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Genetica della Conservazione Lezione 3 Genetica evolutiva delle popolazioni naturali Roberto Piergentili Universit à di Urbino “Carlo Bo”

Bo ” Genetica della Conservazione Carlo di Urbinourbigen.altervista.org/didattica/lezioni/GC03.pdf · 2012. 1. 27. · Carlo Bo ” Cosa influenza l’evoluzione? 1. La mutazione,cheintroduce

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Genetica della Conservazione

Lezione 3

Genetica evolutiva delle popolazioni naturaliRob

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o”L’evoluzione

È il cambiamento della composizione genetica di unapopolazione e si basa sulla diversità genetica dellapopolazione stessa. Sulla diversità genetica agisce laselezione naturale per determinare il cambiamento

evolutivo adattativo.

L’evoluzione quindi implica qualunque cambiamento

delle frequenze degli alleli, come determinate in base alprincipio di Hardy-Weinberg, dovuto ad una o piùeccezioni ai cinque capisaldi su cui la teoria stessa si basa.

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Cosa influenza l’evoluzione?1. La mutazione, che introduce nuova diversità genetica;

nel breve termine però è una forza debole perché i tassidi mutazione sono solitamente molto bassi

2. La migrazione (flusso genico), che riduce le differenzetra popolazioni e quindi riduce la diversità genetica dellaspecie

3. La selezione, che rappresenta la forza principaledell’evoluzione

4. Il caso, che ha importanza soprattutto per le popolazionidi piccole dimensioni, portando ad una perdita didiversità genetica

5. La frammentazione e la ridotta migrazione, che creanoun differenziamento casuale tra le sottopopolazioni (vedicorrelazioni con i punti 2 e 4)

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Una popolazione in evoluzione èun sistema complesso

competizione clima malattie

SELEZIONEmorte

adulti GAMETI

migrazione mutazione

accoppiamento

scelta del partner

CAMPIONAMENTO

CASUALEzigoti

perdita di diversità genetica

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La selezione naturaleLa teoria della selezione naturale di Darwin si basa sui seguenti principi:

� tutti gli organismi generano più figli di quanti ne possanosopravvivere (ad esempio, una felce può produrre 50 milioni di spore;se tutte sopravvivessero, in 2-3 anni ricoprirebbero tutta la superficieterrestre);� tutti questi individui, per poter sopravvivere, devono quindicombattere tra di loro;� gli individui di una specie sono comunque variabili tra loro, nonsono perfettamente identici (basti pensare all’uomo e al colore di pelle,capelli, occhi, all’altezza, al peso, ecc.);� in ogni specie, sopravvivono quelli che hanno un qualche vantaggio

rispetto agli altri in un certo ambiente, perché risultano più forti opossono accedere più facilmente a certe risorse;� gli organismi che sopravvivono possono trasmettere le lorocaratteristiche alle generazioni future.

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Confronto Darwin-Lamarck

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o”La sopravvivenza del più adatto

In altre parole, sopravvive il più adatto.

Ci volle circa un secolo dopo Darwin per dimostrare che:

• le mutazioni sono alla base dei cambiamenti,• insorgono spontaneamente nel DNA• l’ambiente semplicemente seleziona gli individui chepresentano mutazioni che li rendano più adatti in un certoluogo e/o in un certo tempo, poiché la sopravvivenza

dipende dall’ambiente in cui vive l’organismo e

l’ambiente cambia sia nello spazio che nel tempo.

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L’esempio dellaBiston betularia

Alla fine dell’800 intorno a Boston lafarfalla Biston betularia era bianca ei mutanti erano neri e sfavoriti perchéfacile preda degli uccelli quando siposavano sui tronchi bianchi dibetulla, loro luogo di riproduzione.Ma l’avvento della rivoluzioneindustriale e il conseguente depositodi fuliggine sui tronchi (dovuto allacombustione del carbone) cominciò afavorire i mutanti neri a scapito diquelli bianchi, invertendo il fenotiposelvatico (melanismo industriale,come fu chiamato). Difatti, si intendefenotipo selvatico quello che, in un

certo tempo e luogo, è il fenotipo piùcomune, il che significa più adattatoall’ambiente.

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La mutazione è un processo che altera la sequenza di basi nel DNA.

Generalità sulle mutazioni - 1

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o”Generalità sulle mutazioni - 2

Le mutazioni della linea somatica avvengono nelle cellulesomatiche e non sono trasmesse alle generazionisuccessive;

Le mutazioni della linea germinale sono trasmesse allegenerazioni successive.

Mutazione in avanti = cambiamento che porta un alleleverso una forma diversa da quella selvatica.

Retromutazione o reversione = cambiamento che riportal’allele verso il tipo selvatico.

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o”• mutazioni morfologiche

• mutazioni letali

• mutazioni condizionali

• mutazioni biochimiche

• mutazioni con perdita di funzione

• mutazioni con acquisto di funzione

• mutazioni silenti o neutrali

I tipi di mutazioni

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o”Mutazioni morfologiche: alterano le caratteristicheesteriori di un organismo come la forma, il colore, ledimensioni.Mutazioni letali: mutazioni in geni essenziali cheprovocano la morte degli individui.

Classificazione delle mutazioni

Mutazioni condizionali: un mutante condizionalepresenta il fenotipo mutante solo in un ambienteparticolare (condizione restrittiva), mentre presenta ilfenotipo selvatico in un ambiente diverso (condizionepermissiva); per esempio i temperatura-sensibili.Mutazioni biochimiche: alterano la capacità di unorganismo di sintetizzare una particolare molecolaessenziale per la crescita.

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La frequenza di mutazione

La frequenza di mutazione è specie-specifica, a volte cellulo-specifica!

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Si definisce frequenza di mutazione la frequenza concui una specifica mutazione compare in una popolazionedi cellule o individui (la popolazione può essere costitutada qualsiasi tipo cellulare) in un certo momento.

Frequenza di mutazione

In questo caso la frequenza di mutazione è 2/8 = 0,25.

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Si definisce tasso di mutazione il numero dellemutazioni che si verificano in una certa unità di tempo,misurata anche come numero di generazioni. È moltoimportante nella Genetica della Conservazione.

Tasso di mutazione

In questo caso, il tasso di mutazione è 1/7

(numero di divisioni cellulari), cioè circa 0,14.

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Variazioni nelle frequenzeSi abbia un allele A1 con frequenza p0 in una certa generazione. Lafrequenza di A1 alla generazione p1 (successiva) è uguale allafrequenza degli alleli A1 che non sono mutati. Poiché questi sonodeterminati dal tasso di mutazione, alla generazione successiva si avrà:

p1 = p0 (1 – µ)

dove µ indica il tasso di mutazione. Quindi la frequenza di A1diminuisce di un delta (�), calcolabile:

�p = p1 – p0 = p0 (1 – µ) – p0= – µp0

Ovviamente, ci sarà un corrispondente aumento dell’allele A2 pari a:

�q = + µ p0

La frequenza di A1

dipende quindi da (1) la frequenza iniziale, e

(2) il tasso di mutazione, e tende a calare nel tempo a favore di

nuovi alleli. Si ha quindi un “aumento” della diversità genetica!

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ConseguenzeIn base a quanto detto, la diversità dovrebbe sempre aumentare, glialleli incrementare il loro numero ed un certo allele diluirsi fino asparire. Questo di fatto non succede perché in molti casi i nuovi allelisono deleteri, quindi sono selezionati negativamente e vengonoeliminati dalla popolazione.Inoltre si può dimostrare matematicamente che:• la mutazione aumenta sì la diversità, ma agisce in tempiestremamente lunghi poiché i tassi di mutazione sono estremamentebassi; invece la selezione e (per popolazioni piccole) la deriva geneticahanno effetti più forti e più veloci;• più un allele recessivo (anche deleterio) è raro, più la sua velocità disparizione rallenta, poiché viene portato solo dagli eterozigoti, che nonsubiscono selezione; tali alleli si accumulano a frequenze molto bassenella popolazione e determinano il carico genetico;• un allele dominante deleterio tende ad essere perso rapidamente, percui riappare solo in caso di neomutazione.

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Migrazione e flusso genico

Contrariamente allamutazione, che altera i

rapporti allelici lentamentenel tempo, la migrazione

tra popolazioni bendifferenziate li alteravelocemente e può

ripristinare la diversitàgenetica in una

popolazione pocodifferenziata.

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o”Misura del flusso genico

La variazione di flusso genico, in seguito ad esempio amigrazione, è data da:

�q = m (qm – q0)

Dove m è il tasso di migrazione, che dipende dalnumero di individui che hanno migrato, qm è lafrequenza allelica negli immigranti e q0 quella nellapopolazione originale.

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Introgressione

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o”In molti casi di specie in pericolo, lamigrazione provoca danni! L’introgressioneè il fenomeno per cui alcune specie sonominacciate da specie imparentate non inpericolo. Per esempio, ~ 22% del DNA dellupo etiopico deriva dal cane domestico. Ilcinghiale sardo (Sus scrofa meridionalis) èdifferente rispetto alle varie forme dicinghiale continentale, il che gli è valso ilriconoscimento di sottospecie a sé stante. Èin corso uno studio, basato sull'impiego dimarcatori microsatelliti e mitocondriali, perdefinire la posizione del cinghiale sardorispetto ad altre popolazioni europee, e perverificare l'avvenuta introgressione nellapopolazione isolana di DNA di originealloctona. http://dizab.uniss.it/Apollonio/attiv/genetica/genetica.htm

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o”Selezione ed adattamento

Le specie evolvono in risposta al cambiamento ambientale.I cambiamenti evolutivi adattativi si attuano attraversol’impatto della selezione sulla variazione genetica,aumentando la frequenza degli alleli vantaggiosi.Un esempio è l’adattamento reciproco tra un organismo edun suo parassita. L’organismo evolve cercando dicontrastare il parassita, che a sua volta evolve cercando diaggirare le difese dell’ospite.

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Il caso dei conigli australiani

myxoma virus

Rabbits around a waterhole at the enclosed trial site at Wardang Island, 1938

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o”In November 1937, the Council for Scientific and Industrial Research conducted itsfirst field trial of myxomatosis at Wardang Island, South Australia, establishing theground work for the first successful release of the myxoma virus in the early 1950s.The myxomatosis program was a world first in the biological control of mammalianpests, reducing rabbit numbers for 600 million to 100 million in just 2 years.

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o”E alla fine…

Alla fine, circa nel 1958, dopo la sesta infezioneepizootica, ci si rese conto che:

• i conigli si erano evoluti per diventare resistenti almyxoma virus;

• lo stesso virus si era evoluto per diventare menovirulento, così da poter essere trasmesso con maggioreefficienza (un coniglio morto non è un buon mezzo di

diffusione, per il myxoma virus…)

Solo se i cambiamenti ambientali sono così estremi che

nessun individuo può farvi fronte, si ha estinzione!

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o”Regola generale

L’evoluzione adattativa fa sì che se i cambiamentievolutivi si protraggono nel tempo, possono permettere aduna popolazione/specie di poter vivere in condizionimolto più estreme di quelle in precedenza tollerate daqualsiasi singolo soggetto.

Nota bene: la selezione opera in tutti gli stadi del ciclo

vitale!

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Un esempio di selezione sessualeLa fertilità di

moscerini con occhibianchi e rossi è

paragonabile; tuttavia,mentre i maschi non“badano” al coloredegli occhi dellefemmine, queste

ultime non“gradiscono” maschicon occhi bianchi. Il

carattere tende adessere perso dalla

popolazione nel girodi poche generazioni!

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o”Selezione e fitness

Nella legge di Hardy-Weinberg si dà per scontato chetutti i genotipi abbiano la stessa fitness (valore assuntoper convenzione: 1), cosa che ovviamente non èsempre vera. Nei casi in cui la fitness sia inferiore a 1,questo influenzerà non solo il numero totale diindividui, ma soprattutto le frequenze geniche (equindi genotipiche) relative, ossia cambieranno irapporti tra alleli nella popolazione.La fitness media (w) di due alleli in una popolazioneall’equilibrio ci dà la misura del numero medio attesodi discendenti per individuo.

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o”Il caso degli alleli letali recessivi

Se A ed a hanno stessafitness, allora si ha:

1q2aa

12pqAa

1p2AA

fitnessfrequenzagenotipo

0q2aa

12pqAa

1p2AA

fitnessfrequenzagenotipo

w = p2x1 + 2pqx1 + q2x1 = 1

Se A ed a non hannostessa fitness, allora si ha:

w = p2x1 + 2pqx1 + q2x0 = 1;w = p2 + 2pq = p (p + 2q) == p (1 + q) = 1da cui: p = 1/(1 + q)

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o”La generazione successiva

0q2/(1+q)2aa

12q/(1+q)2Aa

11/(1+q)2AA

fitnessfrequenzagenotipo

La frequenza di a nella generazione successiva è ilrapporto tra i soli eterozigoti (gli omozigoti a/a sonomorti) fratto il totale della popolazione, cioè 1/(1+q).

q1 = 2pq/2p(1+q) = q/(1+q)

La tabella diventa quindi:

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o”La generazione n-esima

Reiterando i calcoli, si ha che: q2 = 1/(1+2q)

Da cui:

qn = 1/(1+nq)�q = q1 – q = – q2/(1+q)

Cioè ad ogni generazione la frequenza di q

scende, fino al limite a diventare zero!

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o”Selezione contro l’omozigote recessivo

Molto spesso un genotipo non ha fitness zero, ma unvalore intermedio compreso tra zero e uno. La fitnessverrà quindi diminuita di un fattore s, dettocoefficiente di selezione, come in tabella:

1-sq2aa

12pqAa

1p2AA

fitnessfrequenzagenotipo

s = 0 � no selezione

s = 1 � letale recessivo

w = p2x1 + 2pqx1 + q2(1-s) == p2 + 2pq + q2 – sq2 = 1 – sq2

da cui la frequenza di a in q1 è:

q1 = q(1 –sq)/(1 –sq2), e:�q = –sq2(1 –q)/(1 –sq2)� anche qui a tende a sparire!

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o”Selezione contro l’eterozigote

1q2aa

1-s2pqAa

1p2AA

fitnessfrequenzagenotipo

In questo caso il genotipo svantaggiato è l’eterozigote (peresempio incompatibilità del fattore Rh tra madre e figlio).

w = 1 –2pqs

q1 = q(1 –sp) 1 –2spq

�q = –2spq(1/2 –q) 1 –2spq

ATTENZIONE: �q può essere sia positivo che negativo! Seq<0,5 allora �q è negativo, ma se q>0,5 allora �q è positivo,quindi q o incrementa o cala nel tempo. Solo se q=0,5 hofrequenze costanti, ma questo è un equilibrio instabile che puòessere facilmente perturbato.

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o”Selezione a favore dell’eterozigoteÈ il caso del polimorfismo bilanciato. In questocaso ci sono due coefficienti di selezione, spesso divalore diverso, detti s e t.

1-tq2aa

12pqAa

1-sp2AA

fitnessfrequenzagenotipow = 1 –sp2 –tq2

q1 = (q–tq2)/(1–sp2–tq2)

�q = pq (sp – tq)

1 –sp2 –tq2

Se i coefficienti di selezione restano costanti, l’equilibrio è stabile!

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Il casodell’anemiafalciforme

Gli alleli che inomozigosi dannoletalità tendono adessere persi perchéc’è un continuodepauperamento ditale allele dovuto alla

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morte degli omozigoti; se l’allele ha effettianche in eterozigosi la perdita sarà ancora piùrapida, a meno che non presenti un qualchevantaggio inatteso. Un esempio in tal senso èl’allele che dà l’anemia falciforme. Questo,normalmente letale come omozigote e confenotipo anemico come eterozigote, siautomantiene in eterozigosi nelle popolazioniche vivono in zone in cui è presente la malaria inquanto l’anemia che ne deriva interferisce con ilnormale ciclo riproduttivo del plasmodio della

malaria, un protozoo trasmesso tramite lazanzara anofele.

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Altri esempi di vantaggiodell’eterozigote

Gli individui eterozigoti per la fibrosi cistica sono resistentialle enterocoliti; il feto eterozigote per la fenilchetonuria

(PKU) è resistente all’aborto causato da una micotossina; lamalattia di Tay-Sachs (difetto nel metabolismo dei lipidi,con conseguente neurodegenerazione) rende il portatoreresistente alla tubercolosi.

In altri casi invece l’allele deleterio non viene perso perchénon influisce sulla fitness dell’individuo; questo accade adesempio quando la malattia insorge dopo l’età riproduttiva(es. Parkinson, Alzheimer).

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o”Selezione su caratteri quantitativi

L’ereditabilità (h2) indica quanto un caratterequantitativo viene trasmesso da una generazioneall’altra. Rappresenta la proporzione di variazionetotale (varianza) per un carattere in una popolazione, edè dovuta a differenze genetiche e/o ambientali tra gliindividui. In altre parole, riflette il grado di somiglianzaper quel carattere tra individui imparentati e si puòmisurare confrontando il carattere tra questi individui.

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L’ereditabilitàva

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valore medio dei genitori valore medio dei genitori valore medio dei genitori

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o”La pendenza della relazione tra media della prole e media deigenitori (coefficiente di regressione) è la misura direttadell’ereditabilità h2 di un carattere. Se il coefficiente vale 1 (retta a45°) l’ereditabilità è 1, quindi le differenze tra genitori e figlidovute all’ambiente sono trascurabili (sinistra). Se la pendenza èzero (destra), allora h2=0, quindi tutte le differenze tra genitori efigli sono dovute all’effetto dell’ambiente. Per casi intermedi(centro), h2 assume valori intermedi. Molti caratteri quantitativi sicomportano come nella figura al centro.

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Conseguenze

• Se h2=1, possiamo prevedere un’alta risposta allaselezione, poiché il carattere è controllato esclusivamentedai geni• Se h2=0, le differenze tra genitori e figli dipendonodall’ambiente, ma non dai geni, quindi la selezione non haeffetto• Se infine è 0<h2<1 allora la risposta alla selezione saràintermedia (per esempio, se h2=0,5 allora i figli avrannouna media che devia da quella della popolazione ingenerale la metà di quanto non faccia quella dei genitori)

Le ereditabilità predicono la risposta evolutiva!

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o”Misurazione di h2

h2 = VG/VP dove VG è la proporzione di variazionedovuta a differenze genetiche e VP la quantità totale divariazione fenotipica.VG dipende dal livello di eterozigosità dei loci analizzati;VP invece è la somma delle variazioni dovute adifferenze genetiche (VG) più quelle ambientali (VE),cioè VP = VG + VE.VE può essere misurata analizzando individuigeneticamente identici (per esempio in seguito adinincrocio), da cui: VG = VP –VE.

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Componenti di VG

Abbiamo detto che VG dipende dal livello di eterozigositàdei loci analizzati; le sue componenti sono la varianzaadditiva (VA), la varianza di dominanza (VD) e la varianzad’interazione (VI), cioè:

VG = VA + VD + VI

•VA è la componente genetica dell’ereditabilità(h2=VA/VP) e predice la risposta alla selezione;•VD riflette la suscettibilità alla depressione da inincrocio;•VI è dovuta all’interazione tra loci e serve a valutarel’impatto dell’esoincrocio.

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o”Conclusioni sulle ereditabilità

1. Sono specifiche di caratteri particolari, per popolazioniparticolari, che vivono in ambienti particolari

2. A parità di ambiente, le popolazioni con maggiore gradodi eterozigosità possiedono maggiori ereditabilità

3. L’ereditabilità di caratteri simili ha valori simili anche inspecie diverse (regola empirica)

4. Il valore di h2 tende ad essere più basso per caratteri cheagiscono direttamente sulla fitness, mentre è più alto percaratteri che vi contribuiscono meno.

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Interazione genotipo-ambiente

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o”Si ha quando una popolazione siadatta a particolari condizioniambientali, per cui gli individui chela compongono si riproduconomeglio nelle loro condizioni nativeche in altri ambienti.

Di norma, si manifesta come unagradazione di prestazioni inambienti diversi, oppure di cambia-menti inter-individuali che sipresentano in ambienti eterogenei.

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Un esempio di interazionegenotipo/ambiente non graduale

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Un esempio diinterazione

genotipo/ambientegraduale

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o”Interazione genotipo-ambiente egestione delle specie in pericolo

� La fitness non può essere prevista se non si conoscel’interazione genotipo-ambiente degli individui riallocati� Il successo della reintroduzione può esserecompromesso dall’adattamento genetico alla cattività� Il mescolamento di popolazioni diverse potrebbeportare a combinazioni genetiche con basse prestazioni(fitness) in uno o più ambienti di reintroduzione� La conoscenza dell’interazione deve essere nota perpoter selezionare le popolazioni da reintrodurrenell’ambiente selvatico

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o”Equilibrio mutazione-selezione

Di tutte le mutazioni che insorgono spontaneamente nel genoma eche hanno effetti fenotipici (escluse quindi le mutazioni silenti oselettivamente neutrali), si stima che solo l’1-2% possa avereeffetti vantaggiosi. La selezione può rimuovere alleli deleteriinsorti in seguito ad eventi mutazionali. Tuttavia, soprattutto inpopolazioni grandi, tale processo è molto lento e il numero dimutazioni deleterie che insorgono ex novo è di norma maggiore

del numero di alleli deleteri persi. Quando si raggiunge unbilanciamento tra questi processi (se no la popolazionescompare...) si ha l’equilibrio mutazione-selezione. Laconseguenza è che tutte le popolazioni naturali che praticanoesoincrocio hanno basse frequenze di alleli deleteri, checoncorrono al carico mutazionale.

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Un esempio di carico mutazionale in-dotto artificialmente

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o”Images of barn swallows (Hirundo rusticaL., rondine comune) living near the site ofthe Chernobyl Nuclear Power Plantexplosion show a variety of abnormalfeatures. Picture (a) shows a normalswallow, while the other pictures showsigns of albinism (white feathers),deformed beaks, deformed air sacs, andbent tail feathers.The high levels ofabnormalities in the birds suggest thatradiation is also the culprit in the higherthan average levels of health issues inhumans living near Chernobyl - a directcontradiction to a World HealthOrganization - led report blaming socialstresses for the ailments. Photographscourtesy Tim Mousseau

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o”Equilibrio mutazione-selezione

La frequenza q all’equilibrio di un allele deleterio è:

q=�µ/s

dove µ è il tasso di mutazione e s il coefficiente diselezione.

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o”Quindi:

1. C’è carico genetico in tutte le specie, sia in pericoloche non

2. Gli alleli deleteri sono di norma meno dell’1% perlocus

3. Molti loci hanno alleli deleteri4. Le frequenze dei singoli alleli deleteri variano in base

al tipo di eredità ed alla dominanza5. La maggior parte delle mutazioni deleterie sono

parzialmente recessive.