-
8/17/2019 Bioinformatika-Analisis Homologi Sekuen DNA (1)
1/26
BIOINFORMATIKA:BIOLOGI MATEMATIKA
[email protected]
-
8/17/2019 Bioinformatika-Analisis Homologi Sekuen DNA (1)
2/26
...Wha is
Bi!inf!"maics#...Computational
BiologyBioinformatics
Genomics
Functional
genomicsProteomics
Structural
bioinformatics
-
8/17/2019 Bioinformatika-Analisis Homologi Sekuen DNA (1)
3/26
BIOINFORMATIKA: $ABANG KOM%&TA'I (ARI BIOLOGI
MOLEK&MER&%AKAN TEKNOLOGI %ENG&M%&LAN* %EANALI'I'*
INTER%RETA'I* %EN)EBARAN* (AN(ARI INFORMA'I BIOLOGI.
%+",+m-anan Bi!l!i M!l+,ul+" unu, M+n+nu,an '+,u+nNu,l+!ida dan
%"!+in
Inf!"masi -i!l!i: (NA* RNA* G+n
%+numpulan dan %+n/impanan(aa
0G+nBan,* EMBL dan ((B12
W+-si+: N$BI* EBI* ((B1
Analisis (aa
Apli,asi:
Id+ni3,asi sp+
%+n+nuan mu(NA 0'N%2.
R+,a/asa G+n+
-
8/17/2019 Bioinformatika-Analisis Homologi Sekuen DNA (1)
4/26
Sekuen DNA dari gen
hydrogenase GSalmonella typhimurium
-
8/17/2019 Bioinformatika-Analisis Homologi Sekuen DNA (1)
5/26
Analisis (aa '+,u+n (NA
DNA:
Utas ganda
Perpasangan antiparalel:
sejajar, berlawanan arah5’------ATTCGGATGCGA-----3’
3’------TAAGCCTACGCT-----5’
-
8/17/2019 Bioinformatika-Analisis Homologi Sekuen DNA (1)
6/26
'+,u+n (NA
-
8/17/2019 Bioinformatika-Analisis Homologi Sekuen DNA (1)
7/26
Analisis (aa '+,u+n (NA Analisis 4!m!l!i
Mencari sekuen DNA organisme target
Cari gen spesifik (contoh: Salmonellatyphimurium hydrogenase
G)
Kunjungi website GenBank
berikut:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
Penyiapan Data Format Fast
-
8/17/2019 Bioinformatika-Analisis Homologi Sekuen DNA (1)
8/26
-
8/17/2019 Bioinformatika-Analisis Homologi Sekuen DNA (1)
9/26
-
8/17/2019 Bioinformatika-Analisis Homologi Sekuen DNA (1)
10/26
-
8/17/2019 Bioinformatika-Analisis Homologi Sekuen DNA (1)
11/26
Bu,a n!+pad m+lalui sa"5p"!"am5acc+ss!"i+s56,li,7 n!+pad.
%indah,an daa u"uan (NA ,+ 3l+ n!+pad. Au"daa s+p+"i f!"ma
-+"i,u:
8 0nama2
u"uan nu,l+!ida anda
F!"ma ini dis+-u f!"ma Fasa. 'impan dan -+"inama 3l+ anda d+nan
+,s+nsi fas 0c!n!h:'alm!n+lla /phimu"ium h/d"!+nas+ G.fas2.
-
8/17/2019 Bioinformatika-Analisis Homologi Sekuen DNA (1)
12/26
nalisis Kesejajaran
Buka kembali website GenBank
!"B#http://www.ncbi.nlm.nih.gov
-
8/17/2019 Bioinformatika-Analisis Homologi Sekuen DNA (1)
13/26
•%ilih Blas
-
8/17/2019 Bioinformatika-Analisis Homologi Sekuen DNA (1)
14/26
• %ilih nucl+!id+ -las
-
8/17/2019 Bioinformatika-Analisis Homologi Sekuen DNA (1)
15/26
• Masu,,an s+,u+n /an +lah dica"is+-+lumn/a. 0Bacillus ;'2
-
8/17/2019 Bioinformatika-Analisis Homologi Sekuen DNA (1)
16/26
-
8/17/2019 Bioinformatika-Analisis Homologi Sekuen DNA (1)
17/26
-
8/17/2019 Bioinformatika-Analisis Homologi Sekuen DNA (1)
18/26
• %ilih s+,u+n5s+,u+n (NA* simpan ,+
dalam 3l+ n!+pad.
-
8/17/2019 Bioinformatika-Analisis Homologi Sekuen DNA (1)
19/26
nalisis $omolog%enggunakan
B#&'D#(
-
8/17/2019 Bioinformatika-Analisis Homologi Sekuen DNA (1)
20/26
• Bua Pr!gra" Bi!edit, bua #ile n!tepad $ang
baru disi"pan% &li: 'ile, (pen• Bua #ile n!tepad%
-
8/17/2019 Bioinformatika-Analisis Homologi Sekuen DNA (1)
21/26
• Pilih semua sekuen. Klik di bagian
nama sekuen lalu tekan ctrl A• Klik Accessory Application• Klik
Clustal !ultiple alignment
-
8/17/2019 Bioinformatika-Analisis Homologi Sekuen DNA (1)
22/26
• Keluar Clustal "ptions• Klik #un Clustal
-
8/17/2019 Bioinformatika-Analisis Homologi Sekuen DNA (1)
23/26
• Keluar $ampilan %ioedit Se&uen
Alignment 'ditor • Klik "K
-
8/17/2019 Bioinformatika-Analisis Homologi Sekuen DNA (1)
24/26
• Keluar proses penye(a(aran
• $unggu sampai selesai
• Keluar hasil penye(a(aran) perbesar tampilan
-
8/17/2019 Bioinformatika-Analisis Homologi Sekuen DNA (1)
25/26
• *alu Klik.
-
8/17/2019 Bioinformatika-Analisis Homologi Sekuen DNA (1)
26/26
B+"dasa",an hasil analisis h!m!l!i*
dapa di,+ahui: (a+"ah /an m+nalami muasi 0'N%2.
4u-unan ,+,+"a-aan ana" sp+si+s.
