73
Enzimek

Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

  • Upload
    others

  • View
    4

  • Download
    0

Embed Size (px)

Citation preview

Page 1: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

Enzimek

Page 2: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

Az enzimek katalitikus aktivitású fehérjék

Jellemzőik:bonyolult szerkezet,nagy molekulatömeg,kolloidális sajátságok,alakváltozás,polaritás.

Page 3: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

Az enzim lehet:csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim,

proteolitikus enzimek egy részekoenzim és fehérje (apoenzim)

szerves molekula fémion

apoenzim + koenzim holoenzim

Kofaktorok:Az enzimhez szorosan kapcsolódó fémion: Zn2+, Ca2+ (esetleg anion: Cl–)

Szerves molekula: NAD+, NADP+, FMN.

Page 4: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

KOENZIMEK

Oxido-reduktáz koenzimek

Nikotinsavamid-adenin-dinukleotid (NAD+) N H 2

H H

O C H 2

O H O H

H H

O

C N

C N

C

C N

C H H

H H

O H O H

H H

H

2 '

+

C

O C H 2

O

O H

P O P O

O

O H C

C H N

C

H C C O N H 2

H

N

mononukleotid adenozin

Page 5: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

Az oxidációs–redukciós folyamat

NADH+H+ + ½ O2 NAD+ + H2O ΔGº´ = −221,1 kJ/molNAD+/ NADH+H+ Eº’ = −0,32 V

(standard redoxipotenciál)

NAD+: lebontási és oxidációs folyamatokban,NADH+H+: szintézis és redukciós folyamatokban

vesz részt

Page 6: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

Flavin-mononukleotid; FMN és Flavin-adenin-dinukleotid; FAD

N

H

H O

H H

OHO H

CH2 O

H H

NH2

C H 2 O

OH

P O P O

O

OH

H H

O

H

NH

C

riboflavin

CC

C

CH3C

H3C CC

CN C

NC

N

HCH2C

OHCOHOH

C

O

N

C N

C

CN

C H

C

Szoros kapcsolódás az apoenzimhez = prosztetikuscsoport. NAD+, NADP+, FMN, FAD

Hidrogénátvétel a tápanyag-molekulától, szállítás a terminális oxidáció felé.

Page 7: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

Koenzim Q (Co-Q, ubikinon)

O

O

H 3 C O

H 3 C O

CH3

nH n = 5–10

O

O

O H

OH

+2H

-2H

+

+

kinon hidrokinon átalakulás

Page 8: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

Szerep: hidrogének átvitele a flavoproteinektől, elektronok továbbítása a citokrom rendszerbe.

Nincs fehérjerésze (apoenzimje).

Citokromok:

4 pirrolgyűrű + 4 CH = porfin.Szubsztituált származék = porfirinCitokrom a, b, c.Szerep: részvétel a terminális oxidáció és a

fotoszintézis elektrontranszport rendszerében.

Fe2+ Fe3+ox.red.

Page 9: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

Transzferáz (csoportátvivő) koenzimek

Koenzim-A (Co-A, CoA-SH)

HCH3

CH2

O

OHP O P O

O

OH

NH2

HH

OCH2

OH OP OHHOO

HH

O

CN

CN

CC

NCH

H N

OH

OCCC

CH 3 NH CH2 CH2 C

ONH CH2 CH2 SH

pantoténsav tioetanol-amin

koenzim-A (CoA)

Szerep: acetilcsoport átvitel

Page 10: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

Tiamin-pirofoszfát (TPP, tiamin, B1-vitamin)Szerep: acetaldehid átvitel

Biotin (H-vitamin)Szerep: karboxilcsoport átvitel

Folsav, tetrahidrofolsav (THF, B4-vitamin)2-NH2-4-OH-6-metil-pteridin + p-amino-benzoesav + GluSzerep: metil-, metilén-, formilcsoport szállítás

Page 11: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

Piridoxál-foszfát (B6-vitamin)Transzaminázok, dezaminázok, AS-dekarboxilázokkoenzimjeSzerep: −NH2-csoport transzport

Ciklikus-adenozin-monofoszfát (cAMP)Szerep: enzimműködés szabályozási mechanizmusa

Adenozin-trifoszfát (ATP)

Ciano-kobalamin (B12-vitamin)Szerep: metilcsoport áthelyezés

ribóz dezoxiribóz átalakulás

Page 12: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

Aszkorbinsav (C-vitamin)Oxido-reduktáz koenzim.Szerep: OH-csoport szállító (prolin hidroxilezése)

Hidroláz, liáz, izomeráz, ligáz koenzimek

Page 13: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

Fémionok szerepe az enzimműködésben

Aktiválják az enzimet – fehérje specifikusak

Fémionok az enzimmolekula részei (fémionspecifikusak)

Karboxipeptidáz (Zn2+) fehérjehidrolízis.Piruvát karboxidáz (Mn2+) cukorlebontás.β-amiláz (Ca2+) glikogénlebontás.

A fehérjék az α-aminosavakkal öttagú kelátokatképeznek.

Page 14: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

Enzimek befolyása a kémiai reakciókra

6·105szénsav anhidratáz

3·10−2–

CO2 + H2O HCO + H+

10548,3invertáz10−4109,2sósav

szacharóz glükóz + fruktóz

52,1ureáz

103,3sósavkarbamid 2 NH3+ CO2

8,4kataláz

50,4platina-korom

75,6–

H2O2 H2O + ½ O2

Sebess.állandó(sec–1)

Akt. energ.(kJ/mol)KatalizátorReakció

−3

Page 15: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

Enzimreakciók kinetikájaAz enzim:

az aktiválási energiát csökkenti,új reakció utat nyit meg.

E + S ES E + P

E = enzimS = szubsztrátP = termék

Az ES komplex keletkezésének sebessége:

v1 = k1 [E] · [S]

k3k1

k2

Page 16: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

A bomlás (termékképződés, k3; visszaalakulás, k2) sebessége:

v2 = (k2 + k3) · [ES]A termékképződés sebessége:

v3 = k3 · [ES] Stacionárius állapotban:

v1 = v2

k1 [E] · [S] = (k2 + k3) · [ES]

= = Km,

Km = Michaelis−Menten-állandóKm 10−3–10−7 mol/dm3 között

A komplex stabilitása nő

[ ] [ ]( ) [ ][ ]ES

SESE o −

1

32k

kk +

Page 17: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

Az enzimek hatása az aktivitási energiára

ΔE = Az ES komplexet stabilizáló energia.

ΔE* = Az átmeneti állapot energiacsökkenése.

Ea = A nem katalizált reakcióaktiválási energiája.

Ea* = A katalizált reakcióaktiválási energiája.

Page 18: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

A koncentrációk változása az enzimreakciók során

Page 19: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

A v reakciósebesség változása az [S] szubsztrát-koncentráció függvényében

Vmax = k3 · [ES]max = k3 · [Eo]

Page 20: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

Michaelis−Menten-egyenlet:

v = Vmax

Ha [S] << Km a reakció a szubsztrátra nézve elsőrendű.

Ha [S] >> Km a reakció sebessége a szubsztrátranézve nulladrendű.

Km = szubsztrátkoncentráció Vmax/2-nél.

[ ][ ]SK

Sm +

2

Vmax

Page 21: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

Az enzimreakciók sebességének kifejezéseKatal vagy kat

Kat = = 1 mol·sec–1

10–6 kat = mikrokatal10–9 kat = nanokatal10–12 kat = picokatal

Molekuláris aktivitásMA = mol · min–1 · mol fehérje–1

(1 molekula enzim által időegység alatt átalakított szubsztrátmolekulák száma)

secszubsztrátmol

Page 22: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

Molekuláris aktivitás

2Triptofán szintetáz

100Kimotripszin

1000Laktát dehidrogenáz

25000Acetil-kolin észteráz

600000Szénsav anhidráz

Maximális MAEnzim

Page 23: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

Az enzimreakciók sebességének hőmérséklet- (a) és pH- (b) függése

Page 24: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

Enzimek elnevezése, osztályozásaCsoport Hatás, illetve szubsztrát

Oxido-reduktázok oxidációs-redukciós reakciók>CH-OH-csoport>C=O-csoport>CH=CH-csoport>CH-NH2-csoport>CH-NH-csoportNADH+H+ és NADPH+H+

Transzferázok csoportok átviteleC1-csoport>CO- vagy CHO-csoportacilcsoportglikozilcsoportfoszfátcsoportkéntartalmú csoport

Page 25: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

Csoport Hatás, illetve szubsztrát

Hidrolázok hidrolitikus folyamatokészterekglikozidkötéspeptidkötésegyéb C−N-kötéssavanhidridek

Liázok szubsztitúció kettős kötésre>C=C-csoporthoz>C=O-csoporthoz>C=N-csoporthoz

Izomerázok izomerizációs reakciókracemizációs reakciók

Ligázok kötésképzés ATP-energia rovásárakötéstípus: C−O, C−N,

C−S, C−C.

Page 26: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

Az enzimreakciók mechanizmusára kidolgozott elképzelések

Kulcs–zár-teória (Emil Fisher; 1890)

Indukált illeszkedés (Koshland, 1920)

Fluktuációs modell (Straub és Szabolcsi, ~1930)

Aktív centrum = kötőhely + katalitikus hely

Page 27: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

Kulcs–zár-teória (E. Fisher)Az enzimmolekula felületi szakaszába a szubsztrát

úgy illik, mint kulcs a zárba.

Indukált illeszkedés (Koshland)Másodlagos kötőerőkkel (~ 50 kJ/mol)

(kovalens kötés: 100–200 kJ/mol)

Fluktuációs modellSzabad enzimmel: Relaxált (laza)ES-komplexben kötött: Tense (feszített)

Page 28: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

Az enzim és szubsztrát kölcsönhatás

a.) Kulcs-zár-elmélet, merev illeszkedés;

b.) a szubsztrát inaktív hely konformációjának kialakulása (induced fit);

c.) a szubsztrát az enzimmolekulák közül csak a megfelelőkonfigurációjú alakkal reagál (fluktuációs fit).

Page 29: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

A szerkezet és a működés kapcsolata a biokatalízisben

Az aktív centrum szerepe:

Az aktív centrum:kötőhely milyen szubsztráttal reagál

koenzim (kofaktorok) kapcsolódásakatalitikus hely milyen reakciót katalizál

Az enzimmolekula csak kis részét foglalja el.

Page 30: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

Háromdimenziós szerkezetű– Egymástól távoli részek közel kerülhetnek.– Kölcsönhatások új tulajdonságokat alakíthatnak

ki (Ser nukleofillé, reakcióképessé válik, Glukaroxilcsoportja semlegessé válhat).

Az enzimmolekula és a szubsztrát közötti kapcsolatkulcs–zár indukált illeszkedésfluktuációs kapcsolat

Page 31: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

A szerin-proteinázok szerkezetének hasonlósága.A térszerkezet tekintetében különböző szakaszokat a fekete

vonalak jelzik. a.) kimotripszin, b.) elasztáz

Page 32: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

R1

CH CO

R2

CH N H H 2OR1

CH COOH +

R2

CHH 2N +

Proteolízis

Észterolízis

R1 C O O R2 H 2O R 1 COOH H O R2+ +

A két reakciót általános alakban a következőképpen írhatjuk:

R C O

X H 2O R CO

OH HX + +

Page 33: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

Reakció a kimotripszin és a p-nitro-fenilacetát (pNA) között

O C CH 3O

+ enzim OH enzim

C CH 3O

H 2 O enzimO

CO

CH3 H + + + +

N O2p-nitro-fenil-acetát p-nitro-fenol

acetátNO2

neutrális közegben sárga

+

Page 34: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

A pNA két lépésben válik termékké

E + S ES EEP2

P1 P2

gyors lassú

P1 = az alkohol-, (peptidek esetében az amid) rész,P2 = a szubsztrát savrésze, EP2 = az acil−enzim intermedier.

Page 35: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

A katalitikus funkcióra való alkalmassá válás mechanizmusa

A s p CO

O H N C

N

CH C

H O Ser

H

195

His 57

A sp C O

O H

H C C

NC

N O SerH

H

195

His 57

––

102 102

Page 36: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

Az oldalláncok kölcsönhatása a szerin-proteinázokaktív centrumában.

A töltésrelé rendszer két oldalról is (Asp-102 és His-57, illetve Asp-194 és Ile-16) biztosítja, hogy a Ser-195 oxigénje

nukleofil tulajdonságú lehessen.

Page 37: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

Hidrogénkötés hálózat: A negatív Asp-102 a His-57 imidazolja segítségével protont von el a Ser-195-től a hidroxil oxigén nukleofillé válik támadhatja az észter- vagy peptidkötést. (A másik oldalról segít az Asp-194 és az Ile-16)

Az enzim és a szubsztrát közti kötés:legtöbbször 12–50 kJ·mol–1

néha kovalens kapcsolat (200–450 kJ·mol–1)(ES komplex izolálható)

Aktív centrum a felszín alatti mélyedésben.A poláros környezet segíti a szubsztrát meg-kötődését.

Page 38: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

A katalízis mechanizmusa

A szerin-proteinázok működéseA proteinázok hidrolitikus reakciókat katalizálnak, peptid- vagy észterkötéseket hasítanak.A reakció mechanizmusa tanulmányozható a kimotripszin és a p-nitro-fenil-acetát között.A Ser-195 alkalmassá válása a reakció katalizálá-sára. (A szomszédos aminosavak kémiai módosí-tása folytán.)

Minden szerin-proteinázban megvan a töltés-vándorlást elősegítő csoport.

A cisztein-proteinázokban is azonos a mechanizmus (nukleofil atom a kén).

Page 39: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

A szerin-proteinázok működésének mechanizmusa.Im: His-57 imidazolgyűrűje; TI és TI': tetraéderes intermedie-

rek; P: távozó csoport, P': acilcsoport.(E)

(S)

(ES)

(P')

(EP')

(TI')

(P)(ES')

(TI)

Im

H

O

O

C R

HR'N ImH

+

OCO R

R' HN

ImO-

O

H

C R

NR' H+Im

OO C R

R' NH2

Im

O

H

C

NR' H+

O

H

C

NR' H+

ImH+

O

O C R

OH

OC R

OH

ImOC ROH

H H

-O

H2O

deacilálás acilálás

+

--

Page 40: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

A hasítás mechanizmusának összefoglalása:Ser-195 nukleofil oxigénje támadja a szubsztrátelektrofil =C=O csoportját. (1)Tetraéderes acil−enzim-komplex, előmozdítja a protonelvonást. (2)A His-57 protont ad a peptidkötésnek kötés felszakad, aminrész a His-57-hez kapcsolódik. (3)Az aminrész a His-57-ről leszakad P1eldiffundál, helyét egy H2O foglalja el. (4)Töltésvándorlás H+-t von el a víztől OH− a Ser-195-höz kapcsolódó =C=O csoportot támadja. (5)Tetraéderes intermedier (lehetővé teszi a P2 acil-csoport eltávolítását). (6)P2 eldiffundál enzim eredeti állapotba kerül. (7)

Page 41: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

A szerin-proteinázok és a szubsztrát kötőhely felépítése

Kimotripszin: aromás oldalláncok karboxiljátPepszin: aromás oldallánc aminocsoportjátTripszin: bázikus oldalláncok karboxiljátElasztáz: csak kisméretű oldalláncok karboxilját

hasítják legnagyobb sebességgel.

A proteináz specificitását a kötőhely és a szubsztrát-zseb szerkezete határozza meg.

Pl. tripszin: nagyméretű szubsztrátzseb negatív töltésű aszparaginsavval a pozitív töltésűaminosav-oldalláncok −COOH csoportját hasítja legnagyobb sebességgel.

Page 42: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

A szerin-proteinázok szubsztrátkötő helyének felépítése.Az enzimek szubsztrátspecificitását a szubsztrátkötő zsebben lévő

oldalláncok méretei és tulajdonságai szabják meg.

Lizil-

CO O-

CH2

OHCH2

CHNH

H

H

Gly 216

Gly 226

Asp 189

His-57Ser-195

Tirozil-

OHCH2

CHNH

H

H

Gly 216

Gly 226

Ser 189

His-57Ser-195

OHCH2

OH

NHCH

CH2

CO

CHC

HC

C

CHCH

Alanil-oldallánc

OHCH2

CHNH

Val 216

Thr 226

Ser 189

His-57Ser-195

OH

CH2

NHCH

CH3

CO

CH3 CHCH3

CH3CH

OH

OC

+NH3

CH2

CH2

CH2

CH2

CHNH

a.) tripszin b.) kimotripszin c.) elasztáz

Page 43: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

A karboxipeptidáz működése

Exopeptidáz: a C-terminális aminosavakat hasítja.Karboxipeptidáz A: nagyméretű aromás,Karboxipeptidáz B: bázikus aminosavakat hasítja.

Aktív centrum:Zn; His-69, His-196, Glu-72

Page 44: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

A glicil-tirozin bontásának mechanizmusa1. Szubsztrát –COOH Arg-145 pozitív töltésű

oldallánca.2. Szubsztrát tirozil-része a zsebszerű mélyedésben.3. Az NH-csoport hidrogénkötést létesít a Tyr-248

OH-csoportjával.4. A >C=O-csoport oxigénje koordinációs kötésbe

lép a cinkkel.5. A szubsztrát terminális NH-csoportja víz

Glu-270. –COOH-csoportjával.6. Az enzim Tyr-248 OH-ja protont ad a hasítandó

peptidkötésnek.7. A Glu-270 támadja a szubsztrát karbonilcsoportját

anhidrid-szerű kapcsolat.8. Az anhidrid hidrolizál.

Page 45: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

A cink szerepe:

Zn hatására a peptidkötés C=O-csoportjapolarizálódik; elektrofilebb lesz érzékennyéválik a nukleofil támadásra.(A Glu-270 szintén besegít.)

Csak a szabad C-terminális felől megy a reakció(kötés az Arg-145-tel).

Page 46: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

A karboxipeptidáz működésének mechanizmusa glicil-tirozin hidrolízise alapján.

A szubsztrát kötéseit vastagabb vonalak jelölik.

OH

Glu 270

His 196

Glu 72 Arg + 145Tyr 248

His 69 Zn

OH

Glu 270

His 196

Glu 72Arg+ 145

Tyr 248

His 69Zn

OO

C

OCNH H O

CO2HCCH2

H2CH

HN

-

-

-

-

a.) b.)

H 2 N

C

H2 O

O O

O

CH2

CNH HO

CO2HCCH2

Page 47: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

A karboxipeptidáz működésének mechanizmusa glicil-tirozin hidrolízise alapján.

(folyt.)A szubsztrát kötéseit vastagabb vonalak jelölik.

OH

Glu 270

His 196

Glu 72Arg+ 145

Tyr 248

His 69Zn

OOC

CO

C NH2

CO HCCH2

OH OH2

HH

OH

Glu 270

His 196

Glu 72 Arg+ 145

Tyr 248

His 69 Zn

H 2 O O

O C N

HH

-

- --

c.) d .)

H2

HNO

C

CNH H O

CO2HCCH2

2

Page 48: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

Fémionok – enzimműködés

Szinergizmus = hatás erősítése Antagonizmus = hatás csökkentése

Piruvát-kináz Mg2+ Ca2+

Zn2+ Cd2+

I

Page 49: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

A karboxipeptidáz A enzim térbeli lefutása(egy polipeptidlánc, 307 As)

Page 50: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

A lizozim működése

Glikozidbontó, a mureint hidrolizálja.(NAG: N-acetil-glükózamin)(NAM: N-acetil-muraminsav)

Aktív centrum: Asp-52, Glu-35; hidrogéndonorok és akceptorok.

Hat vagy több monoszacharidból álló részt hidrolizála 4. és 5. cukorrész között.

A 4. cukor csak torzulva fér el az aktív centrumban.

Page 51: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

A katalízis mechanizmusa:

1. A Glu-35 H+-t ad a C1-atomnak a kötés hasad.

2. A 4. cukor karbóniumionná (+) alakul.

3. 5.–6. cukorrész leszakad és eldiffundál.

4. Karbóniumion + OH− 1–4 tetraszacharideldiffundál.

5. Glu-35 protonálódik kész újabb glikozid-kötés hasítására.

(6. Asp-52: segíti a karbóniumalak stabilitását negatív töltésével).

Page 52: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

Az enzim-szubsztrát komplex szerkezete a lizozim működése során.

A szubsztrát az aktív centrummal kialakult árokban helyezkedik el; hasítása a D és E részek között történik az itt lévő glikozidkötés szomszédságában

elhelyezkedő Asp-52 és Glu-35 oldalláncok közreműködésével

Page 53: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

Enzimműködés és molekulaméret

Enzim egy polipeptidláncból.

Több polipeptidláncból:

Homooligomerek: azonos szerkezet, azonos funkció.

Heterooligomerek: azonos funkció, eltérőszerkezet (izoenzimek).

Struktúrához (membránhoz) kötött enzimek;nem fehérjével alkotott molekuláris komplexek.

Eltérő funkciójú polipeptidláncok: (katalitikus és regulációs alegység).

Page 54: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

Enzimkomplexek: többféle funkciójú enzim kapcsolódása egy folyamatsor katalízisére.

(Piruvát dehidrogenáz komplex:24 molekula piruvát dehidrogenáz + 1 molekula 24 alegységből álló dihidrolipoil

transzacetiláz +12 molekula dihidrolipoil dehidrogenáz).

Multifunkcionális fehérjék: az elkülönült láncszakaszfunkcióképes, önálló enzim.

Page 55: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

Az enzimműködés szabályozása

A molekuláris szintű szabályozás feltételei:

A fehérje szerkezete megváltozzék. A szabályozó anyagok nem szubsztrátok és nem koenzimek.Az enzimnek legalább két extrém konformációs (aktív–inaktív) alakja van.

Aktív inaktívvá, inaktív aktívvá alakulhat.

Az enzim működésének be- és kikapcsolása:Allosztérikus szabályozás: szábályozó anyag laza

kölcsönhatása az enzimmel.Posztszintetikus kémiai módosításon keresztül

(kémiai kötések is megváltoznak).

Page 56: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

Szabályozás kooperáció útján – allosztérikusenzimek

Effektor más helyen kapcsolódik, mint a szubsztrátmás hely hatás.

Enzim: páros számú polipeptidlánc 1-1 aktív centrummal (Szimmetrikus szerkezet).

Két konformációs állapot:R laza: nagy az affinitása a szubsztráthoz.T feszített: kicsi az affinitása a szubsztráthoz.

Mindkét alegység csak egyféle konformációban lehet: RR vagy TT.

Page 57: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

A szubsztrát a T alakhoz nem kötődhet, R kettőszubsztrátot is köthet.

Szubsztrát távollétében R és T egyensúlyban.allosztérikus egyensúlyi állandó

L = [To]/[Ro]

Aktivátor elősegíti az R, inhibitor stabilizálja a T konformációt.

Page 58: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

Feed-back (visszacsatolás) szabályozásLehet serkentő vagy gátló.

L-treonin A B C D L-izoleucin

treonin dehidratáz gátlása

Negatív feed-back: a rendszert stabilizálja.Pozitív feed-back: a rendszert kimozdítja

stabilitásából.

E1 E2 E3 E4 E5

Page 59: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

Szabályozás posztszintetikus módosítás útjánA kovalens kötések irreverzíbilis megszüntetésével

Előalakok aktiválása proteolitikus enzimekkel.Limitált proteolízis (csak kevés kötés hasítódik).

Tripszinogén tripszin + hexapeptid **négy Asp, erősen

negatívPepszinogén pepszin + 42 aminosavból álló

peptidNincs bázikus As 16 bázikus aminosavval

Ip: 3,8 1,5

Page 60: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

Limitált proteolízis: elektrosztatikus gát eltávolítása kialakul az aktív konformáció.

TripszinogénKimotripszinogénProelasztázKarboxipeptidáz

Proteináz inhibitorok6000–850000 Da közötti molekulatömegű fehérjék. Igen szorosan kötődnek az enzim aktív centru-mához.

(ΔGº = −60 – −80 kJ/mol)

Igen hatékony szubsztrát analóg, de az enzim rendkívül nehezen alakítja át.

közös aktivátora a tripszin

Page 61: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

Enzim−inhibitor komplex „befagyasztott” állapotban marad [EI].

Szoros kölcsönhatás, mert:az enzim és inhibitor fehérje között csaknem tökéletes a komplementaritás.

Inhibitorok feladata:védik a sejtek fehérjéit az intracellulárisproteinázoktól,védik a szövetet a másik szövet proteolitikusenzimjeivel szemben.

Antinutritív hatás: megakadályozzák a bélben a fehérje lebontását, akadályozzák az enzimek működését.

Page 62: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

Inhibitorok GátlásSzója inhibitorai:

Kunitz-inhibitor tripszinkimotripszinplazminelasztáztrombin

Bowman−Birk-inhibitor tripszinkimotripszin

MarhapankreászKunitz-, Kazal-féle inhibitor tripszin

TyúktojásOvoinhibitor tripszin

kimotripszinpapain

Tej inhibitorai tripszinkimotripszinplazmin

Page 63: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

Szabályozás reverzíbilis posztszintetikus módosítás útján

Foszforilálás protein kinázokkal:

Protein + ATP foszfoprotein + ADP

Foszforilálás a Ser- és Thr-oldalláncokon keresztül.Lehet be- vagy kikapcsoló hatású.

Defoszforilálás:

Foszfoprotein + ADP protein + ATP

Page 64: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

Az enzimreakciók gátlása

Az enzimek irreverzíbilis gátlásaA gátló anyag kovalensen kapcsolódik:

megváltozik a konformáció inaktiválódás,a gátló anyag a katalitikus szakasz szerkezetét változtatja meg.

A szabad szulfhidril-csoport módosítása:cisztein + jód-acetát karboximetil-cisztein

CH2−S– CH2−S−CH2−COO–

−NH−CH−CO− + ICH2COO– −NH−CH−CO− + HIciszteinil- jód-acetát karboximetil-cisztein

oldallánc

Page 65: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

A szeril oldallánc módosítása diizopropil-fluoro-foszfáttal:

Szerin + diizopropil-fluoro-foszfát foszfo-diizopropil-származék

O H

C H 2CH C O N H

CH(CH3)2O

P

O C H(CH3)2

O F

O

P

O

O

C H ( C H 3) 2

N H C O C H

C H 2

OH F

C H ( C H 3) 2

+

szeril-oldallánc diizopropil-fluoro-foszfát foszfo-diizopropil származék

+

Page 66: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

Az enzimek reverzíbilis gátlása

E + I EI-komplex

KI = ahol: KI = inhibitor állandó

Etilénglikol- és metanol-mérgezés elleni terápia:CH2−OH CHO COOH

CH2−OH CH2OH COOHetilénglikol glicerinaldehid oxálsav

etanol

CH3OH H−C H−CH OH

metilalkohol formaldehid hangyasavetanol

[ ][ ][ ]EI

IE

NAD+ NADH + H+

NAD+ NADH + H+ O O

Page 67: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

Etanol a glikolaldehid (formaldehid) képződésének kompetitív inhibitora

Nagymennyiségű alkohol = élet ☺Absztinencia = mérgezés!

Az enzimműködés gátlásai – inhibitorokLehet: reverzíbilis vagy irreverzíbilisKompetitív (versengő) gátlás

I EI ( E + TI)E

S ES E + TsI = inhibitorEI = enzim–inhibitor komplex

Page 68: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

Pl. szukcinát-dehidrogenázborostyánkősav dehidrogénezés fumársavInhibitor lehet: malonsav, oxálecetsav. (Hasonlószerkezetű molekulák.)

Szulfonamid terápia: (folsav-szintézis gátlás)

p-amino-benzoesav folsavp-amino-szulfonsav-amidp-amino-szulfonsav

Szubsztrátfelesleg-gátlásTejsav (laktát) dehidrogenáz piroszőlősav

folsav

Page 69: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

Unkompetitív gátlásE + T

E+S ESESI

Szubsztrát–inhibitor hármas komplex

Page 70: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

Nem kompetitív gátlás

E + TES

E I S ESI E + T + IEI

Alkohol dehidrogenáz dimerAlkohol acetaldehidZn2+-elvonás = reverzíbilis gátlás

IS

Page 71: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

Irreverzíbilis gátlás

Pb2+, Hg2+, Ag+, Ca2+ (~SH, ~OH, ~NH2)

konc. H2SO4, konc. HNO3, triklór-ecetsav,szulfo-szalicilsav fehérje-

kicsapók.

CN− F−, S2−, CO a fémeket blokkolják.

Page 72: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

Enzimaktivitás – gátlások

Gátlás Vmax KM Specif. Megf.Kompetitív nem vált. e. nő sp. r.Unkompetitív e. csökk. csökk. ált. sp. ált. r.Nem kompetitív e. csökk. nem vált. ált. n. sp. r. v. ir.

Nem változik Nem vált.Erősen csökken E. csökk.Specifikus Sp.Általában specifikus Ált. sp.Általában nem specifikus Ált. n. sp.Reverzíbilis r.Általában reverzíbilis Ált. r.Reverzíbilis vagy irreverzíbilis r. v. ir.

Page 73: Enzimek segedanyagok/02... · Az enzim lehet: ¾csak fehérje: Ribonukleáz A, lizozim, proteolitikus enzimek egy része ¾koenzim és fehérje (apoenzim) szerves molekula fémion

Az enzimműködést befolyásoló tényezők

ENZIMMŰKÖDÉS

KOFAKTOROK EFFEKTOROK

KOENZIMEK KÖRNYEZETI TÉNYEZŐK

AZ AKTIV CENTRUMBA pHÉPÜLT SPECIÁLIS HŐMÉRSÉKLET

IONOK

HATÁSFAKTOROK

AKTIVÁTOROKALLOSZTÉRIKUS

EFFEKTOROK INHIBITOROK

DENATURÁLÓANYAGOK