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EL PAPEL CRÍTICO DEL LABORATORIO DE
REFERENCIA DE MICROBIOLOGÍA EN EL
PROGRAMA PIRASOA
Servicio de Microbiología
Hospital Universitario Virgen Macarena
Unidad Intercentros de Enfermedades Infecciosas,
Microbiología Clínica y Medicina Preventiva
Universidad de Sevilla
SEIMC 2016
SEIMC 2016
Programa PIRASOA
Programa integral de prevención y control de las infecciones
Relacionadas con la asistencia sanitaria y uso apropiado de los antimicrobianos
Secretaría General de Salud Pública, Inclusión Social y Calidad de Vida
Dirección General de Asistencia Sanitaria y Resultados en Salud
Dirección General de Calidad, Investigación, Desarrollo e Innovación
22 de febrero de 2013SEIMC 2016
Definición
• Es un programa de calidad asistencial, para mejorar
el pronóstico de los pacientes, reduciendo la
mortalidad y las secuelas que producen las
infecciones, en particular las relacionadas con la
asistencia sanitaria (IRAS) y las causadas por las
bacterias multirresistentes (BMR).
• Beneficio económico, por la reducción de los gastos
directos que genera el diagnóstico y el tratamiento de
los pacientes con IRAS y por BMR.SEIMC 2016
Objetivos generales
1. Reducir la incidencia de IRAS hasta alcanzar el nivel
de los países europeos con mejores indicadores.
2. Optimizar el uso de antimicrobianos hasta alcanzar el
nivel de los países europeos con mejores indicadores.
SEIMC 2016
Plataforma digital
Hospitales- Equipo de IRAS
- Equipo de PROA
Distritos- Equipo de PROA
Comité científico
Estructura y organización
Laboratorio de referencia
UGCs- Referentes
UGCs- Referentes
SEIMC 2016
Apoyo institucional
Objetivos del programa PIRASOA:
CONTRATO PROGRAMA del SAS con los Distritos yHospitales
ACUERDOS DE GESTIÓN de los Distritos y Hospitales conlas UGC
SEIMC 2016
Laboratorio PIRASOA
Antecedentes
1. Reconocimiento como laboratorio dereferencia (UPRA) en noviembre de2013.
2. Finalidad: tipado molecular debacterias MR y ofrecer informaciónrelevante en tiempo real para elcontrol de brotes producidos porbacterias MR.SEIM
C 2016
Objetivos (I)
Servir de apoyo al Programa PIRASOA en ladetección, investigación y control de brotes porbacterias MR.
Determinar la relación clonal de los aislamientos depatógenos nosocomiales MR mediante lacombinación de pruebas fenotípicas y genotípicas entiempo suficiente para poder tomar medidas decontrol adecuadas.
Estudio fenotípico y genotípico de los mecanismosde resistencia de patógenos nosocomiales de interésy que puedan favorecer el desarrollo de medidasterapéuticas y/o preventivas.SEIM
C 2016
Objetivos (II)
Identificación y seguimiento de clones demicroorganismos MR que circulen en centroshospitalarios de la Comunidad.
Creación de una base de datos con los genotiposde interés.
Servir de centro centinela para la detección denuevos mecanismos de resistencia en patógenosnosocomiales o de la comunidad.SEIM
C 2016
Metodología
Detección de mecanismos de resistencia:
Marcadores fenotípicos
Marcadores genotípicos: PCR +/-
secuenciación
Identificación molecular:
REP-PCR, PFGE, MLST, Secuenciación
Base de datos históricasSEIMC 2016
Flujo de trabajoP
rim
er
pa
so
Solicitud de estudios .
Recepción de aislados
RE
SIS
TE
NC
IA Pruebas de sensibilidad
Test rápidos
PCR de genes diana
TIP
AD
O PFGE
MLST
Comparación con basesde datos
INF
OR
ME Preliminar
Definitivo
SEIMC 2016
Perfiles de la
base de datos
de Andalucía
PFGE
Normalización
Comparación con perfiles previos
MLST
Nuevos aislados Comparación con previos
SEIMC 2016
Tiempos de respuesta
• Informe preliminar: < 10 dias
• Informe final: < 21 dias
– Estos tiempos pueden variar de acuerdo a la complejidad del brote
SEIMC 2016
ActividadOctubre 2013-Diciembre 2015
Año Aislados Episodios Aislados/
episodio
Centros
2013 9 2 4.5 2
2014 164 57 2.8 21
2015 297 99 3 22
SEIMC 2016
MicroorganismosIncremento 60%
2014 2015
185 297
Enterobacteriaceae
K. pneumoniae 93 171
K. oxytoca 2 4
Others 17 32
No fermentadores
A. baumannii 54 64
P. aeruginosa 7 15
Others 6 0
Gram positivos
Staphylococcus spp 6 2
E. faecium 0 3
SEIMC 2016
Determinantes de resistencia
Epecies/determinante 2014 2015
K. pneumoniae 93 171
BLEE 10 66
Carbapenemasa 51 78
Carbapenemasa+BLEE 20 19
Carbapenemasa+BLEE+pAmpc 0 1
pAmpC 11 4
Carbapenemasa y BLEE negativo 1 3SEIMC 2016
Especies 2014 2015
A. baumannii 54 64
OXA-23 38 32
OXA-58 15 24
OXA-24/40 1 8
Especies 2014 2015
Otras Enterobacteriaceae 17 36
BLEE 1 7
Hiper OXY 1 0
Carbapenemasa 2 11
Carbapenemasa+BLEE 0 1
Negativo 4 23
Determinantes de Resistencia
SEIMC 2016
Aislados
/Hospital
Center 2014 2015
H. San Cecilio 27 0
H. Reina Sofia 22 32
H. Virgen de la Victoria 37 18
H. Alto Guadalquivir Andujar 14 24
H. San Juan de Dios 3 30
H. Jerez 7 31
H. Costa del Sol 7 25
H. Regional de Málaga 9 6
H. Virgen Macarena 6 22
H. Valme 3 49
H. Virgen del Rocio 0 13
H. Virgen de las Nieves 5 13
H. de la Línea 5 4
H. la Inmaculada Nuercal-Overa 2 3
H. Serrania Malaga 2 4
HARE Puente Genil 5 2
H. Infanta Margarita Cabra 0 9
H. Montilla 2 0
H. Pozoblanco 1 0
H. Riotinto 1 0
HARE Guadiato 3 1
H. Alcala la Real 1 0
H Utrera 0 3
H. Linares 0 2
H. Torrecárdenas 0 6
SEIMC 2016
K. pneumoniae
Clones relevantes
• Productores de Carbapenemasas– KPC-3
– ST512 (n = 45)
– ST258 (n = 5)
– OXA-48 +CTX-M-15– ST15 (n = 7)
– ST11 (n = 5)
– ST405 (n = 1)* producer of OXA-245+CTX-M-15
• Productores de BLEEs– CTX-M-15
– ST307 (n = 23)*
– ST405 (n = 7)
– CTX-M-15+SHV-2a– ST25 (n = 8)*
– SHV-2– ST870 (n = 10)*
*circunscritos a un solo centro
SEIMC 2016
Diseminación de K. pneumoniae productora de
KPC en la cuenca mediterránea
Israel
Woodford, J Antimicrob Chemother 2008; Kitchel, Antimicrob
Agents Chemother 2009; Samuelsen, J Antimicrob Agents
Chemother 2009; Baraniak, Antimicrob Agents Chemother
2009; Pounaras J Antimicrob 2009; Warburg, J Antimicrob
Chemother 2012; López-Cerero, Int J Antimicrob Agents 2015
KPC-3
ST512
KPC-3/ST258
KPC-2/ST258
SEIMC 2016
K. pneumoniae ST512 productor de KPC
August 2012
Córdoba
Transfer from Italy
Abril, 2013
Cabra
Febrero, 2014
Montilla
Abril, 2014
Pozoblanco
Mayo, 2014
Sevilla
Mayo, 2014
Jerez
Agosto, 2014
Alcala la Real
Agosto, 2014,
Peñarroya-Pueblonuevo
Diciembre, 2014
Puente Genil
Febrero, 2015
Andujar
SEIMC 2016
K. pneumoniae ST512 KPC-3 en 2015
Centro Periodo de los aislados
H alto Guadalquivir Andujar Febrero 2015
Mayo 2015
Agosto 2015
H Infanta Margarita (Cabra) Septiembre 2015
H SAS Jérez Enero-abril 2015
HARE del Guadiato Julio 2015
SEIMC 2016
Dice (Opt:1.00%) (Tol 1.0%-1.0%) (H>0.0% S>0.0%) [0.0%-100.0%]
PFGE EC 25922
100
95
90
85
80
PFGE EC 25922
257
2015096
2015097
2015102
2015194
2015317
2015351
2015255-1
2015089
2015256
2015258
2015339
2015350
2015352
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exudate
Orina
Orina
F rectal
F rectal
Orina
F rectal
F rectal
Orina
F rectal
Cama BOX-5
Sangre
F rectal
F rectal
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26/06/12
27/02/15
05/03/15
05/03/15
25/02/15
20/11/15
14/12/15
16/09/15
25/10/15
17/09/15
22/09/15
05/12/15
11/12/15
09/12/15
caso 1
2251724883
3033002200
3031724847
20-1031
70320
81042
14315
10234882005
14392
14640
5051246
81056
79692
H U Reina Sofia
H de Jerez
H de Jerez
H de Jerez
H U Reina Sofia
H Virgen de las Nieves
H Virgen de las Nieves
H Infanta Margarita
H de Jerez
H Infanta Margarita
H Infanta Margarita
H Virgen de las Nieves
H Virgen de las Nieves
H Virgen de las Nieves
ST512
ST512
ST512
ST512
ST512
ST258
ST258
ST512
ST512
ST512
ST512
ST258
ST258
ST258
Aparición de K. pneumoniae ST258 productor
de KPC-3
• ST258 una variante alélica de ST512ST gapA infB mdh pgi phoE rpoB tonB
258 3 3 1 1 1 1 79
512 54 1 1 1 1 1 79
Nº
Ref Muestra Fecha Origen Centro clon
Aparición de un pulsotipo idéntico a aislados del clon ST512, pero
pertenecientes al clon ST258 en H. Virgen de las Nieves noviembre-
diciembre de 2015
SEIMC 2016
K. pneumoniae ST405 productor de CTX-M-15
Dice (Opt:1.00%) (Tol 1.0%-1.0%) (H>0.0% S>0.0%) [0.0%-100.0%]
PFGE EC 25922100
95
90
85
80
75
70
65
60
PFGE EC 25922
2014131
2015136
2014132
CO-10
CO-13
CO-8
CO-1
CO-11
CO-14
CO-15
CO-16
CO-17
CO-18
CO-2
CO-3
CO-4
CO-5
CO-6
CO-7
CO-9
971
CO-12-Felipe
2015301
2015303
2016051
2016052
2015300
2015302
2015305
2015218
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CTX-M-15
OXA-245+CTX-M-15
CTX-M-15
CTX-M-15
CTX-M-15
CTX-M-15
CTX-M-15
CTX-M-15
CTX-M-15
CTX-M-15
CTX-M-15
CTX-M-15
CTX-M-15
CTX-M-15
CTX-M-15
CTX-M-15
CTX-M-15
CTX-M-15
CTX-M-15
CTX-M-15
OXA-48+CTX-M-15
CTX-M-15
CTX-M-15+TEM-1
CTX-M-15+TEM-1
CTX-M-15+TEM-1
CTX-M-15+TEM-1
CTX-M-15+TEM-1
CTX-M-15+TEM-1
CTX-M-15+TEM-1
CTX-M-15+TEM-1
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16/09/14
08/06/15
?
2013
2013
2013
2013
2013
2013
2013
2013
2013
2013
2013
2013
2013
2013
2013
2013
2013
08/11/15
10/11/15
26/12/15
11/01/16
04/11/15
10/11/15
12/11/15
25/07/15
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H Reina Sofia
H Costa del Sol
H Reina Sofia
H Reina Sofia
H Reina Sofia
H Reina Sofia
H Reina Sofia
H Reina Sofia
H Reina Sofia
H Reina Sofia
H Reina Sofia
H Reina Sofia
H Reina Sofia
H Reina Sofia
H Reina Sofia
H Reina Sofia
H Reina Sofia
H Reina Sofia
H Reina Sofia
H Reina Sofia
H La Paz
H Reina Sofia
H Torrecardenas
H Torrecardenas
H Torrecardenas
H Torrecardenas
H Torrecardenas
H Torrecardenas
H Torrecardenas
H La Línea
1er brote Neonatología
H Virgen de las Nieves
2013
2º brote Neonatología
H Torrecárdenas
2015
Brote en la comunidad
de Madrid
J. Machuca et al. JAC 2016
SEIMC 2016
K. pneumoniae productor de OXA-48+CTX-M-15
ST15
6/2014 H S Juan de Dios
10/2014 H Regional Malaga
5/2015 H Virgen de las Nieves
10/2015 H Valme
ST431 (ST15 variante)
4/2015 H Costa del Sol
4/2014 H Virgen de la Victoria
9/2015 H Infanta Margarita
SEIMC 2016
K. pneumoniae ST15 productor de OXA-48 + CTX-M-15
Dice (Opt:1.00%) (Tol 1.0%-1.0%) (H>0.0% S>0.0%) [0.0%-100.0%]
PFGE EC 25922
100
90
80
70
60
PFGE EC 25922
2015254-1
2015254-2
2015189
2014180
2015314
2014058
2014033
2014034
2014057
2014128
2014129
2014185/#1
2015014
2015018
2015050
2014149
2014033/#1
2014145
2014181
2014127
2014187
2014081
2015130
2014028
2015261
2015108
2014144
2014150
2014146
2014142
2014143
2014182
2014088
2014090
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OXA-48+CTX-M-15+TEM-1
OXA-48+CTX-M-15+TEM-1
OXA-48
OXA-48+TEM-1
OXA-48+CTX-M-15+TEM-1+SHV-1
OXA-48+CTX-M-15
OXA-48+BLEE
OXA-48+BLEE
OXA-48+CTX-M-15+TEM-1
OXA-48+CTX-M-15+TEM-1
OXA-48+CTX-M-15+TEM-1
OXA-48+CTX-M-15+TEM-1
OXA-48
OXA-48+CTX-M-15+TEM-1
OXA-48+CTX-M-15+TEM-1
OXA-48+CTX-M-15
OXA-48+BLEE
OXA-48+CTX-M-15+TEM-1
OXA-48+TEM-1
OXA-48+CTX-M-15+TEM-1
OXA-48+SHV-1
OXA-48+CTX-M-15
OXA-48+CTX-M-15+TEM-1
OXA-48+CTX-M-15
OXA-48+CTX-M-15
OXA-48+CTX-M-15+TEM-1
OXA-48+CTX-M-15+TEM-1
OXA-48+CTX-M-15+TEM-1
OXA-48+CTX-M-15+TEM-1
OXA-48+CTX-M-15+TEM-1
OXA-48+CTX-M-15+TEM-1
OXA-48+TEM-1
OXA-48+CTX-M-15+TEM-1
OXA-48+CTX-M-15
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15/09/15
15/09/15
21/01/14
10/10/14
13/11/15
07/05/14
14/09/13
16/09/13
03/04/14
29/08/14
01/09/14
03/12/14
09/01/15
19/01/15
10/02/15
29/10/14
14/09/13
26/10/14
24/11/14
03/09/14
25/12/14
20/03/13
25/05/15
250/3/14
02/10/15
22/04/15
27/10/14
30/10/14
22/10/14
13/10/14
14/10/14
12/12/14
10/05/14
09/06/14
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H Infanta Margarita
H Infanta Margarita
H U Reina Sofia
H Maritimo
H Valme
H U Virgen de la Victoria
H U Virgen Macarena
H U Virgen Macarena
H U Virgen de la Victoria
H U Virgen de la Victoria
H U Virgen de la Victoria
H U Virgen de la Victoria
H U Virgen de la Victoria
H U Virgen de la Victoria
H U Virgen de la Victoria
H Carlos Haya
H U Virgen Macarena
H Carlos Haya
H Maritimo
H Pascual
H U Virgen Macarena
H U Virgen Macarena
H Virgen de las Nieves
H U Virgen Macarena
H Valme
H Costa del Sol
H Carlos Haya
H Carlos Haya
H Carlos Haya
H Carlos Haya
H Carlos Haya
H Maritimo
H U Virgen de la Victoria
H San Juan de Dios
SEIMC 2016
K. pneumoniae productor de CTX-M-15 +/- OXA-48 grupo
ST11
5/2014 H Jerez
9/2014 H Virgen de la Victoria
3/2015 H Costa del sol
9/2015 H Linares
SEIMC 2016
K. pneumoniae ST11 productor de CTX-M-15 +/- OXA-48
grupo
Dice (Opt:1.00%) (Tol 1.0%-1.0%) (H>0.0% S>0.0%) [0.0%-100.0%]
PFGE EC 25922
100
95
90
85
80
75
70
65
60
PFGE EC 25922
2015013
2015015
2014124
2014126
2015067
242
2015083
2014086
2015259
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OXA-48+CTX-M-15
OXA-48+CTX-M-15
CTX-M-1
OXA-48+CTX-M-15
OXA-48+CTX-M-15
OXA-48+CTX-M-15
OXA-245+CTX-M-15
OXA-48+CTX-M-15
OXA-48+CTX-M-15
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30/12/14
13/01/15
20/07/14
01/08/14
02/03/15
02/2012
02/04/15
02/05/14
23/09/15
.
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H U Virgen de la Victoria
H U Virgen de la Victoria
H U Virgen de la Victoria
H Pascual
H Costa del Sol
H U Virgen de la Victoria
H Costa del Sol
H de Jerez
H Linares
SEIMC 2016
A. baumannii productor de OXA-23
ST2
2/2014 H. San Cecilio
6/2014 H S J Dios
10/2014 H V Victoria
12/2014 H V Macarena
3/2015 H A G Andújar
9/2015 H Costa Sol
7/2014 H V Victoria
ST85SEIMC 2016
A. baumannii productor de OXA-58
ST23/2015 H Regional Malaga
3/2015 H A G Andújar
8/2015 H Costa del Sol
ST982/2014 H A G Andujar
2/2015 H Virgen Macarena
SEIMC 2016
Cartera de Servicios (I)
Resistencia a antimicrobianos
• Detección de resistencia a oxacilina (SARM) en Staphylococcusaureus.
• Detección de resistencia a vancomicina en Enterococcus spp.
• Detección e identificación de genes de beta-lactamasas deespectro extendido (BLEE) tipo TEM, SHV y CTX-M, másfrecuentes en nuestro entorno, en enterobacterias.
• Detección e identificación de genes de AmpC plasmídicas ycromosómicas.
• Detección e identificación de genes de beta-lactamasas quehidrolizan carbapenems (carbapenemasas).SEIM
C 2016