Bases de datos secundarias. Briefings in Bioinformatics 3 (2002): 265-274

Bases de datos secundarias


Briefings in Bioinformatics 3 (2002): 265-274


http://prosite.expasy.org/

Puedes descargarte

la BD


Información almacenada en PROSITE


Información registrada en un Fichero .DAT

- La información de un fichero DAT está organizada en campos definidos por las dos primeras letras de cada línea

- Esta información es utilizada por los programas de ordenador que buscan regiones conservadas en una secuencia


Registro PROSITE. DAT con un patrón (en formato plano)


Registro PROSITE.DAT con formato PROSITE


Registro PROSITE.DAT con formato Nice Site (1)


Registro PROSITE.DAT con formato Nice Site (2)


Los registros PROSITE.DOC


Estructura de un registro PROSITE.DOC (formato plano)

1.- Descripción de las características de la familia o

dominio, junto con una lista de las proteínas que lo contienen

2.- La sección técnica describe el patrón o perfil conservado.

3.- Referencias bibliográficas

Códigos ID


Registro PROSITE.DOC con formato PROSITE

Referencias

Parte técnica

Descripción


Registro PROSITE.DOC con formato Nice Site (1)


Puedes ir directamente a la

parte del registro .DOC que te

interesaEl patrón

Puedes ver el logo

Registro PROSITE.DOC con formato Nice Site (2)


Logo del patrón almacenado en PROSITE


PROSITE también almacena perfiles


Construcción de perfiles


Registro PROSITE.DAT que contiene un perfil en formato plano (1)


Registro PROSITE.DAT que contiene un perfil en formato plano (2)

Bases de datos secundariasPenalizaciones aplicadas

por defecto a la introduccion de

inserciones o deleciones y a sus extensiones

Región más tolerante a la presencia de indels

Distintos estados M (match) e I (insertion)

Puntuaciones específicas para cada posición

Ejemplo de un perfil de PROSITE (PS50002)


Registro PROSITE.DAT con un perfil, en formato PROSITE (1)


Registro PROSITE.DAT con un perfil, en formato PROSITE (2)


Registro PROSITE.DAT con un perfil, en formato Nice Site (1)


Registro PROSITE.DAT con un perfil, en formato Nice Site (2)


Registro PROSITE.DOC de un perfil

Formato planoFormato PROSITE


Registro PROSITE.DOC de un perfil con formato Nice Site (1)






Las reglas de PRORULE permiten generar anotaciones de forma automática.

PRORULE: Las reglas de PROSITE


Cómo utilizar PRORULE

http://prosite.expasy.org/prorule.html

Introduce aquí el código de acceso de la

regla o una palabra clave

Puedes ver los registros de

PRORULE según diversos criterios


Fichero .DAT de una regla


Fichero de una regla en formato Nice Site


Puedes ver los registros de la BD

según diversos criterios

Acceso directo a un registro de la

BD (introduciendo un código o una palabra clave)

Acceso directo a un registro de PROSITE


Introduce aquí el nombre de un dominio:

leucine zipper

1.- Búsqueda de un dominio por palabras clave


PROSITE: Resultado de la búsqueda

Pincha aquí para acceder a la información

sobre el dominio (el fichero .DOC)


El fichero .DOC contiene información sobre el dominio

Pincha aquí para ver el patrón o el

perfil (el fichero .DAT)


El fichero .DAT describe el perfil del dominio


http://prosite.expasy.org/scanprosite/


Introduce aquí una secuencia en formato FASTA (o un identificador

válido)

1.- Búsqueda rápida


Resultado de la búsqueda (1)



Ha encontrado dos perfiles

También ha encontrado

dos patrones

Pincha aquí para acceder a la documentación del perfil

Pincha aquí para acceder a la

documentación del perfil



Ha encontrado dos patrones

Pincha aquí para acceder a la

documentación del patrón

Pincha aquí para acceder a la documentación del patrón


2.- Búsqueda avanzada


Scan Prosite (Búsqueda avanzada) – Opción 1

Option 1 - Submit PROTEIN sequences to scan them against

the PROSITE collection of motifs



Option 2 - Submit MOTIFS to scan them

against a PROTEIN sequence database.



Option 3 - Submit PROTEIN sequences and

MOTIFS to scan them against each other.



Nucleic Acids Research 29 (2001): 202-204


Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95 (1998): 5865-5871


Puedes bajarte el software EMOTIF

http://motif.stanford.edu/distributions/emotif/


Programas incluidos en el software EMOTIF

Documents

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