Upload
others
View
3
Download
0
Embed Size (px)
Citation preview
De rol van de pathologie in de diagnose en behandeling van maligniteiten
Jacques Van Huysse
Dienst Pathologie AZ Sint-Jan
Oncologisch Congres, 19 januari 2019
• Introductie
• Diagnostiek
• Therapie gerelateerde testen
• Nabije toekomst
Dienst pathologie
– Dienstverlenende specialiteit
– Histologische of cytologische diagnose
• Tumoraal (goedaardig/kwaadaardig)
• Functionele pathologie
– Classificatie van ziekte
– Bepalen van het ziekte stadium (pTNM), van belang voor de behandeling en de prognose van de patiënt
• Weefsel cilinder
tussen de 1 en 2
cm in lengte en
een kleine mm in
diameter.
• 1/50000 van de
totale levermassa.
4de editie, 20103de editie, 2000
Classificatie van tumoren
Per orgaan systeemPeriodieke revisie en update
5de editie, begin 2019
Personalized medicine
Personalized medicine, also termed precision medicine, is a medical procedure that
separates patients into different groups—with medical decisions, practices, interventions
and/or products being tailored to the individual patient based on their predicted
response or risk of disease (wikipedia)
• Biomarker, or biological marker: een objectief meetbare indicator van een normaal biologisch proces, een ziekteproces of een respons op therapie.
• Companion Diagnostics: een test die informatie geeft dewelke essentieel is voor het veilig en effectief gebruik van een bepaalde therapie.
– Identificatie van patiënten die het meeste baat hebben bij een behandeling
– Identificatie van patiënten met een hoog risico op neveneffecten
– Monitoring van een behandeling
• De evolutie naar een gepersonaliseerde geneeskunde is een gevolg van de ontwikkeling van nieuwe therapieën– TKI
– Anti-EGFR therapie
– Immuuntherapie
– …
HER2 in borstcarcinoom
• HER2 over expressie in borstcarcinoom (IHC, ISH)
• Bewezen over expressie → terugbetaling van Herceptine
• De test is terugbetaald sinds 2007
– Moet worden uitgevoerd onder ISO15189 accreditatie
Herceptine and chemotherapy in borstcarcinoma
50% minder kans op
recidief na 1 jaar
New England Journal of Medicine, October 20, 2005
HER2 Silver Dual Color Assay with Chr 17 Red ISH Breast and Gastric-Ca
HER2 non-amplified HER2 amplified
HER2
Chr17 chromosome 17
Immuuntherapie
Hashem et al, Front. Pharmacol., 23 August 2017 |
Immuuntherapie
Hashem et al, Front. Pharmacol., 23 August 2017 |
PDL1 IHC
• Minder goede biomarker• Verschillende studies met verschillende
antilichamen op verschillende toestellen• Tumorcellen versus inflammatoire cellen• Verschillende interpretatie criteria naargelang het
type tumor• NSCLC: PDL1 expressie op tumorcellen
– <1% geen terugbetaling– 1-50% terugbetaling in 2de lijn– >50% terugbetaling in 1ste lijn
PDL1 IHC
MMR IHC
• Screening naar familiale predispositie bij colorectaal carcinoom (Lynch syndroom)
• Verlies van expressie is geassocieerd met een grotere kans op aanmaak van immunogene eiwitten en respons op immunotherapie
Medullair type adenocarcinoom van het colon
MLH1
MSH6MSH2
PMS2
Mutatie analyse
• Opsporen van ‘actionable’ mutaties in tumoren
• PCR– Realtime PCR
– ddPCR
• Sequencing– Pyrosequencing
– Next Generation Sequencing
• …
KRAS en colorectaal carcinoom
• KRAS mutatie treedt op vroeg in de carcinogenese
• +/- 35% van de colorectale carcinomen heeft een mutatie.
KRAS en colorectaal carcinoom• Aanwezigheid van een activerende mutatie is indicatief voor resistentie
tegen anti-EGFR behandeling (cetuximab or panitumumab)
Amado RG, Wolf M, Freeman D, et al. Analysis of KRAS mutations in patients with metastatic colorectal cancer receiving panitumumab monotherapy. Proceedings of ECCO 14 — The European Cancer Conference; September 23–27, 2007; Barcelona, Spain
KRAS en colorectaal carcinoom
Next Generation Sequencing
• FFPE en cytologie
• Minstens 10% vitaal tumorweefsel
• Gebufferde formol
– Geen ontkalking
– Geen Bouin fixatie
• 6-48(72) uur fixatie
5’UTR 1 2 3 4 5 6 7 8 3’UTR
5’UTR 1 2 3 4 5 6 7 8 3’UTR
Library preparation
PCR
DNA fragmentadapter adapter
DNA fragmentRd1 SP Rd2 SPP5 ID P7
sequencing primer sites
flow cell attachment sites
index
ID
Per staal een unieke code
Illumina platform (MiSeq)
1.000.000 clusters/mm2
Reversible dye terminator sequencing
106 clusters/mm2
Sequencing cycle
Incorporate allfour nucleotides,each labeled with a different dye
Wash and 4-color image
Cleave dye and terminating groups, wash
Sequencing data
….
3 à 5 Gb sequencing data per run
SeqNext
• Software is de bottleneck
– Vorming van SAM en BAM files• Sequence Alignment Map• Binary Alignment Map
– VCF Files (Variant Call Format)
– Relevantie van gevonden mutatie nagaan• Biologische classificatie• Klinische classificatie
– Pathogenic– Probably pathogenic– Non pathogenic– Unknown
– Rapportering
RIZIV
RIZIVComPerMed 'standard of care' gene panel
GenenAZ Sint-Jan GeneRead
Actionable panelAZ Sint-Jan QiaSeq
custom panelMeta colon kanker Lonkanker
Kanker van weke delen (vermoeden GIST)
Meta melanoo
mGlioom Meta borstkanker
Schildklier kanker
Pancreas kanker
ALKex5,8,15,18,19,20, 22, 23, 24,
25,29ex22, 23, 25
APC ex6-16
BRAF ex15 ex7, 11, 12, 15, 16 ex15 (codon 600)ex15 (codon
600)ex15 (codon
600)ex15 (codon 600)
EGFRex2, 18, 19, 20, 21, 22, 23,
24ex2, 3, 4, 6, 7, 8, 12,13,15,17 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25
ex18, ex19, ex20, ex21
ERBB2 ex4-29
ESR1 ex3, 6, 9, 10Ex6 (codon 436), ex10 (
codon 543, 535, 536, 537, 538)
GNAS ex8,9 ex8, 9
H3F3A ex2 ex2
HRAS ex2,3 ex2, 3
IDH1 ex4 ex4 ex4
IDH2 ex4 ex4 ex4
KIT ex9, 11, 13, 17ex2, 8, 9, intr10/ex11, 13, 14,
15, 17, 18, 20, 21ex9, 11, 13, 14, 17, 18,
intr10/ex11ex9, 11, 13,
17, 18,
KRAS ex2, 3, 4 ex2,3,4,5 ex2 (codon 12, 13), ex3 (codon 59, 61), ex4 (codon 117, 146)
ex2 (codon 12, 13), ex3 (codon 59, 61),
ex4 (codon 117, 146)
MET ex14,19 ex14
NRAS ex2, 3, 4 ex2,3,4ex2 (codon12,13), ex3 (codon 59,61), ex4 (codon 117, 146)
ex2 (codon12,13), ex3 (codon 59,61)
PDGFRA ex12, 18ex3,4,5,7,10,12, 13,14, 15,
18,23ex12, 14, 18
PIK3CA ex3-21ex10 (codon 542, 545),
ex21 (codon 1047)
PTEN ex1-9
RET ex10, 11, 13,15,16
ROS1 ex1-43
TERT promotor, ex2
TP53 ex2,3,4,5,6,7,8,9,10,11
NGS netwerk
• Selectiecriteria : – #ziekenhuizen (2 ZH = 4 ptn, 4 ZH = 6 ptn, 6 ptn = 8 ptn…)
– #MOCs (500 MOCs = 4 ptn, 1000 MOCs = 6 ptn, 1500 MOCs = 8 ptn, 2000 MOCs = 10 ptn)
1/2 punten ZH + 1/2 punten MOCS ≥ 7
• Team– 2 Oncologen
– 2 Klinisch biologen of Pathologen
– 2 PhD (bio)med wetenschappen of gelijkwaardig
– 2 Bioinformatici (bachelor/master) of gelijkwaardig
– 2 MLTs
– Klinisch geneticus bij analyse van genen met erfelijke impact
ISO15189
Deelname aan benchmarking trial
ICT infrastructuur voor doorsturen data naar eHealt
NGS netwerk, voorstel dienst laboratoriumgeneeskunde en pathologie
Eerste partij- Administratief verantwoordelijke- Coördinator
Strategisch moleculair
adviesorgaan(2x/jaar)
CME
NGS labo onco
NGS labo onco-hemato
Eventueel ZH2, …
en/of NGS labo
oncoNGS labo
onco-hemato
ZH3
APO
MOConco
ZH4
APO
MOConco
KB
MOCOnco-hem
ZH3
KB
MOCOnco
hemato
MOConco
MOConcohem
MOConco
MOCOnco-hem
Molecularadvisory
boardOnco
Molecularadvisory
boardOnco-
hemato
Advies naar alleMOCsonco
Advies naar alleMOCs
onco-hemato
Alle stakeholders
CME
Rol van de pathologie in de gepersonaliseerde geneeskunde
• Weefsel, cytologie
• Borstcarcinomen– ER & PR & MIB1 IHC– HER2 IHC en SISH
• Maag en slokdarm adenocarcinomen– HER2 IHC en SISH– MLH1, PMS2, MSH2 en MSH6 IHC
• Long (NSCLC)– EGFR NGS-mutatie analyse– ALK, ROS en PDL1 IHC– ALK, ROS en MET FISH (uitbesteed onderzoek)
• Melanomen– BRAF NGS-mutatie analyse
• Colorectaal carcinoom– KRAS, NRAS en BRAF NGS-mutatie analyse– MLH1, PMS2, MSH2 en MSH6 IHC
• GIST– KIT en PDGFR NGS-mutatie analyse
• Up to date blijven• Kwaliteitsbewaking (ISO15189)• Nieuwe testen
– Uitbereiding NGS panel– Mutational load als biomarker voor
immunotherapie– Introductie van de Liquid biopsy
• Omgaan met resultaten waarvan de betekenis (nog) niet gekend is
• Omgaan met onverwachte resultaten.– Bv germline mutaties
Uitdagingen voor de toekomst
Conclusie
• Centrale rol in de diagnose en classificatie van ziekte.
• De patholoog analyseert en interpreteert moleculaire merkers die de behandelende geneesheer helpen in het beleid van individuele patiënten.