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Galaxy Workshop Tokyo 2016
公共Galaxyサーバーの活⽤
慶應義塾⼤学鈴⽊治夫
Galaxy Workshop Tokyo 20162
https://wiki.galaxyproject.org/PublicGalaxyServers
Galaxy Workshop Tokyo 20163
https://wiki.galaxyproject.org/PublicGalaxyServers
微⽣物（細菌・ウイルス）解析⽤のサーバー■ Orione (微⽣物NGS解析)
■ 微⽣物群集■ Huttenhower Lab (メタゲノミクス)■ MISSISSIPPI (メタゲノミクス)■ BioMaS (Bioinformatic analysis of Metagenomic AmpliconS)■ BISTRO (環境微⽣物群集の分類学的研究)■ MBAC Metabiome Portal (microbiome, metabolome, immunome
■ ウイルス■ VirAmp (ウイルス ゲノム アセンブリ)■ Center for Phage Technology (ファージのアノテーション)
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https://wiki.galaxyproject.org/PublicGalaxyServers#Orione微⽣物のNGSデータ解析
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https://wiki.galaxyproject.org/PublicGalaxyServers#Orione
Orione (微⽣物NGS解析) の機能
■ リードの前処理■ リードのマッピング
■ de novoアセンブリ■ Scaffolding
■ アノテーション
■ RNA-Seq■ メタゲノム解析、他
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http://www.pitagora-galaxy.org
Galaxy Workshop Tokyo 20167
http://wiki.pitagora-galaxy.org/wiki/index.php/Main_Page
Galaxy Workshop Tokyo 20168
http://wiki.pitagora-galaxy.org/wiki/index.php/Workflows
Galaxy Workshop Tokyo 20169
http://wiki.pitagora-galaxy.org/wiki/index.php/Workflows
Galaxy Workshop Tokyo 201610
http://wiki.pitagora-galaxy.org/wiki/index.php/Orione-live-supplement
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今後の計画
■ 外部サーバーのワークフローの説明を追加
■ ⽐較ゲノム⽤のワークフロー
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Q ＆ A
