Karolina MakiełaKarolina Makieładr hab. Piotr Jonczykdr hab. Piotr Jonczyk

Krajowa Sieć Informacji o Krajowa Sieć Informacji o Bioróżnorodności Bioróżnorodności

spotkanie sprawozdawczespotkanie sprawozdawczeWarszawa 13.XII.2008Warszawa 13.XII.2008

CENTRALNA KOLEKCJA SZCZEPÓWCENTRALNA KOLEKCJA SZCZEPÓW „ColIBB” „ColIBB”

INSTYTUT BIOCHEMII I BIOFIZYKI PAN INSTYTUT BIOCHEMII I BIOFIZYKI PAN

Pawińskiego 5A, 02-106 WarszawaPawińskiego 5A, 02-106 Warszawa

http://kolekcja.ibb.waw.pl/

•2000 r utworzenie kolekcji IBB

•2003 r włączenie do KSIB

•Zbiór unikalnych szczepów skonstruowanych przez pracowników i studentów IBB

•Zbiór szczepów wyizolowanych ze środowiska

•Zbiór szczepów referencyjnych do badań fagów

KSIB - ColIBB

Zakup materiałów niezbędnych do deponowania i przechowywania szczepów bakteryjnych i drożdżowych: raków, pudełek i fiolek kriogenicznych, także sprzętu komputerowego, zasilacza UPS

Informatyk, opiekun kolekcji

600062006400660068007000720074007600780080008200

2005 2006 2007 2008

liczbarekordów

CENTRALNA KOLEKCJA SZCZEPÓWIBB PAN „ColIBB”

KOLEKCJA SZCZEPÓW BAKTERYJNYCH2891 REKORDY

KOLEKCJA SZCZEPÓW DROŻDŻOWYCH 3479 REKORDY(117 w przygotowaniu)

KOLEKCJA PLAZMIDÓW1676 REKORDY(300 w przygotowaniu)

KOLEKCJA BAKTERIOFAGÓW

IZOLATY ŚRODOWISKOWE29 REKORDÓW(271 rekordów w przygotowaniu)

CENTRALNA KOLEKCJA SZCZEPÓWIBB PAN „ColIBB”

Euroscarf

KOLEKCJA SZCZEPÓW BAKTERYJNYCH

ZBIÓR MUTANTÓW W GENACH ZAANGAŻOWANYCH W SZEREG PROCESÓW KOMÓRKOWYCH

replikacja DNA metabolizm komórkowy np. metabolizm siarkowy segregacja chromosomów w bakteriach G+ G-

segregacja plazmidów

ZBIÓR SZCZEPÓW WYKORZYSTYWANYCH DO KONSTRUKCJI SZEREGU MUTANTÓW I MAPOWANIA MUTACJI

kolekcja szczepów niosących transpozony w różnych miejscach na chromosomie

KOLEKCJA SZCZEPÓW BAKTERYJNYCH

SZCZEPY STOSOWANE W PRODUKCJI PREPARATÓW SZCZEPY STOSOWANE W PRODUKCJI PREPARATÓW FARMACEUTYCZNYCHFARMACEUTYCZNYCH Lactobacillus rhamnosusLactobacillus rhamnosus , , Streptococcus equisimilisStreptococcus equisimilis

ZBIÓR SZCZEPÓW BAKTERII MLEKOWYCHZBIÓR SZCZEPÓW BAKTERII MLEKOWYCH

LABORATORYJNE SZCZEPY BAKTERII PATOGENNYCH LABORATORYJNE SZCZEPY BAKTERII PATOGENNYCH Staphylococcus aureusStaphylococcus aureus

ZBIÓR SZCZEPÓW – LIZOGENÓW BAKTERIOFAGÓW P1, P7, ZBIÓR SZCZEPÓW – LIZOGENÓW BAKTERIOFAGÓW P1, P7, LambdaLambda

Bacillus subtilis ok.100

Bifidobacterium longum Enterococcus faecalis

Escherichia coli ok.1000

Lactobacillus sp.Lactobacillus casei Lactobacillus paracaseiLactobacillus plantarumLactobacillus rhamnosus

Lactococcus cremoris Lactococcus garvieae Lactococcus hordniae Lactococcus lactis ok.1000 Lactococcus raffinolactis Salmonella typhimurium

Staphylococcus aureus

Streptococcus agalactiae Streptococcus bovisStreptococcus equisimilisStreptococcus thermophilus

KOLEKCJA SZCZEPÓW DROŻDŻOWYCH

ZBIÓR MUTANTÓW W GENACH ZAANGAŻOWANYCH W SZEREG PROCESÓW KOMÓRKOWYCH replikacja DNA naprawa DNA segregacja chromosomów w komórkach drożdżowych transport wewnątrzkomórkowy regulacja transkrypcji cytoplazmatycznej (POL III RNA) translacja mitochondrialna inne

KOLEKCJA PLAZMIDÓW

PLAZMIDY NIOSĄCE SKLONOWANE GENY, SŁUŻĄCE DO BADANIA RÓŻNYCH PROCESÓW KOMÓRKOWYCH replikacja DNA naprawa DNA segregacja plazmidów transport wewnątrzkomórkowy segregacja chromosomów (Pseudomonas aeruginosa)

PLAZMIDY NIOSĄCE FRAGMENTY GENOMÓW BAKTERIOFAGÓW P1 I P7

PLAZMIDY NIOSĄCE FRAGMENTY PLAZMIDÓW KLINICZNYCHO SZEROKIM SPECTRUM OPORNOŚCI

WEKTORY LINIOWE WEKTORY EKSPRESYJNE

KOLEKCJA IZOLATÓW

ŚRODOWISKOWYCH

Izolaty z terenów skażonych z okolic kopalni: Złoty StokZłoty Stok, Szklary, Olkusz

Grupa bakterii niewrażliwych na wysokie stężenie Arsenu – izolowane z terenów kopalni (woda, skały, osady) – tworzą maty i biofilmy

Grzyby – izolowane z nieczynnej kopalni Złoty Stok Charakterystyka izolowanych szczepów,

dane geograficzne, dokumentacja fotograficzna

Aeromonas sp.

Arthrobacter sp.

Bacillus sp.

Brevundimonas sp. Chryseobacterium sp.

Microbacterium sp.

Micrococcus sp.

Paracoccus marcusii

Pseudomonas sp.

Rhodococcus sp.

Sinorhizobium sp.

Shewanella sp.

Sphingomonas sp.

Stenotrophomonas sp.

Streptomyces sp.

Serratia grimesii

KOLEKCJA BAKTERIOFAGÓW

Unikalna kolekcja bakteriofagów bakterii mlekowych, enterobakterii i gronkowców

Badania nad genomiką i biologią fagów umożliwią wykorzystanie ich potencjału bakteriotoksycznego i przemysłowego

Wymagająca nowych rozwiązań deponowania i przechowywania

W PLANACH

Przebudowa bazy danych usprawniająca wprowadzanie i wyszukiwanie danych

Współtworzenie sieci informacji o referencyjnych szczepach bakteriofagowych oraz bakteriofagach

Rozbudowa bazy danych dotyczących Bakteriofagów (współpraca z Siecią Biologii i Biotechnologii Bakteriofagów) oraz Izolatów Środowiskowych

Dziękuję za uwagę