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Apport du laboratoire dans le diagnostic et le traitement des infections
• Le prélèvement.
• L’examen au laboratoire.
• Les relations entre le laboratoire et le service demandeur.
Le prélèvement : conditions générales (1)
• dans les règles de soins et d’hygiène
• avant l’administration d’antimicrobiens.
• le plus tôt possible dans le processus infectieux
• -au plus près du foyer initial (ou des lésions secondaires )
-éventuellement au niveau de la porte d’entrée et sur les voies d ’excrétion.
Le prélèvement : conditions générales (2)
• quantité la plus importante possible de matériel.
• méthodes différentes selon les micro-organismes recherchés, les organes à prélever, le type des lésions, l’enjeu du diagnostic.
Le prélèvement : conditions générales (3)
• éviter la contamination des prélèvements
(bactéries de l’environnement et bactéries commensales)
-> respect des règles d’hygiène
-> matériel stérile à usage unique.
-> dispositifs spéciaux
-> décontamination de la surface à prélever
Le prélèvement : conditions de recueil
dans un récipient :
• stérile, à usage unique
• étanche et fermé hermétiquement
• identifié : nom et prénom du malade,
nature et site du prélèvement.
date et heure du prélèvement.
• introduit dans un sac plastique étanche et fermé hermétiquement
Le prélèvement : conditions de transport (1)• idéalement : prélèvement effectué au laboratoire.• si transport de < 30 mm pour les petits échantillons ou
de < 2 heures pour les autres : tube sec stérile.• si transport de > 2 heures :
– inoculation dans un flacon d’hémoculture anaérobie et dans un tube sec stérile.
– conservation :- tube stérile: à +4°C *
- flacon: à 37°C (ou t° ambiante)• si transport de >24 heures: milieu de transport
type Portagerm
* sauf échantillons respiratoires et LCR
Le prélèvement : conditions de transport (2)
• cas spéciaux* nécessitant la congélation du
prélèvement : recherche de
- virus enveloppés,
- Bartonella
• * contacter le laboratoire avant de prélever
Le prélèvement : refus d ’analyse
• échantillons
– reçus dans des récipients non étanches
– mal conservés
– non étiquetés
– inappropriés aux analyses prescrites
• même type d ’échantillon qu’un échantillon reçu le même jour (sauf hémoculture, LCR ou en cas d ’aggravation de la situation clinique).
Examen au laboratoire
• Diagnostic direct : mise en évidence de l’agent infectieux
• Diagnostic indirect : mise en évidence de la réaction de l’organisme à la multiplication de l’agent infectieux
= sérologie
Les étapes de l ’examen bactériologique classique
examen microscopique
culture
tests de sensibilité aux antibiotiques
L ’examen microscopique (1)
• effectué directement sur le prélèvement,• à l’état frais et après coloration de Gram (ou
autre:ex, Z. Neelsen) • résultats le jour même du prélèvement
• détecte la présence de:
- bactéries (si suffisamment nombreuses)
- polynucléaires neutrophiles
L ’examen microscopique (2): les bactéries
• flore polymorphe ou monomicrobienne • cocci ou bacilles, mobiles ou non• Gram+ ou Gram -
-> indications pour le choix des milieux à ensemencer-> base pour interprétation du résultat des cultures.
-> indications pour la mise en place du traitement
Coloration de Gram: cocci à gram positif
Coloration de Gram: bacilles à Gram négatif
L ’examen microscopique (3): les polynucléaires neutrophiles
• la présence de polynucléaires neutrophiles* ± altérés est en faveur d’une infection bactérienne.
*cas des liquides de ponction : recherche par coloration cytologique (May Grunwald Giemsa)
La culture (1)
• sur différents milieux* : solides , liquides, enrichis , sélectifs , en aérobiose et parfois en anaérobiose.
• colonies en milieu solide et trouble en milieu liquide
• isolement impératif pour distinguer les différentes espèces présentes.
*certaines espèces requièrent des milieux et des conditions de
mise en culture spéciaux (mycobactéries, Rickettsies, Chlamydia).
La culture (2)
• résultats obtenus habituellement en 24 heures ( mais parfois plusieurs jours ou semaines selon les
bactéries).
-> permet de faire• la détection des bactéries qui n’ont pas été
observées à l’examen microscopique.• l’appréciation quantitative des bactéries présentes.• l ’identification des différentes espèces et si
nécessaire l’antibiogramme.
L ’identification de la culture (1)
• effectuée par étude des caractères culturaux et biochimiques
• avec des trousses d ’identification commercialisées (gammes API)
• habituellement en quelques heures ( 24
heures ou moins )
L ’identification de la culture (2): cas des bactéries à croissance lente et/ou difficile
-> étude des caractères génotypiques
• hybridation avec des sondes spécifiques
• en utilisant des trousses commercialisées (ex: sonde pour mycobactéries),
• résultats en quelques heures .
Test de sensibilité aux antibiotiques
• effectué par la technique de l’antibiogramme
• résultats en 24 h.
-> aide à la mise en place du traitement spécifique: -indispensable en cas d’échec du
traitement ou de rechute. - utile pour les espèces concernées par la
résistance acquise*
*résistance naturelle = partagée par toutes les souches d ’une même espèce. résistance acquise = concerne seulement certaines souches de l ’espèce.
Techniques de détection rapide
1. recherche d ’antigènes solubles.
2. amplification génique.
Recherche d ’antigènes solubles• dans les urines, le LCR .• en utilisant des anticorps connus, spécifiques de la
bactérie recherchée• résultats rapides (1 à 2 heures)• pour :
– des infections à bactéries de croissance difficile (légionelle,pneumocoque)
– des infections décapitées (méningite)
• limites : manque de sensibilité
Amplification génique
• principe : multiplier le génome (une fraction spécifique) de la bactérie sans multiplier la bactérie
• diverses techniques dont la PCR
• intérêt : rapidité (1 journée) et sensibilité (sauf BK)
• pour la mise en évidence directement dans le prélèvement de bactéries à croissance lente ou /et difficile (et de nombreux virus)
• quand des trousses sont disponibles dans la commerce
Relations entre le laboratoire et le service demandeur
- le service clinique doit fournir les renseignements utiles à la qualité de l ’analyse: éléments cliniques, traitements pouvant interférer dans l ’analyse, contexte épidémiologique …
- l’interprétation des résultats et l’élaboration de la
stratégie thérapeutique doivent être faites après confrontation des résultats avec les données cliniques.
La sérologie (1)
• = mise en évidence d’anticorps dans le sang • par formation de complexes antigène-
anticorps, en utilisant des antigènes spécifiques du micro-organisme recherché
• diverses techniques de révélation des complexes:agglutination, fluorescence…
La sérologie (2)
• sang prélevé sur tube sec stérile
• résultats en 24-48 heures
• 2 prélèvements pour mettre en évidence la montée du taux des anticorps: un le plus tôt possible et l’autre environ 15 jours plus tard
• en bactériologie: réservé aux cas de diagnostic direct difficile (ex: brucellose, légionellose, mycoplasmes, chlamydia…)
très utilisé en virologie et parasitologie
Bactéries et antibiotiques
Structure des bactéries
• Bactérie = Cellule procaryote• Paroi • Membrane cytoplasmique• Cytoplasme• Chromosome circulaire
Les antibiotiques
• Cible: les différentes voies métaboliques des bactéries
ANTIBIOTIQUES INTERVENANT DANS LA SYNTHESE DE LA PAROI
-LACTAMINES
GLYCOPEPTIDES
FOSFOMYCINE
BACITRACINE
Cible d’action des béta-lactamines
ANTIBIOTIQUES ACTIFS SUR LES MEMBRANES
POLYMYXINES
ANTIBIOTIQUES INHIBANT LA SYNTHESE OU L'EXPRESSION
DE L’ADN
QUINOLONES RIFAMPICINE INHIBITEURS DE LA SYNTHÈSE DES
FOLATES : SULFAMIDES ET TRIMETHOPRIME
5-NITRO-IMIDAZOLÉS NITROFURANES
ANTIBIOTIQUES INHIBANT LA SYNTHESE DES
PROTEINES
MACROLIDES ET APPARENTES TETRACYCLINES AMINOSIDES CHLORAMPHENICOL ACIDE FUSIDIQUE
Synthèse des protéines
Synthèse des protéines
Synthèse des protéines
Les champignons et les anti fongiques
Caractéristiques des champignons
• Cellules qui produisent de l’énergie (glycogène), se reproduisent (spores)
• Paroi rigide (polysaccharides)• Membrane cytoplasmique (ergostérol)• Noyau avec membrane nucléaire• Cytoplasme avec des mitochondries
Les virus
Structure virale
• Un acide nucléique , ADN ou ARN• Un complexe protéique protecteur,
la capside• Une enveloppe (membrane
lipidique) facultative
La multiplication virale
• Virus = être très simple incapable de se multiplier seul
• Pas de matières premières• Pas de sources d’énergie• Pas d’enzymes • Seulement l’information génétique
• → pour la réplication: utilisation de la machinerie de la cellule infectée
LA MULTIPLICATION DU VIRUS DANS LA LA MULTIPLICATION DU VIRUS DANS LA CELLULE CIBLECELLULE CIBLE
A : AttachementB : PénétrationC : DécapsidationD : RéplicationE : Synthèse des protéines virales (par
traduction des ARNm viraux)F : AssemblageG : Libération des virions néoformés par
bourgeonnement ou fusion-lyse
Les antiviraux
• Ne visent pas les virus eux-mêmes qui sont métaboliquement inertes
• Bloquent le cycle de multiplication des virus, à différentes étapes
PRINCIPAUX ANTIVIRAUXPRINCIPAUX ANTIVIRAUX
PÉNÉTRATION ET DÉCAPSIDATIONPÉNÉTRATION ET DÉCAPSIDATION
T-20 ou pentafuside= FUZEON®T-20 ou pentafuside= FUZEON® Produit actif sur le virus de Produit actif sur le virus de l’immunodéficience humaine : inhibiteur de l’immunodéficience humaine : inhibiteur de fusionfusion
Amantadine = (MANTADIX®)Amantadine = (MANTADIX®)= Chlorhydrate d'amino-L-adamantane= Chlorhydrate d'amino-L-adamantaneAction sur les virux grippaux Action sur les virux grippaux ((Influenzavirus Influenzavirus A et B) A et B)
AmantadineAmantadine
1.1. Inhibiteurs par compétition avec un nucléotide Inhibiteurs par compétition avec un nucléotide naturel ou par terminaison de chaînenaturel ou par terminaison de chaîne
= Analogues nucléosidiques (analogues de base ou de sucre de = Analogues nucléosidiques (analogues de base ou de sucre de l’acide nucléique) l’acide nucléique) ex: - aciclovir ou ZOVIRAXex: - aciclovir ou ZOVIRAX® ® (herpes virus) (herpes virus) - ganciclovir ou CYMEVAN® (cytomégalovirus)- ganciclovir ou CYMEVAN® (cytomégalovirus) - zidovudine (AZT) ou RETROVIR*® (Hiv)- zidovudine (AZT) ou RETROVIR*® (Hiv) -lamivudine (3TC) ou EPIVIR®,….-lamivudine (3TC) ou EPIVIR®,….
RÉPLICATIONRÉPLICATION
incorporation au cours de la synthèse de l’acide nucléique incorporation au cours de la synthèse de l’acide nucléique viralviral
2. Inhibiteurs non nucléosidiques d’enzyme virale2. Inhibiteurs non nucléosidiques d’enzyme virale
Névirapine (VIRAMUNE®)Névirapine (VIRAMUNE®)
Efavirenz ou SUSTIVAEfavirenz ou SUSTIVA®,…®,…
Action sur le VIHAction sur le VIHNévirapineNévirapine
3.3. Incorporation directe à l’ADN viral Incorporation directe à l’ADN viral
Acide phosphonoformique (FOSCAVIR®)= PFA = foscarnet
Action sur les virus herpes simplex, varicelle-zona, Action sur les virus herpes simplex, varicelle-zona, cytomégalovirus…cytomégalovirus…
MATURATIONMATURATION
inhibiteurs de protéases
Nelfinavir ou VIRACEPT®Nelfinavir ou VIRACEPT®Saquinavir ou INVIRASESaquinavir ou INVIRASE
Action sur les virus de l’immunodéficience humaineAction sur les virus de l’immunodéficience humaine
LIBÉRATIONLIBÉRATION
Inhibiteurs de la neuraminidase Inhibiteurs de la neuraminidase 4- guanidino-Neu5Ac2en = Zanamivir ou RELENZA®4- guanidino-Neu5Ac2en = Zanamivir ou RELENZA®
Oseltamivir ou TAMIFLU®Oseltamivir ou TAMIFLU®
Action sur les virus grippaux (Action sur les virus grippaux (InfluenzavirusInfluenzavirus A et B) A et B)
ZanamivirZanamivir
Schéma de Schéma de multiplication multiplication du VIH et du VIH et cibles cibles thérapeutiquthérapeutiqueses
Les interférons
• Dégradation des ARN messagers par activation d’une ribonucléase
• → arrêt de la production des protéines virales