Guía de consulta rápida - ucc.edu.co Reaxys_Quick... · 3 Guía de consulta rápida Hay varias formas de iniciar su búsqueda (ver Figura 1). Ask Reaxys – Interpreta palabras

Guía de consulta rápida

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Contenidos

1. Página de consultas 3

2. Elaboración de consultas:

Reacciones 4

Sustancias 5

Química medicinal 7

Bibliografía 8

Propiedades 9

Productos naturales 10

3. Resultados:

Filtros 11

Vista de análisis 12

Mapa de calor 13

Planes de síntesis 14

4. Guardar, imprimir, exportar y enviar informes 15

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Hay varias formas de iniciar su búsqueda (ver Figura 1).

Ask Reaxys – Interpreta palabras clave de búsqueda escritas en lenguaje natural y arroja los resultados más relevantes.

Reactions – Seleccione Reactions para acceder a campos de datos tales como Yield, Solvent Reaction Details, Reagent/Catalyst y Reaction Type.

Substances, Names, Formulas – Seleccione Substances para acceder a campos de datos tales como Molecular Formula, CAS Registry Number y Chemical Name.

Medicinal Chemistry – Seleccione Medicinal Chemistry para acceder a campos de datos de búsqueda tales como Target Name, Substance Action on Target, Bioassay Category, Bioassay Animal Model, Cells/Cell Lines y Measurement pX.

Literature – Seleccione Literature para acceder a un formulario que contiene campos tales como Authors, Patent Number y Publication Year.

ReaxysTree – Seleccione ReaxysTree para buscar jerarquías de términos, particularmente aquellos relacionados con transformaciones químicas y propiedades de las sustancias. Esto ayuda a realizar conexiones entre aspectos químicos aparentemente dispares y facilita la recuperación de datos bibliográficos.

Physical – Seleccione Physical para acceder a campos de datos tales como Melting Point, Boiling Point y Refractive Index.

Spectra – Seleccione Spectra para acceder a campos de datos tales como NMR Spectroscopy, IR Spectroscopy y Mass Spectrometry.

Natural Product – Seleccione Natural Product para acceder a un formulario diseñado para recuperar información sobre productos naturales y su aislamiento.

Advanced – Seleccione Advanced y haga clic en Show Property List. Esto brinda acceso a la estructura de datos y permite realizar búsquedas bibliográficas y de datos detalladas, y búsquedas por palabra clave. Property List permite construir consultas desde definiciones de campo, buscar términos y operadores de datos.

Nota: la búsqueda de Reacciones, Sustancias, Química medicinal y las búsquedas avanzadas se pueden realizar con o sin una estructura química, que puede ser: dibujada utilizando Structure Editors creada desde el nombre o identificador para la estructura.

Figura 1.

Página de consultas


1. Página de consultas

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2. Elaboración de consultas: Reacciones

Función Comentario

Ask Reaxys Ingrese términos de búsqueda en lenguaje natural. Ejemplos: “síntesis de p-fenil nitrobenceno”, “acoplamiento de Suzuki”, “oxidación de fenoles de adler”

Cree una plantilla de estructura desde el nombre de la sustancia

Seleccione Reactions y haga clic en el vínculo rojo que se encuentra debajo del casillero Structure. Ingrese el nombre, número CAS u otro identificador del producto, reactivo o catalizador de interés en el campo de entrada (1) y haga clic en Submit.

Formularios de búsqueda

Seleccione Reactions y use el formulario Reaction Data que figura debajo del casillero estructura. Seleccione el rol del compuesto de interés (Product, Starting Material, Reagent/Catalyst o Any role). Complete los campos Product Name, Yield, Reaction, Type, etc.

Haga clic en Lookup para abrir el menú (2) con términos de búsqueda precisos de la taxonomía de Reaxys.Haga clic en Add/Remove debajo del formulario para abrir el menú y personalizar la forma de búsqueda (3).

Editores de estructuraSeleccione Reactions y haga clic en el botón Structure Editors en el casillero estructura y seleccione una de las opciones. Reaxys Help cuenta con más información sobre el uso de editores de estructura.

2. Menú de búsqueda para términos de búsqueda (en este ejemplo: solventes)

1. Campo de entrada para crear una estructura según un identificador químico

3. Menú para personalizar la forma de búsqueda de Reaction Data

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Función Comentario

Ask Reaxys Ingrese un nombre químico o número CAS. Ejemplos: “quinolona”, “91-22-5”

Cree una plantilla de estructura a partir del

nombre de la sustancia

Seleccione Substances y haga clic en el vínculo rojo que se encuentra debajo del casillero Structure Ingrese el nombre, número CAS u otro identificador del compuesto de interés en el campo de entrada (1) y haga clic en Submit.


Seleccione el tema de consulta de Substances y use el formulario de Identif ication que se encuentra debajo del casillero Structure. Complete los campos Reaxys Registry Number, CAS Registry, Number, Chemical Name, etc.

Seleccione el rol del compuesto de interés (Product, Starting material, Reagent/Catalyst o Any role).

Haga clic en Lookup para desplegar el menú (2) con términos de búsqueda precisos de la taxonomía de Reaxys.Haga clic en los campos Add/Remove que figuran debajo del formulario para abrir el menú para personalizar el formulario de búsqueda (3).

Editores de estructura Seleccione Substances y haga clic en el botón Structure Editors en el casillero estructura y seleccione una de las opciones. Reaxys Help cuenta con más información sobre el uso de editores de estructura.

2. Menú de búsqueda para términos de búsqueda (en este ejemplo: nombres químicos)

3. Menú para personalizar el formulario de búsqueda de Identifications

1. Campo de entrada para crear una estructura según un identificador químico

2. Elaboración de consultas: Sustancias

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Función Comentario

Creador de fórmulas

Para facilitar la creación de formulas inorgánicas u organometálicas, Reaxys incluye un creador de fórmulas según la tabla periódica (1).

Seleccione Substances y haga clic en Formula Builder.

Haga clic sobre un elemento y use flechas para agregar un rango para el recuento del elemento. Use las abreviaturas que se muestran para agregar grupos desde la tabla periódica y otras opciones que se muestran sobre el lado derecho (1).

1. Creador de fórmulas

2. Elaboración de consultas: Sustancias

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Función Comentario

Ask ReaxysIngrese términos de búsqueda para compuestos bioactivos, blancos o datos de bioactividad.

Ejemplos: “inhibidor 5-ht1a”, “canal de Na”, “inhibidor de CXCR4”, “Lupeol”


Seleccione Medicinal Chemistry y use el formulario Bioactivities.

Complete los campos Target Name, Substance Action on Target, Bioassay Category, etc.

Haga clic en Lookup para abrir el menú (1) con términos de búsqueda precisos de la taxonomía de Reaxys.

Haga clic en los campos Add/Remove que figuran debajo del formulario para abrir el menú y personalizar el formulario de búsqueda (2).

Editores de estructura Seleccione Medicinal Chemistry y haga clic en el vínculo Structure en la barra de herramientas inferior. Se abrirá el casillero estructura en la parte superior del formulario de búsqueda. Use el botón Structure Editors y seleccione una de las opciones. Reaxys Help cuenta con más información sobre el uso de editores de estructura.

2. Menú para personalizar el formulario de búsqueda de Bioactivities

1. Menú de búsqueda para términos de búsqueda (en este ejemplo: acciones de la sustancia sobre los blancos)

2. Elaboración de consultas: Química medicinal

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Función Comentario

Ask Reaxys Ingrese términos de búsqueda. Ejemplos: “publicaciones sobre cuasicristales”, “publicado por Schrock”, “Tetrahedron, 2014, 70, 2343”

ReaxysTree

Seleccione ReaxysTree (1). Abra las carpetas para encontrar un tema de interés o ingrese un término en el casillero de búsqueda, haga clic en Search y quite la marca de los casilleros correspondientes a temas que no desee. Haga clic en Search Literature.


Seleccione Bibliografía y luego use el formulario Bibliographic Data para ingresar consultas de Document Type, Authors, Journal Title y Publication Year. Haga clic en Lookup para abrir el menú (2) con términos de búsqueda precisos.

Haga clic en los campos Add/Remove que figuran debajo del formulario para abrir el menú y personalizar el formulario de búsqueda (3).

Agregar una estructura a la

consulta bibliográfica

Seleccione Literature y haga clic en el vínculo Structure en la barra de herramientas inferior. Se abrirá el casillero estructura en la parte superior del formulario de búsqueda. Use el botón Structure Editors y seleccione una de las opciones. En Reaxys Help encontrará más información.

3. Menú de búsqueda para personalizar el formulario Bibliographic Data

2. Menú de búsqueda para términos de búsqueda (en este ejemplo: palabras clave)

2. Elaboración de consultas: Bibliografía

1.Árbol de Reaxys

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Función Comentario

Ask Reaxys Ingrese términos de búsqueda para propiedades físicas. Ejemplos: “punto de ebullición del benceno”, “densidad de la quinoleína”.

Formularios de búsquedaSeleccione Physical o Spectra y luego use el formulario apropiado. Haga clic en Lookup para abrir el menú con términos de búsqueda precisos. Haga clic en los campos Add/Remove que se encuentran debajo del formulario para personalizar el tema de consulta.

Agregar una estructura a una consulta de Propiedades

Seleccione Physical o Spectra y haga clic en el vínculo Structure que se encuentra en la barra de herramientas inferior. Se abrirá el casillero estructura en la parte superior del tema de consulta. Use el botón Structure Editors y seleccione una de las opciones. Reaxys Help cuenta con más información sobre el uso de editores de estructura.

Búsquedas de fórmulas moleculares y aleaciones

Seleccione Substances. Haga clic en uno de los vínculos que figuran en la barra de herramientas al final de la página.

2. Formulario para crear búsquedas de aleacionesAlloy (2): Seleccione el tipo de porcentaje del menú desplegable Agregue elementos en las columnas de la izquierda. Tenga en cuenta que reconoce mayúsculas o minúsculas. Agregue porcentajes (o rangos) en las columnas de la derecha. Si es necesario, marque el casillero para acceder a Additional Components.

1. Creador de fórmulasMolecular Formula (1): Haga clic sobre un elemento y use flechas para agregar un rango para el recuento del elemento. Use las abreviaturas que se muestran para agregar grupos de la tabla periódica y otras opciones que se muestran sobre el lado derecho del Creador de fórmulas.

2. Elaboración de consultas: Propiedades

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Función Comentario

Ask Reaxys Ingrese términos de búsqueda para productos naturales. Ejemplos: “aislamiento de aceitunas”, “rmn de luteolina”, “patentes de luteolina”


Seleccione Natural Product. El campo Isolation from Natural Product acepta nombres de productos naturales.

Haga clic en Lookup para abrir el menú (1) con términos de búsqueda precisos.

El tema de consulta bibliográfica también puede ser muy útil para encontrar citas sobre productos naturales.

Para más información, consulte la sección de búsquedas bibliográficas en la pagina 6.

Agregar una estructura a la consulta sobre producto natural

Seleccione Natural Product y haga clic en el vínculo Structure en la barra de herramientas inferior. Se abrirá el casillero estructura en la parte superior del formulario de búsqueda.

Use el botón Structure Editors y seleccione una de las opciones. Reaxys Help cuenta con más información sobre el uso de editores de estructura.

2. Elaboración de consultas: Productos naturales

1. Menú de búsqueda para términos de búsqueda (en este ejemplo: productos naturales)

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Tarea Comentario

Filtrar resultados

Las categorías de filtro se muestran en el lado izquierdo de la página de resultados (1). Cuando abre una categoría se muestran todos los filtros dentro de la categoría. Se pueden aplicar varias categorías a una serie de resultados.

Algunos filtros tienen una pestaña by value o by group. Otros filtros tienen un vínculo More que permite agregar más detalles.

1. Categorías de filtro

3. Resultados: Filtros

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Tarea Comentario

Analizar resultados utilizando la Vista

de análisis

La Vista de análisis de Reaxys permite a los usuarios seleccionar criterios de análisis para obtener una perspectiva de las relaciones entre los resultados. Por ejemplo, permite una rápida visualización de individuos u organizaciones que trabajan activamente en un área particular de investigación, tipos de resultados de acuerdo al rendimiento, o revela los catalizadores o solventes de una clase de reacción en particular.El botón Open Analysis View al inicio de la lista de resultados (1) abre el panel de histogramas de análisis para dicha serie de resultados (2).

Seleccione una categoría para el Histograma A desde el menú desplegable. En el histograma aparecerá en rojo el número de resultados relevantes para el conjunto de resultados de dicha categoría.

Seleccione una categoría para el Histograma B desde el menú desplegable. En el histograma aparecerá en amarillo el número de resultados por categoría que son un subconjunto de la lista del Histograma A.

Se pueden evaluar las relaciones entre varias categorías.

Para limitar el conjunto de resultados de interés, haga clic en Limit to. Para eliminar resultados irrelevantes, haga clic en Exclude.

1. El botón para abrir la Vista de análisis se encuentra arriba de los resultados.

2. Histogramas de base de la Vista de análisis

3. Resultados: Vista de análisis

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Función Comentario

Analice las relaciones de afinidad entre los

compuestos y los blancos usando el

Mapa de calor

El Mapa de calor brinda una perspectiva clara de las relaciones entre los compuestos y sus blancos en términos de parámetros clave para permitir una identificación rápida de las interacciones más relevantes. La configuración de sus parámetros es flexible: a medida que los cambia se revelan nuevas relaciones entre los compuestos y los blancos proteicos o líneas celulares.

El botón Bioactivities que figura en la parte superior derecha de la lista de resultados abre el Mapa de calor (1). Se muestran las Sustancias en el eje Y y los Blancos en el eje X de manera predeterminada. Esto se puede modificar utilizando el menú desplegable que se encuentra debajo del ícono de Axis Values.

Haga clic en el ícono Structure para que se muestren las estructuras. Haga clic en el menú desplegable de cualquier estructura dada para obtener detalles sobre la sustancia y opciones de copia. Haga clic en la línea de encabezado de la columna para ajustar el ancho de la columna y ver las estructuras más grandes.

Haga clic en el ícono del Navigator para ver el mapa de datos. Haga clic dentro del mapa para pasar a diferentes datos dentro del conjunto de resultados.

Haga clic en el ícono Data Density para resaltar las columnas que contienen la mayor parte de los datos.

Haga clic en la flecha desplegable sobre una determinada columna para borrar y clasificar opciones.

Seleccione columnas haciendo clic en la línea de encabezado y luego use las opciones Limit to y Exclude para refinar el Mapa de calor. Los valores pX en Reaxys son valores normalizados para la afinidad entre compuestos y blancos calculada según puntos de datos experimentales para posibilitar datos de comparación entre diferentes fuentes y ensayos. Use los deslizadores de pX Value para limitar los resultados a un rango pX particular. El color de los deslizadores indica la afinidad, el azul representa la afinidad más baja y el rojo la afinidad más alta.

Excluya los datos que provienen de las bases de datos GVK Bio GoSTAR marcando Exclude GoSTAR data.

1. Mapa de calor (el Mapa de calor está disponible únicamente en Reaxys Medicinal Chemistry)

3. Resultados: Mapa de calor

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Función Comentario

Cree un plan de análisis retrosintético

Hay dos maneras de crear un plan de síntesis

A. Seleccione Synthesis Plans en la barra de navegación superior. Haga clic en New e ingrese una consulta de estructura o reacción para comenzar un plan (1).

B. Desde la pantalla de Results, elija el compuesto de interés desde la pestaña Reacciones, Sustancias o Citas y haga clic en el vínculo Synthesize (2).

Aparecerán en pantalla las tres opciones para crear una ruta sintética:

Manually – le permite seleccionar reacciones desde el botón de la página de Planes de síntesis. by AutoPlan – automáticamente crea hasta 10 rutas sintéticas según las opciones preseleccionadas. by AutoPlan (with options) – automáticamente crea hasta 10 planes según las opciones que fueron presentadas al usuario.

Para editar un plan de síntesis, haga clic en el vínculo Synthesize que figura debajo de cualquiera de las sustancias del plan (3). Aparecerán en pantalla las opciones Manually, by AutoPlan y by AutoPlan (with options) que funcionan como se describe anteriormente. Existe también la opción by Query que abre el formulario de consulta por estructura. Haga clic en el vínculo Add para agregar y comparar rutas alternativas y haga clic en Remove para borrar parte del plan. Haga clic en el vínculo Details en el plan para ver las condiciones de reacción.

Haga clic en Save para guardar el plan en un archivo de extensión .xml. Haga clic en Output para exportar el plan en varios formatos. Haga clic en el triángulo rojo para guardar el plan en la página de Informe.

3. Resultados: Planes de síntesis

2. Vínculo Synthesize que figura debajo de la estructura en el conjunto de resultados de Substances

1. Generando un nuevo Plan de síntesis

3. Vínculos Synthesize, Add y Remove, en el plan de síntesis.

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Para guardar una consulta – Haga clic en Save que se encuentra en el extremo superior derecho de la página de consulta.

Para guardar una lista de resultados – Haga clic en el botón History y haga clic en el vínculo Store que se encuentra en el lado derecho de la página (1).

Para imprimir la página actual – Haga clic en el ícono Print que se encuentra en el lado izquierdo de la barra de herramientas (2).

Para exportar resultados – Haga clic en el ícono Export (2). Seleccione el formato, rango y contenido que desea.

Para agregar datos al informe – Deslice el mouse sobre un resultado (estructura, punto de datos, sustancia, reacción, ruta de síntesis).

Haga clic en el triángulo rojo que aparece cerca (2). Seleccione una de las opciones que aparecen.

Para ver un informe – Haga clic en Report. Para ordenar los elementos usando los vínculos Show, Move up, Move down y Remove. Agregar texto usando el vínculo Annotate.

Para enviar un Informe por correo electrónico – Haga clic en el ícono Send en la página de Report y complete el formulario. El Report se enviará como adjunto .html comprimido.

4. Guardar, imprimir, exportar y enviar informes

1. El vínculo Store figura en la búsqueda

2. Los íconos Print y Export se encuentran en la parte superior de la lista de resultados. Se muestran las opciones para agregar datos al informe..

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