La résistance antimicrobienne chez les E. coli ... · La résistance antimicrobienne chez les E. coli commensales, Campylobacter spp. et Salmonella spp. Isolés des carcasses et

La résistance antimicrobienne chez les E. coli commensales, Campylobacter spp. et Salmonella spp. Isolés des carcasses et de la viande de volaille, de boeuf et de porc. Rapport 2016.

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La résistance antimicrobienne chez les E. coli

commensales, Campylobacter spp. et Salmonella spp. isolés des carcasses et de la viande de volaille, de boeuf et

de porc en 2016

Rapport 2016

Antimicrobiële resistentie bij commensale E. coli, Campylobacter spp. en Salmonella spp. geïsoleerd uit

karkassen,vlees van gevogelte, runds- en varkensvlees

in 2016 Verslag 2016

Direction opérationnelle Maladies transmissibles et infectieuses Service scientifique Pathogènes alimentaires Rue Juliette Wytsman 14 1050 Bruxelles | Belgique www.wiv-isp.be Service Scientifique Pathogènes alimentaires | Octobre 2017 | Bruxelles, Belgique


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Editeur responsable : Dr Myriam Sneyers, Directeur général | Rue J. Wytsman 14 | 1050 Bruxelles N° de référence interne : N° de dépôt: D/2017/2505/21

Auteurs: C. Garcia-Graells, M. Polet, F. Crombé, N. Botteldoorn


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TABLE DE MATIÈRES

1 Introduction ......................................................................................................................... 4

2 Matériel et méthode ............................................................................................................ 4

2.1 TESTS DE SENSIBILITÉ AUX AGENTS ANTIMICROBIENS ................................................................ 4 2.2 CRITÈRES DE CLASSIFICATION DE SENSIBILITÉ AUX ANTIMICROBIENS SELON L’EFSA 2015 ....... 7 2.3 CRITÈRES DE CLASSIFICATION DES Β-LACTAMES SELON L’EFSA 2016 ....................................... 7

2.4 DÉFINITION DE MULTI-RÉSISTANCE ............................................................................................. 8

3 Résultats ............................................................................................................................. 8

3.1 SURVEILLANCE ANTIMICROBIENNE CHEZ LES CAMPYLOBACTER .................................................. 8

3.2 RÉSISTANCE ANTIMICROBIENNE CHEZ SALMONELLA SPP. ............................................................ 9 3.2.1 Salmonella FOOD .......................................................................................................... 10 3.2.2 Salmonella spp. dans le cadre du programme EU-AMR dans les carcasses de poulet de chair 11 3.2.3 Salmonella spp. résistantes aux céphalosporines de troisième génération. ..................... 14

3.3 E. COLI PRODUCTRICES DE Β-LACTAMASES ............................................................................... 15 3.3.1 Détection de E. coli productrices de BLSE, d’AmpC ou de carbapénémases dans des matrices alimentaires d’origine animale. ........................................................................................ 15

4 Conclusions ...................................................................................................................... 21

4.1 CAMPYLOBACTER ..................................................................................................................... 21 4.2 SALMONELLA ............................................................................................................................. 21 4.3 E. COLI BLSE INDICATEURS ...................................................................................................... 21

5 Abréviations ...................................................................................................................... 23

6 Références ....................................................................................................................... 23

7 Remerciements ................................................................................................................ 23

8 List de tableaux ................................................................................................................ 23

9 Liste de figures ................................................................................................................. 24


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1 Introduction

Les agents antimicrobiens, comme les antibiotiques, sont des substances utilisées pour tuer des micro-organismes ou pour arrêter leur développement et leur multiplication. Ils sont couramment utilisés dans des médicaments à usage humain et vétérinaires pour traiter une grande variété de maladies infectieuses.

Si le phénomène de résistance aux antimicrobiens est pour une part un phénomène naturel, dans la mesure où chaque espèce de bactérie est d’emblée résistante à un type donné d’antibiotiques – ce qui définit en retour le spectre d’activités de l’antimicrobien –, elle est aussi un phénomène acquis, favorisé par l’usage et le mésusage des antibiotiques. Par l’usage tout d’abord, puisque le simple fait d’utiliser un antibiotique va petit à petit favoriser la reproduction des spécimens résistants.

Un exemple bien connu de bactérie ayant acquis une résistance à plusieurs antibiotiques est une bactérie appelée bêtalactamases à spectre étendue ( ou bêtalactamases à spectre élargi).

La bactérie résistante peut se propager par différentes voies. Lorsqu’une résistance aux antimicrobiens apparaît parmi des bactéries zoonotiques présentes chez des animaux et dans des aliments, elle peut également compromettre le traitement efficace de maladies infectieuses chez l’homme.

Dans le domaine de la sécurité des aliments, les autorités doivent protéger les consommateurs contre les risques liés à la chaîne alimentaire et définir les meilleures options de contrôle pour diminuer ces risques. Les scientifiques et les évaluateurs des risques examinent les facteurs pouvant conduire à la présence de bactéries résistantes aux antimicrobiens dans les aliments et chez les animaux, afin de fournir des avis scientifiques appropriés aux décideurs.

En Europe, L’EFSA surveille et analyse la situation en matière d’AMR dans les aliments et chez les animaux à travers l’Europe. Elle est assistée par le réseau de l’EFSA chargé de la collecte des données sur les zoonoses. Une décision a été implémentée depuis 2014 afin d’harmoniser l’échantillonnage, l’analyse de résistance aux agents antimicrobiens et la collecte de données. La surveillance est organisée afin de détecter la résistance chez les bactéries zoonotiques Salmonella et Campylobacter qui sont d’un grand intérêt en santé publique. Elles peuvent contaminer la nourriture et provoquer des intoxications alimentaires. De plus, les bactéries intestinales indicatrices des animaux sains telles que E. coli font aussi partie de la surveillance. Ces bactéries indicatrices peuvent contaminer la nourriture. Le niveau de résistance de ces bactéries indicatrices représente la résistance présente dans ce type de population. Il reflète également la magnitude de la pression exercée par les antibiotiques dans la population intestinale et peut servir d’indicateur des émergences et changements. Aussi, ces bactéries indicatrices peuvent servir de réservoir de gènes de résistance.

2 Matériel et méthode

2.1 Tests de sensibilité aux agents antimicrobiens La diminution de la sensibilité d’une bactérie à un certain antimicrobien est mesurée grâce à la concentration minimale inhibitrice (CMI). La CMI est la plus petite concentration en antibiotique nécessaire pour inhiber la croissance d'une bactérie. La CMI mesure une concentration, normalement exprimée en mg/l. La CMI est déterminée selon la méthode de dilution conforme aux méthodes décrites par le comité européen des antibiogrammes (European Committee on Antimicrobial susceptibility Testing-EUCAST) et l’institut des normes de laboratoire et d’analyse médicales (Clinical and


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Laboratory Standard Institute-CLSI). Celle-ci est reconnue comme méthode de référence internationale (norme ISO 20776-1 :2006) En 2016, la détermination de la CMI des isolats a été réalisée en utilisant respectivement la "méthode de microdilution" avec EUVSEC (premier panel), EUVSEC2 (deuxième panel) pour E. coli et Salmonella et EUCAMP2 panel de Sensititre (ThermoFisher) pour Campylobacter. L’interprétation des résultats a été réalisée sur base des seuils de résistance établis par EUCAST ECOFF, comme décrit et précisé dans la Décision Européenne 2013/652/UE. Les tableaux de 1 à 5 reprennent les seuils d’interprétation de la résistance aux antimicrobiens selon la bactérie concernée. Tableau 1. Panel de substances antimicrobiennes testées et seuil d’interprétation pour Campylobacter jejuni Famille d’Antimicrobienne Antimicrobien

Abréviation ECOFF* R > (mg/l) C. jejuni

Tétracyclines Tétracycline TET 1 Quinolones Acide nalidixique NAL 16 Fluoroquinolones Ciprofloxacine CIP 0.5 Macrolides Erythromycine ERY 4 Aminosides Gentamicine GEN 2 Aminosides Streptomycine STR 4 *ECOFF, epidemiological cut-off value Tableau 2 . Panel de substances antimicrobiennes (premier panel) testées et seuils d’interprétation pour Salmonella spp. Famille d’Antimicrobienne

Antimicrobien Abréviation ECOFF (R> mg/l)

Beta-lactams Ampicilline AMP 8 3ième génération Céphalosporines

Céfotaxime FOT 0.5

3ième génération Céphalosporines

Ceftazidime TAZ 2

Carbapénèmes Méropénème MER 0.125 Quinolones Acide Nalidixique NA 16 Fluoroquinolones Ciprofloxacine CIP 0.064 Tétracycline Tétracycline TET 8 Polymyxines Colistine COL 2 Aminosides Gentamicine GEN 2 Diaminopyrimidines Triméthoprime TMP 2 Sulfamides Sulfaméthoxazole SMX 256* Phénicolés Chloramphénicol CHL 16 Macrolides Azithromycine AZI 16* Glycylciclines Tigécycline TIG 1 *Données officielles non disponibles, mais la valeur considérée pour SMX est >256 (mg/l) et pour AZI >16 (mg/l), selon les valeurs données par l’EFSA pour le rapportage AMR.

Tableau 3 . Panel de substances antimicrobiennes (deuxième panel EUVSEC2) testées et seuils d’interprétation pour Salmonella spp. Famille d’Antimicrobienne

Antimicrobien Abréviation ECOFF (R>mg/l)

2ième génération céphalosporines Céfoxitin FOX 8 4ième génération céphalosporines Céfépime FEP 0.125


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3ième génération céphalosporines+ inhibiteur de bêta-Lactamase

Cefotaxime+clavulanic acid

FOT/Cl 0.25*

3ième génération Céphalosporines+ inhibiteur de bêta-Lactamase

Ceftazidime+clavulanic acid

TAZ/CL 0.5*

Carbapénèmes Méropénème MER 0.125 Carboxypénicillines Témocilline TEM 32* Carbapénème Imipénèm IMI 0.5 Carbapénème Ertapénème ERT 0.06 3ième génération céphalosporines Céfotaxime FOT 0.25 3ième génération céphalosporines Ceftazidime TAZ 0.5 *Données officielles non disponibles, mais les valeurs considérées pour FOT/CL, TAZ/CL et TEM sont les valeurs données par l’EFSA pour le rapportage AMR 2016. Tableau 4. Panel de substances antimicrobiennes testées et seuils d’interprétation pour E. coli indicateur Famille d’Antimicrobienne

Antimicrobien Abréviation ECOFF (R>mg/l)

Beta-lactams Ampicilline AMP 8 3ième génération céphalosporines Céfotaxime FOT 0.25 3ième génération céphalosporines Ceftazidime TAZ 0.5 Carbapénèmes Méropénème MER 0.125 Quinolones Acide Nalidixique NA 16 Fluoroquinolones Ciprofloxacine CIP 0.064 Tétracycline Tétracycline TET 8 Polymyxines Colistine COL 2 Aminosides Gentamicine GEN 2 Diaminopyrimidines Triméthoprime TMP 2 Sulfamides Sulfaméthoxazole SMX 64* Phénicolés Chloramphénicol CHL 16 Macrolides Azithromycine AZI 16* Glycylciclines Tigécycline TIG 1 *Données officielles non disponibles, mais la valeur considérée pour SMX est >64 (mg/l) et pour AZI >16 (mg/l) selon les valeurs données par EFSA pour le rapportage AMR 2015. Tableau 5 . Panel de substances antimicrobiennes (deuxième panel EUVSEC2) testées et seuils d’interprétation pour E. coli indicateur Famille d’Antimicrobienne

Antimicrobien Abréviation

ECOFF (R>mg/l)

2ièmegénération céphalosporines

Céfoxitin FOX 8


Céfépime FEP 0.125

3ièmegénération céphalosporines+ inhibiteur de bêta-Lactamase

Cefotaxime+clavulanic acid FOT/Cl 0.25*

3ièmegénération Céphalosporines + inhibiteur de bêta-Lactamase

Ceftazidime+clavulanic acid TAZ/CL 0.5*

Carbapénèmes Méropénème MER 0.125 Carboxypénicillines Temocilline TEM 32* Carbapénème Imipénèm IMI 0.5 Carbapénème Ertapénème ERT 0.06


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Céfotaxtime FOT 0.25


Ceftazidime TAZ 0.5

*Données officielles non disponibles, mais la valeur considérée pour FOT/CL, TAZ/CL et TEM, sont les valeurs données par l’EFSA pour le rapportage AMR 2016. 2.2 Critères de classification de sensibilité aux antimicrobiens selon l’EFSA

2015 Les termes utilisés pour décrire les niveaux de résistance aux antimicrobiens sont décrits selon les critères suivants :«rare: <0,1%», «très faible: 0,1% à 1,0%», «faible : 1% à 10,0%», «modéré: 10,0% à 20,0 % », « élevé: 20,0% à 50,0% »,« très élevé: 50,0% à 70,0% »,« extrêmement élevé:> 70,0% ». Ces termes sont appliqués à tous les antimicrobiens. Toutefois, l'importance d'un niveau de résistance donné dépendra de l’antimicrobien en question et son importance en médecine humaine et vétérinaire (Efsa Journal 2015, 13 (2) :4036) 2.3 Critères de classification des β-lactames selon l’EFSA 2016 Le deuxième panel permet une classification précise des isolats d’E. coli présentant une résistance aux céphalosporines de la troisième génération. Les critères ont été mis à jour en 2016 et ont été présentés lors du meeting EFSA AMR-Network en novembre 2016 (Tableau 6). Tableau 6 . Critères de classification des β-lactamases selon l’EFSA 2016

case Phénotype description

1 BLSE Céfotaxime ou ceftazidime > 1mg/L (R )

Synergie céfotaxime/acide clavulanique ou ceftazidime/acide clavulanique

Céfoxitine < 8mg/L (S)

2 AmpC Céfotaxime ou ceftazidime > 1mg/L (R )

Céfoxitine > 8mg/L (R )

3 BLSE+AmpC Céfotaxime ou ceftazidime > 1mg/L (R ) Céfoxitine > 8mg/L (R )

Synergie cefotaxime/acide clavulanique ou ceftazidime/acide clavulanique

4 carbapénémases Méropénème > 0.12mg/L (R )

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Autres phénotypes

Céfotaxime or ceftazidime > 1mg/L (R )


Pas de Synergie céfotaxime/acide clavulanique ou ceftazidime/acide clavulanique

Céfotaxime ≤ 1mg/L mais > 0.5 (R )

ou Ceftazidime ≤ 1mg/L mais > 2 (R )


Cefotaxime and Ceftazidime ≤ 1mg/L

Céfoxitine > 8mg/L (R )

Méropénème ≤ 0.12 mg/L (S)

Ertapénème > 0.06 mg/L (R )

Imipénème > 1 mg/L (R )


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2.4 Définition de multi-résistance Le terme multi-résistance fait référence à des isolats dont le phénotype a une résistance acquise à trois ou plusieurs familles d’antibiotiques. Cela implique par exemple que la résistance à la ciprofloxacine et l’acide nalidixique représente la résistance à une seule famille d’antimicrobiens ainsi que la résistance au céfotaxime et ceftazidime représente la résistance aux céphalosporines de troisième génération.

3 Résultats 3.1 Surveillance antimicrobienne chez les Campylobacter Ce rapport porte sur Campylobacter, exclusivement Campylobacer jejuni isolé à partir de la viande de volaille. En 2016, la concentration minimale inhibitrice a été réalisée sur 370 C. jejuni identifiés à l’espèce par Maldi-Tof. L’interprétation des résultats a été effectuée selon les seuils d’interprétation publiés dans la décision européenne 2013/652/UE (Tableau 1). Les matrices à partir desquelles Campylobacter jejuni a été isolé sont les suivantes : carcasse entière de poulet de chair, carcasse de poule, viande de découpe de volaille avec ou sans peau, préparation de viande, viande de volaille et volaille entière. La matrice prédominante était : carcasse de poulet de chair. La résistance aux différents antibiotiques et le nombre de souches sont détaillés dans le tableau 7. La figure 1 montre l’évolution de la résistance de C. jejuni isolé de la viande de volaille de 2010 à 2016. Tableau 7. Nombre d’isolats et pourcentage de résistance aux antimicrobiens (n=370)

Antimicrobiens cut-off (≥) n %

Ciprofloxacine CIP 0.5 209 56.49

Erythromycine ERY 4 9 2.43

Gentamicine GEN 2 4 1.08 Acide nalidixique NAL 16 206 55.68

Streptomycine STR 4 8 2.16

Tétracycline TET 1 172 46.49


9

0

20

40

60

80

100

CIP NAL TET ERY STR GEN

%R

Antimicrobiens

2010

2011

2012

2013

2014

2015

2016

Figure 1. Evolution de la résistance chez C. jejuni isolé de la viande de volaille (2010-2016). La résistance de C. jejuni aux antimicrobiens a diminué par rapport à l’année précédente pour les fluoroquinolones et pour la tétracycline. Par rapport à 2015, on remarque une diminution d’environ 5% au niveau de la résistance à la ciprofloxacine, l’acide nalidixique et la tétracycline et une légère augmentation de la résistance à l’érythromycine. 36.22% des isolats montrent un profil de résistance qui inclut les fluoroquinolones et la tétracycline (CipNalTet). Ce profil prédomine depuis 2010. 35.41% des isolats sont sensibles à tous les antibiotiques testés, valeur légèrement plus élevée qu’en 2015 et en ligne avec les résultats de 2014. Il faut noter l’augmentation du nombre d’isolats résistants à 3 ou plusieurs familles d’antibiotiques : 2.70% (10/370) par rapport aux 2.08% en 2015 et 0.3% en 2014 (Figure 2). Ceci est dû à la légère augmentation de la résistance à l’érythromycine en 2016, un nombre d’isolats montrant alors un profil de résistance du type CipEryGenNalStrTet, CipEryNalTet ou EryStrTet.

Figure 2 . Comparaison du taux de résistance chez C. jejuni isolé de la viande de volaille en 2014, 2015 et 2016

3.2 Résistance antimicrobienne chez Salmonella spp. Cette section comprend les analyses du programme Salmonella FOOD et le programme Salmonella EU-AMR qui en 2016 porte sur les carcasses de poulet de chair.


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Ces programmes font partie de la surveillance officielle reprise dans la directive 2013/652/UE. L’objectif de celle-ci est que les Etats membres fournissent des données comparables sur la résistance aux antimicrobiens et également d’harmoniser aussi bien la méthode d’échantillonnage, que l’analyse et le rapportage.

3.2.1 Salmonella FOOD En 2016, dans le cadre du programme Salmonella Food, 227 isolats ont été testés pour leur sensibilité aux antimicrobiens. Les matrices prédominantes étaient les carcasses de porcs (45%), suivies des carcasses de poules (22%), mais une large variété des produits ont aussi fait partie de la surveillance, parmi eux les préparations de viandes (9.25%) et autres. A partir de 2015, tous les sérovars de Salmonella ont fait l’objet d’une analyse pour déterminer leur sensibilité aux antimicrobiens. Les sérovars les plus répandus en 2016 sont Enteritidis (18%) et Infantis (14%) fréquemment retrouvés chez la volaille, suivis de Typhimurium fréquemment retrouvé chez le porc (26%). Les figures 3 et 4 montrent le taux de résistance aux antimicrobiens de toutes les Salmonella spp. analysées en 2016 dans le cadre du programme Salmonella Food.

Figure 3 . Pourcentage de sérovars de Salmonella isolés dans le programme Salmonella Food


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Figure 4 Taux de résistance aux antimicrobiens chez Salmonella spp. en 2016 (n=227). Environ 39% des isolats sont sensibles à toutes les familles d’antibiotiques testées et 34.36% montrent un profil multi-résistant. Le taux de résistance au sulfaméthoxazole est le plus élevé, suivi par le taux de résistance à l’ampicilline, la tétracycline, et la ciprofloxacine. Selon les critères de l’EFSA qui décrivent les niveaux de résistance (Efsa Journal 2015, 13 (2) :4036), la résistance à la céfotaxime (FOT) et la ceftazidime (TAZ) est faible et très faible, respectivement. Quatre isolats étaient résistants à la céfotaxime. Ils ont été contrôlés avec un deuxième panel d’antimicrobiens afin de déterminer le phénotype β-lactamase associé (voir section 3.2.3). Aucun isolat n’était résistant au méropénème. Il faut noter la faible résistance à l’azithromycine, qui augmente néanmoins par rapport à l’année précédente. En tout, 11 isolats sur 227 (4.85%) étaient résistants (1.24% en 2015). Cette augmentation n’est pas claire, elle peut être liée au sérovar S. Infantis puisque 7 des 11 isolats appartiennent au dit sérovar.

3.2.2 Salmonella spp. dans le cadre du programme EU -AMR dans les carcasses de poulet de chair

En 2016, 176 isolats de Salmonella spp. ont été analysés dans le cadre du monitoring EU-AMR pour déterminer leur sensibilité aux antimicrobiens selon la Décision Européenne 2013/652/UE. Ils ont été isolés de carcasses de poulet de chair. Parmi eux, 85 provenaient du programme d’échantillonnage de l’AFSCA et 91 provenaient de l’autocontrôle des opérateurs. La distribution par sérovar est représentée dans la figure 5. Il faut noter la prédominance du sérovar Infantis (40%) en 2016, par rapport au Parathyphi B Var. L(+) Tartrate+ en 2014 (42%) pour le même type de matrice.


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Figure 5. Distribution des sérovars de Salmonella spp. chez les carcasses de poulet de chair en 2016. La résistance aux antimicrobiens est représentée dans la figure 6. Le taux de résistance au sulfaméthoxazole et à la ciprofloxacine est le plus élevé suivi de l’acide nalidixique. Selon les critères définis par l’EFSA, ces résistances sont considérées comme très élevées. En ce qui concerne la résistance aux céphalosporines de troisième génération (céfotaxime et ceftazidime), elle est considérée comme étant bassmais un nombre important d’isolats ont été identifiés comme étant résistants présumés. En tout, 7 (3.97%) isolats appartenant au sérovars Paratyphi et Infantis ont été détectés comme Salmonella BLSE présumé dans le cadre du programme EU-AMR. Un contrôle avec le deuxième panel d’antimicrobiens a été réalisé afin de déterminer leur phénotype β-lactamase. Une analyse plus approfondie est réalisée dans la section 3.2.3. Un isolat a montré une résistance au méropénème dans le premier panel mais cette résistance n’a pas été confirmée dans le deuxième panel. Par conséquent, l’isolat ne produit pas de carbapénémases.

Figure 6. Taux de résistance aux antimicrobiens chez Salmonella spp. dans les carcasses de poulet de chair.


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La figure 7 compare les données de 2016 par rapport à celles de 2014. Une diminution du taux de résistance pour tous les antimicrobiens testés est remarquée, excepté pour le sulfaméthoxazole, ciprofloxacine et l’acide nalidixique.

Figure 7 : Comparaison du pourcentage de résistance aux antimicrobiens chez Salmonella spp. provenant du programme EU-AMR (carcasses de poulet de chair) en 2014 et en 2016. Une analyse du taux de résistance de tous les isolats de Salmonella à 1 ou plusieurs familles d’antibiotiques a été réalisée (voir figure 8). Parmi les 176 isolats, 28.98% sont sensibles à tous les antibiotiques testés et 75 (42.61%) sont multi-résistants, c’est-à-dire résistants à 3 ou plusieurs familles.

Figure 8 . Taux de résistance à 1 ou plusieurs familles d’antimicrobiens chez Salmonella spp., dans les carcasses de poulet de chair (n=176) Le figure 9 montre la résistance des sérovars le plus pertinents. Une analyse de la multirésistance chez les Salmonella isolées de carcasses de volaille montre une grande variabilité par sérovar (figure 9). Il faut noter la multirésistance retrouvée chez S. Paratyphi, S. Autoagglutinable et S. Infantis. Des 11 isolats de S. Autoagglutinable, 7 (63.63%) montrent un profil multirésistant, avec une résistance aux céphalosporines de troisième génération et une co-résistance aux antibiotiques critiques (ciprofloxacine). Des 19 isolats de S. Paratyphi B Var. L(+) Tartrate+, 11 (57.89%) montrent un profil multirésistant et 6 d’entre eux montrent aussi une co-résistance à la ciprofloxacine. Pour le sérovar Infantis, 47 des 71 isolats (66.19%) présentent un profil multirésistant. Douze profils multirésistants ont été retrouvés, avec des co-résistances qui incluent toujours les quinolones. Les profils prédominants chez S. Infantis sont AmpCipNalSmx (15.49%) et AziCipNalSmxTetTmp (9.85%).


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Figure 9 . Pourcentage de résistance à une famille (R1) ou plusieurs familles d’antimicrobiens (R2-R6) des sérovars les plus pertinents chez Salmonella spp. provenant du programme EU-AMR, dans les carcasses de poulet de chair

3.2.3 Salmonella spp. résistantes aux céphalosporines de troisième génération. En 2016, 11 isolats de Salmonella spp. présentaient une résistance aux céphalosporines de troisième génération (céfotaxime ou ceftazidime) ce qui signifie qu’ils sont producteurs de BLSE ou AmpC présumés. Une confirmation a été faite avec le deuxième panel de substances antimicrobiennes conformément à la décision 2013/652/UE et comme décrit dans matériel et méthodes. Les résultats (Tableau 8) montrent les phénotypes associés pour les isolats provenant de carcasses de poulet de chair (7/11) mais aussi pour ceux retrouvés dans les carcasses de porc (1/11), de viande de volaille (1/11), de volaille entière (1/11) et de cuisse de grenouille (1/11). Tableau 8. Salmonella spp productrices de β-lactamases

Matrice/sérovar/phénotype n carcasse de porc 1

Sérovar unconnue autre phénotype

carcasse de poulet de chair 7

Auto-Agglutinable 2 AmpC 1

ESBL 1

Infantis 2 AmpC 1

ESBL+AmpC 1

Paratyphi B Var L (+) Tartrate + 3 AmpC 1

ESBL+AmpC 2 cuisse de grenouille 1

Saintpaul ESBL+AmpC

viande de volaille 1

Paratyphi B Var L (+) Tartrate + ESBL

volaille entière 1

Paratyphi B Var L (+) Tartrate +


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ESBL+AmpC

Total 11 La figure 10 représente le pourcentage d’isolats classés comme ESBL, AmpC, phénotype combiné ESBL+AmpC ou autre phénotypes, selon les critères de classification des β-lactamases prévus par l’EFSA. Il faut noter la variabilité des phénotypes. Le phénotype prédominant est le phénotype combiné ESBL+AmpC suivi du phénotype AmpC.

Figure 10. Distribution phénotypique des Salmonella spp. productrices d'ESBL et AmpC en 2016. 3.3 E. coli productrices de β-lactamases

3.3.1 Détection de E. coli productrices de BLSE, d’AmpC ou de carbapénémases dans des matrices alimentaires d’origine animale.

En 2016, dans le cadre de la détection des souches E. coli productrices de β-lactamases dans des matrices d’origine animale, une méthode qualitative (présence/absence dans 25g) a été utilisée sur les viandes de porc, viandes de veau et de bœuf, filet américain (préparation de viande) et les produits de la pêche. Cette méthode est basée sur la méthode décrite dans la décision européenne 2013/652/EU. Le milieu utilisé est McConkey supplémenté de céfotaxime (CTX, 1mg/L) (Biorad, prêt-à-l’emploi) pour la détection d’E. coli BLSE et AmpC et le milieu CarbaSmart (BioMérieux) pour la détection des carbapénémases. Les résultats de la détection sont illustrés dans le tableau 9. Tableau 9 . Détection d’E. coli BLSE dans les matrices d’origine animale

Espèce Échantillons testés BLSE+/25g %

Viande de volaille 279 194 69.53

Viande de bœuf 300 19 6.33

Viande de porc 300 42 14.00

Poisson osseux 71 1 1.41

Crustacés 50 2 4.00 De plus, depuis 2014, une surveillance spécifique de tous les isolats présentant une résistance à une céphalosporine de troisième génération et étant considérés comme E. coli BLSE présumés est réalisée avec le premier et deuxième panel d’agents antimicrobiens, conformément au tableau 4 et 5 (matériel et méthodes).


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Le deuxième panel permet une classification précise des isolats d’E. coli présentant une résistance aux céphalosporines de troisième génération. Ces critères ont été mis à jour en 2016 et ont été présentés lors du meeting EFSA AMR-Network en Novembre 2016 (Matériel et méthodes). 3.3.1.1 Surveillance spécifique des bactéries E. coli productrices de BLSE, d’AmpC

ou de carbapénémases dans les préparations de vian de de bœuf Les 19 isolats isolés sur McConkey+céfotaxime 1mg/L ont été confirmés au niveau de l’espèce par Maldi-Tof et testés pour leur sensibilité aux antimicrobiens selon la méthode décrite dans la décision européenne 2013/652/UE. Les taux de résistance aux antimicrobiens sont illustrés dans la figure 11 et une comparaison des valeurs obtenues en 2015 et 2016 est représentée dans la figure 12. La figure 13 montre la caractérisation et la classification précises d’isolats testés selon le phénotype du type BLSE, AmpC, combiné ou « autres phénotypes », selon la recommandation de l’EFSA et EURL-AR 2016.

Figure 11 . Pourcentage de résistance au premier panel d’agents antimicrobiens chez E. coli isolées de la viande de bœuf (n=19).

Figure 12 . Comparaison de la résistance au premier panel d’agents antimicrobiens chez E. coli isolées de préparation de viande de bœuf (filet américain) en 2015-2016. Pour les E. coli BLSE, une résistance au sulfaméthoxazole et à la tétracycline extrêmement élevée est détectée, suivie d’une résistance très élevée au triméthoprim et élevée au chloramphénicol et à la gentamicine. La résistance à l’azithromycine est modérée. La


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résistance à la tigécycline est basse. Aucune résistance au méropénème et à la colistine n’a été détectée. Si on compare ces résultats à ceux de 2015, on remarque que la résistance à la ciprofloxacine est beaucoup moins élevée en 2015 que en 2016. En 2016, on remarque aussi une augmentation assez importante de la résistance aux quinolones. Une étude des profils de résistance nous a permis de détecter la co-résistance aux quinolones dans 68.42% des isolats en 2016 par rapport aux 27% en 2015. Il se peut qu’un clone particulier ait prédominé en 2016, qui portait dans son matériel génétique les gènes de résistance aux quinolones. Cette hypothèse devrait se confirmer par des analyses moléculaires ultérieures.

Figure 13. Représentation des phénotypes (%) chez E. coli isolées de la viande de bœuf (n=19). Les résultats montrent une prédominance de E. coli productrices de β-lactamase du type BLSE (52.63%), suivi par les β-lactamases du type AmpC (26.32%). 3.3.1.2 Surveillance spécifique des bactéries E. coli productrices de BLSE, d’AmpC

ou de carbapénémases dans les préparations de viand e de porc Les 42 isolats isolés sur McConkey+céfotaxime 1mg/L ont été testés pour leur sensibilité aux antimicrobiens selon la méthode décrite dans la décision européenne 2013/652/UE. Les résultats sont illustrés dans les figures 14 et 15. La figure 16 montre la caractérisation et la classification précises d’isolats testés selon le phénotype du type BLSE, AmpC, combiné ou « autres phénotypes », selon les recommandations de l’EFSA et EURL-AR 2016.

Figure 14. Pourcentage de résistance au premier panel d’agents antimicrobiens chez E. coli isolées de viande de porc (n=42).


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Pour les E. coli BLSE, une résistance au sulfaméthoxazole extrêmement élevée est détectée, suivie d’une résistance très élevée pour la tétracycline et le triméthoprim, et d’une résistance élevée pour les quinolones et le chloramphénicol. La résistance à l’azithromycine et à la gentamicine est modérée. La résistance à la tigécycline reste basse. Aucune résistance au méropénème et à la colistine n’est détectée.

Figure 15. Comparaison de la résistance au premier panel d’agents antimicrobiens chez E. coli isolées de préparations de viande de porc en 2015-2016.

Figure 16. Pourcentage de résistance au deuxième panel d’agents antimicrobiens chez E. coli isolées de viande de porc (n=42).


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3.3.1.3 Surveillance spécifique des bactéries E. coli productrices de BLSE, d’AmpC

ou de carbapénémases dans les préparations de viand e de volaille Sur les 194 isolats isolés sur McConkey+céfotaxime 1mg/L, 188 ont été testés pour déterminer leur résistance aux antimicrobiens. Le taux de résistance est illustré dans la figure 17 et une comparaison a été effectuée avec les valeurs obtenues en 2015 (Figure 18).

Figure 17 . Pourcentage de résistance au premier panel d’agents antimicrobiens chez E. coli isolées de viande de volaille (n=188)

Figure 18 . Comparaison de la résistance au premier panel d’agents antimicrobiens chez E. coli isolées de viande de volaille (n=188) en 2015-2016. Pour les E. coli BLSE, une résistance extrêment élevée est détectée pour le sulfaméthoxazole, très élevée pour les quinolones, le triméthoprim et la tétracycline, suivie d’une résistance élevée au chloramphénicol. La résistance à la gentamicine est modérée suivie d’une résistance basse pour la tigécycline, l’azithromycine et la colistine. Aucune résistance au méropénème n’a été détectée. Malgré le haut niveau de résistance, une légère diminution du taux de résistance à la ciprofloxacine, l’acide nalidixique, le triméthoprim, la tétracycline et le chloramphénicol semble être détectée en 2016.


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Figure 19. Pourcentage de résistance au deuxième panel d’agents antimicrobiens chez E. coli isolées de viande de volaille (n=188) Les résultats montrent une prédominance de E. coli β-lactamase du type BLSE (71%) chez la volaille (figure 19) comme les années précédentes. 3.3.1.4 Comparaison du taux de résistance d’ E. coli BLSE isolées de matrices

alimentaires On a comparé le profil de résistance et de multirésistance des souches E. coli BLSE indicatrices isolées de viande de volaille, de viande de porc et de préparation de viande de bœuf (filet américain). Les antibiotiques évalués font partie du premier panel d’antimicrobiens. Chaque antibiotique a été considéré indépendamment. Il faut tenir compte du fait que les E. coli BLSE sont d’office résistantes à l’ampicilline et aux céphalosporines de troisième génération (céfotaxime et/ou ceftazidime). Comme montré dans la figure 20, tous les isolats sont résistants au moins à 3 antibiotiques. Des 188 isolats provenant de la viande de volaille, 129 (68.61%) affichent une co-résistance aux β-lactams (céfotaxime and or ceftazidime) et aux quinolones (ciprofloxacine or acide nalidixique). Pour le filet américain, 13 des 19 (68.42%) isolats sont co-résistants aux β-lactamines et aux quinolones. En ce qui concerne la viande de porc, des 42 E. coli BLSE, 18 (42.85%) isolats affichent une co-résistance aux quinolones. Aucun isolat de toutes les matrices testées n’a montré une co-résistance aux carbapénèmes.

Figure 20. Taux de résistance d’E. coli BLSE à 1 ou plusieurs antibiotiques


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4 Conclusions 4.1 Campylobacter En 2016, les taux les plus élevés de résistance aux fluoro(quinolones) (ciprofloxacine et acide nalidixique) et aux tétracyclines ont été observés. Une légère diminution par rapport à l’année précédente a toutefois été remarquée. La résistance à l’érythromycine et à la gentamicine reste basse. Cette tendance est stable depuis 2010. 4.2 Salmonella En 2016, une augmentation du nombre de Salmonella résistantes aux céphalosporines de troisième génération a été détectée. Les Salmonella ont été isolées de carcasses de poulet de chair et de carcasses de porc provenant de la production nationale mais aussi d’importation de pays tiers comme pour les cuisses de grenouille provenant du Vietnam. Ce dernier, appartenant au sérovar Saintpaul, présente un profil de résistance à tous les antibiotiques testés sauf au méropénème. Il est important de détecter ce type de profil de résistance afin d’éviter un propagation via un contact avec les humains ou dans la chaine alimentaire. La résistance à la colistine a été détectée faiblement (3.5-2.84%) chez les S. Enteritidis et la majorité a été isolée de carcasses de volaille provenant des Pays-Bas et de Belgique. Une analyse de la multi-résistance par sérovar chez les Salmonella isolées de carcasses de volaille a montré une grande variabilité par sérovar. Parmi eux, les sérovars Infantis (65% MDR) et Paratyphi B var (L+) tartrate + (60%MDR) ont montré le plus grand niveau de multirésistance. De plus, S. Infantis montre un niveau de résistance à la ciprofloxacine extrêmement élevé (94.36%). Par contre, d’autres sérovars comme Enteritidis ou Give montrent un niveau de sensibilité à la plupart des antimicrobiens assez élevé et montrent un niveau de multirésistance moins fréquent. 4.3 E. coli BLSE indicateurs En 2016, avec la nouvelle méthode de détection d’E. coli BLSE décrite dans la décision européenne 2013/652/EU, un nombre plus élevé de E. coli BSLE a été détecté par rapport aux années précédentes. En ce qui concerne les E. coli BLSE dans la viande de volaille, 69.53% des échantillons ont été testés positifs pour E. coli productrice de BLSE. Des 188 isolats, 54 profils de résistance différents ont été identifiés. Le plus fréquent est le AmpFotTazCipNalSmxTetTmp (10.63%) suivi du AmpFotTazChlCipNalSmxTmp (9.04%). De nombreux autres profils sont aussi présents, mais avec une fréquence plus faible. Chez la viande de volaille, la co-résistance aux céphalosporines de troisième génération avec les quinolones est assez élevée (68%). Au niveau de la classification précise des isolats, 75% d’entre eux montrent un phénotype du type BLSE comme c’était le cas les années précédentes. En ce qui concerne les E. coli BLSE isolés de la viande de porc, 14% des échantillons ont été testés positifs en 2016. Des 42 isolats, 24 profils de résistance différents ont été identifiés. Le plus fréquemment rencontré est AmpFotTazSmxTmp (14.28%) suivi de AmpFotTazSmxTetTmp (9.52%) et de AmpFotTazSmxTet (9.52%). Au niveau de la co-résistance aux quinolones, le niveau détecté est moins élevé que pour la viande de volaille. Le phénotype prédominant est aussi du type BLSE (76%). En 2016, seulement 19 échantillons (6.33%) de filet américain ont été testés positifs pour la présence de E. coli BLSE. Des 19 isolats, 14 profils de résistance différents ont été retrouvés. Une grande variété est détectée, mais la fréquence est basse. Tous les isolats sauf 1 affichent une co-résistance à au moins 5 antibiotiques.


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En ce qui concerne la classification, une plus large variété est remarquée chez les isolats provenant du filet américain : 52% affichent un phénotype BLSE contre 25% qui affichent un phénotype AmpC, le plus fréquent parmi les 3 matrices alimentaires.


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5 Abréviations AMP : Ampicilline AmpC : céphalosporinases du type AmpC AMR : Résistance antimicrobienne AZT : Azithromycine BLSE : bêtalactamases à spectre élargi CHL : Chloramphénicol CIP : Ciprofloxacine CMI : Concentration minimale inhibitrice COL :Colistine ESBL: bêtalactamases à spectre élargi EU-RL :Laboratoire de référence européenne ERT : Ertapénème FEP : Céfépime FOX : Céfoxitin FOT Céfotaxime FOT/Cl : Cefotaxime+acide clavulanique GEN :Gentamicine IMI : Imipénèm MER : Méropénème MIC : concentration minimal inhibitrice NAL : Acide Nalidixique NRC: Centre National de référence SMX : Sulfaméthoxazole TAZ : ceftazidime TAZ/CL : ceftazidime+acide clavulanique TEM : Temocilline TET : Tétracycline TIG : Tigécycline TRIM :Triméthoprime

6 Références Decision 2013/652/EU on the monitoring and reporting of antimicrobial resistance in zoonotic and commensal bacteria. Official Journal of the European Union 14.11.2013 EURL-AR. List of primers for detection of antimicrobial resistance genes. http://www.crl-ar.eu/201-resources.htm#primer European Food Safety Authority; Technical specifications on the harmonised monitoring and reporting of antimicrobial resistance in Salmonella, Campylobacter and indicator Escherichia coli and Enterococcus spp. Bacteria transmitted through food. EFSA Journal 2012; 10(6):2742. [64 pp.] doi:10.2903/j.efsa.2012.2742. Available online:www.efsa.europa.eu/efsajournal Lactamase Classification and Amino Acid Sequences for TEM, SHV and OXA Extended-Spectrum and Inhibitor Resistant Enzymes. http://www.lahey.org/studies/

7 Remerciements Ce travail a été financé par le FAVV-AFSCA.

8 List de tableaux Tableau 1. Panel de substances antimicrobiennes testées et seuil d’interprétation pour Campylobacter jejuni


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Tableau 2 . Panel de substances antimicrobiennes (premier panel) testées et seuils d’interprétation pour Salmonella spp. Tableau 3 . Panel de substances antimicrobiennes (deuxième panel EUVSEC2) testées et seuils d’interprétation pour Salmonella spp. Tableau 4. Panel de substances antimicrobiennes testées et seuils d’interprétation pour E. coli indicateur Tableau 5 . Panel de substances antimicrobiennes (deuxième panel EUVSEC2) testées et seuils d’interprétation pour E. coli indicateur Tableau 6 . Critères de classification des β-lactames selon l’EFSA 2016 Tableau 7. Nombre d’isolats et pourcentage de résistance aux antimicrobiens (n=370) Tableau 8. Salmonella spp productrices de β-lactamases Tableau 9 . Détection d’E. coli BLSE dans les matrices d’origine animale

9 Liste de figures Figure 1. Evolution de la résistance chez C. jejuni isolé de la viande de volaille (2010-2016). Figure 2 . Comparaison du taux de résistance chez C. jejuni isolé de la viande de volaille en 2014, 2015 et 2016 Figure 3 . Pourcentage de sérovars de Salmonella isolés dans le programme Salmonella Food Figure 4 Taux de résistance aux antimicrobiens chez Salmonella spp. en 2016 (n=227). Figure 5. Distribution des sérovars de Salmonella spp. chez les carcasses de poulet de chair en 2016. Figure 6. Taux de résistance aux antimicrobiens chez Salmonella spp. dans les carcasses de poulet de chair. Figure 7 : Comparaison du pourcentage de résistance aux antimicrobiens chez Salmonella spp. provenant du programme EU-AMR (carcasses de poulet de chair) en 2014 et en 2016. Figure 8 . Taux de résistance à 1 ou plusieurs familles d’antimicrobiens chez Salmonella spp., dans les carcasses de poulet de chair (n=176) Figure 9 . Pourcentage de résistance à une famille (R1) ou plusieurs familles d’antimicrobiens (R2-R6) des sérovars les plus pertinents chez Salmonella spp. provenant du programme EU-AMR, dans les carcasses de poulet de chair Figure 10. Distribution phénotypique des Salmonella spp. productrices d'ESBL et AmpC en 2016. Figure 11 . Pourcentage de résistance au premier panel d’agents antimicrobiens chez E. coli isolées de la viande de bœuf (n=19). Figure 12 . Comparaison de la résistance au premier panel d’agents antimicrobiens chez E. coli isolées de préparation de viande de bœuf (filet américain) en 2015-2016. Figure 13. Représentation des phénotypes (%) chez E. coli isolées de la viande de bœuf (n=19). Figure 14. Pourcentage de résistance au premier panel d’agents antimicrobiens chez E. coli isolées de viande de porc (n=42). Figure 15. Comparaison de la résistance au premier panel d’agents antimicrobiens chez E. coli isolées de préparations de viande de porc en 2015-2016. Figure 16. Pourcentage de résistance au deuxième panel d’agents antimicrobiens chez E. coli isolées de viande de porc (n=42). Figure 17 . Pourcentage de résistance au premier panel d’agents antimicrobiens chez E. coli isolées de viande de volaille (n=188) Figure 18 . Comparaison de la résistance au premier panel d’agents antimicrobiens chez E. coli isolées de viande de volaille (n=188) en 2015-2016. Figure 19. Pourcentage de résistance au deuxième panel d’agents antimicrobiens chez E. coli isolées de viande de volaille (n=188) Figure 20. Taux de résistance d’E. coli BLSE à 1 ou plusieurs antibiotiques

Documents

La résistance antimicrobienne chez les E. coli ... · La résistance antimicrobienne chez les E. coli commensales, Campylobacter spp. et Salmonella spp. Isolés des carcasses et