Les champignons endophytes présents chez des essences

forestières souffrant de pourridiés: l’Alep (Desbordesia

glaucescens), le Sorro (Scyphocephalium ochocoa), et le Béli,

(Paraberlinia bifoliolata), trois essences forestières du Gabon.

Inès Nelly Moussavou Boussougou, M. Sc.,

Étudiante au Doctorat en Sciences Forestières

Pourridié:

• Maladie occasionnée par certains champignons

qui entraîne la décomposition du bois des racines

des arbres. Cette maladie cause aussi la mort du

cambium ou de l'écorce des racines;

• Les pourridiés peuvent causer une carie de la base

de l’arbre et du tronc, ce qui fait que les arbres

infectés sont souvent renversés facilement par le

vent.

• Les champignons endophytes sont des espèces de

champignons microscopiques, que l’on retrouve dans

toutes les différentes parties des plantes;

Contexte

• Ils vivent en symbiose avec l’arbre car ils ne cause

pas de dommages et contribuent même à lutter

contre les agressions des agents pathogènes;

Béli carié abattu

problématique

• Des études faites sur des tissus sains

versus tissus nécrosés ont révélés

une différence significative entre

eux, montrant un plus grand

nombre d’espèce fongiques

endophytes dans les tissus nécrosés

(Santamaria & Diez, 2005)

Recherches antérieures

• Les champignons endophytes, grâce à leurs métabolismes secondaires produisent des composés antibactériens importants pour lutter contre les pathogènes des végétaux et humains (Sebastianes, Cabedo, El Aouad, & Lacava, 2012);

• Les études sur les champignons endophytes des arbres

tropicaux ont révélés que ceux-ci contenaient une grande

diversité de champignons endophytes (Arnold, Maynard,

Gilbert, Coley, & Kursar, 2000; Debdulal & Banerjee, 2011);

• L’utilisation des champignons endophytes comme agents de contrôle biologique a même été utilisé pour inhiber la croissance des champignons pathogènes basidiomycètes, responsables de carie ou pourriture du bois (Schwarze, Jauss, Spencer, Hallam, & Schubert, 2012).

• Contribution aux connaissances sur les champignons

endophytes des essences forestières tropicales;

• Connaissance des champignons endophytes colonisant

des essences forestières tropicales souffrant de

maladie et plus spécifiquement de pourridiés.

Intérêt

Objectifs de l’étude

• À partir des méthodes moléculaires:

o Identifier les champignons endophytes des 3 essences;

Hypothèse de recherche

• Il existe une grande diversité de champignons endophytes

différente chez 3 essences et que cette diversité varie selon les

sites de prélèvement;

Alep (Desbordesia glaucescens)

Arbres étudiés

echasse.over-blog.fr

Localisation du milieu d’étude

guenarvoyages.com

Localisation du milieu d’étude

guenarvoyages.com

Collecte de données et méthodologie

Prélèvement de carotte d’arbre

Brulage de la carotteuse

Glacière

Analyses de Laboratoire

Broyeur : Geno Grinder 2000 Extraction d’ADN

• Isolation et extraction d’ADN

Analyses de Laboratoire

• Amplification en chaîne par polymérisation : PCR

ADN ribosomique des champignons;

Amorces ITS1F: CTT GGT CAT TTA GAG GAA GTA A ITS4: TCC TCC GCT TAT TGA TAT GC

Électrophorèses et envoi des produits PCR au CHUL pour la production des séquences nucléotidiques.

Traitement des données

• Utilisation du Basic Local Alignment Search Tool (BLAST);

• Alignement des séquences nucléotidiques dans BioEdit V 7.0.9.0;

• Étude de Diversité, Richesse , et Similarité pour les trois espèces

à l’aide du programme mothur v.1.22.2;

• Construction de l’arbre phylogénétique à l’aide du programme

MEGA 5.10.

RÉSULTATS

Identification moléculaire des champignons endophytes

• 499 arbres prélevés, toutes les essences confondues; • 277 positifs à l’électrophorèse; • 223 séquences ont eu une correspondance avec Blast; • Pourcentages retenus situés entre 90 et 100%; • 39 espèces de champignons endophytes;

Analyses de diversité, de Richesse et de Similarité , avec un Cutoff =0.05

RÉSULTATS

Analyses de diversité, de Richesse et de Similarité , avec un Cutoff =0.05

RÉSULTATS

• Pestalotiopsis mangiferae; • Pestalotiopsis clavispora; • Pestalotiopsis heterocornis;

Richesse partagée par les trois essences forestières

• Penicillium sclerotiorum; • Penicillium glabrum.

Richesse partagée par les trois sites

• Pestalotiopsis clavispora;

• Pestalotiopsis mangiferae; • Penicillium sclerotiorum;

• Pestalotiopsis heterocornis;

Nombre d’OTUs chez les 3 essences: 61

Arbre Phylogénétique : NJ

I Capnodiales

II Saccharomycetales

III Diaporthales

IV Hypocreales

V Xylariales

VI Botryosphaeriales

VII Dothideales

VIII Eurotiales

IX Helotiales

XI Dothideomycetess Incertae sedis

X Tremellomycetes Agaricomycetes

Conclusion

• Cette étude a montré qu’il y avait une variété de champignons endophytes colonisant Desbordesia glaucescens, Paraberlinia bifoliolata et Scyphocephalium ochocoa tel que retrouvé chez beaucoup d’essences tropicales;

Hypothèse de recherche

• La richesse total chez chacune des trois essences forestières est élevée. Cela peut être attribuable au pourcentage d’identification des Blast (90-100%) des essences et à l’état de santé des arbres.

REMERCIEMENTS

Les Sociétés forestières: • CEB-Precious Woods; • Société des Bois de

Lastourville (SBL); • Société Équatoriale

d’Exploitation Forestière (SEEF).

• Techniciens de Laboratoire CIRMF: Boris Makanga et Patrick Yangari; • Aides de terrain: Engamba Boniface (CEB), Nyamangoye Alain et Mbela-Koudou

(SBL), Mikouanga Syvestre (SEEF), Serge Corbet (Étudiant ENEF).

• Équipe de Laboratoire Pathologie Forestière CFL et Pav. Marchand: Julie Dubé, Josée Dufour et André Comeau