Biological Magnetic Resonance Data Bank

7/21/2019 Biological Magnetic Resonance Data Bank

1/7

Biological Magnetic Resonance Data Bank

Abstrak


2/7

Biological Magnetic Resonance Data Bank digunakan untuk

mengumpulkan, arsip, dan menyebarluaskan data kuantitatif

penting seluruh dunia dalam domain publik yang berasal dari

NMR spektroskopi penyelidikan biologis makromolekul. Data

relevan yang disimpan oleh para ilmuwan yang telah dihasilkan

maka akan dikonsultasikan dengan oleh para ilmuwan tersebut.

Dalam kolaborasi dengan rotein Data Bank, BMRB menyediakan

link antara spektral data dan koordinat atom yang terkait. BMRB

beker!a dengan komunitas pengguna untuk mengembangkan

format data yang dapat dikelola oleh komputer dan digunakan

untuk generasi pengetahuan yang ada hubungannya dengan

informasi dari database lain.

"u!uan dari BMRB adalah untuk memberdayakan para ilmuwan

dalam analisis struktur, dinamika, dan kimia sistem biologis.

Melalui kolaborasi internasional dan situs miror, BMRB berupaya

untuk melibatkan partisipasi kelompok yang lebih luas dari para

ilmuwan serta untuk meningkatkan layanan di seluruh dunia.

"ampilan home pada link BMRB terdapat beberapa menu yang

di dalamnya dapat digunakan untuk berbagai macam

kepentingan. Beberapa menu tersebut yaitu # $earch, %alidation

"ools, Deposit Data, $pectroscopists& 'orner, rogrammers&

'orner, Metabolomics, (ducational )utreach, NMR Data *ormat,

+inks to (ternal $ites, BMRB Mirror $ites.

-. About BMRB

About BMRB berisikan tentang apa itu BMRB dan men!elaskan

tentang deskripsi dari BMRB itu sendiri. $elain itu, about BMRB

!uga terdapat informasi tentang citing BMRB, News, *unding 'uts

and $ Biological Database /nfrastucture0, Mailing list, BMRB

Description, dan BMRB $ta1.


3/7

2. $earch

$earch merupakan menu yang dapat digunakan untuk mencari

suatu data yang terdapat pada BMRB. Dalam menu search yang

terdapat pada BMRB, meliputi#

$earch Archive

3uery 4rid /nterface

*A$"A search

New (ntries

(ntries on 5old

NMR "ime6domain Data

NMR Restraints from DB MR *iles

Relational "ables

(ntries relating to human diseases

$emua menu pada search diatas memiliki fungsi yang sama

yaitu digunakan untuk mencari segala informasi yang terdapat

pada BMRB.

7. %alidation "ools

%alidation "ools digunakan untuk memeriksa NMR

eksperimental data dan struktur 8le sebelum meng6upload.

Didalam %alidation "ools terdapat submenu, yaitu #

%alidation "ools

'hemical $hift vs 'oordinate nomenclature check

rotein structure %alidation $uite 9$%$0

i'ing %alidation ackage

%isuali:ation server dan 'heck $hift

;. Deposit Data
http://www.bmrb.wisc.edu/search/http://www.bmrb.wisc.edu/search/query_grid/initial_grid.htmlhttp://www.bmrb.wisc.edu/data_access/fasta.shtmlhttp://www.bmrb.wisc.edu/data_library/released.shtmlhttp://www.bmrb.wisc.edu/data_library/held.shtmlhttp://www.bmrb.wisc.edu/data_library/timedomain.shtmlhttp://restraintsgrid.bmrb.wisc.edu/http://www.bmrb.wisc.edu/search/rdb31.shtmlhttp://www.bmrb.wisc.edu/data_library/Diseases/http://www.bmrb.wisc.edu/search/query_grid/initial_grid.htmlhttp://www.bmrb.wisc.edu/data_access/fasta.shtmlhttp://www.bmrb.wisc.edu/data_library/released.shtmlhttp://www.bmrb.wisc.edu/data_library/held.shtmlhttp://www.bmrb.wisc.edu/data_library/timedomain.shtmlhttp://restraintsgrid.bmrb.wisc.edu/http://www.bmrb.wisc.edu/search/rdb31.shtmlhttp://www.bmrb.wisc.edu/data_library/Diseases/http://www.bmrb.wisc.edu/search/


4/7

Deposit data merupakan perangkat lunak yang dapat

mengkonversi 8le data dari berbagai format, termasuk /,

. $pectroscopists& 'orner

Didalam menu $pectroscopists& 'orner terdapat beberapa

submenu yang meliputi #

$pectroscopists& 'orner

ublished studies utili:ing the BMRB database

De8ned $tandart, NMR (periment

NMR $oftware, ?ishart Research 4roup webserves

Academic and commercial software
http://www.bmrb.wisc.edu/deposit/http://www.bmrb.wisc.edu/bmrb/data_accepted.shtmlhttp://www.bmrb.wisc.edu/adit-nmr/http://www.bmrb.wisc.edu/adit-nmr/tutorial/adit_overview.phphttp://www.bmrb.wisc.edu/smsdep/http://www.bmrb.wisc.edu/smsdep/docs/SMSDep-about.htmlhttp://deposit.bmrb.wisc.edu/cgi-bin/bmrb-adit/standalone-shift-coordhttp://www.bmrb.wisc.edu/software/starch/http://www.bmrb.wisc.edu/software/tablegen/http://www.bmrb.wisc.edu/ref_info/http://www.bmrb.wisc.edu/deposit/http://www.bmrb.wisc.edu/bmrb/data_accepted.shtmlhttp://www.bmrb.wisc.edu/adit-nmr/http://www.bmrb.wisc.edu/adit-nmr/tutorial/adit_overview.phphttp://www.bmrb.wisc.edu/smsdep/http://www.bmrb.wisc.edu/smsdep/docs/SMSDep-about.htmlhttp://deposit.bmrb.wisc.edu/cgi-bin/bmrb-adit/standalone-shift-coordhttp://www.bmrb.wisc.edu/software/starch/http://www.bmrb.wisc.edu/software/tablegen/http://www.bmrb.wisc.edu/ref_info/


5/7

@. rogrammers 'orner

BMRB dan komunitas NMR telah mengembangkan dan

membuat koleksi perangkat lunak kode untuk memanipulasi NMR

8le data, data dan pengembangan eksperimen RMN. ode

disediakan Csebagaimana adanyaC dan tanpa !aminan apapun.

Beberapa submenu yang terdapat pada rogrammers 'orner

yaitu meliputi #

rogrammers 'orner

$ubmitting pulse programs

ystarlib

$tarlib

$tarlib!.!ar

$tarlib! documentation

$AN$ parsers

$AN$ ini berbasis callback bintang parsers mirip $A


6/7

berbeda. Didalam menu Metabolomics terdapat beberapa

submenu, yaitu #

Metabolomics 5ome

$tandart 'ompounds

NMR eaks 3uery

Molecular Mass 'alculator

*ind *ormulaGMolecule by Mass

5euristically Determined *ormula by Mass

Metabolomics websites

Bulk archives

Data pload

Data policy

H. (ducational )utreach

Dalam istilah yang sangat luas dan pen!angkauan yang

meluas, dampak dari penyiaran publik melalui berbagai media

layanan, bahan6bahan pendidikan dan aktivitas6aktivitas

kolaboratif yang dirancang untuk melibatkan individu dan

mendorong partisipasi masyarakat dalam mengatasi isu6isu yang

men!adi perhatian.

endidikan pen!angkauan mengacu pada kegiatan yang

mendukung pendidikan formal atau berbasis kelas, serta

pendidikan informal yang ter!adi di luar kelas. ampanye

pendidikan pen!angkauan menyediakan pengalaman pendidikan

untuk orang6orang muda di ruang kelas, perpustakaan, program

setelah sekolah, organisasi berbasis komunitas, Museum serta

mendukung pengembangan para profesional yang beker!a sama.

De8nisi ini tidak mengecualikan inisiatif yang !uga memiliki situs

?eb target khalayak umum. Namun, pada intinya proyek6proyek

yang kita fokuskan pada memiliki misi pendidikan yang kuat,

dalam arti lebih tradisional dari istilah. Dalam menu (ducational

)utreach yang terdapat pada BMRB, meliputi#

(ducational )utreach
http://www.bmrb.wisc.edu/education/http://www.bmrb.wisc.edu/education/


7/7

Molecular 5ighlights

Macromolecular NMR

$olid $tate NMR

NMR Acronyms

Molecular /mages

I. NMR Data Formats

-J. +ink to (ternal $ites

+ink to eternal site merupakan suatu situs yang
http://www.bmrb.wisc.edu/featuredSys/featured_sys_arch.htmlhttp://www.bmrb.wisc.edu/education/mac_mol_nmr/mac_mol_nmr_intro.htmlhttp://www.bmrb.wisc.edu/solid_state/http://www.bmrb.wisc.edu/education/nmr_acronym.phphttp://www.bmrb.wisc.edu/servlet_data/molgrap/http://www.bmrb.wisc.edu/featuredSys/featured_sys_arch.htmlhttp://www.bmrb.wisc.edu/education/mac_mol_nmr/mac_mol_nmr_intro.htmlhttp://www.bmrb.wisc.edu/solid_state/http://www.bmrb.wisc.edu/education/nmr_acronym.phphttp://www.bmrb.wisc.edu/servlet_data/molgrap/

Documents

Biological Magnetic Resonance Data Bank