38
GASTROINTESTINAL TESTING PRACTITIONER MANUAL

GUT Manual v1.2 - NutriPATHnutripath.com.au/.../2016/09/NPATH-GASTROINTESTINAL-Manual-v1.2.pdf · from traditional organic farming, or become super bug resistant. It is common practice

  • Upload
    others

  • View
    2

  • Download
    0

Embed Size (px)

Citation preview

Page 1: GUT Manual v1.2 - NutriPATHnutripath.com.au/.../2016/09/NPATH-GASTROINTESTINAL-Manual-v1.2.pdf · from traditional organic farming, or become super bug resistant. It is common practice

 

 

  

GASTROINTESTINAL TESTING  

 

 

PRACTITIONER MANUAL 

 

 

 

 

 

 

Page 2: GUT Manual v1.2 - NutriPATHnutripath.com.au/.../2016/09/NPATH-GASTROINTESTINAL-Manual-v1.2.pdf · from traditional organic farming, or become super bug resistant. It is common practice

  

 

 

 

 

 

NutriPATH Pty. Ltd. 

18a Harker Street, Burwood, VIC, 3125, Australia 

Phone:    1300 688 522 (Australia) 

    +613 9880 2900 (International) 

Fax:  +613 9880 2999 

Web:  www.nutripath.com.au 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

   

 

 

V1.2 

Page 3: GUT Manual v1.2 - NutriPATHnutripath.com.au/.../2016/09/NPATH-GASTROINTESTINAL-Manual-v1.2.pdf · from traditional organic farming, or become super bug resistant. It is common practice

3

 

 

Contents 

Health Starts in the Gut....................................................................................................................5

Assessments of GI Function ........................................................................................................5

Options in GI Testing ...................................................................................................................5

FOOD SENSITIVITIES .........................................................................................................................6

Tests for Food Sensitivies.................................................................................................................6

IgE.................................................................................................................................................6

IgG ................................................................................................................................................7

IgA ................................................................................................................................................7

IgG / IgE / IgA Allergy Panels ..................................................................................................8

Combination Panels..............................................................................................................13

ALCAT (Antigen Leukocyte Cellular Antibody Test)..................................................................14

ALCAT Food Cartridge Panels...............................................................................................15

ALCAT Additives, Environmental chemicals, Antibiotics & Moulds Panels ........................16

ALCAT Herbs Panels..............................................................................................................17

ALCAT Combination Panels ..................................................................................................18

Measuring Gut Health....................................................................................................................19

COMPREHENSIVE DIGESTIVE STOOL ANALYSIS (CDSA) ................................................................19

CDSA Panels...............................................................................................................................20

CDSA Levels Comparison Chart.................................................................................................21

INTERPRETATION GUIDELINES FOR CDSA ................................................................................23

 

 

 

 

 

Page 4: GUT Manual v1.2 - NutriPATHnutripath.com.au/.../2016/09/NPATH-GASTROINTESTINAL-Manual-v1.2.pdf · from traditional organic farming, or become super bug resistant. It is common practice

  

 

 

 

INDIVIDUAL GASTROINTESTINAL TESTS ........................................................................................28

Calprotectin ...............................................................................................................................28

Helicobacter pylori ....................................................................................................................28

M2 Pyruvate Kinase...................................................................................................................29

Pancreatic Elastase....................................................................................................................29

Transglutaminase ......................................................................................................................29

Clostridium difficile....................................................................................................................30

Gastrin........................................................................................................................................30

Faecal Occult Blood ...................................................................................................................30

Organic Acids ‐ Intestinal Dysbiosis ..........................................................................................31

LIVER DETOXIFICATION PROFILE...............................................................................................31

INTERPRETATIVE GUIDELINE FOR LIVER DETOX..................................................................32

Intestinal Permeability ..............................................................................................................35

Candida Antibodies ...................................................................................................................35

COELIAC PROFILES.....................................................................................................................36

HLA‐DQ TESTING and ‘Serologic Equivalent’.......................................................................36

Secretor Status ..........................................................................................................................38

Secretory IgA .............................................................................................................................38

Page 5: GUT Manual v1.2 - NutriPATHnutripath.com.au/.../2016/09/NPATH-GASTROINTESTINAL-Manual-v1.2.pdf · from traditional organic farming, or become super bug resistant. It is common practice

5

 

Health Starts in the Gut  

The  cornerstones  to  good  health  are  the  ability  to  digest  and  absorb  nutrients  from  food 

effectively. When  your  gut  function  is poor,  you  can  experience  symptoms  associated with 

digestive,  absorption, metabolic  and  excretion  disorders which  can  be  uncomfortable  and 

debilitating.  

The impact on general health and wellbeing can be detrimental if the gastrointestinal system is 

out of balance. 

 

Gastrointestinal (GI) health incorporates optimization of: 

Diet 

Digestion 

Absorption 

Metabolism 

Excretion 

Immune reserve 

Microbiota 

Eradication of gastrointestinal infections 

Liver function 

 

Assessments of GI Function  

Metabolic and functional assessments of GUT health allow the practitioner to determine the 

underlying cause of dysfunction throughout the entire gastrointestinal tract.  

The journey of food translating to energy as ATP starts in the food we eat.  

 

Options in GI Testing  

Diet ‐ You are what you Eat! 

Food allergies,  intolerances or  sensitivities are  the underlying cause of many disease  states, 

especially  irritable bowel  syndrome,  fatigue, constipation, diarrhoea,  skin conditions, weight 

gain, mouth ulcers, chronic tonsillitis and other chronic immune dysfunction conditions. 

Page 6: GUT Manual v1.2 - NutriPATHnutripath.com.au/.../2016/09/NPATH-GASTROINTESTINAL-Manual-v1.2.pdf · from traditional organic farming, or become super bug resistant. It is common practice

  

  

FOOD SENSITIVITIES 

Food  sensitivity,  or food  intolerance,  is  becoming  increasingly  prevalent  in  today’s  society 

predominantly as we eat foods that are adulterated; our agricultural processes are deviating 

from traditional organic farming, or become super bug resistant. It is common practice to hear 

of gluten or dairy intolerance or allergic to foods. 

Many people are unaware that they may be sensitive or allergic to one or more foods because 

their reactions are masked by other symptoms, or take some time to appear. 

 

Tests for Food Sensitivities 

IgE IgE antibodies are found primarily in mucous secretions. An IgE reaction occurs about the time 

immediately after exposure to the allergen; food or inhalant.  This type of reaction is referred 

to  as  a  Type  I  immediate  hypersensitivity  reaction.  In  serum  IgE  is  present  in  very  low 

concentrations and elevated  in atopic diseases such as allergic asthma, hay  fever and atopic 

dermatitis. IgE antibodies that are specific for the allergen bind onto immune cells called mast 

cells and basophils. The allergen  latches onto  the mast cell‐bound  IgE antibodies  in a cross‐

linking manner. This initiates the release of histamine and other inflammatory mediators from 

these cells.  The allergic IgE response is comprised of not only an immediate event but in many 

cases  a  late  event  as well.   The  early  phase  reaction  usually  occurs within  15 minutes  of 

exposure to the allergen.  The late phase reaction may then occur 4‐6 hours later and persist 

for days with increased oedema and inflammation. 

 

Allergy Panel ‐ IgE Asian Foods   96 Asian foods  3201 

Allergy Panel ‐ IgE General Foods   96 General (Western) foods  3202 

Allergy Panel ‐ IgE Inhalants   64 Inhalants  3203 

Allergy Panel ‐ IgE Vegetarian Foods   95 Vegetarian foods  3204 

 

 

 

Page 7: GUT Manual v1.2 - NutriPATHnutripath.com.au/.../2016/09/NPATH-GASTROINTESTINAL-Manual-v1.2.pdf · from traditional organic farming, or become super bug resistant. It is common practice

7

 

IgG Food  sensitivities can cause a wide  range of  symptoms and disorders. The  foods  that cause 

these delayed reactions are often hard to diagnose because of the time between consumption 

and the physical reaction. The IgG food allergy test offers a useful tool for detecting the foods 

causing  this  response.  The  results  are  patient  specific  and  provide  an  easy,  precise  and 

effective  starting point  for dietary manipulation. Representing approximately 75% of  serum 

immunoglobulins in humans, IgG is the most abundant antibody found in the circulation and is 

found  in all body  fluids.  IgG molecules are  synthesised and  secreted by plasma B  cells.  IgG 

antibodies are very important in fighting bacterial and viral infections. 

Allergy Panel ‐ IgG Asian Foods   96 Asian foods  3205 

Allergy Panel ‐ IgG General Foods   96 General (Western) foods  3206 

Allergy Panel ‐ IgG Herbs & Spices   48 Herbs & Spices  3207 

Allergy Panel ‐ IgG Inhalants   16 Inhalants  3208 

Allergy Panel ‐ IgG Vegetarian Foods   95 Vegetarian foods  3209 

 

 

IgA Immunoglobulin A (IgA) is an antibody that plays a critical role in mucosal immunity. More IgA 

is produced in mucosal linings than all other types of antibody combined; between three and 

five grams are secreted into the intestinal lumen each day. This accumulates up to 15% of the 

total immunoglobulin produced in the entire body. 

Allergy Panel ‐ IgA General Foods   96 General (Western) foods   3197 

Allergy Panel ‐ IgA Asian Foods   96 Asian foods  3198 

Allergy Panel ‐ IgA Inhalants   16 Inhalants  3199 

Allergy Panel ‐ IgA Vegetarian Foods   95 Vegetarian foods  3200 

 

 

 

Page 8: GUT Manual v1.2 - NutriPATHnutripath.com.au/.../2016/09/NPATH-GASTROINTESTINAL-Manual-v1.2.pdf · from traditional organic farming, or become super bug resistant. It is common practice

  

IgG / IgE / IgA Allergy Panels  

 96 GENERAL Food Panel   

Dairy*  Fruits  Grains/Legumes/Nuts 

Casein  Apple  Almond 

Cheese, Cheddar  Apricot  Amaranth 

Cheese, Cottage  Banana  Barley 

Cheese, Mozzarella  Blueberry  Bean, Kidney 

Milk  Cranberry  Bean, Lima 

Milk, Goat  Grape  Bean, Pinto 

Whey  Grapefruit  Bean, Soy 

Yogurt  Lemon  Bean, String 

*Bovine‐derived  Orange  Buckwheat 

unless specified  Papaya  Coconut 

Vegetables  Peach  Corn 

Avocado  Pear  Gliadin, Wheat 

Beet  Pineapple  Gluten, Wheat 

Broccoli  Plum  Hazelnut 

Cabbage  Raspberry  Lentil 

Carrot  Strawberry  Oat 

Cauliflower  Meat/Fowl  Pea, Green 

Celery  Beef  Peanut 

Cucumber  Chicken  Pecan 

Garlic  Egg White, Chicken  Rice, White 

Lettuce  Egg Whole, Duck  Rye 

Mushroom  Egg Yolk, Chicken  Sesame Seed 

Olive  Lamb  Spelt 

Onion  Pork  Sunflower Seed 

Pepper, Green Bell  Turkey  Walnut, English 

Potato, Sweet  Miscellaneous  Wheat, Whole 

Potato, White  Cocoa Bean  Fish/Crustacea/Mollusc 

Pumpkin  Coffee Bean  Clam 

Radish  Honey, Bee  Cod 

Spinach  Sugar Cane  Crab 

Squash, Zucchini  Yeast, Baker’s  Halibut 

Tomato  Yeast, Brewer’s  Lobster 

    Red Snapper 

    Salmon 

    Scallop 

    Shrimp 

    Sole 

    Tuna 

Page 9: GUT Manual v1.2 - NutriPATHnutripath.com.au/.../2016/09/NPATH-GASTROINTESTINAL-Manual-v1.2.pdf · from traditional organic farming, or become super bug resistant. It is common practice

9

 

 

 96 VEGETARIAN Food Panel     Dairy*  Fruits  Grains/Legumes/Nuts 

Casein  Apple  Almond 

Cheese, Cheddar  Apricot  Amaranth 

Cheese, Cottage  Banana  Barley 

Cheese, Mozzarella  Blueberry  Bean, Kidney 

Milk  Cantaloupe  Bean, Lima 

Milk, Goat  Cherry  Bean, Pinto 

Whey  Cranberry  Bean, Soy 

Yogurt  Grape  Bean, String 

*Bovine‐derived  Grapefruit  Buckwheat 

unless specified  Lemon  Cashew Nut 

Vegetables  Orange  Coconut 

Artichoke  Papaya  Corn 

Avocado  Peach  Flaxseed 

Bean Sprout  Pear  Gliadin, Wheat 

Bean, Navy  Pineapple  Gluten, Wheat 

Beet  Plum  Hazelnut 

Broccoli  Raspberry  Lentil 

Cabbage  Strawberry  Oat 

Carrot  Watermelon  Pea, Green 

Cauliflower  Miscellaneous  Peanut 

Celery  Cocoa Bean  Pecan 

Cucumber  Coffee Bean  Pistachio 

Eggplant  Honey, Bee  Rice, Brown 

Garlic  Pepper, Black  Rice, White 

Kamut  Pepper, Chilli  Rye 

Lettuce  Sugar Cane  Sesame Seed 

Millet  Yeast, Baker’s  Spelt 

Mushroom  Yeast, Brewer’s  Sunflower Seed 

Olive  Egg  Walnut, English 

Onion  Egg White, Chicken  Wheat, Whole 

Pepper, Green Bell  Egg Whole, Duck   

Potato, Sweet  Egg Yolk, Chicken   

Potato, White     

Pumpkin     

Quinoa     

Radish     

Spinach     

Squash, Zucchini     

Tomato     

Page 10: GUT Manual v1.2 - NutriPATHnutripath.com.au/.../2016/09/NPATH-GASTROINTESTINAL-Manual-v1.2.pdf · from traditional organic farming, or become super bug resistant. It is common practice

  

10 

 

 

 96 ASIAN Food Panel       

Dairy*  Fruits  Grains/Legumes/Nuts 

Casein  Apple  Almond 

Milk  Banana  Bean, Kidney 

Whey  Cantaloupe  Bean, Red 

Yogurt  Cherry  Bean, Soy 

*Bovine‐derived  Coconut  Cashew Nut 

unless specified  Grape  Corn 

Vegetables  Grapefruit  Gluten, Wheat 

Bamboo Shoot  Guava  Job’s Tears 

Bitter Gourd  Honeydew  Mung Bean 

Broccoli  Kiwi  Oat 

Cabbage  Lemon  Peanut 

Carrot  Lian Woo  Rice, White 

Cauliflower  Mango  Sesame Seed 

Celery  Orange  Sunflower Seed 

Cucumber  Papaya  Walnut, English 

Eggplant  Peach  Spices 

Garlic  Pineapple  Curry Powder 

Kelp  Strawberry  Ginger 

Leek  Watermelon  Mustard 

Lettuce  Meat/Fowl  Pepper, Black 

Mushroom  Beef  Pepper, Cayenne 

Olive  Chicken  Vanilla Bean 

Onion  Duck  Woo‐hsiang Powder 

Pepper, Green Bell  Egg Whole, Chicken  Fish/Seafood 

Potato, Sweet  Egg Whole, Duck  Abalone 

Potato, White  Goose  Clam 

Radish  Lamb  Cod 

Spinach  Pork  Crab 

Taro  Miscellaneous  Cuttlefish 

Tomato  Cocoa Bean  Lobster 

Vegetable Sponge  Coffee Bean  Oyster 

Water Spinach  Honey, Bee  Salmon 

  Tea, Woo‐long  Sea Bass 

  Yeast, Baker’s  Sea Perch 

  Yeast, Brewer’s  Shrimp 

    Tuna 

 

 

 

Page 11: GUT Manual v1.2 - NutriPATHnutripath.com.au/.../2016/09/NPATH-GASTROINTESTINAL-Manual-v1.2.pdf · from traditional organic farming, or become super bug resistant. It is common practice

11

 IgG / IgA ­ 16 Allergen INHALANTS 

Grass  Indoor  Moulds 

Bahia  Cat Dander  Alternaria tenuis 

Bermuda  Cockroach, German  Aspergillus fumigatus 

Brome, Smooth  Dog Dander  Cladosporium herbarum 

Johnson  Dust Mite Mix  Penicillium notatum 

Rye, Perennial  House Dust   

Sweet Vernal     

Timothy     

 

 IgE – 64 Indoor & Outdoor Allergen INHALANTS       Trees  Grass  Indoor 

Acacia  Bahia  Cat Dander 

Alder, White  Bermuda  Cockroach, German 

Ash, White  Brome, Smooth  Dog Dander 

Beech, American  Johnson  Dust Mite Mix 

Birch, White  Meadow Fescue  House Dust 

Box Elder  Rye, Perennial  Moulds 

California Pepper  Sweet Vernal  Alternaria tenuis 

Cedar, Mountain  Timothy  Aspergillus fumigatus 

Cottonwood mix  Weeds  Cladosporium herbarum 

Cypress, Arizona  Dog Fennel  Penicillium notatum 

Elm Mix  Firebush   

Eucalyptus  Iodine Bush   

Hazelnut, American  Lamb’s Quarters   

Hickory, White  Marsh Elder, Rough   

Maple, Red  Mugwort, Common   

Mesquite  Nettle   

Mulberry, Red  Pigweed, Rough   

Mulberry, White  Plantain, English   

Oak, Arizona  Poverty Weed   

Oak, Black  Rabbit Bush   

Oak, White  Ragweed, Short   

Palm, Queen  Russian Thistle   

Pecan  Sagebrush, Common   

Pine Mix  Saltbush, Annual   

Pine, White  Sorrel, Sheep   

Sweet Gum     

Sycamore, Eastern     

Sycamore, Western     

Walnut, Black     

Walnut, English     

Page 12: GUT Manual v1.2 - NutriPATHnutripath.com.au/.../2016/09/NPATH-GASTROINTESTINAL-Manual-v1.2.pdf · from traditional organic farming, or become super bug resistant. It is common practice

  

12 

 

 

 48 HERBS & SPICES Panel 

Spices  Herbs 

Allspice 

Basil 

Bay Leaf 

Cinnamon 

Clove 

Cumin Seed 

Curry Powder 

Dill 

Fennel 

Ginger 

Horseradish 

Marjoram 

Mustard 

Nutmeg 

Oregano 

Paprika 

Parsley 

Pepper, Black 

Pepper, Cayenne 

Peppermint 

Rosemary 

Sage 

Thyme 

Vanilla Bean 

Aloe Vera 

Ashwaganda 

Astragalus 

Bilberry 

Black Cohosh 

Chamomile 

Dandelion 

Dong Quai 

Echinacea 

Ginseng, Siberian 

Goldenseal 

Grape Seed 

Gymnema 

Licorice 

Milk Thistle 

Psyllium 

Rose Hip 

Saw Palmetto 

Spirulina 

St. John’s Wort 

Tea, Green 

Uva‐Ursi 

Valerian 

Wild Yam 

 

 

 

 

 

 

 

 

Page 13: GUT Manual v1.2 - NutriPATHnutripath.com.au/.../2016/09/NPATH-GASTROINTESTINAL-Manual-v1.2.pdf · from traditional organic farming, or become super bug resistant. It is common practice

13

 

Combination Panels Often, a patient may present with an IgG and an IgE response to a suspected offending food. 

For  example,  a  patient  exhibiting  signs  and  symptoms  of  bloating  and  gastrointestinal 

discomfort with  bread may  not  reflect  an  IgG  response  as  one would  expect,  bit may  be 

reflected in an IgE panel.  

It is therefore recommended to perform IgG and IgE testing together (cost effective option). 

 

Allergy Panel ‐ IgE & IgG Asian Foods   96 Asian foods  3210 

Allergy Panel ‐ IgE & IgG General Foods   96 General (Western) foods  3211 

Allergy Panel ‐ IgG & IgA General Foods  96 General (Western) foods  3217 

Allergy Panel ‐ IgG General or Asian Foods  

                           AND 15 Vegetables 

96 General (Western or Asian) foods, 15 Vegetables 

3213 

Allergy Panel ‐ IgG General or Asian Foods  

                           AND 16 Inhalants 

96 General (Western or Asian) foods, 16 Inhalants 

3214 

Allergy Panel ‐ IgE & IgG General Foods   

                           AND 64 IgE & IgG Inhalants 

96 General (Western or Asian) foods, 64 Inhalants 

3215 

 

A tissue transglutaminase (tTG) IgA and/or IgG test is used as part of an evaluation for certain 

autoimmune conditions, most notably celiac disease. Celiac disease blood tests measure the 

amount  of  particular  auto  antibodies  in  the  blood.    Tests  that  detect  the IgA class 

(immunoglobulin A) and IgG class (immunoglobulin G) of the auto antibodies are available, but 

the types that measure IgA are more specific and are used almost exclusively. 

 

Allergy Panel ‐ IgG General or Asian Foods 

(96 Foods) AND Coeliac Antibody Panel 

96 General (Western or Asian) foods 

AND Transglutaminase IgA, Gliadin 

IgG, Gliadin IgA 

3216 

 

 

Page 14: GUT Manual v1.2 - NutriPATHnutripath.com.au/.../2016/09/NPATH-GASTROINTESTINAL-Manual-v1.2.pdf · from traditional organic farming, or become super bug resistant. It is common practice

  

14 

 

ALCAT (Antigen Leukocyte Cellular Antibody Test) 

The ALCAT test is a simple blood test that can be used to identify food and other factors that 

induce  innate  immune system activation.  It measures changes  in size and volume of white 

blood cells in response to ex vivo challenges with foods, chemicals and other environmental 

stimuli.   The ALCAT test is not an allergy or IgE test.  

The advantage of the ALCAT  involves the  identification of specific foods that are triggering 

an inflammatory cascade. The identification of these specific foods works synergistically with 

the  thesis  that gut health  is one of  the primary and crucial organs  responsible  for chronic 

inflammatory states, whereby the aetiology of the vast majority of chronic inflammatory or 

autoimmune conditions can be traced back through a series of mechanisms to delayed food 

hypersensitivity via impaired intestinal permeability (so called ‘leaky gut’). 

A significant advantage of  this system  is  that it uses whole blood which contains all of  the 

immune factors, cells and serum proteins that might be involved in an adverse reaction to a 

foods,  chemicals  and moulds.  Regardless  of  the  pathways  that may  underlie  an  adverse 

reaction to an analyte, i.e. immune or non‐immune, the final common pathway may involve 

release of chemical mediators. These substances such as histamine and cytokines will alter 

the  activity  of  the white  blood  cells which  is  detectable  using  the  ALCAT®  technique.  In 

addition,  the ALCAT®  test will  theoretically  detect  changes  in  the  innate  immune  system 

(phagocytic white blood cells) and any cytotoxic effects of a tested analyte. 

 

ALCAT Intolerance Test ‐ 50 Foods            50 Foods                                                     (Select 1 x cartridge ‐ A, B, C or D) 

3301 

ALCAT Intolerance Test ‐ 100 Foods          100 Foods                                           (Select 2 x cartridges from A, B, C or D) 

3302 

ALCAT Intolerance Test ‐ 150 Foods          150 Foods                                                 (Select 3 x cartridges from A, B, C or D) 

3303 

ALCAT Intolerance Test ‐ 200 Foods          200 Foods (All 4 cartridges A, B, C & D)  3304 

 

 

 

 

Page 15: GUT Manual v1.2 - NutriPATHnutripath.com.au/.../2016/09/NPATH-GASTROINTESTINAL-Manual-v1.2.pdf · from traditional organic farming, or become super bug resistant. It is common practice

15

 

ALCAT Food Cartridge Panels A  variety  of  options  are  available  for  testing  foods  with  an  ALCAT  test.  Foods  that  are 

highlighted tend to be the most offending foods today. 

The practitioner has  the option of choosing  the most efficacious and cost effective panel  to 

suit the patient. 

 

Foods Cartridge A  Apple, Barley, Beef, Broccoli, Baker's Yeast, Banana, Black pepper, Brown/White rice, Butternut squash, Cabbage, Cantaloupe, Casein, Cane sugar, Carrot, Corn, Cow's milk, Cauliflower, Chicken, Cinnamon, Cocoa, Cottonseed, Egg white, Egg yolk, Fructose, Garlic, Gluten/Gliadin, Grape, Green pea, Lamb, Iceberg lettuce, Lemon, Mustard, Oat, Onion, Orange, Peanut, Pear, Pork, Shrimp, Soybean, Sweet potato, Tomato, Tuna, Turkey, Squash (yellow), Strawberry, String bean, Vanilla, Wheat, White potato. 

Foods Cartridge B  Almond, Asparagus, Avocado, Basil, Bell peppers (Capsicum), Blueberry, Brewer's Yeast,  Brussels sprouts, Candida albicans, Carob, Cashew, Celery, Cherry, Clam, Coconut, Codfish, Coffee, Crab, Cranberry, Cucumber, Eggplant, Ginger, Goat's milk, Grapefruit, Halibut, Honey, Hops, Lime, Lobster, Millet, Mushroom, Olive, Oregano, Parsley, Peach, Pecan, Pineapple, Pinto bean, Plum, Psyllium, Rye, Salmon, Scallop, Sesame, Snapper (red), Sole, Spinach, Tea, Watermelon, Whey. 

Foods Cartridge C  Amaranth, Apricot, Artichoke, Bay leaf, Black Beans, Blackberry, Black‐eyed pea, Buckwheat, Caraway, Cayenne pepper, Chickpea, Clove, Cumin, Date, Dill, Duck, Fig, Flaxseed, Haddock, Hazelnut, Honeydew melon, Kidney bean, Kiwi, Lentil bean, Lima bean, Malt, Mango, Navy bean, Nutmeg, Oyster, Papaya, Paprika, Peppermint, Pistachio, Pumpkin, Radish, Raspberry, Red Beet/Beet Sugar, Safflower, Sage, Sardine/Herring, Sea Bass, Sunflower, Tapioca, Thyme, Trout, Turnip, Veal, Walnut, Tilapia. 

Foods Cartridge D  Acorn Squash, Anchovy, Blackcurrant, Bok choy, Brazil nut, Buffalo, Canola Oil, Cardamom, Catfish, Chamomile, Chicken liver, Chilli pepper, Coriander, Endive, Fava bean, Fennel seed, Flounder, Jalapeno pepper, Kale, Kelp, Leaf lettuce, Leek, Licorice, Macadamia nut, Mackerel, Mahi Mahi, Maple sugar, Mung bean, Mussel, Nectarine, Okra, Parsnip, Pine nut, Pomegranate, Portobello mushroom, Quinoa, Romaine lettuce, Rosemary, Saffron, Scallions, Sorghum, Spelt, Squid, Swiss chard (Silverbeet), Swordfish, Turmeric, Venison, Wild rice, Watercress, Zucchini. 

 

 

Page 16: GUT Manual v1.2 - NutriPATHnutripath.com.au/.../2016/09/NPATH-GASTROINTESTINAL-Manual-v1.2.pdf · from traditional organic farming, or become super bug resistant. It is common practice

  

16 

 

ALCAT Additives, Environmental chemicals, Antibiotics & Moulds Panels  

 

ALCAT Intolerance Test ‐ CHEM20           

20 Food Additives / Chemicals                   (FSANZ code number) 

Yellow 5 (Tartrazine 102), Yellow 6 (110), Red 1, Red 40 (129), Blue 1 (132), Blue 2 (133), Green 3 (143), Sorbic acid (200), Benzoic acid (210), Sodium sulphite (221), Potassium nitrite (249), BHA (320), BHT (321), MSG (621), Polysorbate 80 (433), Aspartame (951), Saccharine (954), Sucralose (955), Xylitol (967), Erythritol (968) 

3305 

ALCAT Intolerance Test ‐ CHEM30           

20 Food Additives / Chemicals & 10 Environmental Chemicals 

20 Food Additives/Chemicals AND 10 Environmental Chemicals:                                                                                   Ammonium Chloride, Benzene, Chlorine, Glycophosphate, Fluoride, Formaldehyde, Deltamethrin, Orris Root, Phenol, Toluene 

3306 

ALCAT Intolerance Test ‐ CHEM50           

20 Food Additives / Chemicals, 10 Environ. Chemicals & 20 Antibiotics /Anti‐Inflammatories 

20 Food Additives and Food Chemicals, 10 Environ. Chemicals AND 20 Antibiotics/Antinflammatories:              Amoxicillin, Ampicillin, Acetaminophen, Naproxen, Cephalosporin, Gentamicin, Aspirin, Clinorol, Neomycin, Nystatin, Diflunisal, Ibuprofen, Penicillin, Streptomycin, Penicillamine, Piroxicam, Sulfamethoxazole, Tetracycline, Indocin, Voltaren 

3307 

ALCAT Intolerance Test ‐ Moulds             

20 Inhalants / common Moulds 

 

Alternaria, Aspergillus, Botrytis, Candida albican, Cephalosporium, Clado herbarum, Curvularia, Epicoccum nigrum, Fusarium oxysporum, Helminthosporium, Hormodendrum, Monilia sitophila, Mucor racemosus, Penicillium, Phoma herbarum, Pullularia, Rhizopus nigricans, Rhodotorula rubra, Spondylocladium, Trichoderma 

3308 

 

 

 

 

 

 

 

Page 17: GUT Manual v1.2 - NutriPATHnutripath.com.au/.../2016/09/NPATH-GASTROINTESTINAL-Manual-v1.2.pdf · from traditional organic farming, or become super bug resistant. It is common practice

17

 

ALCAT Herbs Panels  

ALCAT Intolerance Test ‐ Herbs General   

50 functional foods used in dietary supplements 

 

Acai Berry, Agave, Aloe Vera, Ashwagandha, Astragalus, Barley Grass, Bee Pollen, Bilberry, Black Walnut, Cascara, Chlorella, Dandelion, Echinacea, Elderberry, Essiac, Feverfew, Ginkgo Biloba, Goji Berry, Goldenseal, Grape Seed Ext., Guarana Seed, Gymnema, Hawthorn, Huperzine, Kava Kava, Lutein, Lo Han, Maitake, Mangosteen, Milk Thistle, Mullein, Noni Berry, Pau D'arco, Pine Bark, Red Clover Seed, Red Yeast, Reishi, Resveratrol, Rhodiola, Rooibos, Schizandra, Senna, Spirulina, Stevia Leaf, St Johns, Valerian, Vinpocetine, Wheatgrass, Wormwood, Yellow Dock 

3309 

ALCAT Intolerance Test ‐ Herbs Female   

50 functional foods used in dietary/herbal supplements for women 

 

Arnica, Black Cohosh, Blessed Thistle, Blue Cohosh, Boswellia, Buchu Leaf, Buplerum, Chaparral Root, Chasteberry, Cramp Bark, Dong Quai, Evening Primrose, False Unicorn, Fo‐Ti Root, Gotu Kola, Horse Chestnut, Horsetail, Irish Moss, Juniper Berry, Korean Ginseng, Lavender, Lemon Balm, Maca Root, Marshmallow Root, Mistletoe, Motherwort, Myrrh, Partridge Berry, Pennyroyal, Peony Root, Red Clover Flower, Red Raspberry Leaf, Rehmannia Root, Sarsaparilla, Siberian Ginseng, Skull Cap, Slippery Elm, Uva Ursi, White Willow Bark, Wild Yam Root, Nettle Leaf, Calendula, Alfalfa Leaf, Cat's Claw, Lobelia, Damiana, Yarrow, Yerbe Mate, Burdock, Butcher's Broom 

3310 

ALCAT Intolerance Test ‐ Herbs Male            

40 functional foods used in dietary/herbal supplements for men 

 

Alfalfa, American Ginseng, Burdock, Butcher's Broom, Calendula, Cat's Claw, Catuaba, Chaparral, Chondroitin, Cnidium Monnier, Damiana, Dong Quai, Fo‐Ti Root, Glucosamine, Gotu Kola, Horny Goat Weed, Juniper Berry, Korean Ginseng, Lobelia, Lycopene, Maca Root, Mistletoe, Mucuna pruriens, Muira puama, Myrrh, Nettle Leaf, Pumpkin Seed, Pygeum Bark, Rehmannia, Sarsaparilla, Saw Palmetto, Siberian Ginseng, Skull Cap, Stinging Nettle Root, Tribulus territories, Uva Ursi, Velvet Deer Antler, Yarrow, Yerbe Mate, Bohme Bark 

3311 

 

 

 

 

 

Page 18: GUT Manual v1.2 - NutriPATHnutripath.com.au/.../2016/09/NPATH-GASTROINTESTINAL-Manual-v1.2.pdf · from traditional organic farming, or become super bug resistant. It is common practice

  

18 

 

ALCAT Combination Panels  

ALCAT Intolerance Test, Paediatric Profile 

50 Foods AND 20 Food Additives/Chemicals  3312 

ALCAT Intolerance Test,  Comprehensive Profile 6 

100 Foods AND 20 Food Additives/Chemicals  3313 

ALCAT Intolerance Test,  Comprehensive Profile 5 

100 Foods, 20 Food Additives/Chemicals, 10 Environmental Chemicals AND 20 Inhalants/Moulds 

3314 

ALCAT Intolerance Test,  Comprehensive Profile 4 

150 Foods AND 20 Food Additives/Chemicals  3315 

ALCAT Intolerance Test,  Comprehensive Profile 3 

150 Foods, 20 Food Additives/Chemicals, 10 Environmental Chemicals AND 20 Inhalants/Moulds 

3316 

ALCAT Intolerance Test,  Comprehensive Profile 2 

200 Foods AND 20 Food Additives/Chemicals  3317 

ALCAT Intolerance Test,   Comprehensive Profile 1 

200 Foods, 20 Food Additives/Chemicals,                    10 Environ. chemicals AND 20 Inhalants/Moulds 

3318 

ALCAT Intolerance Test, Comprehensive Profile, Platinum 

200 Foods, 20 Food Additives/Chemicals,                      10 Environ. chemicals, 20 Moulds, 20 Antibiotics /           Anti‐Inflammatories AND 50 Herbs ‐ General 

3319 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Page 19: GUT Manual v1.2 - NutriPATHnutripath.com.au/.../2016/09/NPATH-GASTROINTESTINAL-Manual-v1.2.pdf · from traditional organic farming, or become super bug resistant. It is common practice

19

 Measuring Gut Health 

A healthy digestive  system absorbs  the  required nutrients  from  food and  rids  the body of 

waste and harmful substances. 

 

The microorganisms in your digestive system, such as bacteria, yeast and moulds make up a 

unique ecological environment. It is important for this environment to be balanced in order 

for the gut to function, process and absorb nutrients effectively.  

 

COMPREHENSIVE DIGESTIVE STOOL ANALYSIS (CDSA) 

The Comprehensive Digestive Stool Analysis  (CDSA)  is an advanced non‐invasive diagnostic 

tool  for assessing gastrointestinal  function. As  the CDSA combines a  large number of  tests 

that evaluate the function of the gastrointestinal tract, a comprehensive picture of a patients 

gut  health  can  be  obtained.  The  analysis  investigates digestion + metabolism + pancreatic 

function + the  balance  of  beneficial  bacteria + presence  of  pathological  bacteria, 

yeast and parasites. 

Seven different CDSA panels are available through NutriPATH which evaluate the  following 

areas of gastrointestinal function: 

Digestion & metabolism 

Pancreatic function 

Gluten sensitivity 

Inflammation –  Inflammatory Bowel Disease versus Irritable Bowel Syndrome 

H. pylori, Gastritis, peptic ulcers and gastric cancer markers 

Colorectal cancer markers 

Beneficial & potentially pathogenic bacteria 

Yeast & parasites 

 

 

 

Page 20: GUT Manual v1.2 - NutriPATHnutripath.com.au/.../2016/09/NPATH-GASTROINTESTINAL-Manual-v1.2.pdf · from traditional organic farming, or become super bug resistant. It is common practice

  

20 

 

CDSA Panels  

CDSA Level 1 Macroscopic & Microscopic Description, Beneficial & Bacteria, 

Yeasts, Parasites (visual detection) 

2003 

CDSA Level 2 

Macroscopic & Microscopic Description; Digestive, Absorption & 

Metabolic Markers; Beneficial & Other Bacteria; Yeasts; Parasites 

(visual detection) 

2004 

CDSA Level 3 

Macroscopic & Microscopic Description; Digestive, Absorption & 

Metabolic Markers; Beneficial & Other Bacteria; Yeasts; Parasites 

(visual detection) & Sensitivities 

2005 

CDSA Level 3+ 

Macroscopic & Microscopic Description; Digestive, Absorption & 

Metabolic Markers; Inflammation Markers; Tumour/Ulcer 

Markers; Beneficial & Other Bacteria; Yeasts; Parasites (visual 

detection) & Sensitivities 

2006 

CDSA Level 4 

 Macroscopic & Microscopic Description; Digestive, Absorption & 

Metabolic Markers; Beneficial & Other Bacteria; Yeasts; Parasites 

(visual & chemical EIA detection) & Sensitivities 

2007 

CDSA Level 4+ 

Macroscopic & Microscopic Description; Digestive, Absorption & 

Metabolic Markers; Inflammation Markers; Tumour/Ulcer 

Markers; Beneficial & Other Bacteria; Yeasts; Parasites (visual & 

chemical EIA detection) & Sensitivities 

2008 

CDSA Level 5 

Macroscopic & Microscopic Description; Beneficial & Other 

Bacteria; Yeasts; Parasites (visual & chemical EIA detection) & 

Sensitivities 

2009 

 

 

 

 

 

 

Page 21: GUT Manual v1.2 - NutriPATHnutripath.com.au/.../2016/09/NPATH-GASTROINTESTINAL-Manual-v1.2.pdf · from traditional organic farming, or become super bug resistant. It is common practice

21

CDSA Levels Comparison Chart 

 

MARKERS  CDSA 

Level 1 

CDSA 

Level 2 

CDSA 

Level 3 

CDSA 

Level 3+ 

CDSA 

Level 4 

CDSA 

Level 4+ 

CDSA 

Level 5 

MACROSCOPY Stool colour & form Mucous /  Blood 

             

MICROSCOPY RBC, WBC, Food remnants, Fat globules, Starch 

             

DIGESTIVE MARKERS Chemotropism SCFA, putrefactive Meat fibre Vegetable fibres Pancreatic elastase 1**  

             

ABSORPTION MARKERS Triglycerides (stool) Long chain fatty acids Cholesterol (stool) Phospholipids 

             

METABOLIC MARKERS Beneficial SCFAs, pH, Butyrate, Acetate, b‐Glucuronidase, Propionate 

             

INFLAMMATION MARKERS Transglutaminase IgA** Eosinophil Protein X Calprotectin ** 

             

TUMOUR/ULCER MARKERS M2 Pyruvate kinase** H. pylori antigen ** 

             

Beneficial BACTERIA Bifidobacteria, Lactobacilli E. coli, Enterococci Other: Klebsiella Pseudomonas Campylobacter Citrobacter Yersinia 

             

Page 22: GUT Manual v1.2 - NutriPATHnutripath.com.au/.../2016/09/NPATH-GASTROINTESTINAL-Manual-v1.2.pdf · from traditional organic farming, or become super bug resistant. It is common practice

  

22 

 

CDSA Comparison Chart (contd.)  

 

 

 

 

 

 

MARKERS  CDSA 

Level 1 

CDSA 

Level 2 

CDSA 

Level 3 

CDSA 

Level 3+ 

CDSA 

Level 4 

CDSA 

Level 4+ 

CDSA 

Level 5 

YEASTS / FUNGAL 

Candida albicans 

Other yeasts              

PARASITOLOGY 

Cryptosporidium  

Giardia lamblia  

Entamoeba histolytica 

Blastocystis hominis 

Other parasites 

             

Cryptosporidium EIA 

Giardia lamblia EIA 

Entamoeba EIA 

             

SENSITIVITIES 

Penicillin 

Ampicillin 

Erythromycin 

Tetracyline 

Sulphonamides 

Trimethoprim 

Ciprofloxacin 

Gentamycin 

Ticarcillin 

Tobramycin 

Augmentin 

Cephalexin 

             

Page 23: GUT Manual v1.2 - NutriPATHnutripath.com.au/.../2016/09/NPATH-GASTROINTESTINAL-Manual-v1.2.pdf · from traditional organic farming, or become super bug resistant. It is common practice

23

INTERPRETATION GUIDELINES FOR CDSA CDSA MARKER    INCREASED 

LEVELS DECREASED / 

NORMAL LEVELS 

MACROSCOPY       

Stool colour    Other colours may indicate abnormal GIT conditions. 

Brown is normal. 

 

Stool form  (See Bristol Stool chart)  Variations may indicate abnormal GIT conditions. 

Formed stool is normal.   

Mucous    May indicate presence of infection, inflammation or malignancy. 

 

Blood     May indicate possible GIT ulcer. INVESTIGATE or REFER. 

 

MICROSCOPY       

RBCs    May indicate presence of infection, inflammation or haemorrhage. 

 

WBCs    May indicate presence of infection or inflammation. 

 

Food remnants    May indicate maldigestion. 

 

Fat globules    May indicate fat maldigestion. 

 

Starch    May indicate carbohydrate maldigestion. 

 

DIGESTION       

Chymotrypsin      May indicate protein maldigestion due to pancreatic insufficiency. 

SCFAs, Putrefactive  Produced with anaerobic bacteria, ferment undigested protein. 

May indicate protein maldigestion. 

 

Meat fibres    May indicate maldigestion from gastric hypoacidity or diminished pancreatic output. 

 

Page 24: GUT Manual v1.2 - NutriPATHnutripath.com.au/.../2016/09/NPATH-GASTROINTESTINAL-Manual-v1.2.pdf · from traditional organic farming, or become super bug resistant. It is common practice

  

24 

Vegetable fibres    May indicate maldigestion from gastric hypoacidity or diminished pancreatic output. 

 

Pancreatic elastase ** 

Used to assess pancreatic exocrine function. Levels decline with age. 

Not affected by enzyme therapy.   

May indicate poor absorption; pancreatitis 

May indicate increased absorption; pancreatic insufficiency; hypochlorhydria 

ABSORPTION       

Triglycerides, stool    May indicate lipid maldigestion; hypochlorhydria; pancreatic insufficiency; bile salts insufficiency. 

 

Long chain fatty acids    May indicate inadequate lipid absorption. 

 

Cholesterol, stool    May indicate inadequate absorption.

 

Phospholipids    May indicate inadequate absorption.

 

METABOLISM       

SCFAs, Beneficial    May indicate bacterial overgrowth. 

May indicate inadequate normal bowel flora; lack of prebiotics and/or probiotics. 

Butyrate  Butyrate is a major metabolite in colonic lumen arising from bacterial fermentation of dietary fibre and is a mediator of the colonic inflammatory response. 

Predominant SCFA and preferred fuel for colonocytes. 

Associated with carbohydrate intolerance and diarrhoea. 

May indicate inadequate colonic function. 

May indicate constipation or increased risk of inflammatory bowel disease. 

‐Glucuronidase    May indicate poor Phase II detoxification processes. 

 

 

 

Page 25: GUT Manual v1.2 - NutriPATHnutripath.com.au/.../2016/09/NPATH-GASTROINTESTINAL-Manual-v1.2.pdf · from traditional organic farming, or become super bug resistant. It is common practice

25

pH  Imbalances will influence SCFA production.           Affected by gut biome.  

May indicate dysbiosis; low SCFAs, low prebiotics; slow transit time, constipation; hypochlorhydria 

May indicate dysbiosis; bacterial overgrowth, elevated SCFAs; carbohydrate maldigestion, pancreatic insufficiency; fast transit time, diarrhoea 

Acetate      May indicate inadequate colonic function. 

Propionate      May indicate inadequate colonic function. 

INFLAMMATION       

Transglutaminase IgA ** 

Tissue transglutaminase is the most specific test for Coeliac disease. 

May indicate gluten sensitivity.  Confirm with blood Transglutaminase IgA, Gliadin IgA & IgG [2002] and anti‐Endomysial antibodies.  

Coeliac tendency can be determined by HLA‐DQB1 molecular analysis [2019] or blood HLA‐DQ2 & HLA‐DQ8. 

 

Eosinophil protein X       

Calprotectin **  Protein in neutrophilic granulocytes and indicator of bowel inflammation. 

May indicate IBD, infection, inflammation. 

May indicate milk or multiple food allergies. 

May indicate IBS. 

TUMOUR / ULCER       

M2 Pyruvate kinase ** 

Key regulator of tumour metabolism. 

May identify GIT tumours.  

Investigate further. 

 

H. pylori antigen **    May identify H. pylori infection.  Confirm with urea breath test. 

 

** These markers can be ordered as separate individual tests 

 

 

 

 

Page 26: GUT Manual v1.2 - NutriPATHnutripath.com.au/.../2016/09/NPATH-GASTROINTESTINAL-Manual-v1.2.pdf · from traditional organic farming, or become super bug resistant. It is common practice

  

26 

 

BENEFICIAL BACTERIA  

Lactobacilli, Bifidobacteria, Enterococci and E coli are normally present  in  the healthy gut: 

Lactobacilli  and  Bifidobacteria,  in  particular,  are  essential  for  gut  health  because  they 

contribute to:  

1) the inhibition of gut pathogens and carcinogens.  

2) the control of intestinal pH,  

3) the reduction of cholesterol,  

4) the synthesis of vitamins and disaccharidase enzymes.  

 

OTHER BACTERIA  

Klebsiella, Pseudomonas, Campylobacter, Citrobacter, Yersinia  

Reduced  numbers  of  these  organisms  ‐  whether  caused  by  antibiotic  use,  chronic 

maldigestion  or  bacterial  overgrowth  –  leave  the  intestine  susceptible  to  colonization  by 

pathogens and production of carcinogens.  

 

YEASTS  

Candida albicans and other yeasts 

Fungal infections are detected and reported if present. 

 

PARASITES  

Cryptosporidium, Giardia lamblia, Entamoeba histolytica, Blastocystis hominis, other parasites  

 

ANTIBIOTIC SENSITIVITIES 

If  an  infection  is  present,  the  offending  organism  is  challenged  against  pharmaceutical 

antimicrobials. The antimicrobials tested are: 

Penicillin,  Ampicillin,  Erythromycin,  Tetracycline,  Sulphonamides,  Trimethoprim, 

Ciprofloxacin, Gentamycin, Ticarcillin, Tobramycin, Augmentin, Cephalexin. 

 

 

 

 

Page 27: GUT Manual v1.2 - NutriPATHnutripath.com.au/.../2016/09/NPATH-GASTROINTESTINAL-Manual-v1.2.pdf · from traditional organic farming, or become super bug resistant. It is common practice

27

 

PARASITOLOGY  

Parasitic  infections are measured  in stool  (visual) or by Elisa method  (EIA).   Elisa method of 

parasite testing is more definitive and involves collection of 3 stool samples on 3 consecutive 

days. 

Cryptosporidium ‐ Cryptosporidiosis is a type of gastroenteritis (gastro) caused by the 

parasite Cryptosporidium. Cryptosporidiosis occurs when the parasites are taken in by 

mouth through eating contaminated food and water or, more commonly, from person 

to person or animal to person. 

Giardia ‐ Giardiasis is a form of gastroenteritis caused by the parasite Giardia lamblia. 

It can lead to diarrhoea, fatigue and weight loss, although many people do not develop 

any symptoms at all. Giardiasis can be spread by contaminated drinking water.  

Entamoeba  histolytica  ‐  Entamoeba  histolytica  is  a  type  of  gastroenteritis.   Most 

infections are asymptomatic but occasionally  clinically  important  intestinal or extra‐

intestinal disease may result.   

 

Parasitology Profile 

(Faecal) – 3 day 

Cryptosporidium enzyme immunoassay EIA, Giardia lamblia EIA, Entamoeba histolytica EIA; Other parasites (visual detection) 

2015 

 

 

 

 

        

Page 28: GUT Manual v1.2 - NutriPATHnutripath.com.au/.../2016/09/NPATH-GASTROINTESTINAL-Manual-v1.2.pdf · from traditional organic farming, or become super bug resistant. It is common practice

  

28 

 INDIVIDUAL GASTROINTESTINAL TESTS 

 

Calprotectin Measurement  of faecal  calprotectin is  a biochemical test  for  intestinal  inflammation 

including inflammatory bowel disease. Under specific clinical scenario, the test may eliminate 

the need  for  invasive colonoscopy.   It  is resistant  to enzymatic degradation and can be easily 

measured in faeces. 

The  main  diseases  that  cause  an  increased  excretion  of  faecal  calprotectin  are infectious 

colitis, Crohn’s disease, ulcerative colitis and neoplasms (cancer). Levels of  faecal calprotectin 

are usually normal in patients with irritable bowel syndrome (IBS). 

 

Calprotectin (Faecal)  Calprotectin – inflammation marker (IBS vs IBD)  2001 

 

 

Helicobacter pylori Helicobacter  pylori  are  a  spiral‐shaped  bacterium  that colonizes  the  stomach  and  induces 

chronic gastritis, a  long‐lasting  inflammation of  the stomach.   It  infects well over 30% of  the 

world’s  population making  it  one  of  the most  common  bacterial  infections.  The  bacterium 

persists the stomach for decades in most people and most individuals infected by Helicobacter 

pylori will  never  experience  clinical  symptoms  despite  having  chronic  gastritis  (up  to  85%). 

Approximately 10–20% of those colonised by Helicobacter pylori will ultimately develop gastric 

and duodenal ulcers. Helicobacter pylori infection  is also associated with a 1–2%  lifetime risk 

of stomach cancer and a less than 1% risk of gastric MALT lymphoma. 

 

Helicobacter pylori 

Antigen (Faecal) 

Helicobacter pylori antigen  2010 

 

 

 

Page 29: GUT Manual v1.2 - NutriPATHnutripath.com.au/.../2016/09/NPATH-GASTROINTESTINAL-Manual-v1.2.pdf · from traditional organic farming, or become super bug resistant. It is common practice

29

 

 

M2 Pyruvate Kinase M2 Pyruvate Kinase (M2‐PK), as measured in faeces, is a tumour marker for colorectal cancer.  

Though  M2‐PK  can  be  elevated  in  many  tumour  types,  rather  than  being  an  organ‐

specific tumour marker,  increased  stool  (faecal)  levels  can be used as  an early detection of 

colorectal carcinomas. 

 

M2 Pyruvate Kinase (Faecal)  M2 Pyruvate Kinase (M2PK) – tumour marker  2012 

 

 

Pancreatic Elastase This  test  is  used  to  diagnose  certain  pancreas  disorders  related  to  not  producing  enough 

digestive enzymes and aid in diagnosis of the exocrine pancreatic function or insufficiency. 

 

Pancreatic Elastase 1 (Faecal)  Pancreatic Elastase 1 (PE1) – pancreatic insufficiency marker 

2014 

 

 

Transglutaminase Faecal anti‐tissue transglutaminase IgA antibodies indicate a reaction of the immune system to 

the tissue transglutaminase enzyme produced by the body when gluten is ingested, leading to 

an autoimmune reaction that may destroy the intestinal lining or other tissues in the body. 

 

Transglutaminase IgA (Faecal)  Transglutaminase IgA – gluten sensitivity marker 

2016 

 

 

 

Page 30: GUT Manual v1.2 - NutriPATHnutripath.com.au/.../2016/09/NPATH-GASTROINTESTINAL-Manual-v1.2.pdf · from traditional organic farming, or become super bug resistant. It is common practice

  

30 

 

 

Clostridium difficile Human infection with Clostridium difficile (CD) can take many forms. Some may have recurrent 

mild to moderate diarrhoea resembling Irritable Bowel Syndrome (IBS) and may not be at all 

concerned with  these  symptoms. Still other patients may have a condition  indistinguishable 

from colitis, with cramps, diarrhoea, urgency, mucus and variable amounts of blood. 

[NOTE: Can only be performed on loose stool specimen] 

Clostridium difficile Test               Clostridium difficile      2017 

 

 

Gastrin Gastrin is the main hormone that controls the release of acid in your stomach. When there is 

food in the stomach, gastrin is released into the blood. As the acid level rises in your stomach 

and intestines, your body normally makes less gastrin. 

 

Gastrin                                              Gastrin  2018 

 

 

Faecal Occult Blood Faecal occult blood can be a sign of a problem  in your digestive system, such as a growth, or 

polyp, or cancer in the colon or rectum. 

Blood may appear in conditions like: 

Benign (non‐cancerous) or malignant (cancerous) growths or polyps of the colon 

Haemorrhoids, anal fissures 

Intestinal infections that cause inflammation 

Ulcers, Ulcerative colitis, Crohn's disease 

Meckel’s diverticulum, Diverticular disease 

  

 

Faecal Occult Blood                       Faecal Occult Blood (chemical & immunological)  2020 

Page 31: GUT Manual v1.2 - NutriPATHnutripath.com.au/.../2016/09/NPATH-GASTROINTESTINAL-Manual-v1.2.pdf · from traditional organic farming, or become super bug resistant. It is common practice

31

 

 

Organic Acids ­ Intestinal Dysbiosis  The  testing  procedure  measures  the  overflow  or  build‐up  of  intermediate  organic  acid 

products in the urine, determining where ‘aberrations’ are occurring in metabolic pathways. 

Intestinal  dysbiosis markers measure microbial  growth  by  the  release  of  products  of  their 

metabolism that may be absorbed and excreted  in urine. Several organic acids are known to 

be  specific  products  of  bacterial metabolic  action  on  dietary  polyphenols  or  unassimilated 

amino acids or carbohydrates. Detection of abnormally elevated  levels of these products  is a 

useful diagnostic tool for patients with gastrointestinal or toxicological symptoms. 

 

Organic Acids ‐ Intestinal 

Dysbiosis Panel (Urinary) 

Indoleacetic Acid, Phenylacetic Acid, 

Dihydroxyphenylproionic Acid, Succinic Acid, 

Benzoic/Hippuric Acids ratio; Citramalic Acid, 

Arabinose, ‐ketoglutaric Acid, Tartaric Acid 

2013 

 

 

LIVER DETOXIFICATION PROFILE The process of detoxification  is one of  the chief  roles of  the  liver.  It works  to convert  lipid‐

soluble xenobiotics into water soluble substances that can be excreted from the body. It does 

this  via  a  two‐step  process  designated  phase  I  and  phase  II.  Specific measurements  of  the 

different  phases  of  liver  detoxification  including  phase  I  and  phase  II  (glycination, 

glucuronidation, sulphation and glutathionation) are obtained, guiding the design of effective 

and specific therapeutic strategies which can optimise liver function. When the function of the 

liver  is sub‐optimal,  toxins can build up and poison  the body. The  liver detoxification profile 

evaluates the ability of an  individual to process caffeine, aspirin  (salicylate) and paracetamol 

(acetaminophen) by assessing certain metabolites in salivary and urinary specimens. 

 

Liver Detoxification Profile  Phase I Detoxification: Caffeine Clearance; Phase II 

Detoxification: Measures of Glucuronidation, 

Glycination, Glutathionation & Sulphation 

4010 

 

 

Page 32: GUT Manual v1.2 - NutriPATHnutripath.com.au/.../2016/09/NPATH-GASTROINTESTINAL-Manual-v1.2.pdf · from traditional organic farming, or become super bug resistant. It is common practice

  

32 

 

INTERPRETATIVE GUIDELINE FOR LIVER DETOX   

PHASE I – Caffeine clearance 

Causes  Treatment Considerations 

HIGH Phase 1 

 

Increased exposure to 

toxins and production 

of free radicals. 

 

Exposure to P450 enzyme 

inducers: 

Drugs e.g. barbiturates, HRT, steroids, sulphonamides; 

Environmental pollutants e.g. exhaust fumes, paint fumes, dioxin and pesticides; 

Gut‐derived toxins from gut dysbiosis or leaky gut; 

Others: alcohol, Cruciferous vegetables, charcoal‐broiled foods, tobacco. 

 

Assess and remove exposure to any P450 inducing substances. 

Reduce exposure to environmental toxins. 

Assess and treat gut dysbiosis and/or intestinal permeability (IP). 

Antioxidant supplementation        e.g. acai, Se, vitamin C & E, Zn. 

Botanical liver support                    e.g. ellagic acid, green tea, silymarin, grapefruit juice. 

LOW Phase 1 

 

 

Reduced activity of P450 enzymes 

from exposure to pharmaceutical 

medications: 

Benzodiazepines 

Antihistamines 

Ketoconazole 

H2 blockers 

Green tea (catechins) 

Turmeric 

Vitamin B complex 

Bioflavonoids 

Amino acids ‐ glutathione, glycine, glutamine, cysteine 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Page 33: GUT Manual v1.2 - NutriPATHnutripath.com.au/.../2016/09/NPATH-GASTROINTESTINAL-Manual-v1.2.pdf · from traditional organic farming, or become super bug resistant. It is common practice

33

 

PHASE II  Causes  Treatment Considerations 

LOW Glucuronidation 

 

Reduced 

acetaminophen 

glucuronide recovery, 

impaired 

glucuronidation 

detoxification. 

 

Increased exposure to drugs and xenobiotics requiring glucuronidation 

    e.g. steroid hormones, 

oxazepam, carbamates, 

phenols, aniline. 

Genetic enzyme defect                    e.g. Gilbert’s disease. 

Medications, such as antibiotics, e.g. chloramphenicol, novobiocin. 

 

Nutritional and metabolic causes: 

Decreased energy production or reduced energy from dietary sources; 

Hypothyroidism; 

Insulin resistance;  Vitamin K excess 

 

Upregulation of other Phase II 

pathways. 

Discontinue medications which may affect glucuronidation. 

Reduce xenobiotic exposure.  High quality protein source.  Support mitochondrial function to help improve energy production 

    e.g. antioxidants, coQ10, 

magnesium, zinc, EFAs; aspartic 

acid, iron, L‐glutamine, niacin, 

vitamin B complex. 

Increase Cruciferous vegetable intake. 

Reduce enterohepatic               re‐circulation of toxins                     e.g. calcium D‐glucurate. 

Support other Phase II pathways. 

 

LOW Glycination 

 

Reduced salicyluric 

acid recovery, 

impaired glycination 

detoxification. 

 

Increased levels of drugs and xenobiotics requiring glycination   e.g. aspirin, benzoate, phenylacetic acid, aliphatic amines. 

Glycine and glycination cofactor deficiencies. 

Liver disease.  Genetic enzyme defect. 

L‐glycine supplementation. 

Supplement glycination cofactors,  e.g. cysteine, magnesium, vitamin B5, B6. 

Reduce benzoate exposure             e.g. sodium benzoate (211). 

Reduce xenobiotic exposure.  Reduce salicylate exposure from cosmetics, drugs and diet. 

 

HIGH Phase 2 pathways 

Use  adequate  cofactor  and nutrient  support  ‐  this will ensure  that  these molecules do not 

become depleted and liver detoxification does not become impaired. 

Phase 1: Phase 2 ratio ‐ Glycination  

These  two  ratios  reflect  the  relationship  between  Phase  1  and  these  two  conjugation 

pathways and will demonstrate whether the biochemical load from Phase 1 is high or low. 

Page 34: GUT Manual v1.2 - NutriPATHnutripath.com.au/.../2016/09/NPATH-GASTROINTESTINAL-Manual-v1.2.pdf · from traditional organic farming, or become super bug resistant. It is common practice

  

34 

 

PHASE II  Causes  Treatment Considerations 

LOW Glutathionation 

 

Reduced 

acetaminophen 

mercapturate 

recovery, impaired 

glutathionation 

detoxification. 

 

Increased exposure to drugs and xenobiotics requiring glutathionation   e.g. acetaminophen, penicillin, tetracycline, styrene, toxic metals, bacterial toxins. 

Increased oxidative stress.  Impairment of other Phase II pathways. 

Genetic enzyme defects. 

Enhanced bile production (increases mercapturate elimination via the bile). 

 

Assess and remove exposure to xenobiotics. 

Glutathione and glutathioine precursor and cofactor supplementation                     e.g. glutathione, L‐glycine,       L‐glutamine, L‐methionine,     N‐acetylcysteine. 

Vitamin B5, B6, B12. 

Botanical liver support supplementation, e.g. silymarin, artichoke, Cruciferous vegetables. 

Antioxidant supplementation e.g. vitamin C & E, Zn, Se. 

Support other Phase II pathways. 

LOW Sulphation 

 

Reduced 

acetaminophen 

sulphate recovery; 

impaired sulphation 

detoxification. 

 

Increased exposure to drugs and xenobiotics requiring sulphation e.g. minoxidil, terpines, amines, phenols. 

Increased oxidative stress.  Impaired sulphoxidase activity. 

Molybdenum or vitamin B6 excess (can inhibit sulphation). 

Liver disease.  Genetic enzyme defects. 

Upregulation of other Phase II pathways. 

Assess and remove exposure to xenobiotics. 

Sulphate precursors and cofactor supplementation – e.g. glutathione, L‐methionine, N‐acetylcysteine, Zn. 

Supplement inorganic sulphate (MSM) and/or Molybdenum if inadequate cysteine to sulphate conversion (sulphoxidase activity) is suspected. 

Reduce dietary phenols and amines. 

 

Phase 1:Phase 2 ratio ‐ Sulphation 

Demonstrates  the  relationship  between  Phase  1  and  the  sulphation  pathway  and 

demonstrates whether the biochemical load from Phase 1 is too high. 

Phase 1: Phase 2 ratio ‐ Glucuronide 

These  two  ratios  reflect  the  relationship  between  Phase  1  and  these  two  conjugation 

pathways and will demonstrate whether the biochemical load from Phase 1 is high or low. 

 

Page 35: GUT Manual v1.2 - NutriPATHnutripath.com.au/.../2016/09/NPATH-GASTROINTESTINAL-Manual-v1.2.pdf · from traditional organic farming, or become super bug resistant. It is common practice

35

 

Intestinal Permeability Changes  in  intestinal  permeability  are  associated  with many  health  conditions  including 

autism,  autoimmune  disorders,  food  sensitivities  and  inflammatory  bowel  disease.  This 

‘leaky gut’ causes disease because the perturbed intestinal barrier allows toxic molecules to 

enter the bloodstream and poison the body.  Intestinal permeability can be measured using 

the  lactulose/mannitol test. Furthermore, the  intestinal permeability test has been used to 

monitor  the  compliance  and  effectiveness  of  a  gluten‐free  diet  in  patients  with  Coeliac 

disease. In addition to assessing leaky gut, this test can also help diagnose malabsorption.   

The test works on the principle that small molecules (i.e. mannitol) are readily absorbed by 

the intestinal villi, whilst larger molecules such as disaccharides (i.e. lactulose) are not. These 

water  soluble  non‐metabolised  sugar molecules  after  penetrating  the  intestinal  tract  are 

excreted  into  the urine.   Under normal circumstances  the  ratio of  lactulose  to mannitol  in 

urine is low (i.e. lactulose is not absorbed), mannitol is absorbed.  When the structure of the 

intestinal  epithelium  is  jeopardised  (‘leaky  gut’  is  present),  the  large  sugar molecule  can 

permeate the mucosa and is recovered in the urine.  In this situation the level of lactulose is 

increased in the urine and therefore the ratio of lactulose to mannitol is high. 

 

Intestinal Permeability Test  Lactulose % recovery, Mannitol % recovery, Lactulose/Mannitol ratio 

2011 

 

Candida Antibodies A systemic candida  infection may cause a diverse set of symptoms.  Symptoms may  include 

poor concentration, premenstrual syndrome, fatigue, food sensitivities, irritable bowel, cystitis 

and, muscles  and  joint  aches.  Although  yeast  is  found  in  everyone’s  gastrointestinal  tract, 

problems arise when the ratio of friendly bacteria to harmful microorganism is disturbed.   

This  test measures  the  presence  of  both  anti‐candida  IgA  and  IgG  antibodies  in  a  salivary 

sample.  The levels of the antibodies detected indicate the state of the condition, i.e. whether 

there  is a current candida  infection (IgA) or whether there has been a past candida  infection 

(IgG). 

 

Candida Antibodies (Salivary)  Candida IgA & IgG Ab  3001 

Candida Antibodies/Antigen 

(Serum)       

Candida IgG, IgA, IgM, Candida Antigen  3002 

Page 36: GUT Manual v1.2 - NutriPATHnutripath.com.au/.../2016/09/NPATH-GASTROINTESTINAL-Manual-v1.2.pdf · from traditional organic farming, or become super bug resistant. It is common practice

  

36 

 

COELIAC PROFILES It  is one of  several blood  tests  that may be used  to help diagnose coeliac disease.  Tissue 

transglutaminase IgA and/or IgG test is used as part of an evaluation for certain autoimmune 

conditions, most notably coeliac disease. 

Tissue transglutaminase  is an enzyme that repairs damage  in the body. People with coeliac 

disease  often make  antibodies  that  attack  tissue  transglutaminase.  They  are  called  anti‐

tissue transglutaminase antibodies or  immunoglobin A  (IgA) antibodies. Therefore, a blood 

test that shows higher levels of anti‐tissue transglutaminase antibodies can give indication of 

possible coeliac disease or gluten sensitivity. 

The  test  detects  the  genes  (human  leukocyte  antigens  or  HLA)  that  control  the  immune 

system’s reaction to gluten.  There are several types of HLA genes within each person and it is 

HLA‐DQ that  is most useful  in the assessment of the probability that a person may be gluten 

sensitive.  The  reason  gene  testing  assesses probability  rather  than disease  itself  is because 

some  people have  the  genes  for  gluten  sensitivity  but  have  no  detectable  evidence of  the 

immune reaction to gluten or have no symptoms. 

 

Coeliac Profile  (serum)  Transglutaminase IgA , Gliadin IgG & Gliadin IgA  2002 

Gluten Sensitivity Genetic Test    HLA‐DQB1 Molecular Analysis  2019 

Gluten/Antigenic Food Sensitivity         

Faecal IgA to 4 Foods:  Gliadin, Casein, Ovalbumin and Soy 

2021 

Expanded Antigenic Food Sensitivity   

Faecal IgA to 11 Foods:  Almond, Beef, Cashew, Chicken, Corn,  Egg, Milk, Pork, Rice, Soy, Walnut 

2022 

Coeliac Antibody Panel    Transglutaminase IgA, Gliadin IgG & Gliadin IgA 3003 

 

HLA­DQ TESTING and ‘Serologic Equivalent’ Today HLA‐DQ gene testing is done by analysing DNA using molecular techniques. In the past, 

the methods were done by analysing blood cells for the antigens produced by the genes, and 

these past methods were responsible for the most commonly known nomenclature for HLA‐

DQ genes even today (using integers such as DQ2). These are called ‘serologic equivalents’ to 

the specifically analysed gene material.  

 

 

Page 37: GUT Manual v1.2 - NutriPATHnutripath.com.au/.../2016/09/NPATH-GASTROINTESTINAL-Manual-v1.2.pdf · from traditional organic farming, or become super bug resistant. It is common practice

37

 

If have one gluten sensitive gene then your offspring have a 50% chance of receiving the gene 

from  you and one of  your parents passed  it  to  you. Having  two gluten  sensitive or Coeliac 

genes means that both of your parents and all of your offspring will possess at least one copy 

of the gene. Having two copies also means there is an even stronger predisposition to gluten 

sensitivity  than having one gene, and the resultant  immunologic gluten sensitivity or Coeliac 

Disease may be more severe.  

Molecular type 

Serological equivalent 

Gene predisposition 

0201  DQ2, subtype DQ2  COELIAC   

0202  DQ2, subtype DQ2  Gluten sensitivity  Slight risk for coeliac 

0203  DQ2, subtype DQ2  Gluten sensitivity   Rare, little known regarding predisposition to coeliac 

0204  DQ2, subtype DQ2  Gluten sensitivity  Rare, little known regarding predisposition to coeliac 

0205  DQ2, subtype DQ2  Gluten sensitivity  Rare, little known regarding predisposition to coeliac 

0301  DQ3, subtype DQ7  Gluten sensitivity  Predisposed to Microscopic colitis 

Neurological manifestations often seen when coupled with DQ1 

0302  DQ3, subtype DQ8  COELIAC   

0303  DQ3, subtype DQ9  Gluten sensitivity   

0304 / 0319  DQ3, subtype DQ7  Gluten sensitivity   

0305 / 0310  DQ3, subtype DQ8     

0306  DQ3, subtype DQ3  Gluten sensitivity   

0307 / 0308 / 0309 / 0311 / 0312 / 0313 / 

0314 / 0315 / 0316 / 0317 / 0318 / 0320 / 0321 

No serological equivalents 

Gluten sensitivity   

04‐‐  DQ4, subtype DQ4    All DQ4 genes are considered low risk for gluten issues 

05‐‐  DQ1, subtype DQ5  Gluten sensitivity  All DQ1 genes carry high predisposition to neurological manifestations of gluten sensitivity 

06‐‐  DQ1, subtype DQ6  Gluten sensitivity  All DQ1 genes carry high predisposition to neurological manifestations of gluten sensitivity 

Page 38: GUT Manual v1.2 - NutriPATHnutripath.com.au/.../2016/09/NPATH-GASTROINTESTINAL-Manual-v1.2.pdf · from traditional organic farming, or become super bug resistant. It is common practice

  

38 

 

Secretor Status The term ‘secretor’ or ‘non‐secretor’ refers to the ability of an individual to secrete ABO blood 

group  antigens  in  bodily  fluids  such  as  saliva,  sweat,  tears,  serum  and  the  gastrointestinal 

mucus  secretions. The  function of ABO antigens  remain an enigma, however  it has  recently 

been  suggested  that blood  groups  and  secretor  status  are part of  innate  immunity  against 

infectious disease. Non‐secretors have an  increased risk  for urinary tract  infections, candida, 

autoimmune disorders and heart disease. 

A person who is a ‘secretor’ will secrete antigens according to their blood group, i.e. a group O 

individual  will  secrete  H  antigen,  a  group  A  individual  will  secrete  A  and  H  antigens  etc. 

Obviously a ‘non‐secretor’ or weak secretor will have no or little antigen present in their bodily 

fluids. 

 

Secretor Status (Salivary)  Secretor status – relative to blood type  3006 

 

 

Secretory IgA Secretory IgA (sIgA) is found in high concentrations in the secretions of the gastrointestinal, 

genitourinary and respiratory mucosal linings. The most recognised function of sIgA includes 

its  role  in  ‘immune  exclusion’  in  which  it  prevents  viruses,  bacteria  and  other  antigens 

adhering to and penetrating epithelial mucosa. SIgA may also inhibit inflammatory processes 

that  damage  the  mucosa  and  preliminary  evidence  suggests  that  it  may  play  a  role  in 

inducing  an  antigen  specific  immune  response by  a non‐inflammatory mechanism. A  sIgA 

deficiency may lower resistance to infection.  

 

Secretory IgA (Salivary)  Secretory IgA  3007