Initiation à la recherche d’information en sciences

biomédicales

Dominique Villebrun INSERM U1061

Montpellier dominique.villebrun@inserm.fr

Objectifs

Avant de débuter un travail de recherche, nécessité

de faire un bilan de l’existant Pourquoi ? • pour construire son sujet sur des bases solides • pour savoir s’il n’y pas doublon avec un travail

existant • pour élaborer ses hypothèses de travail

Sources d’information

• Dictionnaires, encyclopédies, ouvrages de synthèse et

monographies (qui peuvent être localisés par les catalogues exemple :http://www.biu-montpellier.fr/ rubrique Catalogues)

• Articles scientifiques • Littérature grise : rapports d’institutions, congrès, thèses

Caractéristiques de la recherche bibliographique

Effectuée • Au début du travail: recherche bibliographique

rétrospective • Au cours du travail : mises à jour périodique • Exhaustivité : pas nécessaire dans tous les cas et risque

de se ‘noyer’ sous une masse de littérature

Outils utilisés : les bases de données bibliographiques

• Apparues dans les années 60 avec les avancées de l’informatique et

maintenant consultables sur internet • Contiennent les références des articles scientifiques publiés dans les

revues. Dans certaines bases, présence d’ouvrages, de CR de congrès (ex BDSP) ou de thèses

Principales banques de données • dans l’ensemble des disciplines scientifiques : Web of Science • dans le domaine biomédical et en psychiatrie: Pubmed

(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ ), Pascal. • en psychologie : Francis, PsycInfo • en santé publique : Banque de données en santé publique • pour les thèses : http://www.sudoc.abes.fr/ ou http://www.theses.fr/

(sur ce site thèses en texte intégral et en préparation)

Google contre Pubmed?

• Provenance des visites sur les sites de journaux : 56% pour Google, 8.7% pour Pubmed

• Nécessite de prendre en compte le type de recherche :

- par auteur ou titre : facilité d’utilisation de Google (mais il existe sur Pubmed la fonction ‘Single Citation Matcher’)

- par sujet : avantage à Pubmed pour la précision des résultats

Méthodologie de recherche : principes généraux

Il est nécessaire pour avoir des réponses pertinentes 1) de définir le thème de recherche : - soit à partir d’un article de référence déjà connu, - soit en cherchant les termes dans un dictionnaire de mots-clés qui

donne les définitions des mots et les présente de façon hiérarchique. L’utilisation du langage naturel serait source de non réponse ou de

bruit 2) de combiner entre eux les termes sélectionnés en utilisant les

opérateurs booléens AND (cherche les deux termes dans une même notice), OR (cherche les notices contenant l'un OU l'autre des termes ou les deux) et NOT (cherche les notices excluant un terme)

- de limiter sa recherche par les critères de durée, d’âge, de langue …

Opérateur OR

Opérateur NOT

Opérateur AND

La recherche bibliographique dans Pubmed

Recherche simple à partir d’un article déjà connu • En allant dans la rubrique Single Citation Matcher et en entrant

quelques éléments de la références, on peut la visualiser • En cliquant sur Display Settings (affichage) en format MEDLINE ,

se trouvent à la fin de la référence, les mots-clés du thésaurus de Pubmed, le MESH (Medical Subject Headings) qui ont servi à indexer l’article.

• On choisira ceux qui sont pertinents puis on les associera avec des opérateurs booléens pour lancer la recherche à partir de la fenêtre d’interrogation.

• On peut également trouver d’autres termes en allant regarder en bas de la référence les ‘Related citations’ et faire la même démarche.

Cliquer ici

Cliquer ici

Initiation à la recherche documentaire dans le domaine biomédical - 18

Mots-clés du Medical Subject Headings

La recherche bibliographique dans Pubmed

Deuxième cas de figure : cas d’une recherche complètement nouvelle en utilisant le thésaurus de Pubmed, le MESH

• le Mesh a été traduit en français par l’INSERM (http://mesh.inserm.fr/mesh/ )

• Le CISMEF utilise également le Mesh pour indexer ses ressources : http://pts.chu-rouen.fr/

L’outil de terminologie du CISMEF

L’outil de terminologie du CISMEF Onglet Description

Onglet Hiérarchies

• Onglet Pubmed/DocCISMEF

Exemple de recherche : troubles cognitifs et risques professionnels

Recherche des termes dans le dictionnaire en anglais de Pubmed : le Mesh Browser

• Pour retrouver toutes les occurrences d’un terme, taper le mot en le faisant suivre d’une *

• L’équation de recherche sera construite à partir de la fenêtre du Mesh en associant termes et opérateurs booléens. Elle sera ensuite lancée directement sur Pubmed à partir de cet écran

Initiation à la recherche documentaire dans le domaine biomédical - 18

Cliquer ici

Initiation à la recherche documentaire dans le domaine biomédical - 18

Initiation à la recherche documentaire dans le domaine biomédical - 18

Comment limiter une recherche qui fournit trop de références

• Les qualificatifs (subheadings) sont apposés aux descripteurs

MeSH afin de préciser le point de vue sous lequel le descripteur sera considéré. Dans le Mesh Browser, on trouve pour chaque mot les qualificatifs que l’on peut lui associer. La syntaxe est la suivante: terme MeSH/qualificatif.

• La notion de pondération : Il s'agit d'utiliser uniquement les descripteurs MeSH majeurs lorsque l'on veut limiter sa recherche aux documents où le terme MeSH recherché est le sujet principal de l'article. Attention, dans ce cas le nombre de réponses est réduit considérablement.

Comment limiter une recherche qui fournit trop de références

• La notion d'explosion Une recherche faite avec un terme MeSH ne retrouvera pas seulement les documents indexés avec ce terme, mais aussi tous ceux indexés avec les termes plus spécifiques situés "en dessous" de lui dans l'arborescence (appelés termes enfants). Elle est automatique (par défaut) pour toutes les recherches. Pour l’éviter, il faut spécifier après le terme en question: [mh:noexp] qui évite la recherche avec les termes fils plus spécifiques.

• La fonction ‘Limits’ : permet sur la colonne de gauche des résultats de restreindre la recherche par type de rubriques, publication, tranches d’âge, date, langue…Plusieurs limites peuvent être combinées;

• Attention : l’option ‘Limits reste active tant qu’elle n’a pas été annulée maunellement et cette option ne permet pas d’obtenir les toutes dernières références entrées dans Pubmed (‘in process’)

Limits

Récapitulatif sur l’utilisation du thésaurus

Avantages • Eclaircit les idées • Oblige à préciser les termes de

la recherche et leurs relations • Permet d’élargir la recherche

(terme générique) ou de préciser (terme spécifique)

• Augmente la pertinence des résultats en diminuant les phénomènes de bruit (trop de résultats) et de silence (perte)

Limites • Rigidité, nécessité de se plier à

un vocabulaire déterminé • Perte des nuances de sens

(possible dans certains cas de combiner langage naturel et mots-clés Mesh)

• Chaque thésaurus est spécifique : si l’on interroge une autre base, il faut s’habituer à un nouveau langage

L’évaluation des résultats obtenus • En cas d’une recherche complètement nouvelle, se limiter dans

un premier temps au ‘reviews’ • Lire les abstracts des références sélectionnées. • Pour les références les plus pertinentes, repérer les mots-clés

utilisés pour élargir la recherche à d’autres termes ou au contraire restreindre la recherche

• L’évaluation de la pertinence peut se faire également en utilisant la base Web of science

• Utiliser des grilles de lecture critique d’article (par exemple celles de l’HAS)

La fourniture payante de documents

• Autres ressources : - le SUDOC, Système

Universitaire de Documentation, http://www.sudoc.abes.fr/ permet de localiser les documents se trouvant dans les bibliothèques françaises. Possibilité de demandes de photocopies par le prêt interbibliothèques (payant)

Ecran recherche avancée du SUDOC

La fourniture gratuite de documents (cas des étudiants, enseignants et chercheurs)

• Dans les bibliothèques universitaires, accès aux articles de revue en texte intégral. Par exemple, à la bibliothèque de l’UPM à Montpellier, il est possible de trouver des articles en texte intégral sur place ou à distance sur le site de la BIUM (ADDOC)

La fourniture gratuite de documents Sur Biblioinserm : http://biblioinserm.inist.fr/spip.php?rubrique11

Sur Pubmed : articles déposés sur Pubmed Central (près de 25% des articles sur Pubmed sont libres d’accès)

La fourniture gratuite de documents : les revues en libre accès

• Les revues et articles en accès libre dans tous les domaines : – DOAJ (Directory of Open Access Journals ) http://www.doaj.org/

(permet de trouver des sites de revues et des articles), – BaseLab (BASE (Bielefeld Academic Search Engine)

http://baselab.base-search.net/?l=en , – FreeFullPDF développé par une société française

http://www.freefullpdf.com/ ( recense également brevets, thèses et communications)

La fourniture gratuite d’articles : les archives ouvertes

• Elles reposent sur la mise en place de serveurs où sont déposés et sauvegardés les documents issus de la recherche. Chaque établissement de recherche a sa propre archive compatible avec celle des autres établissements. Pour l’INSERM : HAL INSERM http://www.hal.inserm.fr/

• Triple intérêt pour la communauté scientifique : - Disposer d’un accès gratuit aux résultats de la recherche - Améliorer la visibilité et l’impact des travaux - Assurer leur pérennité • Il est possible de faire une recherche dans l’ensemble de ces archives sur le

site BaseLab (http://lab.base-search.net/)

Document en accès libre

Un exemple dans BaseLab

Gestion des références • Une fois les références obtenues et triées, il est possible - de les imprimer à partir de la fenêtre du navigateur: - de les enregistrer sous forme de fichier texte en choisissant

dans Display settings Summary (text) - de les enregistrer sous forme de fichier ( fonction Send to

File) pour ensuite l’importer dans un logiciel de gestion bibliographique (cf Organiser sa bibliographie). Pour cela choisir le format d’affichage des références ‘Citation manager’ et enregistrer le fichier sur le disque dur

La sauvegarde d’une recherche

Il est possible : • d’ouvrir sur Pubmed un compte gratuit dans ‘My

NCBI’ • de sauvegarder une recherche • puis de créer une alerte sur la recherche enregistrée • Sur ce compte, il est possible aussi de conserver des

références ( Save Collection)

Initiation à la recherche documentaire dans le domaine biomédical - 18

Formulaire d’inscription au service NCBI de Pubmed

1ère étape : Save search dans Pubmed 2ème étape : Dans l’espace personnel sur NCBI, enregistrement de la recherche et demande d’envoi des nouvelles références par messagerie

Web of Science • Couverture : 9300 revues indexées dans leur totalité dont environ 2500 en

sciences biomédicales (le double dans Pubmed). • Particularité : à partir d’une référence de document, il est possible de

connaître les articles cités dans le document (ses filiations) et de savoir qui a cité par la suite ce document (son impact)

• Outil complémentaire de Pubmed (pour affiner une recherche) et intérêt pour la bibliométrie (facteur d’impact et taux de citation)

• Existence d’une interface avec le logiciel de gestion bibliographique Endnote • Adresse (accès gratuit pour les personnels INSERM) à partir du site Biblio

inserm : http://biblioinserm.inist.fr/ ou de celui de la BIU.

Google Scholar • Gratuit, couvre tous les domaines scientifiques, nombreux partenariats avec

universités et éditeurs scientifiques américains • Indexation d’articles et de livres (localisation du livre dans les bibliothèques) • Opacité sur l’origine des sources (pas de répertoire des sources) • Comme le Web of Science, il répertorie les citations • Pas de thésaurus, recherche par mots du titre ou du document, • Recherche par nom d’auteur, de revue et date • Parfois accès au document intégral (PDF ou HTML) • Adresse : http://scholar.google.fr

Résultats d’une recherche dans Google Scholar

Organiser sa bibliographie Pour toute publication de résultats, il est indispensable de : • savoir rédiger les références qui seront citées sans faire d'erreurs (pour cela

consulter le site http://docinsa.insa-lyon.fr/refbibli/index.php • La NLM a édité un guide ‘Citing Medicine: the NLM Style Guide for Authors,

Editors, and Publishers’ http://www.nlm.nih.gov/citingmedicine • pour éviter les erreurs lors de la manipulation des références bibliographiques,

utiliser des logiciels de gestion bibliographique (End Note, BiblioMac, Procite, Reference Manager, Zotero, Mendeley). Ils permettent d'importer des références de bases de données bibliographiques et d'exporter tout ou partie d’une bibliographie dans un format de journal prédéfini en vue d’une publication.

• Pour être aidé dans le choix d’un logiciel de gestion bibliographique et en comprendre les fonctionnalités , voir le panorama élaboré par l’URFIST : http://urfist.univ-lyon1.fr/1302793340375/0/fiche___document/

Sites utiles • La Banque de données en santé publique (accès gratuit) :

recense des documents abordant le domaine médical sous l’angle de la santé publique. La langue française y est bien représentée et certains documents sont en texte intégral. Cette base indexe d’autres documents que les articles : rapports, thèses, livres… http://www.bdsp.ehesp.fr/

• PSYCINFO (accès payant, peut être consulté en Université de lettres généralement) : développée par l’American Psychological Association et qui a une couverture de revues spécifique au domaine de la psychologie complétant Pubmed. http://www.apa.org/psycinfo/

Ressources

• Tutoriels de l’URFIST – Recherche d’informations sur Internet

http://urfist.enc.sorbonne.fr/ressources/methodologie-de-linformation/recherche-dinformations-sur-internet-perfectionnement

– Guide d'interrogation de Medline Pubmed http://urfist.enc.sorbonne.fr/anciensite/biolo/bioguide2/medline/medline.htm

• Médiathèque de l’Institut Pasteur – Pubmed : support pédagogique

http://www.pasteur.fr/infosci/biblio/services/formations/PubMedWebFR20130320.pdf

Ressources (suite)

• Tutoriels de formation à Zotero : – Sur le site Zotero, des tutoriels en français :

http://www.zotero.org/support/fr/start – La boite à outils des historiens

:http://www.boiteaoutils.info/2012/06/introduction-zotero-30-nouveau-tutoriel.html

– Blog Zotero francophone : http://zotero.hypotheses.org/ – Blog de François Magnan : http://www.magnanfrancois.info/zotero/ – Fonctionnalités avancées de Zotero : http://www.sites.univ-rennes2.fr/urfist/ressources/maitriser-les-

fonctionnalites-avancees-de-zotero?destination=ressources

Merci de votre attention

Bonnes recherches