El municipio de Paujil pertenece a la diócesis de Florencia. Su parroquia está consagrada a la "Patrona de los Reclusos" Nuestra Señora de las Mercedes, Santuario de peregrinación religiosa el 24 de Septiembre de cada año. Atiende 54 veredas; existen capillas en las inspecciones de Versalles y Bolivia atendidas con la colaboración de 10 catequistas y 5 laicos.