HIV - Interpretazione del test di resistenza

FENOTIPO

GENOTIPO

Fold-resistanceCUT-OFF

Biologico

Clinico (??)

PREDIZIONE

risposta alla terapia

HIV - Interpretazione del test di resistenza

Il rapporto fra genotipi e fenotipi eseguiti è >1000

Chi richiede un genotipo è anche chi:

Conosce i dati precedenti del paziente

Imposta la terapia

Segue la risposta alla terapia

Dal genotipo alla risposta al trattamento

FENOTIPO

GENOTIPO

Fold-resistanceCUT-OFF

Biologico

Clinico (??)

PREDIZIONE

risposta alla terapia

Progetto Genotipo-Risposta

Obiettivo

Alimentare un grande database di correlazione genotipo - follow-up attraverso cui allestire un

sistema predittivo della risposta alla terapia basato su modelli di autoapprendimento (es. reti neurali)

Competenze richieste

Infettivologia Virologia Statistica

Matematica Informatica

Modello di un possibile sistema di ‘Risposta Virtuale’ basato sul genotipo

Dati immessi

GENOTIPO RT 41L 210W 215Y

GENOTIPO PR 10I 63P 77I 90M

HIV RNA 4.3 log

CD4 330

Trattamento AZT, D4T+DDI+EFV

rIsposta attesa a x mesi

Regime 1 - 1.5 log

+126 CD4

Regime 2 - 1.3 log

+102 CD4

..….. ..…..

ELABORAZIONE

INPUT OUTPUTUtente remoto

Server

Dal genotipo alla rispostaFasi di sviluppo

Fase Stato

1 Scelta dei parametri necessari Completata

2 Raccolta e centralizzazione dati In corso

3 Set-up del software (interfaccia utente, raccolta input, generazione output) e allestimento web

In corso

Progetto Genotipo-Risposta

Parametri necessari per l’inserimento del record nel database

• Paziente ID

• Genotipo (SEQUENZA)

• HIV RNA

• CD4

• Terapie precedenti

• Terapia nuova

• HIV RNA a 3, 6, 12 mesi

• CD4 a 3, 6, 12 mesi

Ogni nuovo genotipo avvia un nuovo follow-up di 12 mesi

• Regime terapia

• Data inizio

• Data fine

• Causa fine

• Dati al baseline

• Dati pregressi

• Dati follow-up

Centri inclusi nel progetto (aprile 2003)

Alcuni centri della regione

Tutti i centri della regione

Dati di ~2500 pazienti attualmente disponibili

Progetto Genotipo-RispostaPartecipanti

Laboratori e Servizi di Virologia

Ancona, Pisa, Prato, Siena

Cliniche di Malattie Infettive

Toscana, Umbria, Marche, altri centri in Abruzzo, Veneto, Emilia, Lazio, Lombardia

Informa srl

Gestione hardware e software

Elaborazioni dati

GlaxoSmithKline

Unrestricted educational grant

ARCA (Antiretroviral Resistance Cohort Analysis)

www.hivarca.net

Archivio on-line per il reparto (andamento dei propri pazienti, informazioni globali sulla propria popolazione di pazienti)

Dati statistici pubblici sulla resistenza agli antiretrovirali Interpretazione del genotipo attraverso l’algoritmo

aggiornato di AntiRetroScan Supporto per studi sulla farmacoresistenza che

necessitano di una grande mole di dati (es. Progetto Genotipo-Risposta)

Centralizzazione dati per eventuale trasferimento su programmi internazionali pubblici relativi allo studio e al monitoraggio della farmacoresistenza agli antiretrovirali.

ARCA Proprietà dei dati e possibilità di analisi

Per ogni centro è designato un referente

La proprietà dei dati resta del singolo centro che li fornisce

Qualsiasi proposta di studio sui dati del database è sottoposta ai singoli centri e lo studio è effettuato sul sottoinsieme dei dati provenienti dai centri che approvano lo studio

Qualsiasi studio approvato che sia oggetto di pubblicazione deve riportare, assieme agli ideatori e autori dello studio, il Gruppo Collaborativo come autore

L’intento principale di ARCA è lo sviluppo di servizi ad accesso PUBBLICO via web

I servizi allestiti interrogano il database ma non possono essere prelevati i dati