pada penelitian ini dipilih rantai A
sebagai reseptor protein karena sekuens penyusunan asam amino yang identik antara rantai A dan
B. Preparasi rantai A dilakukan melalui penghilangan molekul pelarut, pemisahan rantai B dari
rantai A, dan penambahan atom-atom hidrogen (Gambar 3). Selanjutnya, untuk menyediakan situs
ikat bagi ligan-ligan yang akan dianalisis maka ligan ko-kristal PIM diekstrak dari situs ikatnya
(Gambar 4). Ligan ko-kristal PIM yang telah diekstraksi kemudian disimpan dengan format file
.sdf untuk selanjutnya dilakukan penambatan ulang. Sedangkan rantai A makromolekul 2D0T yang
telah dipreparasi disimpan sebagai file dengan format .pdb.
Gambar 2.3 Struktur makromolekul IDO1 dengan identitas 2D0T berserta perbesaran area situs
ikat ligan
4
Gambar 2.4 Rantai A makromolekul 2D0T setelah melalui proses preparasi
Gambar 2.5 Rantai A makromolekul 2D0T setelah ligan ko-kristal PIM diekstrak
2.3 Preparasi dan Optimasi Senyawa Ligan
Struktur dua dimensi (2D) senyawa 1-4 dan ligan ko-kristal PIM digambar disertaid engan
penambahan atom-atom hidrogen hingga semua atom yang terikat dapat teramati (Gambar 5).
Selanjutnya, struktur 2D senyawa 1-4 dan ligan ko-kristal PIM dikonversi menjadi struktur tiga
dimensi (3D) yang dilanjutkan dengan minimisasi energi dan pengaturan pH pada 7,40 (Gambar 6).
Minimisasi energi dilakukan menggunakan medan gaya molekular (molecular force field)
MMFF94. Pemilihan medan gaya MMFF94 berdasarkan fungsinya untuk mencapai akurasi terbaik
5
terhadap sistem biologis seperti protein dan molekul organik lainnya [4]. Pengaturan pH pada 7,40
mengacu pada penelitian yang melakukan injeksi kinurenina ke dalam tikus betina BALB/c dengan
kondisi pH 7,40 [5]. Semua senyawa yang telah dioptimasi selanjutnya disimpan dengan format
.sdf.
1 2 3 4 PIM
Gambar 2.6 Struktur 2D senyawa 1-4 dan ligan ko-kristal PIM
Gambar 2.7 Struktur 3D senyawa 1-4 dan ligan ko-kristal PIM
2.4 Penambatan Ulang dan Validasi Penambatan Molekular
Semua senyawa ligan yang telah dioptimasi dan disimpan dengan bentuk format file .sdf serta
makromolekul 2D0T yang telah dipreparasi dan disimpan dengan bentuk format file .pdb masih
belum bisa dideteksi oleh program penambatan sebagai objek ligan dan objek reseptor. Proses
penambatan menggunakan AutoDock Vina dapat berjalan apabila objek ligan dan reseptor sudah
dikonversi menjadi format .pdbqt. Sehingga, semua senyawa ligan yang telah dioptimasi dan
makromolekul 2D0T yang telah dipreparasi dikonversi ke dalam bentuk format .pdbqt.
1 2 3 4 PIM
6
Gambar 2.8 Area penambatan (grid box) molekular pada situs ikat ligan ko-kristal PIM
Selanjutnya ligan ko-kristal PIM yang telah dioptimasi dan makromolekul 2D0T yang telah
dipreparasi dipilih sebagai objek ligan dan makromolekul untuk menjalankan proses penambatan
ulang. Proses penambatan dilakukan pada situs ikat ligan ko-kristal PIM, yaitu pada koordinat
sumbu X 59,6 Å, sumbu Y 53,1 Å, sumbu Z 18,6 Å dengan ukuran area penambatan (grid box) X
12 Å, Y 12 Å, Z 12 Å (Gambar 7). Hasil penambatan molekular berupa data afinitas ikatan (binding
affinity), pose konformasi, root-mean-square deviation (RMSD) upper bound, dan lower bound.
Afinitas ikatan mendefinisikan kuat interaksi yang terbentuk antara ligan dengan residu-residu pada
protein, semakin negatif nilai afinitas ikatan menunjukkan semakin baik prediksi terikatnya ligan
pada situs ikatnya [6]. Pose konformasi menunjukkan kemungkinan konformasi yang mungkin
menghasilkan interaksi dengan protein. Selanjutnya, root-mean-square deviation (RMSD) upper
bound (ub) dan lower bound (lb) menunjukkan nilai deviasi relatif dari penyejajaran atom-atom
suatu konformasi terhadap konformasi pose terbaik dengan afinitas ikatan paling rendah. RMSD
upper bound mencocokkan setiap atom dalam satu konformasi dengan dirinya sendiri di konformasi
lainnya dan mengabaikan kesimetrisan, sedangkan RMSD lower bound mencocokkan setiap atom
dalam satu konformasi dengan atom terdekat dari jenis unsur yang sama di konformasi lainnya [6].
Nilai RMSD yang ditunjukkan dari hasil proses penambatan tidak dapat memvalidasi metode yang
digunakan sudah tepat karena tidak dibandingkan dengan konformasi ligan ko-kristal PIM yang
sebenarnya. Hasil penambatan ulang ligan ko-kristal PIM pada makromolekul 2D0T ditunjukkan
pada Tabel 1.
7
Tabel 2.1 Hasil penambatan ulang ligan ko-kristal PIM pada makromolekul 2D0T
Pose Afinitas Ikatan (kcal/mol) RMSD/ub RMSD/lb
1 -6,3 0.0 0.0
2 -6,3 1.405 0.052
3 -6,0 4.357 2.252
4 -6,0 4.563 2.25
5 -5,6 2.07 1.235
6 -5,2 4.593 2.156
Validasi proses penambatan molekular melalui penambatan ulang dilakukan dengan
melakukan perhitungan root-mean-square deviation (RMSD) melalui penyejajaran atom-atom
antara enam konformasi hasil penambatan ulang dengan konformasi ligan ko-kristal PIM yang
sebenarnya (Gambar 8). Hasil perhitungan RMSD ditunjukkan pada Tabel 2. Metode penambatan
molekular yang telah digunakan merupakan metode yang valid dengan menunjukkan nilai RMSD
yang mendekati nilai 0 Å atau kurang dari 2,0 Å [7]. Berdasarkan nilai RMSD dari proses validasi
maka pose pertama dari hasil penambatan molekular dinyatakan sebagai pose hasil prediksi yang
paling baik.
Gambar 2.9 Penyejajaran atom-atom antara enam konformasi hasil penambatan ulang dengan
konformasi ligan ko-kristal PIM sebenarnya
8
Tabel 2.2 Hasil perhitungan RMSD ligan ko-kristal PIM hasil penambatan terhadap referensi
Pose Root-mean-squared Deviation (RMSD) (Å)
1 0,088
2 1,388
3 0,267
4 1,267
5 0,181
6 1,181
2.5 Penambatan Silang
Pada bagian penambatan silang, senyawa 1, 2, dan 3 ditambatkan di area situs ikat ligan ko-
kristal PIM pada makromolekul 2D0T. Penambatan silang yang dilakukan merupakan flexible
ligand docking di mana senyawa 1, 2, dan 3 bersifat fleksibel terhadap konformasi yang dipengaruhi
oleh komponen torsi dan reseptor makromolekul 2D0T bersifat rigid. Selanjutnya, dilakukan
penambatan silang senyawa pembanding 4 untuk membandingkan nilai afinitas ikatan yang
diperoleh sehingga dapat dianalisis potensial inhibisi senyawa 1, 2, dan 3 dibandingkan senyawa 4.
Hasil penambatan silang senyawa 1, 2, 3, dan 4 ditunjukkan pada Tabel 3. Berdasarkan
perbandingan nilai afinitas ikatan, senyawa 1, 2, dan 3 pada pose pertama menunjukkaan nilai
afinitas ikatan yang lebih baik dari afinitas ikatan senyawa 4.
Tabel 2.3 Data hasil penambatan silang senyawa 1-4 pada makromolekul 2D0T
Senyawa Pose Afinitas Ikatan (kcal/mol) RMSD/ub RMSD/lb
1
1 -4.4 0.0 0.0
2 -4.2 4.572 2.782
3 -3.2 3.311 2.311
2
1 -1.5 0.0 0.0
2 -0.7 3.528 1.706
3 0.9 5.366 3.359
3
1 -2.6 0.0 0.0
2 -0.8 5.009 3.358
3 0.1 1.149 0.999
4 0.3 5.506 3.486
4 1 0.0 0.0 0.0
9
2 1.1 5.98 3.624
3 1.4 1.022 0.97
2.6 Analisis Interaksi Ligan-Reseptor
Analisis interaksi ligan-reseptor dilakukan terhadap hasil penambatan senyawa 1, 2, dan 3 pose-
1 secara tiga dimensi (3D) dan dua dimensi (2D). Interaksi yang dianalisis meliputi interaksi ikatan
hidrogen, ikatan halogen, ikatan koordinasi logam, interaksi hidrofobik, π-π stacking, π-kation, dan
jembatan garam. Interaksi ditunjukkan melalui jarak interaksi dalam Angstorm (Å). Jeffrey
mengkategorikan ikatan hidrogen berdasarkan jarak donor-aseptor di mana jarak 2,2-2,5Å sebagai
interaksi kuat, 2,5-3,2 Å sebagai interaksi moderat serta 3,2-4,0 Å sebagai interaksi lemah [8].
Visualisasi interaksi ikatan dalam tampilan 3D dan 2D ditunjukkan pada Gambar 9 dan Gambar 10.
Seluruh interaksi yang terjadi ditabulasi pada Tabel 4. Berdasarkan visualisasi, semua senyawa
berinteraksi dengan residu Tirosin-126, Serin-167, dan gugus HEM melalui interaksi ikatan
hidrogen, ikatan halogen, ikatan koordinasi logam, interaksi hidrofobik, dan interaksi π-π stacking.
1 2 3
Gambar 2.10 Visualisasi interaksi ligan-reseptor senyawa 1, 2, dan 3 dalam tampilan 3D
1 2 3
Gambar 2.11 Visualisasi interaksi ligan-reseptor senyawa 1, 2, dan 3 dalam tampilan 2D
10
Tabel 2.4 Data interaksi-interaksi senyawa 1, 2, 3 terhadap makromolekul 2D0T
Interaksi Senyawa
1 2 3
Ikatan Hidrogen TYR126, SER167,
SER263 Tidak ada
SER167, HEM (gugus
pirola)
Ikatan Halogen SER263 dan HEM
(lengan 7-propanoat)
SER167, TYR126,
dan HEM (2 gugus
pirola)
Tidak ada
Hidrofobik TYR126 TYR126 Tidak ada
π-π Stacking Cincin Benzena
dengan HEM
Cincin Benzena
dengan HEM dan
PHE163
Cincin Benzena
dengan TYR126
Ikatan koordinasi Tidak ada Tidak ada
Oksigen 3-(2-
oksopropil) dengan
HEM (Fe2+)
π-kation Tidak ada Tidak ada Tidak ada
Jembatan garam Tidak ada Tidak ada Tidak ada
11
BAB III STATUS LUARAN
Penelitian ini menargetkan sebuah artikel ilmiah yang dipublikasikan pada jurnal internasional
terindeks (Q2) dan diseminasi hasil penelitian pada forum ilmiah internasional. Artikel ilmiah masih
dalam tahap persiapan sedangkan diseminasi hasil penelitian akan disampaikan dalam The 1st
International Symposium On Health Sciences pada 22-23 September 2020 yang diselenggarakan
oleh Fakultas Ilmu Kesehatan Universitas Jenderal Soedirman .
12
BAB IV PERAN MITRA
Penelitian Doktor Baru tidak memiliki mitra.
13
BAB V KENDALA PELAKSANAAN PENELITIAN
1. Pelaksanaan penelitian dan eksperimen di laboratorium terkendala oleh penutupan kampus dan
laboratorium sejak pertengahan maret (sebelum ditandatanganinya kontrak penelitian pada 2
April 2020), akibat pandemi covid-19.
2. Pelaksanaan penelitian juga terkendala pengadaan bahan kimia yang umumnya dapat
diperkirakan tiga hingga enam bulan kedatangan menjadi tidak dapat diperkirakan akibat
pandemi covid-19.
14
BAB VI RENCANA TAHAPAN SELANJUTNYA
Sebagaimana diketahui bersama melalui Surat Keputusan Kuasa Pengguna Anggaran Deputi
Bidang Penguatan Riset dan Pengembangan Kementerian Riset dan Teknologi/Badan Riset dan
Inovasi Nasional Republik Indonesia Nomor 31 / EI /KPT / 2020 Tentang Suplemen Panduan
Penelitian dan Pengabdian Kepada Masyarakat Pada Masa Pandemi Corona Virus Disease 2019
(Covid-19) perihal Penelitian poin 1 huruf e yang menyatakan bahwa “proses penelitian untuk
mencapai luaran dapat diperoleh dengan berbasis teknologi informasi (elektronik/virtual/daring)”,
maka rencana tahapan penelitian ini selanjutnya :
1. Dilaksanakan dengan memanfaatkan teknologi informasi (elektronik/virtual/daring) untuk
mendapatkan data eksperimen.
2. Dilaksanakan dengan penapisan virtual (virtual screening) melalui penambatan molekular
(molecular docking) untuk mencapai luaran yang dijanjikan.
3. Dilaksanakan sebagaimana rencana awal yaitu dengan eksperimental di laboratorium sambil
menunggu kedatangan bahan kimia. Luaran yang dijanjikan di awal diharapkan dapat terpenuhi
dan dapat dilakukan studi korelasi hasil penambatan molekular dengan hasil eksperimental
laboratorium.
15
BAB VII DAFTAR PUSTAKA
[1] M. Platten, E. A. A. Nollen, U. F. Röhrig, F. Fallarino, and C. A. Opitz, “Tryptophan
metabolism as a common therapeutic target in cancer, neurodegeneration and beyond,” Nat.
Rev. Drug Discov., vol. 18, no. 5, pp. 379–401, 2019, doi: 10.1038/s41573-019-0016-5.
[2] S. Paul et al., “Synthesis and evaluation of oxindoles as promising inhibitors of the
immunosuppressive enzyme indoleamine 2,3-dioxygenase 1,” Medchemcomm, vol. 8, no. 8,
pp. 1640–1654, 2017, doi: 10.1039/c7md00226b.
[3] H. Sugimoto, S. -i. Oda, T. Otsuki, T. Hino, T. Yoshida, and Y. Shiro, “Crystal structure of
human indoleamine 2,3-dioxygenase: Catalytic mechanism of O2 incorporation by a heme-
containing dioxygenase,” Proc. Natl. Acad. Sci., vol. 103, no. 8, pp. 2611–2616, Feb. 2006,
doi: 10.1073/pnas.0508996103.
[4] T. A. Halgren, “Merck molecular force field. I. Basis, form, scope, parameterization, and
performance of MMFF94,” J. Comput. Chem., vol. 17, no. 5‐6, pp. 490–519, Apr. 1996, doi:
10.1002/(SICI)1096-987X(199604)17:5/6<490::AID-JCC1>3.0.CO;2-P.
[5] C. Kiank et al., “Psychological Stress-Induced, IDO1-Dependent Tryptophan Catabolism:
Implications on Immunosuppression in Mice and Humans,” PLoS One, vol. 5, no. 7, p. e11825,
Jul. 2010, [Online]. Available: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0011825.
[6] S. Dallakyan and A. J. Olson, “Small-Molecule Library Screening by Docking with PyRx,” in
Chemical Biology: Methods in Molecular Biology, vol. 1263, J. E. Hempel, C. H. Williams,
and C. C. Hong, Eds. New York, NY: Springer New York, 2015, pp. 243–250.
[7] W. J. Allen and R. C. Rizzo, “Implementation of the Hungarian algorithm to account for ligand
symmetry and similarity in structure-based design,” J. Chem. Inf. Model., vol. 54, no. 2, pp.
518–529, 2014, doi: 10.1021/ci400534h.
[8] G. A. Jeffrey, An Introduction to Hydrogen Bonding. Oxford University Press, 1997.
16
BAB VIII LAMPIRAN
Tabel daftar luaran sesuai format dapat dilihat pada lampiran 1.
17
LAMPIRAN 1 Tabel Daftar Luaran
Program : Penelitian Doktor Baru
Nama Ketua Tim : Arif Fadlan, S.Si., M.Si., D.Sc.
Judul : Sintesis dan Uji Anti Mikrobial Senyawa Bioaktif Berkerangka
Oksindola Dalam Rangka Ketahanan dan Kemandirian Obat
1.Artikel Jurnal
No Judul Artikel Nama Jurnal Status Kemajuan*)
1 In silico Molecular Docking and
ADME/T Study on Oxindole
Derivatives Against Indoleamina
2,3-dioksigenase 1
Saudi Pharmaceutical
Journal
Persiapan
*) Status kemajuan: Persiapan, submitted, under review, accepted, published
2. Artikel Konferensi
No Judul Artikel Nama Konferensi (Nama
Penyelenggara, Tempat,
Tanggal)
Status Kemajuan*)
1 The Effect of Energy Minimization
on the Molecular Docking Study of
Acetone-Based Oxindole
Derivatives
(Fakultas Ilmu kesehatan
Universitas Jenderal
Soedirman, Puwokerto,
22-23 September 2020)
under review
*) Status kemajuan: Persiapan, submitted, under review, accepted, presented
3. Paten
No Judul Usulan Paten Status Kemajuan
- - -
*) Status kemajuan: Persiapan, submitted, under review
4. Buku
No Judul Buku (Rencana) Penerbit Status Kemajuan*)
- - - -
*) Status kemajuan: Persiapan, under review, published
5. Hasil Lain
No Nama Output Detail Output Status Kemajuan*)
- - - -
*) Status kemajuan: cantumkan status kemajuan sesuai kondisi saat ini
18
6. Disertasi/Tesis/Tugas Akhir/PKM yang dihasilkan
No Nama Mahasiswa NRP Judul Status*)
1 Yesaya Reformyada
Nusantoro
01211640000008 Penambatan Molekular dan
Analisis Interaksi Turunan
Oksindola Terhadap
Indoleamina 2,3-dioksigenase 1
Lulus 2020
*) Status kemajuan: cantumkan lulus dan tahun kelulusan atau in progress