Disciplina: Tópicos Especiais em Tecnologia em Saúde III: Sistemas de Terminologia e Classificação em Saúde Stefan Schulz Universidade de Freiburg (Alemanha)

Disciplina: Tópicos Especiais em Tecnologia em Saúde III:

Sistemas de Terminologia e Classificação em Saúde

Stefan SchulzUniversidade de Freiburg (Alemanha)

[email protected]

Organização da disciplina Calendário:17.11. 18:30-21:30 Introdução, Aula expositiva18.11. 18:30-21:30 Aula expositiva24.11. 18:30-21:30 Aula expositiva / Laboratório 25.11. 18:30-21:30 Apresentação 01 / 02 / 03 01.12. 18:30-21:30 Apresentação 04 / 05 / 06 02.12. 18:30-21:30 Apresentação 07 / 08 / 0905.12 18:30-21:30 Aula expositiva (UMLS), Laboratório09.12. 18:30-21:30 Laboratório 10.12. 18:30-21:30 Apresentação 1011.12. 18:30-21:30 Avaliação

Suporte na elaboração dos trabalhos a combinar

Organização da disciplina Trabalhos:01. ICNP, NANDA, Denise, Roosewelt

25.11.02. MeSH, Camila, Guilherme

25.11.03. GeneOntology, Ricardo 25.22.04. CID, ICD-9 CM, Mônica, Graziele

01.12.05. Digital Anatomist Fernando, Elizângela

01.12.06. SIA-SUS, SIH-SUS, Elziane, Jeferson 01.12.07. LOINC, Gisele Josimara

02.12.08. AMB CBHPM, Eduardo, Viviane 02.12.09. SNOMED CT, Read Codes, Polo, Heitor

02.12.10. GALEN Nicolau

08.12.11. UMLS

Conteúdo da disciplina (I) Justificativa

Relevância da representação de conhecimento: documentação medica, comunicação cientifica, administração, recuperação de informação,

Bases teóricas da representação de conhecimento: Semiótica / Lingüística, Filosofia,

Matemática / Lógica, Ciência de computação, Biblioteconomia, Psicologia

Conteúdo da disciplina (II) Introdução de terminologia específica:

classe, código, conceito, disjunção, termo, objeto, herança, hiponimo, hiperonimo, indivíduo, instância, taxonomia, meronimo, precision, pre-coordenação, recall, significado,...

Visão geral e tipologia de sistemas de terminologia biomédica

Terminologias

Terminologias Tesauros Vocabulários

Classificações Nomenclaturas Ontologias

Conteúdo da disciplina (III) Casuística: Analise de sistemas concretos:

CID, MeSH, ICNP, NANDA, SNOMED CT, Read Codes, LOINC, AMB CBHPM, SIA-SUS, SIH-SUS, ICD-9 CM, GeneOntology, Digital Anatomist, GALEN (baseado em trabalhos de alunos)

Unified Medical Language System (UMLS) (aulas práticas usando o UMLS knowledge

source server e as fontes em formato de texto)

Dados / Informações / Conhecimentoem Saúde e Ciências Biomédicas

Códigos / VocabulárioControlado

Linguagem Natural

?

Termos controlados/ Códigos

Exato Compacto Consistente Processável Rígido Não intuitivo Granularidade Fixa Caro (manutenção)

• Detalhada• Individual• Espontânea• Natural• Ambígua• Imprecisa• Redundante• Imprevisível

Linguagem Natural

Exemplo (1) Estatísticas epidemiológicas:

número de óbitos por malária no estado do Pará em 2000

número de óbitos por causas externas em Curitiba em 2000

http://www.datasus.gov.br/

Exemplo (2) Pesquisa bibliográfica:

Recuperar artigos na MEDLINE sobre alérgicas a antibióticos

Recuperar também trabalhos sobre e.g. Asma e roxitromicina Exantema associado com clindamicina Henoch-Schonlein purpura associado com

claritromicina

Exemplo (3) Pesquisa em bancos de dados de

medicamentos: Quais medicamentos podem causar

exantema e aumento de transaminases Quais antibióticos indicados em gestantes

com abscesso periamigdaliano

Exemplo (4) PEP: sistema de alerta contra efeitos

colaterais: Paciente tem úlcera de duodeno – médico

prescreve Voltaren® Paciente tem gastrite antral – médico

prescreve AAS(regra: antiinflamatórios não esteróides + lesões do trato digestivo superior = >

ALERTA

Exemplo (5) Extração de Informação de protocolo

de estudo clínico: Selecionar todos os pacientes que tem

alterações do transito intestinal ...

Exemplo (6) Fixar preços de procedimentos

terapêuticos: Agrupar procedimentos similares em

termos de custo, tempo, recursos ...

Semiótica Teoria dos signos / símbolos Um símbolo representa um objeto /

uma classe de objetos reais Lingüística = Semiótica dos signos da

linguagem natural (palavras, frases...) Cuidado: Não confundir signos com os

objetos designados, e.g. heart is_a organ heart is_a noun

Triangulo de Odgen & Richards

símbolo, signoobjeto ,instanciareferenteindivíduo

„cadeira", "chair"

pensamento, referencia, interpretante, conceito

Triangulo de Odgen & Richards Símbolo, signo: representação de um

conceito por meio de uma linguagem Objeto, referente, instância, indivíduo:

Segmento de um mundo real ou fictício pensamento, referencia, interpretante, conceito

Unidade de pensamento: Abstração de um conjunto de objetos baseada em propriedades que esses objetos têm em comum

Dois classes de símbolosDados / Informações / Conhecimento

em Saúde e Ciências Biomédicas

Códigos / VocabulárioControlado

Linguagem Natural

?

Triangulo de Odgen & Richards

infarto demiocárdiodo paciente#123456

conceito de infarto de miocárdio

“infarto do miocárdio” (Português)“myocardial infarction” (Inglês)“I21” (CID-10)

Exercício Usando o triângulo semiótico, descreva

ambigüidade sinonímia engano nomes próprios conceitos + amplos, conceitos + estreitos

Relacione o triângulo semiótico com conceitos da teoria de conjuntos (conjunto, subconjuntos, elemento, cardinalidade)

Conceitos fundamentais de Lingüística

Signos Linguísticosfonemas

morfemas

palavras

frases

textos

sentenças

em, ão

cardio, hepat,

hepatite

hepatite tipo B

Granularidade

O vírus da hepatite tipo B étransmitido sobretudo por meio do sangue.

Os vírus da hepatite tipo B (HBV) e C (HCV) são transmitidos sobretudo por meio do sangue. Usuários de drogas injetáveis e pacientes submetidos a material cirúrgico contaminado e não-descartável estão entre as maiores vítimas

Token / Type / Lexema

quantas palavras ?

“When flies fly behind flies, a fly is flying ahead”

Palavras são... ocorrências (tokens)

formas (types)

lexemas (unidades lexicais)




1 2 3 4 5 6 7 8 9 10

1 2 3 4 2 5 3 6 7 8

1 2 3 4 2 5 2 6 3 7

Gramática Regras de formação de unidades

lingüísticas Sintaxe:

Formação de frases / sentenças Morfologia

Formação de palavras

Sintaxe, Semântica sintaxe: relações internas que

mantêm os signos entre si“o cachorro está latindo”“o cachorro estão latindo”

semântica: relação dos signos com o seu significado:“o cachorro está latindo”“o café está latindo”

Sintaxe, Semântica: outros signos Exemplo 1: códigos CID-10:

sintaxe: letra + 2-3 algarismos, ponto depois do 2º algarism:Válido: D01, S10.3, inválido: 10D, $R2

Semântica: D01 = Carcinoma in situ de outros órgãos digestivos

Exemplo 2: linguagens de programação: sintaxe: válido: sqrt(a), inválido sqrt(a,b) semântica: inválido: a= -1; b = sqrt(a)

Lexicografia Termo: signo lingüístico (não só palavra) Léxico, dicionário: lista de termos com

atributos lingüísticos e significação Critérios de inclusão / exclusão:

Domínio (e.g. medicina, computação) forma básica (“neoplasia”, não “neoplasias”) atomicidade (“Escherichia coli”, não “neoplasia

maligna do esôfago”) Glossário: definições de termos usando linguagem

natural Relacoes semanticas

Relações Léxico-Semânticas Sinônimos : sentidos semelhantes:

falecer = morrer Antônimos: significação oposta:

distal proximal Homônimos: escritas ou pronunciadas de modo

idêntico, significação diferente: Homófonos: cassar caçar Homógráfos : almoço (S) almoço(V) Homônimos perfeitos = homófonos + homógrafos

(são, verão)




Relações Léxico-Semânticas

Relações Semânticas (próprias) Hiperônimos : conceito mais geral:

Coração Órgão Hipónimos: conceito mais específico:

Órgão Coração Holónimos: Merónimos } inclusão:

mão dedo dedo mão




Relações Semânticas (próprias)

Conceitos fundamentais de Filosofia e Lógica

Semântica de Categorias Aristóteles: genus proximum et differentia

specifica Significação não é atômico: Pode ser

reduzido a unidades semânticasfeminina adulta humana

Homem - + +Mulher + + +Menina + - +Fêmea + 0 -

Semântica e Lógica Formal Descrição de relações semânticas entre

entidades (objetos, classes) usando linguagem formal:Lógica de Primeira Ordem = Cálculo de Predicados

Predicados unários classificam objetos: médico(Eduardo) = True médico(Roosewelt) = FalseM = { x | médico(x)} é o conjunto de todos os médicos

Predicados binários representam relações:examina(Eduardo, João)

Semântica e Lógica Formal Introdução de variáveis e quantificadores

permite asserções sobre classes de objetos:x: cirurgião(x) médico(x) x,y: opera(x,y) trata(x,y)

Relação taxonômica Principal relação de ordem em sistemas

de classificação e terminologias Relaciona conceitos (classes) gerais com

conceitos (classes) mais específicos Corresponde a

Implicação entre predicados: x: A(x) B(x)

Inclusão entre conjuntos EA EB Relação is-a entre conceitos A is-a B

Cuidados Não confundir is-a com outras relações:

hexose biosynthesis is-a monosaccharide biosynthesis

hexose biosynthesis is a hexose metabolism Não confundir is-a com instance-of:medico(Eduardo)Eduardo instance-of medicoEduardo Emedico

Teoria de conjuntos nem sempre aplicável: Marciano is-a Extraterrestre Preservativos previnem DST

Outras relações semânticas Propriedades algébricas:

reflexiva: x: R(x,x) transitiva: x,y,z: R(x,y), R(y,z) R(x,z) simétrica: x,y: R(x,y) R(y,x) assimétrica: x,y: R(x,y) not(R(y,x))

Exemplos: reflexiva transitiva simétrica

pai - - -casado - - +

subconjunto + + -descendente - + -

assimétrica+--+

Exercícios

prevents - - (?) -causes - + (?) -precedes - + -treats - - -adjacent to - - +

++++-

UMLS SN reflexiva transitiva simétricapart-of - + -has-location + (?) + -instance-of - - -is a + + -

assimétrica++++

Caracterize as propriedades de típicas relações biomédicas

Sistemas de Terminologia Biomédica sinónimo: TERMINOLOGIAS termo geral para

sistemas de codificação / classificação vocabulários (bio)médicos / clínicos nomenclaturas thesauri ontologias

Características Conceitos/classes: entidades de

pensamento (abstrações de objetos) Termos: descrições dos conceitos em

linguagem natural Códigos: strings de caracteres não

ambíguos para designar um conceito




Conceitos/classes

Termos,Códigos

Objetos

Conceitos, Termos, Códigos

Exemplos de CódigosCódigos aleatórios

Códigos seqüenciais

Códigos significativos

246.809.753-00

6711272-3

80020-100

D50.1

FR-CX 203

AIS 6671

C10.228.228.180.500

00132V-691214-004

C003221

Códigos nao significativos

Códigos significativos vs. códigos não significativos Vantagens de códigos significativos

Vantagens de códigos não significativos

Definição intensional: Gênero e características específicasExemplo: Granulócitos sao leucócitos com granulos

Definição extensional: conjunto de todos os conceitos mais específicos de um conceito mais amplo. Exemplo: Granulócitos: Neutrófilos, Eosinófilos, or Basófilos

Definição de ConceitosExtensão / Intensão

Discussão Extensão / Intensão Vantagens de definições extensionais

Vantagens de definições intensionais

Pré-Coordenação vs.Pós-Coordenação Termos complexos constituem uma classe

Exemplo: “Neoplasia maligna da glândula tireóide”

Termos complexos são construídos pela combinação de várias classes Exemplo: Patologia: “Neoplasia”

Atributo: “maligno”Anatomia: “Glândula tireóide”

by technique 0.*Surgical procedure

consists of 1.* Surgical deed

Human anatomy

Human pathology

Interventional equipment

has object has objecthas object

has site

has site has

site

has meanshas means

has means

Estrutura Categorial

Semântica de Categorias Aristóteles: genus proximum et differentia

specifica Significação não é atômico: Pode ser

reduzido a unidades semânticasfeminina adulta humana

Homem - + +Mulher + + +Menina + - +Fêmea + 0 -

Discussão Pré-Coordenação / Pós-Coordenação Vantagens de pré-coordenação de

conceitos

Vantagens de pós-coordenação de conceitos

Hierarquias simples / Hierarquias múltiplas

vérticearco

árvore grafo dirigido

Hierarquias Múltiplas / Herança múltipla

Meningite

Doença Infecciosa Doença do SNC

Quais atributos são herdados ?

Meningite Viral

Doença inflamatória por Vírus Doença do SNC

morfologia: in

flamação

Doença inflamatória

Doença viral Doença do SNetio

logia: vírus

local: qualquer parte do

sistema nervoso

local: siste

ma

nervoso central

etiologia: vírus

morfologia: in

flamação

local:

sistema

nervoso central

etiologia: vírus

morfologia: in

flamação

Hierarquia simples Doenças inflamatórias

Doenças inflamatórias causadas por vírus

Doenças inflamatórias do sistema nervoso causadas por vírus

Doenças inflamatórias do sistema nervoso central causadas por vírus

Meningite viral

Discussão Hierarquias Simples / Hierarquias Múltiplas Vantagens de hierarquias simples

Vantagens de hierarquias múltiplas

Tipologia de Sistemas de Terminologia Biomédica

Sistemas de Terminologia

TerminologiaTesauros

Vocabulários

Classificações

Nomenclaturas

Ontologias



Vocabulários

Classificações

Nomenclaturas

Ontologias

Terminologia / Tesauro Vocabulário Terminologia:

Lista de Termos Tesauro:

terminologia classificada por ordem alfabética ou por assunto, contendo sinônimos (e outras relações semânticas)

Vocabulário:Terminologia ou Tesauro acompanhado por definições(N de Keizer, MIM 2000)



Vocabulários

Classificações

Nomenclaturas

Ontologias

pâncreasaparelho digestivofígadoBrasil

Terminologia

http://images.google.de/imgres?imgurl=www.nemc-surgeons.com/images/tpimages/liver.gif&imgrefurl=http://www.nemc-surgeons.com/html/trnsplnt/tpliver.htm&h=212&w=272&prev=/images%3Fq%3Dliver%26svnum%3D10%26hl%3Dde%26lr%3D%26ie%3DUTF-8%26oe%3DUTF-8%26sa%3DG

http://images.google.de/imgres?imgurl=transplant.cdha.nshealth.ca/images/pancreas.jpg&imgrefurl=http://transplant.cdha.nshealth.ca/pancreas.htm&h=221&w=360&prev=/images%3Fq%3Dpancreas%26svnum%3D10%26hl%3Dde%26lr%3D%26ie%3DUTF-8%26oe%3DUTF-8

http://images.google.de/imgres?imgurl=www.bosch.com.br/br/pict/brasil.gif&imgrefurl=http://www.bosch.com.br/br/blaupunkt/rederepres/bl-repre.asp&h=199&w=200&prev=/images%3Fq%3Dbrasil%26svnum%3D10%26hl%3Dde%26lr%3D%26ie%3DUTF-8%26oe%3DUTF-8



Vocabulários

Classificações

Nomenclaturas

Ontologias

(3) pâncreas

(1) aparelho digestivo {trato digestivo, digestive tracet}(2) fígado {liver, hepar}

(4) Brasil

Tesauro

GEOGRAFIA

ANATOMIA

(1)

(2)

(3)

(4)

(1) has-part (2)

(1) has-part (3)



Vocabulários

Classificações

Nomenclaturas

Ontologias

(3) pâncreas

(1) aparelho digestivo {trato digestivo, digestive tracet}(2) fígado {liver, hepar}

(4) Brasil

Vocabulário

GEOGRAFIA

ANATOMIA

(1)

(2)

(3)

(4)

(1) has-part (2)

(1) has-part (3)

Parte do organismo onde ocorre a digestão dos alimentos

Órgão onde ocorre a metabolização da maior parte dos nutrientesGlândula que produz o suco pancreático e alguns hormônios

Maior e mais populoso país da América Latina

http://images.google.de/imgres?imgurl=www.nemc-surgeons.com/images/tpimages/liver.gif&imgrefurl=http://www.nemc-surgeons.com/html/trnsplnt/tpliver.htm&h=212&w=272&prev=/images%3Fq%3Dliver%26svnum%3D10%26hl%3Dde%26lr%3D%26ie%3DUTF-8%26oe%3DUTF-8%26sa%3DG

http://images.google.de/imgres?imgurl=transplant.cdha.nshealth.ca/images/pancreas.jpg&imgrefurl=http://transplant.cdha.nshealth.ca/pancreas.htm&h=221&w=360&prev=/images%3Fq%3Dpancreas%26svnum%3D10%26hl%3Dde%26lr%3D%26ie%3DUTF-8%26oe%3DUTF-8



Vocabulários

Classificações

Nomenclaturas

Ontologias

Sistemas de Classificaçãoeu sou o mais organizado...

Qual é a melhor classificação ?

Sistema de Classificação Ideal Arvore (hierárquica simple) de classes

subclasses Definição extensional das classes não

terminais Disjunção de Classes:

Nenhum indivíduo pertence a dois classes(não contando relação de inclusão de classes)

Exaustão:Cada indivíduo pertence a uma classe

Problemas Práticos em Sistemas de Classificação Individualidade na definição e

delimitação das classes Granularidade depende do objetivo da

classificação (estatística, tarifas para o reembolso de serviços, documentação

Classes residuais “outros”, “não especificado”

Capítulo I Algumas doenças infecciosas e parasitárias (A00-B99) Capítulo II Neoplasias [tumores] (C00-D48) Capítulo III Doenças do sangue e dos órgãos hematopoéticos e alguns transtornos

imunitários (D50-D89) Capítulo IV Doenças endócrinas, nutricionais e metabólicas (E00-E90) Capítulo V Transtornos mentais e comportamentais (F00-F99) Capítulo VI Doenças do sistema nervoso (G00-G99) Capítulo VII Doenças do olho e anexos (H00-H59) Capítulo VIII Doenças do ouvido e da apófise mastóide (H60-H95) Capítulo IX Doenças do aparelho circulatório (I00-I99) Capítulo X Doenças do aparelho respiratório (J00-J99) Capítulo XI Doenças do aparelho digestivo (K00-K93) Capítulo XII Doenças da pele e do tecido subcutâneo (L00-L99) Capítulo XIII Doenças do sistema osteomuscular e do tecido conjuntivo (M00-M99) Capítulo XIV Doenças do aparelho geniturinário (N00-N99) Capítulo XV Gravidez, parto e puerpério (O00-O99) Capítulo XVI Algumas afecções originadas no período perinatal (P00-P96) Capítulo XVII Malformações congênitas, deformidades e anomalias cromossômicas (Q00-Q99) Capítulo XVIII Sintomas, sinais e achados anormais de exames clínicos e de laboratório, não

classificados em outra parte (R00-R99) Capítulo XIX Lesões, envenenamento e algumas outras conseqüências de causas externas (S00-T98) Capítulo XX Causas externas de morbidade e de mortalidade (V01-Y98) Capítulo XXI Fatores que influenciam o estado de saúde e o contato com os serviços de saúde

(Z00-Z99)

Exemplo: CID 10





V62.2 Ocupante de um veículo de transporte pesado traumatizado em colisão com um veículo a motor de duas ou três rodas - pessoa viajando no exterior do veículo traumatizada em um acidente não-de-trânsito

E12.5 Diabetes mellitus relacionado com a desnutrição - com complicações circulatórias periféricas

F17.4 Transtornos mentais e comportamentais devidos ao uso de fumo - síndrome de abstinência com delirium

I10 Hipertensão essencial (primária)





X25.8 Contato com outros artrópodes venenosos especificados - outros locais especificados

K75.8 Outras doenças hepáticas inflamatórias especificadas

K13.7 Outras lesões e as não especificadas da mucosa oral

Classes residuais

Semântica das Classes residuais

A20 PesteA20.0 Peste bubônicaA20.1 Peste celulocutâneaA20.2 Peste pneumônicaA20.3 Peste meníngeaA20.7 Peste septicêmicaA20.8 Outras formas de pesteA20.9 Peste, forma não especificadaEA20.9 = EA20

EA20.8 = EA20 - EA20.0 - EA20.1 - EA20.2 - EA20.3 - EA20.7



Vocabulários

Classificações

Nomenclaturas

Ontologias

Nomenclaturas Sistema de termos compostos

obedecendo regras de composição pré-estabelecidas

Consiste em “eixos” (idealmente) ortogonais

Cada eixo constitui, em si, um sistema de classificação

Examples: SNOMED ICNP

Topografico (anatômico) Morfológico Diagnóstico - Procedimentos Funcional Organismos vivos Químico Agentes físicos, ações e forças Contexto social Ocupações Geral

11 Eixos de SNOMED

Exemplos T-01000 (pele)

M-4300 (inflamação crônica) M-01735 (eritema papulovesicular) F-C3000 (reação de hipersensibilidade alérgica) F-A2300 (coceira).

T-28000 (pulmão) M-40000 (inflamação)L-25116 (Streptococcus pneumoniae) .

Problemas Práticos em Sistemas de Nomenclatura

Manuseio dificil “Sinonímia”

- DB-6211 Diabetic nephropathy - DB-61 Diabetes mellitus + G-C025 Causing + D7-11 Nephropathy- DB-61 Diabetes mellitus + G-C025 Causing + DF Disease + G-C006 Located In + T-71 Kidney

Redundancia - DB-6211 Diabetic nephropathy + G-C006 Located In + T-71

Kidney, NOS Inconsistência

DB-6211 Diabetic nephropathy + G-C006 Located In + T-11 Bone

-

Coleção de Dados Classificação de dadosPaciente CasoIndividual PopulaçãoCaracterização TypingIdentificação DiscriminaçãoComunicativo DistributivoMetas implícitas de observação

Metas explícitas de observação

Abertos para termos novos Fechados e predeterminadosCriativo ReprodutivoIdentificação DiscriminaçãoDescritivo PrescritivoIntensional Extensional

Pós-Coordenação Pré-CoordenaçãoLinguagem Containeres Pré - Definidos

Ingenerf & Giere, 1998

Nomenclaturas Classificações

Patient Physician Medical Standardized Register Scientist Experiment Record Medical Record

Recording Standardizing Classifying Statistics based on (Concept System) (Classification) (Study Protocoll)

Individual Compatible Comparative General Information Information Information Information

!

?

!

?

Treatment Comparison Research

Data Collection depending on the physician´s experience

(implicit goals of observation)

Data Ordering depending on differentiation criteria

(explicit goals of observation)

n : 1 : m

Ingenerf / Giere, 1998



Vocabulários

Classificações

Nomenclaturas

Ontologias

Exemplos de Sistemas de Terminologia

Gene Ontology

Gene Ontology (I) Vocabulário controlado para descrição

de componentes celulares, funções moleculares e processos biológicos.

esforço colaborado e dirigido a necessidade da descrição do produto de genes em diferentes bases de dados.

Num contexto celular o GO descreve o comportamento do produtos de gene

Gene Ontology (II) Define conceitos comuns em toda

biologia Referência para classificar genes e

produtos de genes de várias bases

O que a Gene Ontology não é Não é uma base de dados de

seqüências de genes, nem catalogo de produtos de genes.

Não é uma base de dados biológicas unificada.

Não é um padrão ditado ou exigido a nomenclatura através das bases de dados.

GO: Três Sub-Ontologias Função Molecular (atividade): ação

característica de um produto de gene (bioquímico)

Processo Biológicos: fenômeno marcado por mudanças que conduzem a um resultado particular, medidas por produtos de gene”

Componentes celular: é uma condição que é parte de um objeto maior, podendo ser uma estrutura anatômica.

Arquitetura da Gene Ontology Dois princípios classificatórios

Is-a Part-of

Hierarquias múltiplasGráficos Acíclicos Dirigidos (DAGs)

Conectada com um banco de dados de genes e produtos de genes

Gene

Gene caracterizado por conceitos das três sub-ontologias:Processo BiológicoComponente CelularFunção Molecular

Bibliografia

http://yanomami.fmrp.usp.br/cbab/programa.php

http://www.geneontology.org/doc/GO.doc.html

http://www.godatabase.org/dev/

Medical Subject Headings(MeSH)

MeSH: Tesauro MeSH Vocabulário controlado para

descrever trabalhos científicos em MEDLINE

Conjunto de termos denominados descritores (descriptors) em uma estrutura hierárquica que permite pesquisa em vários níveis de especificidade

MeSH: Hierarquias MeSH No nível mais geral da estrutura

hierárquica estão as entradas mais amplas “Anatomia”, “Desordens Mentais”

No nível mais específico são encontradas as entradas mais específicas “Tornozelo”, “Desordens de Condução

Nervosa” Existem hierarquias múltiplas.

Existem caminhos diferentes para alcançar um descritor

Cells [A11] Blood Cells [A11.118]

Leukocytes [A11.118.637] Leukocytes, Mononuclear [A11.118.637.555]

Lymphocytes [A11.118.637.555.567]

Hemic and Immune Systems [A15] Blood [A15.145]

Blood Cells [A15.145.229] Leukocytes [A15.145.229.637]

Leukocytes, Mononuclear [A15.145.229.637.555]

Lymphocytes [A15.145.229.637.555.567]

Hemic and Immune Systems [A15] Immune System [A15.382]

Leukocytes [A15.382.490] Leukocytes, Mononuclear [A15.382.490.555]

Lymphocytes [A15.382.490.555.567]

MeSH: Hierarquias Múltiplas: Exemplo

Tree numbers diferentes

MeSH ID comum:D008214

MeSH: Registro completo de um descritor ID, tree number(s) Termo preferencial (MeSH heading) Anotações Definição em texto livre (scope note) Sinônimos (entry terms) Atributos (qualifiers) Histórico do termo

MeSH: Atributos (qualifiers) Especificam o descritor de forma

ortogonal Conjunto de atributos permitidos

dependente do descritor Exemplos:

Terapia Etiologia Prognóstico

Semântica do MeSH Não é uma classificação Significação dos links hierárquicos não

especificada (broader term / narrower term)

Descritor D2 “narrower” D1:nem sempre ED2 ED1 (extensões), mas:

Conjunto de documentos relevantes paraD2 é subconjunto dos documentos relevantes para D1

Semântica do MeSH - exemplo

O conjunto de todas as válvulas mitrais não faz parte do conjunto de todos os corações, mas:

O conjunto de todos os documentos que tratam de válvula mitral é um subconjunto de todos os documentos que falam de coração

Heart [A07.541] Heart Valve [A07.541.510]

Mitral Valve [A07.541.510.507]part-of

is-a

MEDLINE e MeSH MEDLINE: Banco de dados

bibliográficos em ciências de saúde Cada artigo cadastrado é

manualmente indexado usando termos MeSH

Existem várias implementações, a mais usada: PUBMED Pubmed busca no MEDLINE mapeando a expressão de busca o usuário pra termos MeSH

MeSH / Pubmed Mesh Browser:

http://www.nlm.nih.gov/mesh/MBrowser.html PubMed:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed

CIPE/ICNPClassificação Internacional para a Prática de Enfermagem

CIPE / INCP Elaborado desde 1991 pelo Conselho Internacional de

Enfermagem (CIE), contribuição brasileira desde 1997 Linguagem universal para descrever as práticas de enfermagem

numa diversidade de locais, institucionais e não-institucionais Permitir comparação dos dados de enfermagem entre

populações, clínicas, locais, áreas geográficas ou tempos diferentes.

Demonstrar e projetar tendências sobre a prestação de tratamentos e cuidados e sobre a alocação de recursos aos doentes

Disponibilizar dados para investigação científica Fornecer dados para gestão de qualidade e promoção de

mudanças na políticas de saúde

CIPE: Principais Elementos Fenômenos de enfermagem

(diagnósticos de enfermaria) Ações de enfermagem (as

intervenções) Resultados de enfermagem

Âmbito da CIPE/ICNP

AFoco da

Prática BJuízo

CFreqüência

DDuração

ETopologia

FLocalizaçãoanatômica

GProbabilidade

HPortador

Fenômenos de Enfermagem

Ações de Enfermagem

ATipo de Ação B

Alvo

CRecursos

DTempo

ETopologia

FLocalização

GVia

HBeneficiário

Eixos:A,B:obrigatóriosC,D,E,F,G,H:opcionais

AFoco da

Prática BJuízo

CFreqüência

DDuração

ETopologia

FLocalizaçãoanatômica

GProbabilidade

HPortador

http://www.icn.ch/pdfinfo.htm

CIPE: Classificação dos Fenômenos de Enfermagem

Somente um termo de cada eixo pode ser usado no diagnóstico.

CIPE: Definições dos eixos dos Fenômenos de Enfermagem (I)A. Foco da: Área de atenção social, ex: dor, auto-

estima, pobreza.B. Juízo: Opinião clínica que determina a prática

do profissional de enfermagem, ex. reforçado, inadequado, melhorado.

C. Freqüência: número de ocorrências durante um intervalo de tempo, ex:Intermitente, freqüente.

D. Duração: intervalo de tempo durante o qual um fenômeno de enfermagem ocorre, ex: agudo, crônico

CIPE: Definições dos eixos dos Fenômenos de Enfermagem (II)E. Topologia: região anatômica em relação a um ponto

mediano ou extensão desta, ex: direito, parcialF. Localização Anatômica: posição anatômica ou a

localização no organismo de um fenômeno de enfermagem, ex: olho, dedo

G. Probabilidade: possibilidade de ocorrência de um fenômeno de enfermagem, ex: risco

H. Portador: entidade relativamente à qual se pode dizer que possui o fenômeno de enfermagem, ex: família, individuo, comunidade.

Eixos selecionados Termo selecionadoFoco da prática Dor (A.1.1.1.13.3.1)Julgamento Aumentada (B.9)Freqüência Intermitente ( C.2)Lugar do corpo Pé (F.19)Topologia Direito (E.2.1)Diagnóstico: Dor aumentada e intermitente no pé direito.

CIPE: Exemplo 1

CIPE: Exemplo 2Eixos selecionados Termo selecionadoFoco da prática Edema (A.1.1.1.7.3.1)Probabilidade Alto risco para (G.1.2)Lugar do corpo Mão (F.14)Portador Mulher mastectomizada

(H.1)Topologia Direito (E.2.1)Diagnóstico: Alto risco de edema ou Alto risco para edema em mão direita de mulher mastectomizada

CIPE: Resultados de Enfermagem

Medição ou Condição de um diagnóstico de enfermagem a intervalos de tempos após uma intervenção de enfermagem.

Os resultado são produtos da intervenção, medido ao longo do tempo, sob a forma de mudanças efetuadas nos diagnósticos de enfermagem.

Medida para descrever os resultados relacionados com os diagnósticos de enfermagem. Contribui para modelos de resultados de saúde mais amplos e genéricos.

Resultados de Enfermagem

ATipo de

Ação BAlvo

CRecursos

DTempo

ETopologia

FLocalização

GVia

HBeneficiário

http://www.icn.ch/pdfinfo.htm

Eixos:A:obrigatório,B,C,D,E,F,G,H:opcionais

Somente um termo de cada eixo pode ser usado no diagnóstico.

CIPE: Classificação das Ações de Enfermagem

CIPE: Ações e Intervenções Ações de Enfermagem: Comportamento

das enfermeiras na prática Intervenções de Enfermagem: Ação

realizada em resposta a um diagnóstico de enfermagem, com a finalidade de produzir um resultado de enfermagem. Uma intervenção de enfermagem é composto por conceitos contidos nos eixos da Classificação das Ações.

A. Tipo de Ação: realizações levadas à prática por uma ação, ex: ensinar, inserir, monitorizar.

B. Alvo: entidade que é afetada ou que confere conteúdo à ação de enfermagem, ex: dor, latência, serviços domiciliários.

C. Recursos: entidade usada no desempenho da ação de enfermagem. Inclui os instrumento e serviços, ex.ligadura, radioterapia.

D. Tempo: orientação temporal de uma ação: eventos, episódios. Ex: na alta, intra-operatório, pré-natal.

CIPE: Definições dos eixos das Ações de Enfermagem (I)

E. Topologia: Região anatômica em relação a um ponto mediano ou extensão desta. Ex: direito, parcial

F. Localização: Posição anatômica no organismo e a localização geográfica. Ex: cabeça, braço, local de trabalho, domicílio.

G. Via: Trajeto através do qual se realiza uma ação de enfermagem. Ex. Oral, subcutânea.

H. Portador: Entidade a favor do qual a ação é realizada. Ex: individuo, grupo.

CIPE: Definições dos eixos das Ações de Enfermagem (II)

CIPE: Ações: Exemplo

NANDANorth American Nursing Diagnosis Association

NANDA - Objetivos Direcionar a padronização de

linguagem dos diagnósticos de enfermagem

Auxílio n prática clínica, informática/desenvolvimento de sistemas e desenvolvimento de linguagens.

NANDA - Vantagens Linguagem comum descreve práticas de

enfermagem Melhora comunicação entre enfermagem

e outros Incentiva investigação articulando dados

disponibilizados por SI em enf e SIS Fornecer dados da prática de

enfermagem Conhecido e difundido Multiaxial

NANDA - Desvantagens Poucos diagnósticos Linguagem não é de fácil assimilação Não contempla ações de enfermagem

NANDA - Diagnóstico de Enfermagem Descreve respostas humanas a

condições de saúde Forma de expressar as necessidades

de cuidados de quem necessita dos mesmos

Exemplo: Alto risco para lesão de pele: se necessita de intervenção de enfermagem, é uma necessidade de cuidados.

NANDA - Taxonomia II 13 domínios: baseados em padrões

funcionais de saúde. Cada um com pelo menos duas classes

106 classes: cada uma congrega um ou mais conceitos diagnósticos

155 conceitos diagnósticos - diagnósticos aceitos

07 eixos

NANDA - Eixos Eixos:

1Conceito

Diagnóstic 2Tempo

3Unidade de

Cuidado

4Idade

5Potencialidade

6Descritor

7Topologia

EIXOS: DIMENSÃO DA RESPOSTA HUMANA

1) Conceito diagnóstico – Principal elemento, a origem do diagnóstico

2) Tempo – Duração de um período, agudo, crônico, intermitente e contínuo

3) Unidade de Cuidado – A que população: indivíduo, família, grupo

4) Idade – Extensão de tempo: feto, neonato, lactente, criança, etc.

5) Estado de Saúde – Posição no “continuum”de saúde: bem estar, risco, real

6) Descritor –limita ou especifica um significado : alterado, ineficaz, potencial, aumentado

7) Topologia – Partes ou estruturas do corpo: auditivo, cerebral, oral, renal, cutâneo, visual

Nível Conteúdo Domínio 11 Segurança e

proteçãoClasse 2 Lesão FísicaConceito Diagnóstico

Integridade de Pele

Diagnósticos Aprovados

Integridade de pele prejudicadaRisco para integridade de pele prejudicada

NANDA - Exemplo

CID (ICD)Classificação Internacional de Doenças

O CID (internacional) é designado para: classificar dados de morbi-

mortalidade com propósito estatístico; indexar arquivos hospitalares por

doenças; armazenamento de dados e o seu

resgate para pesquisa.

CID: Função

Versões da CID 1893: Primeira versão da CID para a

codificação das causas de morte 1946: CID-6: também morbididade CID-9 até 1995 - 2000 Hoje: CID-10 em quase todos os países,

mas ainda: CID-9-CM (modificações clínicas) nos

EEUU:mais refinada, contém também uma classificação de procedimentos

CID: Código significativo 1º nível: capítulos: A-Z, mas tem

capítulos com 2 letras (ex. cap. I) , e uma letra para 2 capitulos (ex. letra H)

2º nível: agrupamentos 3º nível: categorias (em algumas

partes não há subdivisões) 4º nível: subcategorias

CID-10 21 capítulos, totalizando 250 grupos

Capítulo I Algumas doenças infecciosas e parasitárias (A00-B99) Capítulo II Neoplasias [tumores] (C00-D48) Capítulo III Doenças do sangue e dos órgãos hematopoéticos e alguns transtornos

imunitários (D50-D89) Capítulo IV Doenças endócrinas, nutricionais e metabólicas (E00-E90) Capítulo V Transtornos mentais e comportamentais (F00-F99) Capítulo VI Doenças do sistema nervoso (G00-G99) Capítulo VII Doenças do olho e anexos (H00-H59) Capítulo VIII Doenças do ouvido e da apófise mastóide (H60-H95) Capítulo IX Doenças do aparelho circulatório (I00-I99) Capítulo X Doenças do aparelho respiratório (J00-J99) Capítulo XI Doenças do aparelho digestivo (K00-K93) Capítulo XII Doenças da pele e do tecido subcutâneo (L00-L99) Capítulo XIII Doenças do sistema osteomuscular e do tecido conjuntivo (M00-M99) Capítulo XIV Doenças do aparelho geniturinário (N00-N99) Capítulo XV Gravidez, parto e puerpério (O00-O99) Capítulo XVI Algumas afecções originadas no período perinatal (P00-P96) Capítulo XVII Malformações congênitas, deformidades e anomalias cromossômicas (Q00-Q99) Capítulo XVIII Sintomas, sinais e achados anormais de exames clínicos e de laboratório, não

classificados em outra parte (R00-R99) Capítulo XIX Lesões, envenenamento e algumas outras conseqüências de causas externas (S00-T98) Capítulo XX Causas externas de morbidade e de mortalidade (V01-Y98) Capítulo XXI Fatores que influenciam o estado de saúde e o contato com os serviços de saúde (Z00-Z99)

M03

M03.0 M03.1 M03.2 M03.6

M02M00 M01

M00-M03

M14M05 M06

M05-M14

...

... ... ... ...

... ...

M14.0 M14.1 M14.8...... ... ...... ... ...

M00-I99

...

I01.0 I01.1 I01.9

I02I00 I01

I00-I02

I15I10 I11

I10-I15

...

...

...

I11.0 I11.9

...

I00-I02

I00-I99

.........

...

... ...... ......

CID

... ...

4O. Nível - Subcategorias3O. Nível - Categorias2O. nível - Agrupamentos1O. nível - Capítulos

‘

3O. nível - não possui subdivisões

A princípio: Semântica is_a; Hierarquias simples; Monoaxialidade,

CID: Características ideais

Porquê ? Classes mutuamente exclusivas - ideal

para análise estatística: Todas as classes se somam para 100 %

Classificação por mais de um código:Traumatismo (capítulo XIX) + causa externa (cap.XX)

Hierarquias múltiplas “disfarçadas” em classes marcadas com * que apontam para uma classe em outra parte da hierarquia marcada com “+”. Exemplo:

G02.0* Meningite em doenças virais classificadas em outra parte

Meningite devida a adenovírus (A87.1+) Biaxialidade “disfarçada”, por exemplo nos capítulos

de distúrbios mentais: 3º dígito: etiologia, 4º dígito: sintomatologia, leva a classes

pouco plausíveis, ex.F17.6 Transtornos mentais e comportamentais devidos ao uso de fumo - síndrome amnésica

CID: Na prática...

A20 PesteA20.0 Peste bubônicaA20.1 Peste celulocutâneaA20.2 Peste pneumônicaA20.3 Peste meníngeaA20.7 Peste septicêmicaA20.8 Outras formas de pesteA20.9 Peste, forma não especificadaEA20.9 = EA20

EA20.8 = EA20 - EA20.0 -EA20.1 - EA20.2 - EA20.3 - EA20.7

CID: Classes residuaisExemplo:

http://www.datasus.gov.br/

http://www.dcc.ufmg.br/pos/html/spg97/anais/doc/luciano.dochttp://www.funasa.gov.br/pub/Iesus/pdfs/iesus_vol7_3/iesus_vol7_3_4347.pdfhttp://icd9cm.chrisendres.com/http://www.cms.hhs.gov/medlearn/icd9code.asp

http://tabnet.datasus.gov.br/cgi/sim/obtcid9br.htm

http://www.datamos.gov.br/cid10/webhelp/cid10.htm

Referência:Tese de doutorado da Profª Cláudia Maria Moro Barra

Links para CID

FMA – Foundational Model of Anatomy

Introdução

Anatomia Anatomia é a base de todas as ciências

biomédicas Manifestações da saúde e doenças

referenciam estruturas anatômicas que variam no tamanho das moléculas às peças de corpo

Sistemas de classificação de doenças ou procedimentos referenciam implícita (ex. CID) ou explicitamente (ex. CIPE) – mas:

Não se usa um sistema de terminologia anatômica na rotina clínica

InformaçãoFormas de representar conhecimento anatômico: Modelos gráficos:

Modelos simbólicos:Brain has-part BrainStemHeart has-part MitralValveMitralValve is-a HeartValve

Digital Anatomist Foundational Model of Anatomy: Modelo simbólico mais elaborado e

completo da anatomia humana Motivação original: Descrever

estruturas anatômicas de um atlas digital de Anatomia

FMA: Taxonomia Taxonomia simples para todos os

conceitos anatômicos (sem hierarquias múltiplas)

Anatomical entity Physical anatomical entity Material physical anatomical entity

Organ part Organ subdivision

Subdivision of brain Subdivision of forebrain Subdivision of

telencephalon Cerebral hemisphere

FMA: Partonomia Partonomia (conceitos classificados

por “has-part”) . Hierarquias múltiplas.Body Nervous system Neuraxis Brain Forebrain Telencephalon Cerebral hemisphere Body Head Head proper Brain Forebrain Telencephalon Cerebral hemisphere

FMA: Outras relações Subrelações de Part-of:

regional-partsystemic part

Relações de ramificação:Brachial artery

Ulnar artery Common interosseous artery Anterior interosseous artery

FMA e uso em medicina FMA representa anatomia canônica

(anatomia ideal) Não contém conceitos de anatomia

patológica (ex. cisto renal, tumor de cólon...)

Interpretação estrita de part-of(A implies part-of B B implies has-part A)dificulta uso para representar conhecimento sobre casos concretos:(Apêndice part-of Intestino Intestino has-part Apêndice) ???

FMA links Foundational Model Explorer:

http://fme.biostr.washington.edu:8080/FME/index.html

Para comparar: Modelo simbólico da anatomia do rato:http://www.informatics.jax.org/

SIA-SUS e SIH-SUS

SIH / SAI: Conceito SIH-SUS:

Faturamento Hospitalar SAI-SUS:

Faturamento Ambulatorial Controlar o pagamento Ambulatorial e

Procedimento Hospitalar. Ministério da Saúde – Organização

Pan-Americana de Saúde

SIH / SAI: Objetivo Faturamento Ambulatorial e Hospitalar

dos Estabelecimentos de Saúde, vinculados ao Sistema Único de Saúde - SUS

Utilizado exclusivamente no Brasil

SIH / SAI: Subdivisão dos Procedimentos32 Grupos, distribuídos em 3 Blocos: Bloco 01 – Procedimentos de Atenção

Básica (Grupos 01 a 05) Bloco 02 – Procedimentos

Especializados (Grupos 07 a 22) Bloco 03 – Procedimentos

Assistenciais de Alta Complexidade (Grupos 26 a 40)

SIH / SAI: Tipologia – Is_a

Bloco 01

Grupo 01

G 02Ações

MédicasBásicas

Grupo n

ProcedimentosClínicos

Sub-Grupo 1

Sub-Grupo n

Procedimento 1

Consulta Médica

Domiciliar

Procedimento n

SIH / SAI: Código SignificativoGG.SSO.DD-DV

GG = Identifica o grupo de procedimentos (2 dígitos) SS = Identifica o subgrupo de procedimentos (2 dígitos) O = Representa o nível de organização dado a um determinado conjunto de ações de saúde (1 dígito) DD = Identifica o detalhamento do procedimento (2 dígitos) DV = Identifica o Dígito Verificador do código do procedimento (1 dígito)

Estrutura da Tabela SIA-SUS código, nome do procedimento descrição de procedimentos valor do procedimento nível de hierarquia atividade profissional serviço/classificação tipo de atendimento grupo de atendimento faixa etária CID – 10 motivo da cobrança

SIH / SAI: ExemploGrupo 01 – Ações Executadas por Profissionais de

Enfermagem e Outros Profissionais de Saúde de Nível Médio

Sub-grupo 02 - ATENDIMENTO INDIVIDUAL 0102207-5 CURATIVO POR PACIENTEValor total vigente: 0,00 Nível Hierárquico: 01 02 03 04 05 06 07 08Atividade: 01 60 64 76 90 91 92 93Não exige Serviço ClassificaçãoTipo de Prestador: 01 02 03 04 05 06 07 08 09

11 12 13 14 15 16 17 18 19Tipo de Atendimento: 00Grupo de Atendimento: 00Faixa Etária: 00

instituição

Classe profission

al

Estruturação dos Códigos SIH

Redução Incruentade Fratura de Úmero

Ortopedia

Alta Complexidade

MédiaComplexidade

Tratamento Cirúrgicona Coluna Vertebral V

Complexidade

Exemplo

Grupo 32 – Cardiologia CirúrgicaGrupo 32 – Cardiologia Cirúrgica

32.038.04-6 Ligadura das Veias Cardio-TuberositáriasBloco: Média/Baixa ComplexidadeTipo de Procedimento: Principal não aceita secundárioFaixa Etária: GeralSexo: AmbosMédia de Permanência: 03 dias

Faturamento Ambulatorial Fixo por procedimento Baseado em tetos (físico e financeiro)

definidos na Programação individual por Prestador de Serviço

Subdivido em grupos de atividade – Alta Complexidade, Média Complexidade e Atenção Básica

Permite remanejamento entre Prestadores desde que do mesmo Grupo de Atividades

Faturamento Hospitalar valor base de tabela (SH, SP, SADT)

acrescido dos valores dos procedimentos complementares (RN, UTI, SANGUE, OPM, ACOMP) realizados durante a internação hospitalar

além dos valores da tabela, alguns hospitais recebem incentivos por serem instituições de ensino e pesquisa ( % da soma dos valores de serviços hospitalares e profissionais cobrados)

Faturamento SIH AIH 1 – geradora da cobrança AIH 2 - modelo manual extinto em 1994 AIH 3 – folha de continuação da AIH 1,

quando o total de procedimentos ultrapassa 13

AIH 4 – codificação específica para cobrança de registro civil – Hospital Amigo da Criança

AIH 5 – longa permanência, utilizada principalmente em internações psiquiátricas

SIH / SAI: Manutenção e Atualização contribuição dos Estados e Municípios avaliação de grupo na SAS – MS publicado no DOU – Portarias publicação no site

http://www.datasus.gov.br/novidades/novidades.htm

LOINCLOGICAL OBSERVATION IDENTIFIER NAMES AND CODES

Base de dados com nomes e códigos padronizados para a identificação de resultados de laboratório, observações clínicas e observações de estudos diagnósticos

Lançado em 1996, versão atual com mais de 29.300 registros;

Projeto colaborativo, mantido pelo Regenstrief Institute

Distribuição gratuita Website: http://www.regenstrief.org/loinc

Definição

Facilitar a organização, troca e análise de resultados

Unificar a identificação de resultados

Organização para a troca de mensagens por: HL7(Health Level 7) ASTM (American Society of Testing and Materials)

Somente identificar resultado do teste

LOINC - Objetivos

A base de dados se encontra dividida em duas categorias principais : Laboratório: química, hematologia, serologia,

microbiologia, toxicologia; Clínica: sinais vitais, hemodinâmia, ECG,

ecografia obstétrica, estudos de função pulmonar;

Adotado pela maioria dos laboratórios Norte Americanos.

LOINC - Características

Cada registro do LOINC corresponde a um único resultado de teste laboratorial que indica os seguintes dados:

Nome do componente pesquisado Propriedade/Medida Tempo Tipo de Amostra Escala Método

<Analito/componente>:<tipo de propriedade da observação ou medição>:<aspecto tempo>:<amostra>:<escala>:<método>

LOINC - Componentes

Componente

CREATININA ESCALA

QUANTITATIVA

AMOSTRA

LÍQ.AMIN

MÉTODO

ENZIMÁTICOTEMPO

PTMEDIDA

MASSA

LOINCLOINC2159-22159-2

LOINC - Exemplo

O componente é separado por “^” até em três subpartes

•Nome principal<[analito].[subclasse].[sub-subclasse]> ^

CALCIUM.IONIZEDHEPATITIS B VIRUS AB.IGG

•Challenge – sobrecarga ou tolerância (incluindo: tempo, substância utilizada, quantidade e via de administração)

<[tempo] post [quantidade] [sustância] [via de administração])> ^

CORTICOTROPIN^1H POST DOSE INSULIN IV

•Ajuste<ajustes ou correções>

CREATININE RENAL CLEARANCE^^CORRECTED FOR SURFACE AREA

LOINC Componente - Analito

Medida das quantidades relacionadas com uma substância.

Principais: Massa (mg – g); Substância (moles – mEq); Número Atividade catalítica (atividade enzimática)

Subcategorias: Concentração (mg/dl); Conteúdo (mg/g); Razão; Categorias/classes(mg/dia); Fração (porcentagem).

LOINC Propriedade - Medida

Aspecto do tempo: amostra isolada ou coletada durante um intervalo de tempo.

ALPHA 1 ANTITRYPSIN CLEARANCE:VRAT:24H:SER/PLAS+STL:QN

HEMATOCRIT:VFR:PT:CSF:QN

Tipo de amostra: soro, urina(SER, UR)

Pode consistir em duas partes separadas por “^”Amostra^supersistema (ABO GROUP:TYPE:PT:BLD^NEWBORN:NOM)

Diferentes testes combinando analito e amostra (mesmo analito amostras diferentes)

LOINC Tempo - Amostra

Especifica a escala utilizada para a medição. Tipos:

Quantitativa: valor numérico contínuo Ordinal: categorias fixas :positivo/negativo Nominal: sem ordenamento natural :cor da urina Narrativo: texto descritivo: informe microscópico

Exemplos:MAGNESIUM:SCNC:PT:SER/PLAS:QN:

ESCHERICHIA COLI O157:H7 IDENTIFIED:PT:STL:NOM:ORGANISM SPECIFIC CULTURE

LOINC - Escala

Método específico utilizado para realizar o ensaio

Exemplos:

ERYTHROCYTE SEDIMENTATION RATE:VEL:PT:BLD:QN:WESTERGREEN

ERYTHROCYTE SEDIMENTATION RATE:VEL:PT:BLD:QN:WINTROBE

LOINC – Método

LOINC – não contempla

Instrumentação utilizada para medição; Quem verifica o resultado; Tamanho da amostra coletada; Onde foi realizada a coleta (no laboratório); Detalhes do local da coleta (sítio anatômico).

Classificação Brasileira Hierarquizada de Procedimentos Médicos

CBHPM Finalidade Histórico Como foi elaborada O que define Capítulos Classificação

CBHPM: Finalidade Lista ética e científica : transparência,

segurança e respeito Garantir remuneração digna Elaborada por:

AMB Sociedades de especialidades CFM

Metodologia proposta pela FIPE

CBHPM: Histórico Resolução CFM nº 1673/03 : “A CBHPM

é adotada como padrão mínimo e ético de remuneração dos procedimentos médicos para o sistema de saúde suplementar”

Em utilização desde ago/2003

CBHPM: Como foi elaborada Valores definidos considerando:

Complexidade técnica Tempo de execução Atenção requerida Grau de treinamento necessário do

profissional. FIPE : acessoria na pontuação 14 portes e 3 subportes (A, B, C) Unidade de Custo Operacional (UCO):

depreciação, manutenção

CBHPM: O que define Inclui pós operatório Vídeo : 1,5x o valor Urgência e Emergência : +30% (noite e FS) Múltiplos procedimentos:

Mesma via :100% do principal + 50% de cada adicional, DESDE QUE não haja código conjunto.

Diferentes vias: 100% P + 70% dos demais Valores para auxiliares e anestesistas (30%) Condições de internação (hospedagem) :

superior : 2x para operadoras, x+A particular

CBHPM: Capítulos1. Procedimentos Gerais2. Procedimentos Clínicos

• Ambulatoriais• hospitalares

3. Procedimentos Cirúrgicos e Invasivosdivididos por sistemas humanos

4. Procedimentos Diagnósticos e Terapêuticos

divididos por especialidades

CBHPM: O Código : S&S Monitorização Neurofisiológica intraoperatória

2.02.02.004-5Capítulo = proced. clínicos

hospitalares*Subdivisão=monitorizações*

Nº seqüencial* Checksum

* ordem alfabética

CBHPM: O Código : S&S Extensor próprio do dedo gordo (extensor hallucis longus) 3.07.03.003-2

Proced. cirurg. e invasivos Sistema músculo esquelético e articulações*

Transplantes Musculares (com microanastomoses vasculares) *

Nº seqüencial* Checksum

* ordem alfabética

CBHPM: Classificação Código significativo

Possui uma estrutura de montagem Definições extensionais

um conceito amplo define vários específicos Termos complexos

várias classes dentro de um conceito Hierarquia simples. Semântica do tipo

is_a

R$ 16,00 + R$ 11,50 x 0,200 = R$ 2,30 = R$ 18,30 ± 20%

SIA/SIH-SUS x CBHPM SIA/SIH-SUS

SUS Define habilitações Define critérios de

permanência, faixa etária e sexo

Definida por estados, municípios, secretarias de saúde

Valores impostos Sistema de Saúde

CBHPM Particulares,

convênios Ética e valoriza o

trabalho médico Definida pelas

Sociedades e pela AMB

Tabela de referência para médicos

CBHPM: Conclusão Cumpre sua finalidade Estrutura organizada Consulta online : trabalhosa Como referencial para cobranças é

prática, mas não traz detalhes sobre os procedimentos

Bibliografia www.amb.org.br A tabela

SNOMEDSystematized Nomenclature of Medicine

SNOMED: Histórico 1965-1976: Systematized Nomenclature of

Pathology (SNOP) Systematized Nomenclature of Medicine (SNOMED)

1993: SNOMED Internacional 1998: SNOMED RT (Reference Terminology)

Descrições lógicas de conceitos 2000: SNOMED CT (Fusão com Read Codes) 2004 – 2009: SNOMED CT livremente

disponível nos EEUU

SNOMED: Características (I) SNOMED é um sistema terminológico multi-axial tipo nomenclatura: Vantagem: Permite a codificação muito

detalhada de qualquer tipo de entidade Desvantagens:

Processo de codificação trabalhoso Existem várias alternativas para codificar a mesma entidade

Risco de codificação redundante e inconsistente

SNOMED: Características (II) SNOMED é composta de 11 eixos: Topografico (anatômico) - T : anatomia funcional

para medicina humana e veterinária Morfológico - M: alterações encontradas nas

células, tecidos e organismos Diagnóstico - D: classificação de condições

reconhecidas clinicamente encontradas na medicina humana e veterinária

Procedimentos - P: procedimentos administrativos, diagnósticos e terapêuticos

Funcional - F: sinais e sintomas; fisiologia e fisiopatologia dos processos da doença

SNOMED: Características (III) Funcional - F: sinais e sintomas; fisiologia e fisiopatologia

dos processos da doença Organismos vivos - L: organismos com vida de etiologia

significante na doença humana e animal Químico - C: drogas, produtos biológicos e manufaturados

farmacêuticos Agentes físicos, ações e forças - A: compêndio de ações

físicas, perigos físicos, e forças da natureza Contexto social - S: condições sociais e suas relações de

importância para a medicina Ocupações - J: termos que descrevem a ocupação Geral - G: ligações, descrições e qualificações que se

associam ou que modificam os termos contidos em cada eixo

SNOMED: Exemplo 1 D-13510 (Pneumonia pneumocócica) é

equivalente a combinação de :

T-28000 (código topográfico para pulmão); M-40000 (código morfológico para

inflamação) L-25116 (código para Streptococcus

pneumoniae do eixo de organismos vivos)

SNOMED: Exemplo 2 Dermatite atópica (D0-10130) equivale:

T-01000 (código topográfico para pele) M-4300 (código morfológico para

inflamação crônica) M-01735 (código morfológico para eritema

papulovesicular) F-C3000 (código funcional para reação de

hipersensibilidade alérgica) F-A2300 (código funcional para o sintoma

coceira).

Uso da SNOMED Amplamente usada: Eixo M para a

morfologia de neoplasias, como eixo adicional da CID (ICD-O), veja “Morfologia das Neoplasias” na CID-DATASUS

Visão: SNOMED como terminologia de referência com mapeamentos para terminologias com objetivo estatístico e de faturamento (CID, SAI/SIH)

Projeto UMLS Iniciado em 1986 pela National Library

of Medicine (EEUU) Vocabulário médico unificado e

interligado através de conceitos Banco de referências cruzadas Atualização permanente Uso gratuito para pesquisa científica e

educação (depois de assinar um termo de acordo de licença)

Componentes do UMLS

UMLS Metathesaurus

UMLS Semantic Network

UMLS Specialist Lexicon266 M

0,6 M

3500 M

Componentes do UMLS

UMLS Metathesaurus



0,6 M

3500 M

UMLS Metathesaurus (UMLS META) ~ 980 000 conceitos ~ 2 400 000 strings ~ 100 vocabulários fonte:

CID, MeSH, FMA, NANDA, SNOMED, GO, LOINC, ...

Preserva a semântica e estrutura interna das fontes

Estabelece sinonímia e novas relações entre conceitos de fontes diferentes

UMLS Interfaces Interface WEB: UMLS Knowledge Source

Serverhttp://umlsks.nlm.nih.gov/ user: pucpr senha: pucpr2003

“Search”: busca interativa “Advances Search”: Busca de linha de comando Interface JAVA: Knowledge Source Server API Semantic Navigator

UMLS Arquivos Arquivos locais em:

No VNC client: hercules.ppgia.pucpr.br:1cd 2003AC

user: senha: (com Roose) Manipulação dos arquivos em LINUX usando

comandos shell, PERL, PYTHON, JAVA,... Recomendação: customizar arquivos usando

grep e cut

UMLS Documentação Documentação das fontes

http://www.nlm.nih.gov/research/umls/UMLSDOC.HTML

Documentação do Knowledge Source Server:

UMLS META

MRCON

MRREL 380 M

151 M

outros







RelaçõesSemânticas

RelaçõesLexico-

Semânticas

UMLS META

MRCON

MRREL 380 M

151 M

outros








RelaçõesLexico-

Semânticas

UMLS MRCONC0023886|ITA|P|L1234371|PF|S1476317|Ascesso epatico amebico|3|C0023886|POR|P|L0319334|PF|S0427639|ABSCESSO HEPATICO AMEBIANO|3|C0023886|POR|S|L0425515|PF|S0549797|AMEBIASE HEPATICA|3|C0023886|POR|S|L0429003|PF|S0553285|ENTAMEBIASE HEPATICA|3|C0023886|POR|S|L2361076|PF|S2796947|Abcesso amebiano do figado|3|C0023886|RUS|P|L0901413|PF|S1105230|PECHENI ABSTSESS AMEBNYI|3|C0023886|RUS|S|L1508281|PF|S1804190|AMEBIAZ PECHENI|3|C0023886|SPA|P|L0613063|PF|S0779557|ABSCESO HEPATICO AMEBIANO|3|C0023886|SPA|S|L0442067|PF|S0566349|ENTAMEBIASIS HEPATICA|3|C0023886|SPA|S|L0613260|PF|S0779749|AMEBIASIS HEPATICA|3|C0023886|SPA|S|L2342901|PF|S2778756|Absceso hepatico amebiano|3|C0023889|DUT|P|L2053941|PF|S2392163|Circulatie, lever-|3|C0023889|DUT|S|L2065427|PF|S2403649|Levercirculatie|3|C0023889|ENG|P|L0023889|PF|S0058030|Liver Circulation|0|C0023889|ENG|P|L0023889|VC|S0421389|liver circulation|0|C0023889|ENG|P|L0023889|VW|S0025533|Circulation, Liver|0|C0023889|FIN|P|L1559216|PF|S1855125|maksan verenkierto|3|C0023889|FRE|P|L0170066|PF|S0234547|CIRCULATION HEPATIQUE|3|C0023889|GER|P|L1270517|PF|S1512463|Leberkreislauf|3|C0023889|GER|S|L1270498|PF|S1512444|Leberblutkreislauf|3|

UMLS MRCON: Campos CUI: identificador de conceito

(Código principal do UMLS ) LAT: Linguagem TS: Term status LUI: identificador de lexema STT: String type SUI: identificador de string STR: String LRL: Nível de restrição mínima

UMLS MRCON: Sinonímia (I)

C0004238|ENG|P|L0004238|PF |S0016668|Atrial Fibrillation|0|C0004238|ENG|P|L0004238|VCW|S0220832|Fibrillation, atrial|3|C0004238|ENG|P|L0004238|VCW|S0288232|FIBRILLATION ATRIAL|0|C0004238|ENG|P|L0004238|VCW|S1623628|Fibrillation atrial|3|C0004238|ENG|P|L0004238|VCW|S1912105|Fibrillation;atrial|3|C0004238|ENG|P|L0004238|VC |S0353486|ATRIAL FIBRILLATION|0|C0004238|ENG|P|L0004238|VC |S0356997|Atrial fibrillation|0|C0004238|ENG|P|L0004238|VC |S0415228|atrial fibrillation|0|C0004238|ENG|P|L0004238|VP |S0016669|Atrial Fibrillations|0|C0004238|ENG|P|L0004238|VWP|S0041388|Fibrillations, Atrial|0|C0004238|ENG|P|L0004238|VW |S0372707|Fibrillation, Atrial|0|C0004238|ENG|S|L0004327|PF |S0016899|Auricular Fibrillation|0|C0004238|ENG|S|L0004327|VC |S0353545|AURICULAR FIBRILLATION|0|C0004238|ENG|S|L0004327|VC |S0357130|Auricular fibrillation|0|C0004238|ENG|S|L0004327|VP |S0016900|Auricular Fibrillations|0|C0004238|ENG|S|L0004327|VWP|S0041389|Fibrillations, Auricular|0|C0004238|ENG|S|L0004327|VW |S0372708|Fibrillation, Auricular|0|C0004238|ENG|S|L0495689|PF |S0580463|AF - Atrial fibrillation|3|

CUI LAT TS LUI STT SUI STR LRL

ocorrências (tokens)

formas (tipos de string)

lexemas (unidades lexicais)




1 2 3 4 5 6 7 8 9 10

1 2 3 4 2 5 3 6 7 8

1 2 3 4 2 5 2 6 3 7

Lexemas vs. Strings

UMLS MRCON: CUI, LUI, SUI (II)Concept (CUI) Terms (LUIs) Strings (SUIs)C0004238

Atrial Fibrillation (preferred) Atrial Fibrillations Auricular Fibrillation Auricular Fibrillations

L0004238 Atrial Fibrillation (preferred) Atrial Fibrillations

S0016668 Atrial Fibrillation (preferred)

S0016669 Atrial Fibrillations

L0004327 (synonym) Auricular Fibrillation Auricular Fibrillations

S0016899 Auricular Fibrillation (preferred)

S0016900 (plural variant) Auricular Fibrillations

UMLS MRCON: Homógrafos14:34 schulz@supreme:/data/data/umls2003AA/2003AA/META )grep -i "|COLD <" MRCON | more

C0009264|ENG|S|L0009264|PF|S0007170|Cold <1>|0|C0009443|ENG|S|L0009264|PF|S0007171|Cold <2>|0|C0010412|ENG|S|L0009264|PF|S1556597|Cold <4>|0|C0024117|ENG|S|L0009264|PF|S0829315|COLD <3>|0|C0234192|ENG|S|L0009264|PF|S1556598|Cold <5>|0|C0719425|ENG|S|L0009264|PF|S1789118|Cold <6>|0|

UMLS META

MRCON

MRREL 380 M

151 M

outros








RelaçõesLexico-

Semânticas

Relações entre Conceitos

1º CUI 2º CUIRelações como:broadernarrowerparentchildis-ahas-locationpart-of...

A fonte é a autoridade para as relações, não o UMLS !

UMLS MRREL

C0001209|CHD|C0816432|isa |UWDA|UWDA||C0001209|CHD|C0816433|isa |UWDA|UWDA||C0001209|CHD|C0822997|part_of |UWDA|UWDA||C0001209|CHD|C0823051|part_of |UWDA|UWDA||C0001209|CHD|C0823068|part_of |UWDA|UWDA||C0001209|PAR|C0036277|has_part |UWDA|UWDA||C0001209|PAR|C0036277| |MSH |MSH ||C0001209|PAR|C0223623| |SNMI|SNMI||C0001209|PAR|C0223623| |SNM |SNM ||C0001209|PAR|C0507245|inverse_isa |UWDA|UWDA||C0001209|RB |C0036277|has_part |UWDA|UWDA||C0001209|RB |C0507245|inverse_isa |UWDA|UWDA||C0001209|RL |C0153514|mapped_from |SNMI|SNMI||C0001209|RN |C0816432|isa |UWDA|UWDA||C0001209|RN |C0816433|isa |UWDA|UWDA||C0001209|RN |C0822997|part_of |UWDA|UWDA||C0001209|RN |C0823051|part_of |UWDA|UWDA||C0001209|RN |C0823068|part_of |UWDA|UWDA||C0001209|RO |C0159669|has_location|SNMI|SNMI||

CUI1 REL CUI2 RELA SAB SL MG

UMLS MRREL: Campos CUI1: identificador do 1º conceito,

construido por “C” mis 7 algarismos REL: Relação de CUI2 com CUI1 CUI2: identificador do 2ºconceito RELA: Relação mais específica

(relation attribute) SAB: Fonte da relação SL: Fonte da relação

UMLS MRREL: Valores de REL RB: has a broader relationship RN: has a narrower

relationship RO: has relationship other than synonymous,

narrower, or broader RL: the relationship is similar or "alike". RQ: source asserted relatedness and possibly

synonymous. SY: source asserted synonymy. PAR: has parent relationship CHD: has child relationship

(in a Metathesaurus source vocabulary) SIB: has sibling relationship in a Metathesaurus

source vocabulary. AQ: is an allowed qualifier for the first concept in a

Metathesaurus source vocabulary. QB: can be qualified by.

UMLS META

MRCON

MRREL 380 M

151 M

outros








RelaçõesLexico-

Semânticas

Outros Arquivos de UMLS META MRFILES MRATX Associated Expressions MRCOC Co-occurring Concepts MRCOLS Attribute Relation MRCXT Concept Contexts MRDE Definitions MRSAB Source Metadata

Componentes do UMLS

UMLS Metathesaurus



0,6 M

3500 M

UMLS SN (semantic network) Sistema hierárquico de

135 categorias semânticas 54 Relações semânticas

Definições em texto livre Categorias e relações identificadas por

“type identifier”:T + 3 algarismos

Relações identificadas por Todos os CUIs são categorizados conforme

a SN

Semântica da UMLS SN (I) Taxonomia de categorias Taxonomia de relações Relações / Categorias:

rel (C1, C2) significa:Relação é possível entre conceitos pertencentes às categorias C1 e C2

Relações possíveis podem ser bloqueadas para categorias subordinadas

http://www.nlm.nih.gov/research/umls/META3_Figure_3.html

Arquivos Em /NET

SRDEF informações básicas sobre categorias e relações

SRSTR estrutura da rede semântica SRSTRE1 ,SRSTRE2

Todas as relações, inclusive as relações herdadas

Em /META: MRSTY: Tipos semânticos por conceito

Exercícios LINUX (I) Crie uma tabela mrcon_port que só contenha os

registros das strings portuguesas [grep]

Crie uma tabela mrcon_pref que só contenha o CUI e sua preferred string em Inglês [grep cut]

Faça uma estatística dos registros em Português, Espanhol, Inglês, Francês [grep, wc]

Crie uma tabela mrcon_port_word que só contenha termos portugueses de uma palavra só

Crie uma tabela mrrel_amostra contendo uma amostra aleatória de 1% da tabela MRREL

Exercícios LINUX (II) Use mrrel_amostra e substitua os CUI pelas

strings preferenciais (tabela mrcon_pref) Liste todos os homógrafos que ocorrem no

UMLS português Explore a tabela MRCXT. Pesquise o

signnificado Extraia o sistema SNOMED International e guarde-o numa tabela separada.

Explore a tabele STSTR. Selecione as relações anormais (que nao tem “|D|”)

Explore a tabela MRSTY. Calcule a média de tipos semânticos por conceito

Exercícios WEB (I) Acesse a interface “search” e pesquise

os seguintes termos variando as relações que você quer exibir. atherosclerosis cancer pineal gland Brazil ornidazole Pemphigus vegetans Ascaris lumbricoides Research nurse

coxarthrosis fracture of navicular femoral fracture appendectomy bronchial neoplasm eclampsia renal metastasis

Exercícios Web (II) Procure detectar a origem das relações

has_location is_a part_of mapped_to associated_with

Explore os tipos semânticos de Adenoma

Exercícios WEB (III) Explore o “UMLS semantic navigator”

e dê uma breve apresentação Explore o “UMLS Advanced Search”

Focused Search Command Line Query ASCII Relational Records

Documents

Disciplina: Tópicos Especiais em Tecnologia em Saúde III: Sistemas de Terminologia e Classificação em Saúde Stefan Schulz Universidade de Freiburg (Alemanha)